Organisasi Genom Pada Virus Virus adalah jasad parasit obligat yang hanya dapat melakukan perbanyakan (multiplikasi) jika berada di dalam sistem biologis sel inang yang sesuai (Triwibowo, 2010). Virus merupakan genom yang terbungkus di dalam suatu lapisan pelindung. Virus terkecil memiliki diameter hanya 20 nmlebih kecil dari ribosom. Jutaan virus dapat dengan mudah menempati kepala jarum. Bahkan virus yang paling besar sekalipun sukar dilihat dengan mikroskop cahaya. Penemuan Stanlay bahwa beberapa virus dapat dikristalkan merupakan berita yang menggairahkan sekaligus membingunkan. Sel yang paling sederhana sekalipun tidak dapat beragrerasi menjadi kristal yang teratur. Tetapi jika virus bukan merupakan sel, lantas apa? Virus merupakan partikel penginfeksi yang terdiri dari asam nukleat yang terbungkus di dalam lapisan pelindung dan di beberapa kasus, di dalam selubung membran (Campbell dkk, 2002). Kita biasanya membayangkan bahwa gen terbuat dari DNA untai-ganda-heliks ganda yang konvensional-tetapi virus seringkali melanggar anggapan ini. Genom (kumpulan gen) virus mungkin terdiri dari DNA untai-ganda. DNA untai-tunggal, RNA untai-ganda, atau RNA untai-tunggal, tergantung dari tipe virusnya. Suatu virus bisa disebut sebagai virus DNA atau virus RNA, tergantung dari asam nukleat yang menyusun genomnya. Pada masing-masing kasus, genomnya biasanya tersusun menjadi molekul asam nukleat linear tunggal atau sirkuler. Virus yang terkecil hanya memiliki 4 gen, sedangkan yang terbesar memiliki beberapa ratus. Kulit protein yang menyelubungi genom virus disebut kapsid. Tergantung dari tipe virusnya, kapsid dapat berbentuk batang (lebih tepatnya heliks), polihedral, atau bentuk yang lebih kompleks. Kapsid terbentuk dari banyak subunit protein yang disebut kapsomer, tetapi jumlah jenis proteinnya biasanya sedikit(Campbell dkk, 2002). Virus dapat dikelompokkan menjadi dua kelompok besar, yaitu virus yang inangnya berupa jasad prokaryot (bakteri), sehingga disebut bakteriofag, dan yang inangnya adalah sel eukaryot. Beberapa virus tertentu mempunyai keunikan dalam hal komposisi asam nukleatnya. Sebagai contoh, pada bakteriofag T4 (dengan sel inang E. coli) semua basa cytosine-nya (basa C) terdapat dalam bentuk hydroxymethylcytosine (HMC), yaitu basa nukleotida yang tidak terdapat pada bakteri E.coli. asa HMC ini mempunyai sifat-sifat ikatan hidrogen seperti halnya basa C sehingga tidak mengubah kode genetik. Selain itu, basa HMC ini mempunyai sisi reaktif yang dapat mengikat satu molekul glukosa. Keberadaan molekul glukosa tersebut menyebabkan molekul DNA bakteriofag menjadi resisten terhadap pemotongan oleh enzim endonuklease sel inangnya. Bakteriofag lain yang mempunyai keunikan yaitu bakteriofag SPO1 yang sel inangnya adalah Bacillus subtilis. Genom bakteriofag tersebut berupa DNA untai-ganda, linear, tetapi basa thymine-nya (basa T) terdapat dalam bentuk hydroxymethyluracil (HMU) (Triwibowo, 2010). Tabel 1. Beberapa tipe asam nukleat pada virus. Tipe asam nukleat Struktur asam Contoh virus Sel inang DNA untai-tunggal Linear Parvovirus Manusia Sirkular Bakteriofag M13 Bakteriofag φX174 Bakteri E.coli DNA untai-ganda Linear Bakteriofag T4 Virus Epstein_barr E.coli Manusia Sirkular Bakteriofag P M2 Polymavirus Pseudomonas aeruginosa BAL-31 Manusia RNA untai-tunggal Linear Bakteriofag MS2 Tobacco Mosaic Virus E.coli Tanaman Tembakau RNA untai-ganda Linear Bakteriofag φ6 (mengandung 3 molekul RNA) Cypovirus P. phaseolica Genom Virus Seperti yang telah dikemukakan, virus hanya memiliki salah satu jenis asam nukleat, yaitu DNA atau RNA saja. Asam nukleat virus berbeda dalam ukuran, jumlah dan karakteristikanya DNA virus berbeda dengan struktur DNA sel pada umumnya. Bila kita mengenal DNA merupakan struktur rantai ganda, pada virus ditemukan virus yang memiliki DNA rantai tunggal. Begitu pula halnya dengan virus RNA, bila biasanya kita mengenal struktur RNA rantai tunggal, maka pada virus, ditemukan virus yang memiliki RNA rantai ganda. Jumlah asam nukleat setiap virus juga berbeda-beda. Secara umum, pada virus bermembran, jumlah asam nukleat hanya sekitar 1-2% dari berat partikel virus, sedangkan virus tidak bermembran (virus telanjang) memiliki asam nukleat yang lebih banyak, yaitu 25 – 50% dari berat partikel virus. Berbeda dengan organisme lain, asam nukleat dalam beberapa virus tidak berupa molekul tunggal. Beberapa virus memiliki genom yang terpotong-potong menjadi beberapa molekul. Contohnya retrovirus sebagai agen pembawa penyakit kanker dan AIDS memiliki 2 segmen RNA yang serupa dan virus influenza memiliki 8 segmen RNA yang ukurannya berbeda. Dari cara virus membuat m RNA setelah terjadinya proses infeksi terhadap sel inang, maka virus dapat dikelompokkan ke dalam virus positip dan virus negatip. Kode kimia dari RNA dianggap sebagai positip (+); jika asam nukleat virus tersebut memiliki kode yang sama dengan m RNA, maka virus tersebut dinamakan virus positip (+), jika berlawanan dengan kode-kode pada m RNA disebut virus negatip (-), atau + jika virus tersebut rantai ganda. Dari bagan di bawah dapat dilihat berbagai macam virus DNA positif dan negatif atau virus RNA positif dan negatif. Kapsid dan Selubung - Kulit protein yang menyelubungi virus disebut kapsida - Bentuk kapsid bermacam macam tergantung tipe virus. Dapat berbentuk batang (heliks),polihedral, atau bentuk lainnya yang lebih kompleks. - Tersusun atas subunit protein (kapsomer). - Jenis protein yang menyusun sedikit.
