Imunofluoresens . Pada grup penyakit pemfigus (pemfigus vulgaris/ PV, pemfigus foliaceus/ PF, druginduced pemphigus/ DIP, paraneoplastic pemphigus/ PNP) terjadi mekanisme mediasi oleh IgG kepada protein kaderin desmosomal (desmoglein 3/ Dsg3 dan desmoglein 1/ Dsg1) dan diagnosis dapat ditegakkan apabila ditemukan autoantibodi terhadap Dsg3. Pemeriksaan menggunakan ELISA sebaiknya dilakukan untuk mendiagnosis PV dan PF (sensitivitas 96% dan spesifisitas 99%). Pada pewarnaan imunokimia dapat terlihat deposit berbentuk seperti jala pada DIP dan granula kasar perisitoplasmik pada pemfigus idiopatik. Teknik immunoblotting digunakan untuk mendeteksi evoplakin dan periplakin pada PNP. DIF dapat digunakan untuk mendiagnosis pemfigus IgA, dapat terlihat deposit di bagian atas epidermis. Pada grup penyakit pemfigoid (bullous pemphigoid/ BP, mucous membrane pemphigoid/MMP, epidermolysis bullosa acquisita/ EBA, gestational pemphigoid/GP) dapat dibedakan dengan pemeriksaan ELISA. Pada BP dapat ditemukan autoantibodi yang menarget protein hemidesmosom pada antigen DEJ (BPAG1 & BPAG2). Meskipun DIF merupakan pemeriksaan yang paling sensitif untuk BP, namun untuk membedakan BP dengan MMP, GP (ditemukan BP180(NC16a)), dan EBA, tetap memerlukan pemeriksaan ELISA. DIF dapat digunakan untuk mendiagnosis EBA dengan menarget antigen spesifik untuk EBA, yaitu COL7. IIF jarang digunakan karena tidak spesifik maupun sensitif untuk grup pemfigoid. Kekurangan dari teknik imunnofluoroscence adalah terkadang masih dapat terjadi hasil positif palsu dan negatif palsu. Hasil negatif palsu pada umumnya terjadi karena alasan teknis (kontaminasi formalin, medium transpor yang kurang tepat, waktu pengiriman sampel terlambat), dapat diatasi dengan pengulangan pengambilan sampel biopsi. Teknik immunofluorescence juga memerlukan fasilitas laboratorium yang sudah maju dan tenaga kerja terlatih. Kelebihan dari teknik immunofluorescence adalah dapat membantu penegakkan diagnosis, mengklasifikasikan berbagai macam penyakit bula autoimun, mengklarifikasi diagnosis, monitoring efek terapi dan prognosis.
