Full page photo print - Biotrends

“Sang Penyelenggara”
itu disebut Promotor
Penulis : Anky Zannati
P
ara penikmat musik tidak
perlu khawatir untuk
dapat menikmati konser
artis kesayangan,
bahkan arti luar negeri sekaliber
Alicia Keys atau James Blunt
dapat dinikmati konsernya di
Jakarta. Sebut saja Adrie
Subono, promotor musik dari
Java Musikindo, yang sudah
malang melintang di dunia
konser musik ini.
Tentu konser musik
atau penampilan musisi tersebut
menjadi lancar dan sukses
karena penyelenggaraan yang
baik. Promotor musik seperti
Adrie Subono memiliki tanggung
jawab penting dalam mengatur
dan menentukan, artis yang
tampil, berapa lagu akan
dibawakan, kapan
dan dimana konser
akan digelar, berapa
lama konser
berlangsung.
Dalam
penyelenggaraan
konser musik sangat
penting keberadaan
promotor musik
begitu juga dalam
ekspresi gen,
promotor memiliki arti
yang penting.
Promotor sangat
penting dalam penyelenggara
ekspresi suatu gen baik pada
organisme prokariot dan eukariot.
Promotor merupakan daerah
pada deoxyribonucleic acid
(DNA) sebagai tempat pelekatan
RNA polymerase yang
Adrie Subono.
(inilah.com)
mengawali proses transkripsi.
Transkripsi adalah
proses penyalinan. Di sini, yang
dimaksud dengan menyalin
adalah, mengubah "teks" DNA
menjadi RNA. Dalam Principles
of Genetics, Tamarin R.H
seorang ahli evolusi genetik di
University of Massachusett
menyebutkan bahwa, promotor
terdiri atas informasi untuk
inisiasi transkripsi dan situs
pengendalian ekspresi gen.
Promotor pada organisme
eukariot memiliki elemen
promotor yang mengatur
terjadinya transkripsi. Elemen
promotor yang terletak dekat
dengan situs inisiasi transkripsi
adalah TATA box atau elemen
TATA (disebut juga GoldbergHogness box), CAAT box yang
terletak sebelum promoter
mempengaruhi efisiensi
promoter, dan GC box.
Russell P.J dalam Genetics
th
5 Edition, menyebutkan
bahwa elemen tersebut
dinamakan sesuai dengan
sekuen basa-basa DNA
yang banyak ditemukan.
Sebagai contoh, tidak semua
promotor terdiri atas elemen
TATA dan beberapa
promotor memiliki lebih dari
satu Copy Element CAAT
atau GC.
Konser James Blunt. (Kabarinews.com)
BioTrends/Vol.4/No.1/Tahun 2009
31
Gambar 1.
Struktur organisasi promotor pada organisme eukariot. (Gilbert
S.F, Promoter Structure, 1997)
TATA box memiliki sekuen
konsensus 5’-TATAAA-3’ dan
posisinya pada 30 pasang basa
(pb) sebelum titik transkripsi (-30)
(Lihat Gambar 1). CAAT box
memiliki sekuen konsensus 5’GCCCAATCT-3’ dan posisinya
berada pad sekitar 75 nukleotida
sebelum titik transkrip (-75),
tetapi dapat juga ditemukan pada
lokasi yang berbeda. GC box
memiliki sekuen konsensus 5’-
GGGCGG-3’ dan posisinya
berada pada 90 pasang basa
(pb) sebelum titik transkripsi (-90)
serta pada umumnya memiliki
lebih dari satu salinan
Sedangkan pada
organisme prokariot, seperti
Eschericia coli, terdapat dua
macam sekuen DNA pada
daerah promotornya. Sekuen
tersebut secara umum ditemukan
pada daerah (-35) dan (-10) dari
titik awal transkripsi. Dalam
th
Genetics 5 Edition disebutkan,
sekuen tersebut juga memiliki
urutan basa-basa nukleotida
yang conserved, disebut sekuen
konsensus. Sekuen konsensus
pada daerah -35 adalah 5’TTGACA-3’ dan sekuen
konsensus pada daerah (-10)
adalah 5’-TATAAt-3’ yang dikenal
dengan sebutan Pribnow box
(Gambar 2).
Gambar 2. Struktur organisasi promotor pada organisme prokariot.
(University of Miami, 2008)
32
BioTrends/Vol.4/No.1/Tahun 2009
Tedapat tipe-tipe promotor,
menurut Roa-Rodriguez dalam
Promoters Used To Regulate
Gene Expression, promotor
dibedakan menjadi beberapa tipe
berdasarkan tingkat kontrol
ekspresi gen. Promotor konstitutif
merupakan promotor yang
mengendalikan ekspresi gen
pada semua jaringan dan
umumnya tidak bergantung pada
faktor lingkungan dan fase
perkembangan.
Beberapa contoh
promoter konstitutif adalah
promotor CAMV 35S. Pada awal
1980s, Chua dan rekan-rekannya
di Rockefeller University
mengisolasikan promotor yang
bertanggung jawab pada
transkripsi di virus mosaik
Cauliflower (Cauliflower mosaic
virus - CaMV) yang menginfeksi
tanaman turnip (semacam kubis).
Promotor ubiquitin (Ubi),
ubiquitin adalah protein yang
ditemukan di sel eukariot. Protein
berpengaruh dalam proses
seperti perubahan protein,
pembentukan struktur kromatin,
kontrol pada siklus sel, perbaikan
DNA, dan respon pada berbagai
stress. Pada tahun 1992,
Christensen dan rekan-rekan
mengidentifikasi dua dari 8
sampai 10 locus yang
menyandikan ubiquitin pada
jagung.
Promotor actin1. Actin
adalah bagian penting dari
cytoskeleton sel sekarang pada
semua jaringan. Protein actin
berperan dalam pembentukan
sel, pembelahan sel, pergerakan
organel dan pertumbuhan sel.
Pada 1990, McElroy dan rekanrekan dari Cornell University
melaporkan bahwa, Actin 1
dengan berhasil mengkontrol
ekspresi gen pada protoplas
padi yang di transformasi. Sejak
itu promotor actin 1 dipakai
sebagai promotor yang dapat
mengontrol gen pada monocot.
Salah satu contoh
promotor konstitutif yang sering
dipakai pada penelitian tanaman
adalah promotor CaMV35S.
Dalam Biotechnology in Plant
Science: Relevance to
Agriculture in the Eighties,
disebutkan bahwa promotor
CaMV 35S merupakan promotor
kuat untuk tanaman dikotil (berbiji
belah), namun sedikit lemah jika
dipakai untuk tanaman monokotil
(berbiji tunggal) seperti tanaman
serealia.
Adapula promotor
sintetik, merupakan promotor
buatan, yang terdiri atas elemen
utama dari daerah promotor
alami (TATA box, GC box, dan
CAAT box) yang dapat berasal
dari organisme yang berbeda.
Hal tersebut memungkinkan
promotor sintetik digunakan pada
organisme yang berbeda dalam
rekayasa genetika untuk
mengekspresikan suatu gen.
Tipe promotor yang lain
adalah, promotor terinduksi,
merupakan promotor yang
mengendalikan ekspresi gen
hanya pada saat terinduksi di
bawah pengaruh faktor tertentu
dan pada keadaan normal
aktivitas promotor dibatasi.
Faktor abiotik seperti cahaya,
tingkat oksigen, panas, dingin,
dan luka mekanis dapat
menginduksi promotor untuk
mengekpresikan suatu gen.
Promotor terinduksi juga dapat
merespon senyawa kimia, yang
tidak ditemukan secara alami
pada organisme hidup, seperti
respon terhadap antibiotik,
alkohol, steroid, dan herbisida.
Contoh promotor terinduksi
adalah promotor rd29A, cor15A,
kin1, cor6.6 yang terinduksi
kekeringan.
Dan yang terakhir
adalah, promotor spesifik
jaringan, merupakan promotor
yang mengendalikan ekspresi
gen pada jaringan spesifik atau
fase perkembangan tertentu dan
dapat diinduksi oleh faktor
eksogen maupun endogen.
Promotor spesifik ini sangat
membantu perkembangan
bioteknologi tanaman dalam
rangka menggali fungsi gen.
Bahkan Ye dan rekanrekan tahun 2000 dalam jurnal
Engineering the provitamin A
(beta-carotene) biosynthetic
pathway into rice endosperm
menyebutkan bahwa, rekayasa
tanaman padi dengan teknik
overekspresi gen yang
bertanggung jawab terhadap
biosintesa beta-karoten dengan
menggunakan promotor spesifik
pada endosperma padi telah
menghasilkan suatu padi
transgenik yang dapat
mensintesa beta-karoten yang
dikenal dengan nama Golden
Rice. (Gambar 3).
Gambar 3. Golden Rice (beta.irri.org)
BioTrends/Vol.4/No.1/Tahun 2009
33
Contoh promotor jaringan
spesifik antara lain promotor gen
β-amilase atau promotor gen
hordein barley 9 untuk ekspresi
gen pada biji, promotor gen pz7
dan pz130 tomat (untuk ekspresi
gen pada ovari), promotor gen
RD2 tembakau (untuk ekspresi
gen pada akar), promotor TRX
pisang dan promotor actin melon
(untuk ekspresi gen pada buah).
Dalam perkembangan
bioteknologi, promotor memiliki
arti yang penting, seperti dalam
penelitian dan perkembangan
padi di Indonesia, promotor
memiliki fungsi penting dalam
penyelenggaraan ekspresi gen,
dapat menjadi bahan yang
menarik untuk diteliti untuk
mengungkapkan fungsi-fungsi
gen padi yang belum terungkap.
*Anky Zannati, S.Si
Bidang Biologi Molekuler
Staf Peneliti Pusat Penelitian
Bioteknologi-LIPI
RESENSI
Biosketsa Darwin Karyadi: “Menguji Gizi, Menuai Senyum Prestasi”
Jakarta: Helen Keller International, 2007.
xxviii +166 hlm. ; ilus.; 23 cm.
Di dunia gizi Indonesia, nama
Prof. Dr. Darwin Karyadi Sp.GK
menduduki posisi penting,
khususnya penelitian gizi,
makanan. Empat dasawarsa
kehidupannya menyatu dengan
penelitian dan pengembangan di
bawah naungan Depkes dan pendidikan gizi. Buku ini
berisi tentang sosok anak Jatinegara yang berhasil lulus
ujian SMA khusus yang kemudian masuk Fakultas
Kedokteran Universitas Indonesia dan menjadi dokter.
Tugas pertamanya meriset gizi, lalu beliau menjadi Wadir
Akademi Gizi, berurutan ia dipercaya untuk menjabat CEO
Lembaga Penelitian Sembodja; Puslitbang Gizi di Bogor;
SEAMEO – Tropmed UI, Jakarta. Meniti karir mulai dari
peneliti, ahli gizi, dokter dan mahaguru di Institut Pertanian
Bogor. “Centhini Kencana Award” merupakan kiprah
Darwin dan kawan-kawan yang membuktikan dan
mengangkat tempe menjadi makanan serba guna. Bintang
Mahaputra Naraya diraih sesuai pengabdiannya di bidang
gizi selama lebih lima dasawarsa kehidupannya. Buku ini
diterbitkan dalam rangka merayakan HUT, Prof. Darwin
ke-74 tahun.
BBN Bahan Bakar Nabati
Jakarta: Penebar Swadaya, 2007.
iv + 164 hlm.; ilus.; 23 cm.
Kenaikan harga BBM yang
diiringi isu kelangkaan BBM
memang sangat meresahkan.
Untuk itu, jangan hanya terpaku
menanti datangnya masa-masa
ketika BBM benar-benar habis.
Perlu
pemikiran
tentang
pengembangan energi alternatif
yang sifatnya terbarukan yang tentunya bersumber dari
bahan-bahan nabati seperti jarak pagar, kelapa sawit,
kelapa, singkong dan tebu yang bukan hanya sekedar
wacana. Pemerintah serius menjadikannya sebagai
program nasional. Presiden pun membentuk Tim Nasional
Pengembangan BBN sebagai pelaksana. Berdasarkan SK
Presiden No. 10 tahun 2006, Timnas Pengembangan BBN
telah berhasil menyusun blue print dan road map
pengembangan BBN. Buku ini mengulas prospek
pengembangan bahan bakar nabati sebagai pengganti
BBM untuk jangka panjang.
Windows Server System Indonesia
Jakarta: Datakom Lintas Buana, 2007
104 hlm.; 13,25 x 20 cm.
ilmu dan pengalamannya kepada orang lain. Buku ini
merupakan petunjuk yang bisa digunakan sebagai bahan
Saat ini banyak penyedia
bacaan untuk mengenal webmail atau e-mail dan weblog
hosting dan blog gratisan dengan
atau blog khususnya WSS-ID. Dalam buku ini dijelaskan
berbagai kemudahan. Namun,
cara untuk registrasi e-mail khususnya di MSN Hotmail
umumnya blog gratisan tersebut
dan registrasi blog di WSS-ID.
digunakan oleh berbagai
kalangan dan disiplin ilmu,
sehingga ketika blog itu diakses
akan menampilkan berbagai
(Ludya Arica Bakti)
informasi yang tentunya akan
menyulitkan para pembaca yang
akan mengunjungi blog tersebut. Sementara itu di WSS-ID
(Windows Server System Indonesia) yang juga merupakan
blog gratisan yang ditujukan bagi masyarakat IT di
Indonesia. WSS-ID sebagai blog modern dengan berbagai
fasilitas yang tidak dimiliki oleh penyedia blog gratisan
pada umumnya member solusi IT Profesional, dosen,
mahasiswa, pelajar dan masyarakat yang ingin berbagi
34
BioTrends/Vol.4/No.1/Tahun 2009