Perbedaan sekuens asam amino pada protein hemaglutinin

Artikel Penelitianl
Perbedaan Sekuens Asam Amino
pada Protein Hemaglutinin
Virus Campak Liar dan Virus Vaksin
di Indonesia
Made Setiawan,* Agus Sjahrurachman,** Fera Ibrahim,** Agus Suwandono***
*Rumah Sakit Penyakit Infeksi Prof. Dr. Sulianti Saroso,
**Bagian Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia,
***Badan Penelitian dan Pengembangan Kesehatan, Departemen Kesehatan RI, Jakarta
Abstrak: Protein H virus campak sangat penting agar virus dapat menginfeksi sel pejamu.
Beberapa situs pada protein H yang dianggap penting dalam proses infeksi sel dan respons
imun adalah situs glikosilasi dan situs reseptor. Bila ada kelainan sekuens asam amino situs
penting pada protein H, maka proses infeksi pada sel pejamu dan respons imun akan terganggu.
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui perbedaan sekuens asam amino situs penting pada
protein H antara virus campak liar (G2, G3, dan D9) dan virus vaksin CAM-70, Schwarz dan
Edmonston. Ekstraksi dan amplifikasi gen dilakukan di laboratorium menggunakan teknologi
biologi molekuler, dan analisis gen dan protein dilakukan menggunakan teknologi
bioinformatika. Dari hasil analisis ternyata ditemukan perbedaan sekuens situs glikosilasi
pada potein H virus campak liar genotype G3 dengan virus campak liar yang lain dan virus
vaksin. Perbedaan situs kontak CD46 yang terbesar ditemukan antara virus campak liar (G2,
G3, dan D9) dan CAM-70 dibandingkan dengan Schwarz dan Edmonston-wt. Tidak ditemukan
adanya perbedaan sekuens asam amino pada situs kontak dengan CD150. Dari hasil penelitian
ini dapat disimpulkan bahwa virus campak liar Indonesia mempunyai perbedaan sekuen asam
maino pada situs glikosilasi dan situs kontak CD46 antar virus campak liar dengan virus
vaksin CAM-70.
Kata kunci: virus campak, protein Hemaglutinin, situs glikosolasi, situs reseptor.
*
Penelitian ini merupakan bagian dari Disertasi Doktor yang
dipertahankan di depan Senat FKUI pada tanggal, 20 Agustus
2005 yang berjudul Analisis Genetik dan Antigenik Beberapa Virus Campak Liar dan Virus Campak di Indonesia.
Maj Kedokt Indon, Volum: 59, Nomor: 2, Pebruari 2009
39
Perbedaan Sekuens Asam Amino pada Protein Hemaglutinin Virus Campak Liar dan Virus Vaksin
The Differences of Amino Acid Sequence in Hemaglutinin
Protein Between The Wild-Type Measles Virus and
The Vaccine Virus in Indonesia
Made Setiawan,* Agus Sjahrurachman,** Fera Ibrahim,** Agus Suwandono***
*Infection Diseases of Hospital Sulianti Saroso
**Department of Microbiology Faculty of Medicine, University of Indonesia, Jakarta
***National Istitute of Health Reseach and Development, Ministry of Health RI, Jakarta
Abstract: The H-protein of the measles virus is an important part of the virus to infect the host. The
glycosilation and receptor sites of H-protein are considered to be essential in the process of
infecting the cells and immune receptor. If there is a defect in important-site amino acid of the Hprotein, the infection process in the host cells and the immune respons will be disturbed. The aimed
of this research is to know the differences of important-site amino acid sequence of H-protein
between the wild-type measles virus (G2, G3, and D9), the CAM-70 vaccine virus, the Schwarz
vaccine virus, and the Edmonston-wt virus. The extraction and amplification of the gene were
conducted in the laboratory using biomolecular technology. The gene and protein analysis were
conducted using the bioinformatic technology. We found glycosilation site differences between the
H-protein of the G3 genotype wild measles virus with other wild measles virus and the vaccine
virus. The biggest CD46-contact site differences are found between the wild measles virus (G2,
G3, and D9) and CAM-70, compared to Schwarz and Edmonston-wt. We do not find the amino
acid sequence differences in the CD 150 contact site. We conclude that the Indonesian wild measles
virus has an amino acid sequence difference at the glycosilation and CD 46 contact site, between
the wild measles virus and the CAM-70.
Keywords. Measles virus, hemaglutinin protein, glycosilation site, receptor site.
Pendahuluan
Infeksi akut yang disebabkan oleh virus campak dimulai
pada traktus respiratorius bagian atas, dan selanjutnya
menyebar ke seluruh organ dan jaringan, sehingga
mengakibatkan munculnya berbagai gejala klinis pada
penderita. Virus campak dapat menginfeksi sel sistem imun
seperti limfosit dan makrofag, dan dapat menekan sistem
imun yang bersifat sementara.1,2
Virus campak adalah virus RNA untai tunggal negatif
yang mengkode 6 jenis protein utama; di antaranya 2 buah
glikoprotein transmembran yaitu protein fusion (F) dan protein hemaglutinin (H).3
Agar virus dapat menginfeksi sel maka diperlukan kerja
sama antara protein transmembran yaitu protein F dan protein H. Protein F bertanggung jawab untuk melakukan fusi
antara dinding virus dengan membran sel pejamu, dan untuk
penetrasi virus, sedangkan protein H berfungsi untuk
perlekatan virus, serta berinteraksi dengan reseptor yang
ada pada permukaan sel pejamu.4,5
Sistem imun pejamu yang terinfeksi virus campak
memberi respons terhadap protein H. Antibodi terhadap protein H dapat diukur dengan tes netralisasi kemampuan infeksi
40
virus dalam kultur jaringan. Antibodi netralisasi memegang
peranan penting dalam proses pencegahan penyakit.6 Sistem
imun seluler juga memberi respons terhadap protein H.7
Terdapat situs-situs penting yang berperan dalam proses
infeksi sel dan respons imun di antaranya situs glikosilasi
dan situs kontak dengan reseptor sel pejamu.8-12 Adanya
perbedaan sekuens ini mengakibatkan timbulnya perbedaan
kemampuan untuk menginfeksi sel dan variasi respon imun.13
Sampai saat ini di Indonesia dikenal 3 genotip virus
campak liar yaitu, G2, G3, dan D9. Jenis vaksin campak yang
banyak digunakan adalah vaksin campak CAM-70 dan
Schwarz. Virus vaksin campak CAM-70 yang asli berasal dari
virus campak galur Tanabe dari Jepang, sedangkan virus
vaksin Schwarz berasal dari virus campak galur Edmonston
yang diisolasi pada tahun 1954. Dari hasil penelitian
memperlihatkan bahwa, sekuens nukleotida gen dari kedua
vaksin tersebut berbeda.14 Semua virus campak liar akhirakhir ini sudah mengalami penyimpangan genetik secara
relatif bermakna terhadap virus vaksin maupun terhadap virus yang diisolasi pada tahun 1950 maupun 1960.15,16
Penelitian ini bertujuan untuk melihat perbedaan sekuens
asam amino situs glikosilasi dan situs reseptor pada protein
Maj Kedokt Indon, Volum: 59, Nomor: 2, Pebruari 2009
Perbedaan Sekuens Asam Amino pada Protein Hemaglutinin Virus Campak Liar dan Virus Vaksin
H antara virus campak liar dan virus vaksin yang ada di
Indonesia.
Metode
Penelitian ini merupakan penelitian laboratorium untuk
menganalisis gen dan protein virus campak liar dan virus
vaksin campak menggunakan teknologi biologi molekuler
dan bioinformatika. Isolat virus campak liar G2, G3, dan D9
diperoleh dari Litbangkes RI, yang sebagian dari masingmasing isolat sudah dikirim ke ICDC (Atlanta-USA) dan
genotip isolat virus tersebut sudah ditentukan. Genotip
ketiga isolat virus campak liar tersebut ditentukan ulang di
Indonesia.17
Ekstraksi RNA virus dilakukan dengan menggunakan
QIAamp® Viral RNA Mini Kit dari QIAGEN (Catalog
no.5204) dilakukan sesuai dengan petunjuk yang diberikan
oleh perusahaan.
Reaksi Reverse Transcriptase (transkripsi terbalik)
dilakukan menggunakan kit SuperScriptTMIIIReverse Transcriptase (Invitrogen) dengan cara sesuai dengan protokol
yang diberikan oleh perusahaan. cDNA yang diperoleh sudah
dapat digunakan sebagai template untuk amplifikasi PCR.
Primer yang digunakan, adalah primer yang dibuat
berdasarkan analisis sekuens referensi galur Edmonston-wt,
substrain AIK-C (AB046218) NCBI18 menggunakan program
computer software Primer-3.
cDNA yang diperoleh dari reaksi Reverse Transcriptase
diperbanyak dengan metode PCR menggunakan Platinum
Taq DNA Polymerase (Invitrogen). Produk PCR dideteksi
menggunakan elektroforesis gel berdasarkan berat molekul
atau panjang rantai nukleotida.19 Produk DNA dimurnikan
dengan menggunakan kit QIAquick Gel Extraction Purification (QIAGEN Cat. No.28704). Cara yang dilakukan sesuai
dengan protokol yang diberikan oleh perusahan.
Untuk melakukan cloning hasil PCR, maka digunakan
TOPO TA Cloning kit buatan Invitrogen (Cat. No.K450001). Cara melakukan reaksi sesuai dengan protokol yang
diberikan oleh perusahan. Ekstraksi plasmid dilakukan sesuai
dengan protokol yang diberikan oleh perusahan QIAGEN
dengan menggunakan kit QIAprep® Spin Miniprep (Cat. No.
27104). Filtrat dalam tabung mikrosentrifugasi yang diperoleh
diberi label dan disimpan untuk sequencing.
Tabel 1. Primer Digunakan untuk PCR dan Sekuensing
Nama
Primer
Primer H 1
2
Primer H 3
4
Primer H 5
6
Urutan nukleotida
CAT CAA gCC CAC CTg AAA TTA TC
gAC ATg TTT gAg AAT TgA CCT CTg
CAT Tgg TgA ACT CAA CTC TAC Tgg
gAg TgC TTg Gat TTT ACC CTT ACA
gAT CCA gTg ATA gAC Agg CTT TAC
CTA YCT GCG ATT GGT TCC ATC
Posisi
7183-7205
7852-7875
7764-7787
8425-8449
8297-8321
9104-9124
Maj Kedokt Indon, Volum: 59, Nomor: 2, Pebruari 2009
Sequencing dilakukan dengan Direct Sequencing dari
hasil PCR gen H. DNA disekuens dengan menggunakan automatic sequencer berdasarkan metode Sanger (dideoxy
termination method). Reaksi ini dilakukan pada mesin automatic ABI PRISMÒ Big Dye Terminator Cycle Sequencing
Ready Reaction Kit. Primer yang dipakai untuk mensekuens
adalah sama dengan primer pada tabel 1.
Gen F
H1
Gen H
>
H3
<
Gen L
>
H4
>
H2
<
H5
<
H6
Gambar 1. Strategi Mensekuens Gen H dengan Primer Arah
Berlawanan yang Tumpang Tindih.
Data mentah hasil pembacaan sekuens oleh komputer
diperiksa ulang dengan melihat gambar elektroferogram dan
membandingkannya dengan data sekuens yang telah ada
(Edmonston-wt, CAM-70, Schwarz). Fragmen sekuens, yang
telah diperiksa dan diperbaiki, disambung satu sama lain,
sehingga menjadi sekuens masing-masing gen H. Hal ini
dilakukan dengan bantuan piranti lunak Genetyx dan Bioedit.
Setelah menjadi urutan sekuens gen yang lengkap,
nukleotida dari masing-masing gen dibandingkan satu sama
lain menggunakan piranti lunak Genetyx, Clustal W, dan
Bioedit. Software Bioedit dan Clustal W diambil dari internet:
http://www.mbio.nesu.edu/Bioedit/bioedit.html. Sekuens
asam amino diperoleh dengan mendeduksi sekuens nukleotida
hasil sequencing virus campak liar dan virus vaksin CAM70.
Hasil
Situs Glikosilasi
Glikosilasi sangat penting untuk membentuk pelipatan
yang benar, untuk antigenisitas, dimerisasi, dan pengeluaran
H dari Golgi. Menurut Alkhatib et al,20 dan Alkhatib et al,21
protein H mempunyai 5 situs glikosilasi. Situs-situs tersebut
terletak pada asam amino 168-169-170 (Asn-Ser-Thr), 187188-189 (Asn-Cys-Ser), 200-201-202 (Asn-Met-Ser), 215-216217 (Asn-Val-Ser), dan 238-239-240 (Asn-Lec-Ser). Semuanya
terletak antara residu asam amino 168-240. Residu asam amino
yang sangat penting untuk oligomerisasi dan pelipatan adalah
residu sistein pada posisi 287, 300, 381, 394, 494, 579, dan
583, yang juga sangat penting dalam pengikatan disulfida,22
dan sistein pada loop domain asam amino 381-394.23
Dari hasil analisis penjajaran terlihat bahwa, situs
glikosilasi 168-169-170 adalah N-S-T (asparagin-serintreonin), 187-188-189 N-C-S (asparagin-sistein-serin), 200-
41
Perbedaan Sekuens Asam Amino pada Protein Hemaglutinin Virus Campak Liar dan Virus Vaksin
201-202 N-M-S (asparagin-metionin-serin), 215-216-217 NV-S (asparagin-valin-serin), dan 238-239-240 N-L-S
(asparagin-leusin-serin). Pada analisis situs glikosilasi
ditemukan perbedaan situs glikosilasi 238-239-240 N-L-S
pada genotip G2, D9, CAM-70, Schwarz, dan Edmonston,
sedangkan genotip G3 D-L-S (asam aspartat-leusin-serin).
Hal ini mengakibatkan hilangnya satu situs glikosilasi pada
genotip G3 yaitu situs glikosilasi 238-239-240.
G2, dan G3, sedangkan genotip D9, CAM-70, Schwarz dan
Edmonston-wt adalah F (fenilalanin); asam amino 481 G
(glisin) pada virus vaksin CAM-70, sedangkan genotip G2,
G3, D9, Schwarz dan Edmonston adalah E (asam glutamat);
asam amino 489 G (glisin) pada virus vaksin CAM-70,
sedangkan genotip G2, G3, D9, Schwarz dan Edmonston-wt
adalah D (asam aspartat); asam amino 495 G (glisin) pada
virus Edmonston-wt, sedangkan genotip G2, G3, D9, CAM-
Gambar 2. Situs Glikosilasi Pada Protein H (bayang hitam).
Situs Kontak CD46
CD46 adalah reseptor virus campak yang terdapat pada
permukaan sel sasaran. Daerah residu asam amino pada protein H yang mengadakan kontak dengan CD46, adalah antara
residu asam amino 451-617.9 Di samping itu, residu asam
amino 532-550 juga sangat penting untuk mengadakan ikatan
dengan CD46,11 tetapi memerlukan dua mutasi pada daerah
tersebut sehingga kontak betul-betul tidak terjadi.
Setelah dilakukan penjajaran asam amino pada situssitus tersebut, ditemukan perbedaan asam amino 450 M
(metionin) pada genotip D9, sedangkan genotip G2, G3,
CAM-70, Schwarz dan Edmonston-wt adalah F (fenilalanin);
asam amino 454 N (asparagin) pada virus vaksin CAM-70,
sedangkan genotip G2, G3, D9, Schwarz dan Edmonston
adalah T (treonin); asam amino 476 L (leusin) pada genotip
70 dan Schwarz adalah S (serin); asam amino 505 K (lisin)
pada genotip D9, sedangkan genotip G2, G3, CAM-70,
Schwarz dan Edmonston-wt adalah Q (glutamin); asam amino
546 E (asam glutamat) pada virus vaksin CAM-70, sedangkan
genotip G2, G3, D9, Schwarz dan Edmonston adalah G (glisin);
asam amino 591 E (asam glutamat) pada CAM-70, sedangkan
genotip G2, G3, D9, Schwarz dan Edmonston-wt adalah G
(glisin); asam amino 603 E (asam glutamat) pada virus vaksin
CAM-70, sedangkan genotip G2, G3, D9, Schwarz dan
Edmonston-wt adalah G (glisin); asam amino 609 N
(asparagin) pada genotip G2, sedangkan genotip G3, D9,
CAM-70, Schwarz dan Edmonston-wt adalah T (treonin); dan
asam amino 616 S (serin) pada virus vaksin CAM-70,
sedangkan genotip G2, G3, D9, Schwarz dan Ed-monston-wt
adalah R (arginin). Lihat tabel 2 dan Gambar 3)
Tabel 2. Perbedaan Asam Amino pada Situs Kontak CD46
Jenis isolat
virus
Edm.
Sch
Cam-70
G2
G3
D9
Keterangan:
42
Nomer posisi asam amino
450
454
476
481
489
495
F
F
F
F
F
M
T
T
N
T
T
T
F
F
F
L
L
F
E
E
G
E
E
E
D
D
G
D
D
D
G
S
S
S
S
S
505 546 591
Q
Q
Q
Q
Q
K
G
G
E
G
G
G
G
G
E
G
G
G
603
609
616
E
E
E
N
N
N
T
T
T
N
T
T
R
R
S
R
R
R
D=as. Aspartat; E=as. Glutamat; F=fenilalanin; G=glisin; K=lisin; L=leusin;
M=metionin; N=asparagin; Q=glutamin; R=arginin; S=serin.
Maj Kedokt Indon, Volum: 59, Nomor: 2, Pebruari 2009
Perbedaan Sekuens Asam Amino pada Protein Hemaglutinin Virus Campak Liar dan Virus Vaksin
Gambar 3. Situs Kontak CD46 pada Protein H (bayang abu-abu, baying hitam tumpang tindih) (451-617, 532-550)
Situs Kontak dengan CD150
Situs kontak dengan CD150 adalah situs untuk
mengadakan kontak dengan CD150 yang merupakan reseptor
kedua dari virus, yang ditemukan pada sel sasaran. Situs
tersebut terletak antara asam amino 429-438.24 Dari hasil
analisis ternyata tidak ditemukan adanya perbedaan urutan
asam amino. (lihat Gambar 4)
Telah dibuktikan bahwa, pada keadaan tertentu
glikosilasi protein H dan F virus campak diperlukan agar dapat
berekspresi pada permukaan, dan bila situs glikosilasi
dihilangkan, dapat mempengaruhi reaktivitasnya terhadap
monoklonal antibodi, kemungkinan disebabkan karena
adanya perubahan pelipatan.20 Juga telah dibuktikan bahwa,
antigenisitas glikoprotein tidak hanya dipengaruhi oleh
Gambar 4. Situs Kontak CD150 pada Protein H (bayang hitam) (429-438)
Diskusi
Situs Glikosilasi
Agar virus campak dapat masuk ke dalam sel diperlukan
kerja sama dari kedua glikoprotein permukaan virus, yaitu
protein H untuk menempelkan partikel virus dengan reseptor
pada permukaan sel, dan protein F menginduksi terjadinya
fusi antara selubung virus dengan membran sitoplasma sel.
Glikoprotein juga merupakan sasaran utama dari imunitas
humoral protektif terhadap virus campak.8 Pada glikoprotein
H terdapat 5 situs glikosilasi yang terikat N (N-linked
glycosylation), sedangkan pada glikoprotein F terdapat 3
situs glikosilasi yang terikat N. Glikosilasi berfungsi untuk
pembentukan syncytium antar sel dan meningkatkan
antigenisitas protein H dan F.10
Maj Kedokt Indon, Volum: 59, Nomor: 2, Pebruari 2009
adanya glikosilasi, tetapi juga dipengaruhi oleh proses
pengolahan oligosakarida.
Menurut Alkhatib dan Briedis,21 protein H virus campak
mempunyai 5 situs glikosilasi yang terikat N (N-linked
glycosylation), yaitu pada asam amino 168-170, 187-189, 200202, 215-217, dan 238-240. Pada penelitian ini ternyata
ditemukan adanya perbedaan situs glikosilasi 238-239-240
yaitu D-L-S (Asam aspartat-Leusin-Serin) pada virus genotip
G3, yang seharusnya N-L-S (Asparagin-Leusin-Serin). Hal
ini juga dapat mengakibatkan sifat antigenisitas virus campak
genotip G3 menjadi berkurang. Bartz et al,9 dan Hu et al,12
juga menemukan tidak adanya situs glikosilasi pada situs
asam amino serin 189, sehingga pergerakan protein H tersebut
pada elektroforesis menjadi lebih cepat dibandingkan pro-
43
Perbedaan Sekuens Asam Amino pada Protein Hemaglutinin Virus Campak Liar dan Virus Vaksin
tein H dengan situs glikosilasi yang normal. Truong et al.,25
juga menemukan hilangnya situs glikosilasi protein pada
posisi asam amino 238-239-240 dari virus campak genotip
B3. Akan tetapi, beberapa virus campak liar dilaporkan ada
yang mempunyai tambahan situs glikosilasi yang terikat N
pada posisi asam amino 416. Apakah situs glikosilasi
tambahan ini berfungsi secara in vivo, masih belum jelas.
Yang pasti adalah, apabila dielektroforesis maka protein H
ini akan bergerak lebih lambat.26
Pada penelitian ini ternyata situs glikosilasi protein H
virus campak genotip G3 pada posisi 238-239-240 adalah DL-S yang seharusnya N-L-S. Dengan demikian, protein H
genotip G3 kehilangan situs glikosilasi pada posisi tersebut.
Bila protein H virus campak G3 ini dielektroforesis, maka akan
lari sedikit lebih cepat dibandingkan dengan protein H virus
campak genotip G2, D9, CAM-70 dan Schwarz. Dengan
demikian maka sifat antigenisitas protein H virus G3 berbeda
dengan protein H virus campak genotip G2, D9, CAM-70
dan Schwarz.
Situs Penempel CD46
Akhir-akhir ini diketahui bahwa, reseptor virus campak
yang penting pada sel yang diinfeksi adalah CD46. Infeksi
virus campak pada sel sasaran dapat menyebabkan downregulation CD46 dari permukaan sel. Dengan adanya reseptor
ini maka sel menjadi rentan terhadap lisis yang disebabkan
oleh komplemen, sehingga virus campak yang menginfeksi
sel cepat dihancurkan. Kemampuan kerja reseptor tergantung
pada protein H dari berbagai galur virus campak. Semua galur
virus vaksin campak (grup I) dan beberapa galur virus campak
liar (grup II) dapat merangsang terjadinya down-regulation
CD46, sedangkan yang lain tidak (grup III). Telah dibuktikan
bahwa bagian terminal karboksi protein H virus campak yaitu
asam amino 451-617 terlibat dalam interaksi langsung dengan
CD46. Akan tetapi, asam amino yang lain yang membentuk
struktur tiga dimensi protein H virus campak juga ikut
berperan.9 Bartz et al,9 juga mengatakan bahwa, asam amino
yang penting untuk mengadakan kontak dengan CD46
adalah asam amino 211, 243, 451, dan 481 dan 546. Untuk
mengetahui perbedaan kemampuan dari masing-masing galur
virus untuk menginfeksi sel Vero dan sel B95-8, maka dalam
penelitian ini dilakukan analisis asam amino dari masingmasing protein H virus campak liar (G2, G3 dan D9) dan virus
vaksin (CAM-70 dan Schwarz). Dari hasil analisis ditemukan
dua lokasi perbedaan sekuens asam amino peptida yang
ditentukan oleh Bartz et al.,9 dan Li et al.27 Asam amino yang
berbeda pada ke dua lokasi ternyata asam amino yang
mempunyai sifat-sifat yang berbeda. Hal ini, mengakibatkan
virus vaksin CAM-70 dapat menginfeksi sel Vero dan tidak
dapat menginfeksi sel B95-8, sedangkan virus genotip G2,
G3, dan D9 dapat menginfeksi sel B95-8, tetapi tidak dapat
menginfeksi sel Vero. Menurut Tatsuo et al,28 asam amino
481 protein H sangat menentukan tropisme terhadap sel Vero
atau sel B95-8. Dari hasil analisis sekuens pada penelitian ini
44
ternyata virus campak liar G2, G3 dan D9 menggunakan N
(asparagin) pada residu 481, sedangkan virus vaksin CAM70 adalah Y (tirosin). Asparagin dan tirosin, ke duanya
termasuk dalam kelompok asam amino hidrofilik yang tidak
mengandung ion. Walaupun demikian pertukaran kedua asam
amino kemungkinan dapat merubah sifat-sifat protein
tersebut.
Arg 243 adalah penting untuk down-regulation CD46.
Arg 253 adalah homolog dan mempunyai hubungan fungsi
dengan Arg-152 situs aktif neuraminidase hemaglutinin virus influenza.29 Dari hasil penelitian ini, ternyata asam amino
243 ditemukan R (arginin) pada virus genotip G2, G3, CAM70 dan Schwarz, sedangkan pada virus genotip D9 diganti G
(glisin). Ke dua asam amino ini mempunyai sifat yang
berbeda.
Analisis penjajaran asam amino juga ditemukan
perbedaan susunan asam amino pada 489-499 yaitu posisi
asam amino 489 adalah G (glisin) pada CAM-70 diganti E
(glutamat) pada virus genotype G2, G3, D9 dan Schwarz. Ke
dua asam amino ini mempunyai sifat yang berbeda. Perbedaan
sekuens asam amino pada situs reseptor CD46 mungkin
merupakan salah satu penyebab terjadinya perbedaan
kemampuan untuk menginfeksi tipe sel.
Kesimpulan
Dari hasil analisis sekuens nukleotida gen dan asam
amino protein H dapat disimpulkan bahwa ternyata ditemukan
perbedaan sekuens situs glikosilasi pada protein H virus
campak liar genotype G3 dengan virus campak liar yang lain
dan virus vaksin. Perbedaan situs kontak CD46 yang terbesar
ditemukan antara virus campak liar (G2, G3, dan D9) dan
CAM-70 dibandingkan dengan Schwarz dan Edmonston-wt.
Pada sekuens asam amino situs kontak dengan CD150 tidak
ditemukan adanya perbedaan.
Ucapan Terima Kasih
Kami mengucapkan banyak terima kasih kepada bapak
Dr I Nyoman Kandun MPH Dirgen P2M PLP DEPKES yang
telah membiayai penelitian ini. Demikian juga ucapan terima
kasih kami sampaikan kepada Bapak Harun, Joko, dan
Bambang di Litbang Kes Dep Kes, serta Diah Iskandriati,
Joko Pamungkas, Uus Saefullah, dan Silmi di PSSP IPB Bogor
yang semuanya telah membantu kami dalam menyelesaikan
penelitian ini.
Daftar Pustaka
1.
2.
3.
4.
Nelson JD, Sandusky G, Peck FB. Measles skin test and serologic
respons to intradermal measles antigen. JAMA.1966;198:1856.
Fulginiti VA, Arthur JH. Altered reactivity to measles virus. J
Pediatr.1969;75:609-16.
Parks CL, Lerch RA, Walpita P, Wang HP, Sidhu MS, and Udem
SA. Comparison of predicted amino acid sequences of measles
virus strains in the Edmonston vaccine lineage. J Virol.
2001;75:910-20.
Tyrell DIJ, Norrby F. Structural polypeptides of measles virus. J
Maj Kedokt Indon, Volum: 59, Nomor: 2, Pebruari 2009
Perbedaan Sekuens Asam Amino pada Protein Hemaglutinin Virus Campak Liar dan Virus Vaksin
5.
6.
7.
8.
9.
10.
11.
12.
13.
14.
15.
16.
17.
Gen Virol. 1978;39:219-29.
Rima BK. The proteins of morbilli viruses. J Gen Virol. 1983;
64:1205-19.
Griffin DE, Ward BJ, Esolen LM. Pathogesis of measles virus
infection: An hypothesis for altered immune responses. J Infec
Dis. 1994;170 (Suppl 1):S24-31.
Rose JW, Bellini WJ, McFarlin DE, McFarland HF. Human celluler
immune response to measles virus polypeptides. J Virol.
1984;49:988-91.
Norrby E, Enders-Ruckle G, ter Meulen V. Differnces in the
appearance of antibodies to structural component of measles
virus after immunization with inactivated and live virus. J Infect
Dis. 1975;132:262-9.
Bartz R, Brinckmann L, Dunster LM, Rima D, ter Meulen V,
Schaulies J. Mapping amino acids of the measles virus hemagglutinin responsible for reseptor (CD46) downregolation. Virology.
1996;334-7.
Bolt G, Pedersen IR, Blixenkrone-Moller M. Processing of Nlinked oligosaccharides on the measles virus glycoproteins: importance for antigenicity and for production of infectious virus
particles. Virus Res. 1999;61:43-51.
Masse N, Barrett T, Muller CP, Wild TF, Buckland R. Identification of a second major site for CD46 binding in the hemagglutinin protein from a laboratory strain of measles virus (MV):
potential comsequences for wild-type MV infection. J Virol. 2002;
76:13034-8.
Hu A, Sheshberandaran H, Norbby E, Kovamees J. Molecular
characterization of epitope on the measles virus hemagglutinin
protein. Virology 1993;192:351-4.
Tamin A, Rota PA, Wang Z, Heath JL, Anderson LJ, Bellini WJ.
Antigenic analysis of current wild type and vaccine strains of
measles virus. J Infect Dis. 1994;170:795-801.
Bellini WJ, Rota JS, Rota PA. Virology of measles virus. J Infct
Dis. 1994;170 (suppl.1):S15-23.
Wong TC, Ayata M, Ueda S, Hirano A. Role of biased
hypermutation in evolution of subacute sclerosing panencephlitis
virus from progenitor acute measles virus. J Virol. 1991;65:21919.
Taylor MJ, Godfrey E, Baczko K, ter meulen V, Wild TF, Rima
BK. Identification of several different lineages of measles virus.
J Gen Virol. 1991;72:83-8.
Litbangkes Depkes RI. Laporan hasil genotype virus campak
yang dikirim oleh WHO, 2002.
Maj Kedokt Indon, Volum: 59, Nomor: 2, Pebruari 2009
18. Komase K, Suzuki N, Nakayama T, Miki K, Kawanishi R, Fukuda
K. Genom sequence of measles virus. NCBI no. accession:
AB046218 (2001).
19. Coligan JE, Kruisbeek AM, Margulies DH, Shevach EM, Strober
W. Current Protocols in Immunology. Vol. I. National Institut of
Health: John Wiley & Sons; (1996).p.8.0.1-8.15.24.
20. Alkhatib G, Shen SH, Briedis D, Richardson C, Roder J. Functional analysis of N-linked glycosylation mutants of the measles
virus fusions protein synthesized by recombinant vaccinia virus
vectors. J Virol. 1994;68:1522-31.
21. Alkhatib G, Briedis DJ. The Primary structure of the measles
virus hemaggutinin. Virology. 1986;150:479-90.
22. Griffin DE. and Bellini WJ. Measles Virus. In: Fields Virology. 3rd
ed. Philadelpia-New York: Lippincott-Raven, 1996.p.1267-312.
23. Na BK, Lee JS, Shin GC, Shin JM, Lee JY, Chung JK, et al.
Sequence analysis of hemagglutinin and nucleoprotein genes of
measles virus isolated in Korea during the 2000 epidemic. Virus
Res. 2001;81:143-9.
24. Hu A, Zhang P, Liu X, Qi Y, Zou T, Xu Q. Characterization of a
region involved in binding of measles virus H protein and its
receptor SLAM (CD150). Biochem Biophs Res. 2004;316:698704.
25. Truong AT, Kreis S, Ammerlaan W, Hartter HK, Adu F, Omilabu
SA, et al. Genotype and antigenic characterization of hemaglutinin proteins of African measles virus isolates. Virus Res.
1999;62: 89-95.
26. Rota JS, Hummel KB, Rota PA, Bellini WJ. Genetic variability of
the glycoprotein gene of current wild-type measles isolates. Virology. 1992;188:135-42.
27. Li L, QiY. Novel amino acid position in hemagglutinin glycoprotein of measles virus is responsible for hemadsorption and CD46
binding. Arch Virol. 2002;147:775-86.
28. Tatsuo H, Ono N, Tanaka K, Yanagi Y. SLAM (CDw150) is a
cellular receptor for measles virus. Nature 2000;406:893-7.
29. Deroo S, El Kasmi KC, Fornier P, Fournier P, Theisen D, Brons
NHC, et al. Enhanced antigenicity of a four-contact-residue
epitope of the measles virus hemagglutinin protein by phage
display libraries: evidence of helical structure in the putative
active site. Molecular Immunol. 1998;35:435-43.
EV/MS
45