dasbio - Blog UB

1. Jelaskan pengertian dna sekuensing
Sekuensing DNA adalah proses penentuan urutan nukleotida pada suatu fragmen DNA. Tujuan dari proses ini
adalah untuk menentukan identitas maupun fungsi fragmen suatu DNA dengan membandingkannya dengan
fragmen DNA lain yang telah diketahui.Teknik ini digunakan dalam riset dasar biologi maupun berbagai bidang
terapan seperti kedokteran,bioteknologi, forensik, dan antropologi.
2. jelaskan pengertian hibridisasi
Hibridisasi adalah sebuah konsep bersatunya orbital orbital atom membentuk orbital hibrid yang baru yang
sesuai dengan penjelasan kualitatif sifat ikatan atom. Konsep orbital-orbital yang terhibridisasi sangatlah
berguna dalam menjelaskan bentuk orbital molekul dari sebuah molekul
3. Jelaskan prinsip kerja southern blot
southern blot : Prinsipnya adalah kapilaritas dimana bufer yang merupakan fase gerak diasumsikan akan
membawa fragmen DNA dari gel ke membran.Karena muatan DNA negatif sedangkan muatan membran positif
maka fragmen DNA akan menempel (blot) pada membran.Membran yang digunakan pada proses blot southern
adalah membran nitroselullosa
4. Jelaskan prinsip kerja nrthern blot
northern blot: Blot utara digunakan untuk mempelajari pola ekspresi dari jenis tertentu molekul RNA sebagai
perbandingan relatif antara set sampel yang berbeda dari RNA. Ini pada dasarnya adalah kombinasi dari
denaturasi RNA elektroforesis gel, dan sebuah noda. Dalam proses ini RNA dipisahkan berdasarkan ukuran dan
kemudian ditransfer ke membran yang kemudian diperiksa dengan pelengkap berlabel urutan kepentingan.
Hasilnya dapat digambarkan melalui berbagai cara tergantung pada label yang digunakan, namun hasil yang
paling dalam penyataan band yang mewakili ukuran RNA terdeteksi dalam sampel
5. Jelaskan prinsip kerja western blot
western blot : adalah prinsip ikatan antigen-atibodi komplek. Protein pada NC kita anggap sebagai antigen.
Antibodi primer adalah antibodi yang dapat berikatan secara spesifik pada antigen pada NC. Agar dapat melihat
ikatan dari antigen-antibodi komplek maka kita memberikan warna pada antigen-antibodi tersebut.
1. Apa kepanjangan PCR, jelaskan pengertiannya
Polymerase Chain Reaction (PCR)
PCR (Polymerase Chain Reaction) merupakan suatu teknik perbanyakan (amplifikasi) potongan DNA secara in
vitro pada daerah spesifik yang dibatasi oleh dua buah primer oligonukleotida. Primer yang digunakan sebagai
pembatas daerah yang diperbanyak adalah DNA untai tunggal yang urutannya komplemen dengan DNA
templatnya. Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA secara in vivo yang bersifat semi konservatif.
2. Apa saja macam2 PCR, apa perbedaannya
a. Real-Time PCR
Real-Time PCR adalah suatu metode analisa yang dikembangkan dari reaksi PCR. Real time ini juga dikenal
sebagai quantitative real time polymerase chain reaction atau Q-PCR. Teknik ini dapat digunakan untuk
mengamplifikasi sekaligus menghitung jumlah target molekul DNA hasil amplifikasi tersebut. Pada analisa PCR
konvensional, deteksi keberadaan DNA dilakukan pada akhir reaksi dan pengamatan masih harus dilakukan
dengan elektroforesis, namun analisa menggunakan Real-Time PCR memungkinkan untuk dilakukan
pengamatan pada saat reaksi berlangsung sehingga tidak perlu dilakukan elektroforesis.
b. Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR)
RT-PCR merupakan modifikasi dari PCR, dimana metode ini digunakan untuk mengamplifikasi RNA, berbeda
dengan PCR biasa yang mengamplifikasi DNA. Proses RT-PCR dibantu oleh enzim Reverse Transcriptase,
karena hanya enzim jenis ini yang dapat mensintesis DNA dengan cetakan RNA, sedangkan polimerase DNA
hanya dapat mensintesis dengan menggunakan cetakan DNA. RT-PCR penting digunakan sebagai alat diagnostik
untuk mendeteksi dan menentukan serotipe virus, sebagai informasi untuk studi epidemiologi.
c. Nested PCR
Nested PCR adalah suatu teknik perbanyakan (replikasi) sampel DNA menggunakan bantuan enzim DNA
polimerase yang menggunakan dua pasang primer untuk mengamplifikasi fragmen. Dengan menggunakan
nested PCR, jika ada fragmen yang salah diamplifikasi maka kemungkinan bagian tersebut diamplifikasi untuk
kedua kalinya oleh primer yang kedua. Dengan demikian, nested PCR adalah PCR yang sangat spesifik dalam
melakukan amplifikasi. Waktu yang diperlukan dalam reaksi nested PCR lebih lama daripada PCR biasa karena
pada nested PCR dilakukan 2 kali reaksi PCR, sedangkan pada PCR biasa hanya 1 kali reaksi PCR.
d. Multiplex PCR
Multiplex PCR merupakan beberapa set primer dalam campuranPCR tunggal yang menghasilkan amplikon dari
berbagai ukuran spesifik untuk sekuens DNA yang berbeda. Dengan penargetan gen, informasi tambahan dapat
diperoleh dari tes tunggal yang tidak akan membutuhkan banyak reagen.
e.PCR Elisa
PCR-ELISA merupakan metode yang digunakan untuk menangkap asam nukleat yang meniru prinsip dari enzim
linked immunosorbant yang terkait. Dimana dalam sebuah pengujian hibridisasi hasil produk dari PCR akan
terdeteksi dengan metode ini. Dengan metode inilah dapat dilakukanpengukuran sequen internal pada produk
PCR. Metode ini lebih murah dibandingkan metode Real Time PCR.
3. Jelaskan prinsip kerja real time PCR
Cara kerja Real Time PCR mengikuti prinsip umum reaksi PCR; utamanya adalah DNA yang telah diamplifikasi
dihitung setelah diakumulasikan dalam reaksi secara real time sesudah setiap siklus amplifikasi selesai. Terdapat
2 (dua) metode kuantifikasi yang umum digunakan antara lain :
(1) Menggunakan zat pewarna fluoresensi yang akan terinterkalasi dengan DNA rantai ganda (dsDNA) misalnya
SyBr Green, dan
(2) Probe (penanda) yang berasal dari hasil modifikasi DNA oligonukleotida yang akan berpendar (flourensensi)
ketika terhibridisasi dengan DNA komplemen, misalnya probe FRET (Hybridisasi) dan probe TaqMan. Dalam
setiap pengamatan proses PCR, sinyal fluoresensi yang dipancarkan akan meningkat secara proporsional setiap
siklus PCR telah berhasil dilakukan sejalan dengan bertambahnya produk DNA (DNA hasil amplifikasi) yang
dihasilkan
4. Jelaskan prinsip kerja reverse transkriptase PCR
Prinsip kerja dari RRT-PCR ini hampir sama dengan RT-PCR konvensional yaitu denaturasi, annealling dan
ekstensi. Namun di dalam RRT-PCR perjalanan reaksi dilihat per satuan waktu (siklus) dalam RRT-PCR
digunakan probe (penanda) yang menempel pada cetakan DNA, dimana dalam probe tersebut dilengkapi dengan
reporter (pembawa sinyal) dan quencher (penahan sinyal). Jika primer memulai ekstensi DNA, selanjutnya
ekstensi DNA yang diperantarai oleh enzim polymerase akan menghantam probe DNA menyebabkan lepasnya
ikatan reporter dan quencher. Terlepasnya ikatan ini mengakibatkan terbacanya emisi sinyal reporter oleh
perangkat filter dalam mesin Real Time PCR dalam bentuk sebuah grafik penambahan kopi DNA per satuan
siklus PCR.
5. Jelaskan prinsip kerja ELISA
Enzyme-Linked Immunosorbent Assay (ELISA) adalah suatu teknik biokimia yang terutama digunakan dalam
bidang imunologi untuk mendeteksi kehadiran antibodi atau antigen dalam suatu sampel. ELISA telah digunakan
sebagai alat diagnostik dalam bidang medis, patologi tumbuhan, dan juga berbagai bidang industri.