Lect_07 DNA Non Inti 2016
advertisement
DNA NON INTI 1 Juni 2016 DNA Mitokondria (mtDNA) DNA Mitokondria (mtDNA) • mtDNA manusia terletak dalam matriks mitokondria • mtDNA manusia berupa untai ganda berbentuk sirkuler dengan urutan nukleotida sepanjang 16.569 pb • Molekul mtDNA terdiri dari untai H dan untai L • Sebagian besar mtDNA membawa gen yang berfungsi dalam proses respirasi sel Perbedaan mtDNA dengan DNA Inti • mtDNA memiliki laju mutasi tinggi, 10-17 kali DNA inti. • mtDNA terdapat dalam jumlah banyak (lebih dari 1000 kopi) dalam tiap sel, sedangkan DNA inti hanya berjumlah dua kopi. • DNA inti merupakan hasil rekombinasi DNA kedua orang tua sementara mtDNA hanya diwariskan dari ibu (maternally inherited). Genom mtDNA • Besar genom pada mtDNA relatif kecil apabila dibandingkan dengan genom DNA pada nukleus. • Ukuran genom mtDNA pada tiap-tiap organisme sangatlah bervariasi. • Pada manusia ukuran mtDNA adalah 16,6 kb, sedangkan pada Drosophila melanogaster kurang lebih 18,4 kb. Pada khamir, ukuran genom relatif lebih besar yaitu 84 kb. Keunggulan mtDNA • Digunakan dalam bidang forensik dan menjadi barang bukti di pengadilan Amerika dan Eropa • Jumlah molekulnya mencapai ribuan dalam satu sel memungkinkan analisis dari sampel yang sangat sedikit, misal: cairan tubuh, akar/batang rambut, tulang&fosil tulang Kelemahan mtDNA • Kemungkinan menemukan kesamaan antar individu yang relatif tinggi, terutama individu yang terkait hubungan keluarga segaris ibu. jadi menguntungkan bila yang dilakukan adalah perunutan hubungan keluarga DNA Kloroplas (chlDNA) DNA Kloroplas (chlDNA) • DNA kloroplas lebih besar dari mtDNA hewan • Ukuran 80-600 kb • Bentuk bundar/lingkaran, panjang sekitar 37-44 µm, ukuran dari berat molekul kira-kira 1x107 dalton DNA Plasmid DNA Plasmid • Molekul DNA tambahan yang berada kromosom (DNA ekstrakromosomal). diluar • Dapat melakukan replikasi tidak tergantung pada kromosom dan mengendalikan replikasinya sendiri (replikasi otonom) sehingga jumlah kopi molekul DNA nya relatif konstan. DNA Plasmid • Plasmid hanya dimiliki oleh organisme prokariot dan tidak dimiliki oleh organisme eukariot. Namun karena plasmid merupakan DNA ekstrakromosomal, maka kromosom otonom seperti pada mitokondria dan kloroplas pada sel eukariot sebagian menganggap itu merupakan plasmid karena kromosom sebenarnya terdapat pada inti. • Plasmid bakteri secara umum berada di dalam sel sebagai molekul DNA sirkular. • Pada beberapa kasus, plasmid merupakan molekul yang sangat kecil dengan panjang hanya beberapa kilobasa, tetapi pada beberapa organisme, khususnya genus Pseudomonas plasmid berukuran lebih dari beberapa ratus kilobasa. Contoh-Contoh Plasmid Struktur Plasmid 1. Struktur linier 2. Struktur sirkuler (sebagian besar) : plasmid ditemukan dalam bentuk DNA utas ganda 3. Struktur superkoil : menyebabkan DNA plasmid berada dalam konformasi yang disebut lingkaran tertutup kovalen Struktur Plasmid Aplikasi DNA Plasmid Dewasa ini, plasmid telah diproduksi secara komersil oleh sejumlah perusahaan untuk digunakan sebagai vektor kloning. Agar dapat digunakan sebagai vektor kloning, plasmid harus memiliki beberapa kriteria, yaitu berukuran kecil, relatif memiliki jumlah salinan yang tinggi (high copy number), memiliki gen penanda seleksi dan gen pelapor, serta memiliki situs pemotongan enzim restriksi untuk memudahkan penyisipan DNA ke dalam vektor plasmid.
