- Free Documents

BAB I PENDAHULUAN A.
Dasar Teori Isolasi DNA Sebelum membahas mengenai isolasi DNA, ada baiknya kita
sekilas membahas DNA itu sendiri. Deoxyribonucleic acid DNA merupakan senyawa kimia
yang paling penting dalam makhluk hidup. DNA merupakan senyawa yang mengandung
informasi genetik makhluk hidup dari satu generasi ke generasi selanjutnya. Keseluruhan
DNA dalam suatu sel akan membentuk genom. Genom meliputi bagian gen yang fungsional
maupun nonfungsional dalam sel organisme. DNA genom meliputi gen dan intergen
Campbell dkk. . DNA organisme prokariot dan eukariot mempunyai perbedaan bentuk.
Organisme prokariot memiliki DNA berbentuk sirkular, sedangkan organisme eukariotik
mempunyai DNA berbentuk linier. DNA eukariot terletak dalam inti sel, sedangkan DNA
prokariot terletak dalam sitoplasma. Struktur DNA pertama kali dijelaskan oleh James
Watson dan Francis Crick. Mereka memperoleh model DNA dari hasil foto difraksi sinar X
yang dibuat oleh Rosalind Franklin dan Maurice Wilkins. Watson dan Crick menyimpulkan
bahwa struktur DNA merupakan rantai ganda double helix. Untai ganda tersusun dari dua
rantai polinukelotida yang terpilin. Kedua rantai memiliki susunan antiparalel, yaitu satu
rantai berorientasi dari ujung ke sedangkan yang lain berorientasi ujung ke . Ujung
merupakan ujung yang berakhir dengan gugus fosfat dan ujung berakhir dengan gugus OH.
Kedua rantai dihubungkan dengan ikatan hidrogen yang memghubungkan kedua basa
nitrogen. Komponen nukleotida DNA adalah gula, fosfat, dan basa nitrogen. Komponen gula
pada DNA adalah gula deoksiribosa, yaitu gula ribose yang kehilangan satu atom oksigen.
Basa yang ada pada DNA ada dua macam, yaitu purin dan pirimidin. Purin terbagi lagi
menjadi dua macam, yaitu adenin dan guanin. Pirimidin terdiri dari dua jenis, yaitu timin dan
sitosin. DNA mempunyai fungsifungsi yang sangat penting bagi tubuh kita. Hal tersebut
dikarenakan DNA merupakan molekul kehidupan utama di dalam sel makhluk hidup.
Fungsifungsi tersebut adalah
Tempat menyimpan dan menyalurkan informasi genetik suatu makhluk hidup, Fungsi
heterokatalis, yaitu fungsi untuk melaksanakan pengaturan pembuatan molekulmolekul lain
yang penting dalam tubuh dan fungsi autokatalis, yaitu fungsi DNA untuk mereplikasi dirinya
sendiri. DNA eukariot tidak hanya dijumpai pada nukleus, tetapi dapat ditemukan pada
mitokondria dan kloroplas. DNA yang diisolasi dari kloroplas menunjukkan sifat berbentuk
sirkular, terdiri dari untai ganda, replikasi semikonservatif, dan bebas dari protein histon.
DNA kloroplas penting dalam proses fotosintesis. DNA juga dijumpai pada organisme
prokariotik. DNA prokariot mempunyai DNA ekstranuklear yang dinamakan plasmid. Plasmid
merupakan DNA yang tidak terlalu esensial bagi fungsi kehidupan bakteri, tetapi penting
dalam pengaturan siklus hidup dan perumbuhan dalam lokasi hidupnya. Kebanyakan
plasmid adalah sirkular dan tersusun dari beberapa ribu pasangan basa. Plasmid
mempunyai titik ori origin of replication sehingga mampu mereplikasi diri tanpa pengaturan
dari DNA kromosom. Replikasi dimulai dari titik ori hingga semua plasmid tereplikasi. Isolasi
DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari DNA. Prinsipnya ada dua, yaitu
sentrifugasi dan presipitasi. Sentrifugasi merupakan teknik untuk memisahkan campuran
berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul yang mempunyai berat molekul besar
akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada bagian atas
tabung. Hasil sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah, yaitu
supernatan pada bagian atas dan pelet pada bagian bawah Campbell dkk. . Presipitasi
merupakan langkah yang dilakukan untuk mengendapkan suatu komponen dari campuran.
Terdapat sejumlah tujuan dari isolasi DNA, antara lain Visualisasi DNA dengan elektroforesis
gel. Peninjauan pola fragmen DNA hasil pemotongan secara enzimatik melalui teknik
Hibridisasi Southern Isolasi DNA genomik dalam rangka pembuatan pustaka genomik.
Isolasi plasmid atau DNA fage dalam prosedur rutin peminakan DNA, Isolasi DNA yang
diperlukan sebagai cetakan template dalam prosedur perbanyakan DNA secara in vitro
melalui teknik PCR.
atau dalam praktikum kali ini hanya menggunakan nitrogen cair karena memiliki fungsi yang
sama dengan bufer ekstrak. Selanjutnya dilakukan penambahan buffer ekstrak yang
berfungsi untuk melisiskan membran sel dan membran fosfolipid bilayer. Pertama adalah
cara dalam menghomogenkan jaringan tanaman khususnya adalah dinding selnya. Hasilnya
didapatkan bahwa supernatan berwarna hijau sedangkan pelet berwarna putih kehijauan.
Kedua adalah komposisi dari larutan buffer yang ditambahkan dalam penggerusan jaringan
tanaman dan yang ketiga adalah penghilangan enzim penghambatpolisakarida. Selanjutnya
dilakukan sentrifugasi sampel dengan kecepatan rpm selama menit dalam suhu derajat C.
Tahapan yang dilakukan untuk mendapatkan DNA tanaman pisang adalah penggerusan
atau homogenasi daun pisang dengan penambahan nitrogen cair. Sebagai contoh dari
isolasi DNA tanaman adalah isolasi DNA tanaman pisang. hal ini dilakukan untuk
memisahkan debris dan komponen sel lain yang menjadi pengotor dengan DNA. Namun
pada intinya terdapat tiga faktor utama yang sangat penting untuk dalam melakukan
purifikasi dan ekstraksi DNA secara maksimal. Kemudian dilakukan inkubasi sampel dalam
water bath bersuhu derajat C selama menit. Hal ini dilakukan sampai didapatkan daun
tanaman pisang yang telah hancur.Setiap maksud penggunaan DNA yang beragam
membutuhkan persyarakan kualitas DNA yang berbeda. Kualitas DNA tersebut ditentukan
oleh halhal berikut Kemurnian Panjang DNA Kemampuan untuk dipotong oleh sembarang
enzim Tidak mengalami modifikasi kimiawi selama proses isolasi berlangsung Oleh sebab
itu. Hal ini dilakukan untuk optimalisasi kerja buffer ekstrak. yang disesuaikan untuk berbagai
maksud penggunaan dan kualitas minimum yang ingin dicapai. terdapat sejumlah teknik
isolasi DNA. Fungsinya adalah untuk mempermudah penggerusan dan menjaga agar DNA
tidak mengalami kerusakan. organ tanaman. maupun jaringannya dapat dilakukan dengan
berbagai cara. Supernatan yang telah diperoleh selanjutnya diambil dan ditambahkan
dengan larutan PhenolChloroformIsolamyl Alkohol PCI. Hal ini dilakukan untuk . Isolasi DNA
pada Tanaman Metode yang digunakan untuk mengisolasi DNA dari berbagai jenis
tanaman.
M Ammonium acetate.mengekstraksi DNA dari kontaminan. Hasilnya diketahui terbentuk
filamenfilamen DNA dalam larutan jernih tersebut. Chloroform Isoamilalkohol PCI . mM
EDTA. lipid dan molekul lain sepergi polisakarida sehingga diharapkan akan didapatkan
supernatan yang berisi DNA bebas kontaminan. CTAB memiliki fungsi yang sama seperti
SDS. Kemudian diambil supernatan pada lapisan paling atas dan ditambahkan larutan
ChloroformIsoamyl Alkohol untuk presipitasi lanjutan. Hal ini berfungsi sebagai penghilang
fenolkloroform. yaitu berfungsi sebagai pelarut lipid dari membran sel. Setelah pencampuran.
Setelah inkubasi selama semalam dengan etanol absolut dan amonium nitrat dan diketahui
filamen DNA selanjutnya dilakukan sentrifugasi kembali untuk mendapatkan . TE Buffer pH .
. Untuk memperoleh DNA dari daun tanaman pisang. hasil yang didapatkan adalah
supernatan dan pelet yang berada pada tiga lapisan lapisan atas berwarna hijau jernih. Pada
prosedur ekstraksi yang telah dilakukan ini digunakan fenolkloroform yang berfungsi sebagai
pendenaturasi protein. Kemudian kembali dilakukan vorteks dan sentrifugasi. lapisan tengah
berwarna hijau keruh dan pelet yang berwarna hijau tua. diperlukan bahan seperti nitrogen
cair atau buffer ekstrak CTAB. Etanol . mM TrisHCl pH. Sebab apabila fenolkloroform masih
berada di dalam sampel maka dikhawatirkan akan menghambat kerja enzimenzim restriksi
atau enzim lain yang digunakan untuk analisis molekuler.Etanol Absolut. homogenat tersebut
divorteks untuk optimalisasi homogenasi. Supernatan ditambahkan dengan amonium nitrat
dan etanol absolut untuk presipitasi lanjutan dan menghilangkan kontaminan. Sedangkan
DNA dan RNA tidak terdenaturasi karena molekul ini tidak larut didalam pelarut organik
seperti fenolkloroform. kemudian dilakukan pengambilan supernatan. Fenol merupakan
pelarut organik yang dapat melarutkan protein. SDS adalah sejenis deterjen yang mampu
mengemulsi lipid. Hasil yang didapatkan dari presipitasi CI akan terbentuk kembali
supernatan dan pelet pada eppendorf. Selanjutnya dilakukan presipitasi DNA dengan
menggunakan etanol. EDTA merupakan agen pengkelat yang dapat mengikat ionion logam
atau ionion bermuatan dipositif seperti Ca dan Mg sehingga komponenkomponen di
membran terluar sel akan terurai dengan terikatnya molekul yang biasanya mengikat.
Kemudian dilakukan inkubasi selama satu malam untuk optimalisasi presipitasi. M NaCl
steril. Selanjutnya dilakukan sentrofugasi homogenat dengan PCI tersebut dengan
kecepatan rpm selama menit dalam suhu derajat C. Fenol Chloroform IsoamylAlkohol PCI .
Kemudian dilakukan sentrifugasi sampai didapatkan pelet DNA Pelet DNA yang didapatkan
kemudian dikering anginkan. Gambar di bawah merupakan cara isolasi DNA pada bibit
gandum. Setelah supernatan dibuang.pelet DNA. selanjutnya ditambahkan etanol untuk
presipitasi lanjutan. .
trombosit. Darah merupakan jaringan ikat khusus yang mempunyai elemenelemen berupa
sel darah. Jika molekul yang bermuatan negatif dilewatkan melalui suatu medium.Isolasi
DNA pada Darah Isolasi DNA tak hanya bisa dilakukan untuk tanaman atau buahbuahan
saja. dan substansi interseluler cair. Disosiasi protein sel. ELEKTROFORESIS Elektroforesis
adalah teknik pemisahan komponen atau molekul bermuatan berdasarkan perbedaan tingkat
migrasinya dalam sebuah medan listrik. kemudian dialiri arus listrik dari suatu kutub ke kutub
yang . misalnya DNA yang bermuatan negatif. Teknik ini dapat digunakan dengan
memanfaatkan muatan listrik yang ada pada makromolekul. berikut cara kerjanya
Tahaptahap utama dalam isolasi DNA darah adalah Menghancurkan membran sel.
Pemisahan DNA dari komponen terlarut lainnya. Medan listrik dialirkan pada suatu medium
yang mengandung sampel yang akan dipisahkan. yaitu plasma darah. tapi juga bisa dari
darah.
Dalam hal ini. Elektroforesis gel merupakan salah satu teknik utama dalam biologi
molekular. viskositas. PCR. Gel yang digunakan biasanya merupakan polimer bertautan
silang crosslinked yang porositasnya dapat diatur sesuai dengan kebutuhan. Elektroforesis
gel biasanya dilakukan untuk tujuan analisis. E adalah medan listrik. konsentrasi elektrolit.
Pemisahan ini terjadi akibat adanya gradasi konsentrasi sepanjang sistem pemisahan.
molekulmolekul tersebut dipisahkan berdasarkan laju perpindahannya oleh gaya gerak listrik
di dalam matriks gel. atau oligonukleotida. pH.berlawanan muatannya maka molekul tersebut
akan bergerak dari kutub negatif ke kutub positif. RNA. namun dapat pula digunakan sebagai
teknik preparatif untuk memurnikan molekul sebelum digunakan dalam metodemetode lain
seperti spektrometri massa. Kecepatan gerak molekul tersebut tergantung pada nisbah
muatan terhadap massanya serta tergantung pula pada bentuk molekulnya. atau protein
dapat dipisahkan oleh medan listrik. tegangan yang digunakan. dibuat dengan konsentrasi
berbedabeda antara akrilamida dan zat yang memungkinkan pertautan silang crosslinker.
kloning. Untuk memisahkan asam . elektroforesis digunakan untuk memisahkan. Laju
perpindahan tersebut bergantung pada ukuran molekul bersangkutan. terutama ialah ionion
kompleks. Untuk memisahkan protein atau asam nukleat berukuran kecil DNA. dan
memurnikan fragmen DNA. menghasilkan jaringan poliakrilamida dengan ukuran rongga
berbedabeda. Pergerakan partikel dalam kertas tergantung pada muatan atau valensi zat
terlarut. q adalah muatan yang dibawa oleh objek. dan adsorpsivitas zat terlarut. Jenis
Elektroforesis Elektroforesis kertas adalah jenis elektroforesis yang terdiri dari kertas sebagai
fase diam dan partikel bermuatan yang terlarut sebagai fase gerak. Pergerakan ini dapat
dijelaskan dengan gaya Lorentz. Prinsip dasar teknik ini adalah bahwa DNA. atau
immunoblotting yang merupakan metodemetode karakterisasi lebih lanjut. sekuensing DNA.
RNA. mengidentifikasi. yang terkait dengan sifatsifat dasar elektris bahan yang diamati dan
kondisi elektris lingkungan F adalah gaya Lorentz. luas penampang. kekuatan ion. Secara
umum. gel yang digunakan biasanya merupakan gel poliakrilamida.
sampel molekul ditempatkan ke dalam sumur well pada gel yang ditempatkan di dalam
larutan penyangga. . protein didenaturasi dengan deterjen misalnya natrium dodesil sulfat.
dan listrik dialirkan kepadanya. Jika molekul sampel mengandung atom radioaktif.
quotMarkaquot atau penanda marker yang merupakan campuran molekul dengan ukuran
berbedabeda dapat digunakan untuk menentukan ukuran molekul dalam pita sampel dengan
mengelektroforesis marka tersebut pada lajur di gel yang paralel dengan sampel. satu lajur
merupakan arah pergerakan sampel dari quotsumurquot gel. arah pergerakan adalah
menuju elektroda positif. Molekulmolekul sampel tersebut akan bergerak di dalam matriks
gel ke arah salah satu kutub listrik sesuai dengan muatannya. zat seperti natrium hidroksida
atau formamida digunakan untuk menjaga agar asam nukleat berbentuk lurus.
autoradiogram gel tersebut dibuat. Setelah proses elektroforesis selesai.nukleat yang lebih
besar lebih besar dari beberapa ratus basa. Pitapita band pada lajurlajur lane yang berbeda
pada gel akan tampak setelah proses pewarnaan. Untuk menjaga agar laju perpindahan
asam nukleat benarbenar hanya berdasarkan ukuran yaitu panjangnya. gel yang digunakan
adalah agarosa dari ekstrak rumput laut yang sudah dimurnikan. disebabkan oleh muatan
negatif alami pada rangka gulafosfat yang dimilikinya. Etidium bromida. Dalam hal asam
nukleat. Pitapita yang berjarak sama dari sumur gel pada akhir elektroforesis mengandung
molekulmolekul yang bergerak di dalam gel selama elektroforesis dengan kecepatan yang
sama. perak. gel difoto di bawah sinar ultraviolet. Sementara itu. Pitapita pada lajur marka
tersebut dapat dibandingkan dengan pita sampel untuk menentukan ukurannya. Jarak pita
dari sumur gel berbanding terbalik terhadap logaritma ukuran molekul. Jika molekul sampel
berpendar dalam sinar ultraviolet misalnya setelah quotdiwarnaiquot dengan etidium
bromida. yang biasanya berarti bahwa molekulmolekul tersebut berukuran sama. Dalam
proses elektroforesis. dilakukan proses pewarnaan staining agar molekul sampel yang telah
terpisah dapat dilihat. SDS untuk membuat protein tersebut berbentuk lurus dan bermuatan
negatif. atau pewarna quotbiru Coomassiequot Coomassie blue dapat digunakan untuk
keperluan ini.
Berkas band mendatar merupakan sekumpulan DNA yang setiap kolomnya bergerak
dengan kecepatan berbeda. .Perangkat elektroforesis gel Hasil elektroforesis gel terhadap
hasil PCR menggunakan primer mikrosatelit. Semakin pendek DNA semakin cepat bergerak.
Gel poliakrilamid dan agarosa merupakan matriks penyangga yang banyak dipakai untuk
separasi protein dan asam nukleat. Kecepatan molekul yang bergerak pada medan listrik
tergantung pada muatan. Posisi molekul yang terseparasi pada gel dapat dideteksi dengan
pewarnaan atau autoradiografi. akar batang. Kehadiran kontaminasi di atas dapat
menghambat aktivitas enzim. Pada praktikum ini. bentuk dan ukuran. kami mencoba untuk
melakukan isolasi DNA dari tanaman dengan menggunakan jaringan tanaman yang
mengandung sedikit kontaminan di atas. Elektroforesis untuk makromolekul memerlukan
matriks penyangga untuk mencegah terjadinya difusi karena timbulnya panas dari arus listrik
yang digunakan. antara lain organ manusia. pigmen. darah. daun. DNA yang diisolasi dari
tanaman seringkali terkontaminasi oleh polisakarida dan metabolit sekunder seperti tannin.
alkaloid. kontaminasi tersebut sulit dipisahkan dari ekstrak asam nukleat. Banyak molekul
biologi bermuatan listrik .B. dan flavonoid. ataupun dilakukan kuantifikasi dengan
densitometer. Elektroforesis yang dibahas di bawah ini menggunakan matriks berupa gel
poliakrilamida PAGE polyacrilamida gel electrophoresis untuk separasi sampel protein. Pada
individu yang sama DNA yang diperoleh dari berbagai sumber akan memiliki jenis jumlah
dan ukuran yang sama. dan sisik ikan. kalus. daging buah. misalnya menggunakan daging
buah atau tanaman jenis sayuran. daging. Elektroforesis Elektroforesis merupakan proses
bergeraknya molekul bermuatan pada suatu medan listrik. Hal ini disebabkan karena
tanaman memiliki dinding sel yang kuat dan seringkali pada beberapa jenis tanaman.
Dengan demikian elektroforesis dapat digunakan untuk separasi makromolekul seperti
protein dan asam nukleat. misalnya DNA tidak sensitif oleh enzim retriksi dan mengganggu
proses amplifikasi DNA dengan PCR. Salah satu kesulitan isolasi DNA dari tanaman tinggi
adalah proses destruksi dinding sel untuk melepaskan isi sel. Latar Belakang Isolasi DNA
Pada dasarnya isolasi DNA dapat dilakukan dari berbagai sumber.
mengkarakterisasi dan purifikasi dari molekul DNA atau RNA. Elektroforesis Untuk
memisahkan.yang besarnya tergantung pada Ph dan komposisi medium dimana molekul
biologi tersebut terlarut. sekuensing DNA. molekulmolekul tersebut dipisahkan berdasarkan
laju perpindahannya oleh gaya gerak listrik di dalam matriks gel. molekul biologi yang
bermuatan positif akan bermigrasi ke elektroda negatif dan sebaliknya. kloning. Laju
perpindahan tersebut bergantung pada ukuran molekul bersangkutan. C. Memahami prinsip
kerja dalam Isolasi DNA tanaman Memahami cara kerja senyawa yang digunakan untuk
mengisolasi DNA. Elektroforesis Prinsip dasar teknik ini adalah bahwa DNA. Bila berada
dalam suatu medan listrik. Prinsip inilah yang dipakai dalam elektroforesis untuk
memisahkan molekul molekul berdasarkan muatannya. Dan DNA yang dihasilkan akan
dielektroforesis dan juga di amplifikasi di PCR. RNA. . PCR. Prinsip Kerja Isolasi DNA
Prinsip dasar dari isolasi DNA adalah pendenaturasian protein yang masih menempel pada
kromosom oleh kloroform. Dalam hal ini. namun dapat pula digunakan sebagai teknik
mmunetive untuk memurnikan molekul sebelum digunakan dalam metodemetode lain seperti
spektrometri massa. mengidentifikasi. atau mmuneblotting yang merupakan metodemetode
karakterisasi lebih lanjut. Elektroforesis gel biasanya dilakukan untuk tujuan analisis. atau
protein dapat dipisahkan oleh medan listrik. Tujuan Isolasi DNA Melakukan isolasi DNA dari
berbagai tanaman. D.
Buah Stroberi . SDS . Langkah Kerja . mM EDTA. Saringan . Tabung . mM NaCl. Gelas
kimia . ml daging buah yang telah dihaluskan sebanyak . ml atau l. .CTAB . Mikropipet
berbagai ukuran .BAB II METODE KERJA A. Penangas . Tips mikropipet berbagai ukuran .
Vorteks . Mengambil daging buah sebanyak gram. Pipet berukuran . . . pH . ml . Potasium
asetat M . . Menampung daging buah yang telah halus. Mini sentrifuga . Kloroform Isoamil
alkohol . CTAB B. Alat dan Bahan Alat . TE mM TrisHCl. mM EDTA pH . Alkohol pa .
Blender/Lumpang Bahan . Memasukan ke dalam tabung . Menghancurkan daging buah
dengan menggunakan blender. Buffer ekstraksi mM TrisHCl. Sendok .
.Menghomogenkan sampel dengan cara membolakbalik tabung sebnayak x. jangan sampai
endapan terbawa. . rpm selama menit. .Menambahkan kloroform Isomil alcohol sebanyak x
volume total sampel.Menyimpan dalam wadah berisi es selama menit. rpm selama
menit.DNA yang diperoleh akan di elektroforesis dan juga di amplifikasi dengan alat
PCR.Membuang alcohol dengan hatihati.Menghomogenkan dengan cara membolakbalikan
tabung sebanyak x. . atau hingga endapan mongering. Menambahkan l M Potasium
asetat.Mensentrifuga sampel pada kecepatan . . .Menyimpan sampel pada suhu C. . .
.Memindahkan fasa atas kedalam tabung baru. agar endapan DNA tidak
terbuang.Menambahkan alcohol C sebanyak minimal x volume total sampel. . . . ml yang
baru. Inkubasikan dalam penangas air pada suhu C selama menit. . . kemudian keringkan
sampel pada oven dengan suhu C selama menit.Cuci dengan alcohol x. Menambahkan SDS
sebanyak l. biarkan minimal selama jam agar DNA dapat terlarut dengan
sempurna.Mensentrifuga sampel pada kecepatan . . . . .Mensentrifuga sampel pada
kecepatan . rpm selama menit. Menambahkan buffer ekstraksi sebanyak x volume total
sampel. . Menghomogenkan dengan alat vortex selama detik.Pindahkan fasa atas ke dalam
tabung . .Melanutkan endapan DNA denan TE sebanyak l. .
ml daging buah strobery yang telah dihaluskan dimasukan ke dalam tabung. Sedangkan
prinsipprinsip dalam melakukan isolasi DNA yaitu sentrifugasi dan presipitasi. Isolasi DNA
memiliki beberapa tahapan. pengekstraksian dalam larutan. purifikasi. Prinsip utama
sentrifugasi adalah memisahkan substansi berdasarkan berat jenis molekul dengan cara
memberikan gaya sentrifugal sehingga substansi yang lebih berat akan berada di dasar.
Pada praktikum kali ini kami melakukan teknik isolasi DNA pada daging buah dari tumbuhan
stroberry. sedangkan substansi yang lebih ringan akan terletak di atas.BAB III HASIL DAN
PEMBAHASAN A. dan presipitasi. pelisisan dinding dan membran sel. Hasil Pengamatan
Marker DNA DNA DNA Elektroforesis Agarose Hasil Isolasi DNA Buah Stroberry B.
Pembahasan Isolasi DNA bertujuan untuk mengenal dan mempraktekkan teknik dalam
melakukan isolasi DNA dari tanaman dan DNA jaringan / sel hewan. kemudian ditambahkan
buffer ekstraksi dan sodium dodesil sulfat SDS. Pada praktikum yang kami lakukan setelah
sebanyak . penambahan larutan tersebut berfungsi sebagai . yaitu isolasi jaringan.
Potasium asetat ini jika berikatan dengan protein mengakibatkan terbentuknya senyawa
baru yang memiliki kelarutan yang lebih rendah. dan listrik dialirkan kepadanya.
Elektroforesis DNA merupakan teknik untuk memisahkan sampel DNA berdasarkan atas
ukuran berat molekul dan struktur fisik molekulnya. Sampel molekul ditempatkan ke dalam
sumur well pada gel yang ditempatkan di dalam larutan penyangga. kemudian divortex yang
bertujuan untuk menghomogenkan larutan. Lalu larutan diinkubasi untuk mengoptimalkan
kerja enzim yang sangat dipengaruhi oleh temperatur. DNA akan tampak sebagai butiran
putih kecil. Kemudian tabung dihomogenkan hingga terlihat adanya benangbenang putih
DNA yang membentuk gumpalan. dan purifikasi DNA.larutan pelisis yang dapat melisis
dinding sel dan mendenaturasi protein. Penambahan kloform isoamil asetat berfungsi untuk
mendenaturasi protein yang masih menempel pada kromosom. sedangkan partikelpartikel
bermuatan positif kation akan bergerak menuju kutub negatif anode Klug amp Cummings A.
Setelah itu disentrifuge. Selanjutnya butiran DNA genom dicuci dengan penambahan
alkohol. Prinsip kerja dari elektroforesis berdasarkan pergerakan partikelpartikel bermuatan
negatif anion. sehingga menyebabkan protein mengendap. dan supernatan dibuang. Molekul
. Dari hasil yang kami dapatkan mengenai isolasi DNA ini. yang bergerak menuju kutub
positif anode. sampai pada tahap akhir kami melihat DNA buah stroberry dapat diisolasi
dengan terbentuknya benangbenang putih DNA yang membentuk gumpalan. Pada
praktikum ini digunakan gel agarose untuk memisahkan separation. Pada prkatikum
selanjutnya kami mengetahui proses elektroforesis DNA melalui demonstrasi yang
disampaikan dan melihat hasil elektroforesis DNA tersebut dengan bantuan sinar UV. dalam
hal tersebut DNA. kemudian disentrifuge dan supernatannya dibuang. Selanjutnya tabun
dihomogenkan dengan vorteks agar campuran larutan dapat menyatu dengan ekstrak
daging buah. Gel aagrose yang telah ditambahkan Etidium bromida EtBr dituangkan ke
dalam cetakan gel dan dibiarkan mengeras. Proses selanjutnya yaitu pemberian Potasium
asetat tahap presipitasi. Lalu alkohol dibuang denga hatihati agar endapan butiran DNA tidak
ikut terbuang. Sampel DNA bisa dimasukkan loading dalam sumur well gel yang kemudian
bisa terpisah dengan menggunakan arus listrik.
Dengan membandingkan masingmasing fragmen/ pita dengan posisi pada pada DNA
marker dapat diketahui Perkirakan ukuran masingmasing fragmen/pita tersebut. Berikut ini
gambaran hasil pengamatan dari tiap tahapan Potasiu m asetat Samp el T. jumlah lapisan
pada setiap tahapan isolasi DNA. Jawab Pertanyaan Isolasi DNA . el T. Samp el Samp el T.
Alkoho l Samp el Gumpala n DNA T. Dari pengamatan yang dilakukan kami melihat
terbentuknya pitapita DNA yang terdiri atas beberapa line dengan nomor sumuran dan jenis
sampelnya. Tulis dan gambarkan tabung hasil pengamatan pada setiap tahapan Jawab
Secara umum jenis larutan yang digunakan pada proses isolasi DNA berwarna bening. SD
Samp S T. Amati warna larutan. C. . T. warna endapan. T.molekul sampel tersebut akan
bergerak di dalam matriks gel ke arah salah satu kutub listrik sesuai dengan muatannya.
Hasil elektroforesisi ini dapat diamati dengan bantuan sinar UV. T. T. T. Samp el Buffer
Ekstraksi Samp el Klorofom isoamil alkohol T.
com/forensicscience/dnaisolationmethods b. Ethylenediaminetetraacetic acid EDTA.
sehingga menghambat kerja enzim nuklease. Jelaskan apa fungsi senyawasenyawa yang
digunakan dalam proses isolasi DNA Jawab Senyawa yang digunakan dalam proses isolasi
DNA yaitu a. Tahap kerja nomor menambahkan alkohol sebanyak x volume total sampel
atau sebanyak l. . . Sumber http//www. Buffer ekstraksi yang mengandung TrisHcl
Thromethamine HCl dan NaCl yang berfungsi sebagai buffer untuk menjaga pH .enotes.
Hitunglah jumlah senyawa yang dimasukkan pada tahapan kerja nomor . dan Jawab Tahap
kerja nomor menambahkan buffer ekstraksi sebanyak x volume sampel atau sebanyak .
Sodium dodecyl sulfate SDS yang merupakan detergen untuk melisis dinding sel dan
mendenaturasi protein.. yang dapat mengikat ion metal. Selain itu NaCl berfungsi untuk
menjaga struktur double helix DNA. l. Tahap kerja nomor menambahkan campuran klorofom
dengan isoamil alkohol sebanyak volume total sampel atau sebanyak l.
Hexadecyltrimethylammonium bromide CTAB untuk menghilangkan polisakarida. .
Sumber http//www. Alkohol untuk menggumpalkan DNA yang telah lepas dari
sel.c.methodbook. Kloroform isoamil alkohol untuk memdenaturasi protein pada
kromosom.com/howdoesdnaelectrophoresismethod. e. . Sumber http//www. Etidium bromida
akan berikatan dengan bagian basa dari DNA dan menyebabkan transmisi sinar UV menjadi
dapat dilihat. Coba sebutkan manakah yang disebut DNA pada hasil elektroforesis Anda
Jawab DNA pada hasil elektroforesis yaitu bagian pita yang berwarna putih dari gambar. d.
DNA yang telah berikatan dengan etidium bromida akan berpendar pada saat disinari oleh
UV. Potasium assetat merupakan senyawa pengikat debris sel dan protein untuk
membentuk senyawa kompleks dengan CTABPotassium asetatproteindebris sel.ehow.
Mengapa DNA anda hanya dapat diamati dengan bantuan sinar UV Jelaskan Jawab
Ultraviolet digunakan untuk mengecek keberadaan DNA hasil elektroforesis. Elektroforesis
.html .net/dna/agarogel. Apakah etidium bromide Bagaimana cara kerja etidium bromide
dalam proses pewarnaan DNA Jawab Etidium bromida merupakan zat pewarna DNA yang
akan menyebabkan fluoresensi DNA saat disinari oleh UV.html .
.BAB IV KESIMPULAN Isolasi DNA Isolasi DNA dapat dilakukan dengan tahapan yang telah
disebutkan sebelumnya. Pada setiap tahapan digunakan berbagai jenis larutan.
Tahapantahapan pada isolasi DNA bertujuan untuk mengeluarkan DNA dari dalam inti sel
tanpa adanya zat lain selain DNA. Buffer ekstraksi yang mengandung TrisHcl
Thromethamine HCl dan NaCl yang berfungsi sebagai buffer untuk menjaga pH . Selain itu
NaCl berfungsi untuk menjaga struktur double helix DNA. yaitu a. yang pada akhir proses
isolasi dapat terlihat gumpalan DNA tersebut.
Potasium assetat merupakan senyawa pengikat debris sel dan protein untuk membentuk
senyawa kompleks dengan CTABPotassium asetatproteindebris sel. Pita DNA hasil
elektroforesis dapat dilihat melalui penyinaran dengan menggunakan sinar UV. sehingga
menghambat kerja enzim nuklease. dimana potongan kecil tersebut akan berjalan lebih
cepat menuju elektroda positif dibandingkan potongan DNA yang lebih besar. Kloroform
isoamil alkohol untuk memdenaturasi protein pada kromosom. Hexadecyltrimethylammonium
bromide CTAB untuk menghilangkan polisakarida.enotes. e. Ethylenediaminetetraacetic acid
EDTA. yang dapat mengikat ion metal. c. Elektroforesis Elektroforesis merupakan metode
yang dapat digunakan untuk mengidentifikasi dan memisahkan DNA menurut berat jenisnya.
Sodium dodecyl sulfate SDS yang merupakan detergen untuk melisis dinding sel dan
mendenaturasi protein.com/forensicscience/dnaisolationmethods b. DNA memiliki muatan
negatif sehingga akan bergerak menuju elektroda positif saat di elektroforesis. d. Apabila pita
hasil elektroforesis semakin luas menandakan DNA telah menjadi potonganpotongan kecil.
Sumber http//www. karena adanya etidium bromida sebagai pewarna DNA yang
menyebabkan flouresensi . Alkohol untuk menggumpalkan DNA yang telah lepas dari sel.
LAMPIRAN GAMBAR Vortex penyimpanan di dalam es Hasil isolasi DNA .
wikipedia.wikipedia.macnature.enotes.org/nobelprizes/chemistry/laureates//illpres/pcr.org/wik
i/Elektroforesisgel
http//id.edu/Outreach/posterhandoutcollection/dnaextractionhandout.biotech.com///isolasidna
referensiterpercaya.com////isolasidna/ http//www.com/forensicscience/dnaisolationmethods
.com/ http//id.com/cultur
e/health/electrophoresisgel.blogsome.blogspot.org/wiki/Elektroforesis http//id.gif
http//isolasidna.wisc.siumed.jpg www.html http//www.jpg
http//nobelprize.http//clearlyexplained.org/wiki/Biologimolekular http//www.wikipedia.edu
Polyacrylamide Gel Electrophoresis PAGE Ultraviolet transiluminator Penyinaran hasil
elektroforesis DNA di bawah sinar UV DAFTAR PUSTAKA http//biologi.
net/dna/agarogel.com/howdoesdnaelectrophoresismethod.methodbook.html
.http//www.ehow.html http//www.