PROSES CARA DOCKING

PROSES PENYIAPAN LIGAN-MAKROMOLEKUL
DAN DOCKING
 Penyiapan Makromolekul di CHIMERA
1. Molekul PBD dibuka di aplikasi chimera
2. Setelah muncul gambar, dipilih chain yang akan dipilih dan dihapus yg tidak dipakai dengan
cara : klik select  (dipilih chain)  jika bukan chain yg dipilih  klik actions  klik
atoms/bonds  delete (cara yg digunakan sama untuk menghapus residu)
3. Setelah diperoleh chain yang diinginkan, disimpan dalam file pdb dengan cara : file  save
PDB
 Penyiapan Ligan
1. Open Babel
 Didownload terlebih dahulu ligan yang akan digunakan dalam bentuk pdb jika tidak
ada dalam file sdf
 Dikonversi dari file sdf menjadi pdb dengan cara :
 Input Format  dipilih file sdf  dipilih molekul yang akan dikonversi (.sdf)
 Output Format  dipilih disimpan dlm file pdb  pilih folder untuk
memyimpan file
 Dikonversi
2. Autodock4
 File  Read molecule  dipilih ligan dalam bentuk pdb
 Ligand  Torsion Tree  Detect Root
 Ligand  Torsion Tree  Choose Root  Done
 Ligand  output  save as PBBQT
 Penyiapan Makromolekul di Autodock4
1.
File  Read Molekul  Dipilih makromolekul dlm file pdb
2.
Penghapusan molekul air dilakukan dengan cara: Edit  Delete Water
3.
Penambahan Atom H dengan cara : Edit  Hydrogens  Add  OK
4.
Grid  Macromolecules  Choose  dpilih makromolekul yang digunakan
5.
Makromolekul tersimpan dalam bentuk file PDBQT
 Pembentukan Grid Map
1. Grid  Set Map Types  Choose Ligand
2. Grid  Grid Box  Diatur posisi grid box dalam molekul (Grid Option)  Center  Center
On Ligand  close saving current
3. Grid  output  save GPF (terbentuk file .gpf)
 Running File Grid Box
1. Dalam satu folder harus terdapat ligan.pdbqt, makromolekul.pdbqt dan file dpf serta
autogrid4.exe
2. Kemudian running menggunakan cmd dengan cara :
Autogrid4.exe –p file.gpf –l file.glg
3. Running akan berjalan hingga terbentuk file map, file xyz dan file fld dan diperoleh juga file
glg (hasil pembentukan grid)
 Penyiapan Docking File
1. Docking  Macromolecule  Set Rigid Filename (dibuka file makromolekul.pdbqt)
2. Docking  Ligand  Choose ligand  Accept
3. Docking  Search Parameter  Genetic Algorithm  Accept
4. Docking  Docking Parameters  Accept
5. Docking  Other Options  Autodock 4.2 Parameters  Accept
6. Docking  Output  Lamarckian GA (4.2)
7. File tersimpan dalam bentuk .dpf (docking parameters file)
8. File dimasukkan dalam file yang telah berisi ligan.pdbqt, makromolekul.pdbqt, serta file gpf
dan ada file autogrid4.exe, autodock4.exe serta AD4.1_bound
 Running File Docking
1. Dibuka cmd, dan dirunning dengan cara:
Autodock4.exe –p file.dpf –l file.dlg
2. Setelah running commad tersebut diperoleh file dlg (docking log file) yang berisi data hasil
docking