Asal-usul virus sangat menarik dan menjadi subjek spekulasi yang cukup besar dalam komunitas para ilmiah. Adalah kesepakatan umum tentang (bakteriofage) yang mungkin terinfeksi virus bakteri selama ribuan tahun ketika Archaea dan Bakteri adalah satu-satunya bentuk kehidupan eukariotik dibumi. Evolusi eukariotik juga menjadi subjek untuk melawan virus. Diantaranya ada 3 teori utama yang telah maju mengenai asal-usul virus: 1.Asal usul dari sup purba dan dengan kehidupan yang lebih kompleks. 2.Virus berevolusi dari organisme yang hidup bebas melawan bentuk-bentuk kehidupan yang berangsur angsur tidak berfungsi. 3.Virus adalah “potongan-potongan” asam nukleat yang lepas dan tidak lagi berada dibawah kontrol oleh sel disebut teori gen lepas. Sebagian besar virus hadir didunia menegaskan bahwa asal virus secara bebas banyak sekali selama evolusi virus.Virus juga berasal dari jenis virus lainnya melalui hubungan singkat mengenai mutasi..Mengikuti teori evolusi virus. Koevolusi Kami akan pertimbangkan teori pertama koevolusi.Pada awalnya system genetik mereplikasi diri mungkin terdiri dari RNA. RNA dapat membawa RNA polimerasi,walaupun akan menjadi proses yang lambat, adanya protein dalam sup purba mungkin telah menjadi pendukung bagi replikasi RNA. Tempale DNA jauh lebih efektif dan berasal pada awal evolusi. RNA berubah menjadi pesan antara template DNA dan sintesis protein.Dengan demikian kode genetik menjadi ada dan diizinkan untuk mereplikasi. Tahap replikasi awal diperoleh dalam bentuk kompleksi dan terbungkus dalam sebuah kantung lemak yang bertujuan untuk memisahkan mesin dengan metabolisme dari lingkungan. Hal ini mungkin menjadi asal-usul dari progenote dan Archaea air dan bakteri.Terbentuknya replikasi telah mempertahankan kesederhanaan dan mungkin telah disusun, terutama ketika mereplikasi diri, mengelilingi asam nukleat oleh mantel protein. Keutuhan ini mungkin merupakan pelepas untuk menyusun virus dan berevolusi pada sebuah ketergantungan untuk menduplikasikan kemampuan untuk melawan virus, serat mengambil alih mesin genetik dari dalam sel inang. Dengan demikian adanya koevelusi dari bakteri akan hanya memiliki sedikit virus. Hipotesis ini merupakan pendukung, tetapi tidak memberikan penjelasan bagi evolusi virus dengan genom RNA. Evolusi Retrograde Teori retrograde menyatakan bahwa virus berasal dari kehidupan yang bebas atau mikroorganisme parasit didasarkan pada konsep bahwa suatu mikroorganisme menjadi pemangsa yang tidak digunakan secara berangsur-angsur menyebabkan hilangnya informasi genetik.Gen untuk biosintesis zat antara yang diberikan oleh sel inang bisa hilang oleh mutasi tanpa membahayakan sel inang.Pada akhirnya prokariotik mungkin telah berevolusi untuk tidak menjadi sekelompok gen tetapi sebagai virus.Sebelum adanya eukariotik,bakteri dan archaea hidup untuk selamanya,bentuknya kebanyakan hidup bebas tetapi predator yang mirip dengan keberadaan Bdellovibrio. Mikroorganisme Parasit intraselluler dapat menjadi lebih banyak tergantung dari sel inang dan hanya akan diperlukan untuk mempertahankan kemampuan untuk mereplikasi asam nukleat dan suatu mekanisme untuk berlangsung dari sel ke sel. Didalam sel eukariotik mungkin terjadi perhitungan pada jenis bakteri parasit intraselluler seperti Klamedia. Klamedia akan menjadi contoh bakteri yang berpotensi yang dapat terkalahkan ke area virus. Klamedia memiliki dinding sel dan tidak dapat hidup di luar sel. Asal dari bakteri lebih mungkin untuk keberadaan virus kompleks seperti poxvirus, tetapi informasi dalam genetik di dalam virus sangat nyata perbedaannya dengan yang ada di prokariotik dan tidak mendukung teori evolusi.Tidak adanya bentuk kehidupan antara bakteri patogen intraselluler dan sulit untuk menjelaskan bagaimana virus RNA ada melalui hilangnya informasi genetik,disebutkan sebagai kekurangannya. Teori Gen “Escaped” Cukup masuk akal telah mengusulkan bahwa potongan-potongan sel inang RNA atau DNA”escaped” gen bebas dari kontrol selluler. Organisme diperoleh dengan membuat replikasi dari informasi genetik oleh reflikasi spesifik organisme. Siklus replikasi berakhir ketika komplemen dengan sintesis genom.Jika replikasi mulai terjadi dalam genom,duplikasi lainnya dibebaskan dari kontrol sel inang. Entitas yang bisa mengenali urutan nukleitida pada tempat-tempat selain tempat awal dan membawa dengan tepat polimerase yang mempunyai kapasitas untuk memproduksi RNA/DNA bisa tanpa dengan interferasi kontrol mekanisme yang normal. Asal usul virus mungkin telah ada dengan adanya DNA episome(plasmid)atau transposon,sirkulasi molekul DNA yang meniru replikasi didalam sitoplasma dan dapat masuk kedalam atau ke luar dari berbagai tampat didalam kromosom sel inang. Plasmid juga dapat berpindah dari satu sel ke sel lain membawa informasi seperti fertilitas atau resistensi.Transposon adalah penggiat pada DNA yang ada didalam keduanya,sel prokariotik dan eukariotik yang dapat bergerak dari satu tempat ke dalam kromosom lainnya membawa informasi genetik. Sebenarnya ada salah satu jenis transposon yang diketahui mengarah langsung ke perakitan dari urutan RNA copy ke DNA. Transposon dapat digunakan oleh mRNA untuk menyintesis ukuran DNA melalui cadangan transkriptasi dan mencetak serta langsung memasukkan ke dalam kromosom.DNA transposon membawa gen untuk sintesis cadangan yang subur,dan unsur-unsur transposon dengan beberapa masukan yang mempunyai kesamaan akan hilangnya virus.Analisis nukleotida cukup dilakukan di dalam indikasi virus yang setara dengan urutan tertentu di dalam sel inang. Fakta yang ada mengemukakan bahwa virus berasal dari”hilangnya”asam nukleid sel inang.