Struktur Populasi Genetik Ikan Kerapu Sunu, Plectrophomus

Aquacultura Indonesiana (2006) 7 (2) : 69–76
ISSN 0216–0749 (Terakreditasi SK Nomor : 55/DIKTI/Kep/2005)
Struktur Populasi Genetik Ikan Kerapu Sunu, Plectrophomus leopardus Dari
Perairan Indonesia
Gusti Ngurah Permana1), Jhon H. Hutapea1), Haryanti1) dan K. Sugama2)
1) Balai Besar Riset Perikanan Budidaya Laut, Gondol PO Box 140 Singaraja, Bali
Telp. 0362-92278; Fax. 0362-92272; e-mail: [email protected]
2) Pusat Riset Perikanan Budidaya, Jl. Ragunan 20 Pasar Minggu Jakarta Selatan 12540
Naskah Diterima : 10 Februari 2006; Diterima Publikasi : 10 April 2006
Abstract
Gusti Ngurah Permana, Jhon H. Hutapea, Haryanti and K. Sugama. 2006. Genetic population structure of
coral trout, Plectrophomus leopardus from indonesian coastal waters. Aquacultura Indonesiana, 7 (2) : 69–76.
Genetic population structure at 23 loci were examined of coral trout, Plectrophomus leopardus. This research aimed
to find out genetic population structure and evaluate broodstocks genetic variation of coral trout, P. leopardus.
Samples were collected from ten sites on Indonesia coastal waters. The result clearly showed that there are
significantly difference in allele frequency and percentage of polymorphism in each population. Allelic variation at
three polymorphic loci was high, gene diversity (heterozygosity) ranged from 0.602 to 0.930 and allelic counted
from 10 to 24. Genetic differentiation among collection sites were very weak with FST = 0.002 for four population
groups and the population with a separated genetic distance was from Tanjung Pinang population (Riau islands)
(FST = 0.001).
Keywords : Enymes; Genetic distance; Coral trout (Plectrophomus leopardus); Genetic variation
Abstrak
Struktur populasi genetik dianalisis dari 23 lokus pada ikan kerapu sunu, P. leopardus. Tujuan dari penelitian
ini adalah untuk mengetahui struktur populasi genetik dari ikan kerapu sunu di alam dan untuk mengevaluasi dari
variasi genetik calon induk ikan kerapu sunu untuk keperluan perbenihan. Sampel diperoleh dari 10 lokasi di
perairan indonesia. Hasil dari penelitian ini adalah adanya perbedaan yang sangat nyata pada frekuensi alel dan
prosentase lokus polimorfik pada setiap populasi sampel. Variasi alel pada tiga lokus polimorfik adalah tinggi,
varisi genetik yang ditunjukkan dari nilai heterosigositas mempunyai kisaran 0,602–0,930 dan jumlah alel dari 10–24
alel yang diketemukan. Perbedaan genetik antar populasi sampel sangat lemah dengan FST = 0,002 pada 4 group
populasi dan populasi dengan jarak genetik terpisah adalah populasi dari Tanjung pinang (kepulauan Riau).
Kata kunci : Enzim; Jarak genetik; Kerapu sunu (Plectrophomus leopardus); Variasi genetik
Pendahuluan
Ikan kerapu sunu, coral trout
(Plectropomus leopardus) merupakan salah satu
kandidat spesies yang mempunyai nilai ekonomis
penting dalam akuakultur. Sebagai ikan demersal
dan komoditas eksport juga konsumsi lokal umumnya
pasokan utamanya berasal dari alam. Pembenihan
ikan kerapu sunu masih belum berkembang dengan
baik dan hanya mengandalkan hasil tangkapan di
alam, sementara itu ketersediaan benih di alam
sangat bergantung musim.
Tingginya permintaan akan pasokan benih
untuk budidaya menyebabkan eksploitasi benih ikan
ini di alam semakin meningkat sehingga populasi ikan
ini di perairan Indonesia semakin menurun, oleh
sebab itu pembenihan ikan ini sangat perlu dilakukan
untuk mengantisipasi ketersediaan benih yang
memadai. Upaya ini perlu dilakukan dengan tujuan
untuk menjaga kelestarian ikan kerapu sunu dalam
mendukung pembesaran, sea ranching dan stock
enhancement. Informasi dasar dan data (unit
stock) sangat dibutuhkan dalam mendukung
keberhasilan suatu pembenihan. Dalam
pengembangan akuakultur tidak adanya informasi
tentang aspek-aspek genetik induk akan berakibat
fatal dan dapat berpengaruh terhadap kualitas dan
kuantitas benih yang dihasilkan. Penentuan unit
 Hak cipta oleh Masyarakat Akuakultur Indonesia 2006
69
Aquacultura Indonesiana, Vol. 7, No. 2, Agustus 2006 : 69–76
populasi berdasarkan konsep genetika
populasi akan memberikan asumsi yang lebih akurat
tentang variasi genetik dari sumber induk yang
dipergunakan dalam pembenihan dan juga dengan
adanya parameter genetik yang akurat akan
memudahkan dalam strategi breeding. Penelitian
ini bertujuan untuk mengetahui variasi genetik
populasi dari ikan kerapu sunu, P. leopardus. dari
alam.
Hasil penelitian ini diharapkan dapat menjadi
informasi dasar dalam manajemen pembenihan dan
sebagai salah satu upaya untuk menghindari
terjadinya inbreeding pada generasi berikutnya.
Data yang diperoleh dapat digunakan sebagai
indikator dan marker genetic untuk
mempertahankan atau bahkan meningkatkan
variasi genetik dari hasil pembenihan ikan kerapu
sunu (P. leopardus).
Sugama (1990). Empat belas enzim dianalisis untuk
mengetahui variasi genetik populasi dari ikan kerapu
ini. Enzim-enzim tersebut terbagi dari grup NAD
(nicotine adenine diamnine) : ADH (alcohol
dehydrogenase), MDH (malate dehydrogenase),
-GPD (-glycerol phosphate dehydrogenase),
LDH (lactate dehydrogenase), XDH (xanthine
dehydrogenase), SDH (sorbitol dehydrogenase),
sedangkan dari grup NAD-P (nicotine adenine
diamnine
phosfat):
IDH
(isocitrate
dehydrogenase), 6-PGD (6-phosphogluconate
dehydrogenase), ME (malic enzyme), GPI
(glucose phosphate isomerase), PGM
(phosphoglucomutase),
MPI
(mannosephosphate isomerase) dan yang lainnya
adalah SP (sarcoplasmic protein) dan EST
(esterase). Pewarnaan enzim mengikuti prosedur
yang dikembangkan oleh Shaw dan Prasad (1970).
Materi dan Metode
Analisis Data
Sampel dan Allozymes Analisis
Sampel diambil dari beberapa perairan di
wilayah perairan Indonesia. Data sampling
selengkapnya dapat dilihat pada (Tabel 1). Jaringan
sampel yang dipergunakan adalah daging (muscle),
hati (liver), jantung (heart) dan mata (eyes).
Bahan kimia yang dipergunakan untuk analisis
adalah hydrolyzed potatoes starch (S-4501),
MgCl2 1M, KCN 0,1 N, buffer tris citric acid pH
8 (TC-8) dan citric acid-aminopolymorpholine
pH 7 (CAPM-7), acetic acid 7%, fast blue
marker. Horizontal starch gel electrophoresis
digunakan mengikuti prosedur dari Taniguchi dan
Lokus dan penamaan alel sesuai dengan
yang dijelaskan oleh Shaklee et al. (1990). Multiple loci yang mengkode pada suatu enzim
dipisahkan dipisahkan dengan laju migrasi terjauh
diberikan nama lokus pertama. Lokus dengan
migrasi yang paling cepat diberikan angka 1.
Penamaan alel bedasarkan laju migrasi pita yang
dianggap sebagai alel umum dengan asumsi sebagai
paling sering muncul bisanya diberi nama allele 100.
Selanjutnya data yang diperoleh digunakan untuk
mengkalkulasi beberapa parameter dari struktur
populasi genetik termasuk prosentase dari
polimorfisme (Leary dan Booke, 1990), rata-rata
heterosigositas, jarak genetik (Nei, 1978), genetic
similarity atau dissimilarity (Nei, 1972) dan variasi
Tabel 1. Rata-rata dan kisaran panjang standar (mm) dan berat (g) ikan kerapu sunu (P. leopardus) dari perairan
Indonesia
No.
Lokasi
Tanggal
sampel
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
10.
Poteere, Sulawesi Selatan
P. Keong, Nusa Tenggara Barat
Lab. Bajo, Nusa Tenggara Timur
Situbondo, Jawa Timur
Pulau Sirai, Kep. Riau
Kep. Karimunjawa, Jawa Tengah
Ujung kulon, Jawa Barat
Maluku, Ambon
Manado, Sulawesi Utara
Gorontalo
Juni 2000
Januari 1999
Februari 2000
Juni 2000
Mei 2003
Juli 2003
Oktober 2003
Februari 2004
April 2004
Maret 2004
70
Nomor
sampel (n)
50
40
40
40
30
31
21
30
32
40
Berat (g)
rataan± SE
Panjang standar
rataan± SE
420,65 ± 12,62
400,18 ± 8,70
370,43 ± 8,58
470,78 ± 9,68
261,50 ± 8,70
345,35 ± 9,50
252,00 ± 8,68
124,00 ± 773,9
923,60 ± 568,0
345,05 ± 4,50
1117,8 ± 436,50
989,00 ± 424,43
798,40 ± 60,08
1611,30 ± 486,21
487,60 ± 60,34
1312,31 ± 114,62
542,20 ± 66,44
33,40 ± 7,00
30,60 ± 5,15
130,30 ± 14,62
 Hak cipta oleh Masyarakat Akuakultur Indonesia 2006
Struktur populasi genetik ikan kerapu sunu, P. leopardus dari perairan Indonesia (Gusti Ngurah Permana et al.)
genetik antar populasi (Hartl, 1980). Kalkulasi dari
derajat polimorfisme, rata-rata heterosigositas,
jumlah enzim dan lokus terdeteksi memiliki beberapa
kesamaan seperti yang telah dijelaskan menurut
Sugama et al. (1996). Parameter ini perlu diketahui
untuk menghindari bias variasi genetik pada populasi.
Chisquare test yang digunakan untuk mendeteksi
deviasi antara genotip frekuensi dari HardyWeinberg equilibrium dan heterogeneity dari
frekuensi alel antar stok populasi (Raymond dan
Rousset, 1995). Pengelompokan dari stok
berdasarkan indek similarity atau dissimilarity dari
frequensi alel dipergunakan untuk cluster analysis. Dendogram di desain dari matrix genetic distances (Nei 1972) dengan unweighted pair group
method of arithmetic averages (Sneath dan Sokal
1973.
Hasil dan Pembahasan
Hasil analsisi enzim, loci yang terdeteksi,
sumber jaringan, dan jenis bufer yang dipergunakan
tersaji pada Tabel 2.
Variasi Genetik
Allozyme electrophoresis analysis
mengekspresikan pola-pola pita yang zymograms
yang terlihat dari empat belas enzim yang dianalisis
pada penelitian ini, terdeteksi 23 lokus, dengan 3
lokus diantaranya polimorfik yaitu : Idh* (isocitrate
dehydrogenase) dan Est* (esterase) dan Gpi*
(glucose phosphate isomerase).
Frekuensi
genotip dari tiga lokus polimorfik tersaji pada (Tabel
3) terlihat bahwa proporsi genotip berada dalam
kesetimbangan Hardy-Weinberg (P:0,05). Allele
Tabel 2. Spesifik jaringan dan buffer yang digunakan untuk analisis allozyme electrophoresis pada ikan kerapu
sunu, P. leopardus
Enzim (E.C. Number)
Jaringan
Alcohol dehydrogenase (1.1.1.1)
-Glycerolphosphate dehydrogenase (1.1.1.8)
Malate dehydrogenase (1.1.1.37)
Hati
Daging
Hati
Daging
Hati
Hati
(*) Isocitrate dehydrogenase (1.1.1.42)
Hati
Lactate dehydrogenase (1.1.1.27)
Phosphoglucomutase (2.7.5.1)
6-Phosphogluconate dehydrogenase (1.1.1.44)
(*) Glucose phosphate isomerase (5.3.1.9)
Sorbitol dehydrogenase (1.1.1.14)
Xanthine dehydrogenase (1.2.3.2)
Malic Enzyme (1.1.1.40)
Mannosephosphate isomerase (5.3.1.8 )
Sarcoplasmic protein
(*) Esterase (3.1.1.3)
Hati
Daging
Hati
Hati
Daging
Hati
Hati
Daging
Hati
Daging
Daging
Daging
Hati
Lokus
Adh
Gpd
Ldh–1
Ldh–2
Mdh–1
Mdh–2
Idh–1
Idh–2
Pgm–1
Pgm–2
6–Pgd
Gpi–1
Gpi–2
Sod
Xdh
Me–1
Me–2
Mpi*
Sp–1
Sp–2
Sp–3
Est–1
Est–2
Buffer
C-APM6
TC-8
++
+++
++
+++
+++
+++
+++
+++
+++
+++
+-
+++
+
+++
++++
++
++++
+++
+-
+++
++
+++
+++
++
++
++
+++
++
+-
+++
+++
+-
+++
Keterangan :
+++ : Pita jelas dan bersih
++ : Pita jelas
+ - : Pita buram
(*) : Lokus polimorfik
 Hak cipta oleh Masyarakat Akuakultur Indonesia 2006
71
Aquacultura Indonesiana, Vol. 7, No. 2, Agustus 2006 : 69–76
frekuensi dari lokus Gpi*100 berbeda nyata setiap
populasi. Ter dapat perbedaan pada der ajat
polimorfisme (Tabel 3).
Terdapat perbedaan frekuensi alel diantara
populasi ikan kerapu sunu dari populasi alam dari
hasi tes Chi-Square (Tabel 3). Alel dominan yang
sama pada setiap locus merupakan alel umum yang
dijumpai pada setiap populasi yang dianalisis, dengan
alel frekuensi pada lokus Gpi-1 terlihat berbeda antar
populasi terutama pada populasi dari Ambon dan
Kepulauan Riau (Tabel 3). Variasi genetik secara
umum rendah pada setiap populasi (Tabel 4).
Prosentase lokus polimorfik berkisar antara 0,045–
0,130 (rata-rata : 0,082) dan jumlah alel per lokus
berkisar antara 1,090–1,304 (rata-rata 1,175).
Kisaran dari heterosigositas teramati adalah (0,007–
0,026) nilai tersebut sangat dekat dengan
heterosigositas harapan yaitu berkisar antara (0,008–
0,023). Rasio dari Ho/He berkisar antara 0,875–
1,217 (rata-rata : 0,979), nilai rasio heterosigositas
teramati dengan heterosigositas harapan mendekati
1 pada semua populasi (Tabel 4 dan Gambar 1).
Prosentase lokus polimor fik pada populasi
Kepualuan Riau dan Ambon (13,0%) lebih tinggi
dari populasi lainnya yaitu (7,11%). Polimorfisme
lokus Gpi*-1 hanya diketemukan pada populasi
Kepulauan Riau dan Ambon. Fenomena yang sama
juga terlihat dari nilai rata-rata jumlah alel per lokus,
dimana populasi dari Kepulauan Riau (1,304) sedikit
lebih tinggi dari populasi lainnya. Menurut Grant et
al. (1987), perbedaan frekuensi alel antar populasi
pada ikan
Tabel 3. Frekuensi alel dari lokus polimorfik pada populasi alam ikan kerapu sunu (P. leopardus)
Lokus
Lokasi
N
A
IDH-1*
Nusa Tenggara Timur
Nusa Tenggara Barat
Sulawesi Selatan
Jawa Timur
Pulau Sirai-Kep. Riau
Pulau Karimun-Jawa Tengah
Ujung kulon, Jawa Barat
Maluku, Ambon
Manado, Utara
Gorontalo
Nusa Tenggara Timur
Nusa Tenggara Barat
Sulawesi Selatan
Jawa Timur
2
Frekuensi alel
B
40
40
50
40
30
31
21
30
32
40
40
40
50
40
0,000
0,000
0,000
0,000
0,017
0,000
0,024
0,032
0,032
0,031
0,047
0,050
0,000
0,048
0,975
1,000
0,931
1,000
0,967
1,000
0,976
0,968
0,968
0,969
0,703
0,875
0,793
0,758
C
D
E
0,025
0,000
0,000
0,000 0,000 0,000 0,00
0,069 0,000 0,000 2,02
0,000 0,000 0,000 0,00
0,017 0,000 0,000 0,00
0,000
0,000
0,000
0,000
0,000
0,000
0,000
0,000
0,000
0,000
0,000
0,000
0,000
0,000
0,000
0,109
0,031
0,109
0,050
0,000
0,025
0,103
0,086
0,017
0,048
0,113
0,032
0,00
1,02
0,00
0,00
0,00
1,02
1,25
2,37
2,57
1,07
EST*1
Kepulauan Sirai, Kep. Riau
Kep. Karimunjawa, Jawa Tengah
Ujung Kulon, Java Barat
Maluku, Ambon
Manado, Sulawesi Utara
Gorontalo
Nusa Tenggara Timur
Nusa Tenggara Barat
Sulawesi Selatan
Jawa Timur
30
31
21
30
32
40
40
40
50
40
0,017
0,048
0,024
0,113
0,016
0,016
0,000
0,000
0,000
0,000
0,783
0,823
0,738
0,790
0,806
0,875
1,000
1,000
1,000
1,000
0,050
0,048
0,071
0,097
0,097
0,063
0,000
0,000
0,000
0,000
0,083
0,081
0,119
0,000
0,081
0,047
0,000
0,000
0,000
0,000
0,067
0,000
0,048
0,000
0,000
0,000
0,000
0,000
0,000
0,000
0,00
0,00
2,18
0,00
0,00
0,00
0,00
0,00
0,00
0,00
GPI*-1
Kep. Sirai, Riau
Kep. Karimunjawa, Jawa Tengah
Ujung kulon, Jawa Barat
Maluku, Ambon
Manado, Sulawesi Utara
Gorontalo
30
31
21
30
32
40
0,016
0,000
0,000
0,000
0,000
0,000
0,984
1,000
1,000
0,984
1,000
1,000
0,000
0,000
0,000
0,016
0,000
0,000
0,000
0,000
0,000
0,000
0,000
0,000
0,000
0,000
0,000
0,000
0,000
0,000
1,54
0,00
0,00
1,08
0,00
0,00
72
 Hak cipta oleh Masyarakat Akuakultur Indonesia 2006
Struktur populasi genetik ikan kerapu sunu, P. leopardus dari perairan Indonesia (Gusti Ngurah Permana et al.)
Tabel 4. Variasi genetik dari ikan kerapu sunu (P. leopardus), heterosigositas (Ho) dan jumlah alel per lokus (He)
dari % lokus polimorfik berdasarkan 23 lokus yang dianalisis.
Deskripsi
NTT
Jumlah sampel
yang dianalisa
Jumlah lokus terdeteksi
Jumlah lokus polimorfik
% lokus polimorfik
Jumlah alel perlokus
Heterosigositas:
Teramati (Ho)
Harapan (He)
Ho/He :
33
NTB
SS
JTM
K.RI
JT
JB
MA
M-SU
GR
20
29
33
30
31
21
30
32
40
23
2
0,086
1,217
22
1
0,045
1,090
23
2
0,086
1,173
22
1
0,045
1,181
23
3
0,130
1,304
22
1
0,045
1,136
23
2
0,086
1,130
23
3
0,130
1,173
23
2
0,086
0,173
22
2
0,090
1,181
0,011
0,011
0,625
0,014
0,014
0,571
0,025
0,023
1,086
0,007
0,008
0,875
0,026
0,023
1,217
0,016
0,018
0,944
0,017
0,018
1,000
0,016
0,016
1,000
0,008
0,009
0,888
0,011
0,014
0,785
Keterangan :
NTT
: Nusa Tenggara Timur
NTB
: Nusa Tenggara Barat
SS
: Sulawesi Selatan
JTM
: Jawa Timur
K.RI
: Kepulauan Riau
JT
JB
MA
M.SU
GR
: Jawa Tengah
: Jawa Barat
: Maluku, Ambon
: Manado, Sulawesi Utara
: Gorontalo
0,03
0,025
0,02
0,015
0,01
0,005
0
NTT
SS JTM
M.SU WJ
GR
ENTNTB
WNT
SS K.RIEJJT JBRI MACJ
M.A M.NS GR
Lokasi
LOCATIONS
Gambar 1. Grafik nilai heterosigositas dari ikan kerapu sunu, P. leopardus dari beberapa perairan di Indonesia
Keterangan :
JT
: Jawa Tengah
NTT
: Nusa Tenggara Timur
JB
: Jawa Barat
NTB
: Nusa Tenggara Barat
MA
: Maluku, Ambon
SS
: Sulawesi Selatan
M.SU
: Manado, Sulawesi Utara
JTM
: Jawa Timur
GR
: Gorontalo
K.RI
: Kepulauan Riau
laut dapat disebabkan oleh tiga faktor yaitu
migrasi, random genetic drift dan seleksi alam.
Pola tersebut juga ditemukan pada beberapa ikan
laut lainnya seperti Pacific herring, Clupea pallasi
dan Atlantic herring, Clupea horengus (Grant,
1984; Grant dan Utter, 1984; Rayman et al., 1984)
Hal yang menarik dari hasil penelitian ini
adalah jika terdapat diferensiasi genetik antar
populasi dari ikan kerapu sunu. Populasi dari
 Hak cipta oleh Masyarakat Akuakultur Indonesia 2006
73
Aquacultura Indonesiana, Vol. 7, No. 2, Agustus 2006 : 69–76
Kepulauan Riau dan Sulawesi Selatan
mempunyai nilai rata-rata heterosigositas dan
polimorfisme paling tinggi dengan nilai (H : 0,026 P:
0,008; 0,025, P: 0,008) jika dibandingkan dengan
populasi lainnya. Tingginya variasi genetik yang
ditunjukkan dari nilai heterosigositas lokus enzim
mengindikasikan bahwa populasi tersebut lebih
variatif artinya memiliki alel-alel yang langka yang
mengontrol suatu sifat fenotipik. Hal ini dapat terjadi
dan berbeda dengan populasi lainnya karena adanya
tekanan lingkungan dalam populasi dalam suatu
ekosistem alamiah. Habitat/tempat hidup yang
kurang mendukung dari suatu populasi akan
memberikan tekanan terhadap kemampuan untuk
bertahan hidup, keadaan ini akan memberikan suatu
genotip adaptif yang muncul pada generasi
berikutnya. Namun demikian rendahnya nilai
heterosigositas dan gene flow yang didapatkan dari
hasil analisis allozyme pada struktur populasi ikan
kerapu sunu, dapat dilanjutkan dengan
menggunakan analisis yang menghasilkan resolusi
lebih tinggi seperti mtDNA untuk lebih menjelaskan
perbedaan antar stok populasi.
Hubungan Kekerabatan
Dendrogram dibuat dari matrix Rogers
genetic distance (Rogers, 1972) menghasilkan
pemisahan yang jelas antara populasi dari
Kepulauan Riau dengan populasi lainnya.
Dendogram selengkapnya terlihat pada Gambar 2.
Dari dendogram di atas terlihat bahwa populasi
ikan kerapu sunu di wilayah perairan Indonesia
dapat dikelompokkan menjadi tiga grup. Satu grup
gen pool yang terdiri dari populasi Nusa Tenggara
Barat, Nusa Tenggara Timur, Jawa Timur, Jawa
Tengah dan Jawa Barat. Grup kedua adalah
populasi Gorontalo, Sulawesi Utara dan MalukuAmbon. Sulawesi Selatan dan Kepulauan Riau
sebagai grup ketiga dari perairan Indonesia bagian
selatan. Nilai rata-rata Fst dari tiga lokus polimorfik
adalah 0,018 yang mengindikasikan bahwa kira kira
sebanyak 1,8% dari total gene diversity yang
teramati diakibatkan dari perbedaan antar populasi
sedangkan kurang lebih 98,2% disebabkan oleh
variasi individu dalam populasi. Nilai Fst secara
statistik berbeda nyata lebih dari
Nusa Tenggara Barat
0,005
Nusa Tenggara Timur
0,006
Jawa Timur
0,0042
Jawa Tengah
Jawa Barat
0,007
0,0040
Gorontalo
0,0043
Sulawesi Utara
0,008
0,0046
Maluku-Ambon
0,009
Sulawesi Selatan
Kep. Riau
0,000
0,003
0,005
0,007
0,009
Gambar 2. Dendogram hubungan kekerabatan ikan kerapu sunu dari sepuluh populasi (UPGMA, Sneath dan
Sokal, 1973) .
74
 Hak cipta oleh Masyarakat Akuakultur Indonesia 2006
Struktur populasi genetik ikan kerapu sunu, P. leopardus dari perairan Indonesia (Gusti Ngurah Permana et al.)
nol yang mengindikasikan adanya beberapa
pemisahan populasi dari perbedaan antara populasi
Maluku, Ambon dan Kepulauan Riau dengan
populasi lainya. Rendahnya hubungan kekerabatan
antar populasi ikan kerapu sunu dapat disebabkan
karena adanya gene transfer (gene flow) antar
populasi. Populasi NTB, Jawa Timur, NTT dan Jawa
Tengah dengan jarak genetik 0,005. Selanjutnya
populasi Tanjung Pinang (Kep. Riau) mempunyai
jarak genetik paling jauh dari populasi lainnya
(0,009). Perbedaan jarak genetik pada populasi
alamiah dapat disebabkan oleh barrier ecology,
jarak dari populasi dan migrasi.
Kesimpulan
Populasi ikan kerapu sunu dari Kepulauan
Riau mempunyai nilai variasi genetik paling tinggi
kemudian populasi Sulawesi Selatan. Nilai dari jarak
gentik berbeda nyata dalam alel frekuensi antar
populasi. Hal ini dapat dimengerti karena populasi
Kep. Riau mempunyai jarak paling jauh jika
dibandingkan dengan populasi lainnya. Struktur
populasi alamiah dari ikan kerapu sunu di Indonesia
dapat dibagi dalam tiga grup geografi yang berlokasi
di Indonesia bagian timur (Sulawesi dan Ambon),
Indonesia bagian tengah (Jawa) dan Indonesia
bagian bar at/western part of Indonesia
(Kepulauan Riau).
Ucapan Terimakasih
Penulis mengucapkan terimakasih kepada
Dr. Adi Hanafi sebagai kepala Balai Besar Riset
Perikanan Budidaya Laut Gondol dan juga kepada
kepada seluruh staf teknisi biotek dan OFCF
terimakasih atas bantuannya dan selamat bekerja
semoga sukses.
Daftar Pustaka
Grant, W.S., C.I. Zhang, T. Kobayashi and G. Stahl. 1987.
Lack of genetic structure discretion in Pacific
cod (Gadus macrochephalus). J. Fish.
Aquaculture. Sci., 44: 490–498.
Grant, W.S. 1984. Population biochemical genetics of
Atlantic herring, Clupea haregus. Copeia, 84:
357–364.
Grant, W.S. and F.M. Utter. 1984. Biochemical
popualtions genetics of Pacific herring, Clupea
pallasi. Can. J. Fish. Aquaculture Sci., 41: 856–
864.
Hartl, D. 1980. Principles of Population Genetics. Sinauer
Associates Inc. Publishers. Sunderland,
Massacushetts, 277 pp.
Heemstra, P.C. and J.E. Randal. 1993. FAO Species
Cataloque (family Serranidae, sub family
Ephinephelinae); An Annotated and illustrated
cataloque of the Grouper, Rock cod, Hind, Coral
Grouper and Lyretail species. Food Agriculture
Organization of The United Nations, Rove. FAO
Fisheries Synopsis. No. 125, vol. 16, 292 pp.
Leary, L.F. and H.E. Booke. 1990. Starch gel
electrophoresis and species distinction. In:
Shreck, C.B. and Moyle, P.B. (Eds.), Methods for
Fish Biology. Am. Fish. Soc., Bethesda, Maryland,
USA, pp: 141–170.
Nei, M. 1972. Genetic distance between population. Am.
Nat., 106: 283–292.
Nei, M. 1978. Estimation of average heterozygosity and
genetic distance from a small number of
individuals. Genetics 89: 583–590.
Nevo, E.T., A. Bailes and R. Ben-Shlomo. 1984. The
evolutionary significance of geneticdiversity:
Ecological, demographic and life history
correlates. In : G.S. Mani (Ed.), Evolutionary
Dynamics of Genetic Diversity. Lecture Notes in
Biomathematics, Springer-verlag, Berlin, 53: 14–
213.
Permana, G.N., S.B. Moria, Haryanti dan K. Sugama.
2001. Pengaruh domestikasi terhadap variasi
genetik pada ikan kerapu bebek (Cromileptes
altivelis) yang di deteksi dengan allozyme
electrophoresis. Jurnal Penelitian Perikanan
Indonesia, 7 (1) : 25–30.
Permana, G.N., S.B. Moria, Haryanti and K. Sugama.
2003. Genetic identification and variation of red
snapper, Lutjanus sp. through Allozyme
electrophoretic analysis. Indonesian Fisheries
Research Journal, 9(1) : 33–40.
Raymond, M. and Rousset, F. 1995. Genepop (Version
1.2); Population genetic software for exact test
and ecumenicism. J. Hered., 86: 248–249.
Rayman, N., U. Largercrantz, L. Anderson, R.
Chakraborty and R. Rosenberg. 1984. Lack of
correspondence
between genetic and
morphologic variability pattern in Atlantic herring
(Clupea harengus). J. Heredity, 53: 687–704.
Rogers, J.S. 1972. Measures of genetic similarity and
genetic distance. In: M.R. Wheeler (Ed.), Studies
in Genetics. Univ. Texas Publ., VII: 354.
Shaw, C.R. and R. Prasad. 1970. Starch gel electrophoresis
of enzymes. Compilation of Recipes. Boichem.
Genetic, 4: 279–321.
Shaklee, J.B., F.W. Allendorf, D.C. Marizot and G.S.
Whitt. 1990 Gene nomenclature for protein
coding-loci in fish. Trans. Am. Fish. Soc., 19(1):
2–15.
 Hak cipta oleh Masyarakat Akuakultur Indonesia 2006
53
75
Aquacultura Indonesiana, Vol. 7, No. 2, Agustus 2006 : 69–76
Sneath, P.H. and Sokal, R.R. 1973. Numerical Taxonomy.
Freeman and Co. San Fransisco, California, 859
pp.
Sugama, K., Haryanti and Cholik, F. 1996. Biochemical
genetics of tiger shrimp Penaeus monodon :
76
Description electrophoresis detectable loci
Indonesia. Fish. Res. J., 2 (1) : 19–28.
Taniguchi, N. and K. Sugama. 1990. Genetic variation
and populations structure of red sea bream in
thecoastal water of Japan and in the East China
Sea. Bull. JPN. Soc. Sci. Fish, 56: 1069–1077.
 Hak cipta oleh Masyarakat Akuakultur Indonesia 2006