i ISOLASI DAN IDENTIFIKASI MIKROFLORA PADA SALURAN
advertisement
ISOLASI DAN IDENTIFIKASI MIKROFLORA PADA SALURAN PENCERNAAN IKAN SEPAT SIAM (Trichogaster pectoralis) DI PERAIRAN DANAU TEMPE SULAWESI SELATAN Skripsi Diajukan untuk Memenuhi Salah Satu Syarat Meraih Gelar Sarjana Sains Jurusan Biologi pada Fakultas Sains dan Teknologi UIN Alauddin Makassar Oleh: ANDI MARWAH BAKRI NIM. 603001112100 FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI UIN ALAUDDIN MAKASSAR 2016 i PERNYATAAN KEASLIAN SKRIPSI Mahasiswa yang bertanda tangan di bawah ini: Nama : Andi Marwah Bakri NIM : 60300112100 Tempat/Tgl.Lahir : Soppeng/30 September 1992 Jur/Prodi : Biologi/S1 Fakultas : Sains dan Teknologi Alamat : BTP Blok G 159 Judul :Isolasi dan Identifikasi Mikroflora Pada Saluran Pencernaan Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) Di Perairan Danau Tempe Sulawesi Selatan Menyatakan dengan sesungguhnya dan penuh kesadaran bahwa skripsi ini benar adalah hasil karya sendiri. Jika dikemudian hari terbukti bahwa skripsi tersebut merupakan duplikat, tiruan, plagiat, atau dibuat oleh orang lain, sebagian atau seluruhnya, maka skripsi dan gelar yang diperoleh karenanya batal demi hukum. Makassar, 29 Agustus 2016 Penyusun Andi Marwah Bakri Nim: 60300112100 ii PENGESAHAN SKRIPSI Skripsi yang berjudul, “Isolasi dan Identifikasi Mikroflora Pada Saluran Pencernaan Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) Di Perairan Danau Tempe Sulawesi Selatan”, yang disusun oleh Andi Marwah Bakri, NIM: 60300112100, mahasiswa Jurusan Biologi pada Fakultas Sains dan Teknologi UIN Alauddin Makassar, telah diuji dan dipertahankan dalam sidang munaqasyah yang diselenggarakan pada hari Senin/ 29 Agustus 2016, bertepatan dengan 1 Dzulqaidah 1437 H, dinyatakan telah dapat diterima sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana dalam Ilmu Sains dan Teknologi, Jurusan Biologi (dengan beberapa perbaikan). Makassar, 29 Agustus 2016 M. 26 Dzulqaidah 1437 H. DEWAN PENGUJI: Ketua : Prof. Dr. H. Arifuddin, M.Ag (…...……………….) Sekretaris : Ulfa Triani A. Latif, S.Si., M.Si (……………...…….) Munaqisy I : Hafsan, S.Si., M. Pd (…..……….……….) Munaqisy II : Dr. Ernawati S. Kaseng, M.P (...……….………….) Munaqisy IIII : Nurkholis A Ghaffar, M. Hum (.….……………..….) Pembimbing I : Dr. Mashuri Masri, S.Si., M.Kes (…………………….) Pembimbing II : St. Aisyah S, S.Pd., M.Kes (…………………….) Diketahui oleh: Dekan Fakultas Sains dan Teknologi UIN Alauddin Makassar, Prof. Dr. H. Arifuddin Ahmad M.Ag. NIP. 19710412 200003 1 001 iii PERSETUJUAN PEMBIMBING Pembimbing penulisan skripsi Saudari Andi Marwah Bakri, NIM: 60300112100, mahasiswa Jurusan Biologi pada Fakultas Sains dan Teknologi UIN Alauddin Makassar, setelah meneliti dan mengoreksi dengan seksama skripsi yang berjudul, “Isolasi dan Identifikasi Mikroflora Pada Saluran Pencernaan Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) Di Perairan Danau Tempe Sulawesi Selatan”, memandang bahwa hasil penelitian skripsi tersebut telah memenuhi syarat-syarat ilmiah dan dapat disetujui untuk diajukan kesidang munaqasyah. Demikian persetujuan ini diberikan untuk diproses lebih lanjut. Makassar, 29 Agustus 2016 Pembimbing I Pembimbing II Dr. Mashuri Masri, S.Si, M.Kes NIP. 19801216 200912 1 003 St Aisyah S, S.Pd, M.Kes NIP. 19840102 201503 2 002 iv KATA PENGANTAR Tiada kalimat yang pantas terucap, selain kalimat Alhamdulillahi Rabbil alamin, sebuah untaian kata indah yang mampu mewakili ungkapan rasa syukur kepada Allah swt, yang mana atas berkat rahmat dan hidayah-Nya sehingga skripsi yang berjudul “Isolasi dan Identifikasi Mikroflora Pada Saluran Pencernaan Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) di Perairan Danau Tempe Kabupaten Sengkang Sulawesi Selatan” ini dapat terselesaikan, yang merupakan salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Sains (S.Si). Shalawat dan Salam semoga tetap tercurahkan kepada Baginda Rasulullah SAW yang telah mengajarkan beberapa ilmu pengetahuan yang dijadikan lampu penerang dalam mengarungi bahtera kehidupan ini. Penulis menyadari banyak pihak yang telah berpartisipasi dan membantu dalam menyelesaikan penulisan skripsi ini. Untuk itu, secara khusus iringan doa dan ucapan terima kasih yang sebesar-besarnya penulis berikan kepada kedua orang tua penulis ayahanda Drs. H. A. Muh. Bakri A. Laupe dan Ibunda Hj. Andi Nawirah A. Suttara tersayang yang telah mendidik dan mencurahkan kasih sayang dengan ketulusan dan keikhlasan, yang tak henti-hentinya melantunkan doa terbaik di setiap akhir sujud beliau untuk penulis serta rela mengorbankan segalanya demi tercapainya harapan dari sang anak tercinta yang tidak akan pernah mampu untuk dibalas, serta saudari Imaftuha, S.KM yang menjadi motivator penulis. Semoga berkah dan rahmat Allah swt selalu menaungi mereka. v Selain itu juga penulis mengucapkan terima kasih dan memberikan penghargaan setinggi-tingginya kepada: 1. Prof. Dr. Musafir Pababbari, M.Si selaku Rektor Universitas Islam Negeri Alauddin Makassar yang telah memberikan kebijakan-kebijakan demi membangun UIN Alauddin Makassar agar lebih berkualitas sehingga dapat bersaing dengan perguruan tinggi lainnya. 2. Prof Dr. H. Arifuddin, M.Ag, selaku Dekan Fakultas Sains dan Teknologi UIN Alauddin Makassar selaku Ketua Dewan Penguji. Beserta Wakil Dekan I, Wakil Dekan II dan Wakil Dekan III dan seluruh staf administrasi yang telah memberikan berbagai fasilitas kepada kami selama masa pendidikan. 3. Dr. Mashuri Masri, S.Si., M.Kes, selaku Ketua Jurusan Biologi sekaligus sebagai pembimbing I yang telah banyak memberikan bimbingan dalam proses penulisan skripsi dan nasehat-nasehat kepada penulis selama aktif menjalani proses perkuliahan dan ibu Baiq Farhatul S.Si, M.Si selaku sekretaris jurusan Biologi. 4. St Aisyah S, S.Pd, M.Kes selaku pembimbing II dalam proses penulisan skripsi ini yang telah banyak meluangkan waktunya untuk membimbing penulis sehingga skripsi ini telah terselesaikan. 5. Hafsah S.Si, M.Si, selaku penguji/pembahas I, Dr. Ernawati S Kaseng, M.P, selaku penguji/pembahas II, dan Bapak Nurkholis A. Ghaffar, M.Hum, selaku penguji/pembahas III, yang telah banyak memberikan masukan kepada penulis. vi 6. Bapak dan Ibu Dosen dalam jajaran Fakultas Sains dan Teknologi UIN Alauddin Makassar yang selama ini telah mendidik penulis dengan baik sehingga penulis dapat menyelesaikan pendidikannya pada tingkat perguruan tinggi. 7. Kepala Laboratorium Mikrobiologi dan Laboran Fakultas Sains dan Teknologi UIN Alauddin Makassar yang telah banyak memberikan bimbingan selama penulis melakukan penelitian. 8. Saudara seperjuanganku Sri Wirastuti S.Si, Hartina, Reski Yunita Nasrul, Nur Azizah Hasyim, Reski Nurul Hakiki, Nurmadina, Hasnidar, Firdayana, Andi Nurul Azizah dan Muhammad Yusuf Usman yang telah banyak memberikan masukan semangat satu sama lain, serta setia menemani penulis dalam suka dan duka hingga tercapainya harapan bersama. 9. Sahabatku Nur aeni, Suriani, Nirma Musakkir, Nasriah dan Andi Anggi yang walaupun berjauhan selalu memberi semangat serta motivasi dan memberi senyum disaat kepenakan bergelut dengan skripsi. 10. Teman- teman “RANVIER” (Biologi Angkatan 2012) yang telah banyak memberikan saran kepada penulis dan menghadirkan cerita indah selama kurang lebih 4 tahun bersama. 11. Ikatan Alumni jurusan Biologi Fakultas Sains dan Teknologi UIN Alauddin Makassar. 12. Adik-adik mahasiswa jurusan Biologi Angkatan 2013, 2014 dan 2015. 13. Serta semua pihak yang telah membantu dan memberikan dukungan, yang tidak bisa penulis sebutkan satu persatu. vii Penulis juga menyadari bahwa karya sederhana ini masih jauh dari kesempurnaan, karena kesempurnaan sesungguhnya hanyalah milik Allah swt. Oleh karena itu penulis megharapakan kritik dan saran yang bersifat kontruktif dari para pembaca, guna perbaikan kedepannya. Akhirnya penulis berharap semoga skripsi ini dapat memberikan manfaat bagi penulis khususnya, dan bagi para pembaca pada umumnya. Semoga Allah senantiasa melindungi dan melimpahkan rahmat dan ridho-Nya, Amin Makassar, 29 Agustus 2016 Penulis viii DAFTAR ISI Halaman HALAMAN JUDUL ....................................................................................... i PERNYATAAN KEASLIAN SKRIPSI ........................................................... ii PENGESAHAN SKRIPSI ............................................................................... iii PERSETUJUAN PEMBIMBING .................................................................... iv KATA PENGANTAR ..................................................................................... v DAFTAR ISI ................................................................................................... ix DAFTAR TABEL ............................................................................................. xi DAFTAR GAMBAR ......................................................................................... xii DAFTAR LAMPIRAN ..................................................................................... xiii ABSTARK ....................................................................................................... xiv ABSTRACT ...................................................................................................... xv BAB I PENDAHULUAN .............................................................................. A. B. C. D. E. F. Latar Belakang .............................................................................. Rumusan Masalah ......................................................................... Ruang Lingkup Penelitian ............................................................. Kajian Pustaka ............................................................................... Tujuan Penelitian........................................................................... Kegunaan Penelitian ...................................................................... 1 1 4 4 5 6 6 BAB II TINJAUAN TEORITIS ...................................................................... 7 A. B. C. D. E. F. Tinjauan Umum Mikroflora Saluran Pencernaan.......................... Tinjauan Umum Saluran Pencernaan Ikan ................................... Tinjauan Umum Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) ........ Tinjauan Umum Danau Tempe Kab. Wajo Sulawesi Selatan ....... Ayat Dan Hadist Yang Relevan ................................................... Kerangka Pikir ............................................................................. 7 11 16 19 21 24 BAB III METODOLOGI PENELITIAN......................................................... 25 A. Jenis dan Lokasi Penelitian .......................................................... 25 B. Pendekatan Penelitian .................................................................. 25 ix C. D. E. F. Variabel Penelitian ...................................................................... Defenisi Operasional Variabel ..................................................... Instrument Penelitian ( Alat dan Bahan) ...................................... Prosedur kerja .............................................................................. 25 25 26 27 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN ......................................................... 34 A. Hasil penelitian ............................................................................ 34 B. Pembahasan ................................................................................. 40 BAB V PENUTUP ........................................................................................ 53 A. Kesimpulan ................................................................................. 53 B. Saran ........................................................................................... 54 DAFTAR PUSTAKA ........................................................................................ 55 LAMPIRAN-LAMPIRAN ................................................................................. 63 DAFTAR RIWAYAT HIDUP ........................................................................... 71 x DAFTAR TABEL Tabel 2.1. Genus bakteri yang diisolasi dari saluran pencernaan beberapa Ikan Danau (Ringo, 1999) ................................................ 11 Tabel 3.1. Komposisi Primer Mix .............................................................. 32-33 Tabel 4.1. Pengamatan Makroskopik Koloni Bakteri dari Saluran Pencernaan Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) ............. 35-36 Tabel 4.2. Pengamatan Mikroskopik Sel Bakteri dari Saluran Pencernaan Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) .................. 36 xi DAFTAR GAMBAR Gambar 2.1. Sketsa Saluran Pencernaan Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) .............................................................................. 12 Gambar 2.2. Morfologi Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) ............. 20 Gambar 2.3. Peta dan Lokasi Penelitian di Danau Tempe ............................ 21 Gambar 4.1. Hasil Elektroforesis dari Produk Ampifikasi Gen 16S-rRNA... 38 Gambar 4.2. Hasil Analisis BLAST Isolat MI 1, MI 5, MI 9 dan MI 10 .... 39-40 xii DAFTAR LAMPIRAN Lampiran 1. Skema Penelitian ........................................................................ 63 Lampiran 2. Alur Kerja Penelitian .................................................................. 64 Lampiran 3. Pewarnaan Gram Bakteri ............................................................ 65 Lampiran 4. Alur Kerja Identifikasi Molekuler Bakteri Saluran Pencernaan Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) .. 66 Lampiran 5. Gambar Pengamatan Makroskopik Koloni Bakteri Saluran Pencernaan Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) .. 67 Lampiran 6. Gambar Pengamatan Mikroskopik Sel Bakteri Saluran Pencernaan Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) .. 68 Lampiran 7. Perbandingan Urutan Nukleotida ............................................... 69 Lampiran 8. Alat dan Bahan Penelitian ........................................................... 69 xiii ABSTRAK Nama Nim Judul Skripsi : Andi Marwah Bakri : 60300112100 : Isolasi dan Identifikasi Mikroflora Pada Saluran Pencernaan Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) Di Perairan Danau Tempe Sulawesi Selatan. Mikroflora adalah mikroorganisme yang secara alami menghuni saluran pencernaan mahluk hidup. Mikroflora terdiri atas berbagai mikroba dalam jumlah besar, dengan aktivitas dan kapasitas metabolik yang sangat beragam. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui spesies bakteri yang terdapat dalam saluran pencernaan ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis). Isolasi mikroflora menggunakan metode tuang pada media NA (Nutrient Agar). Isolat bakteri yang didapatkan kemudian diidentifikasi secara makroskopik, mikroskopik dan molekuler. Dari hasil isolasi saluran pencernaan didapatkan 10 isolat kemudian empat diantaranya kemudian dilanjutkan untuk dilakukan identifikasi molekuler diantaranya kode isolat MI 1 adalah spesies Bacillus cereus, MI 5 adalah spesies Kluyvera cryocrescens, MI 9 adalah spesies Pantoea septica dan MI 10 adalah spesies Alcaligenes sp. Kata Kunci: Sepat Siam, Saluran Pencernaan, Mikroflora, Isolasi dan Identifikasi. xiv ABSTRACT Name NIM Title : Andi Marwah Bakri : 60300112100 : Isolation and Identification of the Intestinal Microflora In Sepat Siam Fish (Trichogaster pectoralis) In the Waters of Lake Tempe South Sulawesi. Microflora is a microorganism that naturally inhabit the intestinal tract of living beings. Microflora consisting of various microbes in large quantities, with diverse capacity and metabolic activities. This study aims to determine the species of bacteria that found in the digestive tract of fish Sepat Siam (Trichogaster pectoralis). Isolation of mikroflora using serial pour plate method of NA media (Nutrient Agar). Bacterial isolates were obtained and identified by macroscopic, microscopic and molecular identification. The result showed there are 10 isolates of digestive tract bacteria and then the four of them was proceeded to identify the moleculeraly like isolates code MI 1 is a species of Bacillus cereus, MI 5 is a species Kluyvera cryocrescens, MI 9 is a species Pantoea septica and MI 10 is the species Alcaligenes sp. Keywords: Sepat Siam, gastrointestinal, Microflora, Isolation and Identification. xv 1 BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Alam semesta adalah al- samawat wal ardha wa maa bainahuma yang artinya (Langit dam Bumi serta segala yang ada diantara keduanya). Di dalamnya terdapat fenomena-fenomena alam yang sangat menarik apabila dibahas, mulai dari bagaimana alam bisa muncul dan kejadian yang ada, sampai rahasia apa yang ada dibalik semua itu. Dia Zat yang telah menciptakan segala sesuatu untuk kepentingan hidup manusia. Allah swt telah mengungkapkan pernyataan ini dalam al-Qur’an, di antaranya yaitu QS. Al-Baqarah/ ( 2 ); 164 yang berbunyi: Terjemahnya: “Sesungguhnya dalam penciptaan langit dan bumi, silih bergantinya malam dan siang, bahtera yang berlayar di laut membawa apa yang berguna bagi manusia, dan apa yang Allah turunkan dari langit berupa air, lalu dengan air itu Dia hidupkan bumi sesudah mati (kering)-nya dan Dia sebarkan di bumi itu segala jenis hewan, dan pengisaran angin dan awan yang dikendalikan antara langit dan bumi; sungguh (terdapat) tanda-tanda (keesaan dan kebesaran Allah) bagi kaum yang memikirkan.” 1 Menurut Tafsir Ibnu Katsir dalam QS. Al-Baqarah ayat 164 Allah menerangkan pada kata: َ ﺑ“َﺚ ﱠ ﻓ ِﯿﮭ َﺎ ﻣ ِﻦ ﻛ ُ ﻞ ﱢ د َاﺑﱠﺔyang وberarti “Dan Dia sebarkan di bumi itu segala jenis hewan,” dalam bermacam-macam bentuk, warna, dan manfaat, kecil dan besar. Dan Dia mengetahui semuanya itu dan memberikan rizki kepadanya, tidak ada satu pun dari hewan-hewan itu yang tidak terjangkau atau tersembunyi dariNya ( Abdullah, 2004) Berdasarkan terjemahan tersebut maka dapat diartikan bahwa Allah menciptakan berbagai macam hewan di muka bumi. Salah satu hewan yang diciptakan adalah ikan. Ikan merupakan salah satu sumber protein hewani yang banyak dikonsumsi masyarakat, mudah didapatkan dan harganya murah. Namun ikan cepat mengalami proses pembusukan dan penurunan mutu dikarenakan daging ikan mempunyai kadar air yang tinggi, pH netral, tekstur lunak dan kandungan gizi yang tinggi sehingga menjadi medium yang sangat baik untuk pertumbuhan bakteri (Angga, 2013). Bakteri pada ikan dapat dijumpai pada permukaan tubuh dan saluran pencernaan. Sebagian bakteri bersifat patogen, sedangkan sejumlah bakteri lainnya menguntungkan bagi ikan karena membantu pencernaan, mensintesis vitamin-vitamin serta mendekomposisi materi organik di perairan (Irianto, 2005). Hal ini diduga karena adanya peran bakteri probiotik. Prinsip dasar kerja probiotik adalah dengan memanfaatkan kemampuan mikroba untuk mempermudah penyerapan oleh saluran pencernaan ikan (Feliatra dan Suryadi, 2004). 2 Bakteri-bakteri pada ikan tersebut berasal dari detritus yang dimanfaatkan oleh ikan untuk memenuhi kebutuhan proteinnya. Berdasarkan hasil penelitian Xue et al. (1999) menunjukkan bahwa detritus banyak mengandung bakteri yang ikut berperan dalam menyumbangkan enzim pencernaan eksogen untuk mendegradasi nutrient pakan yang dikomsumsi oleh ikan. Bakteri tersebut juga merupakan sumber nutrient tambahan bagi ikan. Bakteri yang termakan oleh ikan akan membentuk koloni dalam saluran pencernaan ikan dan disebut dengan Mikroflora (Aslamsyah, 2009) Beberapa jenis mikroflora yang terdapat dalam saluran pencernaan hewan memiliki peran penting dalam rangka meningkatkan pemanfaatan pakan, kesehatan ikan dan perbaikan mutu lingkungan dan mikroorganisme (Watson et al. 2008). Mikroflora hadir dalam usus melakukan sejumlah fungsi seperti fermentasi substrat energi yang tidak terpakai, melatih sistem kekebalan tubuh, mencegah pertumbuhan spesies berbahaya mengatur perkembangan usus dan memproduksi vitamin untuk host. Namun, dalam kondisi tertentu beberapa spesies dianggap mampu menyebabkan penyakit dengan menyebabkan infeksi ke host (Beaugeria 2004 dalam Aslamsyah, 2009). Penelitian mikroflora pada saluran pencernaan ikan telah banyak dilaporkan. Namun penelitian tentang mikroflora ikan sepat siam belum ditemukan. Oleh karena itu, perlu dilakukan penelitian mikroflora saluran pencernaan pada ikan sepat siam (Trichogaster pectoralis). Berdasarkan latar belakang tersebut, maka dilakukan penelitian dengan judul “Isolasi dan identifikasi mikroflora pada saluran pencernaan ikan sepat siam 3 (Trichogaster pectoralis) di perairan danau Tempe Sulawesi - selatan” yang bertujuan untuk menambah informasi tentang mikroflora saluran pencernaan ikan sepat siam (Trichogaster pectoralis). B. Rumusan Masalah Adapun rumusan masalah dalam penelitian ini adalah sebagai berikut: 1. Berapa jenis bakteri mikroflora yang didapatkan dari saluran pencernaan ikan sepat siam (Trichogaster pectoralis)? 2. Bagaimana ciri makroskopik koloni dan mikroskopik sel isolat bakteri didapatkan dari saluran pencernaan ikan sepat siam (Trichogaster pectoralis)? 3. Apa nama species empat isolat mikroflora yang didapatkan dari saluran pencernaan ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) melalui identifikasi secara molekuler? C. Ruang Lingkup Penelitian 1. Sampel ikan diperoleh dari perairan Danau Tempe Kabupaten Wajo. 2. Mengisolasi mikroflora yang ada pada saluran pencernaan ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) kemudian mengidentifikasi dan mengamati mikroflora yang ditemukan secara molekuler sampai ketingkat spesies. 3. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan April 2016 di Laboratorium Mikrobiologi UIN Alauddin Makassar dan Rumah Sakit Pendidikan bagian Mikrobiologi Universitas Hasanuddin Makassar. 4 D. Kajian Pustaka 1. WA Jimoh dkk (2014) tentang identifikasi bakteri flora normal pada saluran pencernaan ikan Clarias garieepinus dan menemukan mikroflora pada saluran pencernaan ikan Clarias garieepinus yaitu dari kelompok bakteri dan fungi. Mikroflora jenis bakteri terisolasi beberapa species yaitu Pseudomonas fluorescens, Bacillus alvei, aeromonas hydrophilia, Bacillus megaterium, Falovobacterium rigense dan Enterobacter aerogenes. Sedangkan pada mikroflora jenis fungi terisolasi beberapa species yaitu Apergillus niger, Aspergillus flavus, Penicillium atrovenetum dan Penecillium expansum. 2. C.N Ariole (2013) dari Nigeria berkaitan dengan mikroflora saluran pencernaan ikan dengan menggunakan 3 species ikan berbeda yaitu (Tilapia guineensis, Sarotherodon melanotheron dan Liza falcipinnis)dan menemukan beberapa genus bakteri yang umumnya ada di saluran pencernaan ikan yaitu dari genus Aeromonas, Bacillus, Pseudomonas, Staphylococcus, Salmonella, Vibrio, Eschericia, Flavobacterium, Lactobacillus, Mikrococcus dan Enterobacter. 3. Aslamsyah (2009) mikroflora yang ada pada saluran pencernaan ikan Gurame. Dan menemukan species bakteri Stapylococcussp., Bacillus sp., Moraxella sp., Nitrococcus sp., Aeromonas sp., Lactobacillus sp., Mycobacterium sp., Carnobacterium sp., Cytobacter sp., Streptococcus sp. dan Clostrodium sp. dan mengemukakan bahwa mikroflora yang ditemukan pada saluran pencernaan ikan gurame umumnya juga ditemukan pada saluran pencernaan species ikan. Oleh karena itu, penting untuk melakukan penelitian saluran pencernaan pada ikan lain yaitu ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis). 5 E. Tujuan Penelitian Adapun tujuan dilaksanakannya penelitian ini adalah sebagai berikut: 1. Untuk mengetahui jenis bakteri mikroflora yang didapatkan dari saluran pencernaan ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis). 2. Untuk mengetahui ciri makroskopik koloni dan mikroskopik sel bakteri didapatkan dari saluran pencernaan ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis). 3. Untuk mengetahui spesies empat isolat mikroflora yang didapatkan dari saluran pencernaan ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) melalui identifikasi secara molekuler. F. Kegunaan Penelitian Penelitian ini diharapkan dapat bermanfaat bagi pengguna ilmu yang relevan sebagai referensi tambahan tentang mikroflora yang terdapat pada saluran pencernaan ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) informasi dari penelitian ini juga diharapkan dapat menambah pengetahuan tentang bagaimana menjaga pakan ikan budidaya dan melestarikan lingkungan khususnya di Perairan Danau Tempe Sulawesi Selatan. 6 BAB II TINJAUAN TEORITIS A. Tinjauan Teoritis Mikroflora Saluran Pencernaan Mikroflora adalah mikroorganisme yang secara alamiah menghuni saluran pencernaan mahluk hidup. Mikroflora terdiri atas berbagai mikroba dalam jumlah besar, dengan aktivitas dan kapasitas metabolik yang sangat beragam, serta dapat memberi pengaruh positif dan negatif pada fungsi fisiologi saluran pencernaan (Aslamsyah, 2009). Pelczar dan Chan (1986) mengemukakan bahwa mikroflora asli saluran pencernaan mempunyai hubungan mutualisme dengan inangnya, yaitu memanfaatkan inang sebagai tempat hidupnya. Keuntungan bagi ikan adalah umumnya mikroba memakan sisa atau menggunakan bahan buangan, banyak bakteri usus dapat mensintesis vitamin, mensekresi enzim, dan membantu pencernaan nutrien dan kehadiran mikroba asli cenderung menekan pertumbuhan bakteri patogen sehingga dapat melindungi inang terhadap penyakit serta merangsang fungsi kekebalan tubuh Beberapa jenis bakteri yang terdapat dalam saluran pencernaan hewan memiliki peran penting dalam rangka meningkatkan pemanfaatan pakan, kesehatan ikan dan perbaikan mutu lingkungan dan mikroorganisme. Selain itu, beberapa mikroflora pada saluran pencernaan memainkan peran yang cukup penting dan menghasilkan beberapa jenis enzim dalam saluran pencernaan yang kemungkinan turut berperan dalam metabolisme inang (Watson et al. 2008 dalam Gaby S, 2014). 7 Proses pencernaan secara lebih sempurna dan penyerapan sari makanan berlangsung di dalam usus. Di usus, bahan makanan (karbohidrat, lipid dan protein) dicerna lebih lanjut dengan bantuan enzim dan diubah menjadi berbagai komponen penyusunnya agar dapat diserap dan digunakan secara optimal oleh hewan. Secara garis besar, enzim pencernaan pada hewan dapat dikelompokkan menjadi tiga, yaitu enzim pemecah karbohidrat, pemecah lemak, dan pemecah protein (Wiwi, 2006) Menurut Stickney dan Shumway (1974) enzim selulase diproduksi oleh mikroflora usus, yang dihubungkan dengan aktivitas selulase dalam usus dengan jumlah selulase/bakteri selulitik. Flora usus terdiri dari mikroorganisme yang biasanya hidup di saluran pencernaan hewan (Gaby, 2014). Mikroorganisme yang bersifat sementara pada ikan dapat digunakan untuk memperbaiki kondisi kolam, bahkan Moriaty (1998) menyebutkan probiotik sebagai “water additives”, tetapi definisi yang sebenarnya adalah bakteri yang dimasukkan dengan berbagai macam cara kedalam saluran pencernaan dan tetap hidup untuk memperbaiki kesehatan (Agustono, 2012) Probiotik menurut Parker (1974) adalah organisme atau substansi yang mendukung keseimbangan jumlah mikroorganisme dalam pencernaan ikan atau kerapu. Pada stadia larva, ikan sudah hidup di lingkungan yang banyak sekali bakteri patogen, pada waktu tersebut saluran pencernaan dan sistem immune belum berkembang sehingga sebetulnya bakteri probiotik sangat diperlukan pada waktu stadia larva (Vadstein, 1997). Beberapa spesies bakteri dan jamur yang ditemukan dikaitkan dengan spesies ikan. Parasit dan penyakit, yang disebabkan oleh kehadiran flora mikroba 8 patogen, mengancam produksi ikan dengan mempengaruhi fisiologi normal ikan kemudian, jika dibiarkan begitu saja, bisa mengakibatkan kematian massal pada ikan, atau dalam beberapa kasus, akan ikut terinfeksi pada manusia dan vertebrata lain yang mengkonsumsinya (Shawn, 1997). Berdasarkan penelitian patologi oleh Bambang Sutrisno (2004) menyatakan bahwa bakteri bentuk Coccus seperti Staphylococcus sp dan Streptococcus sp akhirakhir ini telah banyak ditemukan pada ikan sakit. Kebanyakan kedua species tersebut hidup sebagai saprofitik dan beberapa sebagai mikroflora normal di dalam saluran pencernaan hewan dan selanjutnya dilepaskan bersamaan dengan feses. Keberadaannya dilingkungan aquatik biasanya sebagai indikator kontaminasi feses terhadap air (Pelezar dan Reid, 1985). Staphylococcus sp bukan merupakan penyebab utama sebagai penyakit pada perikanan di Amerika, tetapi sebagai penyebab utama kerugian pada nelayan ikan di Jepang, Taiwan dan negara-negara Timur (Varvarigos, 2001). Infeksi Staphylococcus sp pada ikan jarang terjadi, walaupun demikian pernah diisolasi dari darah jantung pada ikan Salmon sakit di Argentina (Conroy, 1966). Isolat tersebut telah diinjeksikan secara intraperitonial dan tidak memperlihatkan adanya perubahan patologik pada organ ikan Mas. Pada ikan Lepomis microlophus, infeksi Staphylococcus sp. menyebabkan beberapa lesi berupa: nekrosis dan oedema di muskulus, hemoragi petichial di mesenterium dan intestinal serta adanya timbunan cairan darah pada cavitas vaseralis. Selanjutnya Schaperclaus (1992) menyatakan bahwa isolat yang didapat dari ikan apabila disuntikan secara 9 intra poritonial pada ikan sejenis tidak menunjukkan perubahan patologi (Bambang S, 2004) Bakteri anaerob merupakan bagian yang secara numerik, dominan sebagai flora normal dan jarang terdapat pada infeksi, namun dikenal sebagai penyebab infeksi yang relatif umum pada hampir semua bagian tubuh. Beberapa bakteri anaerob, terutama yang ditemukan sebagai flora normal dan jarang terdapat pada tempat infeksi diianggap sangat rentang terhadap oksigen, karena akan mati beberapa menit ketika terkontaminasi dengan udara (Sylvia, 2007). Bakteri Gram negatif fakultatif anaerob banyak terdapat pada saluran pencernaan ikan dan kerang - kerangan, sehingga simbiosis anaerob kemungkinan dominan pada intestine bagian belakang ikan tropis herbivor (Clement, 1997 dalam Agustono, 2012). Vibrio dan Pseudomonas adalah bakteri yang umum dijumpai pada crustacea, ikan laut dan kerang-kerangan. Sedangkan Aeromonas, Plesiomonas dan bakteri dari genus Enterobacteriacea dominan pada ikan air tawar (Sakata, 1990 dalam Agustono, 2012). Menurut Tatang supandi (2014), ikan air tawar secara umum mengandung Pseudomonas, Flavobacterium, Enterococcus, Micrococcus, Bacillus dan koliform. Sedangkan ikan yang dipanen dari air yang tercemar kotoran hewan dan manusia dapat mengandung Salmonella, Shigella, Clostredium perfringens dan Vibrio cholera. Ikan tersebut juga dapat mengandung bakteri patogen oportunistik seperti Aeromonas hydrophila dan Plesiomonas shigelliodes. Bairagi et al. (2004) berhasil mengisolasi dua mikroba dari strain Bacillus yaitu Bacillus subtilus dan Bacillus circulans dari saluran pencernaan 10 ikan Mas dan ikan Nila. Kedua jenis mikroba ini memproduksi enzim amilase, selulase, protease dan lipase. Pertumbuhan beberapa mikroorganisme dipengaruhi oleh beberapa faktor yaitu ketersediaan nutrisi, air, suhu, pH, oksigen, jumlah awal populasi, adanya zat penghambat dan adanya jazad renik lainnya (Fardiaz, 1992). Tabel 2.1. Genus bakteri yang diisolasi dari saluran pencernaan beberapa Ikan Danau (Ringo, 1999) NO 1 Spesies Ikan Ikan Lele (Ictalurus punctatus) 2 Ikan Emas (Carassius auratus) 3 Masu salmon (Oncorhyncus masou) 4 Belut/Ikan Sidat Genus Bakteri Aeromonas, Pseudomonas, Enterobacteriaceae, Bacillus, Clostridium, Bacteroidaceae Aeromonas,Plesiomonas, Enterobateriaceae, Pseudomonas, Acinetobacter, Flavobacterium, Bacillus, Clostridium, Bacteroidaceae Pseudomonas, Flavobacterium, Coryneforms Referensi MacMilan (1990), Sugita et al (1991) Sugita et al (1988) Yozhimitsu, et al (1980) Aeromonas,Enterobacteriaceae, Bacteroidaceae, moraxella, Sugita et al Clostridium, Streptococcus, (1997) Pseudomonas, Acinetobacter dan Plesiomonas . Variasi jenis mikroflora pada pencenaan ikan dipengaruhi oleh struktur saluran pencernaan (Watanabe 1986), lingkungan habitat ikan, dan tahapan perkembangan ikan (Ringgo, 1995). Saluran usus ikan umumnya dihuni oleh sejumlah besar bakteri heterotrofik, termasuk aerob dan anaerob. Bakteri mikroflora pencernaan ikan berperan dalam menghasilkan beberapa zat bioaktif, seperti tetrodotoxin (Noguchi et al, 1987), asam eicosapentaenoic (Yazawa et al, 1988), biotin (Sugita et al, 1992), vitamin B12 (Sugita et al, 1991) dan zat anti bakteri 11 (Westerdahl et al, 1991), yang dapat dimanfaatkan oleh ikan. Bahkan hubungan simbiosis antara ikan dan mikroflora usus sangat erat kaitannya. Pada mamalia teresterial, mikroflora usus dapat terlibat dalam pencernaan zat makromolekuler (Mitsuoka, 1980 dalam Sugita et al, 1997) B. Tinjauan Teoritis Saluran Pencernaan Ikan Alat pencernaan ikan terdiri dari saluran pencernaan dan kelenjar pencernaan. Pada umumnya saluran pencernaan berupa segmen-segmen yaitu, mulut, rongga mulut, faring, esofagus, lambung pilorus, usus, rektum dan anus (Affandi, 2005). Gambar 2.1. Sketsa Anatomi Saluran Pencernaan Ikan Berdasarkan kebiasaan makan terlihat perbedaan struktur anatomis alat pencernaan ikan. Perbedaan yang mencolok ditemukan pada struktur tapis insang, struktur gigi pada pada rongga mulut, keberadaan dan bentuk lambung serta panjang 12 usus. Tapis insang pada ikan herbivora banyak, panjang dan rapat sementara pada ikan omnivora sedang dan pada ikan karnivora sedikit, pendek dan kaku. Rongga mulut pada ikan herbivora sering tidak bergigi, sementara pada ikan omnivora bergigi kecil dan pada ikan karnivora umumnya bergigi kuat dan panjang. Ikan herbivora berlambung palsu atau tidak berlambung dengan bentuk kantong, dan ikan karnivora berlambung dengan bentuk bervariasi. Usus ikan herbivora sangat panjang beberapa kali panjang tubuhnya, sementara pada ikan omnivora sedang 2 sampai 3 kali panjang tubuh dan pada ikan karnivora pendek, kadang lebih pendek dari panjang tubuhnya (Aslamyah S, 2006). Organ hati dan pankreas adalah kelenjar pencernaan yang mensekresikan bahan yang kemudian digunakan dalam proses pencernaan makanan. Bahan hasil sekresi kedua organ tersebut kemudian masuk ke usus melalui ductus choleodochus dan ductus pangkreaticus. Adanya hubungan antara kelenjar pencernaan dan usus depan maka letak kelenjar tersebut berada di sekitar usus depan dan lambung (Aslamyah S, 2006). Keasaman (pH) lambung pada saat lambung kosong (tidak ada makanan) berkisar antara 4 sampai 7,4 sedangkan pada saat penuh berkisar antara 2,2 dan 2,8 (Nikolsky, 1963 dalam Aslamsyah, 2006). Keasaman (pH) usus adalah netral atau hampir alkalis yaitu antara 6 dan 8 (Hickling, 1960 dalam Aslamsyah, 2006). Berdasarkan kebiasaan makannya, ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) adalah ikan omnivora yang bertendensi herbivora yaitu pemakan biji-bijian dan plankton. Ikan yang masih muda lebih banyak memakan fitoplankton yang masih lembut dari kelompok Bacillaryphyceae, Cyanophyceae dan Flagellata. Sedangkan 13 ikan dewasa lebih banyak memakan plankton dari kelompok Ciliata, Rotifera, Cladocera, Capepoda dan Chlorophyceae, Sepat dewasa juga memakan tumbuhan tingkat tinggi yang sudah membusuk di dalam air, ikan Sepat Siam juga memakan kangkung dan berbagai tumbuhan air lainnya yang tumbuh di air (Ghufran, 2004). Berdasarkan hasil penelitian (Samuel dan Safran Makmur, 2011) mengemukakan bahwa ada 20 jenis makanan ikan Sepat Siam di Danau Tempe yang terdiri dari fitoplankton (78,95%) biji tumbuhan (20,16%) dan zooplankton (0,89%). Dan jenis fitoplankton yang dominan adalah Synedra (29,59%) dan Ulotrix (17,88%) sedangkan pada sampling berikutnya terdiri dari 31 jenis makanan dan paling banyak adalah Anabaena (28,32%) dan Ulotrix 18,67%) sehingga berdasarkan jenis makanan tersebut ikan Sepat Siam termasuk kedalam jenis ikan herbivora dengan makanan utamanya adalah fitoplankton, kondisi tersebut dimungkinkan karena perairan Danau Tempe merupakan perairan yang subur dan juga banyak terdapat tanaman air. Ikan Sepat yang dibudidayakan memerlukan pakan sejak mulai hidup dari ukuran larva (burayak), dewasa sampai ukuran induk. Tillman et al. (1998) menyatakan bahwa faktor-faktor yang mempengaruhi kecernaan pakan antara lain komposisi pakan dan jumlah pakan yang diberikan. Fungsi pakan adalah untuk pertumbuhan dan kelangsungan hidup. Pakan yang dimakan oleh ikan pertama-tama digunakan untuk kelangsungan hidup dan apabila ada kelebihannya akan dimanfaatkan untuk pertumbuhan. Jadi bila menghendaki pertumbuhan ikan yang baik, maka harus diberi sejumlah pakan yang melebihi kebutuhan untuk pemeliharaan tubuhnya (Djajasewaka, 1985). 14 Komponen pakan yang berkontribusi terhadap penyediaan materi dan energi untuk pertumbuhan adalah protein, karbohidrat, dan lemak. Kemampuan ikan menggunakan nutrient pakan bergantung pada berbagai faktor seperti sintesis enzim yang tepat, produksi enzim dalam jumlah yang cukup, dan distribusi enzim dalam saluran pencernaan (Tengjaroenkul et al. 2000). Sehingga kandungan nutrien pakan nampaknya berpengaruh pula pada aktivitas enzim pencernaan. Tersedianya substrat merupakan faktor yang nyata dalam pengaturan aktivitas enzim pada ikan dan mamalia (Gaby S, 2014). Aktivitas enzim sangat mempengaruhi kecernaan dan bervariasi menurut umur ikan, keadaan fisiologi dan musim serta berkolerasi positif dengan kebiasaan makan ikan (Kuzmina, 1996). Ikan yang tidak memiliki lambung dan pilorik kaeka, aktivitas proteolitik terutama berasal dari cairan pangkreas. Beberapa hasil studi menunjukkan bahwa komposisi cairan pencernaan berhubungan dengan makanan yang dimakan oleh suatu spesies ikan. Kemampuan ikan untuk mencerna suatu jenis makanan bergantung pada faktor fisik dan kimia makanan, jenis makanan, umur ikan sifat fisik dan kimia air serta jumlah enzim pencernaan dalam sistem pencernaan. Enzim karbohidrase, protease dan lipase mempengaruhi pencernaan makanan di usus anterior. Protease merupakan enzim yang berperan dalam hidrolisis protein. Enzim yang banyak berperan dalam hidrolisis karbohidrat ialah amilase seperti yang ditunjukkan oleh ikan Mas (Zonneveld et al, 1991). Menurut Murjani (2009) ikan Sepat budidaya mempunyai kebiasaan makan yang berbeda dengan ikan Sepat yang hidup bebas di Danau. Sifat umum makanan 15 ikan Sepat adalah omnivora, di perairan umum mereka lebih banyak memakan fitoplankton. Sebagian besar makanan ikan Sepat adalah tumbuh-tumbuhan air dan lumut. Namun ikan ini juga memangsa hewan-hewan kecil di air, termasuk ikan-ikan kecil yang dapat termuat di mulutnya. Dengan mengetahui kebiasaan makan suatu jenis ikan dapat diketahui hubungan ekologis antara individu dalam suatu perairan, antara lain pemangsa, persaingan, dan rantai makanan serta pengaruh parameter kualitas air dalam keseimbangan lingkungan (Effendie, 1997). Menurut Raharjo (2007) menyatakan bahwa pertumbuhan dan kelimpahan populasi ikan di perairan ditentukan oleh makanan yang dikomsumsi, disamping faktor fisik kimiawi yang berpengaruh langsung terhadap ikan maupun secara tidak langsung melalui pengaruhnya terhadap jenis organisme makanan. Ikan bersifat poikilothermic sehingga jumlah mikroba akan berhubungan dengan suhu air (Lesel, 1990). Suhu air merupakan salah satu fisik yang dapat mempengaruhi nafsu makan dan pertumbuhan ikan. Menurut Cholik, et al (1986), ikan-ikan tropis tumbuh dengan baik pada suhu antara 25oC sampai 30oC. Pendapat ini diperkuat Jangkaru (1976) yang menyatakan bahwa suhu optimum untuk selera makan bagi ikan adalah antara 25oC sampai 27oC, suhu optimum tersebut biasanya pada pagi dan sore hari. Suhu air yang ideal untuk ikan Sepat yaitu 23oC sampai 28oC (Ortanez, 2008). Ikan merupakan hewan air yang mengalami kehidupan sejak lahir atau menetas dari telurnya sampai akhir hidupnya di air (Achjar, 1986). Ikan Sepat 16 mempunyai kebiasaan memijah dengan membuat sarang busa seperti balon. Sarang tersebut dibuat oleh induk jantan dengan diameter sekitar 5 cm. Telur ikan Sepat yang telah dibuahi akan terapung di dalam busa dan dijaga oleh induknya. Seekor induk betina berumur 7 bulan dapat mengeluarkan 7.000 - 8.000 butir telur. Telurtelur yang dibuahi berwarna kuning atau putih kekuning-kuningan dan biasanya akan menetas 36 - 48 jam setelah pembuahan. Kantong kuning telur (yolk sack) yang merupakan makan awal larva akan habis dalam waktu 3-7 hari. Di alam ikan sepat mulai memijah pada akhir musim hujan dan sepanjang musim kemarau (Ghufran, 2010). Berdasarkan hasil penelitian (Samuel dan Safran Makmur, 2011) mengemukakan bahwa berdasarkan data distribusi ukuran panjang total ikan Sepat Siam, diketahui bahwa ikan Sepat Siam di Danau Tempe diduga mempunyai dua puncak rekruitmen dalam setahun yang mengindikaskan ikan Sepat Siam dapat memijah lebih dari satu kali setahun. Diduga pemijahan ikan sepat siam di Danau Tempe terjadi pada bulan-bulan ketika tinggi muka air danau bergerak naik dan ketika tinggi muka air bergerak turun yaitu sekitar bulan Mei dan September 2011. C. Tinjauan Teoritis Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) Ikan Sepat (Trichogaster pectoralis)merupakan ikan yang berasal dari Asia Tenggara yaitu dari lembah sungai Mekong di Laos, Thailand, Kamboja, dan Vietnam. Jenis ikan ini diintroduksi ke Indonesia pada tahun 1934 untuk dikembangkan pembudidayaannya di kolam-kolam, sawah dan rawa. Pada tahun 1937 ikan Sepat ini dimasukkan ke danau Tempe di Sulawesi dan berhasil 17 mendominasi 70% hasil tangkapan di danau tersebut selama 2 tahun (Simatupang, 2012). Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) merupakan salah satu dari tiga jenis ikan introduksi yang masih dominan tertangkap di perairan Danau Tempe Sulawesi Selatan. Danau Tempe dikenal sebagai penghasil ikan air tawar yang sebagian ikan tersebut berasal dari ikan introduksi (Samuel, 2011). Khairul (2008) mengemukakan klasifikasi Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) adalah sebagai berikut: Kingdom : Animalia Phyllum : Chordata Kelas : Pisces Ordo : Anabantoidae Famili : Belontiidae Genus : Trichogaster Species : Trichogaster pectoralis Nama Lokal : Sepat Siam Ciri-ciri ikan Sepat Siam yaitu kepalanya mirip dengan ikan Gurami muda yaitu lancip. Panjang tubuhnya tidak dapat lebih besar dari 15 cm Saanin (1968). Ikan Sepat Siam memiliki tubuh memanjang dan pipih, bermulut kecil dengan bibir yang tipis, tubuhnya ditutupi sisik-sisik kecil, sisik bagian punggung berwarna hijau kehitam-hitaman dan bagian perut berwarna lebih terang. Garis hitam melintang agak miring juga terdapat dalam tubuhnya, mulai dari belakang sirip dada dan 18 berakhir pada ekor. Dari hidung sampai pangkal ekor membujur bercak-bercak hitam melalui di antara matanya (Bambang, 2004). Ikan Sepat Siam memiliki keunggulan yaitu mampu beradaptasi dengan lingkungan buruk. Hal ini dimungkinkan karena ikan tersebut sendiri memiliki alat pernafasan tambahan berupa labirin (bunga karang). Selain itu, ikan ini juga memiliki bulu cambuk yang merupakan modifikasi dari sirip anal dan berfungsi sebagai alat perlindungan diri dan membantu dalam hal pencarian makanan (Simatupang, 2012). Ikan-ikan yang hidup di perairan yang tenang dan tidak berenang secara terus menerus pada kecepatan tinggi seperti pada ikan sepat umumnya mempunyai tipe sisik yang kasar/sisik pasir (tipe sisik ctenoid). Tipe sisik ini mempunyai bentuk seperti sikloid yaitu pinggiran yang kasar. Sedangkan tipe ikan perenang cepat atau secara terus menerus bergerak pada perairan berarus deras mempunyai tipe sisik yang lembut (Alamsjah, 1974). Tubuh ikan terdiri atas caput, truncus, dan caudal. Batas yang nyata antara caput dan truncus disebut tepi caudal operculum dan sebagai batas antara truncus dan ekor disebut anus. Kulit terdiri atas Dermis dan Epidermis. Dermis terdiri dari jaringan pengikat yang dilapisi dari sebelah luar oleh Nepitelium. Diantara sel – sel Epitelium terdapat kelenjar uniselluler yang mengeluarkan lendir yang manyebabkan kulit ikan menjadi licin (Radiopoetra, 1978). 19 g f a b c e d Gambar 2.2. Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) (BKPMD, 2015) Keterangan: a. Mata (Visus) e. Sirip anal (Pinna analis) b. Mulut ( Oris) f. Sirip ekor (Pinna caudalis) c. Sirip dada (Pinna pectoralis) g. Sirip Punggung (Pinna dorsalis) d. Sisik Ctenoid D. Tinjauan Teoritis Danau Tempe Kabupaten Wajo Sulawesi Selatan Pulau Sulawesi merupakan salah satu pulau besar di Indonesia yang memiliki kekayaan biota yang tinggi. Pulau ini termasuk dalam kawasan Wallacea bersama-sama dengan Philipina dan Nusa Tenggara merupakan daerah peralihan antara zoogeografi Oriental dan Australia. Ada tiga tipe danau di sulawesi, yaitu tipe danau vulkanik (Danau Tondano, danau Mooat), tipe danau tektonik (Danau Matano, Danau Towuti dan Danau Poso) dan tipe danau rawa banjiran (Danau Tempe, Danau Sidenreng) (Whitten, 1987 dalam Samuel, 2011). Danau Tempe dengan tipe danau rawa banjiran, terletak di Kecamatan Tempe, Kabupaten Wajo, Sulawesi Selatan. Luas sekitar 13.000 ha dengan 20 kedalaman maksimum 5,5 meter dan dapat mencapai lebih dari 30.000 ha saat banjir besar dan pada musim kemarau luas genangannya hanya ± 1.000 ha dengan kedalaman maksimum 1 meter. Perbedaan tinggi permukaan air pada waktu musim hujan dan musim kemarau ± 4 meter. Pada musim kemarau daerah yang tidak digenangi air merupakan hamparan lahan yang subur yang digunakan sebagai lahan pertanian palawija, sedangkan areal yang digenangi air diperkirakan ±45 % permukaannya tertutupi oleh tumbuhan air, selebihnya merupakan areal penangkapan ikan dan alur pelayaran (Samuel, 2011). Gambar 2.3. Peta dan lokasi penelitian di Danau Tempe (BKPMD, 2015) Danau Tempe adalah sebuah lokasi perairan potensial di Sulawesi Selatan. Selain sebagai penghasil ikan tawar terbesar, danau tersebut juga dimanfaatkan sebagai tempat bermukim di atas air dengan sistem rumah mengapung, sebagai tempat tumbuhnya vegetasi terapung, tempat hidup berbagai jenis burung langka dan sebagai tujuan wisata terbesar kedua di Sulawesi Selatan selain Toraja. Potensi danau dengan berbagai jenis ikan yang hidup di dalamnya serta fungsi danau yang dapat dimanfaatkan untuk menunjang keberlangsungan manusia dan beberapa ekosistem 21 lainnya, menjadikan Danau Tempe menjadi tujuan utama bagi masyarakat disekitarnya dalam mencari nafkah (Naidah, 2009). Danau Tempe dikenal sebagai penghasil ikan air tawar yang sebagian ikan tersebut berasal dari ikan introduksi. Dari berbagai jenis ikan introduksi yang ditebar di danau ini, terdapat tiga jenis ikan yang masih dominan tertangkap dan salah satu jenis ikan tersebut adalah ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) (Samuel, 2011). E. Ayat dan Hadist yang Relevan Islam memerintahkan agar dengan kemampuan akalnya manusia mengamati kelakuan alam, melalui observasi yang kritis dan sistematis sehingga akan terkumpul data penelitian yang empirik. Dari pernyataan ini, akal manusia akan bermanfaat penuh, untuk mengoptimalkan daya pikirnya. Karena Allah swt tidak menciptakan sesuatu yang ada di dunia ini, kecuali ciptaan itu bermanfaat. Dengan demikian, bila manusia selalu berdzikir dan bertafakkur kepada Allah, maka akal manusia akan bermanfaat baginya. Adapun ayat yang relevan dengan penelitian ini yaitu dalam QS AlJatshiyah/ (45); 13 yang berbunyi: Terjemahnya: “Dan Dia telah menundukkan untukmu apa yang di langit dan apa yang di bumi semuanya, (sebagai rahmat) daripada-Nya. Sesungguhnya pada yang demikian itu benar-benar terdapat tanda-tanda (kekuasaan Allah) bagi kaum yang berfikir” 22 Berdasarkan terjemahan tafsir Al-Misbah menjelaskan bahwa penundukan langit dan bumi dipahami dalam arti semua bagian alam yang terjangkau dan berjalan atas dasar satu sistem yang pasti, kait berkait dan dalam bentuk konsisten. Allah swt menetapkan hal tersebut dan dari saat ke saat mengilhami manusia tentang pengetahuan fenomena alam yang dapat mereka manfaatkan untuk kemaslahatan dan kenyamanan hidup manusia (M. Quraish Shihab, 2004: 41). Allah swt Yang Maha Pencipta menundukkan apa yang ada di langit dan di bumi termasuk di dalamnya manusia, tumbuhan dan hewan bahkan organisme yang renik sekalipun yang belum diketahui manfaat dan mudaratnya bagi manusia. Agar manusia mampu mengkaji lebih dalam hubungan antara mahluk hidup dengan mahluk hidup lainnya yang mana terjadi simbiosis antara keduanya. Karna sungguh semua itu adalah tanda-tanda kekuasaan Allah bagi kaum yang berfikir. Adapun hadist yang berkaitan dengan penelitian ini adalah sebagai berikut: Ibnu Hajar rahimahullah menyatakan: ِ ﻗ َﺎل َ ر َ ﺳ ُﻮل ُ ﷲ ﺻ َ ﻠ ﱠﻰ ﷲ ُ ﻋ َﻠ َﯿْﮫ: َ ﻋ َﻦ اﺑﻦ ِ ﻋ ُﻤ َﺮ َ ر َﺿ ِﻲ َ ﷲ ُ ﻋ َﻨ ْ ﮭُﻤ َ ﺎ ﻗ َﺎل و َ أ َﻣ ﱠﺎ، ُ ﻓ َﺎﻟ ْﺠ َ ﺮ َ اد ُ واﻟ ْ ﺤ ُﻮت: ِ ﻓ َﺄ َﻣ ﱠﺎ اﻟﻤ َ ﯿْﺘَﺘ َﺎن، ِ َﺎن» ِ و َ د َﻣ َ ﺎن:أ ُﺣ ِ ﻠ ﱠﺖ ْ ﻟ َوﻨ ََﺎﺳﻣَﻠ َ ﯿْﱠﻢﺘ َﺘ . ٌ و َ ﻓ ِﯿﮫ ِ ﺿ َ ﻌ ْﻒ،ْ و َ اﺑْﻦ ُ ﻣ َ ﺎﺟ َ ﮫ،ُ َﺣ ْ ﻤ َ ﺪ.«ﱠﻣ َﻓ َﺎﻟﻄ ﱢﺤﺎلأ ُ َﺧو ْ َ اﻟﺮ َ ْ ﻜﺟ ََﺒ ِﮫُﺪ ُأ: ِﺎناﺪ ﻟ Terjemah Hadits : Dari Ibnu Umar radliyallahu ‘anhu ia berkata: Rasulullah shallallahu ‘alaihi wa sallam bersabda: “Telah dihalalkan bagi kita dua macam bangkai dan dua macam darah, adapun dua macam bangkai adalah: (bangkai) belalang dan ikan, dan dua macam darah adalah limpa dan hati.” [HR. Ahmad no.5690, dan Ibnu Majah no.3314 dan 3218] 23 Menurut Fikih Islam menjelaskan bahwa “Telah dihalalkan bagi kita dua macam bangkai dan dua macam darah” Dikecualikan juga darah yang tertinggal di dalam daging binatang yang sudah disembelih, begitu juga darah ikan. Kedua macam darah tersebut suci atau dimaafkan. Dalam arti diperbolehkan atau dihalalkan (Rasyid S, 1994; 18) Dari hadits diatas dapat kita ambil kesimpulan bahwasannya ada dua bangkai yang dihalalkan yaitu bangkai belalang dan ikan dan diharamkan bangkai selain dari kedua hewan tersebut. Hewan yang berdarah jika ingin dimakan maka haruslah disembelih terlebih dahulu pada lehernya atau urat nadinya, sedangkan pada hewan laut/ikan, maka tidak perlu disembelih. Dan yang patut di garis bawahi yaitu yang dimaksud bangkai disini adalah hewan yang mati secara alami atau yang mati tanpa disembelih sesuai syari’at (tertabrak, terjatuh,dll). Jadi meskipun itu adalah bangkai ikan dan belalang tetapi jika keduanya mati karena diracun atau terkena zat-zat berbahaya maka ia diharamkan dimakan karena adanya zat berbahaya atau zat racun tersebut. Dan jika keduanya mati tidak terkena zat-zat berbahaya atau pun tidak karena diracun maka tidak mengapa untuk dikonsumsi/dimakan. 24 F. Kerangka Pikir Input Proses Output Ikan sepat siam adalah ikan yang dominan dikomsumsi oleh masyarakat wilayah Danau Tempe Mikroflora diisolasi dari saluran pencernaan ikan Sepat Siam Isolasi bakteri saluran pencernaan ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) dari Perairan Danau Tempe Sulawesi Selatan Identifikasi makroskopik koloni bakteri dan mikroskopik sel bakteri Identifikasi molekuler spesies bakteri mikroflora saluran pencernaan ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) Terdapat 10 isolat bakteri dan 4 diantaranya diidentifikasi secara molekuler 25 BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis dan lokasi penelitian Penelitian ini merupakan jenis penelitian kulitatif dengan pendekatan eksploratif. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan April 2016 – Mei 2016 di Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Sains dan Teknologi UIN Alauddin Makassar dan Laboratorium Mikrobiologi Lantai 6 (Rumah Sakit Pendidikan) Universitas Hasanuddin Makassar. B. Pendekatan penelitian Penelitian ini menggunakan pendekatan eksploratif didasarkan pada penemuan jenis mikroflora yang baru yang belum diketahui, belum dipahami dan belum dikenali pada saluran pencernaan ikan Sepat Siam di perairan danau Tempe kab. Wajo Sulawesi Selatan. C. Variabel Penelitian Penelitian ini menggunakan variabel tunggal yaitu mikroflora saluran pencernaan ikan Sepat Siam D. Defenisi Operasional Variabel 1. Isolasi adalah proses untuk memisahkan bakteri dari saluran pencernaan Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) sehingga didapatkan bakteri murni dengan cara 26 ditumbuhkan pada media padat. Menggunakan media padat karena dapat memudahkan melihat pertumbuhan mikroorganisme yang diisolasi. 2. Identifikasi adalah untuk mengetahui jenis bakteri yang telah diisolasi, dengan mengamati secara makroskopik, mikroskopik dan molekuler. 3. Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) yang digunakan sebanyak 5 ekor ukuran sedang untuk pengambilan organ saluran pencernaan (berupa usus dan lambung sebanyak 1 gram), ikan yang diambil merupakan ikan budidaya dari Danau Tempe dikemas dalam ice box untuk menjaga kesegaran ikan. 4. Mikroflora adalah Bakteri yang secara alami menghuni saluran pencernaan ikan diisolasi dan diidentifikasi secara makroskopik (bentuk, warna, elevasi, tepian dan permukaan koloni), mikroskopik (bentuk sel dan sifat Gram) dan molekuler. E. Instrumen Penenelitian (Alat dan Bahan) 1. Alat Adapun alat yang digunakan adalah alat gelas berupa mortal-pastle, erlenmeyer 1000 mL, gelas kimia, tabung reaksi, rak tabung, cawan petri, deck glass, batang pengaduk, pipet tetes, pipet ukur dan bunsen. Alat non gelas berupa pinset, pisau, talenan, tip dan jarum ose. Sedangkan alat eletrik berupa mikroskop binokuler, neraca analitik, mikropipet 1 mL, Lamina air flow (LAF), inkubator, oven, autoklaf, Hot plate, colony counter, vortex mixer dan, Sentrifuge, termometer, Water bath, Stopwach, PCR workstation / cabinet (Scie-Plus)/ Biosafety Cabinet, Gene Amp PCR system 9700 (Applied Biosystem), satu set alat elektroforesis, UV transulaminator, 27 komputer, freezer -200oC, Profuge Gk-centrifuge, ice maker (Memmert) Gel Doc XR Model 785 dan kamera digital. 2. Bahan Adapun bahan pada penelitian ini adalah ikan sepat siam (Trichogaster pectoralis), media NA (Nutrient Agar), larutan fisiologi NaCl 0,9%, aquadest steril, kapas, spiritus, alkohol 96%, alkohol 70%, aluminium foil, wrapping plastic, tissu, karet gelang dan plastik makanan tahan panas. Reagen pewarnaan gram bakteri kristal violet (A), iodin (B), etanol (C) dan safranin (D). Sepasang primer universal yang digunakan untuk semua jenis bakteri yaitu forward primer dan reverse primer, tabung PCR, (Sorensen, Cat. No P 7543). Parafilm (Sigma Cat. No P 7543) erlenmeyer (Schott), filter tips 0,5 – 10 µL, Disposable gloves, VipPlus PCR Chiller, tabung eppendorf, Loading dye, Agarose, template DNA, kit estraksi DNA (PrestoTM Mini gDNA Bacteria Kit) ,buffer AL-Mix (gram (+) buffer, gram (-) buffer, GB buffer, W1 buffer, wash buffer, elution buffer, etanol absolut 96%), medic cool, Kit, nuclease free water, Tris borate EDTA (TBE)10x, Marker 100bp, malachine green dan etidium bromide. F. Prosedur Kerja Penelitian ini terdiri atas tahapan sebagai berikut: tahap persiapan (Sterilisasi alat dan bahan serta pembuatan medium). Pengambilan sampel dilakukan secara random dari lokasi yang berada di Danau Tempe Kab. Wajo. Sampel kemudian dimasukkan kedalam plastik dan dibawa menggunakan ice box (stereofoam) yang berisi es ke Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Sains dan Teknologi untuk 28 dilakukan pemeriksaan bakteriologi. Selanjutnya tahap Isolasi bakteri pada usus ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis). Dan tahap karakterisasi bakteri secara makroskopik, mikroskopik dan molekuler. a. Pengambilan Organ Saluran Pencernaan Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) Pengambilan organ pencernaan dilakukan secara aseptis di ruangan steril dengan menggunakan alat bedah pada Lamina Air Flow (LAF) dengan cara menyayat bagian perut ikan kemudian mengeluarkan organ pencernaan berupa lambung dan usus selanjutnya organ pencernaan yang telah dikeluarkan diencerkan dengan 90 mL cairan fisiologi (NaCl 0,9%) steril. Kemudian digerus dan ditimbang, sampel yang telah dihaluskan kemudian dilakukan pengenceran dengan menyiapkan 9 tabung mulai dari pengenceran 10-1 sampai 10-8. Metode pengenceran yang dilakukan dengan mengambil sebanyak 1 gram sampel, dimasukkan ke dalam tabung reaksi yang berisi 9 ml aquades sehingga didapat pengenceran 10 -1 untuk mendapatkan pengenceran 10-2 dilakukan dengan mengambil 1 ml dari pengenceran 10-1 dimasukkan ke dalam tabung reaksi yang berisi 9 ml akuades, demikian seterusnya dilakukanseri pengenceran hingga 108 (Darmayasa, 2008). b. Isolasi dan Karakterisasi Bakteri Isolasi bakteri dilakukan dengan mengambil 1 ml suspensi pada seri pengenceran 10-1 , 10-5 dan 10-8. Kemudian diisolasi dengan metode tuang (Pour plate method) ke dalam cawan petri secara aseptis, kemudian menuang media NA (Nutrient Agar) secara duplo dan meratakan dengan memutar media searah angka delapan agar homogen. Bakteri diinkubasi selama 24-48 jam pada suhu 37oC (WA Jimoh, 2014). 29 Setelah koloni tumbuh di masing-masing media, selanjutnya koloni berbeda dari warna, bentuk, tepian dan elevasi dipilih dan dikultur kembali pada media NA dengan menggunakan teknik goresan kuadran beberapa tahap hingga diperoleh isolat murni, kultur diinkubasi dengan posisi cawan terbalik selama 24 jam pada suhu 35 oC (Darmayasa, 2008). Dari tiap koloni yang tumbuh kemudian diremajakan pada media miring untuk memperoleh stok bakteri. Karakterisasi dilakukan dengan pengamatan morfologi bakteri, yaitu secara makroskopik dan mikroskopis. Pengamatan secara makroskopis meliputi pengamatan morfologi koloni bakteri dengan mengamati bentuk, elevasi, tepian, dan warna koloni bakteri yang tumbuh pada media NA (Nutrient Agar). Sedangkan pengamatan secara mikroskopik dilakukan untuk melihat bentuk sel dan sifat gram,dengan membuat preparat dari masing-masing sampel bakteri kemudian melakukan pewarnaan pertama dengan menggunakan kristal violet selama 1 menit kemudian dibilas dengan aquades dan ditiriskan. Pewarnaan ke dua dengan larutan iodium selama 1 menit dan membuang larutan iodium tersebut dengan cara memiringkan kaca preparat kemudian dibilas dengan aquades dan ditiriskan. Selanjutnya dekolorisasi dengan etanol 96% selama 30 detik dan dicuci dengan aquades, terakhir yaitu dengan menggunakan safranin selama 1 menit dibilas aquades dan dikeringkan. Setelah proses pewarnaan selesai dilanjutkan dengan mengamati bentuk, elevasi, tepian, dan warna sel bakteri di bawah mikroskop binokuler (Irianto, 2006). Selanjutnya Identifikasi molekuler dengan menyiapkan stok bakteri dari seri pengenceran 10-1 sampai 10-8 dan memilih bakteri yang berbeda dari segi morfologi untuk dilakukan identifikasi molekuler yang diawali dengan estraksi DNA pada bakteri. 30 c. Estraksi DNA Estraksi DNA bakteri bertujuan untuk memisahkan DNA dari komponenkomponen sel lainnya. Estraksi DNA pada organisme prokariotik dilakukan melalui Sampel Preparasi, Melisiskan sel, DNA Binding, Wash, Elution. Adapun langkahlangkah tersebut adalah sebagai berikut: 1. Preparation sample (Sampel Preparasi) Sebanyak satu ose sampel bakteri yang telah dipilih yaitu pada kode isolat MI 1, MI 5, MI 9 dan MI 10 masing-masing, dimasukkan ke dalam tabung microcentrifuge 1,5 mL steril yang telah berisi 200 µl PBS (Phospate Buffer saline) yang telah ditambahkan 20 µL Proteinase K. Menghomogenkan dengan cara pipetting. Kemudian diinkubasi pada suhu 60oC selama 5 menit pada waterbath . 2. Cell lysis (Melisiskan sel) Menambahkan 200 µL gram GSB buffer lalu divortex dan diinkubasi kembali pada suhu 60oC selama 2 menit. 3. DNA Binding Menambahkan 200 µL etanol absolute 96% dan di vortex selama 10 detik. Memindahkan semua campuran tersebut ke dalam GD column (spin column) pada 2 mL collection tube, kemudian sentrifugasi pada kecepatan 14.000 xg selama 1 menit. Membuang collection tube yang berada di bawah spin column dan mengganti dengan collection tube yang baru. 4. Wash (Pencucian) Menambahkan 400 µl WI buffer lalu disentrifugasi pada kecepatan 14.000 xg selama 30 detik, kemudian membuang cairan yang ada collection tube. 31 Menambahkan 600 µl wash buffer (Geneid) dan disentrifugasi kembali selama 30 detik, kemudian membuang cairan yang ada collection tube dan sentrifugasi kembali selama 3 menit, dan meletakkan tabung mikrocentrifuge steril pada bagian bawah spin column. 5. Elution Menambahkan 100 µL Elution buffer, diamkan selama 3 menit kemudian disentrifugasi dengan kecepatan yang sama selama 30 menit. Cairan yang mengandung DNA yang tertampung pada tabung mikrocentrifuge disimpan pada suhu -4 oC untuk digunakan sebagai template PCR. d. Ampifikasi PCR (Polymerase Chan Reaction) Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan suatu proses sintesis enzimatik untuk melipat gandakan sekuens nukleotida tertentu secara in vitro. Prosesnya meliputi 3 tahap yaitu denaturasi, annealing, dan extension. Prosedur ini dikerjakan pada sampel DNA yang telah diisolasi, estrak DNA dari sample dan aquadest sebagai kontrol negatif “PCR mix” dimasukkan dalam tabung PCR: Tabel 3.1 Komposisi Primer Mix Reaksi (µL) ddH2O 34,75 PCR buffer 5 MgCl2 2 dNTP 1 32 Reverse primer 1 Forward primer 1 Hotstart DNA pol 0,25 DNA sampel 5 Total premix 50 Amplifikasi dilakukan dengan mesin PCR (DNA Thermal Chycler) untuk amplifikasi PCR, tahap awal denaturasi pada suhu 95oC selama 15 menit, selanjutnya 94oC selama 1 menit, annealing pada suhu 55 oC selama 30 detik, ekstensi 72oC selama 1 menit sebanyak 40 siklus dilanjutkan dengan ekstensi akhir suhu 72 oC selama 5 menit dan 12oC ± 30 menit untuk penyimpanan jenis primer yang digunakan adalah primer universal CCAGCAGCCGCGGTAATACG-3’ dengan dan urutan U2 sequens UI 5’ 5’ATCGG(C/T)TACC TTGTTACGACTTC-3’ (Jang-Jih Lu, 2003 dalam asrianti, 2015) e. Elektroforesis gel agarose Agarose dibuat dengan melarutkan 2 g agarose (BioRad) dalam 100 mL 10 Tris borate EDTA (100 g Tris base, 27,5 g asam borat, 20 ml 0,5 M EDTA pH 8 dalam 1 liter air). Kemudian memanaskan sampai mendidih dan larut selanjutnya menambahkan 1 µL ethidium bromida (0.2 µg/ml) dan dimasukkan dalam pencetak gel yang telah dipasangi sisir. Setelah agarose memadat (sekitar 30 menit) selanjutnya dimasukkan ke dalam tank elektroforesis yang berisi larutan TBE 0,5%. Memasukkan 33 DNA sampel yang telah dicampur dengan cairan “loading dye” ke dalam sumur dengan perbandingan 2:1 dengan cara pippeting, kemudian memasukkan Marker 100bp setelah keseluruhan sampel dimasukkan. Elektroda dihubungkan dengan Power supply dengan volt 100 selama 40 menit. Setelah itu Power supply dimatikan kemudian mengangkat gel dari dalam alat tersebut. Gel dipindahkan ke dalam UV transiluminator kemudian diamati hasilnya pada komputer. f. Sekuensing DNA Pengurutan atau sekuensing DNA hasil PCR dikirim ke 1st BASE sequensing INT di Malaysia untuk pemetaan pasang basa yang berhasil diamplifikasi. Data sekuens selanjutnya diedit dengan menggunakan Clustal W dalam program MEGA 5 (Tamura et al., 2011) dan dilakukan perbandingan sekuen yang diperoleh (Query) dengan yang telah ada pada GeneBank dengan menggunakan fasilitas BLAST (Basic Local Aligment Search Tool) pada database Searches NCBI internet site (http://www.ncbi.nlm.nih.gov). Ukuran fragmen hasil ampifikasi PCR ditentukan dengan cara membandingkan antara posisi ukuran penanda DNA (Marker) dengan ukuran fragamen sampel. Hasil positif ditunjukan dengan adanya band pada ukuran 996 bp. 34 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. Hasil Penelitian 1. Isolasi Bakteri Mikroflora dari Saluran Pencernaan Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) Isolasi bakteri dari saluran pencernaan ikan sepat berupa estrak organ pencernaan dari lambung dan usus ikan dijadikan sampel untuk mengisolasi bakteri mikroflora. Karakteristik bakteri yang berhasil diisolasi dilakukan diamati secara makroskopik meliputi pengamatan morfologi koloni bakteri dengan mengamati bentuk, elevasi, tepian, dan warna koloni bakteri yang tumbuh pada media NA (Nutrient Agar). Hasil pengamatan makroskopik koloni bakteri yang berhasil diisolasi dapat dilihat pada tabel di bawah ini: Tabel. 4.1 Pengamatan Makroskopik koloni bakteri dari saluran pencernaan ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) Makroskopik Koloni No Kode Isolat Ukuran Bentuk Warna Elevasi Tepian 1 MI1 Sedang Circular Flat Curled 2 MI 2 Kecil Irreguler Putih susu Kuning Flat Lobate 3 MI 3 Kecil Irreguler Kuning Flat Endulate 4 MI 4 Kecil Circular Kuning Flat Entire 5 MI 5 Kecil Circular Flat Entire 6 MI 6 Kecil Circular Putih Susu Kuning Flat Entire 35 Permukaan Kasar Halus Mengkilap Berkerut Halus Mengkilap Halus Mengkilap Halus Mengkilap 7 MI 7 Kecil Circular Kuning Flat Entire 8 MI 8 Kecil Circular Kuning Raised Entire 9 MI 9 Titik Circular Putih Flat Entire 10 MI 10 Sedang Irreguler Kuning Bening Flat Curled Halus Mengkilap Halus Mengkilap Halus Mengkilap Halus Mengkilap Pengamatan mikroskopik sel bakteri dilakukan dengan melihat bentuk sel dan sifat Gram. Pengamatan mikroskopik menunjukkan hanya satu isolat bakteri bersifat Gram postif yaitu isolat dengan kode MI 1. Hasil tersebut dapat dilihat pada tabel 4.2. Tabel. 4.2. Pengamatan Mikroskopik sel bakteri dari saluran pencernaan ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) Mikroskopik Sel No Kode Isolat Bentuk sel Sifat Gram 1 MI 1 Basil + 2 MI 2 Coccus - 3 MI 3 Coccus - 4 MI 4 Streptococcus - 5 MI 5 Basil - 6 MI 6 Coccus - 7 MI 7 Streptococcus - 8 MI 8 Coccus - 9 MI 9 Basil - 10 MI 10 Streptococcus - 36 2. Identifikasi Molekuler Bakteri Saluran Pencernaan Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) Salah satu metode karakterisasi genotip adalah analisa molekuler dengan metode Random Amplified Polymhorpic DNA (RAPD) menggunakan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction). Penanda molekuler RAPD yang digunakan merupakan sekuen DNA polimorfik yang dipisahkan oleh gel elektroforesis PCR menggunakan satu primer oligonukleotida pendek berukuran sekitar 10 basa dari sekuens acak. Metode RAPD memiliki beberapa keunggulan diantaranya mampu mendeteksi sekuen nukleotida hanya dengan satu primer, polimorfisme tinggi, dan dapat digunakan tanpa mengetahui latar belakang genom sebelumnya (Dunham, 2004). RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) merupakan metode perbanyakan genom yang paling sering digunakan karena sangat mudah dan membutuhkan jumlah DNA genom yang tidak terlalu banyak (Williams, 1990). Polimorfisme yang terjadi antara individual atau strain dikenali melalui perbedaan pada fragmen DNA yang diperbanyak oleh primer yang tersedia (Micheli, 1994). Identifikasi hanya dilakukan pada empat isolat. Keempat isolat bakteri ini dideterminasi menggunakan sekuen 16S-rRNA. Gen 16S-rRNA dianilisis secara lengkap di 1st BASE sequencing INT Malaysia. Analisis cluster pada sekuens tersebut dilakukan dengan program BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) dari NCBI (National Center for Biotechnloghy Information) secara online pada website NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) Adapun hasil elektroforesis dari hasil amplifikasi gen 16S-rRNA yang dilakukan dengan menggunakan mesin PCR ( DNA Thermal Cycler ) pada keempat 37 sampel bakteri dari saluran pencernaan Ikan sepat siam dapat dilihat pada gambar di bawah ini: MI 5 MI 10 MI 1 MI 9 996bp 100bp Gambar 4.1. Hasil elektroforesis dari produk ampifikasi gen 16S-rRNA Hasil sekuensing yang diperoleh dari Malaysia selanjutnya dianalisis pada Gen Bank menggunakan analisis BLAST. Analisis BLAST dilakukan dengan tujuan untuk membandingkan hasil yang diperoleh dengan tujuan membandingkan hasil yang diperoleh dengan hasil sekuen DNA dari seluruh dunia yang didepositkan pada database Gen Bank. Analisis BLAST dilakukan secara online pada website NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov). Hasil analisis BLAST dari keempat isolat bakteri saluran pencernaan ikan sepat siam seperti pada gambar di bawah ini: 38 HASIL BLAST MI 1 HASIL BLAST MI 5 39 HASIL BLAST MI 9 HASIL BLAST MI 10 Gambar 4.2. Tabel hasil analisis BLAST isolat MI 1, MI 5, MI 9 dan MI 10 40 B. Pembahasan Isolasi dilakukan pada organ saluran pencernaan yaitu lambung dan usus ikan karena lambung dan usus ikan merupakan saluran pencernaan yang memegang peranan penting dalam mengubah pakan (senyawa kompleks) menjadi senyawa sederhana dengan bantuan bakteri. Dari hasil isolasi dan pemurnian didapatkan 10 isolat bakteri yang berbeda berdasarkan pengamatan makroskopik dan mikrosokopik. Beragamnya karakteristik isolat bakteri yang didapatkan mengindikasikan bahwa spesies bakteri yang terdapat pada saluran pencernaan ikan berbeda dan beragam. Variasi jenis mikroflora pada pencenaan ikan dipengaruhi oleh struktur saluran pencernaan (Watanabe 1986), lingkungan habitat ikan, dan tahapan perkembangan ikan (Ringgo, 1995). Saluran usus ikan umumnya dihuni oleh sejumlah besar bakteri heterotrofik, termasuk aerob dan anaerob. Bakteri mikroflora pencernaan ikan berperan dalam menghasilkan beberapa zat bioaktif, seperti tetrodotoxin (Noguchi et al, 1987), asam eicosapentaenoic (Yazawa et al, 1988), biotin (Sugita et al, 1992), vitamin B12 (Sugita et al, 1991) dan zat anti bakteri (Westerdahl et al, 1991), yang dapat dimanfaatkan oleh ikan. Bahkan hubungan simbiosis antara ikan dan mikroflora usus sangat erat kaitannya. Pada mamalia teresterial, mikroflora usus dapat terlibat dalam pencernaan zat makromolekuler (Mitsuoka, 1980 dalam Sugita et al, 1997) Menurut Rahayu et. al., (1992), beberapa peneliti melaporkan jumlah bakteri pada ikan yaitu berkisar antara 102 sampai 106 per cm2 pada kulit, 103 sampai 105 per gram di dalam insang dan sampai 107 per gram di dalam usus. Pada permukaan tubuh ikan ditemukan jenis bakteri Pseudomonas sp., Sarcina sp., Serratia sp., Achromobacter 41 sp., Flavobacterium sp., Micrococcus sp., Vibrio sp. Dan Bacillus sp. Sedangkan pada isi perut ikan ditemukan jenis bakteri Achromobacter sp., Acinetobacter sp., Aeromonas sp., Alcaligenes sp., Enterobacter sp., Flavobacterium sp., Pseudomonas sp.,Xanthomonas sp., Vibrio sp., Clostridium sp.dan Escherichia coli. 1. Pengamatan Makroskopik Koloni dan Mikroskopik Sel Bakteri Saluran pencernaan Ikan Sepat Siam Berdasarkan hasil yang diperoleh dari pengamatan makroskopik koloni bakteri untuk 10 isolat dapat dilihat pada tabel 4.1. MI 1 memiliki karakteristik makroskopik koloni yaitu ukuran koloni sedang dengan bentuk koloni circular, berwarna putih susu, memiliki elevasi datar, tepian koloni Curled dan permukaan koloni kasar. MI 2 memiliki ukuran koloni kecil, bentuk koloni irreguler dengan warna koloni kuning, elevasi datar, tepian koloni lobate dan permukaan koloni halus mengkilap. Isolat dengan kode MI 3 memiliki ukuran koloni, bentuk, warna dan elevasi yang sama dengan MI 2 hanya saja memiliki tepian koloni endulate dan permukaan koloni yang berkerut. MI 4, MI 5, MI 6, MI 7 dan MI 8 memiliki ukuran bentuk, elevasi, tepian dan permukaan yang sama yaitu ukuran koloni yang kecil bentuk koloni Circular, elevasi koloni datar dengan tepian Entire dan permukaan yang halus mengkilap dan warna koloni yang dimiliki dari keempat isolat tersebut berbeda MI 4, MI 6, MI 7 dan MI 8 memiliki warna koloni kuning sedangkan MI 5 berwarna putih susu. Untuk kode isolat MI 9 memiliki ukuran koloni seperti titik, bentuk koloni circular dengan warna koloni putih, elevasi datar, tepian koloni entire dan permukaan koloni halus mengkilap sedangkan MI 10 memiliki ukuran koloni sedang, bentuk koloni irreguler dengan warna koloni kuning bening, elevasi datar, tepian koloni curled dan memiliki warna koloni yang sama dengan MI 9 yaitu permukaan koloni halus mengkilap 42 Pengamatan mikroskopik sel dapat dilihat pada tabel 1.2. Menunjukkan bahwa salah satu dari 10 jumlah isolat hasil pewarnaan Gram kode isolat MI 1 merupakan bakteri Gram positif dan yang lainnya adalah Gram Negatif. Menurut Pelczar dan Chan (1986) mekanisme pewarnaan gram berdasarkan pada struktur dan komposisi dinding sel bakteri. Bakteri Gram negatif memiliki dinding sel yang tipis dan komposisi lipid yang tinggi yaitu 11-22%. Sedangkan bakteri gram positif memiliki dinding sel yang tebal dan hanya memiliki kandungan lipid sebesar 1-4%. Bakteri Gram negatif memiliki kandungan lipid yang tinggi dan dinding sel yang tipis sehingga ketika mendapat perlakuan alkohol pada proses pewarnaan gram menyebabkan terekstraksinya lipid sehingga memperbesar daya rembes (permeabilitas) dinding sel. Hal ini menyebabkan warna Ungu Kristal-Yodium (UKY) terekstraksi sehingga organisme Gram negatif kehilangan warna tersebut. Sedangkan warna ungu pada bakteri Gram positif setelah mendapat perlakuan pewarnaan gram dikarenakan oleh rendahnya kandungan lipid pada dinding sel sehingga lipid menjadi terdehidrasi selama perlakuan alkohol. Ukuran pori-pori mengecil, permeabilitasnya berkurang dan kompleks UK-Y tidak dapat terekstraksi (Pelczar dan Chan, 1986) Selain itu Pelczar dan Chan (1986) juga menjelaskan bahwa warna merah pada sel bakteri Gram negatif juga disebabkan oleh sedikitnya kandungan peptidoglikan pada dinding sel. Peptidoglikan bakteri Gram negatif mempunyai ikatan silang yang jauh kurang ekstensif dibandingkan dengan yang dijumpai pada dinding bakteri Gram positif. Hal ini menyebabkan pori-pori pada peptidoglikan bakteri gram negatif tetap cukup besar sekalipun setelah perlakuan etanol sehingga 43 memungkinkan terjadi ekstraksi UK-Y pada bakteri gram positif, setelah perlakuan etanol, kompleks UK-Y terperangkap di dalam dinding, yang tampaknya mengurangi diameter pori-pori pada peptidoglikan dinding sel. Pada Tabel 4.2 juga dapat dilihat bahwa bentuk sel isolat bakteri yang diamati memiliki bentuk sel coccus dan bacil. Menurut Dwijoseputro (2005), bakteri memiliki bentuk sel batang (coccus), bulat (bacil), dan bengkok (spiril). Bentuk sel bakteri sangat penting dalam mencirikan morfologi suatu spesies (Pelczar dan Chan, 1986). 2. Identifikasi Molekuler Bakteri Saluran pencernaan Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) Secara umum penggunaan teknik molekuler untuk tujuan identifikasi suatu organisme mempunyai keunggulan yang lebih akurat, lebih cepat, dan untuk mikroba dapat mencakup keseluruhan mikroba termasuk yang “viable but not yet culturable”. Dalam proses identifikasi molekuler mikroorganisme, ada 3 proses utama yang paling dasar yaitu estraksi DNA, ampifikasi dan elektroforesis serta tahap paling penting yaitu sequensing. Pada tahap estraksi terjadi pemisahan benang-benang DNA dengan komponen sel yang lain. Isolasi/estraksi DNA diperoleh dengan cara merusak atau memecahkan dinding sel sehingga DNA akan keluar dari dalam sel. Pada metode boiling, pemanasan tinggi selama beberapa menit akan menyebabkan peningkatan permeabilitas dinding sel yang berakibat pada masuknya cairan dan materi lain di sekitar sel dan keluarnya materi-materi dari dalam sel. Suhu tinggi juga bermanfaat untuk inaktifasi enzim, terutama DN-ase yang dapat merusak DNA. Suhu yang digunakan dan lamanya pemanasan tergantung sampel yang digunakan. Pada 44 penelitian ini, pemanasan dilakukan pada suhu 60oC selama 5 menit seperti yang tertera pada manual prosedur geneaid. Proses estraksi DNA yang dilakukan memacu pada pedoman instruksi manual oleh geneaid dengan menggunakan PrestoTM Mini gDNA Bacteria Kit. Di dalam prosedur manual ini ada beberapa proses penting dalam estraksi yaitu preparasi sampel, lisis sel, pengikatan DNA, pencucian dan elusi. Kit komersial PrestoTM Mini gDNA Bacteria Kit menggunakan prinsip mini column atau fitrasi DNA. Pertama dinding sel dihancurkan. Untuk bakteri gram (+) buffer yang telah ditambahkan lysozyme sedangkan untuk bakteri gram negatif menggunakan gram (-) buffer dan proteinase K. Sel dilysis menggunakan lysis buffer (buffer GSB) Geneaid. DNA diendapkan dengan etanol absolut 96%, difilter dan dicuci dengan washing buffer (buffer W1 atau buffer wash). Terakhir, DNA dilarutkan dalam elution buffer. Estraksi DNA dengan mini column merupakan metode estraksi yang paling umum dilakukan karena hasil yang didapatkan sangat baik dalam waktu yang tidak lama dan biaya yang lebih murah. Bahan yang digunakan pada penelitian ini memiliki fungsi yang berbedabeda. gram (+) buffer yang telah ditambahkan lysozyme berfungsi khusus untuk menghancurkan dinding sel bakteri gram positif, penambahan buffer bertujuan untuk menjaga keadaan pH tetap stabil sehingga DNA tidak rusak selama pengerjaan. Proteinase K yang berfungsi menghancurkan komponen sel (terutama protein) dan gram (-) buffer fungsinya khusus untuk menghancurkan dinding sel bakteri gram negatif. GSB Buffer berfungsi untuk melisiskan sel bakteri. Etanol absolut digunakan untuk mengendapkan atau pemekatan DNA. Wash buffer digunakan untuk 45 membersihkan DNA dan pengotor lain. Marker DNA yang terdapat dalam gel eletroforesis berfungsi untuk mengetahui ukuran DNA hasil ampifikasi dan sebagai penanda posisi molekul DNA yang bermigrasi untuk menentukan perkiraan ukuran basa-basanya. Loading dye berfungsi sebagai pemberat agar tidak keluar dari sumur agar elektroforesis. Etidium bromide sebagai pewarna DNA. 2x KAPA2G Fast Ready Mix PCR Kit merupakan master mix PCR komersial yang didalamnya terkandung Taq DNA Polymerase, PCR buffer, MgCl2, dNTP dan ddH2O. Master mix PCR komersial ini berfungsi sebagai komponen atau campuran DNA template yang akan diampifikasi menggunakan mesin PCR. Primer forward berfungsi untuk meginisiasi sintesis untai DNA dari ujung 5’---------3’ sedangkan primer Reverse berfungsi untuk menginisiasi untai DNA dari ujung 3’--------5’. Hasil isolasi genomik DNA kemudian diamplifikasi dengan PCR sebanyak 40 siklus. Untuk mengetahui ukuran produk hasil ampifikasi maka dilakukan elektroforesis selama 40 menit 100 volt pada gel agarose dengan konsentrasi 2%. Dari hasil elektroforesis ke empat sampel dapat dilihat pada Gambar 4.1. berdasarkan Gambar 4.1 terlihat bahwa proses purifikasi terlihat pita tunggal pada daerah 996bp hal ini mengindikasikan bahwa fragmen gen yang teramplifikasi dengan ukuran 996bp menunjukkan hasil positif, sehingga dapat disimpulkan bahwa proses ampifikasi keempat bakteri saluran pencernaan berhasil dilakukan. Target yang telah dicapai ini cukup untuk melakukan identifikasi spesies bakteri tersebut. Selanjutnya, hasil dikirim PT. Genetika Science Indonesia yang kemudian akan dikirim ke 1 st BASE sequensing INT di Malaysia untuk pemetaan pasang basa yang berhasil 46 diamplifikasi. Hasil yang diperoleh selanjutnya dianalisis pada Gen Bank menggunakan analisis BLAST. Hasil analisis BLAST dari keempat isolat bakteri saluran pencernaan dapat dilihat pada gambar 4.3 menunjukkan bahwa spesies isolat MI 1 adalah bakteri Bacillus cereus strain VITSN04 dengan nilai maximum score 1275, total score 1275, Query coverage 95% dan identities 99%. Spesies isolat MI 5 Kluyvera cryocrescens adalah bakteri strain KUDC1771 dengan nilai maximum score 1727, total score 1727, Query coverage 75% dan identities 97%. Spesies isolat MI 9 Pantoea septica adalah bakteri strain IHB B 1545 dengan nilai maximum score 1692, total score 1692, Query coverage 96% dan identities 99%. Sedangkan Spesies isolat MI 10 Alcaligenes sp. adalah bakteri strain ACS1 dengan nilai maximum score 638, total score 638, Query coverage 82% dan identities 84%. a. Bacillus cereus Bacillus cereus merupakan bakteri yang terlibat dalam pembusukan makanan. Dari hasil penelitian terdahulu, menunjukkan bahwa B. cereus membentuk spesies yang umumnya ditemukan dalam usus hewan dan serangga. Bacillus umumnya diisolasi dari ikan dan krustasea, serta udang dan ditemukan dalam mikroflora insang, kulit dan saluran pencernaan (Cutting, 2006). Menurut penelitian yang dilakukan oleh Mohan dan Palavesam (2012) Bacillus cereus yang diisolasi dari saluran pencernaan ikan menunjukkan aktivitas tertinggi pada kisaran pH 7 dan pada temperatur 37oC sedangkan berdasarkan kandungan lipid di dalam substrat yang menunjukkan aktivitas tertinggi yaitu pada konsentrasi 1%. B. cereus ditemukan memiliki bentuk koloni dengan tepian seperti 47 cambuk atau silia, elevasi rata dan berwarna putih. Menurut Holt dkk., (1994), B. cereus memiliki koloni besar, kasar, datar, tidak teratur dengan tepian seperti cambuk, putih dengan penampilan berbintik-bintik. Variasi lain yaitu tipis dan menyebar, kasar, halus dan padat (Ernawati, 2015) Bacillus cereus adalah bakteri gram positif, berbentuk batang dan termasuk bakteri aerobik atau anaerob fakultatif yang berarti bakteri tersebut tidak memerlukan oksigen atmosfer, namun tumbuh lebih baik dalam lingkungannya, bersifat motil, membentuk spora, dan bakteri tersebut didistribusikan secara luas di lingkungan. B. cereus selalu dikaitkan terutama pada keracunan makanan, dan sering dilaporkan menjadi penyebab infeksi saluran non-gastrointestinal yang serius dan berpotensi fatal (Edwar J, 2010). Menurut NCBI (2016) Klasifikasi dari bakteri Bacillus cereus sebagai berikut: Kingdom : Bacteria Phylum : Firmicutes Class : Bacilli Order : Bacillales Family : Bacillaceae Genus : Bacillus Species : Bacillus cereus b. Kluyvera cryocrescens Kluyvera adalah genus yang relatif baru dalam family Enterobacteriaceae yang jarang menyebabkan infeksi pada manusia. Bakteri tersebut telah diisolasi dari 48 berbagai spesimen klinis, namun signifikasinya belum jelas. Bahkan, telah dianggap sebagai bakteri yang bersifat saprofit, oportunistik, atau patogen. Genus bakteri tersebut diredefinisi pada tahun 1981 (Public Healt England, 2015) Kluyvera telah dilaporkan sebagai hasil kultur dari kelompok Enterik 8 Sejak tahun 1977 dan di sekitar tahun 1978, (B.H.) melihat bahwa reaksi biokimia kelompok Enterik 8 hampir identik dengan sekelompok bakteri yang telah ditemukan di Jepang yang diberi nama Kluyvera kemudian bakteri tersebut dimasukkan ke dalam genus Escherichia. Pada 1 Januari 1980 kemudian dilaporkan Kluyvera sebagai kelompok Enterik 8 dan membandingkan strain yang lainnya dengan strain Kluyvera, atas dasar kemiripan DNA, hibridization, reaksi biokimia dan kerentanan antibiotik, kemudian Kluyvera di kenal sebagai genus baru pada family Enterobacteriaceae dengan dua spesies K. ascorbata dan K. cryocrescens ( J.J. Farmer, 1981). Spesies dari Kluyvera cryocrescens “cryocrescens” berasal dari kata “kryos” menunjukkan kata sifat “cold” dan “crescens” berasal dari bahas latin yang berarti “growing”. Sehingga Kluyvera cryocrescens dikatakan sebagai bakteri yang hanya tumbuh pada suhu dingin karena dapat tumbuh dan melakukan fermentasi glukosa pada suhu 5oC. Kluyvera cryocrescens adalah bakteri gram negatif, bersifat motil, dan memilik tipe flagella peritrik, tumbuh dengan baik pada suhu 37 oC dan beberapa spesies bakteri pula dapat tumbuh antara suhu 25oC – 30oC (Public Healt England, 2015). Menurut Juan C (2001) Bakteri Kluyvera dibedakan dari genus terkait dengan kemampuannya untuk menggunakan sitrat, malonat, lisin dekarboksilasi, dan 49 ornithine untuk menghasilkan sejumlah besar asam ofα-ketoglutarat selama fermentasi glukosa. Kluyvera tumbuh baik dalam media kultur biasa, dan kolonikoloninya hampir mirip dengan Escherichia. Kluyvera hadir dalam lingkungan sebagai organisme yang hidup bebas dalam air, tanah, limbah rumah sakit dan produk makanan yang berasal dari hewan. Pada manusia, biasanya diisolasi dari sputum, urine, dan sampel tinja. Kluyvera juga merupakan bagian dari flora normal pada saluran pencernaan manusia (J.J Farmer, 1981). Menurut NCBI (2016) klasifikasi dari bakteri Kluyvera cryocrescens sebagai berikut: Kingdom : Bakteri Phylum : Proteobacteria Class : Gammaproteobacteria Order : Enterobacteriales Family : Enterobacteraceae Genus : Kluyvera Species : Kluyvera cryocrescens c. Pantoea septica Genus Pantoea bakteri terdiri dari banyak spesies serbaguna yang telah diisolasi dari banyak lingkungan. Pantoea digambarkan sebagai genus sekitar 25 tahun yang lalu tetapi sejak itu, sekitar 20 spesies telah diidentifikasi memiliki keragaman karakteristik berbeda (Alyssa M, 2015). Berdasarkan hasil penelitian B. Austin (2006) menemukan 41 genus kultur bakteri mikroflora yang telah di sequensing menggunakan marka 16s rRNA pada saluran pencernaan dan lendir usus 50 ikan Rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) dan termasuk di dalamnya adalah genus Pantoea dari family Enterobacteriaceae. Bakteri Enterobacteriaceae ditemukan di air, tanah, dan saluran pencernaan manusia dan hewan. Awalan entero- mengacu pada gastrointestinal (GI) saluran. Dengan demikian, nama Enterobacteriaceae menyiratkan bahwa anggota dari family ini adalah bakteri yang memiliki hubungan dengan saluran pencernaan. Pantoea septica merupakan bakteri gram negatif batang pendek tidak memiliki spora, berukuran 0,9 x 1,5 - 3.0 bentuk koloni bulat, cembung dan memiliki permukaan yang halus, bersifat motil, hidup pada kisaran suhu 37oC – 45oC dan termasuk bakteri aerobik, berkoloni tunggal bahkan berpasangan (Carrie Louise, 2008). Menurut NCBI (2016) klasifikasi dari bakteri Pantoea septica sebagai berikut: Kingdom : Bakteri Phylum : Proteobacteria Class : Gammaproteobacteria Order : Enterobacteriales Family : Enterobacteraceae Genus : Pantoea Species : Pantoea septica d. Alcaligenes sp. Alcaligenes sp adalah family dari Alcaligenaceae (De Ley et al., 1986), yang berafiliasi dengan "Betaproteobacteria." Yang berarti genus lain dari family ini, 51 meskipun tidak semua dijelaskan secara resmi sebagai anggota familinya yaitu Achromobacter, Bordetella, Kerstersia, Pigmentiphaga. Alcaligenes sp adalah bakteri Gram negatif, berbentuk batang, bersifat aerobik dan mempunyai tipe flagella peritrik yang memungkinkan untuk bergerak (motil) pada tubuhnya. Dengan diameter 0,5 1,0 um x 0,5 - 2,6 m. Mikroba tersebut tumbuh optimal pada suhu antara 20-37° C (Hans Jurgen, 2006) B. Austin (2006) dalam penelitiannya menemukan bakteri Alcaligenes sp pada ikan yang diisolasi dari danau dan pada ikan laut, Genom DNA telah diisolasi dari isi usus dan lendirnya yang digunakan untuk menghasilkan 104 random klon dan kebanyakan dari bakteri tersebut berafiliasi dengan Proteobacteria (>70% dari total keseluruhan) ini membuktikan bahwa Alcaligenes sp mungkin saja termasuk dalam bakteri mikroflora pada saluran pencernaan ikan walaupun bukan merupakan family Enterobacteriaceae. Menurut NCBI (2016) klasifikasi dari bakteri Alcaligenes sp. sebagai berikut: Kingdom : Bakteri Phylum : Proteobacteria Class : Betaproteobacteria Order : Burkholderiales Family : Alcaligenaceae Genus : Alcaligenes Species : Alcaligenes sp. 52 BAB V PENUTUP A. Kesimpulan Adapun kesimpulan dari penelitian ini adalah sebagai berikut: 1. Jumlah isolat yang didapatkan dari saluran pencernaan ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) adalah 10 jenis. 2. Ciri mikroskopik 4 isolat bakteri yang terpilih MI 1 adalah memiliki ukuran sedang, bentuk Circular, berwarna putih susu, elevasi Flat, tepian Curled dan memiliki permukaan yang kasar. MI 5 memiliki ukuran koloni yang kecil, bentuk Circular, berwarna putih susu, elevasi Flat, tepian Entire dan memiliki permukaan yang halus mengkilap. MI 9 memiliki ukuran koloni seperti titik, bentuk Circular, berwarna putih, elevasi Flat, tepian Entire dan memiliki permukaan yang halus mengkilap. Sedangkan MI 10 memiliki ukuran koloni sedang, bentuk Irreguler, berwarna kuning bening, elevasi Flat, tepian Curled dan memiliki permukaan yang halus mengkilap. Ciri mikroskopik 4 isolat tersebut adalah MI 1 memiliki bentuk sel Basil dengan sifat Gram Positif (+), MI 5, MI 9 dan MI 10 memiliki sifat Gram yang sama yaitu Gram Negatif (-) dengan bentuk sel MI 5 dan MI 9 yaitu Basil dan MI 10 adalah Sterptococcus. 3. Empat nama isolat bakteri yang telah disequensing adalah kode isolate MI 1 adalah spesies Bacillus cereus, MI 5 adalah spesies Kluyvera cryocrescens, MI 9 adalah spesies Pantoea septica dan MI 10 adalah spesies Alcaligenes sp. 53 B. Saran Adapun saran dari penelitian ini adalah sebaiknya pada penelitian selanjutnya dilakukan identifikasi disemua bagian tubuh ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) untuk melihat perbedaan mikroflora yang ada pada bagian tubuh tersebut. 54 KEPUSTAKAAN Achjar, M. Perikanan Darat. Cetakan Ke Sepuluh. Bandung : CV. Sinar Batu, 1986. Affandi, R. 2005. Studi Kebiasaan Makan Ikan Gurami (Osphronemus gouramy Lac.). Jurnal Ilmu-Ilmu Peprairan dan Perikanan Indonesia. 1-5657. Agustono. 2012. “Strategi Bakteri Probiotik Untuk Menekan Pertumbuhan Bakteri Patogen Didalam Pencernaan Kerapu (Chromileptes altivelis) Dengan Memproduksi Beberapa Bakterial Substansi”. Jurnal Ilmiah Perikanan dan Kelautan Universitas Airlangga Vol. 4 (2). Alamsjah, Z. Ichthyologi I. Bogor: Departemen Biologi Perairan. Fakultas Perikanan. Institut Pertanian Bogor, 1974. Alyssa M. “Pantoea: insights into a highly versatile and diverse genus within the Enterobacteriaceae. Federation of European Microbiological Societies, 2015. Angga K. “ Palatabilitas dan pertumbuhan sidat Anguilla marmorata dengan pemberian atraktan tepung Cumi dan tepung udang rebon”. Bogor: IPB, 2013. Aslamyah, Siti. Penggunaan Mikroflora Saluran Pencernaan Sebagai Probiotik Untuk Meningkatkan Pertumbuhan dan Kelangsungan Hidup Ikan Bandeng (Chanos chanos)” Bogor: Institut Pertanian Bogor, 2006. Aslamsyah, Siti dkk. 2009. Mikroflora Saluran Pencernaan Ikan Gurame (Osphronemus gouramy). Jurnal Ilmu Kelautan dan Perikanan Universitas Hasanuddin vol.19 (1). Bambang Sutrisno dan Yuli Purwandari K. “ Lesi patologik organ dan jaringan ikan nila (Oerochromis niloticus) yang diinfeksi bakteri Staphylococcus sp.” Yogyakarta: Universitas Gadja Mada, 2004. Bairagi, A., GK.Sarkar., SK. Sen and AK. Ray. 2004. Evaluation of the nutritive value of Leucaena leucocephala leaf meal, inoculated with fish intestinal bacteria Bacillus subtilus and Bacillus circulans in formulated diets for rohu, Lobeo rohita (Hamilton) fingerlings. Aquaculture Research, 35: 436-446. 55 BKPMD, “Kondisi Geografis wilayah Sulawesi Selatan” http://bkpmd.sulselprov.go.id, 2015 (Diakses tanggal 20 Desember 2015). B. Austin. 2006. “The bacterial microflora of fish”. Journal Science. World J. Vol 6, 931-945. Carrie Louise Brady. “Taxonomic evaluation of the genus Pantoea Based on a multigene approach”. The Faculty of natural and Agricultural Sciences University Of Pritoria. Tesis. 2008. Cheikh Ibrahima. 2015. “Genome sequence and description of Pantoea septica strain FF5”. Journal of Standards in Genomic Sciences. Vol 10:103. Cholik, et al. Pengelolahan Kualitas Air Kolam Ikan. Jakarta: UNFISH dan IDRC, 1986. Clement, K.D. 1997 “Fermentation and gastrointestinal microorganism in fishes”. In: Mackei, R.I., B.A.Withe, R.E.Isaccson (Ed), Gatrointestinal Microbiology, Vol 1, Chapman and Hall Microbiology Series, New York: International Thomson Publishing, pp 156-198. C.N Ariole. 2013. Bacterial Flora Associated with Intestine of Tropical Estuarine Fish Species. Journal of Chemical, Biological and Physical Sciences.Vol. 4, No. 1; 209-215. Conroy, DA. 1966. “A reporton the problem of bacterial fish disease in the Argentina Republic”. Bull. Of int:. Epizootic65 (576) Cutting, S. “Bacterial Spore Formes as Probiotics”. Journal Research and Development. 2006 hal.14 (6). Darmayasa I.B.G. 2008. Isolasi dan Identifikasi Bakteri Pendegradasi Lipid (Lemak) pada Beberapa Tempat Pembuangan Limbah dan Estuari DAM Denpasar. Jurnal Bumi Lestari. Vol 8 (2): 122-127. Djajasewaka,. “Pakan Ikan (Makanan Ikan)”. Jakarta: Yasaguna, 1985. Dunham RA. Aquaculture and Fisheries Biotechnology: Genetic Approach. USA: CABI Publishing Cambridge, 2004. P. 85-99. Edwar J Bottone. “Bacillus cereus, a Volatile Human Pathogen”. Journal of Clinical Microbiology Rev. 2010 Apr; Vol 23(2): 382–398 56 Effendie, M.I. “Biologi Perikanan”. Yogyakarta: Yayasan Pustaka Nusatama, 1997. Ernawati. “Asai Bakteri Potensial Probiotik dari ikan Gurame (Osphronemus gouramy Lac) Dalam Menghambat Pertumbuhan Bakteri Aeromonas hydrophila”. Skripsi. Universitas Sumatera Utara, Medan, 2015. Fardiaz, S. “Petunjuk Laboratorium”.Analisis mikrobiologi Pangan, .Bogor: pusat antar universitas pangan dan gizi, direktorat jendral pendidikan tinggi departemen pendidikan dan kebudayaan, Institute pertanian Bogor, 1992. Farmer JJ III, Davis BR, Hickman-Brenner FW, et al. 1985. “Biochemical identification of new species and biogroups of Enterobacteriaceae isolated from clinical specimens”. Journal Clinic Microbiologi. Vol 21:46-76. Feliatra E dan Suryadi E. 2004.“Isolasi dan Identifikasi Bakteri Probiotik dari Ikan Kerapu Macan (Ephinephelus fuscogatus) dalam Upaya Efisiensi Pakan Ikan”.Jurnal Natur Indonesia. Vol 6(2): 75-80. Gaby Stephani. 2014. “Jumlah total bakteridalam saluran pencernaan ikan gurami (Osphronemus gouramy) dengan pemberian beberapa pakan komersial yang berbeda”. Jurnal Fakultas Perikanan dan Kelautan Universitas Airlangga, Vol: 6 No.1. Ghufran H. “Pakan Ikan Formulasi, Pembuatan dan Pemberian”Jakarta:PT. Perca, 2004. Ghufran H, Kordi K, M.. Panduan Lengkap Memelihara Ikan Air Tawar Di Kolam Terpal. Yogyakarta: ANDI OFFSET, 2010. Hal 142. Hans Jurgen. “Achromobacter, Alcaligenes and Related Genera”. Volume 5: Proteobacteria: Alpha and Beta Subclasses. Springer New York, 2006. Holt JG, Krieg NR, Sneath PH, Staley JT & Williams ST .Bergey’s manual of determinative bacteriology, 9th edition. Baltimore, Md: The Williams & Wilkins Co, Pp 787. 1994. Irfan, Mohkamad. “Isolasi dan enumerasi bakteri tanah gambut di perkebunan kelapa Sawit PT. Tambang hijau kecamatan Tambang kabupaten Kampar”. Jurnal Agroteknologi, Vol. 5 No. 1. 57 Irianto, A. Patologi Ikan Teleostei. Yogyakarta: Gadjah Mada University Press, 2005. Irianto, Koes. Mikrobiologi Jilid 1. Bandung: Yrama Widya, 2006. Jangkaru, Z., R. Djajadireja. “Peneltian ikan mas secara Intensif dalam kolam air deras”. LPPD: Bogor. 1976. Juan C. 2001.“Infections Caused by Kluyvera Species in Humans” Oxford Juornal. Volume (33) 69-74. Khairul Amri, S.Pi, MSi, dan Khairuman, S.P. “Buku Pintar Budidaya 15 Ikan Konsumsi”. Jakarta: Agromedia pustaka, 2008. Kuzmina, W. 1996. Influence of age on digestive enzyme activity insome freshwater teleostei. Aquaculture, 148:25-37. Lesel, R. ”Thermal effects on bacterial flora in the gut of rainbow trout and african catfish”. 1990. In: Lesel, R (Ed): Microbiology in Poecilotherms.Elsevier, Amsterdam, pp 33-38. Naidah, Naing,.“Kearifan Lokal Tradisional Masyarakat Nelayan Pada Pemukiman Mengapung Di Danau Tempe Sulawesi Selatan”Teknosains 1 no. 1 (November 2009): 22. NCBI. “Taxonomy of Bacteria” http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh/68042481 (Diakses pada tanggal 28 Mei 2016). Noguchi et al. 1987. “ Vibrio alginolyticus, a tetrodotoxin-producing bacterium, in the intestines of the fish Fugu vermicularis vermicularis. Journal of Marine Biology Vol 94, hal. 625-630. Micheli MR, Bova R, Pascale E, D’Ambrosio E. 1994. Reproducible DNA fingerprinting with the random and polymorphic DNA (RAPD) method. Journal Nucleic Acid Research Vol 22 (10) : 1921-22. Muhammad, Abdullah Bin. “Tafsir Ibnu Katsir Jilid 1”. Bogor: Pustaka Imam AsySyafi’i, 2004. Murjani. 2009. Budidaya Ikan Sepat Rawa (Trichogaster trichopterus) Dengan Pemberian Pakan Komersil. Skripsi. Fakultas perikanan Universitas lambung mangkurat. Mohan T dan Palavesam A. 2012. Optimization of Lipase by Bacillus Cereus Isolated From Fish Gut. International Conference on Biological and 58 Life Sciences IPCBEE. Singapore. Journal of oceanology singapore. Vol 3(4): 29. Moriarty, D.J.W “Control of luminous Vibrio species in penaeid aquaculture ponds”. 1998 Aquaculture 164: 351-358. Ortanez,A.K. 2008. “Trichogaster sp”. http:// www. fishbase. org/ Summary/ Species Summary. Php (diakses tanggal 2 Juni 2016). Parker, R.B. 1974. “Probiotics, the other half of the antibiotic story”. Journal of Animal Nutrition Health. Vol 29: 109-121. Pelczar, M.J.Jr. and E.C.S. Chan. “Dasar-Dasar Mikrobiologi” (diterjemahkan dari bahasa Inggris oleh Hadioetomo, R.S.,T. Imas, S.S.Tjitrosomo & S.L.Angka). Volume ke-1,2. Jakarta: UI Press, 1986. Pelezar, M.J. and Ried, R.D., “Mikrobiology” London: McGraw-Hill Book Company Inc., New York, Toronto, 1985. Public Healt England. “Identification Of Enterobacteriaceae”. England: Standar Unit Microbiology Services, 2015. Raharjo, M.F. 2007. “Perubahan musiman makanan ikan tiga waja, Otolithers ruberBI,Sch (Pisces: Scianenidae) di perairan pantai mayangan”,Jawa barat. Ichtyos 22 no. 15 (Agustus: 2012): 59-62. Rahayu, W.P.“Teknologi Fermentasi Produk Perikanan”. Bogor : Pangan dan Gizi IPB. 1992. Radiopoetra, Zoologi. Jakarta: Erlangga, 1978. Rasyid, Sulaiman H. “ Fikih Islam”. Bandung: Sinar Baru Algensindo, 1994. Ringo. 1999 “Intestinal microflora of fish larvae and fry” Department of Arctic Veterinary Medicine, Norwegian College of Veterinary Medicine. Aquaculture, Vol. 30, pp.73-93. Ringo E., Strom E. & Tabachek J.- A. 1995. “Intestinal microflora of salmonids: a review”. Aquaculture Research 26, 773—789. Saanin, H. Taksonomi dan Kunci Identifikasi Ikan. Jakarta: Bina Cipta, 1968. Sakata, T. 1990 “Microfora in the digestive tract of fish and shellfish”. In :Lesel, R. (Ed), Microbiology in Poecilotherms, Elsevier, Amsterdam, pp 171176. 59 Samuel, Safran Makmur “Karakteristik Biologi Beberapa Jenis Ikan Introduksi Di Danau Tempe Sulawesi Selatan” KSI-26 (Oktober 2011): 1-2. Schaperclaus, W., 1992 “Fish Disease” Balkema, Roterdam. Journal Vol. 1, A.A. hal. 583. Shawn P. 1997. Diseases of Fish. Disease in Nature part 10 Aquarium.net Article Index (0897).http://www.reefs.org/library/aquarium_net /0897/0897_4.html (Diakses tanggal 21 Desember 2015). Simatupang Nova F. “Karakterisasi Ragam Genetik Ikan Sepat (Trichogaster Pectoralis) Berdasarkan Analisis Rapd (Random Amplified Polymorphic DNA) Dan Morfometrik” Skripsi Fakultas perikanan dan ilmu kelautan. Bogor: Institut Pertanian Bogor, 2012. Stickney R. R. & Shumway S.E. 1974 “Occurrence of cellulase activity in the stomachs of fishes”. Journal of Fish Biology. Vol 6.779—790. Sugita H, Kawasaki J dan Deguchi Y. 1997.“Production of Amylase by the Intestinal Microflora in Cultured Freshwater Fish.Departemen of marine science of Resources, Nihon University, Fujisawa, Kanagawa, Japan. Journal of society for applied bacteriology. Vol 24 (105-108). Sugita H, Miyajima, C dan Deguchi Y. 1991. “ The Vitamin B12 – Producting ability of the intestinal microflora of Freshwater Fish. Journal Aquacultur Vol 92. (267-276). Sugita H,. Takashi, J and Duguchi, Y. 1992. “ Production and Comsumption of biotin by intestinal microflora of cultured freshwater fishes”. Journal Bioscience, Biotechnology and Biocemistry. Vol 86 (1678-1679). Sylvia Y, Muliawan, DR. “Bakteri Anaerob Yang Erat Kaitannya Dengan Problem Di Klinik” Jakarta: Penerbit Buku Kedokteran EGC, 2007. Tamura, et al. 2011. MEGA 5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Using Maximum Likelihood, Evolutionary Distance and Maximum Parsimony Methods. Journal Mol. Biol. vol.10.1093. Tatang, Supandi. “Mikrobiologi Pangan, Teori dan Praktik”. Yogyakarta: C.V Andi Offset, 2014 (hal.61). Tillman, A. D., H. Hartadi,dkk. “Ilmu Makanan Ternak Dasar”. Yogyakarta: Gadjah Mada University Press, 1998. 60 Tengjaroenkul, B., BJ. Smith.,dkk. 2000. “Distribution of intestinal enzyme activities along the intestinal tract of cultured Nile tilapia, Oreochromis niloticus L”. Aquaculture 182: 317-327. Vadstein, O. 1997. “The Use Of Immunostimulation In Marine Larviculture: Possibilities And Challenges”. Jurnal Norwegian University of Science and Technology, Volume 155:401-407. Varvarigos, P. 2001. “Gram positive cocco-bacteria (Micrococcaceae, Streptococcaceae) causing systemic disease in intensive farmed fish in greece”. http://www.vetcare.gr/Gram positive cocci.htm. Waluyo, Lud. Teknik Metode Dasar Mikrobiologi. Malang: Universitas Muhammadyah Malang, 2008. Watanabe K., Sezaki K., Yazawa K. & HinoA. 1992 “Nutritive fortification of the rotifer Brachionus plicatilis with eicosapentaenoic acid-producing bacteria”. Journal Nippon Suisan Gakkaishi Vol 58 (271—27). Watson, K, A., Kaspar, H., Lategan, M.J., Gibson, L. 2008. Probiotics in aquaculture: The need, principles and mechanisms of action and screening processes. Aquaculture, Vol. 274. No.1, pp.1-14. WA Jimoh. 2014. Microbial flora of the gastro-intestinal tract of Clarias gariepinus caught from river Dandaru Ibadan, Nigeria. Sokoto Journal of Veterinary Sciences. Volume 12 (No. 2). Westerdahl A., Olsson J.C., Kjelleberg S. & Conway P.L. 1991. “Isolation and characterization of turbot (Scophthalmus maximus) — associated bacteria with inhibitory effects against Vibrio anguillarum”. Applied and Environmental Microbiology 57,2223—2228. Wiwi Isnaeni. Fisiologi Hewan. Yogyakarta: Kanisius, 2006. Williams JG, et al. 1990. DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers. Journal Nucleic Acids Res Vol 18 (22) : 6531-5. Xue et al. 1999. “ Caracterization of cellulase activity in the digestive system of the redclaw crayfish (Cherax quadicarinatus). Journal of aquaculture. Vol 180 (373-386). Quraish Shihab M. “Tafsir Al-Misbah Cetakan Ke Tujuhpuluh Tiga” Jakarta: PT. Hidakarya Agung, 2004. 61 Yazawa K, et al. 1988. “ Eicosapentaenoic acid productivity of the bacteria isolated from fish intestines”. Journal of Nippon Suisan Gakkaishi Vol 54, hal. 1835-1838. Zonneveld, et al. “Prinsip-prinsip budidaya Ikan”. Jakarta: PT Gramedia, 1991. 62 LAMPIRAN-LAMPIRAN Lampiran 1. Skema Penelitian ESTRAK ORGAN SALURAN PENCERNAAN IKAN ISOLASI BAKTERI MIKROFLORA SALURAN PENCERNAAN IKAN KARAKTERISASI BAKTERI MIKROFLORA SALURAN PENCERNAAN IDENTIFIKASI SECARA MOLEKULER SPESIES BAKTERI MIKROFLORA SALURAN PENCERNAAN 63 Lampiran 2. Alur Kerja Penelitian Dilakukan pengenceran sampai 10-8 dan setiap seri pengenceran 10-1, 10-5 dan 10-8. Dan setiap seri pengenceran ditanam pada media NA dengan metode tuang SAMPEL L Metode Tuang Secara Duplo Pengamatan makroskopik koloni (Bentuk, elevasi dan tepian koloni) dan mikroskopik sel bakteri (bentuk sel dan sifat gram) Isolat-isolat digores kembali pada media NA dengan menggunakan ose bulat STOK BAKTERI IDENTIFIKASI MOLEKULER 64 Lampiran 3. Pewarnaan Gram Bakteri Teteskan isolat dengan Gram B (Iodium) Diamkan selama 1 menit Mencuci dengan aquades mengalir lalu keringkan Memfiksasi isolat Menambahkan Gram A (Kristal Violet) 2-3 tetes Diamkan selama 1 menit Mencuci dengan aquades mengalir lalu keringkan Tambahkan Gram C (Etanol 96%) Diamkan selama 30 detik Mencuci dengan aquades mengalir lalu keringkan Tambahkan Gram D (safranin) Diamkan selama 30 detik Mencuci dengan aquades mengalir lalu keringkan Hasil pengecatan Gram dilihat dibawah Mikroskop 65 Lampiran 4. Alur Kerja Identifikasi Molekuler Bakteri Saluran Pencernaan Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) ISOLAT BAKTERI TERPILIH ESTRAKSI DNA AMPLIFIKASI PCR ( Polymerase Chain Reaction) ELEKTROFORESIS SEKUENSING 66 Lampiran 5. Gambar Pengamatan Makroskopik koloni bakteri dari saluran pencernaan ikan sepat siam (Trichogaster pectoralis) MI 1 MI 2 MI 3 MI 4 MI 5 MI 6 MI 7 MI 8 MI 9 MI 10 67 Lampiran 6. Gambar Pengamatan Mikroskopik sel bakteri dari saluran pencernaan ikan sepat siam (Trichogaster pectoralis) MI 1 MI 2 MI 3 MI 4 MI 5 MI 6 MI 7 MI 8 MI 9 MI 10 68 Lampiran 7. Gambar Perbandingan Urutan Nukleotida Gambar 7.1. Perbandingan urutan nukleotida isolat MI 1 (Query) dengan bakteri Bacillus cereus strain VITSN04 (Subjct) Gambar 7.2. Perbandingan urutan nukleotida isolat MI 5 (Query) dengan bakteri Kluyvera cyocrescens strain KUDC1771 (Subjct) 69 Gambar 7.3. Perbandingan urutan nukleotida isolat MI 9 (Query) dengan bakteri Pantoea septica strain IHB B (Subjct) Gambar 7.4. Perbandingan urutan nukleotida isolat MI 10 (Query) dengan bakteri Alcaligenes sp. ACS1 (Subjct) 70 Lampiran 8. Alat dan Bahan Penelitian Tahap Pembuatan Medium Tahap Isolasi Bakteri Tahap Pewarnaan Gram Tahap estraksi Tahap PCR dan Elektroforesis Tahap Sequensing (dikirim ke 1st BASE sequensing INT di Malaysia) 71 RIWAYAT HIDUP ANDI MARWAH BAKRI, lahir di Soppeng, 30 September 1992. Anak kelima dari 12 bersaudara dari pasangan Drs. H. Andi Muh Bakri dan Hj. Andi Nawirah. Penulis memulai pendidikan Sekolah Dasar di SDN 35 Tajuncu pada tahun (2000-2005). Dan melanjutkan jenjang pendidikan SMP pada tahun (20052008) dan pendidikan SMA pada tahun (2008-2011) di PON-PES YASRIB LAPAJUNG. Setelah itu, pada tahun 2012 penulis dinyatakan lulus pada ujian UMM dan akhirnya melanjutkan jenjang studi pada jurusan Biologi Fakultas Sains dan Teknologi Universitas Islam Negeri Alauddin Makassar. Selama tercatat sebagai mahasiswa Biologi, penulis juga aktif tercatat sebagai anggota bidang Ilmu dan Penalaran HMJ Biologi pada periode 2014 dan tahun 2015 tercatat sebagai Wakil Sekertaris pada periode 2015, serta tercatat sebagai asisten praktikum; Biologi Dasar, Biologi Terapan, Biokimia dan Genetika. 72
