• Diangkatlah gubernur militer yang baru yakni Van Heutsz (1898 – 1904) menggantikan Van Vliet. •Genderang perang dengan kekerasan dimulai tahun 1899. Perang berlangsung selama 10thn (tien bloedige jaren) •Van Heutsz segera melakukan penyerangan terhadap pos pemimpin perlawanan di berbagai daerah. •Belanda juga menyerahkan pasukan anti gerilya (Korps Marchusse / Marsose). Pasukan tersebut terdiri radi orang – orang Indonesia yang dibawah pimpinan opsir Belanda. • Mereka pandai berbahasa aceh, dengan demikian mereka bergerak sebagai informan. Sehingga Belanda berhasil mencerai-beraikan para pemimpin perlawanan • Di Aceh bagian barat Teuku Umar mempersiapkan pasukannya untuk melakukan penyerangan ke Meulaboh. • Belanda mengetahuinya dan menyerang pertahanan Teuku Umar (1899) • Teuku Umar gugur sebagai syuhada dan dilanjutkan oleh Cut Nyak Dien (Mengembangkan perang gerilya) • Para pejuang Aceh dibawa komando Sultan Daud Syah dan Panglima Polem terus berkobar. • Sultan menuju Kuta Sawang kemudian pindah ke Kuta Batee Iliek, tetapi kuta-kuta berhasil diserbu Belanda. • Kemudian menyingkir ke Tanah Gayo, tahun berikutnya Belanda menangkap istri sultan, Pocut Murong. • Januari 1903 Sultan Muhammad Daud Syah terpaksa menyerah karena tekanan Belanda yang terus menerus. • Cara licik ini juga dilakukan kepada Panglima Polem. • 6 September 1903 Panglima Polem menyerah. • Dengan demikian, dapat dikatakan Kerajaan Aceh yang sudah berdiri sejak 1514 harus berakhir. • Cut Nyak Dien terus melakukan perang jihad dengan bergerilya. • Pos pertahanannya dikepung Belanda pada 1906 & Cut Nyak Dien berhasil ditangkap. • Ia dibuang ke Sumedang, Jawa Barat sampai meninggal pada 8 November 1908. • Perjuangan rakyat Aceh belum berakhir. Didaerah Pidie sejumlah ulama masih terus melancarkan serangan ke pos-pos Belanda. • Ulama yang terakhir mengadakan perlawanan di Pidie adalah Teungku Ma’at Tiro & ditembak mati oleh Belanda pada 1911. • Dipesisir utara & timur masih banyak ulama dan pemimpin yang melakukan perlawanan. • Suami Cut Nyak Mutia (Teuku Cik Tunong) meninggalkan pesan sebelum ia ditembak mati oleh Belanda untuk menihkah dengan Pang Nanggru. Oleh karena itu, mereka dapat bersama-sama melawan Belanda. • 26 September 1910 terjadi pertempuran di Paya Cicem. Pang Nanggru tewas & Cut Nyak Mutia berhasil meloloskan diri. • Bersama putranya Raja Sabil (11thn) Cut Nyak Mutia terus memimpin perlawanan. Tetapi ia gugur setelah beberapa peluru menembus kaki & tubuhnya. • Teungku Di Barat bersama istrinya Cut Po Fatimah melanjutkan perlawanan, tetapi gugru tertembak oleh Belanda pada 1912. • Perang Sabil berakhir pada tahun 1912. Tetapi masih ada gerakan-gerakan perlawanan lokal yang berskala kecil. • Perang-perang kecil itu berlangsung sampai tahun 1942.
