DIKTAT KULIAH BIOKIMIA Oleh: Eddy Sulistyowati, Apt., M.S. FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS NEGERI YOGYAKARTA 2010 KATA PENGANTAR Diktat kuliah ininmerupakan kumpulan hand out kuliah Biokimia yang telah dipergunakan sejak tahun 1992 hinga tahun 2009 dengan telah mengalami perbaikan dan penyempurnaan dengan mengambil dari berbagai sumber sebagai referensi. Tentu saja masih belum sempurna, namun untuk kepentingan pendidikan Biokimia bagi mahasiswa kependidikan maupun non kependidikan dirasa telah cukup sebagai bekal awal dalam mempelajari Biokimia lanjut. Harapan kami semoga diktat ini bermanfaat dan sumbang saran pembaca sangat diharapkan, dan penulis menerimanya dengan senang hati sehingga diktat ini akan lebih sempurna lagi. Terimakasih kepada Mbak Indri Pahalaning W., S.Si., dan Mbak Murniagus W, S.Si. yang telah membantu terselesaikannya diktat ini. Yogyakarta, 2010 Penulis diktat 1 KARBOHIDRAT Karbohidrat = sakarida (yunani: gula) Karbohidrat adalah polihidroksi aldehid/keton mengandung C, H, O dan unsur-unsur lain N, P, S. dan polimer-polimernya, Klasifikasi karbohidrat 1. Monosakarida Gula sederhana = monomer → unit tunggal Rumus umum (CH2O)n , n: 3-10, C: 5-6 Umumnya terdapat di alam Berdasar gugus keton/aldehid maka dibagi 2, yaitu aldosa dan ketosa Jumlah atom C-nya: 3 atom C disebut treosa aldotreosa Ketotreosa Semua monosakarida mempunyai satu atau lebih atom C asimetri Struktur monosakarida mempunyai satu gugus aldehid (pada atom C no. 1)/keton (pada atom C no.2) Contoh: Glukosa, fruktosa Mempunyai struktur terbuka Mempunyai struktur tertutup (cincin) OH HC C HO O CH2OH OH C C HO H O C HO C CH2OH OH C C OH C O HO C O C OH C OH C C C OH C OH C C CH2OH CH2OH CH2OH CH2OH Beberapa reaksi dari monosakarida I. Reaksi transformasi enediol dari Lobry De Bruyn. D. glukosa enediol D. fruktosa D. mannosa 2 O C OH HC C C OH C C C C C C C C C C CH2OH CH2OH CH2OH HC O OH CH2OH C O C C C CH2OH O C H dapat mereduksi ion logam II. Reaksi mereduksi: adanya gugus aktiv sebagai dasar identifikasi kualitatif dan kuantitatif. III. Reaksi pembentukan ozazon, bila direaksikan dengan fenil hidrazin. HC N C HC OH C C6H5 C C H2O HC O NH NH 2 C C C CH2OH CH2OH D. glukosa H N C6H5 N H N C N NHC6H5 C6H5 C C C CH2OH D. glukosa phenil ozazon N C O H N C C6H5 D. glukosa Phenil hidrason HC HC NH C NH 2 C CH2OH hasil antara C6H5 C6H5 H N H2O H N H 3 CH2OH N C H N HC N H N C N NC 6H5 H C6H5 C C C C C C CH2OH CH2OH D. fruktosa phenil hidrason C6H5 D. fruktosa phenil ozazon Ozazon akan dihidrolisis oleh Hcl pekat → ozon HC N H N C N N H C6H5 Hclp C6H5 HC O C O H2O 2 C6H5 H N NH 2 R R ozazon ozon Jika ozon direaksikan dengan Zn dan asam asetat akan mereduksi gugus aldehid → ketosa. HC O 2H C O CH2OH C R O R ozon ketosa IV. Adisi HCN (sintesis kiliani) menjadi cyanhidrin, untuk memperpanjang rantai karbon. C COOH N HC O C C C C C C C C CH2OH CH2OH CH2OH C 1) HC oks O C HCN red C C CH2OH COOH N C 2) C C CH2OH cyanohidrin oks HC C C C C C C O CH2OH CH2OH asam gula D. arabinosa 4 V. Pembentukan asam gula, dengan oksidasi air brom akan terjadi 3 macam asam. asam aldonat asam aldarat COOH COOH C C C C C C C C C C C C CH2OH COOH COOH asam uronat HC O VI. Reaksi asam terhadap monosakarida Pada umumnya monosakarida relatif stabil dalam asam encer pada pemanasan singkat tetapi untuk ketosa akan mengalami dekomposisi pada pemanasan yang lebih lama. * Bila (A) diperbesar monosakarida akan mengalami dekomposisi. Contoh: HC O HC C O C Hclp C C C C O 3 H2O CH3 C CH2OH D. ribosa HC furfural O HCH asam levuinat HC O HC HC OH HC C O HCH COOH C Hclp O C 3 H2O C H C C CH2OH D. glukosa HC CH2OH hidroksi metil furfural O O C C HC Hclp C CO2 C C C C COOH asam glukuronat CH3OH D. xylosa C O OH CO CO2 5 VII. Pembentukan glikosida. Gula sederhana direaksikan dengan alkohol dengan katalisator Hcl. Pada atom C no. 1 ikat OR (hidroksil). Contoh: Glikosida saponin : gula + sapogenin Glikosida indican : glukosa + indoxyl Glikosida plorizin : glukosa + ploretin Contoh: H OCH 3 C CH2OH C O C - metil - D. galakto piranosida atau O OCH 3 C HC CH2OH Monosakarida yang terdapat banyak di alam bersifat optik aktif. Contoh paling sederhana gliseraldehida, terdapat 1 pusat khiral, sehingga dapat berbentuk 2 isomer optik yang berbeda. Aldoheksosa mempunyai 4 pusat khiral sehingga dapat berada dalam 2n = 24 = 16 stereo isomer yang berbeda. Penggambaran struktur heksosa terdapat 3 cara: Rumus proyeksi HC H O OH C CH2OH Proyeksi Haworth 6 H CH2OH 5 H 1 4 OH OH H 3 1 6 O H OH 2 OH - D - glukopiranosa CH2OH O CH2OH 2 5 OH OH 4 OH 3 H - D - fruktofuranosa 6 Rumus konformasi H CH2OH HO H HO O O H OH H H HO - D - glukopiranosa Jika dua gula berbeda konfigurasi pada satu atom karbon spesifik, senyawa tersebut dinamakan epimer. Contoh: D. glukosa dan D. manosa epimer pada atom C-2 D. glukosa dan D. galaktosa epimer pada atom C-4 CHO CHO CHO CHO C C C C C C C C C C C C C C C C CH2OH CH2OH CH2OH CH2OH 2. Oligosakarida, terdiri beberapa monosakarida, antara lain: Disakarida Contoh: Sukrosa, maltosa, laktosa. Kedua unit monosakarida digabungkan dengan ikatan kovalen yang disebut ikatan glikosida, yaitu gugus hidroksil pada salah satu gula bereaksi dengan karbon anomer pada gula kedua. Ikatan glikosida segera terhidrolisa oleh asam encer, tetapi tahan terhadap basa, dihasilkan monosakarida bebas. o Sukrosa Dibentuk oleh tanaman (tebu, biet, buah-buahan). Merupakan gula paling manis daripada disakarida lain. Terdiri dari monosakarida a-D. glukopiranosa dengan b-D. fruktofuranosa. Ikatan pada C1-2. 7 6 CH2OH 1 CH2OH O OH O OH 2 1 O OH CH2OH OH OH Tidak dapat mereduksi, sehingga tidak dapat dioksidasikan Cu++, bila 200º di kental seperti sirup disebut karamel. o Maltosa Disakarida paling sederhana mengandung 2 residu D. glukosa, dihubungkan oleh ikatan glikosida C1-4. 6 CH2OH CH2OH O O 1 4 OH 1 O Merupakan disakarida pereduksi karena ada OH bebas. Diperoleh dari hasil pemecahan: Amilase pati Liur maltosa, bila masuk usus Maltase D. glukosa o Laktosa Terdapat dalam susu, merupakan gabungan b-D. galaktopiranosa dan b-D. glukopiranosa dengan ikatan 1,4. 6 6 CH2OH O CH2OH O 1 O 4 1 Merupakan disakarida pereduksi karena terdapat OH bebas. Dalam proses pencernaan dihidrolisis enzimatik oleh enzim laktase (dari sel mukosa usus) menjadi glukosa dan galaktosa. Trisakarida : rafinosa (fru-glu-gal); gentianosa (fru-fru-glu). Tetrasakarida : skhiosa (gal-gal-glu-fru) 3. Polisakarida Terdiri atas molekul-molekul monosakarida. Contohnya adalah pati, dekstran, glikogen, selulosa. Karbohidrat di alam terdapat sebagai polisakarida dengan BM tinggi, mempunyai fungsi macam-macam (sebagai penyimpan 8 monosakarida, sebagai unsur struktural dinding sel dan jaringan pengikat). Mengalami hidrolisa sempurna oleh asam/enzim spesifik, hasil: monosakarida. Jika polisakarida terdiri satu jenis unit monosakarida maka disebut homopolisakarida. Jika polisakarida terdiri 2/lebih unit monosakarida maka disebut heteropolisakarida. Contoh: Homopolisakarida → D. glukosa saja → adalah pati. Heteropolisakarida → 2 unit gula, berganti-ganti → hialuronat pada jaringan pengikat Polisakarida penyimpan yang pati (pada tanaman) dan glikogen (pada hewan). Pati Terdiri a amilosa dan amilopektin. a amilosa merupakan rantai lurus dari D. glukosa dengan ikatan a. 1-4 Amilopektin merupakan rantai bercabang dengan ikatan a. 1-4 dan pada percabangan dengan ikatan a. 1-6. O O O O O O O O O CH2OH CH2OH CH2OH CH2OH amilosa ikatan . 1-4 CH2OH O Non pereduksi 1 cabang O Pereduksi O 6 CH2OH O Cabang 1-6 rantai utama O O Aminopektin Glikogen Merupakan polisakarida utama pada sel hewan, terdiri D. glukosa bercabang dengan ikatan a. 1-4, seperti struktur amilopektin, tetapi percabangan lebih banyak dan struktur lebih kompak. Pati dan glikogen dalam saluran pencernaan amilase mecah ikatan . 1-4 pada cabang luar hidrolisis Terbentuk D. glukosa + maltosa + dekstrin glukosidase hidrolisis Terbentuk glukosa + maltosa mecah ikatan cabang . 1-6 9 Selulosa Merupakan unsur strukturan ekstra sel pada dinding sel tumbuhan. Sifat: seperti serabut, liat, tidak larut dalam air. Merupakan homopolisakarida linear tidak bercabang. Terdiri 10 000/lebih unit D. glukosa dengan ikatan b 1-4. Gambar rantai paralel: Contoh: Kayu, katun, kertas. Kulit udang, kepiting, insekta (polisakarida khitin) Terdiri N-asetil D-glukosamin dengan ikatan b 1-2. CH2OH H O OH 1 OH 2 NH C O CH3 Pada bakteri dinding sel sebelah luar membran sel membentuk pembungkus yang kuat. Terdiri polisakarida bercabang diselingi polipeptida N-asetil D. glukosiamin penta peptida residu glisin membentuk peptidoglikan Peptidoglikan pada bakteri dapat dihambat pertumbuhannya oleh penisilin. 10 LIPIDA Adalah kelompok senyawa heterogen yang berkaitan, baik secara aktual maupun potensial dengan asam lemak Lipid mempunyai sifat umum: o Relatif tidak larut dalam air o Larut dalam pelarut non polar: eter, kloroform, benzen Yang termasuk dalam lipid adalah: lemak, minyak, lilin. Lipid adalah unsur makanan penting karena nilai energinya yang tinggi, tetapi juga karena vitamin yang larut dalam lemak dan asam lemak esensial yang dikandung dalam lemak makanan alam. Dalam tubuh lemak berfungsi sebagai sumber energi efisien, secara langsung dan secara potensial, bila disimpan dalam jaringan adiposa. Kombinasi lemak dan protein (lipoprotein) merupakan unsur sel yang penting, terdapat dalam membran sel dan mitokondria dalam sitoplasma, berfungsi sebagai alat pengangkut lipid dalam darah. Klasifikasi lipid dikemukakan oleh Bloor: A. Lipid sederhana: ester asam lemak dengan bermacam alkohol. 1. Lemak dan minyak Adalah ester asam lemak dengan gliserol. 2. Lilin (waxes) Adalah ester asam lemak dengan alkohol mono-OH yang mempunyai berat molekul lebih besar. B. Lipid campuran: ester asam lemak yang mengandung gugus tambahan selain alkohol dan asam lemak. 1. Fosfolipid Adalah lipid yang mengandung residu asam fosfat sebagai tambahan asam lemak dan alkohol. Mempunyai basa yang mengandung nitrogen. Contoh: Pada fosfolipid yakni gliserofosfolipid, alkoholnya gliserol. 2. Glikolipid Adalah campuran asam lemak dengan karbohidrat yang mengandung nitrogen tetapi tidak mengandung asam fosfat. Contoh: Glikosil diasil gliserol ~ terdapat dalam tanaman dan mikroorganisme. 3. Lipid campuran lain Contoh: sulfolipid, aminolipid, lipoprotein. 11 Asam Lemak Merupakan senyawa penyusun lipida. Adalah asam karboksilat yang diperoleh dari hidrolisis ester. Asam lemak terdapat di alam mengandung atom C genap dan merupakan derivat berantai lurus, dapat jenuh/tidak jenuh. Jumlah atom karbon hampir semua genap dan panjang rantai 14-22. Jumlah asam lemak tak jenuh lebih banyak daripada asam lemak jenuh, dan pada umumnya ikatan ganda pada atom C ke-9 dan 10 dan ikatan ganda tambahan antara sesudah atom C no. 10 kearah gugus metil. CH3 10 9 C C no COOH Bila ikatan ganda lebih dari 1 biasanya dibatasi 1 gugus metilena. CH CH CH2 CH CH Asam lemak jenuh, Cn H2n+2 O2, beberapa yang penting: asam palmitat, stearat, laurat, miristat. Asam lemak tak jenuh, Cn H2n O2, beberapa yang penting: asam oleat, asam linoleat, asam linolenat, arachidonat. Asam lemak tak jenuh di alam jumlah lebih besar daripada asam lemak jenuh. Sifat fisik asam lemak: o Asam lemak dengan atom C > 4 tidak larut dalam air, tapi dalam pelarut non polar. Asam lemak dengan atom C < 4 dapat larut dalam air. Contohnya asam asetat, butirat. o Asam lemak dalam suasana basa membentuk garam disebut saponus = sabun. Untuk Na, K → sabun mudah larut di air dan berbusa; untuk alkali tanah, Ca, Mg → sabun tidak mudah larut dalam air dan tidak berbusa. o Makin pendek atom C, titik cair rendah, makin banyak ikatan ganda, titik cair rendah. o Seperti asam karboksilat lain maka: - mudah diesterkan - mudah direduksi - reaksi ikatan ganda → addisi halogen hidrogenasi/penjenuhan, isomerisasi/perubahan konformasi oksidasi Halogenisasi dengan I2 sering dipergumakan sebagai analisa kuantitatif menentukan derajad kejenuhan. Peristiwa oksidasi dikenal dengan ransiditas = penengikan, adalah peristiwa dimana lemak mengalami dekomposisi disertai dengan bau tak enak dan merangsang. Ransiditas juga disebabkan oleh enzym. 12 C C HC OH CH2 C CH2 O Rantai pecah: lebih pendek Sumber asam lemak jenuh: 1. Asam asetat Atom C 2 2. 3. Asam propionat Asam butirat Atom C 3 Atom C 4 4. 5. 6. Asam valerat Asam kaproat Asam kaprilat Atom C 5 Atom C 6 Atom C 8 7. Atom C 10 8. Asam dekanoat (kaproat) Asam laurat 9. Asam miristat Atom C 14 10. Asam palmitat Atom C 16 11. 12. 13. 14. Atom C 18 Atom C 20 Atom C 22 Atom C 24 Atom C 12 Asam stearat Asam arakidat Asam behenat Asam lignoserat Hasil akhir fermentasi karbohidrat pada pemamah biak Idem no. 1 Dalam jumlah kecil pada mentega dan idem no. 1 Idem no. 3 Idem no. 3 Terdapat dalam mentega - lemak nabati Idem no. 6 Pada minyak ikan paus, kelapa sawit, minyak kelapa Pada pala, kelapa sawit, minyak kelapa Pada semua lemak hewan dan tumbuh-tumbuhan Idem no. 10 Pada minyak kacang tanah Pada biji-bijian Pada minyak kacang tanah, serebrosida A. Lipida sederhana = lemak netral = lemak = (tri) asil gliserol = (tri) gliserida. Merupakan ester dari alkohol gliserol dengan (3 mol) asam lemak. Merupakan komponen utama dari lemak penyimpan/depot lemak. Berdasar jumlah asam lemak, ada 3 macam antara lain: o Monoasil gliserol = monogliserida O H2C O HC OH H2C OH C R 13 o Diasil gliserol = digliserida O H2C O C R1 O HC H2C O C R2 OH o triasil gliserol = trigliserida O H2C O C R1 O HC O C R2 O H2C O C R3 1. Lemak netral berdasar sifat fisika terdiri atas 2 golongan: o Minyak → cair pada suhu kamar o Lemak → padat pada suhu kamar * Sifat-sifat asil gliserol suhu cair lemak ditentukan oleh asam lemak → suhu cair naik bila jumlah atom C dan rantai C makin besar. o Lemak dari alam biasanya tersusun bermacam-macam asam lemak, terutama: Asam lemak jenuh : palmitat, stearat, laurat, miristat. Asam lemak tak jenuh : umumnya oleat. o Penamaan tergantung asam lemaknya Misal: 3 asam lemak sama : tri-oleil-glis (lemak tunggal). 3 asam lemak tidak sama : oleil-palmitil-stearil-glis (lemak campuran). o Penetapan kuantitatif lemak didasarkan pada adanya ikatan-ikatan tak jenuh - Nilai saponifikasi Adalah jumlah KOH yang dibutuhkan untuk mensaponifikasikan 1 gram lemak. - Nilai iodium Adalah jumlah gram I2 yang diabsorbsi oleh 100 gram lemak. - Dengan kromatografi kolom 14 2. Lilin = waxes Adalah ester asam lemak dengan alkohol bukan gliserol. Lilin merupakan komponen utama dari lilin lebah, sebagai lapis penutup pada kulit, daun, bulu, buah dari tanaman derajad tinggi. a. Beeswax lilin yang terdapat pada insecta. Komponen utamanya adalah ester mirisil palmitat C15 H31 COOC 30 H61, selain itu juga terdapat asam lemak bebas dengan atom C24-C34, juga monohidroksi alkohol primer dengan atom C24-C34 dan parafin hidrokarbon dengan atom C25-C31. b. Carnauba wax lilin yang terdapat dalam tanaman (kutikula daun). Merupakan senyawa kompleks. Asam lemak dan alkohol (C26-C34) dan parafin hodrokarbon C27. c. Sperm oil dari ikan paus spermaceti sebagian besar terdiri setil palmitat. d. Lanolin minyak wol, merupakan pelindung dari serat-serat wol. Terdiri dari campuran ester kholesterol (C27 H45 OH), lanosterol (C30 H49 OH), agnosterol (C30 H47 OH). B. Lemak Campuran 1. Fosfolipid = fosfatida Adalah lipid yang mengandung fosfor yang terikat sebagai ester fosfat → dianggap sebagai derivat asam fosfatidat. R1 C O C R2 O C O CH O O CH2 O P OH OH Berikatan dengan senyawa nitrogen: kolin, serin, etanol amin. Fosfolipid ~ terdapat dalam sel tumbuhan/hewan. Contoh: Pada hewan di otak, telur, hati, ginjal, pankreas, jantung. fosfolipid tidak larut dalam aseton, sehingga cara pemisahan dengan ekstraksi: eter, semua lipis larut, kemudian ditambah aseton → fosfolipid. O O R1 C O O H C R2 C O C H H R1 C O O C R2 C O C O CH2 O P OH O OCH 2CH2N(CH 3)3 kolin CH2 O P O CH2 OH CH2 lesitin fosfatidil kolin NH 3 alkoholnya gliserol sefalin fosfatidil etanol amin 15 Jika: Alkoholnya bukan gliserol → sphingosin 1 H NH 2 C CH 2 CH3 CH (CH2)12CH CH CH3OH 2 OH Contoh: Pada 1 sphingomielin adalah senyawa paling sederhana dan paling banyak dijumpai, yakni pada hampir semua membran sel terutama sel syaraf. Strukturnya: sphingosin - fosfokolin (2) (CH3)3 N CH2 CH2 O HO P O O asam lignoserat (1) CH3 (CH2)22 C O OH Contoh lain: serebrosida 2. Glikolipida Banyak terdapat dalam tanaman. Strukturnya: sphingosin - D. galaktosa (2) asam lignoserat (1) 16 PROTEIN Protein merupakan polipeptida dengan berat molekul besar (paling kecil 8 000-10 000). Protein dibagi menjadi 2 golongan: Protein sederhana, hanya mengandung asam amino saja. Contoh: kolagen,protein kontraktil. Protein kompleks, terdiri asam amino dan non asam amino. Contoh: hem, glikoprotein, lipoprotein. Klasifikasi protein berdasar: I. Kelarutan Sejak tahun 1907 sampai sekarang klasifikasi ini tetap digunakan (lihat tabel), tetapi batas antara kelas tidak jelas/tegas. Pembagian dilihat dari: Mudah/tidak larut dalam air Mudah/tidak larut dalam asam/basa Mudah/tidak larut dalam larutan garam Mudah/tidak larut dalam etanol encer/absolut II. Bentuk Berdasarkan bentuknya protein terdiri: 1. Protein fiber/fibrous/fibrosa. Molekul bentuk fiber (serat) yang panjang/spiral panjang yang terikat satu dengan yang lain. Banyak terdapat dalam protein hewan, tidak larut dalam air, tahan terhadap enzim proteolitik. a. Kolagen Merupakan protein jaringan tubuh, tidak larut dalam air, tahan terhadap pemecahan enzim. Bila dipanaskan dalam air mendidih/asam encer/alkali encer akan menjadi gelatin yang lebih mudah larut dalam air dan mudah dipecah enzim. Kurang lebih 30% dari protein total dalam hewan mamalia adalah kolagen. Kolagen mengandung hidroksi prolin, hidroksi lisin. Tidak terdapat unsur S, sehingga tidak mempunyai sistein, sistin, triptofan. b. Elastin Adalah protein yang terdapat dalam urat darah, jaringan elastis (jaringan penghubung). c. Keratin Adalah protein yang terdapat dalam rambut, kuku, bulu. Banyak mengandung belerang (sistin) sekitar 14%. 17 2. Protein globular. Molekul yang berbentuk bulat/lonjong. Rantai polipeptida lipatan dan berbelit. Mudah larut dalam air dan larutan garam dan asam dan basa dan alkohol. a. Albumin Terdapat dalam telur, serum darah. Mudah larut dalam air, muda dikoagulasi bila dipanaskan, dapat diendapkan dengan penambahan (NH4)2 SO4 jenuh. b. Globulin Terdapat dalam protein hewani, nabati, terdiri atas glisin yang terkandung di dalamnya dan mudah larut dalam garam netral (Nacl). Dapat dikoagulasi dengan panas dan dapat diendapkan dengan (NH 4)2 SO4 jenuh. Ovoglobulin dalam kuning telur diekstraksi dengan larutan Nacl 5-10% dan diendapkan. c. Histon Larut dalam air, asam, alkali, garam. Dengan tidak segera koagulasi III. Struktur 1. Primer Menunjukan sekwensi residu-residu asam amino dalam rantai polipeptida yang saling diikat secara kovalen oleh ikatan peptida, dan posisi serta jumlah ikatan disulfida yang membentuk ikatan-ikatan silang di dalam rantai polipeptida/antara 2 rantai polipeptida. Protein yang pertama kali diteliti dengan lengkap tentang struktur primernya adalah insulin-sapi (oleh F. Sanger 1950). Insulin adalah hormon hasil dari pankreas. Merupakan protein kecil dengan BM = 14 000 terdiri atas 2 rantai. Sanger dapat memisahkan 2 rantai tersebut, dimana rantai A: terdiri atas 21 residu asam amino, rantai B: terdiri atas 30 residu asam amino. Antara 2 ikatan peptida terdapat 2 ikatan interpeptida di-sulfida, dan 1 ikatan intrapeptida di-sulfida. 2. Sekunder Ditandai dengan adanya putaran-putaran/belokan dari rantai peptida. Dengan adanya putaran ini dapat terjadi interaksi di dalamnya karena sangat berdekatan, interaksi umumnya ikatan hidrogen yakni antara: C O H N C Dengan adanya interaksi maka struktur sekunder mantap dan lebih khas untuk tiap protein. Terdapat 2 bentuk struktur: a heliks, lempeng bergelombang (plater sheet). 18 a heliks (konformasi a), timbul karena putaran dari rantai peptida. Yang mula-mula ditemukan: protein panjang a keratin, tidak larut dalam air dan tidak dapat dicernakan. O Ikatan hidrogen: paralel dengan poros intrapeptida H Dalam rambut dan wool terdiri 3-7 rantai dan membentuk heliks lagi H O Lempeng bergelombang (konformasi b) COOH NH 2 NH 2 COOH Ikatan hidrogen tegak lurus pada poros interpeptida 3. Tersier Dalam protein dengan rantai sekunder dapat membentuk susunan macammacam (bengkok-bengkok, putar-putar) sehingga mempunyai bentuk 3 dimensi tertentu. 19 PENDAHULUAN PROTEIN Adalah senyawa organik yang terdapat pada kebanyakan sel hewan, merupakan 50% (kira-kira) dari berat sel kering. Ditemukan di dalam semua sel dan bagian-bagian sel. Mempunyai berbagai peranan biologis, karena protein merupakan instrumen molekuler yang mengekspresikan informasi genetik. Semua protein baik berasal dari bakteri, bahkan kehidupan tinggi, dibangun dari rangkaian dasar yang sama yaitu asam amino, yang dikenal ada 20 macam yang berfungsi biologis (disebut juga asam amino baku). Rangkaian asam amino disebut peptida, dihubungkan oleh ikatan kovalen. Sumber protein: daging, telur, dan lain-lain dalam tubuh manusia. Sedang dalam tumbuhan terdapat dalam biji-bijian palawija, juga buah-buahan. Klasifikasi protein: protein sederhana dan protein majemuk. Protein sederhana terdiri dari unsur C, H, O, N. Protein majemuk terdiri dari unsur pokok + gugus prostetik. Misal: Nukleoprotein, prostetik : asam nukleat Lipoprotein, prostetik : lipida Khromoprotein, prostetik : 2 warna Struktur umum asam amino COOH H2N C H R 20 macam asam amino mempunyai ciri yang sama: gugus karboksil dan gugus amino diikat pada atom karbon yang sama, masing-masing berbeda pada rantai samping (gugus R) yang bervariasi dalam struktur, ukuran, muatan listrik dan kelarutan dalam air. Dalam penulisan asam amino baku dinyatakan dengan singkatan 3 huruf atau lambang 1 huruf. 20 Misal: Alanin Arigin Asparagin Asam aspartat Sistein Glutamin Asam glutamat Glisin Histidin Isoleusin Leusin Lisin Metionin Fenil alanin Prolin Serin Treonin Triptofan Tirosin Valin Ala Arg Asn Asp A ......................... non polar R ......................... polar bermuatan positif N ......................... polar D ......................... polar bermuatan positif Cys Gln Glu C ......................... polar Q ......................... polar E ......................... polar Gly His Ile Leu Lys Met Phe Pro Ser Thr Trp Tyr Val G ......................... polar bermuatan negatif H I ......................... non polar L K ......................... polar bermuatan positif M ......................... non polar F ......................... non polar P ......................... non polar S ......................... polar T ......................... polar W ......................... polar Y ......................... non polar V ......................... non polar 21 ASAM AMINO DAN PEPTIDA Makro molekul → dari sel hidup sebagai: struktural, biokatalisataor, hormon, reseptor, genetik Protein Asam nukleat Polisakarida Adalah biopolimer terdiri monomer asam amino, nukleotida, gula. Protein → monomer asam amino → struktur 3 dimensi → asam amino berikatan → rantai polipeptida. Asam amino/Asam a amino Di alam terdapat 300 jenis, yang terpenting 20 jenis sebagai monomer protein. Rumus: H R C H NH 2 COOH NH 2 C C R OH O Struktur asam amino pada pH fisiologis NH 3+ O R COOH R H+ C O R NH 3+ R NH 2 C C R O- O H+ zwitterionik (isoelektrik) Pada keadaan isoelektrik → pH isoelektrik (Pi) adalah harga antara pk 1 dan pk2. Contoh: Alanin - CH3 CH COO NH3+ pk1 = 2,35 (karboksil) pk2 = 9,69 (amino) 2,35 9,69 sehingga, Pi = = 6,02 2 Ke 20 jenis asam amino aesensial dibedakan dalam 2 golingan: I. Asam amino dengan gugus R non polar (Ala, Ile, Leu, Met, Phe, Pro, Trp, Val). II. Asam amino dengan gugus R polar (selain kedelapan asam amino diatas). 22 Penamaan asam amino mempergunakan singkatan 3 huruf dan lazim dipakai hingga saat ini (lihat tabel). Selain 20 macam asam amino tersebut terdapat asam amino yang mempunyai fungsi esensial pada proses metabolisme (lihat tabel). Reaksi kimia asam amino o Adanya gugus karboksil dengan gugus amino menunjukkan reaksi sesuai fungsi masing-masing (pembentukan garam, esterifikasi, asilasi). o Beda asam amino satu dengan yang lain tidak berdasar pada gugus amino dan gugus karboksil, tetapi dari R. o Reaksi penunjuk umum untuk semua asam amino adalah ninhidrin → warna biru sampai ungu, dan warna ini teramati secara kuantitatif (menyerap sinar pada 570 nm) dengan kolorimeter. o Beberapa reaksi penting untuk asam amino tertentu. No Reaksi 1. 2. Millon Xanthoprotein Hg SO3 dalam HNO3 Direbus dalam HNO3 pekat 3. Hopkin’s-Cole Glioksilat dalam H2 SO4 Trp 4. 5. Sakaguchi Nitroprusida Arg Cys 6. Pauly 7. Folin chiocaltev Ninhidrin a naftol dalam Na hipoklorid Na nitroprusida dalam HNO3 encer Asam diazo sulfanilat dalam basa Asam fosfomolibdo tungstat 8. Pereaksi Asam amino Tyr Tyr, Trp, Phe Ninhidrin O Merah Kuning + basa → jingga Merah, ungu Merah Merah His, Tyr Tyr Merah Asam amino Biruungu Biru O C C C OH OH NH 2 R C C HC C COOH H O OH R C O CO2 H O hydrindantin O O O C HC C C C C C O O berwarna O Warna HO OH NH 3 HO C O C NH 4 C N C C O NH 3 23 Peptida Terdiri 2 atom lebih residu asam amino dengan ada 2 ikatan peptida. Ikatan peptida: ikatan utama dalam protein dan merupakan reaksi terpenting, antara gugus amino dan karboksil dengan membebaskan 1 mol H2O. Contoh: O H N H COOH CH R1 COOH H N H C CH H2N CH R2 COOH N H CH R2 R1 Ikatan peptida berbentuk rantai panjang, sebagai ikatan utama. Struktur peptida ditulis dengan residu asam amino n-terminal (a amino bebas) di sebelah kiri, dengan residu c-terminal (a karboksil bebas) di sebelah kanan). Contoh: Alanil-sisteinil-valin H2N H C H H N C O O H C C C H N CH2 HC C C H C OH O SH Penulisan rumus bangun polipeptida: 1. Gambarkan tulang punggung yang menghubungkan gugus a-NH2, a-COOH, dan atom a-C. Letaknya berselang-seling, bentuk zig-zag. 2. Sisipkan gugus a karbon, a karboksil, a amino. O H2N C C N H C C H N O C C N H C COOH O 3. Tambahkan gugus R yang cocok dan a-hidrogen pada atom C a. SH2 O H H2N C C H N CH3 H C O CH2 H N C OH C C H CH H3C CH3 O 24 Penamaan peptida dihitung jumlah asam aminonya, biasanya sampai 6 peptida. NH2 – Val – Cys – Ala – Phe – Arg – Try – COOH. Sifat asam basa peptida hampir serupa dengan asam amino. Gugus NH2 dari peptida dapat bereaksi secara kuantitatif dengan ninhidrin. Reaksi lain yang khas untuk peptida adalah biuret dapat dilakukan pada senyawa yang mempunyai ikatan peptida minimal 2 ikatan peptida dengan Cu ++ → ikatan kompleks dan terjadi warna biru ungu dapat diamati dengan kolorimetri. Beberapa Pemisahan/isolasi peptida: Elektroforesis Kromatografi kertas Kromatografi lapis tipis Kromatografi pertukaran ion Kromatografi cair tekanan tinggi (HPLC) 25 ENZIM Tubuh merupakan laboratorium yang rumit karena di dalamnya terjadi reaksi kimia yang beraneka ragam. Antara lain pemecahan zat-zat yang terdapat dalam makanan, penggunaan hasil pemecahan ini untuk memperoleh energi, dan penggabungan kembali untuk membentuk persediaan makanan dalam tubuh, serta reaksi-reaksi kimia lain tidak mungkin dilakukan secara in vitro ( di laboratorium/luar tubuh). Semua proses tersebut dapat dilakukan dengan baik di dalam tubuh (in vivo) tanpa memerlukan suhu tinggi dan terjadi dalam tempo singkat, ini dikarenakan adanya katalis yang disebut enzim. Proses peragian/fermentasi menurut Pasteur hanya dapat terjadi dengan adanya sel hidup yang mengandung enzim. Kemudian diubah oleh Buchner setelah terbukti bahwa cairan yang berasal dari ragi tanpa adanya sel hidup dapat menyebabkan terjadi fermentasi gula menjadi alkohol dan CO2. Tahun 1926 Sumner berhasil isolasi urease dari kacang panjang. Enzim ini mengurai urea → CO2 + NH3. Tata nama dan kekhususannya Dalam tubuh manusia terjadi bermacam-macam proses biokimia dan tiap proses reaksi tertentu dibantu oleh enzim tertentu. Untuk membedakannya maka tiap enzim diberi nama. Secara umum setiap enzim dinamai menurut substratnya dengan penambahan kata akhiran ase dibelakangnya. Contoh: Urea → urease Arigin → ariginase Enzim-enzim dengan fungsi sejenis diberi nama menurut fungsinya. Contoh: Hidrolase → katalis reaksi hidrolisis Enzim bekerja khas terhadap substrat tertentu, ini adalah ciri khas dari enzim. Contoh: Enzim urease hanya bekerja terhadap urea sebagai substratnya. Enzim esterase ini bekerja terhadap lebih dari 1 substrat ester-ester asam lemak, tetapi tidak dapat untuk substrat lain selain ester. Jadi tetap mempunyai kekhasan tertentu. Kekhasan enzim terhadap sifat optik (isomer D/L) dari substrat yang sama. Arginase hanya bekerja terhadap D-arigin. 26 Suatu asam amino tertentu sebagai substrat mengalami reaksi berbeda dengan berbagai enzim. O oksidase R CH COOH R C R CH2 NH 2 dekarboksilase NH 2 transaminase R C COOH NH 3 CO2 COOH OH C O NH 2 CH2 CH O C O OH Walaupun ketiga reaksi tersebut berjalan namun tiap enzim hanya bekerja pada 1 jenis reaksi saja. Fungsi dan cara kerja enzim Enzim sebagai katalis untuk proses biokimia yang terjadi dalam sel maupun di luar sel. Enzim dapat mempercepat reaksi 108-1011 kali lebih cepat daripada reaksi tanpa enzim. Enzim sebagai katalis yaitu bekerja dengan menurunkan energi aktivasi suatu reaksi kimia sehingga reaksi berlangsung lebih mudah dan cepat. Kompleks enzim-substrat Agar berlangsung reaksi enzimatik maka harus terdapat kontak antara enzimsubstrat, yang terjadi pada bagian aktiv dari enzim. Kontak dapat terjadi apabila bagian aktiv dari enzim mempunyai ruang yang tepat untuk menampung susbtrat yang sesuai. Substrat yang bentuk konformasinya tidak cocok dengan tempat aktiv enzim, tidak bisa dengan enzim, sehingga enzim tidak dapat berfungsi terhadap substrat. Hubungan antara enzim-substrat menyebabkan terjadinya kompleks enzim-substrat, sifatnya aktiv dan sementara, akan terurai lagi → hasil reaksi + enzim bebas. S S S S E E E Bagian aktiv enzim, terbentuknya kompleks enzim substrat dan penguraiannya Tingkat energi AB energi aktivasi A+B Enzim menurunkan energi aktivasi dari suatu reaksi 27 Pada percobaan hidrolisis sukrosa menjadi glukosa dan fruktosa oleh enzim, ternyata bahwa pada konsentrasi sukrosa rendah kecepatan reaksi tergantung pada konsentrasi sukrosa (berbanding lurus). Akan tetapi pada konsentrasi tinggi ternyata kecepatan reaksi tidak lagi dipengaruhi oleh pertambahan konsentrasi (tidak berbanding lurus). Berarti enzim telah jenuh dengan substrat. v kecepatan reaksi v maks orde zero orde camp 1/2 v maks e d r o u at s km [s] [sukrosa] Grafik hubungan [sukrosa] dengan kecepata reaksi pada reaksi enzimatik Mikhaelis dan Menten tahun 1913 mengajukan hipotesis bahwa dalam reaksi enzim terjadi lebih dahulu kompleks enzim-substrat yang kemudian memberikan hasil reaksi + enzim kembali. k1 E+S k2 Es k2 P+E Mikhaelis dan Menten berkesimpulan bahwa kecepatan reaksi bergantung pada [ES], hingga dari penurunan persamaan dan kurva di atas diperoleh persamaan: V Vmaks V = = [s] Km+ [s] Vmaks [s] Km + [s] V = Kecepatan reaksi enzimatik Vmaks = Kecepatan maksimum pada [S] tidak terbatas [S] = Konsentrasi substrat mol/liter larutan Km = Konstanta Mikhaelis Dari rumus bila [S] > Km, maka V mendekati Vmaks. Reaksi mendekati orde zero. V = ½ Vmaks maka Km2[S], berarti harga Km sama dengan konsentrasi substrat (mol/liter) yang menghasilkan kecepatan sebesar ½ Vmaks. Dari persamaan Mikhaelis dan Menten dapat dibuat grafik garis lurus yaitu mengubah bentuk persamaan menjadi: 28 V = 1 V = = 1 V = Vmaks [s] Km + [s] Km + [s] Vmaks [s] Km [s] Vmaks [s] Vmaks [s] Km Vmaks 1 Vmaks 1 [s] Disebut persamaan Lineweaver-Burk Bentuk kurva sebagai berikut: Km 1 Vmaks V 1 Vmaks 1 1 Km [s] Faktor-faktor yang mempengaruhi kerja enzim Sangat erat hubungannya dengan sifat dari protein antara lain: 1. Konsentrasi substrat 2. Pengaruh pH Perubahan pH langsung mempengaruhi sifat ion dari gugus amino dan gugus karboksilat sehingga mempengaruhi bagian aktiv dan konformasi enzim. pH yang ekstrem akan denaturasi protein enzim, sehingga enzim tidak aktiv lagi. pH dimana enzim bekerja optimal disebut dengan optimum enzim. 3. Pengaruh temperatur Enzim bekerja sesuai temperatur tubuh dimana enzim bekerja pada temperatur tinggi (40º) denaturasi – hilang fungsi enzim. 4. Pengaruh aktivator dan gugus prostetik (F) Kebanyakan enzim tidak berfungsi optimal karena tidak adanya zat kedua [aktivator] umum: ion logam, sehingga kecepatan reaksi enzimatik menjadi tergantung pada [aktivator]. (F) Enzim bersifat protein majemuk terdiri dari: protein = gugus apoenzim dan gugus prostetik = koenzim yang saling berikatan. Apoenzim + koenzim Enzim aktiv 29 Ikatan antara apoenzim dan koenzim dapat kuat, kurang kuat. Umumnya koenzim adalah vitamin (yang larut dalam air/umumnya vitamin B). 5. Pengaruh inhibitor Inhibitor adalah zat yang efektif dalam jumlah kecil menghambat jalannya reaksi menjadi lebih lambat atau berhenti sama sekali. Berdasar mekanisme reaksi, inhibitor dibagi 3 golongan: a. Kompetitiv inhibitor b. Non kompetitiv inhibitor c. Und kompetitiv inhibitor Inhibitor enzim adalah senyawa yang dapat mengadakan kompetisi dengan substrat yang dapat mengikatkan diri dengan aktiv dari enzim. a. Kompetitiv inhibitor i. E + S ES ii. E + I EI E+P In 2 In 1 1 Km Vmaks S V kompetisi S dan I E I 1 Vmaks 1 1 Km [s] Dengan kurva Lineweaver Burk: * Km berubah, Vmaks tetap, 1/Vmaks, slope berubah Contoh: Pada enzim suksinat dehidrogenase. Spesifik untuk suksinat. Senyawasenyawa yang strukturnya mirip suksinat dapat sebagai inhibitor. CH2 CH2 COOH COOH suksinat CH2 COOH COOH COOH malat COOH oksalat b. Non kompetitiv inhibitor Adalah senyawa yang mengikat enzim dengan menggunakan gugus lain dari enzim daripada untuk mengikat substrat, sehingga menghambat reaksi enzimatik. 30 In i. E + S [ES] ii. E + I [EI] iii. S + EI [EIS] 2 Km In 1 E+P 1 Vmaks V 1 Vmaks EIS 1 1 Km [s] Dengan kurva Lineweaver-Burk: * Km tetap, Vmaks berubah, slope berubah c. Und kompetitiv inhibitor Adalah senyawa yang dapat mengikat kompleks enzim-substrat menjadi kompleks baru yang tidak dapat bersenyawa lagi, tempat ikatan belum diketahui. Ada pendapat: Inhibitor mol besar sehingga menutupi semua. In i. E + S ES ii. ES + I ESI E+P 2 In 1 Dengan kurva Lineweaver-Burk: * Km tetap, Vmaks berubah, slope berubah 1 Km V Vmaks 1 Vmaks 1 1 Km [s] Struktur enzim International Union of Biochemistry (IUB) telah mendasarkan penggolongan enzim pada 4 pokok: 1. Berdasar reaksi kimia, telah dikelompokkan menjadi 6 golongan besar enzim, masing-masing dikelompokkan dalam 4-13 sub-golongan. 2. Penamaan enzim dengan nama substrat ditambah –ase. 3. Informasi pelengkap ditempatkan di belakang nama enzim dalam kurung. Contoh: Nad-oksido reduktase (decarboxylating). 4. Sistem kode angka sebanyak 4 angka (E.C) Angka I : Jenis reaksi sebagai kelas Angka II : Sub-kelas Angka III : Sub-sub-kelas Angka IV : Untuk enzim spesifik Misal: E.C 2, 7, 1, 1: Kelas 2 (transfarase), sub-kelas 7 (pemindahan fosfat), sub-subkelas 1 (alkohol berfungsi sebagai akseptor fosfat), digit terakhir menyatakan enzim heksokinase atau ATP: D. heksosa 6 fosfotransfarase. Enzim yang mengkatalisis pemindahan fosfat dari ATP ke gugus OH pada karbon 6 glukosa. 31 Berdasar ke-4 konsep tadi maka IUB mengklasifikasikan enzim ke dalam 6 golongan besar: 1. Oksidoreduktase Enzim yang berfungsi dalam reaksi-reaksi oksidasi (dehidrogenase dan oksidase). 2. Transfarase Enzim yang bekerja dalam reaksi-reaksi transfer gugus. 3. Hidrolase Enzim yang bekerja pada hidrolisis ester, peptida, glikosa dan lain-lain. 4. Liase Enzim yang menghilangkan gugus tertentu dari substrat dengan mekanisme yang lain dari hidrolisis, misal enzim untuk menarik air dari gugus alkohol sehingga terbentuk ikatan rangkap. 5. Isomerase Enzim yang berfungsi merubah posisi optik dalam isomer. 6. Ligase Enzim yang berfungsi sebagai katalis dalam reaksi penggabungan 2 mol dan pemutusan ikatan pirofosfat dalam ATP. Ikatan yang terbentuk adalah C – O, C – S, C – N, C – C. Aktivitas spesifik adalah jumlah unit aktivitas enzim per miligram protein atau jumlah katalis per kilogram protein atau mol substrat/men/mg protein enzim. Angka pergantian (turnouder number) adalah angka yang menunjukkan jumlah molekul substrat yang ditransformasikan per satuan waktu oleh satu molekul enzim. Aktivitas total adalah jumlah mol substrat yang diubah oleh enzim tersebut per menit per gram atau jumlah berat tertentu bahan yang digunakan untuk sampel enzim. Mekanisme aksi enzim Enzim mempunyai bagian/sisi aktif yang dapat mengikat substrat , ini terdiri residu asam amino tertentu, sengan ikatan peptida yang dapat mengadakan kontak dengan substrat. Ada beberapa teori: 1. Hipotesa Lock and Key (lubang kunci dan anak kunci) menurut Fischer 1913. 2. Induced fit theory Pengikatan enzim dan substrat merubah konformasi enzim sehingga enzim baru dapat aktiv mengerjakan substrat. Vitamin dan koenzim Vitamin adalah senyawa organik tertentu yang merupakan faktor diit esensial yang diperlukan dalam jumlah kecil, untuk berlangsungnya metabolisme dan fungsi metabolisme tubuh. Vitamin kebanyakan tidak dapat disintesis tubuh, sehingga tubuh harus memperoleh vitamin dari bahan makanan. 32 Menurut Warburg (1932-1935) mengenai koenzim menunjukkan adanya hubungan antara struktur kimia dengan koenzim. 1. Nikotinamida (niasin) dan asam nikotinat COOH CONH 2 N N Koenzim: a. Nikotinamida adenin dinukleotida (NAD+). b. Nikotinamida adenin dinukleotida fosfat (NADP+). Fungsi: a. Sebagai dehidrogenase. Misal: laktat dehidrogenase asam laktat asam piruvat NAD+ NADH + H+ isositrat dehidrogenase asam isositrat ketoglutarat NADP+ NADPH + H+ b. Sebagai pereduksi. Misal: FAD + NADH + H+ → FADH2 + NAD+ Kekurangan : Gejala penyakit pellagra ( dermatitis, diarhe, demensia). Sumber : Makanan kaya protein hewani, biji-bijian. 2. Riboflavin (Vitamin B2) Sebagai koenzim FMN. Fungsi : Dehidrogenase. Misal : suksinat dehidrogenase suksinat fumarat FAD FADH2 Kekurangan : Terjadi cheilosis (kerak pada sudut mulut), keratosis lidah. Sumber : Susu, daging, telur, ikan, biji-bijian. 3. Biotin Sebagai kofaktor terikat kuat pada protein enzim (BCCP). Fungsi : Karboksilasi dan transkarboksilasi. Misal : ATP + HCO3- + BCCP karboksilase biotin BCCP - CO2 + ADP + Pi 33 Kekurangan turun, : Kulit bersisik, kurang selera makan (anoreksia), HB kolesterol naik, urat sakit. Sumber : Daging, kuning telur, biji-bijian. 4. Thiamin (Vitamin B1) Sebagai koenzim TPP. Fungsi: a. Dekarboksilasi asam a keto. b. Oksidasi asam a keto. c. Transketolasi. d. Fosfoketolasi. Kekurangan : Beri-beri, muntah-muntah, diarhe, akibat alkoholisme. Sumber : Biji-bijian, daging, telur, susu, kacang-kacangan. 5. Vitamin B6 (Piridoksin, piridoksal, piridoksamin) Sebagai koenzim: a. Piridoksal fosfat. b. Piridoksamin fosfat. Fungsi: a. Transaminasi. b. Dekarboksilasi. c. Rasemasi. Misal: asam glutamat + asam oksaloasetat glutamat aspartat transaminase asam keto glutamat + asam aspartat Kekurangan : Borok kulit, lemah, letih, lesu, nervous. Sumber : Protein hewani, biji-bijian, ubi-ubian. 6. Asam folat Sebagai koenzim. Fungsi : Reduksi, sumber H+, C pada sintesa CH3. Kekurangan : Megaloblastik ademi, diarhe. Sumber : Protein hewani, biji-bijian, sayur hijau. 7. Asam pantotenat Sebagai koenzim : Koenzim A. Fungsi : Pentransfer gugus asil. R CH2 C O KoASH R CH2 C OH Kekurangan insomnia, Sumber : Selera makan O S berkurang, depresi H2O KoA mental, kram, gangguan pencernaan. : Semua makanan dari hewan, biji-bijian, polong-polongan. 34 8. Vitamin C Sebagai hidroksilasi (prolin, lisin), pereduksi kuat. Fungsi: a. Pembentukan zat interseluler kolagen b. Pernafasan sel c. Sintesa hormon steroid dari kolesterol. Kekurangan : Skorbut, gusi berdarah, kulit mudah mengelupas, mudah luka, mudah kena infeksi, pertumbuhan tulang pada bayi tidak normal. Sumber : Sayuran hijau, buah berwarna. 9. Vitamin A Sebagai pro vitamin A dalam tumbuhan. Fungsi : Penting pada proses fotokimia dalam retina zat picmen dalam mata rodopsin karena pengaruh cahaya → opsin + trans retinen. Akan diubah: Trans vitamin A dalam darah. Dalam gelap diubah kembali jadi rodopsin. Kekurangan : Rabun senja, mempengaruhi pembentukan mukosa, esensial untuk pertumbuhan tulang dan gigi. Sumber : Minyak ikan, protein hewani, sayur hijau, buah berwarna. 10. Vitamin D Fungsi: a. Mengatur absorbsi Ca dan Fosfor dari pencernaan. b. Mengatur klasifikasi tulang dan gigi. c. Membantu kelancaran transpor aktiv. Kekurangan : Riketsia pada anak (tulang lunak, perubahan bentuk tulang, gigi tumbuh terlambat). Sumber : Minyak ikan, susu, sinar matahari pagi. Mengubah provitamin D → D 11. Vitamin E Fungsi: a. Sebagai antioksidan b. Mengurangi oksidasi vitamin A c. Mengatur kesuburan dan reproduksi. Kekurangan : Terjadi hemolisa sel darah hewan, anemia ringan, kemandulan (pada hewan). Sumber : Dari jaringan tumbuhan, sayur hijau, polong-polongan. 35 12. Vitamin K Fungsi: a. Pembentukan protombin dan protein. b. Pembekuan darah. c. Fosforilasi oksidatif dalam metabolisme sel. Kekurangan : Hemorragi, darah sukar membeku. Sumber : Hati, sayur hijau. 36 ASAM NUKLEAT Asam nukleat adalah senyawa organik makro molekul yang kompleks yang pegang peranan. Dalam sistem biologi asam nukleat bertugas sebagai penyimpanan dan transmisi informasi genetik serta menterjemahkan informasi ini untuk mensintesis dengan teliti protein-protein yang khas bagi sel individu. Asam nukleat adalah pembawa informasi kebakaan (turunan) dari generasi. Dalam semua organisme terdapat 2 jenis asam nukleat yakni DNA (deoksiribonukleat-asam) dan RNA (ribonukleat asam). Dna dan RNA merupakan polimer nukleotida. Struktur asam nukleat Asam nukleat terbentuk dari polimerisasi nukleotida-nukleotida. Nukleotida terbentuk dari nukleosida dan asam fosfat. Sebuah nukleosida tersusun dari basa purin/pirimidin dengan sebuah molekul ribosa/deoksiribosa. Asam nukleat Nukleotida Nukleotida Nukleosida Nukleotida Fosfat Basa nitrogen Purin Adenin Guanin Pentosa Pirimidin Sitosin Timin Urasil Ribosa Deoksiribosa 37 NH 2 H O 7 N 2 N 5 1 6 N CH N9 H 4 3 N HN 8 H2N H 5 N1 H H N H H O H Pirimidin H CH2HO O H 1 3 N H Timin CH2HO O 4 CH3 N 5 H N H N H Urasil Sitosin H Purin O N O N N O 4 2 H Guanin H6 O N H N NH 2 N H CH Adenin 3 N N OH 2 OH OH OH OH H Ribosa Deoksiribosa Sehingga senyawa yang terkandung dalam: DNA: Pentosa adalah deoksiriboda Basa N adalah adenin, guanin Fosfat sitosin, timin (purin) dan (pirimidin) RNA: Pentosa adalah ribosa Basa N adalah adenin, guanin Fosfat sitosin, urasil (purin) (pirimidin) Dalam nukleosida (-glikosidik/C-1) dari ribosa terikat pada n-1 pirimidin atau n-9 basa purin. ribonukleosida Ribosa dengan basa purin/ pirimidin Deoksiribosa dengan basa purin/ deoksiribonukleosida pirimidin 38 Ribonukleosida yang umum terdapat di alam adalah: rantai 4 nukleosida yang membentuk RNA. O HN H2N C N O Guanin C C N N CH2O OH O O P OH O CH2 O Adenin Guanosin OH O O P OH O CH2 Urasil O Adenosin OH O O P OH O CH2 O Sitosin Uridin OH O Sitidin O P OH 39 Deoksiribonukleotida yang paling umum di alam: rantai 4 nukleosida yang membentuk DNA. NH 2 N N CH Adenin N H N O CH2O H O O P OH O CH2 O Sitosin Deoksiadenosin H O O P O OH CH2 Timin O Deoksisitidin H O O P OH O CH2 Guanin O Deoksitimidin H O Deoksiguanosin O P O CH2 OH Sebuah nukleosida bila berikatan dengan fosfat akan membentuk nukleotida. Dari struktur kimianya dapat disebutkan bahwa nukleotida adalah ester fosfat dari nukleosida. Ikatan ester terbentuk anatara gugus OH C-5 ribosa dengan asam fosfat. Sehingga ester fosfat disebut juga nukleosida-5 fosfat atau 5-nukleotida. Nukleotida yang diturunkan dari adenosin disebut adenilat. Yang diturunkan dari guanosin disebut guanilat. Basa Adenin Guanin Urasil Sitosin Adenin Guanin Timin Sitosin dst Ribonukleosida Adenosin Guanosin Uridin Sitidin Deoksiadenosin Ribonukleotida Adenilat Guanilat Uridilat Sitidilat Deoksiadenilat Nama Menurut Struktur Kimia Adenosin mono fosfat (AMP) Guanosin mono fosfat (GMP) Urisin mono fosfat (UMP) Sitidin mono fosfat (CMP) Deoksi adenosin mono fosfat (dAMP) (dGMP) (dTMP) (dCMP) 40 Asam Nukleat terbentuk dari polimerisasi nukleotida-nukleotida. Polimerisasi terbentuk melalui ikatan fosfat pada OH no C-% dan Oh pada Atom C-3 dari pentosa. NH 2 Basa purin N N Fostat O HO P OH CH N N O CH 5 2O 4 Gula 3 1 AMP 2 OH OH Dua rantai polimer nukleotida dapat berikatan melalui ikatan hidrogen yang terbentuk antara basa-basa pada kedua rantai. Ikatan hidrogen ini terbentuk antara atom-atom hidrogen dari sebuah basa rantai pertama dengan atom nitrogen dari basa pada rantai nukleotida lainnya, sehingga akibatnya terbentuk struktur heliks dari 2 rantai nukleotida. S P A T S P S P C S S T A P P S P S C G S G Struktur heliks rangkap DNA menurut Watson dan Crick A = Adenin C = Sitosin G = Guanin T = Timin P = Pospat S = Gula (Deoksiribosa) H O N H CH2 N CH2 O O N O P H O N HO N Guanin N H O HO N N H P O O O Sitosin O O CH2 3 end O HO P O O 5 end 41 DNA dan RNA mempunyai susunan kimia yang hampir bersamaan dengan hanya beberapa perbedaan: No DNA 1. Gula pentosa deoksiribosa. 2. Mempunyai asam fosfat yang menghubungkan gula dari tiap nukleosida membentuk rantai nukleotida. 3. Basa nitrogennya: Purin : Adenin, Guanin Pirimidin: Sitosin, Timin 4. Mempunyai 4 nukleotida: dAMP, dGMP, dCMP,dTMP 5. Struktur terdiri 2 rantai polimer nukleotida yang membentuk dobel heliks. 6. DNA adalah materi genetik dan terdapat dalam kromosom, nukleoplasma dan mitokondria. RNA Gula pentosa ribosa. Idem. Basa nitrogennya: Purin : Adenin, Guanin Pirimidin: Sitosin, Urasil Mempunyai 4 nukleotida: AMP, CMP, GMP, UMP Struktur terdiri hanya 1 rantai polinukleotida. RNA adalah pembawa informasi genetik dan berperan dalam sintesis protein. RNA terdapat dalam nukleous, nukleoplasma dan sitoplasma. DNA mempunyai berat molekul sampai jutaan (7 juta) dengan struktur dobel heliks yang panjangnya mencapai 30 000 A dan lebar 15-20 A. RNA terdapat dalam keadaan terlarut di dalam plasma dengan berat molekul rendah sekitar 100 nukleotida (contoh RNA untuk transfer alanin pada biosintesa protein). tRNA ini mempunyai struktur berlipat karena ada ikatan hidrogen antara sesama basa dalam 1 rantai molekul polinukleotida. Nukleoprotein Kebanyakan dari asam nukleat tidak terdapat bebas di dalam sel, biasanya asam nukleat diisolasi dari nukleoprotein, yakni gabungan asam nukleat dengan protein. Ikatan antara protein dengan asam nukleat mudah dilepaskan hanya dengan penambahan elektrolit/perubahan pH. Nukleoprotein berat molekul rendah, kaya arigin dan lisin. Contoh: Histon dan Protamin. Virus Merupakan nukleoprotein → asam nukleat berupa DNA dan RNA sehingga ada virus RNA dan virus DNA, masing-masing mempunyai unit protein sehingga disebut nukleoprotein. Protein terletak di sebelah luar dan asam nukleat di sebelah dalam. Protein 42 Contoh: Virus mozaik tembakau (TMV) Asam nukleatnya berupa rantai tunggal yang membentuk a heliks dan yang bersifat infektif adalah asam nukleatnya. Protein Karena virus adalah asam nukleat maka untuk berkembang biak memerlukan sel hidup untuk membentuk asam nukleat baru dan proses ini adalah sintesa biologis. 43 PENCERNAAN Zat makanan: Polimer masuk dalam tubuh diubah menjadi bentuk molekul dilakukan oleh organ (alat pencerna). Ukuran molekul akan diproses lebih lanjut untuk menghasilkan antara lain, tenaga, zat pembangun pertumbuhan dan lain-lain. Bahan makan makro molekul (karbohidrat, protein, lemak) Organ pencerna Molekul sederhana Mulut Kelenjar ludah Esofagus Hati Katup pilorus Lambung Kantung empedu Saluran empedu Pankreas Duodenum Usus halus Usus besar Usus buntu Anus 11 12 Sel 1 10 2 3 9 X 4 8 5 7 6 1. Membran sel 2. Mitokondria 3. Lisosom 4. Retikulum endoplasmik 5. Sitoplasma 6. Inti 7. Plasma inti 8. Membran inti 9. Nukleous 10. Ribosoma 11. Golgi 12. Butir-butir lemak Absorpsi 44 Proses pencernaan Dalam mulut Makanan → ukuran yang lebih kecil luas permukaan bertambah kontak dengan enzim baik reaksi berjalan lebih cepat Enzim ptialin dalam mulut yang membantu, dihasilkan oleh kelenjar ludah (glandula submaxilaris, glandula sublingualis, glandula parotis) Komposisi ludah: 99,5 % zat cair dan 0,5 % zat padat pH ludah 6,35-6,85 Berat jenis ludah 1,003 Fungsi ludah: o Membasahi makanan o Pelumas dalam kerongkangan o Pemecah amilum, dekstrin Enzim ptialin dalam mulut: pH optimun 6,6, dibawah itu tidak aktiv, hanya mampu mengubah/memecah ikatan 1,4 pada amilum dan dekstrin. Enzim ini dalam lambung hanya mampu bertahan 15’-30’. Dalam lambung Terdapat cairan lambung: 99,4 % air dan 0,6 zat padat, dengan berat jenis = 1,001. Enzim yang terdapat di lambung: Pepsin, lipase. Cairan lambung mengandung: Hcl, Nacl, Kcl, fosfat, musin, enzim-enzim. Hcl berfungsi: o Pendenaturasi protein o Mengaktivkan pepsinogen → pepsin o Merangsang sekretin yang terdapat dalam usus 12 jari. o Mencegah fermentasi o Dan lain-lain Pepsin berfungsi: o Pemecah peptida → bentuk yang lebih sederhana o Mengumpulkan susu → pemecahan Lipase berfungsi: Pemecah lemak Renin berfungsi: (pada lambung bayi) penggumpal susu Mukus/lendir berfungsi: Melindungi dinding lambung dari Hcl Dalam usus Proses dilakukan oleh pankreas enzim, empedu, cairan usus. Cairan pankreas: o Hasil dari sel dalam kelenjar pankreas o Terdiri 98,7 % cair dan 1,3 % padat. o pH 7,5-8,2 o Terdapat karbonat, enzim, tripsin, khimotripsin, karboksipeptidase, amilase, lipase, nukleodepolimerase, yang akhirnya akan disalurkan ke duodenum 45 Cairan usus: o Hasil dari kelenjar-kelenjar mukosa usus o Terdapat enzim karbohidrase, peptidase, nukleo-fosfatase, nukleosidase, enterokinase yang berfungsi mengaktivkan tripsinogen → tripsin Empedu: o Hasil dari sel hati, kuning-pahit, pH 7,0-8,5 o Terdiri zat padat 1-4 % dan zar organik: Asam empedu, bilirubin, kholesterol o Merupakan tempat pembuangan sisa dari sel hati o Asam empedu yang terdapat: asam kholat, asam deoksikholat yang berfungsi: Emulgator lemak Mengaktivkan lipase Menambah absorbsi asam lemak, kolesterol, vitamin D dan K Merangsang pengeluaran empedu 46 METABOLISME SEL Zat makanan → ukuran kecil → dalam sel. Mengalami proses: Anabolisme (membentuk molekul besar) Katabolisme (energi dipecah → molekul kecil) Dalam proses katabolisme maka energi dipakai untuk proses kimia sel dan fungsi tubuh. Proses yang berlangsung dalam sel dengan bantuan enzim. Sitoplasma Purin Pirimidin Pentosa Hormon sRNA mRNA tRNA Inti A.A Fat F.A Sintesis protein F.A. F.A. Ac. CoA ATP Mitokondria CO2 + H2O G G Gly Ribosom 47 Karbohidrat Metabolisma pada mamalia: Glikolisis : Oksidasi glukosa/glikogen menjadi piruvat dan laktat melalui jalur EMP. Enzim terdapat : Extra mitokondria. Glikogenesis : Sintesis glikogen dari glukosa. Glikogenolisis : Pemecahan glikogen → Proses di hati: Hasilnya glukosa Proses di otot: Hasilnya piruvat dan laktat Siklus Kreb’s : Suatu jalan bersama dari oksidasi karbohidrat, lipid, (Siklus trikarboksilat) protein, melalui asetil Ko A dan akan dioksidasikan: (Siklus asam sitrat) CO2 + H2O (TCA/CAC) HMS/DOP/PGOP/PPC : Suatu jalan/jalur lain dari oksidasi glukosa selain melalui EMP/Kreb’s. Glukoneogenesis : Pembentukan glukosa/glikogen dari zat-zat bukan karbohidrat. glukosa darah Hati glukosa-6-fosfat urea Otot glikogen glikogen glukosa-6-fosfat NH3 piruvat piruvat NH3 laktat laktat ALA darah Siklus Asam Laktat/Siklus Cori ALA 48 Glikolisis Semua enzim yang diperlukan untuk jalur EMP terdapat pada extra mitokondria, enzim-enzim tersebut bertanggung jawab terhadap perubahan glukosa menjadi piruvat dan laktat. ATP* -D. glukosa glikogen ADP Mg ++ glukosa-6-fosfat fruktosa-6-fosfat Mg gliseraldehid-3-fosfat pi 1,3 difosfogliserat ATP* ++ ADP fruktosa-1,6-difosfat NAD triosafosfat (DHAP + gliseraldehida-3-fosfat) NADH + H+ R 3 ATP ADP Mg ++ ATP 3-fosfogliserat 2-fosfogliserat Mg ++ H2O fosfoenolpiruvat ADP Mg ++ ATP piruvat (enol) NAD+ NADH + H+ piruvat (keto) laktat asetil Ko A oksaloasetat propionat sitrat CO2 dihidroksi asetofosfat + -keto glutamat CO2 49 Jalur glikogenesis dan glikogenolisis glikogen 1,4 dan 1,6 glucosil pi 1,4-(glucosil unit)x UDPG pi glukosa-1-fosfat UTP glukosa-6-fosfat -D. glukosa C 50 METABOLISMA KARBOHIDRAT Terdiri digesti dan absorpsi Karbohidrat merupakan sumber kalori yang penting, umumnya yang dimakan poli dan oligo-sakarida, sedang monosakarida sedikit terdapat dalam makanan. Mulut (ptialin amilase) Makanan Oesopagus Usus halus (Enzim disakarase Enzim maltase Enzim laktase Enzim sakarase) Duodenum (getah pankreas saluran pankreas saluran empedu -Na Bic -Amilase -Lipase -Proteolitik -Garam empedu -Sekretin -Pankreozimin) Tetap di usus halus menjadi monosa diserap villi monosa fosfat vena kapiler darah Hati metabolise Glukosa fosfat Monosa lain Lambung (getah lambung, enzim proteolitik) Jadi monosa diaktivkan menjadi monosakarida fosfat (fosfat berenergi tinggi: pirofosfat) sehingga senyawa monosa menjadi lebih reaktiv. mono monosa fosfat ATP Proses berjalan katalitik ADP OH CH2OH O H2C 1 H OH heksokin (glukokin) ATP O O P =P O CH2OH H HO 2 O glikogen OH ADP pi H O 5 P 4 glukosa- 6-fosfat CH2OH O H CH2OH H OH O 3 ATP galaktosa 1. Enzim heksokinase 2. Fosfoglukomutase 3. Galaktokinase 4. Epimirase 5. Fosforilase ADP H2C O O H O glukosa- 1-fosfat P galaktosa- 1-fosfat CH2OH O P OH CH2 1 ADP CH2OH ATP OH fruktosa-6-fosfat OH fruktosa 51 Glikogenolisis Pengubahan glikogen → glukosa dalam hati dan otot. glukosa makanan glikogen hati Proses: - glikogen - glukosa-1-fosfat - glukosa-6-fosfat glukosa darah (70-90 mg %) 1 2 3 glukosa-1-fosfat glukosa-6-fosfat glukosa + piruvat glikogen otot 1. fosforilase 2. fosfoglukomutase 3. fosfatase Pengaturan glukosa darah tetap (hemeostatis): bahwa antara pengambilan dan pemberian adalah diatur oleh hormon insulin, hasil dari insula langer hanspankreas, yang mengatur glikogenolisis dan glikogenesis dalam hati. Glukosa darah diatas normal - glikogenolisis - glikogenesis otot - absorbsi glukosa usus Glukosa darah turun: - glikogenolisis - glikogenesis otot - oksidasi karbohidrat hiperglikemia hormon insulin berkurang = diabetes melitus menurunkan glukosa darah = glukosuria CO2 H2O ATP 52 Glikolisis Emden Mayerhof Pathway, penguraian glikogen/gula → asam piruvat secara anaeraob. Berlangsung dalam jaringan-jaringan aktiv-otot. CH2OH glikogen (poli -1,4-glukosa) O 1 H2C O P H O 2 O P pi H2C O P O H 3 OH glukosa-6-fosfat glukosa-1-fosfat fruktosa-6-fosfat CH2 O P ATP C O 4 CH2OH dihidroksiasetonfosfat (DHAP) 5 6 O COOH H C OH 8 HC OH 7 CH OH + CH2 O P ATP ADP asam 3-fosfogliserat (3-PGA) O C H pi C O P + CH2 O P NADH + H NAD asam 1,3-difosfogliserat (1,3-DPA) CH2 O P gliseraldehida-3-fosfat 9 COOH COOH HC O P CH2OH 10 H2O asam 2-fosfogliserat (2-PGA) 1. fosforilase 2. fosfogluko mutase 3. fosfogluko isomerase 4. frukto kinase 5. aldolase 6. isomerase triosafosfat 7. dihidrogenase-3-fosfat 8. kinasefosfo gliserat 9. fosfoglisero mutase 10. enolase 11. kinase piruvat COOH 11 C O P CH2 ADP ATP asam fosfoenol piruvat (PEP) C O CH3 asam piruvat OH CH2OH ADP H2C O P O OH CH2 O P fruktosa-1,6-difosfat 53 Dalam otot asam piruvat akan diubah: Asam laktat COOH C NADH + H+ COOH NAD+ O HC dehidrogenase laktat CH3 CH3 asam piruvat COOH C O CH3 asam laktat : Glikolisa → Etanol (fermentasi alkohol) : Larutan harus steril → Hasil manis Larutan tidak steril → Hasil asam Dalam ragi Syarat 1 CO2 NADH + H+ O C H 2 CH3 NAD+ CH2OH CH3 etanol 3 CH3 COOH 1. dekarboksilase piruvat 2. dehidrogenase alkohol 3. bakteri OH 54 Glikogenesis Pembentukan glikogen dalam hati/otot. Tahap: Fosforilasi, mutasi, pemanjangan rantai. H2C CH2OH O O 1 ATP O P CH2OH H O 2 H OH ADP O glukosa-6-fosfat glukosa P glukosa-1-fosfat UTP 3 CH2OH pi UDP O CH2OH O O O O 4 O N O O O P O P O O N CH2 n glikogen rantai glikogen non reduktor uridindifosfatglukosa (UDPG) 1. glukokinase 2. fosfogluko mutase 3. pirofosforilase UDPG 4. sintetase glikogen glukosa/glikogen 10 tahap anaerob asam piruvat tahap 11 asam laktat tahap 11 asetaldehid Hasil glikolisis: -Dibutuhkan 2 ATP (jika yang diubah glukosa) (jika glikogen: butuh 1 ATP) -Dibutuhkan 1 NADH untuk 3 atom C -Dikeluarkan 2 NADH + 2H+ untuk 6 atom C -Dikeluarkan 2 ATP 2 untuk 6 atom C -Dikeluarkan 2 mol asam laktat Dikeluarkan: 2 ATP + 2 mol asam laktat/mol glukosa + tahap 12 etanol OH OH 55 Siklus asam sitrat = Siklus Krebs (penemu: Sir Hans Krebs) Dasar: Glukosa → glukosa-6-fosfat → asam piruvat → asetil Ko A → siklus asam sitrat → CO2 + H2O + O C OH NAD+ CO2 C O Co ASH CH3 asam piruvat NADH + H O H3C C SCoA asetil CoA O C COOH H2C COOH asam oksaloasetat Co ASH 1 H2C COOH HO C COOH H2C COOH asam sitrat H2C COOH C COOH HC COOH asam akonitat 2 H2C COOH HC COOH HO C COOH H asam isositrat NADH + H+ + NAD 8 3 NAD+ CO2 COOH HC OH CH2 COOH asam malat NADH + H+ COOH CH2 CH2 C O COOH asam ketoglutarat 7 Co ASH H2O COOH CH CH COOH asam fumarat FADH2 NAD+ 4 CO2 NADH + H+ COOH CH2 pi Co ASH 5 CH2 6 COOH GDP C S CoA CH2 FAD GTP O CH2 suksinil koenzim A COOH asam suksinat Berlangsung dalam mitokondria + O H3C C S CoA + CO2 + NADH + H+ C3H4O3 + Co ASH + NAD O + H3C C + 3 NAD + FAD + GDP + pi S CoA + 2 CO2 + 3 NADH + 3 H + FADH2 + GTP + H-S CoA 56 Interaksi Metabolisme Metabolisme berkangsung menurut urutan reaksi disebut jalur metabolik, berlaku untuk glukosa, asam amino, asam lemak yang saling berhubungan metabolit tertentu adalah asam piruvat, asetil koenzim A dan siklus asam sitrat. Zat Makanan Protein Karbohidrat Lemak Asam Amino Glukosa Gliserol dan Asam Lemak Glikogen Protein Tubuh Asam Piruvat Depot Lemak Zat antara Siklus Asam Sitrat Asetil KoA H+ Transpor Elektron dan Fosforilasi Oksidatif Siklus Asam Sitrat Efisiensi energi dari 1 mol glukosa bila diubah menjadi CO2 dan H2O dalam metabolisme (glikolisis → asam piruvat → asetil koenzim A → siklus asam sitrat) akan dihasilkan ATP = 38. C C + CO2 H + NADH C C NAD C C C C C C C C C C C C NADH + H+ C C C C C C C C C NAD + CO2 H+ + NADH C C C C FADH2 H+ + NADH C C C FAD C GTP GDP NAD + C C C C C C C C C 57 Satu mol glukosa dalam glikolisis dan siklus asam sitrat akan menghasilkan: 10 mol NADH + H+, 2 FADH2, 2 ATP dan 2 GTP. Dalam proses transpor elektron dan fosforilasioksidatif menghasilkan, antara lain: NADH menghasilkan 3 mol ATP dan GTP + ADP ATP + GDP FADH2 menghasilkan 2 mol ATP Enzim yang berperan adalah sitokrom a,b,c; koenzim Q dan FMN, sehingga 1 mol glukosa menghasilkan 34 ATP (dari NADH dan FADH2) + 2 ATP + 2 ATP = 38 ATP. Dalam sistem biologis energi bebas dari hidrolisa ATP sebanyak 7,3 kkal mol-1, sehingga energi dari 1 mol glukosa sebanyak 38 ATP = 38 7,3 = 277 kkal mol-1. 58 Lingkaran pentosa fosfat (LPP) LPP juga dinamakan heksosa monofosfat shunt. Disebut cabang, karena glukosa → glukosa-6-fosfat akan dipecah → fruktosa-6-fosfat melalui glikolisis, selain itu juga pecah melalui LPP dan dihasilkan pentosafosfat yang kemudian untuk biosintesis asam nukleat. Selain itu LPP berfungsi untuk pembentukan NADPH + H+ ekstra mitokondrial yang akan dipakai sebagai sumber hidrogen pada biosintesis asam lemak. LPP terdiri dari 2 tahap: Oksidasi dan pengembalian. 6 glukosa-6- fosfat + 12 NADP+ + 7 H2O 12 NADPH + 12 H+ + 6 CO2 + 2 pi 6 glukosa-6-fosfat 6 NADP+ 6 NADPH 6 fosfat glukonat + 6 NADP 6 NADPH 6 ribulosa-5-fosfat 2 silulosa-5-fosfat 2 silulosa-5-fosfat 2 ribosa-5-fosfat 2 gliseraldehida-3-fosfat 2 sedoheptotulosa-7-fosfat 2 eritrosa-4-fosfat 2 fruktosa-6-fosfat 2 fruktosa-6-fosfat 2 gliseraldehida-3-fosfat 4 fruktosa-6-fosfat gliseraldehida-3-fosfat dihidroksiasetonfosfat 4 glukosa-6-fosfat fruktosa difosfat pi fruktosa-6-fosfat glukosa-6-fosfat 59 HUBUNGAN ANTAR METABOLISMA KARBOHIDRAT-LEMAK-PROTEIN karbohidrat glikogen glukosa glukosa-1-fosfat glukosa-6-fosfat fruktosa difosfat gliserol fosfo gliseraldehida lemak fosfo gliserat asam lemak fosfo piruvat serin piruvat alanin asetil KoA asetoasetat = leusin isoleusin tirosin fenil alanin treonin oksaloasetat sitrat prolin,histidin = protein glisin malat isositrat fumarat ketoglutarat suksinat asam glutamat suksinil KoA arigin valin ornitin 60 METABOLISMA LIPIDA Digesti dan absorpsinya metabolisme: Lipid → CO2 + H2O Lipida merupakan sumber energi utama dalam jangka panjang yang diperlukan makhluk hidup, terutama setelah cadangan glikogen otot dan hati yang jumlahnya terbatas sudah habis. Digesti lipida dalam lambung tidak ada (sedikit sekali). Lemak dari lambung → usus 12 jari digesti berlangsung: bercampur dengan getah pankreas dan empedu (getah hati) yang bersifat basa. Komponen utama dari getah hati: K/ Na glikokolat, kolesterol, pigmen empedu. Getah pankreas antara lain enzim lipase, diperlukan untuk mencerna lipida sehingga menjadi bentuk emulsi yang halus sehingga kerja enzim lebih aktif. Trigliserida diuraikan oleh enzim lipase pada atom C1 dan C3 atau hanya 1 atom C. C Asam lemak C Asam lemak C Asam lemak 2 asam lemak bebas + 2 asil gliserol (F.F.A) (monogliserida) Kemudian diabsorpsi (F.F.A dan monogliserisa), bersama fosfolipida → bentuk micelle (terdiri dari garam empedu, vitamin yang larut lemak, F.F.A, monogliserida, kolesterol) yang koloidal besar 40-400 Ao dan akan mendifusi ke dalam sel-sel mukosa usus, di sini garam empedu tidak ikut difusi, ia akan diserap pada bagian bawah saluran pencernaan dan kembali → hati. Jadi micelle di mukosa usus diresintesa lagi dari: monogliserida + F.F.A digliserida + F.F.A trigliserida Trigliserida ini bersama komposisi lain menjadi chilomikron (0,5 - 1 ) → akan masuk ke dalam saluran limfa → vena → jantung → sirkulasi darah → sebagian besar masuk hati, lainnya ke jaringan. Di hati trigliserida diurai kembali karena chilomikron tidak dapat melalui dinding sel: → asam lemak bebas + gliserida di hati mengalami proses: (penjenuhan/ pengurangan, perpenjangan/ perpendekan rantai karbon) → jaringan penyimpan lemak → diurai lagi kalau diperlukan: → gliserida + F.F.A. Lemak jaringan diuraikan karena merupakan sumber energi. Gliserol dapat mendifusi keluar dan pembakaran mengikuti glikolisis (DHAP.). 61 Asam lemak bebas (F.F.A.) diikat pada globulin (protein darah) dibawa ke jaringan untuk sumber energi. mukosa = == = = = = = = == = lumen usus halus mukosa limen usus limfa darah dalam retikulum endoplasma getah empedu chilomikron trigliserida kholesterol vitamin emulsi kolesterol + protein vitamin monogliserida F. F. A trigliserida monogliserida F. F. A F. F. A monogliserida hati getah empedu proses jaringan lemak DHAP Gambar digesti dan absorpsi lipida glikolisis diurai griserida + F. F. A + protein darah sumber energi 62 KATABOLISMA LIPIDA Lemak jaringan (trigliserida) → gliserida + F.F.A. F.F.A. ke hati → CO2 + H2O + ATP Tahun 1904 dikemukakan oleh Knoop mengenai oksidasi lemak jenuh dikenal dengan sebutan “ -oksidasi dari Knoop” (karena menyerang atom C- .). Dengan hasil fragment atom C-2: asam asetat. Tahun 1950 Lynen kemukakan bahwa oksidasi berlangsung pada asam lemak bebas tetapi pada Acil CoA. Asam lemak bebas → Asil CoA → Oksidasi. Proses di hati pada -oksidasi ada tahap-tahap: Co ASH asam lemak bebas (jenuh) 2 asil CoA 1 ADP + pi ATP FAD asil CoA = jenuh FADH2 H2O 3 5 asil CoA n-1 asetil CoA ketoasil CoA oksidasi NADH + H Co ASH 4 + ikatan tunggal dan mol air NAD+ ulangan Kreb's asil CoA 1. tiokinase 2. dehidrogenase asil CoA 3. hidrase enoil 4. dehidrogenase -OH asil CoA 5. ketotiolase fosforilasi oksidatif CO2 + H 2O 63 SIKLUS ASAM SITRAT (Siklus Krebs → Sirkulasi Hans Kreb’s) Dasar: Glukosa → glukosa-6-fospat → asam piruvat→ asetil KoA → siklus asam sitrat → tenaga + CO2 + H2O. O O HO C C CH3 piruvat KoASH NAD+ CO2 NADH + H O KoAS C CH3 asetil KoA O C COOH H2C COOH 1 asam oksaloasetat + KoASH H2C COOH HC COOH H2C COOH cis-sitrat NADH + H+ H2C COOH 2 NAD+ 8 C COOH HC COOH asam akonitat H2C COOH H HO C COOH HC COOH H asam malat HC COOH HO C COOH H asam isositrat + NAD H2O 3 CO2 7 NADH + H+ CH2 COOH CH2 O C COOH asam ketoglutarat CH COOH CH COOH asam fumarat Ko ASH FADH2 6 NAD+ 4 + FAD Ko ASH CH2 COOH CH2 COOH asam suksinat GTP 5 pi CH2 COOH CH2 GDP O C S CoA suksinil koenzim A Berlangsung dalam mitokondria NADH + H CO2 64 -oksidasi berlangsung dalam mitokondria dan pembentukan asil CoA berlangsung dalam sitoplasma, baru masuk ke mitokondria. Contoh pada asam palmitat C15H31COOH, diperoleh ATP sebesar: 7 siklus. Hasil 7 FADH2 7 NADH + H+ 8 Asetil CoA Pembentukan CoA Proses Ulang ATP 2 3 12 -1 Hasil Bersih 14 ATP 21 ATP 96 ATP -1 ATP -1 Jumlah -1 ATP 129 ATP Acil putaran Efisiensi Kalori: 129 7,3 kkal = 941,7 kkal 941,7 Efisiensi Energi: x100 % 40% 2340 Cara lain oksidasi (lebih cepat). Adalah oksidasi atom C gugus metil arah asetil CoA. asam dikarboksilat kemudian oksidasi lagi 2 65 PEMECAHAN ASAM LEMAK TAK JENUH Asam lemak tak jenuh banyak dijumpai di alam. Yang esensial: linoleat, linolenat, arakhidonat. Pemecahannya: pada dasarnya tidak berbeda dengan asam lemak jenuh. Adanya ikatan rangkap-cis maka perlu enzim khusus agar menjadi bentuk-trans (seperti pada hasil antara pada pemecahan asam lemak jenuh). Asam lemak tak jenuh terdapat di luar mitokondria akan diangkut oleh karnitin masuk ke dalam mitokondria dan menjadi bentuk aktivnya yaitu asil-KoA tak jenuh kemudian didegradasi seperti pada asam lemak jenuh. Contoh: OleilSKoA terdiri rantai C 18 buah dan ikatan rangkap terdapat pada atom C 9-10 buah. Bentuk cis oleil-SKoA ini masuk ke siklus -oksidasi dan secara bertahap dipisahkan asetil KoA. O C C C C C C C C C C C C C C C C C C oleil-S KoA 3 x siklus C C C C C C 3 C C C 3 C C oksidasi O O C S KoA + 3 C S KoA 1 C S KoA 2 sis enoil-KoA asetil-S KoA Sampai siklus ke 3 dihasilkan 3 asetil SKoA. Pada siklus ke 4 dimulai bila cis enoil trans enoil. O 3 R C C 2 C S KoA C C 1 3 sis enoil-KoA R C C 2 2 C 1 C C S KoA O sis enoil-KoA Senyawa trans langsung masuk ke reaksi hidrasi tanpa melalui dehidrogenasi dalam siklus -oksidasi akan dihasilkan 1 Asetik-SKoA tanpa menghasilkan FADH2. Siklus berikutnya berlangsung seperti -oksidasi asam lemak jenuh. Asam lemak tak jenuh polienoat: asam linoleat, diperlukan enzim L-3-OHasil-SKoA epimerase. Reaksi: 66 C C C C C C C C C C C C C C C C C C S KoA O linoleil-KoA 3 asetil KoA C C C C 3 C sis C 6 C C 4 5 C 6 C C 2 C 3 S KoA * C C C C C 2 O dienoil-KoA C C C 6 trans C C C H C C OH D. 3 hidroksi asil Ko-A O C C C S KoA O 2 asetil KoA Enzim Hidratase S KoA C dienoil-KoA * Enzim enoil-KoA isomerase C C C C C 2 C C C C sis eniol-KoA C C 1 2 O S KoA epimerase C C C C C C C C dan seterusnya.... 4 asetil KoA S KoA O L. 3 OH-asil-KoA Pemecahan asam lemak ganjil yang jarang terdapat di alam, bila terikut dalam makanan maka degradasinya lewat siklus -oksidasi. Pada pemecahan terakhir dihasilkan senyawa atom C3 = propionil-KoA. Asam lemak ganjil Asetil KoA sisa (3C) propionil KoA metil malonil KoA suksinil KoA Siklus Krebs. Asam lemak ganjil H3CH2C C S KoA propionil KoA karboksilase + biotin asam amino (valin, isoleusin) O ATP CO2 propionil KoA metilmalonil KoA rasemase ADP pi O H C S KoA H C CH3 C OH O metilmalonil KoA metilmalonil KoA mutase + B12 H2C H2C O C S KoA C OH O suksinil KoA Siklus Krebs 67 Metabolisma asam lemak tak jenuh rantai panjang yang penting dalam metabolisme mamalia adalah: Asam lemak non esensial: Asam palmitoleat (16:1) CH3-(CH 2)5-C=C-(CH 3)7 COOH Asam oleat (18:1) C-(C)7-C=C-(C)7-COOH Asam lemak esensial : Asam linoleat (18:2) C-(C) 4-C=C-C-C=C-(C) 7 COOH Asam a linoleat (18:3) C-C-C=C-C-C=C-C-C=C-(C)7 COOH Asam arakhidobat (20:4) C-(C)4-(C=C-C)4-(C)2-COOH 68 METABOLISMA PROPIONAT (Propionil KoA) Oksidasi asam lemak jenuh Untuk asam lemak jenuh dengan jumlah atom C genap maka hasil pemecahan -oksidasi berupa asetil KoA (atom C = 2). Untuk asam lemak jenuh dengan jumlah atom C ganjil maka hasil pemecahan -oksidasi berupa propionil KoA (atom C = 3). Dari makanan juga diabsorpsi propionate, yang dalam tubuh akan diubah jadi propionil KoA. Propionil KoA akan diubah jadi suksinil KoA, dan masuk dalam siklus sitrat. Proses: O CH3 CH2 C ATP O 1 H CH3 Co A-SH CH2 C S-CoA ADP + ppi asam propionat propionil CoA ATP CO2 2 ADP + pi H3C C O H2 C C O S-CoA OH O suksinil CoA CH3 CH C C S-CoA OH O metilmalonil CoA Siklus Kreb's 1. Enzim thiokinase 2. Enzim karboksilase propionil CoA-( koenzim biotin), fungsi untuk karboksilasi 3. Enzim isomerase metilmalonil CoA-koenzim B12 69 Oksidasi asam lemak tak jenuh Prinsip sama: melalui -oksidasi, karena ada ikatan tak jenuh maka ikatan harus dipindah ke posisi - (posisi 2-3) yang memungkinkan terjadi -oksidasi. Bila ikatan ada lebih dari 1, maka dipotong lalu dipindah ke posisi - . Enzim yang berperan: isomerase. Contoh: Oksidasi asam linoleat C18H32O2 posisi ikatan rangkap pada C-9 dan C-12. C linoleil-CoA oksidasi 3 asetil CoA C O S-CoA dienoil-CoA enzim trans enoil CoA isomerase C O S-CoA asil CoA tak jenuh oksidasi 2 asetil CoA C enoil CoA O S-CoA enoil CoA hidratase OH hidroksi asil CoA C O S-CoA hidroksi asil CoA epimerase C OH oksidasi 4 asetil-CoA O S-CoA O S-CoA 70 ANABOLISMA LIPIDA LIPIGENESIS Anabolisma lipida berlangsung dalam sitosel. Beberapa tahap anabolisma: - Biosintesa asam lemak dari asetil KoA dan malonil KoA. Berasal dari glukosa glikolisis (hasil asetil KoA/ -oksidasi) diubah dalam siklus lipigenesis asam lemak. Tahap I: Pembentukan asetil-ACP (dengan bantuan ACP) O H3C Asetil KoA + H-S-ACP C + HS-KoA S-ACP Malonil KoA dibentuk dari: O O C Asetil KoA + CO2 H2C C HO S-KoA Tahap II: Penggabungan malonil KoA dengan asetil-ACP Tahap III: Dehidratasi Tahap IV: Reduksi Siklus diulangi dengan penambahan malonil-KoA, akhirnya diperoleh asam lemak. 71 Lipigenesis asam lemak jenuh HS-ACP O CH3 C S-ACP asetil CoA C S-ACP asetil ACP CoASH ATP CO2 O ADP + pi HS-ACP C S-ACP dst CH2 C S-ACP * O malonil ACP CoASH HS=ACP 2 ko nd en sa si COOH CH2 COOH malonil CoA CH3 1 CH3 u l an g karboksilase O transfer CO2 O O C CH2 C S-ACP asetoasetil ACP NADPH + H+ reduksi I NADP+ O CH3(CH2)4C S-ACP heksonil ACP O H2 CH3 C CH2 C butiril ACP CH3 HS-ACP S-ACP 3 4 NADPH + H+ CH3 O C CH2 C S-ACP OH -OH butiril ACP CO2 reduksi II NADP+ H H C O CH C S-ACP de ra hid si -OH krotonil ACP 1. asil transferase 2. malonil transferase 3. hidratase 4. reduktor Sintesa asam lemak jenuh terdapat pada hewan, manusia, juga sintesa asam lemak tak jenuh juga terjadi pada tanaman (organ aerob). Contoh: Sintesa asam oleat (ikatan = pada C-9) memerlukan O2 ikatan rangkap, enzim kompleks oksigenase. Sedang dalam organ anaerob sintesa asam tak jenuh dengan memakai -OH asil ACP dehidratase enoil ACP 72 Sintesis Asam Lemak Ikatan Tunggal Ditemukan dalam tubuh hewan, menyimpan jenis lemak yang lunak depot lemak. Proses terjadi dalam mikrosom hati, merubah stearil KoA oleil KoA. Dalam reaksinya diperlukan O2, NADPH/ NADH. stearil KoA + enzim asil transferase KoA-SH Stearil-enzim O2 + NADPH + H+ hidroksilase NADP+ + H2O hidroksistearil-enzim hidratase H2O oleil-enzim asil transferase KoA-SH oleil-KoA + enzim Asam lemak essensial disintesis dari asam linoleat (misal, linoleat Proses: linoleil KoA O2 + NADPH + H+ desaturase NADP+ + H2O linoleil KoA ( 9,12 arakhidonat). oktadekadienoil KoA) 6,9,12 g linoleil KoA glinolenil KoA ( malonil KoA, NADPH perpanjangan (C2) g linolenil KoA O2 + NADPH +H+ desaturase NADP+ + H2O arakhidonil KoA ( ( oktadekatrienoil KoA) 8,11,14 eikosatrienoil KoA) 5,8,11,14 eikosatetraenoil KoA) 73 Biosintesa Trigliserida asam a fosfatida 2 agliserofosfat + 2 mol asil KoA 1 pi asam a fosfatida a,b digliserida 3 Ko-ASH triglisrida a,b digliserida + 1 mol asil KoA 4 CH2OH O O O H2C O C R pi 2R C S KoA HO C R H C O CH 2Co-ASH O H2C CH2OH O P O 2 1 O O H2C O C R C C O CH O C C R CH CH2OH SKoA O H2C O O O R 3 C R CH2 R H AS Ko- R 4 Ikhtisar jalur utama metabolisma lipida dan hubungannya dengan metabolisma glukosa. steroid steroidogenesis FFA gliserol aktivasi aktivasi lipolisis triasil gliserol + fosfolipid kolesterologenesis kolesterol esterifikasi gliserol-P asil KoA -oksidasi sfingolipida asetil-KoA piruvat ketogenesis triosa-P glukosa siklus krebs benda keton CO2 Bila energi yang diperlukan banyak maka pemecahan lemak banyak, -oksidasi menghasilkan asetil KoA + asetoasetat yang akan diubah menjadi benda – benda keton. 74 METABOLISMA ENERGI DALAM TUBUH Membahas tentang beberapa kalori yang dibutuhkan tubuh. Proses katabolisma menghasilkan energi dan anabolisma membutuhkan energi. Dipergunakan alat kalorimeter, dilakukan secara in-vitro (luar tubuh). Bahan makan (karbohidrat, lemak, protein CO2 + H2O + kalori Untuk karbohidrat dihasilkan 4,1 cal/gram, untuk lemak dihasilkan 9,4 cal/gram dan untuk protein dihasilkan 5,6 cal/gram. Dalam makhluk hidup ada faktor lain yang berpengaruh sehingga tidak dapat dihasilkan kalori 100% sama seperti in-vitro. Untuk karbohidrat hanya 98% nilai absorpsinya sehingga nilai kalori karbohidrat dalam tubuh = 98/100 x 4,1= 4 cal/gram Untuk lemak hanya 94% nilai absorpsinya sehingga nilai kalori lemak dalam tubuh = 94/100 x 9,4= 9 cal/gram. Untuk protein hanya 92% nilai absorpsinya sehingga nilai kalori protein dalam tubuh = 92/100 x 5,6= 5,3 cal/gram. Protein juga menghasilkan NH3 yang akan diubah ureum, asam urat, kreatinin, sehingga energi yang dihasilkan berkurang diperkirakan mencapai 1,3 Cal, sehingga untuk protein nilai kalori dalam tubuh menjadi 5,3 – 1,3 = 4 cal/gram. Energi yang dihasilkan dalam tubuh dipergunakan untuk: - menjaga kesetimbangan tubuh supaya proses – proses berlangsung normal. - Maintenance kerja otak, otot. Beberapa jenis kegiatan yang perlu energi: Duduk : 96 Cal/jam Mengemudi : 168 Jalan 3 km/jam : 180 Jalan 6 km/jam : 336 Lari cross country : 636 Berenang : 660 Kerja kuli dengan otot: 654 75