Bab 1 PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang

Bab 1
PENDAHULUAN
1.1
Latar Belakang
Pencocokan string merupakan masalah yang hampir ditemukan dalam
kegiatan sehari-hari, yaitu berhubungan dengan
text-processing. Hal ini
dimulai dari permasalahan sederhana sampai pada permasalahan yang
kompleks. Pencarian pola string banyak diimplementasikan pada aplikasiaplikasi antara lain pencarian string pada microsoft word, web browser, search
engine, dan lainnya.
Permasalahan pencocokan string tersebut akan coba diterapkan pada
sequence DNA (rangkaian DNA) untuk pencarian sembilan string enzim
restriksi (bersifat static) dengan menggunakan dua algoritma pencarian string
yang berbeda. DNA merupakan sejenis asam nukleat yang tergolong
biomolekul utama penyusun berat kering setiap organisme dan merupakan
sebuah polimer yang terdiri dari 3 komponen utama, yaitu gugus fosfat, gula
deoksiribosa, dan basa nitrogen. DNA tersusun atas rantai-rantai basa, yaitu
adenine (A), guanine (G), cytosine (C), dan timin (T). Rangkaian DNA
mengandung informasi setiap organisme dan dapat dianggap sebagai
rangkaian string yang merupakan kombinasi dari 4 karakter yaitu A,T,G,C.
Susunan ATGC tersebut akan dijadikan landasan dalam proses pencarian
enzim restriksi pada sequence DNA.
Dalam penelitian ini penulis membuat program pencarian pola enzim
restriksi pada sequence DNA menggunakan dua algoritma berbeda. Dalam hal
ini jenis file yang akan digunakan adalah sequence DNA 5’→ 3’ (.txt).
Melalui penelitian yang dilakukan, diharapkan dapat menghasilkan analisis
yang lebih detail mengenai algoritma pencarian string Boyer-Moore dan
Knuth-Morris Pratt yang diterapkan pada sequence DNA.
1 1.2
Rumusan Masalah
Menganalisa kompleksitas dan kecepatan pencarian dari dua algoritma
yang digunakan, yaitu algoritma pencarian string boyer-moore dan KnuthMorris Pratt, pada studi kasus pencocokan DNA pattern.
1.3
Batasan Masalah
Batasan masalah yang diperlukan dalam penelitian yaitu :
1. Masukan yang diperlukan yaitu pola potongan DNA berupa rangkaian
string yang merupakan kombinasi dari 4 karakter yaitu A,T,G,C.
2. Panjang karakter rangkaian DNA yang akan dimasukkan ke dalam sistem
tidak terbatas.
3. Proses ujicoba sistem, rangkaian yang akan digunakan mempunyai panjang
427 karakter, 1176 karakter, 1504 karakter, 5400 karakter dan 7063
karakter.
4. Rangkaian yang masuk dalam sistem, hanya akan dipotong dengan 9 enzim
tertentu yang memiliki panjang 4 karakter, 6 karakter, dan 8 karakter
dengan kombinasi berbeda-beda.
5. Enzim dan pola potongan yang akan digunakan yaitu, HaeIII (GGCC),
MseI (TTAA), MboI (GATC), AflII (CTTAAG), PvuI (CGATCG), EcoRI
(GAATTC), BssHII (GCGCGC) dan NotI (CGCCGGCG).
6. Rangkaian DNA yang digunakan adalah DNA untaian tunggal (single
strand).
7. Rangkaian DNA yang dipakai dari 5’→ 3’
1.4
Tujuan Penelitian
Tujuan dari penulisan tugas akhir ini adalah membuat suatu perangkat
lunak yang dapat mensimulasikan perbandingan dan analisis waktu juga
kecepatan melalui dua algoritma pencarian string dalam kasus pencocokan
pola DNA.
2 1.5
Metode Penelitian
Metode yang digunakan dalam penyusunan tugas akhir ini antara lain:
a) Metode atau algoritma yang digunakan dalam tahap penelitian
dilakukan dengan metode analisis dan perbandingan dari algoritma
Booyer moore dan Knuth Morris Prath, yaitu pencocokan pola string
yang di akan uji coba pada kasus pencocokan pola DNA.
b)
Studi Pustaka
•
Mencari buku-buku referensi atau jurnal mengenai Tugas Akhir
• Mencari informasi dari internet dalam merancang dan mendesain
program yang akan dibuat
c)
Konsultasi / Bimbingan
Melakukan konsultasi dengan dosen pembimbing mengenai masalahmasalah yang berhubungan dengan tugas akhir secara berkala.
1.6
Sistematika Penulisan
Penulisan skripsi ini dibagi menjadi 5 bab. Bab 1 PENDAHULUAN yang
berisi latar belakang masalah yang akan diteliti dan rencana penelitian yang
akan dilakukan. Bab 2 LANDASAN TEORI yang berisi uraian dari konsepkonsep atau teori-teori yang dipakai sebagai dasar pembuatan skrispi ini. Bab
3 RANCANGAN SISTEM, yang berisi rancangan pembuatan program dan
prosedur-prosedur yang ada di dalamnya. Bab 4 IMPLEMENTASI SISTEM,
yang berisi penjelasan tentang bagaimana rancangan pada Bab 3 yang
diimplementasikan dalam suatu bahasa pemrograman. Bab 5 KESIMPULAN
DAN SARAN, berisi kesimpulan-kesimpulan yang diperoleh setelah
penelitian pada skripsi ini selesai dilakukan. Bab ini juga berisi saran-saran
pengembangan dari skripsi ini agar dapat menjadi bahan pemikiran bagi para
pembaca yang ingin mengembangkannya. Selain berisi bab-bab utama
3 tersebut, skripsi ini juga dilengkapi dengan Intisari, Kata Pengantar, Daftar Isi,
Daftar Tabel, Daftar Gambar, Daftar Pustaka dan Lampiran.
4