Hasil Preparasi Protein (3W37) Protein yang digunakan pada penelitian ini adalah alpha-glucosidase yang diunduh dari situs Protein Data Bank (PDB) melalui http://www.rcsb.org/ dengan kode ID PDB 3W37 pada manusia yang terkompleks dengan ligan akarbose dan diunduh dengan format berkas. pdb. Sebelum melakukan docking dengan ligan usulan, terlebih dahulu dilakukan validasi metode untuk membuktikan dan memastikan bahwa metode yang digunakan memenuhi syarat validitas yaitu nilai Root Mean Square Deviation (RMSD) hasil re-docking < 2 Å dan dapat digunakan untuk pengujian molekul lainnya serta dapat meminimalisir kesalahan. Hasil re-docking akarbose menghasilkan nilai RMSD 1,6118 Å, dengan nilai –CDOCKERENERGY 25,5384 kkal/mol dan membentuk ikatan hidrogen dengan residu asam amino ASP357, ASP232, dan SER497 (Gambar 4.3). Nama Cardiac glycosides (1) Struktur Ricinine (2) Prosianidin (3) Stigmast4-ene-3one Hasil Simulasi Penambatan (Docking Molekular). Gambar 4.3. Interaksi Akarbose pada sisi aktif protein alpha-glukosidase. Hasil Preparasi Ligan Ligan usulan yang digunakan untuk uji aktivitas antidiabetes secara in silico adalah senyawa yang berhasil diisolasi dari famili euphorbiaceae yang sefamili dengan daun katemas (Tabel Molekular Docking molekular bertujuan untuk melihat interaksi antara ligan dengan protein yang menghasilkan ikatan hidrogen terhadap residu asam amino dan nilai –CDOCKERENERGY. Interaksi yang terbentuk antara ligan dengan protein dapat dilihat pada tabel 4.4. No Nama Molekul 1. Akarbose Ikatan CDOCKER- Hidrogen ENERGY 25,5384 ASP357, ASP232, SER497 2. 3. 4. Cardiac glycosides (1) Ricinine (2) Prosianidin 9,0844 TYR437 -6,00486 -46,5493 SER479 LEU428, GLY429 Gambar 4.xx. Interaksi ligan prosianidin dengan protein Gambar 4.xx. Interaksi Ligan Ricinine dengan Protein Gambar 4.xx. interaksi ligan Cardiac glycosides
