EKOLOGI MIKROBA

I.
KARAKTERISASI FENOTIP III DAN
GENOTIP
(Karakter Fisiologi, Biokimia, Nutrisi, Enzimologi
Kemotaksonomi, Mol% G+C)
Tujuan Praktikum
1. Melakukan beberapa karakterisasi fenotip spesies bakteri yaitu
karakter fisiologi, biokimia, nutrisi, enzimologi, kemotaksonomi dan
karakterisasi genotip spesies bakteri yaitu mol% G+C.
2. Memahami konsep dan menguasai cara melakukan karakterisasi
fenotip dan genotip spesies bakteri diatas.
Teori Ringkas
Metode polifasik adalah metode yang sangat tepat dan akurat untuk
melakukan klasifikasi dan identifikasi prokariot. Metode polifasik ini
merupakan gabungan karakterisasi secara fenotip dan genotip. Karakterisasi
fenotip meliputi karakterisasi kultur, morfologi, fisiologi, biokimia, nutrisi,
kemotaksonomi, seralogi, dan inhibitor. Karakterisasi genotip meliputi DNA,
RNA dan protein. Analisis DNA meliputi DNA total (mol%G+C, restriction
patterns, genome size dan DNA:DNA hybridization) dan segmen DNA. Dalam
praktikum ini, kita akan melakukan praktikum dan studi literatur untuk
karakter fenotip (fisiologi, nutrisi, biokimia, enzimologi, kemotaksonomi) dan
salah datu karakterisasi genotip (mol%G+C).
Bahan dan alat
- Peralatan kerja aseptik
- Peralatan preparat mikroskopik
- Inkubator 37oC
- Agar NA miring
- Agar trypticaase soy
- NaCl (konsentrasi 1, 3, 5, 7%)
- Set pewarnaan gram
- Set pewarnaan endospora
- Set media pertumbuhan aerobik/ anaerobik/fakultatif
- Air suling
- Alkohol 70%
- Spritus
- Sarung tangan latex
-
Masker
Pinset
Botol semprotan alkohol
Lampu spritus
Mikroskop cahaya
Mikroskop diseksi
Spektrofotometer
Ketentuan Per Kelompok
Tiap kelompok akan diberikan 1 spesies bakteri untuk diklasifikasi dan
diidentifikasi. Ada 10 spesies bakteri:
Kelompok 1: Ralstonia eutrpha
Kelompok 2: Staphylolococcus aureus
Kelompok 3: Pseudomonas aeruginosa
Kelompok 4: Streptomyces griseoruber
Kelompok 5: Bacilus subtilis
Kelompok 6: Sarcina lutea
Kelompok 7: Bacilus circulans
Kelompok 8: Serratia marcescens
Kelompok 9: Desulfomicrobium baculatum
Kelompok 10: Desulfomonas pigra
PRAKTIKUM YANG DILAKUKAN:
Karakterisasi fenotip (fisiologi, biokimia dan nutrisi) yang akan dilakukan adalah:
1. Glycerol enriched medium: untuk kultivasi dari mikroba heterotrof
2. Inositol/D-sorbitol/D-mannitol/i-erythrisol: uji fermentasi gula dengan
membentuk asam dan gas
3. Asam asetat diferensial agar: untuk diferensiasi Shigella dari E. Coli dan
untuk diferensiasi bakteri gram negatif non-fermenting. Bakteri yang dapat
memanfaatkan asetat sebagai sumber karbon mengubah medium
menjadi biru
4. Tween 80 Agar: Untuk kultivasi dan diferensiasi Pseudomonas
berdasarkan kemampuan menghidrolisis Tween 80. Bakteri yang dapat
menghidrolisis Tween 80 menunjukkan koloni yang dikelilingi zona
transparan.
5. Xanthine agar: untuk diferensiasi spesies Actinomycetes aerobik. Zona
bening di sekitar koloni mengindikasikan penggunaan xanthine.
Streptomycetes dapat menggunakan xanthine, tetapi kebanyakan
Nocardia dan Actinomadura tidak dapat menggunakan xanthine.
Catatan :
2
Harap pergunakan sarung tangan dan masker serta senantiasa mencuci
tangan dengan sabun antiseptik serta alkohol 70% untuk menghindari
kemungkinan infeksi mikroba patogen.
STUDI PUSTAKA:
Studi pustaka dilakukan oleh setiap kelompok untuk setiap spesies bakteri yang
telah diberikan. Setiap kelompok melakukan studi pustaka untuk dapat
memperoleh karakterisasi fenotip (enzimologi, kemotaksonomi) dan genotip dari
setiap spesies bakteri sbb:
1. Karakterisasi enzimologi (Test API ZYM)
2. Karakterisasi kemotaksonomi (cellular fatty acids, mycolic acids, polar
lipids,
quinones,
polyamines,
cell
wall
compounds,
exopolysaccharides).
3. Karakterisasi genotip (mol%G+C)
Pertanyaan :
1. Apa pengertian mol%G+C?
2. Apa keuntungan dan kekurangan dari penentuan mol%G+C?
3