Resume Jurnal

Resume Jurnal
Principles of Nucleic Acid Separation
by Agarose Gel Electrophoresis
Muhittin Yılmaz*, Cem Ozic and İlhami Gok
University of Kafkas, Department of Biology, Faculty of Sciences, Kars,
Turkey
Latar Belakang
Elektroforesis gel agarose merupakan metode yang sering digunakan untuk memisahkan
protein, DNA, dan RNA. Molekul asam nukleat dipisahkan dengan medan listrik dimana molekul
negative berpindah ke anoda(kutub positif). Perpindahan molekul ini berdasarkan dengan berat
molekul, semakin kecil berat molekulnya maka molekl tersebut dapat berpindah dengan cepat.
Untuk menggambarkan molekul asam nukleat maka dibutuhkan gel agarosa, ethidium bromide
atau SYBR green yang biasanya digunakan dyes, TAE, TBE, TPE, Loading Buffer. Ethidium
bromide yang biasanya digunakan untuk proses penggambaran molekul asam nukleat. Ethidium
bromide digunakan ketika proses pewarnaan DNA atau RNA. Sebenarnya SYBR Green 25 kali
lebih sensitive ketika proses staining dibandingkan dengan Ethidium Bromida namun harga SYBR
Green kurang ekonomis sehingga jarang penggunaannya. Karena Ethidium Bromida tidak terlihat
di cahaya natural maka digunakan Loading Buffer untuk mengisi gel agarosa(staining).
Elektroforesis gel agarosa dapat dignakan untuk memisahkan fragmen DNA dari kisaran 50 base
hingga Mega bases(Mb) menggunakan alat khusus. Elektroforesis gel agarosa mempunyai
beberapa kelebihan sehingga membuatnya semakin popular untuk digunakan.
Metode
Tambahkan sampel DNA ke dalam gel agarosa(pada jalur 2, DNA ladder ditempatkan pada
jalur 1). Arus listrik digunakan pada gel, molekul akan bergerak dari negative ke kutub positif gel.
DNA akan dipisahkan sesuai dengan ukurannya karena berat molekul yang lebih kecil akan
bergerak lebih cepat. Dye ditambahkan untuk mewarnai DNA. Untaian DNA akan membuka di
atas film. Di bawah sinar UV DNA akan terlihat.
Cara Kerja
1. Dipersiapkan agarosa, buffer elektroforesis, Dye
2. Panaskan campuran hingga agarosa hancur
3. Jika gel yang meleleh telah dingin, tabahkan ethidium bromide lalu aduk campuran dengan
lembut
4. Ketika campuran agarosa dingin, pilih sisir yang sesuai untuk membentuk celah pada
sampel di dalam gel. Pastikan ukurannya sehingga agarosa dapat sesuai ketika dimasukkan
ke dalam cetakan
5. Tuangkan campuran agarosa ke dalam cetakan
6. Berikan gel pada polimerisasi lalu tuangkan sedikit buffer elektroforesis di atas gel, lalu
dengan hati-hati pindahkan sisir, pour off buffer elektroforesis dan pindahkan pita. Gel
berada pada tangki elektroforesis
7. Tempatkan gel pada alat elektroforesis dan buffer elektroforesis
secukupnya untuk
menutupi ge
8. Aduk sampel dengan loading dye
9. Dengan pelan masukkan campuran sampel ke dalam slot dengan menggunakan
micropipette
10. Tutup tangki gel dan berikan arus listrik sehingga DNA dapat berpindah dari kutub
negative ke kutub positif
11. Ketika DNA sampel telah berpindah, matikan arus listrik dan pindahkan tutup tangki gel.
Warnai gel dengan ethidium bromide, atau elektroforesis buffer atau SYBR Green
Manfaat
Elektroforesis gel agarosa bermanfaat untuk:
1. memperkirakan ukuran dari fragmen DNA
2. mendiagnosa molekul genetic atau mendiagnosa fingerprint genetic dengan analisis PCR
3. pemisahan gen DNA restriksi teori southern blot dan pemisahan RNA teori northern blot
4. digunakan untuk memecah DNA sirkuler dengan topologi supercoiling yang berbeda
5. memecah fragmen karena sintesis DNA
6. pemurnian fragmen DNA oleh gel agarosa
7. meningkatkan konsentrasi agarosa, sehingga menurunnya perpindahan gel jadi pemisahan
molekul DNA yang lebih kecil menjadi mudah
8. meningkatkan tegangan namun mempercepat pergerakan molekul DNA
Kelebihan
Elektroforesis agarosa gel mempunyai beberapa keuntungan sehingga banyak yang
menggunakan teknik tersebut. Asam nukleat secara kimia tidak dapat dirubah strukturnya ketika
proses pemisahan dan agarosa gel dapat mengatasi permasalahan tersebut. Sampel dapat dengan
mudah di ekstrak untuk penelitian lebih lanjut. Hasil gel dapat disimpan di dalam plastic dan
didinginkan setelah eksperimen.