bio.unsoed.ac.id

I. PENDAHULUAN
Daerah Aliran Sungai merupakan suatu sistem sungai atau kesatuan
hidrologi yang dibatasi oleh topgrafi yang merupakan kesatuan kosistem (Linsley
et.al (1980) dalam Purnama (2010). DAS Serayu merupakan DAS terluas di Provinsi
Jawa Tengah, yang mana DAS ini hampir meliputi sebagian wilayah selatan bagian
Provinsi Jawa Tengah. Temanggung, Wonosobo, Banjarnegara, Purbalingga,
Banyumas dan Cilacap merupakan beberapa kabupaten yang berada dalam aliran
DAS ini Purnama (2010).
DAS Serayu merupakan kesatuan ekosistem (Linsley et.al (1980) dalam
Purnama (2010), merupakan kawasan terpenting di Karesidenan Banyumas. Hewan,
tumbuhan bahkan manusia sangat bergantung hidupnya pada keberadaannya.
Sulistyo dan Setijanto (2002), dalam Rukayah et al. (2003), juga melaporkan, sungai
Serayu dan Klawing merupakan habitat bagi genus Mystus salah satunya Mystus
nigriceps.
M. nigriceps (Ikan Senggaringan) (Saanin, 1986) merupakan ikan air tawar
yang mempunyai nilai ekonomis. Akhir-akhir ini, Ikan Senggaringan lebih mendapat
perhatian dari para peneliti dan diharapkan menjadi salah satu komoditi akuakultur.
Ikan ini memiliki fase bertelur dalam waktu yang cukup panjang (Hendri, 2010) dan
produksinya dapat mencapai 700 ton per tahun (Murnami dan Pramono, (2009).
Seperti di kabupaten Purbalingga Jawa Tengah, ikan ini memiliki potensi untuk
dibudidayakan, hal ini ditandai dengan pemanfaatan untuk konsumsi masyarakat
karena memiliki cita rasa yang lezat (Kasprijo dan Sanjayasari, 2010).
Kebutuhan akan ikan Senggaringan cenderung meningkat, namun hingga
saat ini masih bergantung dari tangkapan alam. Tidak adanya upaya pelindungan dan
penangkapan yang dilakukan terus menerus, keberadaan ikan ini sekarang jarang
ditemukan. Mujkherjee et al. (2002) dan Arockiaraj et al. (2004) melaporkan, bahwa
bio.unsoed.ac.id
genus Mystus ini sudah terancam kehidupannya sebagai akibat dari industrialisasi
yang mengganggu habitat, pemanfaatan air secara berlebihan dan polusi perairan.
Kondisi terburuk adalah spesies ini akan hilang bahkan sampai punah jika tidak ada
upaya konservasi.
Pengelolaan sumberdaya hayati spesies M. nigriceps agar tidak punah dan
tetap terjaga keberadaanya perlu dilakukan suatu upaya yang tepat, diantaranya yaitu
dengan domestikasi melalui kegiatan budidaya dan memanipulasi habitatnya
(Sanjayasari dan Pramono, ( 2009) dan Hendri, (2010) sebagai usaha mendapatkan
stok dalam rangka restoking (Hendri, 2010) dan pemenuhan nutrisi karena
pertumbuhan dapat terjadi jika kebutuhan akan nutrisi terutama protein terpenuhi
dengan baik (Kasprijo dan Sanjayasari, 2010). Meskipun demikian, upaya
budidayanya masih mengalami kegagalan karena dalam proses reproduksinya sangat
dipengaruhi oleh musim. Budidaya dikategorikan berhasil jika ikan sudah dapat
didomestikasi dan menguasai aspek biologinya (Hendri, 2010).
Pengembangan budidaya tanpa didukung oleh pengelolaan indukan yang
baik dapat menyebabkan penurunan kualitas genetik. Dan pada ikan M. nigriceps
kondisi tersebut disebabkan oleh penurunan laju pertumbuhan, kematangan gonad
usia dini dan ukuran individu yang sangat kecil (Arifin dan Kurniasih, 2007 dalam
Destiana (2011). Penurunan kualitas genetik yang disebabkan oleh penurunan variasi
genetik ini juga terjadi karena meningkatnya peluang perkawinan sekerabat
(inbreeding) yang berpotensi menimbulkan inbreeding depression (tekanan silang
dalam) (Hart and Jones, 2009), kondisi ini seperti yang terjadi pada lele dumbo
(Clarias gariepinus) (Rustidja, 1999, dalam Ulfah (2012). Populasi ikan dengan
keanekaragaman genetik yang tinggi justru akan memiliki peluang kelangsungan
hidup yang tinggi pula karena memiliki kemanpuan untuk beradaptasi dengan
lingkungannya. Sebaliknya keanekaragaman genetik yang rendah menyebabkan
ketidak mampuan spesies dalam beradptasi dengan lingkungan sekitar (Permana et
al., 2007).
Dunham
(2004)
mengungkapkan
bahwa
keanekaragaman
genetik
merupakan hal terpenting untuk menjaga kelestarian jangka panjang bagi sebuah
spesies bahkan suatu populasi. Studi keanekaragaman genetik merupakan hal paling
penting untuk mengetahui besarnya keanekaragaman genetik dalam suatu populasi
sebagai dasar untuk pemuliaan dan konservasi (Restu dan Mukrimin, 2007), karena
keanekaragaman genetik dipengaruhi oleh keberadaannya di alam (Dunham, 2004).
bio.unsoed.ac.id
Salah satu tindakan konservasi yang perlu dilakukan adalah konservasi genetik
dengan kajian awalnya mengenai tingkat keanekaragaman dari populasi, karena ini
merupakan
modal dasar aplikasi teknologi dalam pemanfaatan sumber daya
perikanan (Yulita dan Partomihardjo, 2011).
Keanekaragaman genetik baik pada tingkat populasi, individu atau jenis
dapat diestimasi melalui profil berbagai marka molekuler maupun protein. Marka
yang umum digunakan antara lain RAPD, AFLP, RFLP, SSR, isozyme dan allozyme
2
(Yulita dan Partomihardjo, 2011). Penanda-penanda DNA ini merupakan bagian
kecil dari molekul DNA yang memperlihatkan polimorfisme sekuens pada individuindividu yang berada dalam suatu populasi. Penanda DNA ini juga dapat digunakan
untuk mengetahui pemetaan gen dan penandaan gen, homozigositas, mapping
Quantitative Trait Loci (QTL) (Pandin, 2009, dalam Ulfah, (2011), DNA
fingerprinting, analisis taksonomi (Garg, et al., 2009) dan estimasi variasi genetik
(Leesanga, et al., 2004).
Idealnya teknik yang digunakan untuk menguji keanekaragaman genetik
harus memenuhi beberapa persyaratan sebagai berikut: murah dan efisien,
menghasilkan
marka
independen,
memberikan
resolusi
yang
baik
untuk
membedakan variasi genetik, dapat diulang, menggunakan sampel DNA dalam
jumlah sedikit, tidak memerlukan keahlian molekuler yang tinggi dan tidak
memerlukan informasi sebelumnya tentang genom organisme tersebut (Ubaidillah
dan Sutrisno, 2009).
Dari uraian di atas dapat dirumuskan permasalahan sebagai beriku : 1) Primer
apa saja yang dapat menghasilkan marka RAPD yang konsisten dan polimorfik pada
ikan M. nigriceps dari DAS Serayu; dan 2) Bagaimana keanekaragaman genetik di
antara M. nigriceps dari DAS Serayu.
Tujuan dari penelitian ini adalah
untuk menentukan primer yang dapat
menghasilkan marka RAPD yang konsisten dan memiliki pita polimorfik pada DNA
genom M. nigriceps serta untuk mempelajari keanekaragaman genetik Mystus
nigriceps dari DAS Serayu dengan teknik RAPD.
Penelitian ini diharapkan mampu memberikan informasi dasar mengenai
keanekaragaman genetik ikan M. nigriceps di DAS Serayu sebagai landasan dalam
strategi konservasi.
bio.unsoed.ac.id
3