mikrobiologi lingkungan - laboratorium

MODUL PRAKTIKUM
MIKROBIOLOGI LINGKUNGAN
Dosen Pengampu :
Angga Dheta Shirajjudin Aji, S.Si, M.Si
Penyusun :
Tim Asisten Praktikum Mikrobiologi Lingkungan
LABORATORIUM TEKNIK SUMBERDAYA ALAM DAN LINGKUNGAN
PROGRAM STUDI TEKNIK SUMBERDAYA ALAM DAN LINGKUNGAN
JURUSAN KETEKNIKAN PERTANIAN
FAKULTAS TEKNOLOGI PERTANIAN
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2014
PRAKTIKUM 1
TEKNIK PENGAMBILAN SAMPEL
1.
DISKRIPSI DAN TUJUAN
a. Diskripsi
Untuk mendapatkan validitas data pengujian yang dapat dipercaya sesuai tujuan
yang diharapkan, maka bukan hanya dibutuhkan peralatan dan personel pengambilan
sampel, tetapi juga prosedur dan teknik pengambilan sampel. Pengambilan sampel harus
memenuhi kesesuaian terhadap standar baku yang telah diakui baik secara internasional
maupun nasional, seperti standar EPA, WHO, maupun SNI, jika tidak akan sia-sia serta
membuang waktu dan biaya.
Pengambilan sampel air bergantung kepada keadaan air itu sendiri. Jika beerasal
dari air sungai yang mengalir maka botol dicelupkan miring dengan bibir botol
melawan arus air. Bila pengambilan sampel dilakukan pada air yang tenang, botol
dapat dicelupkan dengan tali, jika ingin mengambil sampel dari air keran maka
sebelumya keran dialirkan dulu beberapa saat dan mulut kran dibakar.
(1)
(2)
(3)
b. Tujuan
Adapun tujuan praktikum ini adalah
1. Penentuan bahan uji coba praktikum sebagai tahap awal untuk pengujian air
2. Mengetahui teknik pengambilan sampel
2.
PERALATAN DAN BAHAN
a. Peralatan
Peralatan yang harus disiapkan sebelum melakukan pengambilan sampel terdiri
dari : alat pengambil sampel dan wadah sampel.
1.
Alat Pengambil Sampel, meliputi :
a. Sarung Tangan
b. Masker
c. pipet
2. Wadah sampel, meliputi :
a. Coolbox
b. Botol Sample
b. Bahan
Bahan yang digunakan pada praktikum ini adalah sampel air dari sumber mata air di
daerah Umbulan, Kota Batu, dengan karakteristik air yang mengalir. Teknik pada
gambar (1)
3.
LANGKAH KERJA
3.1 Perencanaan Pengambilan Sampel
Secara garis besar prosedur pengambilan sampel terdiri dari perencanaan,
persiapan, pelaksanaan pengambilan sampel serta Quality Asurance (QA) dan Quality
Control (QC) pengambilan sampel. Hal penting bagi pengambil sampel sebelum ke
lapangan adalah menyusun perencanaan dalam suatu dokumen yang membantu dalam
setiap tahapan pengambilan sampel secara jelas dan sistematik. Pengamanan sampel
terdiri dari :
a. Identifikasi sampel
b. Pengemasan sampel
c. Penyegelan wadah sampel, bila diperlukan
d. Tindakan pencegahan selama transportasi ke laboratorium, jika ada ketidak
sesuaian
e. Penyimpanan sampel di laboratorium dan pengawetan
METODE PENGAWETAN SAMPEL
Pengawetan pada dasarnya adalah usaha penundaan kerusakan/degradasi sampel melalui
penambahan zat-zat tertentu yang menghambat laju kerusakan sample. Berikut ini merupakan
alat dan bahan yang dibutuhkan dalam pengawetan sampel :
1. Alat pendingi. Berfungsi menyimpan sampel pada suhu 00C- 40C yang selanjutnya
dapat digunakan untuk pengujian sifat fisik dan kimia sampel.
2. Bahan kimia untuk pengawet. Bahan kimia yang digunakan untuk pengawet harus
memenuhi persyaratan bahan kimia untuk analisis dan tidak mengganggu atau
mengubah kadar zat yang akan diuji.
3. Wadah sampel, persyaratan wadah sampel yang digunakan antara lain :
a. Terbuat dari bahan glass atau plastik PE (polietilen) atau polipropilen (PP) atau
teflon (PTFE);
b. Dapat ditutup kuat dan rapat;
c. Bersih dan bebas kontaminan;
d. Tidak mudah pecah;
e. Wadah yang disiapkan jumlahnya dilebihkan sebagai cadangan;
f. Pelabelan dan dokumentasi sampel.
PRAKTIKUM 2
PENGAMATAN DAN PERHITUNGAN JUMLAH BAKTERI
COLIFORM YANG TERDAPAT DI DALAM SAMPEL AIR
1. DESKRIPSI DAN TUJUAN
a. Deskripsi
Bakteri – bakteri yang termasuk kelompok coliform merupakan salah satu flora
normal usus manusia. Bakteri ini seringkali terdapat di dalam faeces. Keberadaan
bakteri coliform di dalam air dijadikan sebagai indicator terjadinya pencemaran pada
air tersebut.
b. TujuanPraktikum : untuk mengidentifikasi bakteri coliform yang terdapat di dalam
sampel air
2. PERALATAN DAN BAHAN
Alat :
1. Botol sample dengan volume 100 ml
2. Pipet
Bahan :
1. Sample air sebanyak 1 L, berasal
dari sumber air Umbulan - Batu
3. Tabung reaksi tertutup
2. Aquades steril
4. Tabung Durham
3. Medium kaldu Laktose (susucair)
5. Incubator
6. Gelasukur 10 ml
7. Jarum oose
3. LANGKAH KERJA
a. Sediakan 100 ml air sample yang akan diperiksa. Siapkan juga 3 tabung reaksi
berisi 9 ml larutan dan 9 tabung reaksi berisi Durham yang telah diisi 3 ml
medium Laktose (susucair)
b. Secara aseptic inokulasikan 1 ml sample air sumur ke dalam tabung reaksi
berisi 9 ml aquades steril lalu kocoklah tabung tersebut sehingga diperoleh
pengenceran sebesar 1 : 10 (beri label X)
c. Secara aseptic inokulasikan 1 ml sample air sumur ke dalam tabung reaksi
berisi 9 ml aquades steril lalu kocoklah tabung tersebut sehingga diperoleh
pengenceran sebesar 1 : 100 (beri label Y)
d. Secara aseptic inokulasikan 1 ml sample air sumur ke dalam tabung reaksi
berisi 9 ml aquades steril lalu kocoklah tabung tersebut sehingga diperoleh
pengenceran sebesar 1 : 1000 (beri label Z)
e. Siapkan 9 tabung reaksi berisi 3 ml medium Laktose, berikode (seperti
dibawah ini), lalu masukkan sample yang telah diinokulasikan ke tiap kode X,
Y dan Z.
-
X1, X2, X3 dimasukkan sample dengan pengenceran 1:10 (X)
-
Y1, Y2, Y3dimasukkan sample dengan pengenceran 1:100 (Y)
-
Z1, Z2, Z3dimasukkan sample dengan pengenceran 1:1000 (Z)
f. Inkubasikan semua tabung reaksi pada suhu 35,5o C selama 1 x 24 jam. Jika
timbul gas dalam tabung Durham pada bagian dasar, maka dapat diidentifikasi
coliform yang ada pada sampel air tersebut dengan menggunakan table MPN.
Jika tidak ada gas, tunggulah sampai 1x24 jam berikutnya. Jika tetap tidak ada
gas, maka sample air sumur tersebut tidak perlu diperiksa lebih lanjut.
Misal :
didapatkan kombinasi jumlah tabung positif :
321 maka jumlah bakteri coliform adalah
150 sel/100 ml.
PRAKTIKUM 3
PENGARUH SUHU TERHADAP PERTUMBUHAN BAKTERI
1.
DISKRIPSI DAN TUJUAN
a. Diskripsi
Bakteri dalam aktivitasnya dipengaruhi oleh faktor-faktor lingkungan, salah
satunya adalah faktor abiotik yang meliputi : suhu, kelembapan, cahaya, pH dan nutrisi.
Suhu berpengaruh terhadap pertumbuhan bakteri karena suhu berperan penting dalam
mengatur metabolisme setiap makhluk hidup, khususnya bakteri. Setiap
bakteri
mempunyai suhu optimum (Mesofilik, 20-300C), maksimum (termofilik, 50-1000C), dan
minimum (psikrofilik, 0-200C), untuk pertumbuhannya. Jika suhu lingkungan lebih kecil
dari suhu minimum atau lebih besar dari suhu maksimum pertumbuhannya maka
aktivitas enzim akan terhenti bahkan pada suhu yang terlalu tinggi akan terjadi
denaturasi
enzim. Bakteri dapat dikelompokkan atas 3 kelompok berdasarkan daya
tahannya terhadap suhu, yaitu:
1. Thermofilik : yaitu, kelompok bakteri yang tahan terhadap suhu tinggi (50-100oC)
2. Mesofilik
: yaitu, kelompok bakteri yang tahan terhadap suhu sedang (20-30oC)
3. Psikrofilik
: yaitu, kelompok bakteri yang tahan terhadap suhu rendah (0-20oC)
Melalui perlakuan dengan beberapa macam suhu terhadap bakteri, maka dapat diketahui
daya tahan bakteri tersebut terhadap suhu tertentu, selain itu dapat diketahui titik kematian
thermal suatu jenis bakteri.
b. Tujuan
Adapun tujuan praktikum ini adalah
1. Untuk mempelajari pengaruh suhu terhadap pertumbuhan bakteri.
2. Untuk mengetahui metode identifikasi pengaruh suhu terhadap pertumbuhan bakteri
2.
PERALATAN DAN BAHAN
a. Peralatan
1. Beaker glass
4. Inkubator
7. Penyangga bunsen
2. Tabung kultur
5. Jarum inokulasi berkolong
8. Jaring beaker glass
3. Thermometer
6. Bunsen
b. Bahan
1. Biakan murni bakteri
3. Aquades
2. Medium nutrient cair
4. Es batu
5. Korek api
3.
LANGKAH KERJA
1. Sediakan alat dan bahan.
2. Siapkan biakan bakteri dan medium nutrient cair.
3. Tempatkan 1 ose biakan bakteri dan medium nutrient cair ke dalam 3 tabung reaksi, tutup rapat
dengan penutup.
4. Tempatkan tabung pertama ke dalam beaker glass berisi 300 ml air, lalu tambahkan es batu 2 kotak
diamkan 10 menit dan diukur suhu didalam beaker glass.
5. Tempatkan tabung ke dua ke dalam beaker glass berisi 300 ml air yang telah dipanaskan selama 10
menit lalu diukur suhu didalam beaker glass.
6. Tempatkan tabung ke tiga ke dalam beaker glass berisi 300 ml air yang tidak diberi perlakuan,
diamkan selama 10 menit dan diukur suhu didalam beaker glass.
7. Setelah tabung dilakukan pengukuran, langsung di ambil 1 ml larutan didalam tabung reaksi dan di
tempatkan ke dalam cawan petri dengan medium nutrient cair.
8. Beri label cawan petri untuk perlakuan pertama, kedua, dan ketiga.
9. Cawan petri yang diinkubasi pada inkubator selama 1x24jam.
PRAKTIKUM 4
IDENTIFIKASI MIKROBA MELALUI MIKROSKOP CAHAYA
1. DESKRIPSI DAN TUJUAN
DESKRIPSI
a. Pengertian Mikroba
Jasad hidup yang ukurannya kecil sering disebut sebagai mikroba atau
mikroorganisme atau jasad renik. Jasad renik disebut sebagai mikroba bukan hanya karena
ukurannya yang kecil, sehingga sukar dilihat dengan mata biasa, tetapi juga pengaturan
kehidupannya yang lebih sederhana dibandingkan dengan jasad tingkat tinggi. Mata biasa
tidak dapat melihat jasad yang ukurannya kurang dari 0,1 mm. Ukuran mikroba biasanya
dinyatakan dalam mikron (µ), 1 mikron adalah 0,001 mm. Sel mikroba umumnya hanya dapat
dilihat dengan alat pembesar atau mikroskop,
b. Mikroskop Cahaya
Mikroskop cahaya menggunakan cahaya sebagai media untuk mengirimkan gambar ke mata
kita. Mikroskop cahaya telah ditemukan sejak waktu yang lama, dan telah melalui berbagai
improvisasi.
c. Pewarnaan Sederhana Sebelum Pengamatan Melalui Mikroskop
Sel bakteri dapat teramati dengan jelas jika digunakan mikroskop dengan perbesaran
100x10 yang ditambah minyak imersi. Jika dibuat preparat ulas tanpa pewarnaan, sel
bakteri sulit terlihat. Pewarnaan bertujuan untuk memperjelas sel bakteri dengan
menempelkan zat warna ke permukaan sel bakteri. Zat warna dapat mengabsorbsi dan
membiaskan cahaya, sehingga kontras sel bakteri dengan sekelilingnya ditingkatkan.
Zat warna yang digunakan bersifat asam atau basa.
TUJUAN
 mengetahui prosedur pengamatan mikroba yang terdapat pada medium cair dengan
menggunakan mikroskop

mengetahui prosedur penggunaan mikroskop

mengetahui prosedur pewarnaan sederhana
2. PERALATAN DAN BAHAN
-
Jarum ose
-
Mikroskop
-
Pipet tetes
-
Bakteri biakan murni
-
Object Glass
-
Gelas ukur
-
Alkohol
-
Larutan Safranin / Iodin
-
Pengaduk
-
Bunsen
3. LANGKAH KERJA
Sebelum melakukan pengamatan mikroba melalui mikroskop, terlebih dahulu
dilakukan pewarnaan sederhana.
a. Pewarnaan Sederhana Sebelum Pengamatan di Mikroskop
1. Bersihkan object glass dengan kapas.
Bila menggunakan biakan cair maka pindahkan setetes biakan dengan pipet
tetes atau dapat juga dipindahkan dengan jarum inokulum. Jangan lupa biakan
dikocok terlebih dahulu.
2. Keringkan ulasan tersebut sambil memfiksasinya dengan api Bunsen (lewatkan di atas
api 2-3 kali)
3. Setelah benar-benar kering dan tersebar selanjutnya ditetesi dengan pewarna
(dapat digunakan Methylen blue, Safranin, Crystal Violet) dan tunggu kurang
lebih 30 detik.
4. Cuci dengan akuades kemudian keringkan dengan kertas tissue
5. Periksa dengan mikroskop
Prosedur dapat dilihat seperti pada gambar berikut:
b. Identifikasi Mikroba Melalui Mikroskop
1. Preparasi MIKROSKOP sebagai peralatan penunjang utama dalam pengamatan
2. Pengaturan MIKROSKOP berupa pengaturan diafragma dan kedudukan cermin
hingga cahaya terpantul melalui lubang meja objek dan lakukan pengaturan
pencahayaan
3. Setelah pengaturan pencahayaan, maka untuk dapat melihat objek (preparat/ sediaan)
melalui mikroskop gunakan lensa objektif yang memiliki perbesaran lemah terlebih
dahulu
4. Letakkan kaca benda (object glass) beserta objek yang akan diamati (preparat/sediaan)
pada meja objek. Aturlah posisi kaca benda sehingga objek yang akan diamati berada
pada lapangan pandang.
5. Jepitlah kaca benda dengan penjepit yang terletak di atas meja objek.
6. Sambil melihat dari samping, turunkan lensa objektif secara perlahan dengan
menggunakan pemutar kasar hingga jarak lensa objektif dan preparat yang diamati
kira-kira 5 mm. Pada beberapa mikroskop, yang naik turun bukan lensa objektifnya
tetapi meja objek (Hati-hati! Jangan sampai lensa objektif menyentuh/membentur
gelas benda. Hal ini dapat menyebabkan lensa objektif tergores).
7. Perhatikan bayangan melalui lensa okuler. Gunakan pemutar kasar untuk menaikkan
atau menurunkan lensa objektif sampai preparat terlihat jelas. Apabila bayangan
belum terlihat, ulangi langkah (6).
8. Setelah preparat terlihat, dengan menggunakan pemutar halus, naik turunkan lensa
objektif agar tepat pada fokus lensa (preparat tampak lebih jelas).
9. Untuk memperoleh perbesaran kuat, kita dapat mengganti/mengubah lensa objektif
dengan cara memutar revolver. Usahakan agar posisi preparat tidak bergeser.
Bagian-bagian Mikroskop:
1. Eyepiece / oculars (lensa okuler) : Untuk memperbesar bayangan yang dibentuk
lensa objektif
2. Revolving nosepiece (pemutar lensa objektif) : Untuk memutar objektif sehingga
mengubah perbesaran
3. Observation tube (tabung pengamatan / tabung okuler)
4. Stage (meja benda) Spesimen diletakkan di sini
5. Condenser (condenser) Untuk mengumpulkan cahaya supaya tertuju ke lensa objektif
6. Objective lense (lensa objektif) Memperbesar spesimen
7. Brightness adjustment knob (pengatur kekuatan lampu) Untuk memperbesar dan
memperkecil cahaya lampu
8. Main switch (tombol on-off)
9. Diopter adjustmet ring (cincin pengatur diopter) Untuk menyamakan focus antara
mata kanan dan kiri
10. Interpupillar distance adjustment knob (pengatur jarak interpupillar)
11. Specimen holder (penjepit spesimen)
12. Illuminator (sumber cahaya)
13. Vertical feed knob (sekrup pengatur vertikal) : Untuk menaikkan atau menurunkan
object glass
14. Horizontal feed knob (sekrup pengatur horizontal) : Untuk menggeser ke kanan /
kiri objek glas
15. Coarse focus knob (sekrup fokus kasar) : Menaik turunkan meja benda (untuk
mencari fokus) secara kasar dan cepat
16. Fine focus knob (sekrup fokus halus) : Menaik turunkan meja benda secara halus
dan lambat
17. Observation tube securing knob (sekrup pengencang tabung okuler)
18. Condenser adjustment knob (sekrup pengatur kondenser) : Untuk menaik-turunkan
condenser