1 I. PENDAHULUAN 1.1. Latar Belakang Kelapa merupakan

I. PENDAHULUAN
1.1. Latar Belakang
Kelapa merupakan tanaman yang memiliki batang tegak dan lurus yang
memiliki banyak manfaat, sehingga sering dijuluki tanaman kehidupan atau “Tree
of life” (Asnawi dan Darwis 1988; Tenda dan Kamaunang, 2007). Khususnya
bagi masyarakat di Bali kelapa memiliki manfaat penting bagi fungsi sosial,
ekonomi dan budaya masyarakat di Bali seperti sebagai bahan bangunan,
kebutuhan pangan, kerajinan tangan, obat (usada) dan sebagai bahan upakara.
Berdasarkan kegunaannya kelapa di Bali dibedakan menjadi dua kelompok kelapa
(nyuh = kelapa dalam bahasa Bali): Kelapa Biasa adalah kelapa Dalam yang
sering dimanfaatkan untuk bahan baku minyak goreng, kopra, bahan kerajinan
dan lain-lainnya. Kelapa yang memiliki keunikan dari segi morfologi dan diberi
nama sesuai ciri khususnya Bali disebut kelapa Madan yang digunakan untuk
bahan obat (usada) serta bahan upakara Padudusan Agung misalnya kelapa
Bingin, Bojog, Bejulit, Sudamala, Surya, Rangda, Ancak, Kapas, Gadang, Gading
dan Udang (Kriswiyanti, 2013a). Masyarakat di Bali tidak banyak mengenali
ragam kelapa Madan, karena kelapa tersebut tidak tersebar luas hanya terdapat
dibeberapa daerah saja, selain itu kelapa Madan memiliki lebih dari satu nama
lokal dalam satu ragam (Kriswiyanti, 2013a), oleh karena itu masih perlu
dilakukan pemetaan dan karakterisasi
morfologi khususnya pada daerah
penghasil kelapa Madan, sehingga memudahkan masyarakat untuk mengenali dan
mendapatkannya. Salah satu kecamatan yang daerahnya banyak menghasilkan
kelapa Madan adalah kecamatan Manggis.
Kelapa Madan diperkirakan memiliki banyak ragam tetapi populasinya
sangat terbatas, oleh karena itu perlu dilakukan penelitian molekuler yang dapat
menunjang karakter morfologi dan anatomi dalam usaha karakterisasi masingmasing ragam kelapa Madan. Pengujian secara molekuler akan mampu
mengungkap tidak saja keragaman genetik juga mengungkap tingkat kekerabatan
dari masing-masing ragam kelapa madan tersebut.
1
Penanda molekuler banyak digunakan dalam analisis keragaman genetik
tanaman. Penanda DNA adalah bagian kecil dari DNA yang memperlihatkan
polimorfisme sekuen pada individu-individu berbeda dalam satu spesies.
Pendekatan genetika molekuler dengan menggunakan penanda DNA telah
berhasil membentuk penanda molekuler yang mampu mendeteksi gen dan sifatsifat tertentu, evaluasi keragaman, kekerabatan dan evolusi pada tingkat genetik
(Hoon-Lim et al., 1999; Pandin, 2008)
Salah satu teknik penanda molekuler yang telah digunakan adalah penanda
DNA mikrosatelit atau STR (Short Tandem Repeat). Penanda DNA mikrosatelit
atau STR merupakan suatu urutan basa nitrogen (N) pendek pada DNA yang
biasanya terdiri atas dua sampai lima basa N yang berulang-ulang tanpa tersela.
Jumlah ulangan panjang DNA ini bervariasi tergantung individu dan diwariskan
dari suatu generasi kepada generasi berikutnya (Yuwono, 2005). Penanda DNA
ini bersifat kodominan sehingga sangat cocok untuk dijadikan sebagai penanda
genetik (Prasetiyono dan Tasliah, 2008). Powell et al. (1996) dan Perera et al.
(2000) menyatakan penanda DNA mikrosatelit ini suatu penanda DNA yang
memiliki kemampuan dalam menganalisis keragaman genetik suatu populasi
tanaman, karena dapat memberikan fenotipe polimorfik yang banyak dan dapat
menganalisis aliran gen dari tetuanya. Variasi alel-alel DNA mikrosatelit yang
terlihat merupakan kekhasan dari struktur genetik yang tersebar pada populasi
tanaman. Penanda molekuler tersebut digunakan untuk mengamplifikasi DNA
sampel dengan mesin PCR (Polymerase Chain Reaction), sehingga dapat
memperbanyak DNA yang diinginkan (Jamsari, 2008).
Penggunaan penanda DNA mikrosatelit telah banyak digunakan pada
penelitian tanaman kelapa untuk menganalisis ragam alel, keragaman genetik dan
melacak tetua dari beberapa generasi (Lebrun et al., 2005; Pandin et al., 2008;
Xiaolei et al., 2011; Kumar et al., 2011). Beberapa penelitian analisis DNA
mikrosatelit menggunakan lokus CnCir A3, CNZ 21 dan CNZ 09 yaitu Konan et
al. (2007) meneliti tentang keragaman kelapa Dalam menggunakan 12 primer.
Ribeiro et al. (2010) menentukan keragaman genetik 195 tanaman dari 10
populasi kelapa di Brasil dengan menggunakan 13 pasang lokus). Lokus-lokus
2
tersebut juga telah digunakan untuk menganalisis keragaman kelapa Dalam di
Bali dengan menggunakan 6 pasang primer (Kriswiyanti dkk., 2013b)
Berdasarkan hal tersebut maka penelitian ini dilakukan untuk mengetahui
ragam alel serta menentukan kekerabatan dari kelapa Pudak, Padma, Bunga dan
Bluluk
di
Kecamatan
Manggis,
Kabupaten
Karangasem,
Bali
dengan
menggunakan penanda DNA mikrosatelit sebagai informasi dasar untuk
pemuliaan tanaman.
1.2. Rumusan Masalah
Berdasarkan latar belakang di atas, masalah yang dapat dirumuskan adalah
bagaimanakah ragam alel dan kekerabatan kelapa Pudak, Padma, Bluluk dan
Bunga di Kecamatan Manggis, Karangasem, Bali berdasarkan tiga pasang primer
penanda DNA mikrosatelit yaitu CnCir A3, CNZ 09 dan CNZ 21?
1.3. Tujuan Penelitian
Tujuan yang diharapkan dalam pelaksanaan penelitian ini adalah untuk
mengetahui ragam alel dan kekerabatan kelapa Pudak, Padma, Bluluk dan Bunga
di Kecamatan Manggis, Karangasem, Bali berdasarkan tiga pasang
primer
penanda DNA mikrosatelit yaitu CnCir A3, CNZ 09 dan CNZ 21.
1.4. Manfaat Penelitian
Hasil yang diperoleh dari penelitian ini diharapkan dapat memberikan
informasi ragam alel Pudak, Padma, Bluluk dan Bunga di Kecamatan Manggis,
Karangasem, Bali berdasarkan tiga pasang primer penanda DNA mikrosatelit
yaitu CnCir A3, CNZ 09 dan CNZ 21 sebagai dasar pertimbangan dalam
konservasi plasma nutfah dan pemuliaan kelapa Madan di Bali.
3