DNA NON INTI

DNA
NON INTI
18 Mei 2015
DNA Mitokondria (mtDNA)
DNA Mitokondria (mtDNA)
• mtDNA manusia terletak dalam matriks mitokondria
• mtDNA manusia berupa untai ganda berbentuk
sirkuler dengan urutan nukleotida sepanjang
16.569 pb
• Molekul mtDNA terdiri dari untai H dan untai L
• Sebagian besar mtDNA membawa gen yang
berfungsi dalam proses respirasi sel
Perbedaan mtDNA dengan DNA Inti
• mtDNA memiliki laju mutasi tinggi, 10-17 kali DNA
inti.
• mtDNA terdapat dalam jumlah banyak (lebih dari
1000 kopi) dalam tiap sel, sedangkan DNA inti
hanya berjumlah dua kopi.
• DNA inti merupakan hasil rekombinasi DNA kedua
orang tua sementara mtDNA hanya diwariskan dari ibu
(maternally inherited).
Genom mtDNA
• Besar genom pada mtDNA relatif kecil apabila
dibandingkan dengan genom DNA pada nukleus.
• Ukuran genom mtDNA pada tiap tiap organisme
sangatlah bervariasi.
• Pada manusia ukuran mtDNA adalah 16,6 kb,
sedangkan pada Drosophila melanogaster kurang
lebih 18,4 kb. Pada khamir, ukuran genom relatif
lebih besar yaitu 84 kb.
Keunggulan mtDNA
• Digunakan dalm bidang forensik dan menjadi
barang bukti di pengadilan Amerika dan Eropa
• Jumlah molekulnya mencapai ribuan dalam satu
sel  memungkinkan analisis dari sampel yang
sangat sedikit, misal: cairan tubuh, akar/batang
rambut, tulang&fosil tulang
Kelemahan mtDNA
• Kemungkinan menemukan kesamaan antar
individu yang relatif tinggi, terutama individu yang
terkait hubungan keluarga segaris ibu.
jadi menguntungkan bila yang dilakukan adalah
perunutan hubungan keluarga
DNA Kloroplas (chlDNA)
DNA Kloroplas (chlDNA)
• DNA kloroplas lebih besar dari mtDNA hewan
• Ukuran 80-600 kb
• Bentuk bundar/lingkaran, panjang sekitar 37-44
µm, ukuran dari berat molekul kira-kira 1x107
dalton
DNA Plasmid
DNA Plasmid
• Molekul DNA tambahan yang berada
kromosom (DNA ekstrakromosomal).
diluar
• Dapat melakukan replikasi tidak tergantung pada
kromosom dan mengendalikan replikasinya sendiri
(replikasi otonom) sehingga jumlah kopi molekul
DNA nya relatif konstan.
DNA Plasmid
• Plasmid hanya dimiliki oleh organisme prokariot dan tidak
dimiliki oleh organisme eukariot. Namun karena plasmid
merupakan DNA ekstrakromosomal, maka kromosom
otonom seperti pada mitokondria dan kloroplas pada sel
eukariot sebagian menganggap itu merupakan plasmid
karena kromosom sebenarnya terdapat pada inti.
• Plasmid bakteri secara umum berada di dalam sel sebagai
molekul DNA sirkular dengan penyesuaian yang sangat rapi,
berkaitan dengan bentuk supercoil dari DNA.
• Pada beberapa kasus, plasmid merupakan molekul yang
sangat kecil dengan panjang hanya beberapa kilobasa,
tetapi pada beberapa organisme, khususnya genus
Pseudomonas plasmid berukuran lebih dari beberapa ratus
kilobasa.
Contoh-Contoh Plasmid
Struktur Plasmid
1. Struktur linier
2. Struktur sirkuler (sebagian besar) : plasmid
ditemukan dalam bentuk DNA utas ganda
3. Struktur superkoil : menyebabkan DNA plasmid
berada dalam konformasi yang disebut lingkaran
tertutup kovalen
Struktur Plasmid
Aplikasi DNA Plasmid
Dewasa ini, plasmid telah diproduksi secara
komersil oleh sejumlah perusahaan untuk
digunakan sebagai vektor kloning. Agar dapat
digunakan sebagai vektor kloning, plasmid harus
memiliki beberapa kriteria, yaitu berukuran kecil,
relatif memiliki jumlah salinan yang tinggi (high
copy number), memiliki gen penanda seleksi dan
gen pelapor, serta memiliki situs pemotongan
enzim restriksi untuk memudahkan penyisipan
DNA ke dalam vektor plasmid.