Kajian Ekspresi Gen α-amilase untuk Mendapatkan Isolat Bakteri

Kajian Ekspresi Gen α -amilase untuk Mendapatkan
Isolat Bakteri Rekombinan Pembawa Gen α -amilase
Nur Richana dan Ahmad Thontowi
Balai Penelitian Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian
ABSTRAK
Penelitian ini bertujuan untuk menyeleksi koloni positif pembawa gen α-amilase dan
membentuk sistem over expression. Untuk mendeteksi adanya sel rekom-binan
dilakukan uji α-komplementasi pada koloni bakteri rekombinan. Sistem over
expression dibuat dengan tahap isolasi DNA plasmid pUKC 815, pemo-tongan DNA
plasmid pUKC 815 dengan BamHI, elektroelusi fragmen 8.000 pb plasmid pUKC 815,
reaksi ligasi fragmen 8.000 pb plasmid pUKC 815, dan transformasi plasmid pUKC
815 ke sel Escherichia coli DH5α. Hasil penelitian diperoleh 2 isolat rekombinan
pembawa gen α-amilase mesofilik. Sampai saat ini, sistem over expression dibuat
hingga tahap penyiapan plasmid pUKC 815 sebagai vektor ekspresi untuk gen αamilase.
Kata kunci: Ekspresi, gen α-amilase
ABSTRACT
The purpose of this research were to selected positive colonies that including αamylase genes and to make over expression system. Detection of recombinant cells
was α-complementation test. Steps of over expression system were isolated pUKC
815 plasmid DNA, restricted with BamHI, electroeluted and ligated of 8000 pb pUKC
815 plasmid fragment, and transformed into Escherecia coli DH5α. The results
indicated were two recombinat colonies that including α-amylase genes. Until now,
over expression system was prepared pUKC 815 plasmid as expression vector for
α-amylase genes.
Key words: Expression, α-amylase gene
PENDAHULUAN
Gen penyandi α-amilase diperoleh melalui teknik random (shotgun) untuk
membentuk pustaka genom. Pustaka genom merupakan kumpulan fragmen DNA
yang disisipkan ke sebuah vektor (plasmid) (Kartiko, 1990). Pustaka genom dilakukan untuk mengambil gen pembawa sifat spesifik dari organisme dan mempelajari
sifat-sifat dasar biologi molekuler, seperti struktur dan fungsi gen. Gen yang diper-oleh
dari pustaka genom dapat digunakan untuk memproduksi senyawa tertentu dalam
jumlah besar (Shahib, 1990). Hasil penelitian Mielenz dan Susan (1983) di-peroleh
pustaka genom α-amilase dengan mentransformasikan α-amilase ter-mostabil dari
Bacillus stearothermophilus ke dalam Escherichia coli. Selain itu Kaneko et al. (1996)
melaporkan bahwa α-amilase telah diekpresikan di Aspergillus kawachii IFO 4308.
Saat ini telah dilakukan pembuatan pustaka genom α-amilase dari isolat
bakteri lokal unggul koleksi Balitbio dalam E. coli DH5α. Koloni yang terbentuk
356
Nur Richana dan Ahmad Thontowi: Kajian Ekspresi Gen α-Amilase
dalam pustaka genom ini perlu diseleksi untuk mengetahui tingkat keberhasilan
transformasinya.
Ekspresi gen α-amilase perlu ditingkatkan dengan meletakkan gen tersebut di
depan suatu promotor kuat yang mampu menginduksi proses transkripsi dan
translasinya. Hasil penelitian Luo-J (1994) menunjukkan bahwa ekspresi amilase
meningkat di bawah kontrol promotor PGK (phospoglycerate kinase). Menurut Guthrie
dan Fink (1991), gen PGK mampu merespon sumber karbon dan phospat organik.
Kemampuan ini meningkatkan fungsi α-amilase untuk mengubah pati sebagai
sumber karbon menjadi oligisakarida dan maltosa.
Vektor plasmid yang mempunyai fragmen PGK ialah plasmid pUKC 815 yang
merupakan vektor ulang-alik (shuttle vector). Plasmid pUKC 815 dapat digunakan
sebagai vektor ekspresi dengan penghilangan gen LacZ, sehingga gen α-amilase dapat
diinsersikan tepat di bawah kontrol gen PGK. Selain itu, pUKC 815 mem -punyai
penanda genetik resistensi ampisilin sebagai seleksi rekombinan di E. coli.
Berdasarkan pertimbangan bahwa pustaka genom gen α-amilase telah
diperoleh, maka untuk meningkatkan ekspresi gen α-amilase dilakukan seleksi positif
koloni pembawa gen α-amilase dan pembentukan sistem over expression. Bakteri
rekombinan pembawa gen α-amilase selanjutnya digunakan dalam produksi αamilase, sehingga produksi dan aktivitas enzim menjadi tinggi.
BAHAN DAN METODE
Seleksi Klon Positif Pembawa Gen α-amilase
Untuk mendeteksi adanya sel rekombinan, dilakukan uji α-komplementasi yang
memberikan warna biru dan putih pada koloni bakteri dengan penambahan IPTG dan
X-Gal. Pengujian dilakukan dengan cara 1 ml sel transforman disentrifu-gasi pada
10.000 g selama 5 menit. Pelet yang terbentuk diresuspensi dengan 25 µl IPTG dan 25
µl X-Gal hingga homogen dan ditanam dengan metode pour plate pada permukaan
media LB padat yang mengandung 100 µg/ml ampisilin serta di-inkubasi pada suhu
37°C selama 24 jam. Transforman positif pembawa α-amilase merupakan isolat
bakteri rekombinan.
Pembuatan Sistem Over Expression Gen α-amilase
Pembuatan Vektor Ekspresi
Suspensi biakan bakteri dimikrosentrifugasi pada 10.000 rpm selama 2 me-nit.
Pelet dikeringkan dan ditambahkan 200 µl cell resuspension solution. Kemu-dian
dipindahkan ke dalam tabung eppendorf 1,5 ml. Cell lysis solution sebanyak 200 µl
ditambahkan dan tabung dibalik-balikkan sehingga terbentuk suspensi jer-nih.
Selanjutnya ditambahkan 400 µl neutralization solution dan tabung dibalik-balikkan
serta diinkubasi pada suhu kamar selama 10 menit. Sentrifugasi lisat pada 10.000
rpm selama 5 menit. Supernatan yang diperoleh mengandung plasmid dan
dimurnikan dengan mini column yang mengandung resin. Untuk menghilangkan gen
LacZ, DNA plasmid pUKC 815 dipotong dengan BamHI dan diinkubasi pada suhu
37°C selama 1 jam. Reaksi enzim dihentikan dengan pemanasan pada suhu 70°C
selama 15 menit.
Prosiding Seminar Hasil Penelitian Rintisan dan Bioteknologi Tanaman
357
Pemurnian fragmen 8.000 pb plasmid pUKC 815 dilakukan dengan menggunakan prosedur USBiocleanMP. Potongan agarosa yang mengandung fragmen 8.000
pb dimasukkan ke dalam tabung eppendorf. Agarosa dipotong kecil-kecil untuk
memudahkan pelarutan. Larutan NaI 6 M sebanyak 3 kali volume agarosa ditambahkan dan diinkubasi pada suhu 55°C selama 3-5 menit. Selanjutnya ditambahkan 5 µl glass powder untuk 0,1-2,5 µg DNA. Campuran ini dihomogenkan dan
diinkubasi dalam es selama 5 menit. Sentrifugasi pelan selama 1 menit, kemudian
pelet yang terbentuk dicuci dengan etanol 50% sebanyak 50 kali volume glass powder
dan disentrifugasi pada 3.000 rpm selama 1 menit. Pelet yang mengandung DNA
disuspensikan dalam bufer TE dan diinkubasi pada suhu 37°C selama 30 menit dan
disimpan pada suhu -20°C.
Fragmen 8.000 pb DNA plasmid pUKC 815 diligasi untuk menyambung ujungujung lengket dari fragmen tersebut, sehingga terbentuk DNA plasmid closed
covalently circulair (ccc). Ligasi dilakukan dengan mencampur bufer ligasi 10 kali, 0,5
mM DTT, 10 mM ATP, fragmen 8.000 pb DNA plasmid pUKC 815, dan enzim T4 DNA
ligase kemudian diinkubasi pada suhu 16°C selama 16 jam.
Transformasi dilakukan dengan mencampurkan 5 µl DNA plasmid pUKC 815
(10% dalam bufer Tris HCl pH 7,0) dengan 200 µl sel kompeten. Campuran disim-pan
dalam es selama 2 jam. Kemudian dilakukan kejutan panas pada suhu 42°C selama 2
menit. Selanjutnya campuran disimpan dalam es selama 5 menit dan di-tambahkan
media LB cair hingga volume total 1 ml. Sel transforman diaktifkan de-ngan inkubasi
pada suhu 37°C selama 1 jam dan ditanam dalam media LB padat yang mengandung
ampisilin 100 µg/ml.
Isolasi Gen α-Amilase dari E. Coli DH5α Rekombinan
Plasmid pUC19 rekombinan dipotong dengan enzim EcoRI kemudian frag-men
DNA pembawa α-amilase dielektroelusi menggunakan USBioclean kit. Frag-men yang
diperoleh diligasikan dengan plasmid pUKC 815 yang telah dihilangkan segmen gen
LacZnya. Plasmid pUKC 815 mempunyai promotor PGK. Kemudian plasmid pUKC
815 rekombinan ditransformasikan ke dalam sel E. coli DH5α. Transformasi
dilakukan secara kimiawi menurut metode Sambrook et al. (1989). Sebanyak 100 µl
sel kompeten inang dicampurkan dengan 10 µl DNA hasil ligasi dalam tabung
eppendorf dan diinkubasi dalam es selama 30 menit. Selanjutnya dilakukan kejutan
panas pada suhu 42°C selama 2 menit, kemudian ditambahkan media LB cair hingga
volume 1 ml. Sel diinkubasi pada suhu 37°C selama 1 jam. Untuk mendeteksi adanya
sel rekombinan, dilakukan uji α-komplementasi yang akan memberikan warna biru
dan putih pada koloni bakteri dengan adanya pe-nambahan IPTG dan X-Gal.
Pengujian dilakukan dengan cara 1 ml sel transforman disentrifugasi pada 10.000 g
selama 5 menit. Pelet yang terbentuk diresuspensi dengan 25 µl IPTG dan 25 µl X-Gal
hingga homogen dan ditanam dengan metode pour plate pada permukaan media LB
padat yang mengandung 100 µg/ml ampisilin serta diinkubasi pada suhu 37°C selama
24 jam. Transforman positif pem-bawa α-amilase merupakan isolat bakteri
rekombinan.
358
Nur Richana dan Ahmad Thontowi: Kajian Ekspresi Gen α-Amilase
HASIL DAN PEMBAHASAN
DNA plasmid yang diperoleh dari isolasi, dielektroforesis dengan elektrofo-resis
gel agarosa. Hasil elektroforesis dapat dilihat pada Gambar 1. Dari gambar ter-sebut
diperoleh data yang disajikan pada Tabel 1.
Tabel 1 menunjukkan terbentuknya 3 fragmen dari hasil isolasi miniprep kit
Wizard. Ketiga fragmen tersebut masing-masing mempunyai bentuk yang berbeda.
Fragmen yang berukuran ±15.000 dan ±10.000 pb berbentuk linier atau open circulair,
sedangkan fragmen yang berukuran±5.000 pb dan ±3.000 pb merupakan plasmid yang
berbentuk superkoil. Plasmid ini bersifat kompak sehingga lebih mudah bergerak
dibandingkan plasmid yang berbentuk linier terbuka (Old dan Primrose, 1989). Dari
hasil tersebut, diperoleh suatu plasmid dari tahap isolasi DNA dengan miniprep kit
Wizard.
Untuk memastikan bahwa DNA plasmid yang diperoleh adalah pUKC 815
maka dilakukan karakterisasi dengan enzim EcoRI, EcoRV, dan BamHI (Tabel 2).
Plasmid yang dipotong dengan enzim EcoRI menghasilkan 2 fragmen dengan ukur-an
±7.300 dan ±3.900 pb (Tabel 2). Pemotongan dengan enzim EcoRV menghasil-kan 2
fragmen berukuran ±8.000 dan ±3.200 pb. Peta restriksi plasmid pUKC 815
menunjukkan bahwa enzim EcoRI, EcoRV, dan BamHI masing-masing mempunyai 2
sisi pemotongan (Gambar 2). Sehingga hasil pemotongan dengan enzim tersebut
masing-masing menghasilkan 2 fragmen. Berdasarkan hal tersebut dapat dipasti-kan
bahwa DNA plasmid hasil isolasi miniprep kit Wizard adalah DNA plasmid pUKC
815.
a
b
c
d
e
f
kb
23,1
9,4
6,7
4,4
2,3
2,0
a = DNA λ yang dipotong oleh enzim HindIII, b = plasmid pUKC 815
(utuh), c = plasmid pUKC 815 dipotong oleh enzim EcoRI, d = plasmid
pUKC 815 dipotong oleh enzim EcoRV, e = plasmid pUKC 815 dipotong
oleh enzim BamHI, f = plasmid pUKC 815 hasil isolasi dan pemurnian
miniprep kit Wizard
Gambar 1. Hasil isolasi dan karakterisasi DNA plasmid pUKC 815
Prosiding Seminar Hasil Penelitian Rintisan dan Bioteknologi Tanaman
359
Tabel 1. Hasil isolasi miniprep kit Wizard DNA
plasmid pUKC 815
Gambar
Jumlah pita
Ukuran fragmen (pb)
b
3
f
3
±15.000
±10.000
±5.000
±10.000
±5.000
±3.000
Tabel 2. Karakterisasi DNA plasmid pUKC 815
hasil isolasi miniprep kit Wizard
Enzim restriksi
Jumlah pita
Fragamen (pb)
EcoRI
2
EcoRV
2
BamHI
2
±7.300
±3.900
±5.650
±5.550
±8.000
±3.200
Penyiapan plasmid pUKC 815 sebagai vektor ekspresi dilakukan dengan
penghilangan gen LacZ melalui pemotongan DNA plasmid pUKC 815 mengguna-kan
enzim restriksi BamHI.
Pemilihan enzim BamHI disebabkan karena enzim ini mengenal 2 sisi po-tong
terhadap DNA plasmid pUKC 815. Sisi pemotongan ini terletak pada gen LacZ,
sehingga DNA plasmid pUKC 815 yang dipotong dengan BamHI menghasilkan
fragmen berukuran ±3.200 (berisi gen LacZ) dan ±8.000 pb yang disiapkan sebagai
vektor ekspresi. Selain itu, hasil pemotongan oleh enzim ini bersifat compatible dengan
fragmen DNA kromosom yang telah dipotong oleh enzim Sau3AI, karena tiap
fragmennya mempunyai ujung lengket yang komplementer (Brown, 1991). Sisi
pemotongan BamHI dan Sau3AI ialah
BamHI
Sau3AI
(5’) NN G GATCC NN (3’)
(3’) NN CCTAG G NN (5’)
(5’) NNN GATC NNN
(3’)
(3’) NNN CTAG NNN
(5’)
Hasil elektroelusi fragmen ±8.000 pb dari pemotongan plasmid pUKC 815
menggunakan BamHI ialah satu pita berukuran ±8.000 pb (Gambar 3). Fragmen
inilah yang mengandung promotor PGK dan dipersiapkan sebagai vektor ekspresi.
Reaksi ligasi dilakukan untuk menyambung kembali ujung-ujung lengket
fragmen 8.000 pb DNA plasmid pUKC 815. Hasil proses ligasi, selanjutnya ditransformasikan ke sel E. coli DH5α.
360
Nur Richana dan Ahmad Thontowi: Kajian Ekspresi Gen α-Amilase
RI (1) C (26)
B (29)
P (1200)
bla
PGK-5’
ARS 1
Bg (9200)
pUKC 815
CEN 4
LACZ
R (3926)
PGK-5’
B (4120)
RV (5650)
Gambar 2. Peta restriksi plasmid pUKC 815
a
b
c
d
e
f
g
kb
23,1
9,4
6,7
4,4
2,3
2,0
a = DNA λ yang dipotong oleh enzim HindIII, b = Plasmid pUKC 815
(utuh), c = plasmid pUKC 815 dipotong oleh enzim BamHI, d = plasmid
pUKC 815 tanpa gen LacZ (pUKC 814), e = plasmid pUKC 815 dipotong
oleh enzim BamHI, f = plasmid pUKC 815 dipotong oleh enzim ClaI,
g = plasmid pUKC 815 dipotong oleh enzim EcoRI
Gambar 3. Hasil isolasi miniprep kit Wizard DNA plasmid pUKC 815
8.000 pb
Enzim T4 DNA ligase mengkatalisis pembentukan ikatan fosfodiester antara
ujung 5’ fosfat dan 3’ hidroksil dari nukleotida yang berdekatan. Pemberian enzim ini
mampu membentuk kompleks enzim AMP yang selanjutnya terikat pada nick (daerah
putus). Hal ini berakibat ujung 5’ fosfat dengan 3’ hidroksil dari fragmen 8.000 pb
DNA plasmid pUKC 815 bersatu membentuk ikatan kovalen fosfodiester.
Prosiding Seminar Hasil Penelitian Rintisan dan Bioteknologi Tanaman
361
Transformasi DNA plasmid pUKC 815 8.000 pb ke dalam sel E. coli DH5α. E.
coli DH5α merupakan salah satu jenis E. coli yang telah mengalami rekayasa
sehingga mampu mengenali gen bla (β-laktamase) sebagai penanda resistensi
ampisilin. Hasil penelitian Cohen et al. (1972) dalam Old dan Primrose (1989)
menyatakan bahwa sel E. coli yang diperlakukan dengan CaCl2 merupakan peneri-ma
efektif bagi DNA plasmid. CaCl2 mempengaruhi dinding sel dan mengikatkan DNA ke
permukaan sel. Hasil penelitian Mandel dan Higa (1970) dalam Old dan Primrose
(1989) menyatakan, bahwa bila diperlakukan dengan CaCl2, sel E. coli dapat
mengambil DNA dari bakteriofag dan DNA plasmid. Kedua alasan inilah yang
mendasari pemilihan E. coli DH5α sebagai sel inang dalam penelitian. Perbanyakan
koloni tersebut menghasilkan sel transforman dalam jumlah banyak, sebagaimana
disajikan pada Gambar 4.
Untuk memastikan bahwa sel yang tumbuh adalah sel transforman E. coli
DH5α (berisi DNA plasmid pUKC 815 8.000 pb) maka dilakukan isolasi terhadap DNA
plasmid dari sel E. coli DH5α. Dari koloni yang tumbuh, hasil transformasi ditumbuhkan dalam media LB cair yang mengandung ampisilin (100 µg/l). Penambahan ampisilin ini bertujuan untuk mencegah tumbuhnya E. coli DH5α yang bukan
transforman. Sel transforman E. coli DH5α mampu tumbuh pada media LB cair
berampisilin karena mengandung plasmid pUKC 815 yang membawa sifat resistensi
terhadap ampisilin. Isolasi dilakukan dengan miniprep kit Wizard. Hasil isolasi
dianalisis dengan menggunakan elektroforesis gel sebagaimana terlihat pada Gambar
3. Dari Gambar tersebut diperoleh data yang disajikan pada Tabel 3.
Karakterisasi dengan enzim BamHI, ClaI, dan EcoRI masing-masing menghasilkan satu fragmen berukuran ±8.000 pb. Hasil ini diperoleh karena DNA plasmid
pUKC 815 8.000 pb dikenal hanya pada satu sisi potong oleh ketiga enzim restriksi
tersebut. Hal ini berbeda dengan hasil pemotongan oleh enzim EcoRI pada plasmid
pUKC 815 yang menghasilkan 2 fragmen. Hal ini disebabkan terdapat 2 sisi potong
untuk enzim EcoRI pada pUKC 815. Satu sisi potong enzim EcoRI ini hilang, karena
sisi tersebut terdapat pada gen LacZ yang telah dihilangkan pada langkah elektroelusi fragmen 8.000 pb plasmid pUKC 815. Dari data tersebut, dapat dinyatakan
bahwa DNA plasmid yang diperoleh dari hasil isolasi miniprep kit Wizard adalah DNA
plasmid pUKC 815 8.000 pb. DNA plasmid pUKC 815 8.000 pb inilah yang di-siapkan
sebagai vektor ekspresi untuk α-amilase.
MLB + A
TR pUKC 814
Gambar 4. Hasil transformasi DNA plasmid pUKC 814 (pUKC 815 tanpa
gen LacZ) ke sel E. coli DH5α
362
Nur Richana dan Ahmad Thontowi: Kajian Ekspresi Gen α-Amilase
Tabel 3. Hasil isolasi miniprep kit Wizard dan
karakterisasi DNA plasmid pUKC 815
8.000 pb
Gambar
Jumlah pita
Ukuran fragmen (pb)
b
2
c
2
d
3
e
f
g
1
1
1
±8.000
±7.900
±8.000
±3.200
±8.200
±8.000
±6.000
±8.000
±8.000
±8.000
KESIMPULAN
1. Diperoleh 2 isolat rekombinan pembawa gen α-amilase mesofilik.
2. Telah disiapkan plasmid pUKC 815 yang telah dihilangkan fragmen LacZ sebagai
vektor ekspresi.
DAFTAR PUSTAKA
Brown, T.A. 1991. Pengantar kloning gen. Yayasan Essentia Medica. Yogyakarta.
Cetakan ke-1. hlm. 11-16.
Guthrie, C. and R.G. Fink. 1991. Guide to yeast genetics and molecular biology.
Academis Press. New York. 327 p.
Kaneko, A.S., T.S. Shigetoshi, T . Yuko, I. Gakuzo, Takeaki, and O.
Toshiteru. 1996. Molecular cloning and determination of the nucleotide sequence
of a gene encoding and acid stable α-amylase from Aspergillus kawachii. J.
Ferment. Bioeng. 81:292-298.
Kartiko, H. 1990. Teknik rekombinasi DNA. PAU-Bioteknologi Universitas Gadjah
Mada. Yogyakarta. hlm. 388-389.
Luo-J. 1994. Expression and secretion α-amilase in Saccharomyces cerevisiae.
Nature. Vol. 64
Mielenz, J.R. a n d M . S u s a n . 1 9 8 3 . Process for cloning the gene coding for a
thermostable α-amylase into E .coli and B.substilis. United States Patent. CPC
International Inc. Englewood Cliffs.
Old, R.W. dan Primrose. 1989. Prinsip-prinsip manipulasi gen. Pengantar
Rekayasa Genetik Edisi ke-4. Direktorat Jendral Pendidikan Tinggi. Departemen
Pendidikan dan Kebudayaan. Jakarta.
Prosiding Seminar Hasil Penelitian Rintisan dan Bioteknologi Tanaman
363
Sambrook, J., E.F. Fritsh, and T . Maniatis. 1989. Molecular cloning. A
Laboratory Manual 1:134.
Shahib, N.M.
Bandung.
364
1990.
Dasar-dasar rekombinasi DNA. PAU-Bioteknologi ITB.
Nur Richana dan Ahmad Thontowi: Kajian Ekspresi Gen α-Amilase