Silabus S2 Mikrobiologi - Departemen Biologi IPB
advertisement
Silabus S2 Mikrobiologi Silabus Mata Kuliah PPS500 Bahasa Inggris 3(3-0) PPS690 Seminar 1(0-1) BIO510 Fisiologi dan Metabolisme Mikrob 2(2-0) BIO511 Genetika Mikrob 2(2-0) BIO521 Sistematika Mikrob 2 (2-0) Mata kuliah ini berbobot 3 SKS dan merupakan mata kuliah yang terbuka bagi seluruh mahasiswa pascasarjana baik program magister maupun doktor. Pelajaran Bahasa Inggris diberikan untuk meningkatkan kemampuan mahasiswa SPs dalam memperdalam ilmu, khususnya untuk meningkatkan kemampuan membaca materi akademik, menulis, membuat ringkasan hasil penelitian dan menyusun kalimat dalam Bahasa Inggris, baik secara pasif maupun secara aktif. Seminar adalah penyajian hasil-hasil penelitian (tesis atau disertasi) dalam suatu forum ilmiah Sekolah Pascasarjana untuk mendiseminasikan hasil penelitian , baik secara tertulis maupun secara lisan, menyerap masukan dari forum untuk penyempurnaan tesis, menambah wawasan ilmiah, dan meningkatkan kompetensi komunikasi ilmiah Memberikan cara penulisan berbagai karya ilmiah yang mencakup penulisan usulan proyek dan laporan, termasuk juga cara penyampaian dan penyajian data, pembuatan slide dan transparansi, serta penggunaan komputer dengan Liquid Crystal Display (LCD) Viewer Mata kuliah Fisiologi dan Metabolisme Mikrob menyajikan pembahasan mengenai prosesproses fisiologi yang mencakup pertumbuhan dan pengendaliannya, metabolisme, keragaman metabolisme, dan adaptasi mikroorganisme terhadap lingkungannya. Pembahasan mengenai pertumbuhan meliputi pengukuran pertumbuhan sel, mempelajari struktur subseluler diferensiasi sel mikrob, serta adaptasi mikrob terhadap lingkungannya. Pembahasan metabolisme meliputi metabolisme karbohidrat dan produksi energi, metabolisme nitrogen, metabolisme asam amino, metabolisme asam nukleat, metabolisme lipid, serta keragaman metabolisme meliputi fermentasi dan fotosintesis yang dilakukan oleh mikrob. Mata kuliah ini membahas mengenai struktur dan organisasi genom, Genetika plasmid, Mutasi pada DNA dan reparasinya, serta transfer gen pada prokariot khususnya bakteri sebagai model yang meliputi konjugasi, transformasi dan transduksi. Disamping itu juga akan membahas mengenai transduksi sinyal pada prokariot, ekspresi gen dan regulasinya, serta teknologi DNA rekombinan dan analisisnya. Rekombinasi somatik dan analisis hasil rekombinasi intrakromosom pada cendawan, struktur dan fungsi gen tipe kawin pada Saccharomyces cerevisiae, serta gen tipe mating pada cendawan lainnya juga dibahas dalam mata kuliah ini. Mata kuliah Ssitematika Mikrob menyajikan pembahasan mengenai perkembangan sistematika mikrob, konsep-konsep spesies dan spesiasi pada mikrob, karakter-karakter morfologi, fisiologi dan molekuler untuk penyusunan sistematika mikrob, klasifikasi infraspesies dan kaidah penamaan mikrob. BIO513 Mikrobiologi Lingkungan 2(2-0) BIO514 Mikrob dan Potensinya 3(2-3) STK511 Analisis Statistika 3(2-2) Pembahasan mencakup penegetahuan dasar tentang mikrob dan lingkungannya yang mencakup evolusi, interaksi antar populasi, komunitas mikrob dan ekosistem, siklus biogeokimia, aspek bioteknologi lingkungan berbasis mikrob dan pengetahuan terkini tentang mikrob dan lingkungannya. Pendalaman materi dilakukan melalui diskusi, tugas mandiri dan praktikum Mata kuliah Mikrob dan Potensinya membahas ciri-ciri dan kemampuan mikrob (bakteri dan fungi) yang memungkinkannya mempunyai potensi luar biasa yang dapat dimanfaatkan, seperti untuk proses fermentasi, biokonversi (biotransformasi), penghasil enzim hidrolitik, antibiotik, protein sel tunggal, biopolimer, asam organik, asam amino, nukleotida, zat pemacu pertumbuhan tanaman, dan vitamin. Statistika dasar (jenis-jenis peubah, penyajian data, peringkasan data, konsep peubah acak, sebaran peluang peubah acak, pendugaan parameter dan pengujian hipótesis). Analisis korelasi dan regresi linier (formulasi model, pendugaan parameter model, pengujian model, ukuran kebaikan model, penerapan model). Beberapa paket análisis pilihan: (1) perancangan percobaan, (2) análisis non parametrik dan análisis data kategorik , (3) Umum (perancangan percobaan, análisis data kategorik dan análisis peubah ganda), (4) paket pilihan terbuka disesuaikan dengan kebutuhan program studi. Perancangan Percobaan BIO590 Metode Ilmiah 2(2-0) BOT601 Kolokium 1(1-0) BIO518 Cendawan dalam Praktik 3(1-2) Mempelajari bagaimana pengetahuan baru diciptakan. Sains faktual vs sains ideal. Hal: sifat dan hukum. Kognisi dan pengetahuan. Persepsi dan pengamatan. Pengujian dan bukti. Tata cara penulisan karya ilmiah. Metode penelitian. Pembuatan proposal penelitian. Kolokium merupakan sarana bagi mahasiswa untuk menyajikan rencana penelitian tesis yang telah dikonsultasikan dengan komisi pembimbing. Kolokium dilaksanakan di depan mahasiswa, dosen pembimbing, dan pengampu mata kuliah. Hasil akhir dari kolokium berupa proposal penelitian yang telah siap digunakan sebagai acuan dalam pelaksanaan penelitian tesis. Mata ajaran ini membahas dan melakukan teknik-teknik mengisolasi cendawan dari berbagai lingkungan dan mengkarakterisasi isolat secara morfologi, ekologi, fisiologi, genetika, dan biosistematika. Aspek morfologi disajikan melalui pengamatan mikroskopi struktur somatik dan reproduksinya serta penggunaan kunci identifikasi. Aspek ekologi disajikan dalam bentuk menganalisis keragaman spesies dalam habitat yang sama. Aspek fisiologi cendawan disajikan dalam bentuk pengenalan keragaman substrat cendawan di lapangan, identifikasi isolat berdasarkan sifat kultur dalam medium dan cara penyimpanannya. Aspek genetika disajikan dalam bentuk mengkarakterisasi hasil persilangan antara isolat. Aspek biosistematikanya meliputi isolasi dan amplifikasi DNA menggunakan primer universal taxon, analisis bioinformatik sekuen DNA dan protein, dan sistematika molekuler. BIO516 Bioteknologi Molekuler 3(2-3) BIO515 Bioteknologi Mikrob 3(2-3) BIO526 Cendawan Perusak Bahan Pangan dan Mikotoksinnya 3(2-3) BIO524 Interaksi Mikrob-Inang 3(2-3) Mata kuliah ini mengkaji mengenai aspek molekuler dari gen dan ekspresi gen dengan model mikrob tertentu. Penjelasan mencakup struktur genom, transaksi gen, ekspresi genom, regulasi ekspresi gen, dan teknik biologi molekuler. Mata kuliah ini menjelaskan berbagai aspek pemanfaatan mikroba dan rekayasa genetiknya untuk dimanfaatkan dalam bidang lingkungan, industri farmaseutikal,dan pertanian seperti dalam proses bioremediasi serta penggunaan dan pemanfaatan limbah sebagai sumber energy, produksi etanol, produksi bioplastik, Probiotics, Prebiotics , Biocatalysis /biosensor, Molecular diagnostics, Vaccines and therapeutics agents, Plant-growth promoting bacteria, Microbial insecticides, Microbial synthesis of commercial products, Large-scale production of proteins from recombinant microorganisms, serta aspek tentang regulasi dan paten microb produk bioteknologi Mata kuliah ini menyajikan materi yang mencakup pengertian dan tahapan pascapanen, ekosistem penyimpanan dan deteriorasi bahan pangan (terutama biji-bijian), definisi cendawan lapangan dan perusak pascapanen pada bahan pangan, faktor-faktor yang berpengaruh terhadap pertumbuhannya. Ciri khusus, fisiologi, genetika dan ekologi berbagai spesies cendawan perusak pascapanen utama. Selain itu juga akan dibahas pengaruh cendawan terhadap mutu bahan pangan dan toksin yang dihasilkannya; pencegahan dan pengendaliannya. Dijelaskan cara pengambilan sampel bahan pangan yang mewakili; metode isolasi, penghitungan dan identifikasi cendawan; pengaruh mikotoksin terhadap kesehatan hewan (ternak) dan manusia, metode deteksi dan analisis kandungan mikotoksin (terutama aflatoksin). Oleh karena serangga merupakan hama utama pada bahan pangan di penyimpanan dan terdapat hubungan yang erat antara serangan serangga dan cendawan, maka akan dijelaskan interaksi antara serangga dan cendawan. Mata kuliah Interaksi Mikrob-Inang menyajikan pembahasan mengenai konsep biologi interaksi antara mikrob dan inangnya baik pada tumbuhan maupun hewan dan manusia yang meliputi interaksi mutualistik, netral, dan parasitik. Materi yang diberikan meliputi biodiversitas, ekologi, fisiologi, mekanisme interaksi dan peranannya dalam bidang pertanian, kesehatan, dan lingkungan BIO621 Bioteknologi Senyawa Antimikrob 3(2-3) BIO522 Bioteknologi Cendawan 3(2-3) BIO517 Fisiologi dan Genetika Bakteri dalam Praktik 3(1-2) BIO699 Tesis dan Ujian Akhir 7 kuliah ini membahas tentang senyawa antimikrob mencakup baik senyawa antibiotik asal organisme maupun senyawa antibiotik semisintetik dan senyawa bakteriosin. Dijelaskan juga organisme penghasil senyawa tersebut dan strategi seleksi dan skrining untuk mendapatkan senyawa antimikrob tersebut yang didukung dengan pengetahuan fisiologi produksi, mekanisme kerja, biosintesis, metode uji aktivitas, ektraksi dan purifikasi berdasarkan teknik mikrobiologi (bioautografi) dan teknik kimia (kromatografi) dan fisikokimia sehingga diperoleh senyawa antimikrob murni. Mata kuliah Bioteknologi Cendawan menyajikan tentang cendawan yang berpotensi menghasilkan produk-produk penting hasil dekomposisi dan metabolismenya melalui pemanfaatan bahan baku, limbah dan teknologi yang dapat diterapkan di bidang pertanian, industri, lingkungan dan energi yang mencakup antara lain cendawan pada makanan tradisional, potensi jamur makro sebagai pangan, penghasil obat dan bahan lain, metabolit penting cendawan, mikoriza, liken, cendawan sebagai agens kontrol biologi (terhadap cendawan patogen tanaman, cendawan penyebab penyakit pascapanen pada buah-buahan, gulma, serangga dan nematoda), cendawan ligninolitik dan liken yang berhubungan dengan polutan dan bioremediasi. Dijelaskan juga cara manipulasi genetik pada cendawan sehingga diperoleh galur unggul. Mata kuliah genetika dan fisiologi bakteri dalam praktik menyajikan teknik-teknik mengisolasi bakteri serta mengkarakterisasi isolat tersebut. Pada pengenalan bakteri juga diberikan cara mengisolasi bakteri yang menghasilkan enzim hidrolitik hingga cara penghitungan aktivitasnya. Untuk aspek genetika dipelajari isolasi DNA genom, amplifikasi DNA, analisa bioinformatik sekuen DNA dan protein, serta kloning gen pada bakteri. Merupakan tugas akhir mahasiswa program magister di Departemen Biologi sebagai salah satu syarat kelulusan yang meliputi kegiatan penelitian baik di laboratorium maupun di lapang, penulisan tesis, dan publikasi ilmiah minimal pada jurnal nasional.
