adln – perpustakaan universitas airlangga skripsi isolasi dan
advertisement
ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI BAKTERI PROTEOLITIK YANG BERASOSIASI DENGAN LAMUN Enhalus acoroides DI PANTAI BAMA, TAMAN NASIONAL BALURAN, SITUBONDO, JAWA TIMUR PROGRAM STUDI BUDIDAYA PERAIRAN Oleh : RACHMAT RIZALDI SURABAYA – JAWA TIMUR FAKULTAS PERIKANAN DAN KELAUTAN UNIVERSITAS AIRLANGGA SURABAYA 2016 SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA Yang bertanda tangan di bawah ini : N a m a : Rachmat Rizaldi N I M : 141211133011 Tempat, tanggal lahir : Surabaya, 8 April 1994 Alamat : Jl. Randu Branti No. 6 Surabaya Telp./HP 081553112735 Judul Skripsi : Isolasi Dan Karakterisasi Bakteri Proteolitik Yang Berasosiasi Dengan Lamun Enhalus acoroides Di Pantai Bama, Taman Nasional Baluran, Situbondo, Jawa Timur Pembimbing : 1. Dr. Woro Hastuti Satyantini, Ir., M.Si. 2. Sudarno, Ir., M.Kes. Menyatakan dengan sebenarnya bahwa hasil tulisan laporan Skripsi yang saya buat adalah murni hasil karya saya sendiri (bukan plagiat) yang berasal dari Dana Penelitian : Mandiri / Proyek Dosen / Hibah / PKM (coret yang tidak perlu). Di dalam skripsi / karya tulis ini tidak terdapat keseluruhan atau sebagian tulisan atau gagasan orang lain yang saya ambil dengan cara menyalin atau meniru dalam bentuk rangkaian kalimat atau simbol yang saya aku seolah-olah sebagai tulisan saya sendiri tanpa memberikan pengakuan pada penulis aslinya, serta kami bersedia : 1. Dipublikasikan dalam Jurnal Ilmiah Perikanan dan Kelautan Fakultas Perikanan dan Kelautan Universitas Airlangga; 2. Memberikan ijin untuk mengganti susunan penulis pada hasil tulisan skripsi / karya tulis saya ini sesuai dengan peranan pembimbing skripsi; 3. Diberikan sanksi akademik yang berlaku di Universitas Airlangga, termasuk pencabutan gelar kesarjanaan yang telah saya peroleh (sebagaimana diatur di dalam Pedoman Pendidikan Unair 2010/2011 Bab. XI pasal 38 – 42), apabila dikemudian hari terbukti bahwa saya ternyata melakukan tindakan menyalin atau meniru tulisan orang lain yang seolaholah hasil pemikiran saya sendiri. Demikian surat pernyataan yang saya buat ini tanpa ada unsur paksaan dari siapapun dan dipergunakan sebagaimana mestinya. SKRIPSI i ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI BAKTERI PROTEOLITIK YANG BERASOSIASI DENGAN LAMUN Enhalus acoroides DI PANTAI BAMA, TAMAN NASIONAL BALURAN, SITUBONDO, JAWA TIMUR Skripsi sebagai Salah Satu Syarat untuk Memperoleh Gelar Sarjana Perikanan pada Program Studi Budidaya Perairan Fakultas Perikanan dan Kelautan Universitas Airlangga Oleh : RACHMAT RIZALDI 141211133011 SKRIPSI ii ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI BAKTERI PROTEOLITIK YANG BERASOSIASI DENGAN LAMUN Enhalus acoroides DI PANTAI BAMA, TAMAN NASIONAL BALURAN, SITUBONDO, JAWA TIMUR Oleh : RACHMAT RIZALDI 141211133011 Telah diujikan pada Tanggal : 16 Agustus 2016 KOMISI PENGUJI SKRIPSI Ketua : Prof. Dr. Hari Suprapto, Ir. M.Agr. Sekretaris : Rahayu Kusdarwati, Ir., M.Kes. Anggota : Dr. Endang Dewi Masithah, Ir., MP. Dr. Woro Hastuti Satyantini, Ir., M.Si. Sudarno, Ir., M. Kes. Surabaya, 16 Agustus 2016 SKRIPSI iii ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA RANGKUMAN Rachmat Rizaldi. ISOLASI DAN KARAKTERISASI BAKTERI PROTEOLITIK YANG BERASOSIASI DENGAN LAMUN ENHALUS ACOROIDES DI PANTAI BAMA, TAMAN NASIONAL BALURAN, SITUBONDO, JAWA TIMUR. Dosen Pembimbing Dr. Woro Hastuti Satyantini, Ir., M.Si. and Sudarno, Ir., M.Kes. Lamun adalah tumbuhan sejati yang hidup diperairan pantai yang kurang dimanfaatkan dalam bidang perikanan, selain sebagai bioindikator kualitas air laut. Beberapa mikroorganisme yang berasosiasi dengan lamun Enhalus acoroides antara lain benthos, kapang, bakteri dan plankton. Bakteri proteolitik merupakan bakteri yang mampu menghasilkan enzim protease. Enzim protease merupakan enzim yang paling banyak digunakan dalam kehidupan. Bakteri merupakan sumber enzim yang paling banyak digunakann dibandingkan dengan tanaman dan hewan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui jenis isolat bakteri proteolitik yang berasosiasi dengan lamun Enhalus acoroides di Taman Nasional Baluran, Situbondo, manfaat hasil penelitian yaitu sebagai sumber bahan informasi tentang keberadaan isolat bakteri proteolitik di Perairan Pantai Bama. Pengambilan sampel lamun dilakukan di Pantai Bama, Taman Nasional Baluran, Situbondo, Jawa Timur. Untuk isolasi, uji aktivitas proteolitik dan identifikasi bakteri akan dilakukan di Balai Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan Kelas 1 Juanda, Surabaya. Penelitian ini akan dilaksanakan pada bulan Februari - Maret 2016. Metode kerja yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode deskriptif. Dari penelitian ini didapatkan 4 isolat bakteri yang memiliki aktivitas proteolitik. Keempat jenis bakteri tersebut memiliki kesamaan dengan 4 bakteri antara lain Staphylococcus sp., Plesiomonas shigeloides, Bacillus sp., Pseudomonas sp. Dua bakteri (Bacillus sp. dan Pseudomonas sp.) dalam penelitian ini diduga mempunyai potensi sebagai kandidat bakteri probiotik. SKRIPSI iv ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA SUMMARY Rachmat Rizaldi. ISOLATION AND CHARACTERIZATION OF PROTEOLYTIC BACTERIA ASSOCIATED WITH SEAGRASSES ENHALUS ACOROIDES ON BAMA BEACH, BALURAN NATIONAL PARK, SITUBONDO, EAST JAVA. Academic Advisors Dr. Woro Hastuti Satyantini, Ir., M.Si. and Sudarno, Ir., M.Kes. The seagrass is true of plants that live in coastal waters but underutilized in the field of fisheries, except as bio-indicators of the water quality of sea. Some microorganisms that associated with seagrass Enhalus acoroides are benthos, fungi, bacteria and plankton. Proteolytic bacteria are bacteria that are capable of producing the enzyme protease. Protease is an enzyme that most widely used in life. Bacteria are a source of enzymes that are most widely used compared with plants and animals. This study aims to determine the type of proteolytic bacteria isolates associated with seagrass Enhalus acoroides in Baluran National Park, Situbondo, while the benefits are as a source of information about the existence of proteolytic bacteria in Bama Beach Sampling was conducted in Bama Beach, Baluran National Park, Situbondo, East Java. For insulation, test proteolytic activity and identification of bacteria conducted in Fish Quarantine, Quality Control and Safety of Fishery Class 1 Juanda, Surabaya. This study will be conducted in February-March 2016. The working method used in this research is descriptive method. From this study, four isolates of bacteria that have proteolytic activity was found. These four types of bacteria have in common with Staphylococcus sp., Plesiomonas shigeloides, Bacillus sp., Pseudomonas sp. Two bacteria (Bacillus sp. and Pseudomonas sp.) In this study is thought to have potential as a candidate probiotic bacteria. SKRIPSI v ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA KATA PENGANTAR Rasa syukur kami panjatkan kehadirat Allah SWT yang telah memberikan rahmat dan hidayahnya sehingga penulis dapat menyelesaikan penyusunan laporan skripsi berjudul Isolasi Dan Karakterisasi Bakteri Proteolitik Yang Berasosiasi Dengan Lamun Enhalus Acoroides Di Pantai Bama, Taman Nasional Baluran, Situbondo, Jawa Timur pada tanggal 14 Januari sampai 20 Februari 2016. Laporan skripsi ini disusun sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Perikanan pada Program Studi S-1 Budidaya Perairan Fakultas Perikanan dan Kelautan Universitas Airlangga Surabaya. Penulis menyadari bahwa dalam laporan skripsi ini masih jauh dari kata sempurna, oleh sebab itu sangat dibutuhkan kritik dan saran dari semua pihak yang bersifat membangun. Akhir kata, penulis mengucapkan terimakasih kepada semua pihak yang telah membantu dalam penyusunan skripsi ini dari awal sampai akhir. Semoga Allah SWT senantiasa Meridhai segala usaha kita. Amin. Surabaya, 21 Mei 2016 Penulis SKRIPSI vi ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA UCAPAN TERIMA KASIH Pada kesempatan ini, tidak lupa pula penulis mengucapkan terima kasih yang sebesar-besarnya kepada: 1. Ibu Dr. Mirni Lamid, drh. M.P. selaku Dekan Fakultas Perikanan dan Kelautan Universitas Airlangga, Surabaya. 2. Bapak Boedi Setya Rahardja, Ir., MP. Selaku dosen wali yang selalu memberikan pengarahan akademik dan non-akademik. 3. Ibu Dr. Woro Hastuti Setyantini, Ir., M.Si. selaku dosen pembimbing utama yang telah memberikan arahan, saran dan bimbingan dalam selama proses pembuatan proposal hingga penyusunan laporan skripsi. 4. Bapak Sudarno, Ir. M.Kes. selaku dosen pembimbing serta yang telah memberi arahan dan bimbingan selama proses berlangsungnya penelitian hingga selesai. 5. Bapak Prof. Dr. Hari Suprapto, Ir. M.Agr., Ibu Rahayu Kusdarwati, Ir. M. Kes. dan Dr. Endang Dewi Masithah, Ir., MP. selaku dosen penguji yang telah memberikan saran, masukan dan arahan dalam penyusunan skripsi ini. 6. Bapak dan Ibu Dosen Fakultas Perikanan dan Kelautan Universitas Airlangga Surabaya. Terima kasih atas semua ilmu yang Bapak dan Ibu telah diberikan. 7. Ibu Laminen S.P., M.P., Ibu Andi Jumria S.Pi., dan seluruh petugas/staff Balai Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan Kelas 1 Surabaya 1 Juanda. Terima kasih atas ilmu dan pengalaman yang Bapak/Ibu beri selama kami berada di Laboratorium. SKRIPSI vii ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 8. Kedua orang tua tercinta, Bapak Mulyadi, Ibu Ulfa dan kakak tercinta saya Taufik Maulana, S.E., serta yang terkasih Farezza Ferdyna. Terima kasih atas doa yang tulus, kasih sayang, dan semangat yang kuat serta kerja kerasnya yang menjadi motivasi terbesar saya dalam penyusunan skripsi ini. 9. Teman seperjuangan, Zakki A., Panji, Bima, Willy, Alif R., Febrian A, Oky M. dan seluruh teman angkatan 2012 (Barracuda). Terima kasih telah memberi motivasi dalam menyelesaikan skripsi ini. 10. Pihak-pihak terkait yang tidak dapat saya sebutkan satu per satu. Terima kasih atas saran dan kritik yang menambah semangat saya dalam perbaikan Laporan skripsi dan seluruh civitas akademik yang ada di Fakultas Perikanan dan Kelautan Universitas Airlangga Surabaya. SKRIPSI viii ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA DAFTAR ISI Halaman RINGKASAN iv SUMMARY v KATA PENGANTAR vi UCAPAN TERIMA KASIH vii DAFTAR ISI ix DAFTAR TABEL xii DAFTAR GAMBAR xiii DAFTAR LAMPIRAN xiv I PENDAHULUAN 1 1.1 Latar Belakang 1 1.2 Perumusan masalah 4 1.3 Tujuan Penelitian 4 1.4 Manfaat Penelitian 4 II TINJAUAN PUSTAKA 5 2.1 Lamun 2.1.1 Klasifikasi Lamu Enhalus acoroides 2.1.2 Morfologi dan Anatomi Enhalus acoroides 2.1.3 Habitat dan Penyebaran Enhalus acoroides 5 5 6 7 2.2 Bakteri Laut 8 2.3 Karakteritik dan Habitat Bakteri Laut 9 2.4 Bakteri Asosiasi Lamun 9 2.5 Bakteri Proteolitik 10 SKRIPSI A. Bacillus sp. B. Pseudomonas sp. 11 12 C. Serratia sp. 13 ix ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA D. Streptomyces sp. E. Staphylococcus sp. 2.6 Enzim Protease 14 15 16 III KERANGKA KONSEPTUAL 17 1.1 Kerangka Konseptual 17 IV METODE PENELITIAN 17 4.1 Tempat dan Waktu 20 4.2 Materi Penelitian 20 4.2.1 Peralatan Penelitian 20 4.2.2 Bahan Penelitian 20 4.3 Metode Penelitian 21 4.3.1 Rancangan Penelitian 21 4.3.2 Prosedur Kerja 21 A. Penentuan Lokasi 21 B. Sterilisasi Alat dan Bahan 22 C. Pengambilan Sampel Lamun 23 D. Pembuatan Media 23 E. Isolasi Bakteri 24 F. Pemurnian Isolat Bakteri 24 G. Uji Aktivitas Proteolitik 25 H. Karakterisasi dan Uji Biokimia 25 4.4 Parameter Pengamatan 26 4.4.1 Parameter Utama 26 4.4.2 Parameter Pendukung 26 4.5 Analisis Data 26 4.6 Diagram Alur Penelitian Metode Penelitian 27 V HASIL DAN PEMBAHASAN 5.1 Hasil 28 5.1.1 Gambaran Umum Lokasi Penelitian SKRIPSI 28 x ISOLASI DAN KARAKTERISASI... 28 RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 5.1.2 Lamun Enhalus acoroides 29 5.1.3 Isolasi dan Pemurnian Bakteri Asosiasi Lamun Enhalus acoroides 29 5.1.4 Uji Aktivitas Proteolitik 33 5.1.5 Hasil Uji Biokimia 35 5.2 Pembahasan 36 VI KESIMPULAN DAN SARAN 45 5.1 Kesimpulan 45 5.2 Saran 45 DAFTAR PUSTAKA 46 LAMPIRAN 54 SKRIPSI xi ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA DAFTAR TABEL Tabel Halaman 1. Morfologi koloni dan sel bakteri lamun Enhalus acoroides yang berasal dari perairan Pantai Bama, Taman Nasional Baluran 31 2. Hasil uji aktivitas proteolitik 34 3. Hasil uji biokimia dari isolat bakteri proteolitik 35 4. Hasil perbandingan dari hasil uji biokimia isolat bakteri EA-1 dengan pustaka (Biochemical Tests For Identification Of Medical Bacteria). 37 5. Hasil perbandingan dari hasil uji biokimia isolat bakteri EA-2 dengan pustaka (Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology). 39 6. Hasil perbandingan dari hasil uji biokimia isolat bakteri EA-9 dengan pustaka (Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology). 40 5. Hasil perbandingan dari hasil uji biokimia isolat bakteri EA-10 dengan pustaka (Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology). SKRIPSI xii ISOLASI DAN KARAKTERISASI... 42 RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA DAFTAR GAMBAR Gambar Halaman 1. Enhalus acoroides 5 2. Morfologu sel bakteri Bacillus sp. 12 3. Morfologi koloni bakteri Pseudomonas sp. 13 4. Morfologi koloni bakteri Serratia sp. 14 5. Morfologi koloni bakteri Streptomyces sp. 15 6. Morfologi sel bakteri staphylococcus sp. 15 7. Kerangka konsep 19 8. Denah lokasi pengambilan sampel dengan transek kruadran 22 9. Gambar bakteri Gram positif dan Gram negatif 32 SKRIPSI xiii ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA DAFTAR LAMPIRAN Lampiran Halaman 1. Peta Lokasi Pantai Bama, Taman Nasional Baluran 54 2. Data pengukuran kualitas air di perairan Pantai Bama 55 3. Gambar Enhalus acoroides 56 4. Gambar aktivitas bakteri proteolitik (zona bening) 57 SKRIPSI xiv ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Padang lamun di Indonesia memiliki luas sekitar 30.000 km2. Sejak tahun 1980 sampai 2008, diperkirakan lamun di dunia telah mengalami degradasi sebesar 54 % (Bjork, et all, 2008). Keanekaragaman tipe ekosistem yang ada dalam kawasan Taman Nasional Baluran cukup beragam mulai dari ekosistem hutan dataran tinggi, hutan dataran rendah, savana, hutan payau, mangrove, hutan pantai maupun terumbu karang (Tim Pengendali Ekosistem Hutan, 2006). Padang lamun di Pantai Bama, Taman Nasional Baluran merupakan salah satu padang lamun yang bervegetasi campuran, disusun sedikitnya oleh tujuh spesies yaitu Enhalus acoroides, Thalassia hemprichii, Cymodocoea routndata, Halodule uninervis, Halophila ovalis, Halophila ovata, dan Syringodium isoetifolium (Wimbaningrum, 2003). Lamun berperan penting dalam siklus ekologi pada perairan dangkal pantai tropis dan subtropis (Kurniawan, 2010). Ekosistem padang lamun berperan penting sebagai produsen dalam jaring makanan daerah pesisir. Fungsi ekologi lamun diantaranya adalah sebagai tempat pemijahan, asuhan, mencari makan dan tempat perlindungan berbagai jenis biota laut (Thomascik et al., 1997). Ekosistem padang lamun adalah satu sistem (organisasi) ekologi padang lamun yang di dalamnya terjadi hubungan timbal balik antara komponen abiotik (air dan sedimen) dan biotik (hewan dan tumbuhan) (Azkab, 2006). Organisme laut yang hidupnya menetap diperkirakan sangat bergantung pada mekanisme SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 2 pertahanan kimia untuk melawan hewan-hewan pemangsa dan perlekatan dari mikroorganisme patogenik (Watermann, 1999). Daun dan batang lamun, menyokong pertumbuhan alga epifit yang merupakan makanan bagi amphipoda dan keong-keongan. Serpihan daun lamun yang dihancurkan oleh aksi gelombang dan bakteri, dan sejumlah besar detrivor menempati dasar dari sebuah jaring-jaring makanan yang kompleks (Khaifin, 2007). Beberapa mikroorganisme berasosiasi dengan lamun termasuk bakteri. Bakteri yang berasosiasi dengan lamun ada beberapa yang menguntungkan, yaitu bakteri yang dapat memberikan kontribusi untuk pertahanan inangnya dengan sekresi antibiotik dan substansi bioaktif lainnya (Watermann, 1999). Pada ekosistem lamun, bakteri berperan sebagai pengurai primer, berfungsi dalam pelepasan dan pengikatan unsur hara dari fraksi mineral sedimen menjadi nutrien yang diperlukan lamun. Bakteri akan mendegradasi substrat serasah lamun yang ada pada sedimen dengan menggunakan enzimnya (Udy dan Dennison, 1996). Bakteri merupakan sumber enzim yang paling banyak digunakan dibandingkan dengan tanaman dan hewan. Sebagai sumber enzim, bakteri memiliki keunggulan karena pertumbuhannya cepat, mudah ditumbuhkan, mudah diatur produksinya dan mudah direkayasa secara genetika (Irma dkk., 2009). Penelitian bakteri pada lingkungan laut sudah pernah dilakukan seperti skrining bakteri yang berasosiasi dengan spons Jaspis sp ( Abubakar dkk., 2011). Penelitian bakteri yang berasosiasi dengan lamun telah banyak dilakukan sebelumnya namun pada umumnya isolat bakteri berasal dari beberapa jenis lamun. Penelitian Lisdayanti (2013) diperoleh 54 isolat, sebanyak 12 isolat berasal dari SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 3 Enhalus acoroides, 10 isolat dari Halophila ovalis, 9 isolat dari Cymodocea rotundata, 7 isolat dari Halodule uninervis, 7 isolat dari Thalassia hemprichii dan 9 isolat dari Syringodium isoetifolium. Penelitian Shofiatul (2011) mendapatkan 9 strain isolat bakteri yang berasosiasi dengan Enhalus sp. Marhaeni (2011) mendapatkan 23 strain isolat bakteri dari lamun jenis Enhalus acoroides, Thalassia hemprichii dan Syringodium isoetifolium yang dilakukan di perairan pantai Teluk Awur, Jepara, Jawa Tengah. Sutiknowati (2010), melaporkan telah menemukan 3 genus bakteri fosfat di serasah dan sedimen (Pseudomonas, Bacillus dan Nocardia) dan 2 genus hanya ditemukan di sedimen (Pediococcus dan Caulobacter) yang berasosiasi dengan Enhalus acoroides. Bakteri proteolitik merupakan bakteri yang mampu menghasilkan enzim protease. Protease tidak hanya berperan dalam proses metabolisme seluler, namun juga dapat diaplikasikan dalam bidang industri (Gupta dkk., 2002). Paskandani dkk. (2014) melaporkan bahwa bakteri proteolitik jenis Bacillus soli dapat meningkatkan kualitas limbah pengolahan bandeng presto. Penelitian terhadap bakteri yang berasosiasi dengan lamun Enhalus acoroides sudah banyak dilakukan, namun pengujian bakteri berdasarkan enzim yang dihasilkan jarang diketahui. Berdasarkan hal tersebut, perlu dilakukan penelitian tentang bakteri proteolitik yang berasosiasi dengan lamun Enhalus acoroides khususnya di Taman Nasional Baluran, Situbondo. 1.2 SKRIPSI Perumusan Masalah ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 4 Berdasarkan latar belakang yang telah ada maka dapat dirumuskan permasalahan, yaitu : “ Apakah terdapat isolat bakteri proteolitik yang berasosiasi dengan lamun Enhalus acoroides di Taman Nasional Baluran, Situbondo? “ 1.3 Tujuan Penelitian Berdasarkan perumusan masalah tersebut, maka tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui jenis isolat bakteri proteolitik yang berasosiasi dengan lamun Enhalus acoroides di Taman Nasional Baluran, Situbondo. 1.4 Manfaat Penelitian Hasil dari penelitian ini diharapkan dapat memberi informasi tentang isolat bakteri proteolitik yang berasosiasi dengan lamun Enhalus acoroides di Taman Nasional Baluran, Situbondo. SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA II TINJAUAN PUSTAKA 2.1 Lamun Lamun (Seagrass) merupakan tumbuhan berbunga (Angiospermae) yang hidup dan tumbuh di laut dangkal (Oktavianti dkk., 2014). Lamun merupakan tumbuhan yang berpembuluh (vascular plant ), memiliki akar, batang, daun, bunga, buah, dan biji. Bentuknya seperti rumput yang ada di darat, namun berbeda karena lamun mampu hidup di perairan laut yang mengandung garam. Kita biasa menemukan tumbuhan lamun di dekat pantai, di perairan laut yang dangkal dan bersubstrat pasir. Tumbuhan lamun memerlukan intensitas cahaya matahari yang tinggi untuk berfotosintes (Wisnubudi dan Wahyuningsih, 2010). Beberapa ahli juga mendefinisikan lamun (seagrass) sebagai tumbuhan air berbunga, hidup di dalam air laut, berpembuluh, berdaun, berimpang, berakar serta berkembang biak dengan biji dan tunas (Kawaroe, 2009). Sistem pembiakan bersifat khas karena mampu melakukan penyerbukan di dalam air serta buahnya terendam dalam air (Nontji, 2005). 2.1.1 Klasifikasi Lamun Enhalus acoroides Enhalus acoroides merupakan tanaman yang kuat, yang memiliki daun panjang dengan permukaan yang halus dan memiliki rhizome (akar rimpang) yang tebal. Terdapat bunga yang besar dari bawah daun. Lamun ini di temukan sepanjang Indo-Pasifik barat di daerah tropis (Waycott et al., 2004). SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 6 Klasifikasi Kingdom Division Class Order Family Genus Species : Plantae : Angiospermae : Liliopsida : Hidrocharitales : Hydrocharitaceae : Enhalus : Enhalus acoroides a b Keterangan : a. Bunga b. Daun c. Batang d. Rhizome (akar rimpang) c d Gambar 1. Enhalus acoroides (Waycott et al., 2004) 2.1.2 Morfologi dan Anatomi Enhalus acoroides Enhalus acoroides mempunyai rhizome (akar rimpang) berdiameter 1,3 – 1,7 cm yang tertutup rapat dengan rambut-rambut yang kaku dan keras (Gambar 1). Akar berbentuk seperti tali, berjumlah banyak dan tidak bercabang serta memiliki panjang antara 15,50 – 18,65 cm. Bentuk daun seperti pita tepinya rata dan ujungnya tumpul, panjangnya antara 65 – 150 cm dan lebar antara 1,2 – 2,0 cm (Waycott et al., 2004). Di kawasan Pulau Pari, Enhalus acoroides tumbuh pada dasar lumpur, pasir dan pasir pecahan karang yang selalu tergenang air. Tumbuhnya berpencar dalam SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 7 kelompok-kelompok kecil terdiri dari beberapa individu atau kumpulan individu yang rapat, berupa kelompok murni atau bersama-sama dengan Thalassia hemprichii dan Halophila ovalis (Kiswara, 1992). Enhalus acoroides merupakan jenis lamun yang mempunyai ukuran paling besar, helaian daunnya dapat mencapai ukuran lebih dari 1 meter. Jenis ini tumbuh di perairan dangkal sampai kedalaman 4 meter, pada dasar pasir atau lumpur. Vegetasi melimpah di daerah pasang surut. Walaupun cenderung untuk selalu membentuk vegetasi murni, namun terdapat jenis lain yang berasosiasi yaitu H. ovalis, Cymodocea serrulata, C. rotundata, T. hemprichii dan Syringodium isoetifolium (Kawaroe, 2009). 2.1.3 Habitat dan Penyebaran Enhalus acoroides Padang lamun biasanya dijumpai pada perairan yang dangkal dan jernih (antara 2 – 12 meter) dimana masih ada penetrasi cahaya matahari untuk pertumbuhan dan perkembangan tanaman air laut tersebut (Djais dkk. 2002). Lamun biasanya tumbuh pada dasar perairan yang berpasir, berlumpur, atau gabungan dari keduanya ataupun disertai pecahan karang mati. Lamun bertahan pada akar-akar disepanjang rhizome sebagai jangkar di substrat. Penyebaran lamun umumnya berdasarkan temperatur dan gelombang air laut, tetapi yang paling penting adalah ketersediaan sinar matahari (Khaifin, 2007). Enhalus acoroides adalah tumbuhan lamun yang banyak terdapat di bawah air surut rata-rata pada pasang surut purnama pada dasar pasir berlumpur (Romimohtarto dan Juwana, 2001). Kisaran suhu optimal bagi pertumbuhan lamun SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 8 adalah 15-30 °C. Apabila suhu perairan berada di luar kisaran optimal tersebut, maka kemampuan lamun dalam proses fotosintesis akan menurun (Dahuri, 2003). Padang lamun dapat hidup pada berbagai macam tipe substrat, mulai dari lumpur, sampai substrat yang terdiri dari 40% endapan lumpur dan pasir. Substrat memiliki peranan yang sangat penting bagi lamun, yaitu sebagai pelindung dari pengaruh arus air laut dan tempat pengolahan serta pemasok nutrien bagi lamun (Dahuri, 2003). 2.2 Bakteri Laut Bakteri terdapat secara luas di lingkungan alam yang berhubungan dengan hewan, tumbuh-tumbuhan, udara, air dan tanah. Bakteri adalah mikroorganisme bersel tunggal, berukuran antara 0,5 – 1,0 μm dan lebar 0,5 – 2,5 μm tergantung pada jenisnya. Terdapat beribu jenis bakteri, tapi hanya beberapa jenis bakteri yang ditemukan, diantaranya berbentuk bulat, batang, spiral, koma atau vibrios Umumnya bakteri laut memiliki ukuran yang lebih kecil dan pertumbuhan yang lambat daripada bakteri air tawar. Bakteri laut juga memiliki aktivitas proteolitik yang tinggi daripada bakteri air laut (Salle, 1961). Pertumbuhan bakteri dipengaruhi faktor lingkungan seperti, suhu atau temperatur, O2, CO2, pH, nutrien dan cahaya (Suendra, 1991 dalam Lisdayanti, 2013). Berdasarkan dinding selnya, bakteri dibedakan atas Gram positif dan bakteri Gram negatif. Pewarnaan gram merupakan salah satu teknik penting dalam membedakan kedua gram tersebut. Bacillus sp. dan Vibrio harvey adalah dua spesies bakteri yang berbeda berdasarkan Gramnya. SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 9 2.3 Karakteristik dan Habitat Bakteri Laut Karakteristik bakteri laut adalah untuk pertumbuhannya memerlukan air laut atau kadar garam, sehingga bakteri laut digolongkan ke dalam kelompok bakteri halofilik (NaCl). Bakteri laut 95% adalah Gram negatif (-), sebagian aktif bergerak, 70% mengandung pigmen dan mempunyai toleransi yang besar terhadap suhu (Pelczar dan Chan, 1986). Menurut Fardiaz (1989), jumlah populasi dan pertumbuhan mikroorganisme dipengaruhi dari sifat fisik, kimia dan struktur makanan dari lingkungan mikroorganisme tersebut. Bakteri laut memiliki kecenderungan untuk berasosiasi dengan suatu lapisan permukaan padat. Penyebaran bakteri di laut dipengaruhi oleh banyak faktor seperti pergerakan air laut, jarak dari pantai, kedalaman, cahaya matahari, iklim dan organisme lain (Sidharta, 2000). 2.4 Bakteri Asosiasi Lamun Tumbuhan secara alami berhubungan dengan berbagai macam bakteri. Asosiasi tumbuhan dan bakteri membentuk koloni pada (rizobakteri), filosfir (epifit) dan di dalam jaringan tumbuhan (endofit). Endofit terdapat di dalam jaringan tumbuhan sehingga terlindung dari gangguan lingkungan dan kompetisi mikroba dari tumbuhan inang (Mano, 2007). Tumbuhan tingkat tinggi dan rendah memiliki bakteri endofit yang bisa ditemukan intraseluler (Hung dan Annapurna, 2004). Bakteri endofit dapat membantu dalam pertumbuhan tanaman seperti memproduksi fitohormon, meningkatkan resistensi terhadap patogen dan parasit, SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 10 membantu fiksasi nitrogen dan produksi antibiotik (Feng et al., 2006). Bakteri endofit memiliki bermacam-macam produk senyawa antimikroba yang merupakan potensi penting dari sumber senyawa antimikroba (Ryan et al., 2007). Sebagian besar dari anggota endofit adalah Streptomyces (Ghadin et al., 2003) Bakteri asosiasi mikroba juga memberikan kontribusi dalam siklus nutrisi bagi kebutuhan inangnya. Senyawa-senyawa yang dihasilkan oleh mikroba simbion potensial digunakan sebagai senyawa untuk metabolisme biosintesis pertahanan dari patogen dan predator lainnya. Penelitian tentang morfologi koloni terhadap bakteri asosiasi lamun yang berasal dari Pulau Bonebatang didapatkan 53 isolat terdiri dari 11 isolat berasal dari lamun jenis Enhalus acoroides, 10 isolat dari Halophila ovalis, 9 isolat dari Cymodocea rotundata, 9 isolat dari Syringodium isoetifolium, 7 isolat dari Halodule uninervis dan 7 isolat dari Thalassia hemprichii (Massinai, 2013). Penelitian sebelumnya ditemukan beberapa isolat bakteri asosiasi lamun yaitu terdapat 9 strain isolat bakteri yang berasosiasi dengan Enhalus sp (Shofiatul, 2011). 2.5 Bakteri Proteolitik Berdasarkan hasil penelitian Setyati dan Subagyo (2012), bakteri yang mempunyai aktivitas proteolitik mempunyai kemampuan untuk menghasilkan enzim protease yang disekresikan ke lingkungan. Bakteri proteolitik adalah bakteri yang memproduksi enzim protease ekstraseluler, yaitu enzim pemecah protein yang diproduksi di dalam sel kemudian dilepaskan keluar dari sel. Semua bakteri mempunyai enzim protease di dalam sel, tetapi tidak semua mempunyai enzim protease ekstraseluler (Abraham et al., 1993). SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 11 Dekomposisi protein oleh mikroorganisme lebih kompleks daripada pemecahan karbohidrat dan produk akhirnya juga lebih bervariasi. Hal ini disebabkan struktur protein yang lebih kompleks. Mikroorganisme melalui suatu sistem enzim yang kompleks, memecah protein menjadi senyawa-senyawa yang lebih sederhana (Durham, 1987). Bakteri proteolitik dapat tumbuh pada kondisi pH antara 2,5 sampai 8,5 (Marlida et al., 2014) dan dapat bertahan pada salinitas 35 ppt (Triyanto dkk., 2009). Beberapa contoh bakteri penghasil enzim protease komersial antara lain genus Bacillus (B. cereus, B. pumilus, B. subtilis, B. licheniformis, B. stearothermophilus, dan B. polymixa). Kelompok bakteri lain adalah Aeromonas, Lactobacillus, Pseudomonas, Serratia, Streptomyces, dan Staphylococcus (Rao dkk., 1998). Berikut beberapa bakteri penghasil enzim protease. A. Bacillus sp. Menurut Baehaki (2011), Bacillus sp. merupakan salah satu jenis bakteri yang memiliki kemampuan untuk menghasilkan protease. Protease merupakan satu diantara tiga kelompok enzim komersial yang diperdagangkan sebagai katalisator hayati. Bacillus sp. merupakan bakteri berbentuk batang, tergolong bakteri gram positif pada kultur muda, motil (reaksi nonmotil kadang terjadi), menghasilkan spora yang biasanya resisten pada panas, bersifat aerob (beberapa spesies bersifat anaerob fakultatif), katalase positif, dan oksidasi bervariasi. Tiap spesies berbeda dalam penggunaan gula, sebagian melakukan fermentasi dan sebagian tidak. Zona bening yang terbentuk di sekitar koloni bakteri merupakan tanda hilangnya partikel kasein di media susu skim. Adanya enzim proteolitik SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 12 ekstraseluler bakteri, kasein akan terhidrolisis menjadi peptida-peptida dan asam amino yang larut. Enzim ekstraseluler Bacillus sp. sangat efisien dalam memecah berbagai senyawa karbohidrat, lipid dan protein rantai panjang menjadi unit-unit rantai pendek atau senyawa-senyawa yang lebih sederhana (Yusufa dkk., 2013). Morfologi sel dan koloni bakteri Bacillus sp. dapat dilihat pada Gambar 2. (a) (b) Gambar 2. (a) morfologi sel bakteri Bacillus sp. Dengan pewarnaan Gram (positif) (b) aktivitas proteolitik bakteri Bacillus sp. Pada media susu skim agar (Yusufa dkk., 2013). B. Pseudomonas sp. Bentuk selnya berupa batang lurus, atau kadang-kadang serupa bola. diameter koloni 0,5-0,8 µm. koloni muncul di atas permukaan media TSA. Koloni bakteri berwarna kuning, permukaan koloni mengkilat. Termasuk ke dalam bakteri gram negatif, motil dan katalase positif (Saylendra, 2013). Salah satunya dari genus Pseudomonas. Bakteri genus ini memproduksi beberapa enzim seperti potease, amilase, dan lipase. Selain itu bakteri Pseudomonas juga dapat menguraikan protein, karbohidrat dan senyawa organik lain menjadi CO2, gas amoniak, dan senyawa- senyawa lain yang lebih sederhana (Hardhianto, 2010). Morfologi koloni bakteri Pseudomonas sp. dapat dilihat pada Gambar 3. SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 13 Gambar 3. Morfologi koloni bakteri Pseudomonas sp. pada medium TSA (Tryptic Soy Agar ) (Saylendra, 2013). C. Serratia sp. Serratia sp. adalah genus bakteri gram negatif famili Enterobateriaceae yang memiliki flagella peritrik, sehingga bersifat motil. Habitat Serratia terutama di air dan tanah, pada permukaan daun, serta di dalam tubuh serangga, hewan, dan manusia (Khanafari et al., 2006). Bakteri S. marcescens dilaporkan memproduksi prodigiosin yang bersifat antifungi, antibakteri, algicidal, antiprotozoal, aktivitas antimalaria, immunosuppressif dan aktivitas antikanker (Samrot et al., 2011). S. marcescens juga merupakan salah satu organisme yang dapat menghasilkan enzim kitinase dan menjadi salah satu dari bakteri yang paling efektif untuk mendegradasi kitin. Sebagaimana yang telah diketahui bahwa struktur dinding sel tersusun dari kitin, dengan demikian kitinase dari S. marcescens dapat menjadi biopestisida untuk mengontrol organisme pengganggu tanaman yang disebabkan oleh cendawan (Okay et al., 2012). Morfologi koloni bakteri Serratia sp. dapat dilihat pada Gambar 4. SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 14 Gambar 4. Morfologi koloni bakteri Serratia sp. pada media PDA (Potato Dextrose Agar) (Samrot et al., 2011). D. Streptomyces sp. Streptomyces sp. merupakan salah satu bakteri yang berassosiasi dengan lamun. Kemampuan Streptomyces sp. dalam mengendalikan beberapa penyakit tanaman, mendorong perlunya usaha eksplorasi untuk menemukan keberadaan bakteri Streptomyces sebagai sumber antibiotik. Streptomyces sp. adalah bakteri yang termasuk golongan Actinomycetes yang mampu menghasilkan antibiotik maupun enzim hidrolitik ekstraselular (enzim khitinase dan β 1,3-glukanase). Oleh sebab itu Streptomyces sp. berpeluang untuk digunakan sebagai agen hayati dalam pengendalian mikroba penyebab penyakit tanaman (Minas et al, 2001). Temperatur optimum untuk pertumbuhan Streptomyces sp. adalah 25 350C, ada beberapa spesies yang tumbuh psikrofilik (suhu optimal 5-15 0C) dan thermofilik (suhu optimal >55 0C) (Locci, 1991). pH yang optimal untuk pertumbuhan Streptomyces sp. antara 6 sampai dengan 8 (Astuti, 2005). Morfologi koloni bakteri Streptomyces sp. dapat dilihat pada Gambar 5. SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 15 Gambar 5. Morfologi koloni bakteri Streptomyces sp. pada media SCA (Starch Casein Agar) (Aini, 2006). E. Staphylococcus aureus. Staphylococcus aureus bersifat non-motil, nonspora, anaerob fakultatif, katalase positif dan oksidase negatif. Staphylococcus aureus tumbuh pada suhu 6,5 - 46 0C dan pada pH 4,2 - 9,3 (Paryati, 2002). Koloni tumbuh dalam waktu 24 jam dengan diameter mencapai 4 mm. Koloni pada perbenihan padat berbentuk bundar, halus, menonjol dan berkilau. Staphylococcus aureus membentuk koloni berwarna abu-abu sampai kuning emas tua. Staphylococcus aureus membentuk pigmen lipochrom yang menyebabkan koloni tampak berwarna kuning keemasan (Dewi, 2013). Morfologi sel dan koloni bakteri Staphylococcus aureus dapat dilihat pada Gambar 6. (a) (b) Gambar 6. (a) Morfologi sel bakteri Staphylococcus aureus dengan pewarnaan Gram positif (+) (b) Morfologi koloni S. aureus pada media Blood Agar (Dewi, 2013). SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 16 2.6 Enzim Protease Protease adalah enzim yang memutuskan ikatan peptida pada protein. Berdasarkan tempat pemutusan ikatan peptida, enzim protease dibagi menjadi dua yaitu endopeptidase dan eksopeptidase. Endopeptidase adalah enzim yang mengkatalis pemecahan ikatan peptida pada bagian dalam rantai polipeptida, sedangkan enzim yang mengkatalis pemecahan ikatan peptida pada ujung-ujung rantai polipeptida disebut eksopeptidase (Murray, 2003). Enzim tersebut mempunyai nilai ekonomis dan peranan yang sangat besar, maka sampai sekarang penelitian tentang mikroorganisme penghasil enzim protease masih berlangsung, terutama mencari strain-strain baru dengan cara mengisolasi mikrorganisme penghasil enzim protease dari berbagai tempat. Mikroorganisme adalah sumber enzim yang paling banyak digunakan dibandingkan dengan tanaman dan hewan, karena pertumbuhan cepat dan dapat tumbuh pada substrat yang murah (Edlin dkk., 2014). SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA III KERANGKA KONSEPTUAL 3.1 Kerangka konsep Padang lamun di Pantai Bama, Taman Nasional Baluran merupakan salah satu padang lamun yang bervegetasi campuran, disusun sedikitnya oleh tujuh spesies yaitu Enhalus acoroides, Thalassia hemprichii, Cymodocoea routndata, Halodule uninervis, Halophila ovalis, Halophila ovata, dan Syringodium isoetifolium (Wimbaningrum, 2003). Ekosistem padang lamun adalah satu sistem (organisasi) ekologi padang lamun yang di dalamnya terjadi hubungan timbal balik antara komponen abiotik (air dan sedimen) dan biotik (hewan dan tumbuhan) (Azkab, 2006). Lamun Enhalus acoroides merupakan lamun yang sebarannya paling luas di Indonesia, hal ini karena kemampuan adaptasi tanaman ini yang baik terhadap lingkungan. Hutomo dan Azkab (1997) membagi komunitas hewan yang berasosiasi dengan lamun menjadi 4 kategori, yang pertama biota yang hidup di daun lamun (flora epifitik, mikro dan meifouna), biota yang hidup menempel pada batang dan akar (Policheta dan Amphopoda), biota yang bergerak disekitar lamun (ikan, udang, teripang dan cumi-cumi), biota yang hidup di dalam sedimen lamun (semua jenis benthos baik epifitik maupun indofitik benhtos). Lamun memiliki metabolisme sekunder yang melibatkan mikroorganisme didalam prosesnya, hasil dari metabolisme ini sangat penting bagi lamun sebagai pertahanan terhadap infeksi patogen (Marhaeni, 2011). Organisme laut yang hidupnya menetap diperkirakan sangat bergantung pada mekanisme pertahanan SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 18 kimia untuk melawan hewan-hewan pemangsa dan perlekatan dari mikroorganisme patogenik (Watermann, 1999). Bakteri terdapat secara luas di lingkungan alam yang berhubungan dengan hewan, tumbuh - tumbuhan, udara, air dan tanah. Bakteri umumnya mengasilkan senyawa dalam proses metabolismenya. Semua bakteri mempunyai enzim protease di dalam sel, tetapi tidak semua mempunyai enzim protease ekstraseluler (Durham, 1987). Enzim protease dapat digunakan untuk beberapa aplikasi seperti farmasi, pengempukan daging dan proses pengolahan limbah industri (Nascimento dan Martins, 2006). Saat ini sudah banyak obat-obatan dengan mekanisme kerjanya seperti kerja enzim protease. Namun masih terus dilakukan penelitian untuk mencari enzim protease alami dari berbagai sumber seperti bakteri, fungi, juga organisme laut seperti spons. Data dari penelitian ini diharapkan dapat menjadi bahan informasi tentang keragaman jenis bakteri yang berasosiasi dengan lamun Enhalus acoroides serta bahan acuan untuk penelitian selanjutnya tentang identifikasi bakteri proteolitik asosiasi yang berpotensi sebagai penghasil enzim protease. SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 19 Padang lamun di Pantai Bama Kualitas air Ekologi Cymodocoea rountdata Halodule uninervis Enhalus acoroides Halophila ovalis Halophila ovata Syringodium isoetifolium Thalassia hemprichii Asosiasi Benthos Jamur Bakteri Plankton Enzim ekstraseluler Amilolitik Proteolitik Selulolitik Bakteri proteolitik Gambar 7. Kerangka konsep Keterangan : : Dilakukan pengamatan : Tidak dilakukan pengamatan SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA IV METODOLOGI PENELITIAN 4.1 Tempat dan Waktu Pengambilan sampel lamun dilakukan di Pantai Bama, Taman Nasional Baluran, Situbondo, Jawa Timur. Untuk isolasi, uji aktivitas proteolitik dan identifikasi bakteri dilakukan di Balai Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan Kelas 1 Juanda, Surabaya. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Februari - Maret 2016. 4.2 Materi Penelitian 4.2.1 Peralatan Penelitian Peralatan yang digunakan dalam penelitian ini antara lain berupa gunting, pisau, pinset, pipet tetes, tabung reaksi, Beaker glass, cawan petri, autoclave, incubator, mikropipet, mikroskop, objek glass, oven, timbangan analitik, erlenmeyer, bunsen, jarum, ose. 4.2.2 Bahan Penelitian Bahan penelitian yang digunakan adalah sampel lamun Enhalus acoroides yang diperoleh dari Pantai Bama, Taman Nasional Baluran, Situbondo serta bahan lainnya seperti akuades, NaCl fisiologis 0,9 %, air laut steril, Tryptic Soy Agar (TSA), Skim Milk Agar (SMA), kertas cakram steril 6 mm. SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 21 4.3 Metode Penelitian 4.3.1 Rancangan Penelitian Metode penelitian digunakan untuk memecahkan suatu masalah yang dapat dilakukan dengan pengumpulan data melalui pengamatan, survei, ataupun melalui percobaan (Kusriningrum, 2012). Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode survei. Bahan yang digunakan pada penelitian ini adalah lamun Enhalus acoroides yang diambil secara acak (random sampling) di perairan Pantai Bama Taman Nasional Baluran, Situbondo. 4.3.2 Prosedur Kerja A. Penentuan Lokasi Sampel lamun Enhalus acoroides diambil dari perairan Pantai Bama, Taman Nasional Baluran, Situbondo, Jawa Timur (Lampiran 1). Penentuan lokasi pengambilan sampel berdasarkan rata-rata habitat pertumbuhan lamun dengan kedalaman antara 2 - 12 m sesuai kondisi perairan (Djais dkk., 2002). Pengambilan lamun dilakukan secara acak (random sampling) dengan transek kuadran berukuran 1 x 1 m dengan jarak tiap kuadran transek 25m secara vertikal (arah menuju laut) sepanjang 50m dan horizontal (searah garis pantai) sepanjang 100m. Sampel lamun diambil sebanyak 1 tanaman dari tiap transek kuadran (Dartnall dan Jones, 1986). Adapun denah lokasi pengambilan sampel dapat dilihat pada Gambar 2. SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 22 50 meter 25 m 1m 100 meter Gambar 8. Denah lokasi pengambilan sampel dengan transek kruadran B. Sterilisasi Alat dan Bahan Sterilisasi (suci-hama) perlu dilakukan agar media yang akan dipakai berada pada kondisi bersih (steril), yaitu tidak ada satupun organisme yang hidup didalamnya, agar tidak mengganggu proses pertumbuhan mikroba atau proses fermentasi (Nugroho, 1999). Menurut Society for General Microbiology (SGM) (2006) ada empat cara sterilisasi alat dan media yang digunakan dalam kultur bakteri. Pertama yaitu, menggunakan pembakar bunsen, untuk mensterilkan peralatan seperti ose, jarum dengan cara membakar ujung peralatan tersebut di atas api bunsen sampai berpijar. Kedua oven, digunakan untuk mensterilkan alat yang terbuat dari keramik dan metal serta pengeringan alat-alat yang telah di autoclave. SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 23 Cara penggunaan alat ini yaitu dengan memasukkan bahan tersebut kedalam oven dan dipanaskan pada suhu 160-170 0C selama 1-2 jam. Ketiga menggunakan autoclave untuk mensterilkan tabung reaksi bertutup, cawan petri dan erlenmeyer serta media yang akan digunakan. Penggunaan alat ini dengan memasukkan alat-alat tersebut kedalam autoclave yang ditutup dengan rapat dan nyalakan autoclave dengan temperatur 121 0C dan tekanan antara 15-17,5 psi (pound per square inci) atau 1 atm selama 15 menit. Terakhir yaitu alkohol, digunakan untuk mensterilkan alat-alat yang terbuat dari metal antara lain gunting, pisau, pinset dan meja. Alkohol yang digunakan adalah alkohol 70%. C. Pengambilan Sampel Lamun Sampel lamun yang diambil harus memenuhi syarat diantaranya lamun dalam keadaan sehat dan sudah termasuk tanaman dewasa bukan bibit lamun. Pengambilan sampel dilakukan dengan cara mengambil tanaman yang utuh mulai dari daun, batang dan akar dalam keadaan baik dengan menggunakan pisau. Sampel lamun dibilas bersih dengan air laut steril, kemudian sampel dimasukkan ke dalam kantong plastik kedap udara berisi air laut steril (Lisdayanti, 2013). Catat identitas sampel antara lain tanggal, lokasi (stasiun) dan ciri morfologi (tinggi tanaman). Sampel yang telah di preparasi dimasukkan ke dalam cool box untuk dianalisis selanjutnya di laboratorium. SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 24 D. Pembuatan Media Media yang digunakan untuk pertumbuhan bakteri laut adalah medium Tryptic Soy Agar (TSA) + 2 % NaCl (Massinai, 2013). Menurut Retnowati dkk. (2011) menjelaskan bahwa medium Tryptic Soy Agar (TSA), dibuat dengan cara melarutkan 40 gr TSA, 1000 ml aquades steril, 20 gr NaCl dalam erlenmeyer. Larutan ini selanjutnya dipanaskan diatas kompor listrik sambil diaduk sampai mendidih dan media TSA + 2 % NaCl tercampur secara rata, selanjutnya disterilkan dalam autoclave pada suhu 121 0C selama 15 menit. E. Isolasi Bakteri Sampel lamun sebanyak 10 gr dicuci dengan air laut steril, kemudian digerus, selanjutnya ditambahkan NaCl fisiologis sebanyak 10 ml sehingga menghasilkan larutan stok. Larutan stok 1 ml lalu dimasukkan dalam tabung reaksi yang berisi 9 ml NaCl fisiologis (pengenceran 10-1) kemudian dikocok dengan menggunakan vortex, pengenceran dilakukan hingga 10-6. Hasil pengenceran 10-6 diinokulasi dalam mediun TSA + 2% NaCl dengan metode tuang (pour plate) selanjutnya diinkubasi selama 24 jam pada suhu 30 0C (Massinai, 2013). F. Pemurniaan Isolat Bakteri Koloni bakteri yang tumbuh kemudian dipurifikasi supaya didapatkan isolat murni. Tiap koloni yang berbeda secara morfologi (warna, bentuk, elevasi dan tepi) dipisahkan dan diinokulasi dengan metode goresan (streak plate) pada mendium TSA + 2% NaCl lalu diinkubasi selama 24 jam pada suhu 30 ⁰C (Massinai, 2013). SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 25 Hingga didapatkan isolat bakteri murni (dalam satu petri dish hanya satu koloni bakteri) G. Uji Aktivitas Proteolitik Pengujian aktivitas bakteri proteolitik dilakukan menggunakan metode disk diffusion yaitu dengan cara meneteskan isolat bakteri pada kertas cakram steril dengan ukuran 6 mm lalu diletakkan pada media TSA + 2 % NaCl yang ditambahkan susu skim 1% (Hudzicki, 2013). Setelah itu diinkubasi selama 48 jam pada suhu 30 ºC. Aktivitas proteolitik ditentukan dari ukuran zona jernih yang terbentuk dari aktivitas degradasi kasein pada susu skim. Kasein adalah salah satu jenis protein. Hidrolisis kasein digunakan untuk memperlihatkan aktivitas hidrolitik protease yang memutuskan ikatan peptida dalam protein. Aktivitas pembentukan zona bening dihitung dari diameter zona bening yang terbentuk (Isnansetyo dan Kamei, 2009). H. Karakterisasi dan Uji Biokimia Bakteri yang memiliki aktivitas enzim proteolitik selanjutnya diidentifikasi dengan uji biokimia secara bertahap menurut bagan alir dikotomi berdasarkan Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology (Holt et al., 1994). Pada tahap awal identifikasi dilakukan uji morfologi bakteri dengan melakukan pewarnaan Gram dan pengamatan bentuk sel bakteri. SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 26 Uji biokimia yang dilakukan adalah uji oksidase, uji katalase, uji O/F, uji triple sugar iron agar (TSIA), uji LIA uji MIO (Motility, Indole, Ornithine), uji metil red (MR), uji voges – proskauer (VP), uji cimmons citrate dan uji gula (glukosa, laktosa, sukrosa, arabinosa, manitol, inositol, maltosa, trehalose, dulcitol dan xylose). 4.4 Parameter Pengamatan 4.4.1 Parameter Utama Parameter utama dalam penelitian ini adalah adanya keberadaan isolat bakteri serta identifikasi isolat bakteri proteolitik yang berasosiasi dengan lamun Enhalus acoroides di perairan Pantai Bama, Taman Nasional Baluran, Situbondo, Jawa Timur. 4.4.2 Parameter Pendukung Parameter pendukung dalam penelitian ini adalah kualitas perairan padang lamun Enhalus acoroides di Pantai Bama, Taman Nasional Baluran. Adanya parameter pendukung sangat berpengaruh terhadap parameter utama dalam penelitian ini. 4.5 Analisis Data Data hasil penelitian ini berupa data morfologi sel dan koloni isolat serta hasil uji biokimia bakteri proteolitik yang diperoleh dari lamun Enhalus acoroides yang berada di Pantai Bama, Taman Nasional Baluran. Data yang diperoleh lalu dianalisis secara deskriptif dengan bantuan tabel dan gambar. SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 27 4.6 Diagram Alur Penelitian Survei lokasi Penentuan Lokasi Pengambilan Sampel Lamun Enhalus acoroides Sterilisasi Alat dan Bahan Pengukuran Parameter Lingkungan Pengambilan Sampel Lamun Pengukuran Suhu, Salinitas, Kecerahan dan pH Pembuatan Media TSA + NaCl 2% Isolasi Bakteri Pemurniaan Kultur Bakteri Parameter Pendukung Isolat Bakteri Murni Uji Aktivitas Proteolitik Karakterisasi dan Uji Biokimia SKRIPSI Parameter Utama ISOLASI DAN KARAKTERISASI... Analisis Data RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA V HASIL DAN PEMBAHASAN 5.1 Hasil 5.1.1 Gambaran Umun Lokasi Penelitian Pantai Bama terletak di kawansan Taman Nasional (TN) Baluran, Situbondo, Jawa Timur dengan titik koordinat 070 29’ – 070 55’ LS dan 1140 17’ – 1140 28’ BT. Perairan Baluran adalah kawasan konservasi terumbu karang dan mangrove yang masih alami, berada di garis pantai sepanjang 41 Km yang terletak di zona perairan seluas 1.063 Ha. Sebelah Timur berbatasan dengan Kab. Banyuwangi dan Selat Bali, sebelah Barat berbatasan dengan Selat Madura, sebelah Utara berbatasan dengan Laut Jawa, sebelah Selatan berbatasan langsung dengan Kab. Banyuwangi. Pantai Bama berjarak sekitar 15 km dari pintu gerbang Taman Nasional Baluran, pantai tersebut merupakan pantai yang dikelilingi hutan mangrove serta memiliki rataan terumbu karang yang luas. Pantai Bama memiliki rataan terumbu karang (reef flat) yang sangat landai. Setelah memasuki daerah subtidal beberapa ratus meter dari bibir pantai, tampak adanya dasar pantai dengan kemiringan yang sangat terjal, hingga kedalaman puluhan meter. Pantai Bama merupakan contoh ekosistem perairan laut dangkal yang memiliki penunjang ekosistem yang sangat baik terdiri dari padang lamun, mangrove dan terumbu karang (Tim Pengendali Ekosistem Hutan, 2006). SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 29 5.1.2 Lamun Enhalus acoroides Lamun Enhalus acoroides yang berada di perairan Pantai Bama memiliki karakteristik rhizome berukuran 1,5 – 1,8 cm, memiliki akar berwarna putih dengan panjang antara 9 – 15 cm. Daun berbentuk seperti pita dengan pinggiran daun yang menebal dan lebar antara 8 – 20 mm serta panjang antara 10 – 60 cm. Hal tersebut sesuai dengan Waycott et al. (2004) yang menyatakan Enhalus acoroides mempunyai rhizome (akar rimpang) berdiameter 1,3 – 1,7 cm yang tertutup rapat dengan rambut-rambut yang kaku dan keras. Akar berbentuk seperti tali, berjumlah banyak dan tidak bercabang serta memiliki panjang antara 15,50 – 18,65 cm. Bentuk daun seperti pita tepinya rata dan ujungnya tumpul, panjangnya antara 65 – 150 cm dan lebar antara 1,2 – 2,0 cm (Dahuri, 2003). Lamun Enhalus acoroides tumbuh pada dasar pasir berlempung dengan kedalaman berkisar antara 60 – 120 cm. Enhalus acoroides di padang lamun Pantai Bama umumnya ditemukan tumbuh berdampingan dengan lamun Thalasia hemprichii. Tumbuhnya berpencar dalam kelompok-kelompok kecil terdiri dari beberapa individu atau kumpulan individu yang rapat, berupa kelompok murni atau bersama-sama dengan Thalassia hemprichii dan Halophila ovalis (Kiswara, 1992). Adapun gambar Enhalus acoroides dapat dilihat pada Lampiran 3. 5.1.3 Isolasi dan Pemurnian Bakteri Assosiasi Lamun Enhalus acoroides Pengisolasian pada tahap awal didapatkan dugaan koloni sebanyak 20 strain bakteri. Dugaan ini didasarkan pada perbedaan morfologi koloni bakteri secara makroskopis. Tahapan selanjutnya adalah tahapan pemurniaan bakteri, pada proses SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 30 ini didapatkan hasil bahwa dalam 20 dugaan isolat, setelah dilakukan penyeleksian berdasarkan kesamaan morfologi koloni bakteri baik dari segi warna, bentuk, elevasi dan tepian didapatkan 12 isolat bakteri yang berasosiasi dengan lamun Enhalus acoroides di Pantai Bama, TN Baluran. Keduabelas isolat bakteri yang didapatkan lalu diberi kode EA-1, EA-2, EA-3, EA-4, EA-5, EA-6, EA-7, EA-8, EA-9, EA-10, EA-11 dan EA-12. Pemberian kode ini didasarkan pada perbedaan morfologi koloni tiap isolat bakteri. Pengamatan morfologi koloni secara makroskopis didapatkan beberapa bentuk koloni yaitu : bulat, tak beraturan, akar dan berfilamen. Tepi koloni isolat bakteri ada yang utuh, bergerigi dan berombak. Elevasi yang diamati dari samping terlihat datar, cembung dan membukit. Warna dari isolat yang diamati bermacammacam ada yang berwarna putih susu, putih bening, abu-abu, kuning, oranye dan krem. Morfologi koloni isolat bakteri yang ditemukan pada penelitian ini sesuai dengan pernyataan Salle (1961), bahwa pada umumnya bentuk koloni bakteri berbentuk circular, irregular, filamentous and rhizoid. Elevasi berbentuk raised, convex, flat, umbonate, crateriform. Margin yang berbentuk entire, undulate, filiform, curled dan lobate. Hasil pengamatan morfologi sel yaitu dengan pewarnaan Gram dan bentuk sel (yang diamati dengan menggunakan mikroskop dengan perbesaran 1000x), dari 12 isolat bakteri asosiasi lamun Enhalus acoroides, didapatkan morfologi sel berbentuk bulat (coccus) dan batang (bacill) saja serta semuanya berGram negatif (-) kecuali isolat dengan kode EA-1 dan EA-9 yang berGram positif (+). Hal ini sesuai dengan Pelczar dan Chan (1986), yang menyatakan bahwa bakteri laut 95% SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 31 berGram negatif, sebagian bersifat motil, 70% mengandung pigmen dan mempunyai toleransi yang besar terhadap suhu. Berikut merupakan hasil pengamatan morfologi koloni dan sel bakteri asosiasi lamun Enhalus acoroides di Pantai Bama, TN Baluran Tabel 1. Morfologi koloni dan sel bakteri lamun Enhalus acoroides yang berasal dari perairan Pantai Bama, TN Baluran. Kode Morfologi koloni Morfologi sel isolat Bentuk Tepi Elevasi Warna Bentuk Gram EA-1 Tak Utuh Cembung Putih Coccus Positif beraturan Susu EA-2 Filament Bergerigi Membukit Putih Bacill Negatif bening EA-3 Bulat Utuh Datar Krem Coccus Negatif EA-4 Bulat Berombak cembung Krem Coccus Negatif EA-5 Bulat Utuh Datar Oranye Coccus Negatif EA-6 Bulat Bergerigi Cembung Coklat Bacill Negatif EA-7 Bulat Utuh Cembung Abu- Coccus Negatif abu EA-8 Bulat Utuh Datar Krem Coccus Negatif EA-9 Tak Utuh Datar Putih Bacill Positif beraturan EABulat Bergerigi Datar Krem Bacill Negatif 10 EATak Utuh Cembung Oranye Coccus Negatif 11 beraturan pudar EAAkar Berbelah Datar Oranye Coccus Negatif 12 Pada uji pewarnaan Gram, suatu pewarna penimbal (safranin) ditambahkan setelah metil ungu, yang membuat semua bakteri Gram negatif menjadi berwarna merah atau merah muda, sementara bakteri Gram positif akan mempertahankan warna ungu gelap setelah dicuci dengan alkohol (Khanafi et al., 2006). Gambar hasil pengamatan secara mikroskopis dari bakteri isolasi lamun Enhalus acoroides yang berGram positif dan negatif dapat dilihat pada Gambar 9. SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 32 (a) (b) (c) (d) Gambar 9. (a) Kode isolat EA-1, berbentuk coccus dan berGram positif (+). (b) Kode isolat EA-2, berbentuk coccus dan berGram negatif (-). (c) Kode isolat EA-9, berbentuk bacill dan berGram postif (+). (d) Kode isolat EA-10, berbentuk bacill dan berGram negatif (-). (Sumber : dokumentasi pribadi) Isolat bakteri yang didapatkan paling banyak berGram negatif, diduga karena bakteri Gram negatif memiliki struktur dinding sel yang lebih kompleks dibanding bakteri Gram positif. Karena dinding sel bakteri Gram negatif memiliki peptidoglican tipis yang tertutup periplasmic space dan membran luar yang tersusun dari lipopolisacarida dan protein. Sehingga bakteri Gram negatif mampu bertahan dikondisi lingkungan yang ekstrim (Fardiaz, 1989). SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 33 Isolat bakteri yang ditemukan lebih banyak berbentuk bulat (coccus) dibandingkan dengan batang (bacill). Kehadiran bakteri berbentuk bulat (cocci) kemungkinan disebabkan karena bakteri ini tidak memiliki alat gerak sehingga untuk mempertahankan hidup dengan cara melekatkan diri pada suatu benda yang terdapat di perairan. Pelczar dan Chan (1986), kebanyakan bakteri berbentuk bulat (coccus) hidup saling melekat satu sama lain membentuk kumpulan yang kuat karena adanya bahan yang dihasilkan seperti lendir. Bakteri batang (bacill) yang ditemukan kemungkinan karena bakteri tersebut memiliki flagel yang digunakan untuk bergerak untuk mendapatkan tempat pelekatan. Menurut Aryulina (2005) menyatakan flagellum memungkinkan bakteri bergerak menuju kondisi lingkungan yang menguntungkan atau menghindar dari lingkungan yang merugikan bagi kehidupannya. Hal ini didukung oleh pernyataan Fardiaz (1989), bakteri laut umumnya memiliki kecenderungan berasosiasi dengan suatu lapisan permukaan padat seperti rumput laut, lamun, karang dan tanaman mangrove. 5.1.4 Uji Aktivitas Proteolitik Pengujian yang dilakukan ini bertujuan untuk mengetahui aktivitas proteolitik dari isolat bakteri yang didapatkan. Hasil pengujian dari keduabelas isolat bakteri yang diperoleh menunjukkan bahwa terdapat empat isolat bakteri yang memiliki aktivitas proteolitik. SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 34 Tabel 2. Hasil uji aktivitas Proteolitik dari isolat bakteri asosisasi lamun Enhalusacoroides. Kode isolat Uji aktivitas enzim Diameter zona bakteri proteolitik bening (mm) EA-1 + 18 EA-2 + 7,5 EA-3 0 EA-4 0 EA-5 0 EA-6 0 EA-7 0 EA-8 0 EA-9 + 8 EA-10 + 8 EA-11 0 EA-12 0 Keterangan : ada (+) / tidak (-) Pengamatan aktivitas proteolitik dilakukan pada 48 jam setelah inkubasi. Bakteri Bacillus sp. menghasilkan enzim optimal pada jam ke 30 (Yuniati, 2015). Isolat bakteri asosiasi yang menghasilkan enzim protease adalah isolat dengan kode EA-1, EA-2, EA-9 dan EA-10. Dari pengamatan secara makroskopis dari keempat isolat bakteri yang memiliki aktivitas proteolitik menunjukan perbedaan dari segi tepi, bentuk, elevasi, dan warna. Hal ini diduga karena setiap isolat berbeda jenis sehingga aktivitas proteolitik yang ditunjukan juga berbeda yaitu dari besarnya diameter zona bening yang terlihat. Pengukuran zona bening pada isolat bakteri proteolitik menunjukan perbedaan dari tiap isolatnya. Aktivitas paling rendah ditunjukan pada isolat EA-2 dengan diameter zona bening 7,5 mm. Zona bening yang paling besar ditunjukkan oleh isolat EA-1 dengan diameter zona bening 18 mm. Gambar aktivitas bakteri proteolitik asosiasi lamun Enhalus acoroides dapat dilihat pada Lampiran 4. SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 35 5.1.5 Hasil Uji Biokimia Tabel 3. Hasil uji biokimia dari isolat bakteri proteolitik No. 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 13. 14. 15. Uji biokimia Gram Oksidase Katalase O/F TSIA, Gas, H2S (S/B) LIA (S/B) Motilitas Gelatin Indole Ornithine MR VP Arginin Simmon Citrate Uji Glukosa gula Laktosa Sukrosa Arabinase Manitol Inositol Maltosa Trehalose Dulcitol Xylose EA-1 + + F K,A,H2S + + + + V+ + + + + + + + + + Kode isolat bakteri EA-2 EA-9 + + + + F F K,A,G, K,A,H2S H2S +/H2S + + + + + + + + + + + + + V+ + + + + + + V+ + + V+ + + + + V+ EA-10 + + O A,A + + + V+ V+ V+ V+ + + VV- Ciri-ciri utama suatu bakteri yang perlu diketahui dalam mengkarakterisasi bakteri adalah melalui beberapa uji morfologi dan uji biokimia (Sudarsono, 2008). Pengujian yang dilakukan dalam penelitian ini meliputi uji oksidase, uji katalase, uji O/F, uji triple sugar iron agar (TSIA), uji LIA (Lysin Iron Agar), uji MIO (Motility, Indole, Ornithine), uji metil red (MR), uji voges – proskauer (VP), uji SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 36 cimmons citrate dan uji gula (glukosa, laktosa, sukrosa, arabinosa, manitol, inositol, maltosa, trehalose, dulcitol dan xylose). Dari hasil pengamatan morfologi dan uji biokimia yang dibandingkan dengan buku Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology (Holt et al., 1994) dan buku Biochemical Tests For Identification Of Medical Bacteria (Faddin and Jean, 1980) didapatkan kecocokan karakteristik dengan beberapa genus bakteri. Kode isolat EA-1 memiliki kesamaan karakteristik dengan Staphylococcus sp., EA2 memiliki kesamaan dengan Pleciomonas shigeloides, EA-9 memiliki kesamaan dengan Bacillus sp. dan EA-10 memiliki kesamaan dengan Pseudomonas sp.. Keempat isolat bakteri yang didapatkan pada penelitian ini diinkubasi pada suhu 30 – 32 oC dan pada pH 7 yang disesuaikan dengan perairan Pantai Bama (Lampiran 2.). Bakteri laut umumnya termasuk organisme aerob dan memerlukan suhu yang optimal untuk tumbuh yaitu sekitar 26 – 30 oC serta akan mengalami pertumbuhan yang kurang baik pada suhu diatas 37 oC (Velankar, 1954). 5.2 Pembahasan Dari penelitian ini didapatkan total isolat sebanyak 12 jenis yang memiliki perbedaan baik dari morfologi koloni maupun sel. Jumlah isolat bakteri asosiasi lamun Enhalus acoroides yang didapatkan pada penelitian ini berbeda dibanding dengan yang telah ditemukan pada penelitian yang dilakukan oleh Shofiatul (2011) terdapat 9 strain isolat bakteri yang berasosiasi dengan Enhalus sp. Marhaeni (2011) mendapatkan 23 strain isolat bakteri dari lamun jenis Enhalus acoroides, Thalassia hemprichii dan Syringodium isoetifolium yang dilakukan di perairan pantai Teluk Awur, Jepara Jawa Tengah. Menurut Sidharta (2000), penyebaran SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 37 bakteri di laut dipengaruhi oleh banyak faktor seperti pergerakan air laut, jarak dari pantai, kedalaman, cahaya matahari, iklim dan organisme lain. Tabel 4. Hasil perbandingan dari hasil uji biokimia isolat bakteri EA-1 dengan pustaka (Biochemical Tests For Identification Of Medical Bacteria). No. Uji biokimia Isolat Genus EA-1 Staphylococcus sp. 1. Oksidase 2. Katalase + + 3. O/F F F 4. TSIA, Gas, K,A, K,A, H2S (S/B) H2S H2S 5. LIA (S/B) + td 6. Motilitas 7. Gelatin + td 8. Indole td 9. Ornithine + td 10. MR + 11. VP 12. Arginin + + 13. Simmon Citrate V+ V+ 14. Uji gula Glukosa + + Laktosa + + Sukrosa + + Arabinase + + Manitol + + Inositol + + Maltosa + + Trehalose + + Dulcitol + Xylose + - SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 38 Keterangan : Td = tidak ada dalam pustaka Isolat EA-1 yang memiliki ciri-ciri morfologi koloni berbentuk bulat tak beraturan, tepi utuh dan berelevasi cembung. Sel berbentuk bulat anggur dengan ujung meruncing, memiliki ukuran 2 – 4 µm dan berGram positif (+). Pengujian biokimia menunjunkan bahwa isolat EA-1 bersifaat non motil, oksidase negatif, fermentatif, TSIA basa/asam terdapat gas H2S, lysin iron agar (LIA) positif, gelatin positif, indole negatif, ornithine positif, metil red (MR) negatif, voges proskauer (VP) negatif, Arginin positif dan citrat varibel positif. Pada uji gula hanya pada gula jenis dulcitol yang negatif sedangkan glukosa, laktosa, sukrosa, arabinosa, manitol, inositol, maltosa, trehalose dan xylose menunjunkan hasil positif. Dari hasil pengujian biokimia yang dilakukan, isolat bakteri EA-1 memiliki kecocokan dengan bakteri Staphylococcus sp. sebesar 85 %. Menurut Faddin (1980), Staphylococcus sp. termasuk dalam bakteri Gram positif, berbentuk bulat anggur, non motil, fermentatif, katalase positif, oksidase negatif, TSIA asam/basa, voges proskauer (VP) negatif, arginin positif, dan citat varibel positif, dapat menghidrolisis semua jenis gula kecuali pada xylose. SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 39 Staphylococcus sp. bersifat non-motil, nonspora, anaerob fakultatif, katalase positif dan oksidase negatif. Staphylococcus aureus tumbuh pada suhu 6,5 - 46 oC dan pada pH 4,2 - 9,3 (Paryati, 2002). Isolat EA-2 yang memiliki ciri-ciri morfologi koloni berbentuk tak beraturan, tepi utuh dan berelevasi datar. Sel bulat, memiliki ukuran 0,5 - 1 µm dan berGram negatif (-). Pengujian biokimia menunjunkan bahwa isolat EA-2 bersifat motil, oksidase positif, fermentatif, TSIA basa/asam, lysin iron agar (LIA) positif terdapat gas H2S, gelatin negatif, indole positif, ornithine positif, metil red (MR) negatif, voges proskauer (VP) negatif, Arginin positif dan citrat varibel positif. Pada uji gula semua menunjukan hasil positif. Dari hasil pengujian biokimia yang dilakukan, isolat bakteri EA-2 memiliki kecocokan dengan bakteri Plesiomonas shigeloides sebesar 90 %. Tabel 5. Hasil perbandingan dari hasil uji biokimia isolat bakteri EA-2 dengan pustaka (Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology). No. Uji biokimia Isolat Genus EA-2 Pleciomonas shigeloides 1. Oksidase + + 2. Katalase + + 3. O/F F F 4. TSIA, Gas, K,A,G, K,A H2S (S/B) H2S 5. LIA (S/B) +/H2S + 6. Motilitas + + 7. Gelatin 8. Indole + + 9. Ornithine + + 10. MR + + 11. VP 12. Arginin + + 13. Simmon Citrate + V+ 14. Uji gula Glukosa + + Laktosa + V+ SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 40 Sukrosa + Arabinase + Manitol + Inositol + Maltosa + Trehalose + Dulcitol + Xylose + Keterangan : Td = tidak ada dalam pustaka + Td Td V+ Menurut Holt et al. (1994), Plesiomonas shigeloides termasuk dalam bakteri Gram negatif, berbentuk bulat, bersifat motil, fermentatif, katalase positif, oksidase positif, TSIA asam/basa, gelatin positif, indole positif, ornithine positif, voges proskauer (VP) negatif, arginin positif, dan citrat varibel positif. Pada uji gula jenis glukosa, laktosa, innositol dan xylose yang positif. Tabel 6. Hasil perbandingan dari hasil uji biokimia isolat bakteri EA-9 dengan pustaka (Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology). No. Uji biokimia Isolat Genus Bacillus EA-9 sp. 1. Oksidase + 2. Katalase + + 3. O/F F F 4. TSIA, Gas, K,A, K,A, H2S H2S (S/B) H2S 5. LIA (S/B) + Td 6. Motilitas + + 7. Gelatin + + 8. Indole 9. Ornithine + Td 10. MR + + 11. VP 12. Arginin + + 13. Simmon Citrate + + 14. Uji gula Glukosa + + Laktosa Td Sukrosa + Arabinase VSKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 41 Manitol Inositol VMaltosa + Trehalose + Dulcitol Xylose V+ Keterangan : Td = tidak ada dalam pustaka + Td Td V- Isolat EA-9 yang memiliki ciri-ciri morfologi koloni berbentuk batang panjang, berwarna abu-abu, tepi utuh dan berelevasi datar. Sel berbentuk batang memanjang, memiliki ukuran 3 - 7 µm dan berGram positif (+). Pengujian biokimia menunjukkan bahwa isolat EA-9 bersifaat motil, oksidase negatif, katalase positif, fermentatif, TSIA basa/asam terdapat gas H2S, lysin iron agar (LIA) positif, gelatin positif, indole negatif, ornithine positif, metil red (MR) positif, voges proskauer (VP) positif, Arginin positif dan citrat varibel positif. Pada uji gula hanya pada gula jenis laktosa, arabinosa, manitol, inositol, dulcitol yang negatif sedangkan glukosa, sukrosa, maltosa, trehalose dan xylose menunjunkan hasil positif. Dari hasil pengujian biokimia yang dilakukan, isolat bakteri EA-9 memiliki kecocokan dengan bakteri Bacillus sp. sebesar 95 %. Menurut Holt et al. (1994), Bacillus sp. merupakan bakteri berGram positif, dan bersifat motil karena memiliki flagel peritrichous, oksidase negatif, katalase positif, berrbentuk batang atau silinder dan sangat resisten terhadap kondisi yang tidak menguntungkan. Bakteri ini bersifat aerobik atau fakultatif anaerobik yang terlihat dari uji katalase positif. Kemampuan fisiologis beragam, sangat peka terhadap perubahan panas, pH dan salinitas. Bacillus sp. pada dasarnya merupakan bakteri tanah, tetapi umumnya dijumpai diperairan tawar dan payau sebagai komposit (Irianto dan Hendrati, 2003). SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 42 Isolat EA-10 yang memiliki ciri-ciri morfologi koloni berbentuk bulat, berwarna coklat, tepi bergerigi dan berelevasi cembung. Sel berbentuk batang memanjang, memiliki ukuran 1 - 7 µm dan berGram negatif (-). Pengujian biokimia menunjunkan bahwa isolat EA-10 bersifaat motil, oksidase positif, katalase positif, oksidatif, TSIA asam, lysin iron agar (LIA) positif, gelatin negatif, indole negatif, ornithine positif, metil red (MR) negatif, voges proskauer (VP) negatif, Arginin negatif dan citat varibel positif. Pada uji gula hanya pada gula jenis laktosa, arabinosa, dulcitol yang negatif sedangkan glukosa, sukrosa, manitol, inositol, maltosa, trehalose dan xylose menunjunkan hasil positif. Dari hasil pengujian biokimia yang dilakukan, isolat bakteri EA-10 memiliki kecocokan dengan bakteri Pseudomonas sp. sebesar 95 %. Tabel 7. Hasil perbandingan dari hasil uji biokimia isolat bakteri EA-10 dengan pustaka (Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology). No. Uji biokimia Isolat Genus EA-9 Pseudomonas sp. 1. Oksidase + + 2. Katalase + + 3. O/F F O 4. TSIA, Gas, A, A A,A H2S (S/B) 5. LIA (S/B) + Td 6. Motilitas + + 7. Gelatin 8. Indole 9. Ornithine + 10. MR 11. VP 12. Arginin 13. Simmon Citrate + + 14. Uji gula Glukosa + + Laktosa VTd Sukrosa + SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 43 Arabinase VManitol + Inositol V+ Maltosa + Trehalose + Dulcitol VXylose VKeterangan : Td = tidak ada dalam pustaka + Td Td V- Genus Pseudomonas sp. memiliki karakter koloni berbentuk bulat, berwarns coklat atau krem. Pada uji biokimia, menunjukkan bahwa bakteri ini dapat memfermentasi gula jenis glukosa, inositol, bersifat motil, oksidase dan katalase positif, termasuk bakteri oksidatif, gelatin negatif, indole negatif, metil red (MR) negatif, voges proskauer (VP) negatif, melakukan aktivitas citrate tidak menghasilkan gas dan H2S (Holt et al., 1994). Bakteri genus ini memproduksi beberapa enzim seperti protease, amilase, dan lipase. Selain itu bakteri Pseudomonas juga dapat menguraikan protein, karbohidrat dan senyawa organik lain menjadi CO2, gas amoniak dan senyawa - senyawa lain yang lebih sederhana (Hardhianto, 2010). Kemampuan aktivitas proteolitik dan waktu produksi optimum enzim protease menyebabkan adanya perbedaan zona bening yang dihasilkan dari tiaptiap bakteri. Pada isolat bakteri Staphylococcus sp. memiliki zona bening sebesar 18 mm. Hal ini didukung dengan pernyataan Fatoni dkk. (2007) bahwa Staphyllococcus sp. termasuk bakteri proteolitik, hal ini dapat dilihat dari zona bening yang terbentuk di media susu skim. Plesiomonas shigeloides merupakan bakteri air dan sedimen tanah yang memiliki kemampuan proteolitik serta termasuk bakteri patogen yang merugikan bagi organisme laut (Pereira et al., 2008). SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 44 Bakteri Bacillus sp. memiliki zona bening sebesar 8 mm. Bakteri Bacillus sp. merupakan bakteri proteolitik karena mampu menghasilkan enzim protease dengan terbentuknya zona bening pada media susu skim (Yuniati, 2015). Pengamatan zona bening yang terbentuk akibat aktivitas proteolitik pada bakteri Pseudomonas sp. sebesar 8 mm. Hal ini karena bakteri Pseudomonas sp. dapat mengahsilkan enzim protease pada berbagai media yang mengandung sumber protein seperti agar-agar, karginan dan polyacrylamide (Sankaralingan et al., 2012). Zona bening yang terbentuk dari aktivitas proteolitik yang paling besar ditunjukkan oleh bakteri Staphylococcus sp. yaitu 18 mm dan yang paling kecil adalah bakteri Plesiomonas shigeloides sebesar 7,5 mm. Beberapa bakteri patogen dapat memproduksi enzim protease yang digunakan untuk merusak struktur jaringan inang (Baehaki dkk., 2005). Dua bakteri (EA-9 atau Bacillus sp. dan EA10 atau Pseudomonas sp.) yang diperoleh dari penelitian ini dapat digolongkan sebagai calon kandidat bakteri probiotik. Menurut Feliatra (2004), beberapa jenis bakteri kandidat probiotik antara lain Lactococcus sp., Carnoacterium sp., Bacillus sp., Eubacterium sp., Pseudomonas sp., Lactobacillus sp., Micrococcus sp. dan Biftidobacterium sp. SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA VI KESIMPULAN DAN SARAN 6.1 Kesimpulan Dari penelitian ini didapatkan 12 isolat bakteri yang berasosiasi dengan lamun Enhalus acoroides di Pantai Bama, TN Baluran, Situbondo dan dari keduabelas isolat tersebut didapatkan 4 jenis isolat bakteri yang memiliki aktivitas proteolitik yaitu Staphylococcus sp., Plesiomonas shigeloides, Bacillus sp., Pseudomonas sp. 6.2 Saran Isolat bakteri asosiasi lamun Enhalus acoroides di Pantai Bama, TN Baluran mempunyai potensi sebagai calon kandidat bakteri probiotik. Untuk mengetahui kemampuan isolat bakteri tersebut, maka perlu dilakukan penelitian lebih lanjut mengenai potensi isolat bakteri sebagai calon kandidat bakteri probiotik. SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA DAFTAR PUSTAKA Abraham, A. G., G. Antoni L., and A. C. Anon. 1993. Proteolytic Activity of Lactobacillus bulgaricus Grown in Milk, Journal of Diary Science. La Plata, Argentina. 11 pp. Abubakar, H., A. T. Wahyudi, dan M. Yuhana. 2011. Skrining Bakteri yang Berasosiasi dengan Spons Jaspis sp. Sebagai Penghasil Senyawa Antimikroba. Jurusan Biologi FMIPA Universitas Negeri Papua, Amban, Manokwari. Papua. Vol. 16 (1) 35-40. Aini, F. N. 2006. Penekanan Penyakit Lincat Tembakau Temanggung menggunakan Kombinasi Pseudomonad Fluoresen dan Streptomyces spp. Fakultas Pertanian UGM. Yogyakarta. 74 hal. (Skripsi). Aryulina, D. 2005. Biologi I. Jakarta: Erlangga. 134 hal. Astuti, A. 2005. Karakterisasi Streptomyces spp. Agens Pengendali Hayati Penyakit Lincat Tembakau Temanggung. Fakultas Pertanian. Universitas Gadjah Mada. Skripsi. 65 hal. Azkab. 2006. Ada Apa dengan Lamun. Bidang Sumberdaya Laut, Pusat Penelitian Oseanografi-LIPI. Jakarta. 14 hal. Baehaki, A., Rinto dan B. Arif. 2011. Isolasi dan Karekterisasi Protease dari Bakteri Tanah Rawa Indralaya, Sumatera Selatan. J. Teknologi dan Industri Pangan, Vol. XXII (1) : 10-16. Baehaki, A., T. Nurhayati dan M. T. Suhartono. 2005. Karakteristik Protease Dari Bakteri Patogen Staphylococcus epidermidis. Buletin Teknologi Hasil Perikanan. Teknologi Pangan dan Gizi, Institut Pertanian Bogor, Bogor. Vol VIII (2) : 25-34. Bjork, M., Short, Mcleod, dan Beer. 2008. Managing Seagrasses for Resilience to Climate Change. IUCN. Gland, Switzerland. 45 pp. Dahuri, R. 2003. Keanekaragaman Hayati Laut Aset Pembangunan Berkelanjutan Indonesia. Penerbitan Gramedia Pustaka Utama. Jakarta. Hal 165-169. Dartnall, Aj. And M. Jones (eds.) 1986. A manual of survey methods : living resources in coastal areas. ASEAN AUSTRALIA Cooperative Programme on Marine Science Handbook. Townsville, Australian Institute of Ma-rine Science: 167 hal. Dewi, A. K. 2013. Isolasi, Identifikasi dan Uji Sensitivitas Staphylococcus aureus terhadap Amoxicillin dari Sampel Susu Kambing Peranakan Ettawa (PE) SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 47 Penderita Mastitis Di Wilayah Girimulyo, Kulonprogo, Yogyakarta. Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta. JSV 31 (2). Djais, F. H., Anzori S.,Yvonne, I.P. dan P. Pandu,. 2002. Modul Sosialisasi dan Orientasi Penataan Ruang Laut, Pesisir dan Pulau-pulau Kecil. Direktorat Jendral Pesisir Dan Pulau-pulau Kecil, Dinas Kelautan Dan Perikanan. Jakarta. Hal 175-185. Durham, D.R., D.B. Stewart, and E.J. Stellwag. 1987. Novel alkaline and heat stable serine proteases from alkalaphilic Bacillus sp. strain GX6638. J. Bacterial.169 (6) : 2762- 2768. Edlin, Y. N., A. Agustien dan D. H. Tjong. 2014. Isolasi dan Karakterisasi Bakteri Alkali-Proteolitik Sumber Air Panas Semurup Kerinci Jambi. Jurnal Biologi Universitas Andalas. 3 (4) : 303-309. Faddin M. and F. Jean. 1980. BIOCHEMICAL TESTS for IDENTIFICATION of MEDICAL BACTERIA second edition. Lipincott Williams and Wilkins Company. Baltimore USA. 438 pp. Fardiaz, S. 1989. Mikrobiologi Pangan. Bogor. PAU Pangan dan Gizi, IPB. 125 hal. Fatoni, A., Zusfahair dan P. Lestari. 2007. Isolasi dan Karakterisasi Protease Ekstraseluler dari Bakteri dalam Limbah Cair Tahu. Program Studi Kimia, Jurusan MIPA, Fakultas Sains dan Teknik, Universitas Jenderal Soedirman. Jurnal Natur Indonesia 10 (2). 6 hal. Feliatra, I. Efendi dan E. Suryadi. 2004. Isolasi dan Identifikasi Bakteri Probiotik dari Ikan Kerapu Macan (Ephinephelus fuscogatus) dalam Upaya Efisiensi Pakan Ikan. Jurnal Indonesia 6(2): 75-80. Fakultas Perikanan dan Kelautan Universita Riau. Feng, Y., Shen, D., and W. Song. 2006. Rice endophyte pantoea agglomerans YS19 promotes hoost plant growth and effects allocations of host photosynthates. Journal Appl. Microbiologi. 100, 938-945. Ghadin, W. C. Y., Yun, S. T. S., Hsien, K. T., Yi. and S. Li-Hwei. 2003. Identification of B. pseudomallei by 16S rDNA Sequencing. Sgh Proceedings. 12(2), 52-55. Gupta, R., Beg, Q.K., dan Lorenz, P. 2002. Bacterial alkaline proteases: molecular approaches and industrial application. Appl Microbiol Biotechnol. 59:15-32. Hasanuddin, R. 2013. Hubungan Antara Kerapatan Dan Morfometrik Lamun Enhalus acoroides Dengan Substrat Dan Nutrien Di Pulau Sarappo Lompo SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 48 Kab. Pangkep. Jurusan Ilmu Kelautan, Fakultas Ilmu Kelautan Dan Perikanan,Universitas Hasanuddin, Makassar. 64 hal. (Skripsi). Hung, P, Q., dan K. Annapurna. 2004. Isolation and Characterization of endophytic bacteria in soybean (Glicine sp.) Omonrice 12, 92-101. Hutomo, M. Dan M. H. Azkab. 1997. Peranan Lamun Di Lingkungan Laut Dangkal. Oseana Vol XII (1) : 13-23. Holt, J.G., N.R. Krig, P. Sneath, J. Staley, dan S. Williams. 1994. Bergeys Manual Of Determinative Bacteriology 9th Edition. Lipincott Williams and Wilkins Company. Philadelphia USA. 546 pp. Hardhianto, M. D. 2010. Efektifitas Bakteri Pseudomonas sebagai Pengurai Bahan Organik (Protein, Karbohidrat, Lemak) pada Air Limbah Pembenihan Ikan Lele Dumbo (Clarias sp.) Sistem Resirkulasi Tertutup. Fakultas Perikanan dan Kelautan Universitas Airlangga. Surabaya. 75 hal. Hudzicki, J. 2013. Kirby-Bauer Disk Diffusion Susceptibilty Test Protocol. Approved standard—9th ed. CLSI document M2-A9. 26:1. Clinical Laboratory Standards Institute, Wayne, PA. 48 pp. Irianto, A. dan P. M. Hendrati. 2003. Keragaman Hayati Bakteri Heterotrofik Aerobik Perairan Pantai Baron, Gunung Kidul, Yogyakarta. Fakultas Biologi, Universitas Jenderal Soedirman, Purwokerto. Jurnal Biodiversitas. Vol 4 : 80 – 82. Irma, M. P., R. Hendriani dan S. A. F. Kusuma. 2009. Pencarian Bakteri Tanah Penghasil Enzim Protease Dari Gunung Gede Cianjur. Fakultas Farmasi, Universitas Padjadjaran, Bandung. 13 hal. Isnansetyo, A., dan Kamei. 2009. Anti- Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) Activity of MC21-B, an Antibacterial Compound Produced by the Marine Bacterium Pseudoalteromonas phenolica O-BC30T. Int. J. Antimicrobial Agents 34(2):131-135. Kawaroe, M. 2009. Perspektif lamun sebagai blue carbon sink di laut. Makalah disampaikan pada Lokakarya Nasional 1 Pengelolaan Ekosistem Lamun “Peran Ekosistem Lamun dalam Produktifitas Hayati dan Meregulasi Perubahan Iklim”. 18 November 2009. PKSPL-IPB, DKP. 35 hal Khaifin. 2007. Survei Sumberdaya Biologi dan Perikanan Desa Babokerong dan Baobulak Kabupaten Lembata. Laporan Kegiatan. Yayasan WWF Indonesia, Solor-Alor Project. Lembata, NTT. 11 hal. Khanafari, A., M.M. Assadi, and F.A. Fakhr. 2006. Review of prodigiosin, pigmentation in Serratia marcescens. Biol. Sci. 6:1-13. SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 49 Kiswara, W. 1992. Community Structure and Biomass Distribution of Seagrass at Banten Bay, West Java, Indonesia Fukami, K; U. Simidu and N. TAGA 1981. Fluctuation of the communities of heterotrophic process of phytoplankton. J. Exp. Biol. Ecol. 5: 175-184 Kurniawan, M. L., M. S. Akbar dan D. Saptorini. 2010. Analisis Kecenderungan Persebaran Meiofauna Pada Lamun Yang Dipengaruhi Oleh Variabel Lingkungan (studi Kasus di Pantai Bama, Taman Nasional Baluran, Situbondo). Jurnal Ilmu Dasar. Departemen Statistika Institut Teknologi 10 November Surabaya. Surabaya : 10 hal. Kusriningrum, R. S. 2012. Buku Ajar Perancangan Percobaan. Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Airlangga, Surabaya. Penerbit Dani Abadi. Surabaya. Hal 3-5. Lisdayanti, E. 2013. Potensi Antibakteri Dari Bakteri Asosiasi Lamun(Seagrass) Dari Pulau Bonebatang Perairan Kota Makassar. Jurusan Ilmu Kelautan Fakultas Ilmu Kelautan Dan Perikanan, Universitas Hasanuddin. Makassar. 57 hal. (Skripsi). Locci, R. 1991. Streptomycetes and Related genera. In Ballows, A., H. G. Truper, M. Dworkin, W. Horder dan K. H. Schleisfer (Eds). The Prokariotes, A Handbook on The Biology of Bakteria. Ecophysiology, Isolation, Identification, Aplication. 2nd edition. Springer – Verlag. New York. 63 pp. Mano. 2007. Culturable endophytic bacterial flora of the maturing leaves and roots of rice plants (Oryza sativa) cultivated in a Paddy field. Microbes and Environment. 22 (2), 175-185. Marhaeni, B. 2011. Potensi bakteri asosiasi tumbuhan lamun sebagai penghambat terjadinya biofouling di laut. Disertasi. Sekolah pascasarjana Institut Pertanian Bogor. Bogor. 12 hal Marlida, R., M. A. Suprayudi, Widanarni dan E. Hrris. 2014. Internasional Journal of Scinences : Basic and Applied Researh (IJSBAR), 16 (1): 364-379. Massinai, S., A. Haris, E. Lisdayanti, dan B. A. Gosary. 2013. Lamun Pulau Bonebatang, Kepulauan Spermonde Dan Bakteri Asosiasinya. Jurusan Ilmu Kelautan Fakultas Ilmu Kelautan Dan Perikanan, Universitas Hasanuddin. Makassar. 40 hal. Minas, W., J. E. Bailey and W. Duetz. 2001. Streptomycetes in micro-cultures: Growth, production of secondary metabolites, and storage and retrieval in the 96-well format. Kluwer Academic Publishers. Zurich. Pp 34-37 Murray, R. K., 2003. Biokimia Harper. Alih bahasa: Andry Hartono. Ed.25, Jakarta: EGC. Hal 96 SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 50 Nascimento, W.C.A. and M.L.L. Martins. 2006. “Studies on stability of protease from Bacillus sp. and its compatibility with commercial detergent”, Brazilia, Microbiol, 37, 307-311. Nugroho, N., B. 1999. Pelatihan Manajemen Produksi dan Teknologi Fermentasi Untuk Pembuatan Minyak kelapa “Pembuatan Medium Dan Inokulum Fermentasi”. Direktorat Teknologi Bioindustri, BPP Teknologi, Jakarta. Lampung. 45 hal. Nontji, Anugerah. 2005. Laut Nusantara. Djambatan. Jakarta. 75 hal Nurzahraeni. 2014. Keragaman Jenis Dan Kondisi Padang Lamun Di Perairan Pulau Panjang Kepulauan Derawan Kalimantan Timur. Jurusan Ilmu Kelautan Fakultas Ilmu Kelautan Dan Perikanan Universitas Hasanuddin, Makassar. 68 hal. (Skripsi). Okay S, Ozdal and M. Kurbanoglu EB, 2012. Characterization Antifungal Activity and Cell Immobilization of A Chitinase from Serratia marcescens MO-1. Vol 2 (3) : 239-245 Oktavianti, R., Suryanti dan F. Purwanti. 2014. Kelimpahan Echinodermata Pada Ekosistem Padang Lamun Di Pulau Panggang, Kepulauan Seribu, Jakarta. Program Studi Manajemen Sumberdaya Perairan, Jurusan Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan. Universitas Diponegoro, Semarang. Vol 3 (4) : 243-249. Paryati, S.P.Y. 2002. Patogenesis Mastitis Subklinis pada Sapi Perah yang Disebabkan oleh Staphylococcus aureus. Makalah Pengantar Falsafah Sains. Institute Pertanian Bogor. 35 hal Paskandani, R., Ustadi dan A. Husni. 2014. Isolasi Dan Pemanfaatan Bakteri Proteolitik Untuk Memperbaiki Kualitas Limbah Cair Pengolahan Bandeng Presto. J. Manusia Dan Lingkungan,. Jurusan Perikanan, Fakultas Pertanian, Universitas Gadjah Mada. Yogyakarta. Vol. 21, No.3 Pelczar, M. J. dan E. C. S. Chan. 1986. Dasar-Dasar Mikrobiologi. Jilid I. Terjemahan Ratna Siri Hadioetomo. UI Press, Jakarta. 154 hal. Pereira, S. C., S. D. Amorim, A. F.d. M. Santos and D.d. P. Rodrigues. 2008. Plesiomonas Shigelloides And Aeromonadaceae Family Pathogens Isolated From Marine Mammals Of Southern And Southeastern Brazilian Coast. Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Imbé, RS, Brasil. Brazilian Journal of Microbiology (2008) 39:749-755. Rao, M.B., Tanksale AM, Ghatge MS, and V.V. Deshpande. 1998. Molecular and biotechnological aspects of microbial proleases. J.Microbiol. Mol.Bio.Rev.62:597-635. SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 51 Romimohtarto, K dan S. Juwana. 2001. Biologi Laut Ilmu Pengetahuan Tentang Biota Laut. Penerbit Djambatan. Jakarta. 95 hal. Ryan, R. P. K., Germaine, A. Franks, D. J., Ryan, D. N. Dowling. 2007. Bacterial endophytes: recent developments and applications. FEMS Microbiol Lett. 278, 1-9. Salle, A. J. 1961. Fundamental Principles Of Bacteriology. University of California, Los Angeles. Fifth edition. 812 hal. Samrot, A. V. Chandana K, Senthilkumar P, Kumar N, 2011. Optimization of Prodigiosin Production by Serratia marcescens SU-10 and Evaluation of Its Bioactivity. International Research Journal of Biotechnology, 2(5):128-133. Sankaralingan, S., T. Shankar, K. Sendeshkannan, R. Ramasubburayan and S. Prakash. 2012. Production of Protease From Pseudomonas Sp. by Immobilization Approach on Different Matrices. Center for Marine Science and Technology, M.S. University, Tamilnadu, India. European Journal of Applied Sciences 4 (4): 146-156. Saylendra, A., D. Firnia. 2013. Bacillus Sp. Dan Pseudomonas Sp. Asal Endofit Akar Jagung (Zea Mays L.) Yang Berpotensi Sebagai Pemacu Pertumbuhan Tanaman. Jurnal Ilmu Pertanian dan Perikanan. Universitas Sultan Ageng Tirtayasa. Banten. Vol. 2 No.1 Hal : 19-27. Setyati, W. A. Dan Subagyo. 2012. Isolasi dan Seleksi Bakteri Penghasil Enzim Ekstraseluler (Proteolitik, Amilolitik, Lipolitik, dan Selulolitik) yang Berasal dari Sedimen Kawasan Mangrove. Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Diponegoro. Semarang. Ilmu Kelautan Vol. 17 (3). hal. 164-168. Shofiatul, M. A. 2011. Potensi antibakteri dari bakteri asosiasi tumbuhan lamun Enhalus sp. Tesis. Universitas Diponegoro. Semarang. (Abstrak). Hal 2-3. Sidharta, B. R. 2000. Pengantar mikrobiologi kelautan. Universitas Atmajaya. Yogyakarta. 122 hal. Society for General Microbiology (SGM). 2006. Basic Practical Microbiology (A Manual). Education Department, SGM, Marlborough House, Basingstoke Road, UK. 40 hal. Sudarsono, A. 2008. Isolasi dan Karakterisasi Bakteri pada Ikan Laut dalam Spesies Ikan Gindara ( Lepidocibium flavobronneum). Program Studi Teknologi Hasil Perikanan. IPB. Bogor. Hal 1-12. Sutiknowati, L. I. 2010. Kelimpahan bakteri fosfat di padang lamun teluk banten. Pusat Penelitian Oseanografi-LIPI. 36(1): 21-35. SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 52 Tim Pengendali Ekosistem Hutan Baluran. 2006. Program Kerja Pengendali Ekosistem Baluran, Taman Nasional Baluran. 35 hal Tomascik, T., Mah A. J., Nontji A., and M. K. Moosa. 1997. The Ecology of the Indonesian Seas. Part Two. The Ecology of Indonesia Series. Volume VIII. 235-243. Triyanto, A. Isnansetyo, I. D. Prijambada, J. Widada dan A. Tamiawati. 2009. Isolasi, Karakterisasi dan Uji Infeksi Bakteri Proteolitik Dari Lumpur Hutan Bakau. Jurnal Perikanan (J. FISH. Sci) XI (1) : 16-24. Udy, J.W. and W.C. Dennison 1996. Estimating nutrient availability in seagrass sediment. In: Seagrass Biology: Proceeding of an International Workshop, Rottnest Island, Western Australia, 25 – 29 January: 163-172. Velankar, N. K. 1954. Bacteria Isolated From Sea-Water And Marine Mud Off Mandapam (Gulf Of Mannar And Palk Bay). Proc Indian Sec. Congres, Januari 1954 : 208 - 228 Watermann, B. 1999. Alternative future.LimnoMar: 1-6. antifoulant techniques present and Waycott, M., McMahon K, J. Mellors, A. Calladine, and D. Kleine. 2004. A Guide to Tropical Seagrasses of the Indo-West Pacific. James Cook University, Townsville-Queensland-Australia. 65 pp. Wimbaningrum, R. 2002. Komunitas Lamun di Rataan Terumbu, Pantai Bama, Taman Nasional Baluran, Jawa Timur. Jurnal Ilmu Dasar 4 (1) : 25 – 32. Wisnubudi, G. Dan E. Wahyuningsih. 2010. Kajian Ekologis Ekosistem Sumberdaya Lamun Dan Biota Laut Asosiasinya Di Pulau Pramuka, Taman Nasional Laut Kepulauan Seribu (Tnkps). Fakultas Biologi Universitas Nasional. 16 hal. Yuniati, R., T. T. Nugroho, F. Puspita. 2015. Uji Aktivitas Enzim Protease Dari Isolat Bakteri Bacillus sp. Galur Lokal Riau. Fakultas MIPA, Univ Riau. JOM FMIPA Vol 1 No.2. 7 hal. Yusufa, M. H., M. C. Padaga, dan D. A. Octavianie. 2013. Identifikasi Dan Studi Aktivitas Protease Bacillus Sp Asal Limbah Cair Rumah Potong Ayam Tradisional Sebagai Kandidat Penghasil Biodeterjen. Program Studi Pendidikan Dokter Hewan Program Kedokteran Hewan Universitas Brawijaya. Malang. 15 hal. Zahida, D. Dan M. Shovitri. 2013. Isolasi, Karakterisasi dan Potensi Bakteri Aerob Sebagai Pendegradasi Limbah Organik. Jurnal Sains Dan Seni Pomits, SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 53 Jurusan Biologi, Fakultas MIPA, Institut Teknologi Sepuluh Nopember (ITS). Surabaya. Vol. 2, No 1. 17 hal SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA LAMPIRAN Lampiran 1. Peta Lokasi Keterangan : Gambar Pantai Bama, Taman Nasional Baluran, Situbondo, Jawa Timur. (Sumber : www.google.co.id/maps) [ Diakses pada tanggal 15 Desember 2015]. SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 55 Lampiran 2. Data pengukuran kualitas air di perairan Pantai Bama, TN Baluran, Situbondo, Jawa Timur. NO 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 13. 14. 15. SKRIPSI Lokasi Kode isolat Vertical X St (EA-1)Horizontal (EA-15) 0x0 meter EA-1 0x25 meter EA-2 0x50 meter EA-3 0x75 meter EA-4 0x100 meter EA-5 25x0 meter EA-6 25x25 meter EA-7 25x50 meter EA-8 25x75 meter EA-9 25x100 meter EA-10 50x0 meter EA-11 50x25 meter EA-12 50x50 meter EA-13 50x75 meter EA-14 50x100 meter EA-15 Rata-rata Parameter kualitas air Kecerah Suhu pH Salinitas an (cm) (OC) (ppt) 100 33,0 7,6 28 100 33,0 7,4 28 100 33,5 7,2 28 100 33,0 7,8 28 100 33,5 7,6 28 100 33,2 7,2 29 100 33,5 7,2 28 100 33,0 7,4 29 100 33,0 7,6 28 100 33,2 7,2 28 100 32,8 7,6 29 100 32,0 7,6 29 100 32,0 7,2 29 100 32,0 7,2 29 100 32,0 7,8 29 100 32,8 7,44 28,47 ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 56 Lampiran 3. Gambar Enhalus acoroides Keterangan : Gambar Enhalus acoroides dewasa (atas) dan tunas (bawah). (Sumber : dokumentasi pribadi) SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 57 Lampiran 4. Gambar aktivitas bakteri proteolitik (zona bening) A B C D Keterangan : A. Aktivitas proteolitik bakteri dengan kode isolat EA-1 dan EA-2 dari bawah petri dish. B. Aktivitas proteolitik bakteri dengan kode isolat EA-1 dan EA-2 dari atas petri dish. C. Aktivitas proteolitik bakteri dengan kode isolat EA-9 dan EA-10 dari bawah petri dish. D. Aktivitas proteolitik bakteri dengan kode isolat EA-9 dan EA-10 dari atas petri dish. (Sumber : dokumentasi pribadi) \ SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI
