Aspek Umum Molekul Enzim

Tata Nama Enzim
• Biasanya diberi akhiran –ase pada nama
substrat atau reaksi yang dikatalisis
• Contoh:
Alkohol dehidrogenase: oksidasi alkohol
Urease: hidrolisis urea
DNA polimerase: polimerisasi nukleotida
Protease: hidrolisis peptida
Metiltransferase: transfer gugus metil
• Bagaimana dengan?
Katalase: reaksi H2O2 menjadi H2O dan O2
Tripsin: Protease, Endopeptidase
• PERLU ADA ATURAN PERLU CARA
SISTEMATIS UNTUK MEMBERI NAMA DAN
KLASIFIKASI ENZIM
• International Union of Biochemistry dan
Molecular Biology (IUBMB)
3196
2477
712
Prinsip Penamaan
• Enzim dikelompokkan dan diberi nama menurut reaksi yang
dikatalisisnya.
• Hanya merujuk pada perubahan reaksi kimia yang disebabkan
oleh enzim.
• Mekanisme reaksi tidak dimasukkan dan juga gugus prostetik
atau kofaktor tidak masuk dalam nama.
• http://www.chem.qmw.ac.uk/iubmb
• Enzim mempunyai nama sistematis dan nama
trivial.
• Nama trivial: lebih pendek, mudah dan sering
digunakan
Tata Nama
• Menurut Enzyme Commission (1961), enzim
dibagi atas enam kelas tergantung pada reaksi
yang dikatalisis.
• E.C.a.b.c.d
–
–
–
–
a. Kelas enzim
b. subkelas enzim
c. Sub-sub kelas enzim
d.Sub-sub-sub kelas enzim
• Pengelompokan tidak berdasarkan urutan asam
amino, struktur tiga dimensi dan juga tidak
berdasarkan mekanisme reaksi
Klasifikasi Enzim
•
•
•
•
•
•
Oksidoreduktase
Transferase
Hidrolase
Liase
Isomerase
Ligase
Oksidoreduktase
• Mengkatalisis transfer atom H, O atau elektron dari satu substrat ke
yang lain.
• Digit kedua: Hidrogen atau donor elektron
 1. Alkohol
 2. Aldehid atau keton
 3. CH-CH
 4. Amin primer
 5. Amin sekunder
 6. NADH atau NADPH
• Digit ketiga: Hidrogen atau akseptor elektron
 1. NAD+ atau NADP+
 2. Fe 3+
 3. O2
 99. Akseptor lain
Oksidoreduktase
• Nama sistematik ditulis menurut: donor:akseptor oksidoreduktase
– EC. 1.1.1.1
– Nama Sistematik: Alkohol:NAD+ oksidoreduktase
– Nama Trivial: Alkohol dehidrogenase
(Nama trivial: Oksidase, transfer H ke O2; dan dehidrogenase, untuk
transfer H ke akseptor selain O2)
Transferase
• Katalisis transfer gugus fungsi khusus seperti metil, asil,
amino, glikosil, atau fosfat dari satu senyawa ke senyawa lain.
AX + B
BX + A
• Nama berakhiran X-Transferase, X adalah gugus yang
ditransfer.
• Nama sistematik ditulis menurut:
Donor:akseptor gugus transferase
• Digit kedua merupakan gugus yang ditransfer
–
–
–
–
–
1. satu gugus karbon
2. Gugus Aldehid atau keton
3. Gugus Asil
4. Gugus glikosil
7. Gugus fosfat
• Digit ketiga: menjelaskan lebih lanjut gugus yang
ditransfer
– E.C.2.1.1: metiltransferase
– E.C.2.1.2: hidroksimetiltransferase
– E.C.2.1.3: karboksil atau karbamoil transferase
• E.C.2.7.1: fosfotransferase dengan gugus
alkohol sebagai akseptor
• E.C.2.7.2: Fosfotransferase dengan gugus
karboksil sebagai akseptor
• E.C.2.7.3: fosfotransferase dengan gugus
nitrogen sebagai akseptor
• Fosfotransferase mempunyai nama trivial
dengan akhiran kinase
Hidrolase
• Mengkatalisis reaksi hidrolis
A-X + H2O
•
•
•
•
•
•
•
X-OH + HA
Digit kedua: Jenis ikatan yang dihidrolisis
1. ester
2. glikosidik
4. peptida
5. C-N selain peptida
Digit ketiga: menjelaskan lebih lanjut jenis ikatan yang dihidrolisis
Nama substrat diberi akhiran –ase. Nama sistematik selalu mengikuti
hidrolase.
•
•
•
•
E.C.3.1.1. Ester karboksilat
E.C.3.1.2. Ester tiol
E.C.3.1.3 Monoester fosfat
E.C.3.1.4 Diester fosfat
Liase
• Mengkatalisis pemutusan ikatan C-C, C-O, C-N, C-S.
• Nama sistematik ditulis menurut substrat gugus liase.
• Nama trivial, misalnya dekarboksilase, aldolase,
dehidratase (eliminasi CO2, aldehid, dan air).
• Digit kedua: ikatan yang diputus
–
–
–
–
1. C-C
2. C-O
3. C-N
4. C-S
• Digit ketiga: gugus yang dihilangkan. Untuk C-C
liase
– 1. gugus karboksil
– 2. gugus aldehid
– 3. gugus asam keto
Isomerase
• Mengkatalisis penataan struktur atau geometri dalam molekul.
• Enzim diklasifikasikan menurut jenis reaksi yang terlibat.
• Digit kedua: Jenis Reaksi




1. Rasemisasi atau epimerisasi
2. Isomerisasi cis-trans
3. Oksidoreduktase intramolekul
4. Reaksi transfer intramolekul
• Digit Ketiga: jenis molekul yang mengalami isomerisasi
 1. asam amino
 2. asam hidroksi
 3. Karbohidrat
Ligase
• Mengkatalisis pembentukan ikatan baru, disertai dengan
hidrolisis ATP atau nukleosida trifosfat lainnya.
X + Y + ATP
X-Y + ADP + Pi
• Nama sistematik X:Y ligase
• Digit kedua: jenis ikatan yang dibentuk




1. C-O
2. C-S
3. C-N
4. C-C
• Digit ketiga: menjelaskan lebih lanjut ikatan
yang dibentuk
• E.C. 6.3.1 asam-amonia ligase (amida, sintase)
• E.C. 6.3.2 asam-asam amino ligase (peptida,
sintase)
Contoh
• ATP + D-glukosa
phosphate
ADP + D-glucose 6-
• Nama Sistematis: ATP:glucose
phosphotransferase
• Nama yang Direkomendasi (trivial): Heksokinase
• EC number: 2.7.1.1
 (2) transferase
 (7) phosphotransferase
 (1) gugus hidroksil sebagai akseptor
 (1) nomor seri yang diberikan secara acak
Enzyme Data Base
• EXPASY (Expert Protein Analysis System)
http://www.expasy.ch/
• The Comprehensive Enzyme information
system http://www.brendaenzymes.org/index.php3
• KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and
Genomes http://www.genome.jp/kegg