pseudomonas sp rhizobakteria pemacu

Ringkasan Eksekutif
Hasil-hasil Penelitian Tahun 2011
PENGKAYAAN PLASMA NUTFAH, PENENTUAN TETUA, DAN
PENYEDIAAN ALAT SELEKSI DINI UNTUK PERBAIKAN
VARIETAS DURIAN (Durio zibethinus Murr.) DENGAN
PENDEKATAN MOLECULAR ASSISTED BREEDING
Dr. Adi Pancoro1), Panca Jarot Santoso, SP. MSc2), dan
Ir. Ni Luh Putu Indriyani, MP2)
Sebagai
tanaman
tahunan,
perbaikan varietas durian memerlukan
strategi yang melibatkan perangkat
seleksi dini berdasarkan marka molekuler
(Molecular
Assisted
Selection).
Pendekatan ini memerlukan ketersediaan
koleksi plasma nutfah dengan keragaan
yang tinggi dan perangkat untuk seleksi
dini tetua dan progeny yang terbaik.
Kegiatan ini akan menjadi dasar bagai
kegiatan perbaikan varietas durian jangka
panjang dan komplek.
Secara keseluruhan penelitian
akan menjawab permasalahan dibidang
pemuliaan durian, antara lain (1)
pengkayaan dan penyelamatan materi
genetik durian asli Indonesia; (2)
perakitan varietas unggul sesuai dengan
ideotipe secara nasional dalam jangka
panjang; (3) pengembangan aplikasi baru
dari ilmu dasar genetika molekuler pada
komoditas durian.
Pengkayaan
plasma
nutfah
durian.
Eksplorasi
durian
unggul
dilakukan di sentra-sentra produksi
durian. Durian terpilih diambil entrisnya
kemudian diperbanyak dan dikoleksi di
KP Subang.
Sekeksi
tetua
berdasarkan
hubungan filogenetik dan sebaran
geografis
menggunakan
analisa
polimorfik sekuen DNA. DNA genom
diisolasi dari daun muda sejumlah 151
varietas durian yang diambil dari koleksi
plasma nutfah di KP Subang, lokasi
sentra durian di Indonesia dan introduksi.
Kerjasama Kemitraan Penelitian Pertanian
Dengan Perguruan Tinggi (KKP3T)
DNA diisolasi menggunakan Geneaid TM
Genomik DNA Mini Kit Protocol dengan
modifikasi masa inkubasi. Gen ITS untuk
studi filogeny (Baldwin et al., 1995) ini
diamplifikasi
menggunakan
primer
spesifik ITS 5 (5’-TAG AGG AAG GAG
AAG TCG TAA CAA-3’) dan ITS 4 (5’CCC GCC TGA CCT GGG GTC GC 3’)
dengan siklus reaksi sebagai berikut : 5
menit pada suhu 94 0C, 30 detik pada
suhu 94 0C, diikuti suhu 56 0C selama 30
detik dan 72 0C selama 30 detik, siklus ini
diulang 25 kali, dan diakhiri dengan tahap
elongasi terakhir pada suhu 72 0C selama
7 menit.
Sekuensing hasilnya amplifikasi
dikerjakan dengan menggunakan jasa
pihak ketiga (Macrogen-Korea).
Data
hasil sekuensing dianalisis dengan
bantuan software GENEIOUS.
Data
pengelompokan (group/clade) varietas
durian dan hubungan kekerabatan
dianalisa secara deskriptif bedasarkan
pohon filogenetik yang berhasil dibangun.
Melalui kegiatan ini diperoleh
sebanyak 98 varietas dalam bentuk 278
bibit durian. Sejumlah 60 varietas durian
(147 tanaman) dikoleksi dari 25 propinsi,
dan 38 varietas koleksi KP Subang
diperbanyak untuk dilakukan rekoleksi
bersama dengan varietas yang baru.
Sejumlah 151 DNA genom durian
telah diisolasi. Sebanyak 96 DNA telah
diamplifikasi (tahap I) menggunakan
primer ITS dan diperoleh produk PCR
sepanjang ± 700 bp. Produk PCR yang
215
Ringkasan Eksekutif
Hasil-hasil Penelitian Tahun 2011
diperoleh kemudian di sekuensing.
Sejumlah 96 (1 plate) sampel telah
disekuensing,
93
diantaranya
menunjukkan hasil urutan nukleotida
sebagaimana diharapkan. Pohon filogeni
kemudian
disusun
berdasarkan
polimorfisme sekuens yang diperoleh
dikombinasikan dengan data sekuens
kerabat durian yang ada di Bank Gen
(NCBI).
Sebanyak 98 varietas durian (278
bibit) telah dikoleksi di KP Subang
diagram filogenetik durian dapat disusun
berdasarkan polimorfisme gen ITS Perlu
dilakukan introgresi gen-gen dari spesies
kerabat dekat D. zibethinus Murr. Untuk
meningkatkan
keragaman
dan
menyatukan karakter unggul pada durian.
Plasma nutfah yang dapat digunakan
sebagai tetua antara lain D. kutejensis, D.
dulcis, durian Pelangi, Tembaga Jambi
dan dari D. zibethinus yang telah
dievaluasi karakter unggulnya yang ingin
dipertahankan.
Satu
orang
peneliti
bidang
pemuliaan dan satu orang petugas
belajar S3 dari Balai Penelitian Tanaman
Buah Tropika terlibat secara langsung
dan aktif dalam penelitian ini untuk
mentransfer teknologi dan meningkatkan
keahlian di bidang marka molekuler dan
sekuensing.
1. Pengajar Universitas 45 Makassar
2. Peneliti Badan Litbang Pertanian
Kerjasama Kemitraan Penelitian Pertanian
Dengan Perguruan Tinggi (KKP3T)
216