UJIAN TENGAH SEMESTER GENAP T.A. 2013/2014 Nama NIM Mata Kuliah Kelas : Onel Tabuni : 115100606111001 : Dasar Bioteknologi :K 1. Apa yang saudara ketahui tentang DNA dan RNA? Jelaskan perbedaannya! DNA ( Asam deoksiribonukleat ) adalah suatu asam nukleat yang menyimpan segala informasi biologis yang unik dari setiap makhluk hidup dan beberapa virus. Struktur kimianya berupa makromolekul kompleks yang terdiri atas 3 macam molekul, yaitu gula pentosa (deoksiribosa), asam fosfat, dan basa nitrogen. Peran utama dari molekul DNA adalah penyimpanan jangka panjang informasi. DNA sering dibandingkan dengan satu set cetak biru atau resep, atau kode, karena berisi instruksi yang dibutuhkan untuk membangun komponen lain dari sel, seperti protein dan molekul RNA. Segmen DNA yang membawa informasi genetik ini disebut gen, tetapi urutan DNA lain yang memiliki tujuan struktural, atau terlibat dalam mengatur penggunaan informasi genetik. RNA ( ribonucleic acid ) atau asam ribonukleat merupakan makromolekul yang berfungsi sebagai penyimpan dan penyalur informasi genetik.RNA sebagai penyimpan informasi genetik misalnya pada materi genetik virus, terutama golongan retrovirus.RNA sebagai penyalur informasi genetik misalnya pada proses translasi untuk sintesis protein.RNA juga dapat berfungsi sebagai enzim ( ribozim ) yang dapat mengkalis formasi RNA-nya sendiri atau molekul RNA lain. Perbedaan DNA dan RNA dapat diketahui dari beberapa strukturnya, seperti letak DNA yang berada didalam sentriol, mitokondria, inti sel dan kloroplas. Sedangkan RNA berada dalam ribosom, sitoplasma dan inti sel. Bentuk pada DNA seperti polinukleotida ganda dengan terpilin ganda, dan pada RNA berbentuk polinukleotida pendek dan tunggal. Terdapat gula didalam DNA bernama deoxyribosa dan dalam RNA bernama ribose. Basanya DNA dalam golongan purin ada adenine serta guanine, golongan pirimidin ada timin dan cytosine. Sementara golongan purin RNA ada guanine dan adenine, golongan pirimin ada urasil dan cytosine. Memiliki funsi yang berbeda, pada DNA fungsinya untuk sintesis RNA, lalu sintesis protein dan terakhir mengontrol sifat yang menurun. Dalam RNA fungsinya hanya sebagai sintesis protein. Kadar didalam DNA tidak dipengaruhi oleh sintetis protein dan letak basa dari nitrogen kedua pita saling berhadapan, dan diikat oleh ikatan hydrogen. Lain halnya RNA dipengaruhi oleh sintesis protein. 2. Mengapa replikasi DNA perlu di lakukan? Jelaskan prosesnya! Replikasi DNA penting agar DNA kita tidak termutasi. Pada proses replikasi terdapat pos-pos pengecekan, jikalau ada kode yang salah tercetak, dapat langsung dikenali dan langsung diperbaiki. Tahapan replikasi DNA : Struktur DNA yang doble helix diputuskan ikatannya oleh enzim DNA helicase membentuk DNA dengan untaian tunggal. Proses awal pemutusan atau titik awal replikasi ini disebut dengan ORI ( The Origin of Replication ). Dan akan membentuk percabangan untaian struktur DNA ( replication fork ). Struktur DNA tunggal yang terbentuk distabilkan oleh protein-protein pengikat DNA yag disebut Single Srand Biding protein ( SSB ). Helikase pada proses sintesis DNA yang baru akan berikatan dengan enzim primerase untuk memungkinkan akses pembentukan RNA primer Enzim polimerase akan memulai replikasi DNA dan akan memperpanjang untaian DNA yang terbentuk, yaitu leadding strand ( DNA yang disintesis secara kontinu dan lagging strand (DNA yang disintesis dalam framen yang pendek ( 1-5kb) yang disebut fragmen Okazaki. leading strand dan lagging strand selama selama replikasi DNA. DNA polimerase memenjangkan untaian hanya dalam arah 5’-3’. Sedangkan lagging strand harus tumbuh kontinu dengan arah 3’-5’. Enzim ligase kemudian berperan dalam menyambungkan fragmen-fragmen tersebut. Gambar. Tahapan replikasi DNA 3. Bagaimana proses transkripsi dan translasi yang terjadi dalam sel? Transkripsi meliputi 3 tahapan, yaitu tahapan inisiasi, elongasi, dan terminasi. Inisiasi (permulaan) Jika pada proses replikasi dikenal daerah pangkal replikasi, pada transkripsi ini dikenal promoter, yaitu daerah DNA sebagai tempat melekatnya RNA polimerase untuk memulai transkripsi. RNA polimerase melekat atau berikatan dengan promoter, setelah promoter berikatan dengan kumpulan protein yang disebut faktor transkripsi. Nah, kumpulan antara promoter, RNA polimerase, dan faktor transkripsi ini disebut kompleks inisiasi transkripsi. Selanjutnya, RNA polimerase membuka rantai ganda DNA. Elongasi (Pemanjangan) Setelah membuka pilinan rantai ganda DNA, RNA polimerase ini kemudian menyusun untaian nukleotida-nukleotida RNA dengan arah 5´ ke 3´. Pada tahap elongasi ini, RNA mengalami pertumbuhan memanjang seiring dengan pembentukan pasangan basa nitrogen DNA. Pembentukan RNA analog dengan pembentukan pasangan basa nitrogen pada replikasi. Pada RNA tidak terdapat basa pirimidin timin (T), melainkan urasil (U). Oleh karena itu, RNA akan membentuk pasangan basa urasil dengan adenin pada rantai DNA. Tiga macam basa yang lain, yaitu adenin, guanin, dan sitosin dari DNA akan berpasangan dengan basa komplemennya masing-masing sesuai dengan pengaturan pemasangan basa. Adenin berpasangan dengan urasil dan guanin dengan sitosin (gambar 1). Gambar . Tahap elongasi transkripsi. Terminasi (Pengakhiran) Penyusunan untaian nukleotida RNA yang telah dimulai dari daerah promoter berakhir di daerah terminator. Setelah transkripsi selesai, rantai DNA menyatu kembali seperti semula dan RNA polimerase segera terlepas dari DNA. Akhirnya, RNA terlepas dan terbentuklah RNA m yang baru. Pada sel prokariotik, RNA hasil transkripsi dari DNA, langsung berperan sebagai RNA m. Sementara itu, RNA hasil transkripsi gen pengkode protein pada sel eukariotik, akan menjadi RNA m yang fungsional (aktif) setelah malalui proses tertentu terlebih dahulu. Dengan demikian, pada rantai tunggal RNA m terdapat beberapa urut-urutan basa nitrogen yang merupakan komplemen (pasangan) dari pesan genetik (urutan basa nitrogen) DNA. Setiap tiga macam urutan basa nitrogen pada nukleotida RNA m hasil transkripsi ini disebut sebagai triplet atau kodon. Gambar .tahapan transkipsi RNA Langkah-langkah pada proses translasi adalah sebagai berikut: Inisiasi Translasi Ribosom sub unit kecil mengikatkan diri pada mRNA yang telah membawa sandi bagi asam amino yang akan dibuat, serta mengikat pada bagian inisiator tRNA. Selanjutnya, molekul besar ribosom juga ikut terikat bersama ketiga molekul tersebut membentuk kompleks inisiasi. Molekulmolekul tRNA mengikat dan memindahkan asam amino dari sitoplasma menuju ribosom dengan menggunakan energi GTP dan enzim. Bagian ujung tRNA yang satu membawa antikodon, berupa triplet basa nitrogen. Sementara, ujung yang lain membawa satu jenis asam amino dari sitoplasma. Kemudian, asam amino tertentu tersebut diaktifkan oleh tRNA tertentu pula dengan menghubungkan antikodon dan kodon (pengkode asam amino) pada mRNA. Gambar. tahap inisiasi translasi Kodon pemula pada proses translasi adalah AUG, yang akan mengkode pembentukan asam amino metionin. Oleh karena itu, antikodon tRNA yang akan berpasangan dengan kodon pemula adalah UAC. tRNA tersebut membawa asam amino metionin pada sisi pembawa asam aminonya. Elongasi Tahap pengaktifan asam amino terjadi kodon demi kodon sehingga dihasilkan asam amino satu demi satu. Asam-asam amino yang telah diaktifkan oleh kerja tRNA sebelumnya, dihubungkan melalui ikatan peptida membentuk polipeptida pada ujung tRNA pembawa asam amino. Misalnya, tRNA membawa asam amino fenilalanin, maka antikodon berupa AAA kemudian berhubungan dengan kodon mRNA UUU. Fenilalanin tersebut dihubungkan dengan metionin membentuk peptida. Nah, melalui proses elongasi, rantai polipeptida yang sedang tumbuh tersebut semakin panjang akibat penambahan asam amino. Gambar. tahap elogansi translasi Terminasi Proses translasi berhenti setelah antikodon yang dibawa tRNA bertemu dengan kodon UAA, UAG, atau UGA. Dengan demikian, rantai polipeptida yang telah terbentuk akan dilepaskan dari ribosom dan diolah membentuk protein fungsional. Gambar . terminasi transalasi 4. Bagaimana aplikasi mata kuliah bioteknologi terhadap ilmu teknik bioproses? Dapat di aplikasikan dalam pengembangan dan rekayasa genetika yang merupakan suatu cara memanipulasikan gen untuk menghasilkan makhluk hidup baru dengan sifat yang diinginkan. 5. Berikan penilaian,masukan,dan saran terhadap perkuliahan dasar bioteknologi ! Penilaian : Minimnya kehadiran dosen dalam perkulian,membuat kami kurang memahami beberapa pokok pembahasan yang seharusnya dijelaskan oleh dosen. Saran saya,untuk kedepan kehadiran dosen lebih dimaksimalkan.Terimakasih..