isolasi dan identifikasi kumanpatogen penyebab kelainan

I S O L A S I DAN IDENTIFIKASI K U M A N P A T O G E N
PENYEBAB KELAINAN PADA SISTEM URINARIUS
Pemeriksaan laboratorium merupakan bagian dari rangkaian pemeriksaan untuk
mengetahui penyebab penyakit, menilai perkembangan penyakit setelah diberikan pengobatan
atau menyakinkan kebenaran penyebab penyakit yang diduga berdasarkan gejala klinisnya
yang khas (gejala pathognomonic). Secara umum pemeriksaan yang dilakukan di
laboratorium, adalah :
a. Pemeriksaan mikroskopis
b. Ditanam pada perbenihan buatan, binatang percobaan atau perbenihan jaringan
c. Test serologis
Adapun medium yang digunakan untuk menumbuhkan mikroorgansime tergantung
dari tujuan isolasi. Untuk isolasi bakteri, misalnya Staphylococcus aureus menggunakan
media MSA, Salmonella dan Shigella menggunakan media SSA, Escherichia coli
menggunakan Mac Conkey/Endo Agar/EMBA/BGLBA, Candida albicans menggunakan
media SDA, Neserria gonorrhoae menggunakan media Coklar Agar, golongan kapang
menggunakan media PDA dll.
PENGAMBILAN DAN PENGIRIMAN SPESIMEN
Pengambilan Spesimen merupakan langkah awal yang penting untuk keberhasilan
isolasi dan identifikasi kuman, karena seringkali kegagalan usaha ini bukan disebabkan
kesalahan teknik di laboratorium, melainkan dalam pengambilan spesimen.
Untuk menghindari kesalahan tersebut, maka pengambilan dan pengiriman spesimen
harus dilakukan sebagai berikut :
1. Pengambilan harus dilakukan sebelum penderita diberi pengobatan antibiotik atau
kemoterapeutika.
Kadang-kadang dokter memberikan obat antibiotik berdasarkan gejala penyakitnya, tanpa
melakukan identifikasi kumannya, sehingga isolasi kuman menjadi sulit atau menjadi
tidak mungkin.
diberikan.
Karena itu, pengambilan spesimen harus dilakkan sebelum obat
2. Pengambilan harus dilakukan pada saat di mana kemungkinan besar kumannya bisa
ditemukan.
Spesimen harus diambil pada saat dimana kemungkinan besar kuman bisa ditemukan.
Misalnya untuk mengisolasi Plasmodiium sp. pengambilan darah harus dilakukan saat
penderita sedang deman. Beberapa laboratorium melakukan pengambilan spesimen 3 hari
berturut-turut untuk memperbesar kemungkinan mendapatkan kumannya.
Beberapa jenis kuman patogen hanya bisa ditemukan pada stadium tertentu dari
penyakitnya. Misalnya Treponema pallidum, sangat mudah di isolasi pada saat stadium
awal sipilis dan sukar sekali ditemukan pada stadium lanjut. T. pallidum dengan mudah
bisa diisolasi dari spesimen yang berasal dari ulcus durum (gejala sipilis primer) dan
langsung dilihat dengan mikroskop Dark Field. Telihat bakteri yang berbentuk spiral dan
dapat bergerak.
3. Pengambilan harus dilakukan pada tempat dimana infeksinya sedang berlangsung.
Spesimen harus diambil dari bagian tubuh yang mengalami infeksi aktif karena kadangkadang kumannya hanya terdapat dibagian tersebut. Misalnya, penyakit karena jamur
Epidhermophyton floccusum yang menyebabkan tinea cruris, jamurnya akan mudah
diisolasi dari bagian kullit yang mengalami infeksi aktif, yaitu pada pinggir dari kelainan
kulitnya.
4. Spesimen harus diambil dalam jumlah yang cukup.
Spesimen harus diambil dalam jumlah yang cukup agar bisa memenuhi kebutuhan
berbagai jenis pemeriksaan yang diperlukan. Misalnya sputum biasanya dibagi menjadi
dua (2) bagian masing-masing 5 cc (ml) untuk perbenihan, sehingga paling sedikit
dibutuhkan 10 cc.
5. Pengambilan harus dilakukan dengan alat dan tempat penampungan yang tepat sebelum
dikirim ke laboratorium.
Alat untuk mengambil spesimen, misalnya kapas untuk apusan (swab) atau jarum suntik
dan tabungnya tidak boleh mengandung daya hidup kumannya. Alat penyimpanan
spesimen untuk pengiriman ke laboratorium harus steril dan terhindar dari kontaminasi
oleh mikroorganisme lain.
6. Harus segera dikirim ke laboratorium untuk analisis.
Spesimen haru segera dikirim ke laboratorium, apabila tidak memungkinkan
harus
disimpan dalam medium khusus dalam pengirimannya agar kuman tetap hidup.
7. Harus disimpan dalam lingkungan atau medium yang tepat sebelum saatnya diproses.
8. Spesimen harus segera diproses agar kemungkinan untuk berhasilnya proses isolasi lebih
besar.
A. Escherichia coli
E. coli merupakan flora normal, hidup komersial di dalam kolon manusia dan di duga
membantu pembuatan vitamin K yang penting untuk pembekuan darah.
E. coli dapat
digunakan untuk/sebagai indikator pencemaran air oleh tinja, terutama untuk air yang
digunakan keperluan rumah tangga. E. coli dapat menyebabkan epidemi penyakit saluran
pencernaan, seperti kolera, tipus, disentri dan penyakit cacing.
E. coli juga dapat menyebabkan pneumonia, endokarditis, infeksi pada luka-luka dan
abses pada berbagai organ. E. coli juga merupakan penyebab utama meningitis pada bayi
yang baru lahir dan penyebab infeksi tractus urinarius (pyelonephritis, cystisis). 60-90%
E. Coli menyebabkan ISK
E.coli yang biasanya menyebabkan infeksi saluran kemih ialah jenis O1, O2, O4, O6,
O7. Jenis-jenis pembawa antigen K dapat menyebabkan timbulnya pielonefritis.Terjadinya
gangguan ginjal berhubungan dengan E. coli nefropatogenik yang memproduksi hemolisisn,
dan antigen K merupakan hal penting pada dapat patogenesis infeksi saluran kemih bagian
atas. ini berhubungan dengan adanya fimbria-P. Jumlah E. coli 105 atau lebih CFU/ml urin
adalah bakteriuria signifikan,walaupun pasien bisa simptomatik atau asimptomaik.
Uretra anterior pria dan wanita mengandung sedikit organisme yang berjenis sama
seperti yang terdapat pada kulit dan perinemium yang biasanya terdapat dalam air kemih
normal dalam jumlah 102 – 104 CFU/mL.
Diagnosis laboratorium :
a) Sediaan
Endapan air kemih yang dipusingkan diperiksa untuk melihat adanya leukosit, sel
darah merah dan kuman. Sedimen ini dibuat sediaan Gram untuk melihat adanya sejumlah
besar leukosit dan kuman Gram negative.
b) Biakan
Bahan pemeriksaan dibiakkan pada lempeng agar darah dan lempeng agar Mc
Conkey. Jika ditemukan kuman peragi laktosa, Gram negative, bergerak aktif, indol positif,
merah metal positif, VP negative dan sitrat negative, di duga sebagai E. coli.
c) Identifikasi
a) Koloni yang di duga E. coli hasil isolasi disiapkan.
b) Masukan dalam medium LB + indikator warna (preenrichment) yang didalamnya
terdapat tabung durham, inkubasi pada suhu 37 OC selama
1 x 24 jam. Amati
terbentuknya gas pada tabung durham (+) dan perubahan warna media (asam) (+).
c) Hasil positif dimasukan sebanyak 1 ose ke dalam medium IMViC (Indole Methyl
Red Voges Proskauer Koser’s Citrat). Kemudian diinkubasi pada suhu 37 OC,
untuk Indole dan Voges Proskauer selama 2 x 24 jam sedangkan Methyl Red dan
Koser’s Citrat 4 x 24 jam.
d) Amati perubahan warna pada masing-masing medium :
a. Indole
: ditambah
covak indole reagent, (+) apabila terbentuk
cincin warna merah (terbentuk indole)
b. Methyle red
: ditambah indikator methyle red, (+) apabila berwarna
merah (terbentuk asam)
c. Voges Proskauer : ditambah KOH dan α naftol, (+) apabila terbentuk warna
merah (terbentuk asetil methyl karbinol)
d. Koser’s Citrat
: (+) apabila terjadi kekeruhan (bakteri tumbuh dengan
memanfaatkan
citrat
sebagai
satu-satunya
sumber
karbon).
B. Genus Pseudomonas
Genus Pseudomonas terdiri dari sejumlah kuman batang gram negatif, obligat aerob,
berflegella polar satu atau lebih, umumnya tidak meragi karbohidrat dan mudah tumbuh pada
berbagai medium pembiakan. Organisme ini merupakan flora normal di usus dan kulit.
Kebanyakan spesies Pseudomonas tidak menyebabkan infeksi pada manusia, tetapi
kuman ini penting karena bersifat oportunis patogen, dapat menimbulkan infeksi pada
individu dengan ketahanan tubuh yang menurun yaitu penderita dengan luka bakar, orang
sakit berat atau dengan penyakit metabolik, atau mereka yang sebelumnya memakai atau
mempergunakan alat-alat kedokteran.
Infeksinya biasanya gawat, susah diobati dan
kebanyakan antibiotik tidak efektif terhadapnya dan biasanya merupakan infeksi nosokomial.
Beberapa spesies mengandung pigmen. Pseudomonas aeruginosa merupakan satusatunya spesies yang menghasilkan :
1. Piosianin, zat berwarna kebiru-biruan larut dalam kloroform dan air dan mempunyai
aktivitas anti jasad renik,
2. Fluoresein, zat yang berwarna kehijau-hijauan berfluoresensi, larut dalam air tidak dalam
kloroform.
Selain reaksi biokimia, karakteristik laboratorium yang banyak digunakan ialah percobaan
oksidasi, dimana P. aeruginosa memberikan hasil yang positif.
Pseudomonas aeruginosa dapat menimbulkan infeksi pada saluran pernafasan,
kandung kencing, telinga, kulit dan pada luka-luka yang disebabkan terbakar atau luka
operasi. Bakterinya dapat diketemukan di dalam sputum, urine, darah, feses, pus, secret
telinnga. Juga di dalam makanan, minuman dan air.
Pemeriksaan :
Morfologi :
Gram negative (-) batang, lurus atau bengkok, tidak berspora, tidak berkapsul, bergerak aktif
dengan flagella polar/lopotrik.
Kultur dan Biokimia :
Mudah tumbuh dengan menggunakan medium biasa, strength aerob, tidak meguraikan gula,
katalase positif dan pada umumnya oksidase positif.
Blood Agar plate
: koloni
besar,
putih
abu-abu,
smooth/rough,
keeping,
haemolitis/anhaemolitis, ada yang membuat pigment hijau-biru
Mac Conkey Agar plate : koloni sedang, jernih/keruh, smooth, kadang-kadanng sedikit
kehijau-hijauan, keeping, tepinya tidak rata, tidak menguraikan
gula lactose
Cetrimide Agar
: tumbuh, memproduksi pigment hijau-biru
Nutrient Agar
: tumbuh, memproduksi pigment hijau-biru
TSIA
: lereng : merah, dasar : merah
Reaksi positif
: oksidase, katalase, motil, simmon’s citrate, arginin dihydrolisa,
gelatine, reduksi nitrat, pertumbuhan pada 42OC
Reaksi negative
: ONPG, D-nase, amylase, lysine dekarboksilase, ornithine
dekarboksilase, aesculine hidrolisa
Tujuan Praktikum
Mahasiswa mampu mengidentifikasi kuman patogen penyebab kelainan pada sistem
urinarius
Petunjuk Praktikum
Mahasiswa mengamati, mencatat dan menggambar semua preparat yang telah disediakan di
laboratorium Mikrobiologi pada saat praktikum.
Hasil
Dalam bentuk tabel dan gambar
a.
Morfologi Koloni / Makroskopis E.coli dan Pseudomonas
b.
Morfologi Sel / Mikroskopis E.coli dan Pseudomonas
c.
Hasil Identifikasi E. Coli dan Pseudomonas