ANALISIS QTL DENGAN PENANDA MOLEKULER SEBAGAI

ANALISIS QTL DENGAN PENANDA MOLEKULER
SEBAGAI METODE KAJIAN PEWARISAN SIFAT-SIFAT KUANTITATIF
Paramita Cahyaningrum Kuswandi
Jurusan Pendidikan Biologi FMIPA UNY
Abstrak
Sifat kuantitatif adalah suatu fenotipe dengan distribusi yang kontinu, yaitu dengan
penampilan yang bervariasi dalam suatu populasi. Hal ini berbeda dengan sifat kualitatif yang
dapat jelas dibedakan atau mempunyai distribusi yang diskontinu. Pewarisan sifat-sifat
kuantitatif diduga karena pengaruh lebih dari dua gen atau poligen serta adanya pengaruh
lingkungan beragam, mulai dari yang menunjukkan kurva distribusi normal seperti tinggi,
bobot, dan kandungan protein suatu individu sampai dengan sifat ketahanan tanaman terhadap
cekaman lingkungan tertentu. Pola pewarisan sifat-sifat kuantitatif penting untuk dilakukan
karena biasanya mencakup karakter yang bernilai ekonomis seperti produktivitas tanaman atau
merupakan suatu sifat merugikan seperti penyakit genetis yang perlu diidentifikasi dengan tepat.
Kajian pewarisan sifat-sifat kuantitatif dapat dilakukan dengan pendekatan statistik dalam
ilmu genetika. Untuk lebih memahami pola pewarisan sifat-sifat tersebut, perlu dilakukan
analisis terhadap lokus-lokus gen yang memberikan kontribusi terhadap penampilan suatu
individu. Lokus-lokus tersebut dikenal sebagai QTL (Quantitative Trait Loci) atau Lokus Sifat
Kuantitatif. Analisis QTL menggunakan pendekatan statistik dengan melihat hubungan antara
fenotipe dengan genotipe penanda yang digunakan. Penanda (marker) digunakan untuk mewakili
perbedaan genetis antar individu. Penanda bertindak sebagai ‘sinyal’ adanya suatu gen atau lokus
untuk suatu sifat kuantitatif. Tiga tipe penanda genetis yang digunakan adalah (1) morfologis, (2)
biokemis, dan (3) molekuler atau DNA. Penanda molekuler jumlahnya lebih banyak dan
cenderung tidak dipengaruhi oleh lingkungan atau fase perkembangan organisme sehingga lebih
sering digunakan dalam analisis QTL. Penanda molekuler dapat dibagi menjadi 3 kelompok
berdasar metode deteksinya : (1) hybridization-based, (2) PCR-based, dan (3) DNA sequencebased. Hasil dari analisis penanda kemudian dilanjutkan dengan pendekatan statistik dengan (1)
single marker analysis, (2) simple interval mapping, atau (3) composite interval mapping untuk
deteksi QTL.
Manfaat analisis QTL telah banyak digunakan dalam berbagai bidang, misalnya untuk
marker assisted breeding (bidang pertanian), identifikasi penyakit genetis dalam suatu populasi
(bidang kedokteran), kajian genetis mengenai variasi antar populasi alami (bidang evolusi), dan
kajian biodiversitas serta konservasi lingkungan. Analisis QTL saat ini sedang dikembangkan
melalui metode yang menggunakan pemetaan QTL dengan pengetahuan tentang genom untuk
kajian ekspresi gen dan identifikasi gen atau lokus yang sebenarnya.