Analisis Karakter Genetik Berdasarkan Gen

Diterima
: 18 April 2012
E-mail
: [email protected]
ABSTRAK
Dewi Addinilia (Dibimbing oleh : Yuniar Mulyani dan Evy Liviawati). 2011.
Analisis Karakter Genetik Berdasarkan Gen Cytochrome b pada Sidat (Anguilla
bicolor dan A. marmorata).
Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis karakter genetikAnguilla bicolor
dan Anguilla marmorataberdasarkan gen cytochrome bsebagai informasi dasardalam
studi filogeni dan rekayasa genetika. Penelitian telah dilaksanakan pada bulan
Agustus sampai September 2011 di Laboratorium Bioteknologi Fakultas Perikanan
dan Ilmu Kelautan Universitas Padjadjaran. Penelitian ini menggunakan metode
survei dengan analisis deskriptif kualitatif di laboratorium.Sampel diperoleh dari
Balai Besar Pengembangan Budidaya Air Tawar (BBPBAT) Sukabumi, Tambak
Pandu Karawang dan Sungai Citanduy di Ciamis.Penelitian ini dimulai dengan isolasi
DNA menggunakan metode CTAB dan dilanjutkan dengan PCR. Primer yang
digunakan yaitu cytb-1(5’-TGCTAACGATGCCCTAGTGG-3’)dancyt b-2 (5’CTAGTCAACCTACT-AATGGG-3’). Hasil PCR dikirim ke First BASE di Malaysia
untuk disekuensing. Analisis data dilakukan dengan bantuan programBioEdit v7.0.9,
NCBI BLAST, dan ClustalW2. Karakter genetik berupa urutan basa nukleotida
penyusun DNA dari gen cytochrome b yang diperoleh pada masing-masing sampel
memiliki tingkat kesamaan sekitar90-97%.Tingkat perbedaan gen cytochrome b antar
sampel Anguilla bicolor dan Anguilla marmorata berkisar antara 9-10%.Sampel
Anguilla bicolor bicolor memiliki panjang basa nukleotida yang berbeda-beda dari
Karawang yaitu 1124 bp, dari Sukabumi yaitu 1115 bp, dari Ciamis yaitu 1104 bp.
Anguilla marmorata dari Karawang yaitu 1095 bp dan 1128 bp.
Kata kunci : Karakter genetik, Cytochrome b, Sidat.
ABSTRACT
Dewi Addinilia (Supervised by Yuniar Mulyani and Evi Liviawaty).
2011.Genetic Characters AnalysisBased on Cytochrome b in Eel (Anguilla
bicolor and A. marmorata).
This study aimed to analyze the genetic characters of Anguill bicolor and
Anguillamarmorata based on cytochrome b gene in order gene information in the
study of phylogeny and genetic engineering. Research had been conducted in August
and September 2011 in the Laboratory of Biotechnology Faculty of Fisheries and
Marine Sciences University of Padjadjaran. This study used survey methods with
qualitative descriptive analysis in thelaboratory. Anguilla bicolor sample’s obtained
from the Center for Development of Freshwater Aquaculture (BBPBAT) Sukabumi,
Pandu Karawang’s Pondand Citanduy River in Ciamis. Anguilla marmorata sample’s
obtained from Pandu Karawang’s Pond. The study began with the isolation of DNA
using the CTAB method and followed by PCR. Primers used were Cyt b-1 (5’TGCTAACGATGCCCTAGTGG-3’)
and
Cyt
b-2(5’-CTAGTCAACCTACTAATGGG-3’). PCR results were sent to First Basein Malaysia for gene
sequencing. Data analysis was performed with the help of the programBio-Edit
v7.0.9,NCBI BLAST, and ClustalW2. Genetic character of a constituentnucleotide
bases sequence of the DNA from the cytochrome b gene obtained in each sample has
a level of about 90-97%similarity.Levels of cytochrome b genedifferences between
samples Anguilla bicolor and Anguilla marmorata is 9-10%.Samples Anguilla
bicolorbicolor nucleotide bases in length varying from Karawangis 1124 bp, 1115 bp
of Sukabumi,1104 bp of Ciamis. Anguillamarmorata from Karawang is 1095 bp and
1128 bp.
Key word : Genetic characters, Cytochrome b, Anguilla.
DAFTAR ISI
I. PENDAHULUAN
1.1.Latar Belakang
1.2.Identifikasi Masalah
1.3.Tujuan Penelitian
1.4.Kegunaan Penelitian
1.5.Pendekatan Masalah
II. TINJAUAN PUSTAKA
2.1. Tinjauan Umum Sidat (Anguilla sp.)
2.1.1 Taksonomi dan Morfologi Sidat
2.1.2 Jenis dan Habitat
2.1.3 Potensi Sidat
2.2. Karakter Genetik
2.3. Penanda Genetik
2.4.Cytochrome b
2.5. Polymerase Chain Reaction(PCR)
2.6. Sekuensing
2.7. Bioinformatika
III. BAHAN DAN METODE
3.1. Tempat dan Waktu Penelitian
3.2. Alat dan Bahan Penelitian
3.2.1. Peralatan Peneltian
3.2.2. Bahan Penelitian
3.3. Metode Penelitian
3.4. Prosedur dan Pelaksanaan Penelitian
3.4.1. Pengambilan Ikan Contoh
3.4.2. Proses Isolasi DNA Genom
3.4.3. Amplifikasi DNA dengan Teknik PCR
3.4.4. Analisis Hasil Amplifikasi dengan Elektroforesis Gel Agarosa
3.5. Prosedur Analisis Data
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN
4.1. Isolasi DNA Genom
4.2. Amplifikasi dengan Teknik PCR
4.3. Analisis Karakter Genetik Sidat
4.3.1. Sekuensing Hasil PCR
4.3.2. Analisis Hasil Sekuensing dengan BioEdit
4.3.3. Analisis Hasil BioEdit dengan BLAST
4.3.4. Analisis Hasil BioEdit dengan ClustalW2
V. KESIMPULAN DAN SARAN
5.1. Kesimpulan
5.2. Saran