daftar isi

BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil isolasi DNA sampel daging mi ayam (Gambar 9) memperlihatkan
adanya smear. Hal ini dapat disebabkan akibat proses pemasakan daging ayam
yang menyebabkan pecahnya serabut daging (Sugiharti, 2009 sitasi dari Dewi,
2011) dan mengakibatkan terpotongnya DNA sehingga menghasilkan panjang
fragmen molekul yang beragam (Martin et al., 2007).
Sampel kontrol yang digunakan adalah daging Rattus norvegicus
(kontrol positif) dan daging ayam (kontrol negatif). Hasil visualisasi isolasi DNA
(Gambar 10) terlihat band yang jelas pada sampel kontrol.
Band yang jelas pada sampel kontrol nomor 1, 2, 4, dan 5 disebabkan
sampel daging tersebut belum mengalami proses pemasakan. Sampel daging no 6
terlihat smear, hal ini disebabkan karena penyimpanan DNA yang terlalu lama,
sehingga dapat merusak molekul DNA (Nicholl, 2008).
Optimasi PCR dilakukan sebelum pengujian sampel daging mi ayam.
Sampel yang digunakan untuk optimasi adalah sampel kontrol positif (Mus
musculus) dan sampel kontrol negatif (babi dan sapi). Sampel kontrol tersebut
diamplifikasi dengan metode PCR menggunakan konsentrasi primer 10 pmol.
Suhu annealing yang digunakan untuk PCR sampel kontrol adalah 53 oC, 54 oC,
55 oC, 56 oC, dan 62 oC (Lampiran 1). Suhu annealing yang bervariasi digunakan
untuk melihat suhu annealing yang optimal. Hasil PCR dielektroforesis pada
agarosa 2%.
25
26
`
1
2
3
4
5
Gambar 9. Elektroforesis hasil isolasi DNA daging mi ayam
menggunakan agarosa 1%.
1 = mi ayam mas Mbogo; 2 = mi ayam
Bangka; 3 = mi ayam Kurnia Indah; 4 = mi ayam pak
Slamet; 5 = mi ayam pak Sukar.
1
2
3
4
5
6
Gambar 10. Elektroforesis hasil isolasi DNA sampel kontrol menggunakan
agarosa 1 %.
1 = daging sapi; 2 = daging ayam; 3 = bakso tikus; 4 = daging
Mus musculus, 5 = daging Rattus norvegicus, 6 = daging tikus
rumah.
27
Hasil visualisasi pada sinar UV, tampak hasil PCR menggunakan suhu
annealing 55 oC menunjukkan perbedaan band antara band kontrol positif dan
band kontrol negatif. Suhu
annealing 55
o
C digunakan untuk optimasi
berikutnya. Optimasi berikutnya dilakukan dengan menurunkan konsentrasi
primer menjadi 1 pmol dan volume primer yang digunakan 1 µl dan 2 µl. Hasil
PCR yang menggunakan primer 1 pmol dielektroforesis dengan menggunakan
agarosa 2 % (Lampiran 2). Hasil visualisasi menunjukkan perbedaan antara
sampel kontrol positif dan sampel kontrol negatif. Optimasi dengan suhu
annealing 55 oC, konsentrasi primer 1 pmol dan volume primer 1 µl digunakan
untuk pengujian sampel daging mi ayam.
Hasil isolasi DNA dari sampel kontrol dan sampel mi ayam di PCR dan
dielektroforesis
menggunakan
agarosa
3,5
%.
Hasil
PCR
selanjutnya
divisualisasikan di sinar UV (Gambar 11).
Hasil visualisasi pada sinar UV terlihat hasil PCR Rattus norvegicus
teramplifikasi pada panjang DNA 96 base pair (bp). Hasil PCR daging Rattus
norvegicus yang teramplifikasi pada target 96 base pair (bp), sesuai dengan hasil
penelitian Martin (2007). Hasil penelitian tersebut memperlihatkan band hasil
PCR daging Rattus norvegicus berada pada target amplifikasi 96 bp dan
menghasilkan 2 band. Band pertama berada di target amplifikasi 96 bp dan band
kedua berada di bawah target amplifikasi 96 bp.
Hal tersebut menunjukkan
primer yang digunakan spesifik untuk Rattus norvegicus. Primer yang spesifik
tersebut dapat digunakan untuk membedakan daging tikus dan non-tikus.
28
M
T
A
1
2
3
4
5
200 bp
100 bp
96 bp
Gambar 11. Elektroforesis hasil PCR DNA menggunakan agarosa 3,5%.
M = Marker 100 bp; T = daging Rattus norvegicus; A = daging
ayam; 1 = Hasil PCR mi ayam mas Mbogo.; 2 = Hasil PCR mi
ayam Bangka; 3 = Hasil PCR mi ayam Kurnia Indah; 4 = Hasil
PCR mi ayam pak Slamet; 5 = Hasil PCR mi ayam pak Sukar.
Hasil PCR 5 sampel daging mi ayam dan kontrol non-tikus (ayam)
berada di bawah ukuran amplifikasi 96 bp. Band yang terlihat pada sampel negatif
dan positif di bawah ukuran amplifikasi dapat disebabkan oleh target amplifikasi
di bawah 100 bp. Target amplifikasi yang rendah dapat menyebabkan terjadinya
misspriming (penempelan primer ditempat lain yang tidak diinginkan) dan
menghasilkan pita DNA dengan ukuran berbeda (Rahmawati, 2011 sitasi dari
Wardani & Sari, 2015).
Berdasarkan Gambar 11, terlihat band kelima sampel mi ayam dan
kontrol pembanding non-tikus (ayam) berada di bawah ukuran amplifikasi 96 bp.
Band tersebut tidak sejajar dengan sampel kontrol pembanding daging tikus
(Rattus norvegicus) yang berada pada pita ukuran amplifikasi 96 bp. Hal ini
menunjukkan bahwa kelima daging mi ayam tidak mengandung daging tikus.