Real-Time PCR Assay in the Diagnosis of Pneumocystis pneumonia

Pemeriksaan 8PCR dalam Diagnosis Pneumonia
Anna Rozaliyani,*,** Budhi Antariksa,* Dianiati K.S.,* Retno Wahyuningsih**
 5
;[
];^
 5
];^
Real-Time PCR Assay in the Diagnosis of Pneumonia
ABSTRACT
Pneumocystis
<=>
~
#
~
\
5
~ = & \ &\ 
\
Y
&~&\
P. jiroveci
$
Y
\
‘
&\
Y ~ &
\ \ <=[> $ ~
= ~ \ &
& ~ $
5Y~
=[$‘
Y
Key words : P*#
+
%
%real-time PCR
Pendahuluan
Pneumocystis
(Pneumocystis
pneumonia, => oleh Pneumocystis jiroveci yang sebelumnya
dikenal sebagai Pneumocystis carinii. \
itu merupakan penyebab utama kesakitan dan
kematian pada pasien dengan gangguan sistem
imun diantaranya pasien terinfeksi HIV, penyakit
keganasan, penerima transplantasi organ atau
1-3 5
'}|W = 9WWWW =5X (cluster of
differentiation) leukosit kurang dari 200 sel/mm31,2,4
*
&$ |W{ ~
=5 &
highly
active antiretroviral therapy (HAART) menurunkan
=?X{
\
\
tersebut masih menjadi infeksi oportunistik penting
pada pasien AIDS serta pasien dengan gangguan
'9`#| Beberapa penelitian terkini
melaporkan kolonisasi asimtomatik P. jiroveci pada
pasien penyakit paru kronik, bahkan pada orang
$.\
9-11
150
J Respir Indo Vol. 31, No. 3, Juli 2011
Sampai saat ini Pneumocystis belum dapat
dibiak dalam medium in vitro, sehingga diagnosis
= & mikrooorganisme
tersebut
dalam
sediaan
histopatologi dengan pewarnaan konvensional
&
membutuhkan spesimen klinis khusus, keterampilan
&
$
12,13
& &
metode reaksi rantai polimerase (polymerase
chain reaction, =[> P.
jiroveci dalam berbagai spesimen klinis yang lebih
mudah diperoleh misalnya dari induksi sputum
&
Y
\
tinggi meskipun memiliki beberapa kekurangan,
diantaranya tidak dapat membedakan P. jiroveci
sebagai koloni komensal atau patogen di saluran
13-15 & =[ $ \ <realtime =[> kuantitatif untuk membedakan hal tersebut dalam
$&
15,16
Masalah diagnostik PCP
= <'}W}>
Pneumocystis dianggap sebagai protozoa, sampai
5‰ '}|| &
bahwa Pneumocystis merupakan golongan jamur
\
&
&
&
5‰'}}}\
P. carinii menjadi P. carinii f. sp. hominis (P. jiroveci)
yang hanya ditemukan pada manusia dan P. carinii
f. sp. carinii (P. carinii) yang ditemukan pada hewan
3,4
= & \
&\
& &
terhadap P. jiroveci pada awal usia kanak-kanak
yang mengindikasikan pajanan berulang terhadap
\ P. jiroveci menetap
&
\&& ~
&
&
&\=
&
Y
~
#dikutip dari 11
;
\&
P. jiroveci &
$&=
pasien transplantasi organ solid dan onkologi,
\ 5‰ P. jiroveci
pada saluran
pernapasan atas petugas kesehatan yang berkontak
= $ =11,17-19
Berbagai situasi tersebut menunjukkan kemungkinan
kolonisasi P. jiroveci atau kondisi carrier (pasien
~
\ >
= carrier dianggap berperan
penting sebagai sumber infeksi. menunjukkan bahwa anak-anak atau masyarakat
umum yang sehat dapat berperan sebagai sumber
~
&5‰P. jiroveci pada
#&11,20
5
=
gejala klinis, pemeriksaan laboratorium rutin dan
‚
=&
demam, batuk kering (non-produktif), sesak napas,
& ‚ & prodromal mungkin dapat timbul dalam jangka waktu
&& & & Ž
'|
Hasil pemeriksaan laboratorium rutin juga tidak
Ž serum laktat dehidrogenase (LDH) dapat meningkat
&
&
Q
&
= gas darah dapat memperlihatkan hasil hipoksemia,
hipokarbia, dan peningkatan alveolar-arterial oxygen
gradient (AaDO2> pada 20% pasien dengan gejala sangat ringan, tetapi
hal itu tidak boleh menyebabkan kelalaian untuk
Y
=
=5X kurang dari
200 sel/mm3'|9'
Diagnosis pasti ditegakkan dengan menemukan
kista atau trofozoit Pneumocystis dalam sediaan
klinis pasien misalnya bilasan bronkus, biopsi dan
$ Y
\
paling sering digunakan adalah gomori methenamine
silver (GMS) untuk mendeteksi dinding kista, serta
stadium Pneumocystis1,12,21,22 Sensitivitas pewarnaan
tersebut dalam mendeteksi Pneumocystis dari
&
& xW#}9{ &
dikombinasikan dengan pemeriksaan sediaan
&
&
Y
\
'WW{12 Induksi sputum merupakan prosedur
pemeriksaan yang lebih sederhana serta noninvasif dibandingkan bilasan bronkus atau biopsi
transbronkial, tetapi sensitivitasnya menggunakan
$ Y
\ ?` # x|{
& $ dilaporkan meningkatkan sensitivitas pemeriksaan
}x{5,12,17
=[
meningkatkan sensitivitas deteksi Pneumocystis
|q € 'WW{ & =[ berhasil mendeteksi P. jiroveci pada individu yang
$\ ~ &
tersebut memperlihatkan gejala klinis, sebagian
lagi tidak, sehingga memungkinkan dugaan
J Respir Indo Vol. 31, No. 3, Juli 2011
151
13,14 P. jiroveci
~ real-time =[
memungkinkan dibedakannya kolonisasi komensal
15,16
^ real-time
=[ =[
Y
PCR konvensional
=[ biologi molekuler terpenting yang membuka wawasan
& &&
&
\
5‰ & 5‰ ˆ
&23 Banyaknya siklus yang dilakukan
=[\
&
5‰&
dengan perbedaan ukuran basa yang terlihat dalam
&
=[
memakan waktu dan tidak bersifat kuantitatif24,25
=[
dalam prosedur diagnostik berbagai penyakit
termasuk
penyakit
infeksi, misalnya untuk
kepekaan kuman terhadap antibiotika, petanda
Y
#
26,27
&\ \ Y
reproducibility yang baik, kemampuan mendeteksi
mikroorganisme penyebab infeksi yang tidak
dapat dideteksi oleh pemeriksaan konvensional
&
$ ;
=[
\
kemungkinan memberikan hasil positif semu (false
positive) atau negatif semu (false negative), pada
beberapa penyakit infeksi sulit dibedakan antara
infeksi laten dengan aktif atau organisme komensal
dengan patogen, prosedur pemeriksaan sangat
&23,25,26
Pemeriksaan 8 PCR
&
152
&
J Respir Indo Vol. 31, No. 3, Juli 2011
penggunaan real-time =[ menggunakan etidium
&
<*> ˆ Q =[ Y
\ &$
\Y
\&&*
&Q
5‰
Y
Y
konvensional dalam hal penentuan pelipatgandaan
5‰ ~ real-time =[
5‰
Q reaksi berjalan dalam waktu sesungguhnya (realtime>&
real-time
=[ &
=[ Y
\
prosedur pemeriksaan lebih mudah dan singkat
sehingga dapat menghemat biaya peralatan dan
bahan laboratorium yang diperlukan, kemungkinan
kontaminasi selama proses analisis di dalam gel
yang sangat tinggi karena langsung diproyeksikan
~ &9X9x9|
‚& ' real time =[ 5‰ ~ $ 5
<9X>
Peran pemeriksaan PCR untuk mendiagnosis PCP
=[ =
%dikutip dari 13
Metode dalam reaksi itu dikembangkan berdasarkan
sikuens gen P. carinii pada tikus yang ternyata dapat
P. jiroveci. Metode tersebut meliputi gen target yang
menyandi mitochondrial large subunit ribosomal
[‰ < ^ [‰> internal transcribed spacer
<##=[> '| [‰ ` [‰ thymidylate
synthase (TS), dihydrofolate reductase <5][>
serta dihydropteroate synthetase <5>29
=
14
dalam
penelitiannya
&
=[ direct
<5]>'9W
induksi sputum dan 112 spesimen bilasan bronkus
yang diperoleh dari pasien imunokompromis
<
\ ~
> Y
&
& =[
'WW{ \
}|{ =[
Y
}X{
}W{
5]
Y
\\|9{
; =[ &
Y
sangat tinggi memungkinkannya digunakan sebagai
pemeriksaan penyaring dalam upaya mendeteksi
= \ &
Y
&
bahwa hasil tersebut mungkin memberikan hasil
~ 5]&'
=[
= &
5] &&
Y
5,36
& ' ; =[ &
5] Y
=
Memungkinkan pemeriksaan
sediaan klinis yang tidak invasif
terhadap
Memungkinkan dugaan kolonisasi dan
perlunya memberikan terapi profilaksis
Dikutip dari (5,25)

15 mengembangkan
teknik
real-time =[ =
&&
spesimen klinis, termasuk yang berasal dari
#
Y
~ &
=
mengandung mikroorganisme berjumlah lebih
banyak
dibandingkan pasien infeksi subklinis
5‰ P. jiroveci yang diekstraksi lebih banyak pada
\ & =
Teknik ini memberikan hasil dalam waktu singkat
yaitu kurang dari tiga jam, memiliki sensitivitas dan
\&
keadaan kolonisasi atau infeksi subklinis dengan
;&&&
& penghitungan dan penerapan nilai cut-off15,16
Peran 8PCR untuk diagnosis PCP
]
16 membandingkan pemeriksaan realtime =[ =[ Y
$ = ‰
Y
real-time =[
'WW{|X}{
=[Y
'WW{ |x{ $ qW{ 'WW{ ~
&
&
= &
&$
positif semu menggunakan teknik pemeriksaan
=[ Y
&
9#9'{ pasien-pasien tanpa gejala yang diduga berada
dalam kondisi carrier. Hasil negatif semu lebih sering
ditemukan pada pemeriksaan menggunakan teknik
$ Y
\
= \ dilaporkan memperlihatkan perburukan klinis dalam
$ ?`X{15,16
^ ~
~ && &
menentukan nilai cut off yang dapat membedakan
kondisi carrier \
=&
103-104
5‰
]
'| menyatakan
bahwa sediaan bilasan bronkhus yang mengandung
J Respir Indo Vol. 31, No. 3, Juli 2011
153
5‰
'W3 menunjukkan
kondisi pasien dengan status carrier kronik dan
perlu dilakukan pemantauan untuk memastikan
apakah pasien tersebut berada dalam tahap
$ = ~ real-time =[ &
&
epidemiologi diantaranya dalam hal peningkatan
\ pengukuran beberapa asam nukleat target sekaligus
dalam satu reaksi, membedakan genotipe multipel
Pneumocystis, metode alternatif dalam hal deteksi
mikroorganisme, serta memungkinkan uji saring
&
$
& && &
diantaranya standarisasi protokol pemeriksaan
yang memerlukan tingkat keterampilan teknis tinggi,
dukungan fasilitas memadai, serta biaya penyediaan
\
'`'q9q#9|
KESIMPULAN
Pneumocystis masih menjadi
penyebab kesakitan dan kematian penting pada
5
pasti dilakukan dengan menemukan P. jiroveci dalam
sediaan klinis pasien dengan teknik histopatologi
yang membutuhkan spesimen klinis sangat khusus,
keterampilan laboratorium tinggi, serta waktu
& real-time =[
~
untuk membedakan keadaan komensal atau infeksi
subklinis dengan patogen dalam waktu singkat
tetapi memerlukan tingkat keterampilan teknis tinggi,
dukungan fasilitas memadai, serta biaya penyediaan
\
DAFTAR PUSTAKA
' =] 
\
‰*@!9WWXŽ?`W+9X|x#}|
9 Morris A, Lundgren JD, Masur H, Walzer
5 5 ]
=
154
J Respir Indo Vol. 31, No. 3, Juli 2011
epidemiology of Pneumocystis *~5
9WWX'W<'W>+'x'?€9W
? @[ = !
[] %
* $ <Pneumocystis jiroveci) for
Pneumocystis ~ * ~ 5
9WW9Ž|}'#q
X !
[  Pneumocystis jiroveci
~
9WWXŽ`}+x?'#?
` 5$ˆŒŒ~
diagnosing Pneumocystis carinii pneumonia in
+$$
*[
@9WW?Ž9'+9WX#|
q [
ˆ ! ]
@ Y
~ ~
Pneumocystis \
Y
#
Y
=
!
&
[Y9WWXŽ'x+xxW#|9
x ; @*, Hanson D, Dworkin MS, ]
T, Bertolli J, Lindegren ML*
\
~ \ Y
#
~
^
~ \ Y Y
\
=
~5
9WWWŽ?W+`#'X
| Y
$~Pneumocystis @9WWqŽ'}+`#}
} !‰%
5@
\\
~ Pneumocystis jiroveci &
&\+
Y\
9WW?Ž`|+`}X#x
'W !
&]=&Y
~ &
Y \ severity and Pneumocystis ˆ
@
[
=
=!9WWXŽ'xW+XW|€'?
'' ! ]@ !#= ! = ! #
= [
ˆ ‰ ‚ Pneumocystis jiroveci *~5
9WW`Ž''+9X`#}
'9 
&Y
ˆ * ! @
Gallo L, Krasinski K, =
~=[
\
~ of Pneumocystis carinii from respiratory
~
$
~
~
&\ \ Y
@
=
!
&
'}}`Ž??+?WWX#x
'? Sing A, Trebesius K, Roggenkamp A,
[¤\&;~~~]*Y
~ Y ~ =[ ~ Pneumocystis
carinii in different immunosupressed and
@ =
!
&
9WWWŽ?|+'Xq'#x
\
~
&\Pneumocystis carinii in a
~
=
~5
9WW'Ž?9+|``#q'
9' 5 =] ! \
+
5
%*‚&@5=
\\ ‰$ ŒŽ "~ ^
Y
\ +
9WW?XWx#'}
'X ]
, Gill VJ, ;Y @, !
, Keary
$ ‰‚ [  5
~
Pneumocystis jiroveci [
\
&\ ] ! @ =
!
&
9WWXŽx+????€`
J, ~ $ diagnose Pneumocystis carinii + &
Y \ \
=
[
#& \ @
~5
9WW'Ž'|X+'X|`#|
99 ‚% ™
@ %
!
9? $!\
Y\
* 9WWXŽ9|+XX#`W
'` !;Y@‚
@
9X Kubista M, Andrade JM, Bengtsson M,
; 5YY
~ ‘
Y #$ #
=[
assay for diagnosing Pneumocystis carinii
@=
!
&
9WW9ŽXW+X}W#X
] @£ @ 
; et al The real
\ Mol Asp Med
9WWqŽ27:}`#'9`
'q ]
Bellete 5][&
=ˆ
9` 
! 
 * ~ 5‰
\ ~ ~
= ! @
9WWWŽ'q?+?W'#}
=@=
&$#
=[ Y
=[ ~~ ‘ ~ Pneumocystis
jiroveci ~&YY
@!!
&
9WWXŽ`?+qW?#x
9q ‰!&
\+
'x Vargas SL, = ‚
] ^ 9x !\![#
=[
&
\
!¥ˆ ! ~
Pneumocystis carinii 5‰ ~ $
P. carinii $ @ =
!
&
9WWWŽ?|+'`?q#|
&\ =
!
&
~ 9WWXŽ'W+'}W#
9'9
'| !
[] & * % *
Pneumocystis carinii f. sp. hominis 5‰ $ $
$
P. carinii @=
!
&
9WW'Ž?}+?|xx#|9
'} Olsson M, 
=  ¦
[ 
* ~
Pneumocystis carinii f. sp. hominis gene
‘
Y
@=
!
&
'}}|Ž?q+'x?x#XW
9W Vargas SL, % \ !* ^
~
@=
.
9WWWŽ`?Žx'#x`
9| ! [ @@ $ ~ #
=[Y\
* 9WW`Ž9}+'`'#}
9} =[‰Yˆ‚!;Y
@ ^ [ \
\ ~ Pneumocystis
* ~ 5
9WWXŽ'W+'x9}#
?`
?W =
! $
 @! ; [~~ ; ] !@ ~ ~ =[
\ ~ ~ Pneumocystis carinii
~ \ @ =
!
&
'}}|Ž?q+}x}#|9
ADS
= =& =* ~
J Respir Indo Vol. 31, No. 3, Juli 2011
155