kerangka acuan kerja (terms of reference) kementerian

KERANGKA ACUAN KERJA (TERMS OF REFERENCE)
KEMENTERIAN KELAUTAN DAN PERIKANAN
TAHUN 2017
INOVASI TEKNOLOGI RISET PERIKANAN
BALAI RISET PEMULIAAN IKAN
BADAN PENELITIAN DAN PENGEMBANGAN KELAUTAN DAN PERIKANAN
KEMENTERIAN KELAUTAN DAN PERIKANAN
2017
KERANGKA ACUAN KERJA (TERMS OF REFERENCE) TAHUN 2017
INOVASI TEKNOLOGI RISET PERIKANAN
PEMBENTUKAN VARIETAS IKAN UNGGUL AIR TAWAR
Kementerian Negara/Lembaga
Unit Eselon I/II
:
:
Program
:
Hasil (Outcome)
:
Kegiatan
Indikator Kinerja Kegiatan
:
:
Jenis Keluaran
Volume Keluaran (Output)
Satuan Ukuran Keluaran (Output)
:
:
:
Mendukung Kegiatan
Nasional/Bidang/KKP
Prioritas Nasional
: [ √]
Prioritas
Prioritas Bidang
[
: [
[
]
]
]
: [ ]
[ ]
[ √]
Prioritas KKP
A.
Kementerian Kelautan dan Perikanan
Badan Riset dan Sumber Daya Manusia Kelautan
dan Perikanan/ Pusat Riset Perikanan
Riset dan Sumber Daya Manusia Kelautan dan
Perikanan
Meningkatnya hasil dan layanan riset yang
mendukung kesejahteraan masyarakat KP
Riset Perikanan
Jumlah paket Inovasi Teknologi Inovasi Riset
Perikanan
Inovasi Teknologi Inovasi Riset Perikanan
1 (satu)
Paket
Kesejahteraan Nelayan, Pembudidaya Ikan,
dan Petambak Garam
Industri Perikanan dan Hasil Laut
Program Anggaran Responsif Gender (ARG)
Program
terkait
Mitigasi
Perubahan
Iklim/Adaptasi Perubahan Iklim
(MPI/API)
Kedaulatan (Sovereignty)
Keberlanjutan (Sustainability)
Kesejahteraan (Prosperity)
Latar Belakang
1. Dasar Hukum, Tugas Fungsi/Kebijakan
Berdasarkan Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan Nomor
PER.33/MEN/2011 tanggal 26 September 2011 tentang Organisasi dan Tata
Kerja, Balai Penelitian Pemuliaan Ikan (BPPI) adalah Unit Pelaksana Teknis
(UPT) Kementerian Kelautan dan Perikanan yang berada dibawah Pusat
Penelitian dan Pengembangan Perikanan (dulu bernama Pusat Penelitian dan
Pengembangan Perikanan Budidaya), BPPI berkewajiban untuk mendukung
pencapaian kegiatan penelitian dan pengembangan perikanan. Bentuk
kegiatan yang dilaksanakan adalah penelitian pemuliaan ikan budidaya
melalui seleksi, hibridisasi maupun rekayasa genetika untuk menghasilkan
benih ikan unggul.
Sebagai lembaga penelitian di bidang pemuliaan ikan, salah satu
amanah yang diemban Balai Penelitian Pemuliaan Ikan (BPPI) adalah merakit
varietas atau strain ikan unggul untuk kegiatan budidaya. Pemenfaatan benih
ikan unggul dalam kegiatan budidaya memegang peranan yang sangat besar
dalam menunjang keberhasilan usaha selain faktor pakan atau nutrisi dan
lingkungan. Untuk itu diperlukan upaya perakitan strain unggul untuk
menyediakan induk atau benih unggul yang terjamin kualitasnya.
2. Gambaran Umum
Beberapa tahun terakhir, pertumbuhan produksi budidaya perikanan
meningkat cukup signifikan dalam kurun waktu 5 tahun terakhir, yaitu sebesar
37%. Produksi perikanan didukung oleh penyediaan lahan, benih, input
budidaya seperti pakan, pupuk, obat-obatan, pengelolaan kesehatan ikan dan
lingkungan, serta sistem usaha budidaya.
Dalam rangka peningkatan komersialisasi perikanan budidaya secara
berkelanjutan maka perikanan budidaya di Indonesia membutuhkan teknologi
yang inovatif dari hulu hingga hilir sehingga terjadi peningkatan efisiensi
dalam suatu usaha atau industri perikanan budidaya. Inovasi teknologi yang
efektif dan efisien, berdaya saing tinggi serta berkelanjutan sangat dibutuhkan
untuk meningkatan produksi perikanan budidaya. Teknologi yang inovatif ini
perlu didiseminasikan secara cepat dan tepat kepada masyarakat untuk
segera diaplikasikan dalam usaha yang riil sebagai upaya peningkatan
effisiensinya. Salah satu inovasi yang perlu disediakan adalah ketersediaan
varietas unggul ikan budidaya. Disamping itu, beberapa aspek yang
diharapkan dukungannya adalah infrastruktur, permodalan dan kelembagaan
yang efektif.
Penyediaan varietas ikan unggul dapat ditempuh dengan perbaikan
kualitas genetik varietas ikan yakni dengan program pemuliaan yang meliputi
program seleksi (selective breeding), persilangan (hibridisasi), dan rekayasa
genetika. Penerapan teknik rekayasa genetika ikan di BPPI sejak tahun 2009
telah menunjukkan kemajuan sehingga dapat terus dikembangkan untuk
mendukung pelaksanaan program pemuliaan ikan.
Keunggulan program pemuliaan adalah pada peningkatan produktivitas
dan efisiensi yang sudah sering kali dibuktikan termasuk pada sektor
perikanan (Doupe dan Lymbery, 2003; Fjalestad et al., 2003). Pemuliaan
merupakan pendekatan mendasar sebagai upaya untuk meningkatkan
karakter komersial penting dari spesies budidaya, sehingga pemuliaan
mampu meningkatkan hasil produksi, kelangsungan hidup dan kualitas produk
(Wang et al., 2006). Program pemuliaan pada prinsipnya adalah untuk
memilih hewan unggul sebagai induk pembentuk generasi berikutnya (Rye,
2012).
Pelaksanaan kegiatan penelitian pemuliaan yang dikembangkan di BPPI
dibagi berdasarkan komoditas ikan air tawar, yaitu Komoditas Ikan Patin,
Komoditas Ikan Nila, Komoditas Ikan Mas, Komoditas Ikan Lele, Komoditas
Ikan Gurami dan Komoditas Udang Galah. Pada kegiatan penelitian tahun
2017 ini, masing-masing komoditas melaksanakan satu kegiatan yang
merupakan bagian dari kegiatan utama Penelitian Pembentukan Varietas Ikan
Unggul Air Tawar.
B.
Penerima Manfaat
Penerima
manfaat
utama
dari
keberhasilan
kegiatan
ini
adalah
pembudidaya ikan yang tersebar di berbagai daerah baik di perairan tawar
maupun perairan payau dan laut. Berkembangnya usaha budidaya ikan melalui
ketersediaan induk atau benih unggul akan berdampak pada peningkatan
produksi ikan nasional. Ketersediaan produk biologi unggul juga akan bermanfaat
terhadap usaha perkonomian masyarakat yang terlibat seperti pemasok pakan
ikan dan pedagang ikan serta akan meningkatkan konsumsi ikan masyarakat
secara umum.
C.
Strategi Pencapaian Keluaran
1. Metode Pelaksanaan
a. Sub Kegiatan : Evaluasi Performa Ikan Patin Siam F2 Hasil Seleksi
Pada tahun 2017, kegiatan yang akan dilakukan adalah produksi
masal Ikan Patin Siam F3 dan evaluasi keragaannya sebagai satu bagian
dari rangkaian rilis ikan patin siam hasil seleksi. Sebagai populasi induk
yang akan dipijahkan untuk membentuk F3 adalah populasi induk ikan
patin siam F2 terseleksi yang telah diperoleh pada tahun 2014. Produksi
massal ikan patin siam F3 dilakukan dengan cara memijahkan beberapa
ekor induk betina dan jantan yang kemudian telur dan spermanya dicampur
dan dipijahkan.
1) Pengamatan Pertumbuhan
- Larva hasil pemijahan dipelihara dalam bak fiber (hatchery) selama
±1 bulan (sampai ukuran 1 inchi).
- Setelah benih berumur 1 bulan dipelihara dalam waring berukuran 2 x
2 x 1 m di kolam ukuran 3000 m2 (pendederan 2). Dan setelah umur
5 bulan dipindahkan ke dalam jaring ukuran 3x3x1,5 m2 yang
ditempatkan dikolam 6000m2 (pembesaran).
- Pakan yang digunakan untuk pemeliharaan larva dan benih adalah
naupli Artemia sp., kutu air beku larva umur, Tubifex sp. dan pakan
buatan dalam bentuk remah dengan kandungan protein kasar 40%.
- Pakan buatan diberikan secara at satiation dengan waktu pemberian
3 kali per-hari, pakan buatan dalam bentuk serbuk dengan kadar
protein pakan 38-40% dan pellet dengan kadar protein pakan 30%
- Pakan pembesaran yang diberikan berupa pelet komersial dengan
kadar protein 28% sebanyak 2% bobot biomas per hari atau pakan
dengan kadar protein 36% sebanyak 0,9% bobot biomas per hari.
Pengamatan pertumbuhan dilakukan setiap 1bulan.
- Parameter yang diamati adalah: pertumbuhan patin siam meliputi
panjang total, panjang standar dan bobot rata-rata individu dan FCR.
2) Pengamatan Keragaan Reproduksi
Pengamatan keragaan reproduksi ikan patin siam F3 dimulai pada
saat ikan berumur 6 bulan. Sampel ikan yang diamati sebanyak 10 ekor
betina dan 10 ekor jantan. Pengamatan dilakukan setiap bulan.
3) Uji Organoleptik
Uji organoleptik dilakukan pada ikan patin siam F3 yang masih
hidup dan yang sudah matang. Sebagai pembandingnya digunakan ikan
patin pasupati dan jambal. Ikan yang digunakan adalah ikan ukuran
konsumsi 500-700 g masing-masing sebanyak 25 ekor. Parameter yang
diamati adalah uji mutu hedonik, uji pembeda atribut, edible portion dan
analisa proksimat.
4) Uji Multilokasi
Lokasi yang akan digunakan untuk uji multilokasi adalah Waduk
Jatiluhur-Purwakarta dengan menggunakan keramba jaring apung,
Waduk Darma-Kuningan dengan menggunakan keramba jaring apung
dan di Balai Penelitian Ikan Sukamandi dengan menggunakan kolam
tembok ukuran 50 m2. Ikan uji yang digunakan adalah ikan patin siam
F3 dengan ukuran 4-5 inchi (±20 g). Sebagai pembanding digunakan
ikan patin siam yang berasal dari masyarakat. Ikan diberi pakan berupa
pelet komersial dengan kadar protein 28% sebanyak 3-5% bobot biomas
per hari atau pakan dengan kadar protein 36% sebanyak 0,9% bobot
biomas per hari. Pengamatan dilakukan pada pertumbuhan panjang
total, panjang standar dan bobot rata-rata individu FCR dan SR yang
dilakukan setiap bulan.
5) Uji Ketahanan Penyakit
Ikan uji yang digunakan adalah ikan patin siam F3 ukuran 1 – 2
inci untuk uji tantang secara perendaman dan berukuran 3 – 4 inci uji
tantang melalui penyuntikan. Sebagai pembanding digunakan ikan patin
siam yang berasal dari masyarakat.
Bahan uji: sebagai bahan uji adalah biakan bakteri Aeromonas
hydrophila, sedangkan untuk parasit Ichtiyophtirius multifiliis, berasal
dari ikan yang terserang penyakit “ich” dengan infestasi berat (parah).
Pada uji tantang dengan cara perendaman, perlakuan yang
dicobakan adalah bakteri Aeromonas hydrophylla dengan kepadatan :
A. Kontrol (plasebo), B. 104, C.106, D.108 cfu/ mL. Perlakuan kedua
adalah padat tebar: A. 5 ekor/l, B. 15 ekor/l. Sedangkan pada uji tantang
dengan cara penyuntikan, perlakuan yang dicobakan adalah biakan
bakteri Aeromonas hydrophylla dengan kepadatan : A. Kontrol
(placebo), B.104, C.106, D.108 cfu/ mL melalui penyuntikan secara
intraperitonial.
Pemeliharaan dilakukan dalam wadah akuarium berukuran 25 liter
air. Selama penelitian ikan diberi pakan secara ad libitum. Parameter
yang diamati adalah tingkat serangan penyakit (gejala klinis yang
ditimbulkan) pada ikan uji dan sintasannya.
6) Analisa data
Data yang diperoleh dianalisis dengan Anova yang dilanjutkan
dengan uji Duncan.
b. Sub Kegiatan : Evaluasi Pertumbuhan Ikan Nila Srikandi dengan
Menggunakan Ikan Nila Biru F4
Kegiatan akan dilakukan selama 12 bulan dari bulan Januari sampai
Desember 2017. Persiapan dan pengujian dilaksanakan di Balai Penelitian
Pemuliaan Ikan Sukamandi, sedangkan pembesaran dilakukan di tambak
di wilayah Kabupaten Cirebon. Populasi yang digunakan adalah :

Nw x AuF4
Srikandi 1

Nw x Nw
Nirwana(kontrol internal)

AuF4 x AuF4 Aureus (kontrol internal)

Rn x Rn
(Pembanding)
1) Persiapan Induk
Induk yang digunakan adalah hasil seleksi famili yang dilakukan
tahun 2016 yaitu induk nila Biru F4 serta induk Nirwana dan Nila merah
NIFI. Induk dipilih yang sudah matang gonad dengan melihat performa
fisiknya. Perbandingan induk yang akan digunakan adalah 10 jantan dan
30 betina.
2) Resting dan Pemijahan
Diperlukan enam kolam berukuran 25 m2 untuk resting seluruh
induk yang digunakan. Resting dilakukan selama 2-3 minggu dengan
melihat kesiapan ikan. Selama resting induk diberi pakan berprotein
tinggi (Hi provite, 40 %) dengan penambahan vitamin C dan vitamin E.
Selanjutnya dilakukan ploting dan pemijahan dengan rasio 1:3 atau 10
jantan dan 30 betina. Ploting dilakukan dengan menempatkan ikan pada
bak pemijahan selama 10 hari.
3) Koleksi Benih dan Pemeliharaan
Pemijahan dilakukan selama +10 hari dan dilakukan panen larva
dari ketiga populasi. Jumlah larva yang dibutuhkan pada setiap populasi
minimal 5.000 ekor. Larva ditempatkan dalam bak pemeliharaan indoor
selama satu minggu. Telur yang diperoleh ditempatkan dalam corong
penetasan hingga menetas.
4) Pendederan pertama dan kedua
Pendederan dilakukan di dalam hapa berukuran 2x2 m2 yang
dipasang pada kolam 2.000 m2. Dibutuhkan 3 ulangan hapa untuk setiap
populasi sehingga jumlah total hapa yang digunakan adalah 12 buah.
Pendederan pertama dilakukan selama satu bulan dengan kepadatan
250 ekor/m2. Sedangkan pendederan kedua dilakukan hingga benih
berukuran 5-7 cm dengan kepadatan 125 ekor/m2.
5) Aklimatisasi dan packing benih
Aklimatisasi dilakukan pada bak indoor berukuran 1x2 m2 dengan
kepadatan 2.000 ekor/m2 dengan aerasi kuat. Aklimatisasi dimulai
dengan menyiapkan media bersalinitas 10 ppt. Selanjutnya benih
dimasukkan pada pagi hari untuk menghindari stress. Penambahan
salinitas dilakukan 5 ppt per hari hingga mencapai salinitas 30 ppt dan
dibiarkan selama satu minggu.
6) Persiapan kerangka bambu dan pemasangan jaring
Kerangka bambu disiapan dengan membuat jembatan bambu dan
kerangka bambu untuk jaring tancap sebanyak 12 buah. Selanjutnya
jaring
berukuran
3x5x1
m3
dipasang
pada
kerangka
bambu.
Pemasangan jaring dilakukan seminggu sebelum penebaran benih.
7) Penebaran dan pemeliharaan pada Salinitas 25-30 ppt
Penebaran dilakukan dengan padat tebar 10 ekor/m2 atau 150
ekor per jaring. Masing-masing populasi diulang dengan tiga ulangan.
Pemberian pakan dilakukan sebanyak 2 kali sehari sebanyak 3-5 %
biomassa. Pakan yang diberikan adalah pakan komersil dengan
kandungan protein + 30 %. Pemeliharaan dilakukan selama 5 bulan.
8) Sampling dan analisa data
Sampling dilakukan secara rutin setiap bulan sebanyak 10 % dari
populasi meliputi karakter panjang total, panjang standar, bobot dan
parameter kualitas air. Data dianalisa secara statistik dengan software
minitab-16. Analisa statistik yang digunakan adalah One-way Annova
pada tingkat kepercayaan 95 %. Apabila signifikan dilanjutkan dengan
uji pembanding Tukey’s Pairwise Comparison untuk melihat populasi
mana yang berbeda nyata.
c. Sub Kegiatan : Evaluasi Performa Benih Hasil Seleksi Populasi
Sintetik Ikan Mas Tumbuh Cepat
1) Evaluasi Performa Pertumbuhan Populasi Sintetik Ikan Mas
Tumbuh Cepat
Populasi sintetik
Populasi sintetik merupakan populasi hasil persilangan empat
strain ikan mas hasil koleksi pada kegiatan sebelumnya, yaitu Majalaya
(Bandung), Rajadanu dan Sutisna (Kuningan) serta Wildan (Cianjur).
Persilangan dilakukan secara resiprokal 4x4 sehingga diperoleh 16
kombinasi persilangan (Tabel 1).
Tabel 1. Skema 16 kombinasi pemijahan pembentukan populasi dasar (F0)
komposit ikan mas tumbuh cepat.
Jantan (♂)
Populasi
Majalaya (MJ)
MJxMJ
Rajadanu
(RD)
MJxRD
Rajadanu (RD)
RDxMJ
RDxRD
RDxST
RDxWI
Sutisna (ST)
STxMJ
STxRD
STxST
STxWI
Wildan (WI)
WixMJ
WIxRD
WIxST
WIxWI
Majalaya (MJ)
Betina
(♀)
Sutisna
(ST)
MJxST
Wildan (WI)
MJxWI
Keterangan : MJ (Majalaya), RD (Rajadanu), ST (Sutisna), WI (Wildan)
Pengujian Karakter Pertumbuhan
Sebanyak 25 ekor individu dari setiap kombinasi persilangan
diambil secara acak sebagai ikan uji. Selanjutnya total ikan uji sebanyak
400 ekor dipelihara secara komunal di kolam tanah ukuran 200 m2.
Percobaan dilakukan dengan tiga kali ulangan. Selama tiga bulan
pemeliharaan, ikan diberi pakan buatan komersial dengan kandungan
protein kasar sebesar 28-30%. Pakan diberikan sebanyak dua persen
berat badan per hari dan diberikan dua kali sehari setiap pagi dan sore.
Evaluasi pertumbuhan dengan mengukur panjang (L) dan bobot (W)
semua individu. Sebagai pembanding digunakan populasi tetua yang
digunakan dalam pembentukan populasi sintetik. Jumlah individu yang
hidup pada akhir kegiatan pemeliharaan dihitung untuk menganalisis
nilai sintasan masing-masing populasi.
Parameter dan Analisis Data
Data panjang dan bobot rata-rata individu benih ikan mas diukur
pada akhir kegiatan pembesaran. Jumlah sampel individu pada masingmasing persilangan sebanyak 100 ekor. Sebagai pembanding adalah
populasi keempat strain ikan mas yang digunakan sebagai tetua.
2) Evaluasi Penurunan Sifat Karakter Pertumbuhan Populasi Sintetik
Ikan Mas Tumbuh Cepat
Sebanyak 30 ekor individu jantan dan 30 ekor individu betina dari
setiap kombinasi persilangan diambil secara acak sebagai ikan uji.
Masing-masing individu calon ikan uji tanda (marking) dengan
memotong / mencabut salah satu duri punggung. Individu dalam
populasi yang sama diberi tanda yang sama. Percobaan dilakukan
dengan tiga kali ulangan. Selama enam bulan pemeliharaan, ikan diberi
pakan buatan komersial dengan kandungan protein kasar sebesar 2830%. Pakan diberikan sebanyak dua persen berat badan per hari dan
diberikan dua kali sehari setiap pagi dan sore. Evaluasi penurunan
ragam aditif karakter pertumbuhan dilakukan dengan mengukur panjang
(L), tinggi (H), tebal (T) dan bobot (W) semua individu. Pengukuran
dilakukan dengan mistar hingga ketelitian 1 mm dan penimbangan
menggunakan timbangan digital dengan ketelitian 0,1 g. Pengukuran
dan penimbangan dilakuan 3 kali yaitu pada awal penebaran (L0, H0, T0
dan W0), pada pemeliharaan 3 bulan (L1, H1, T1 dan W1) dan pada
waktu panen (6 bulan) (L2, H2, T2 dan W2). Jumlah individu yang hidup
pada akhir kegiatan pemeliharaan dihitung untuk menganalisis nilai
sintasan masing-masing populasi.
3) Evaluasi Keragaman Genetik (Molekuler) Populasi Sintetik Ikan Mas
Tumbuh Cepat
Evaluasi keragaan genetik molekuler dilakukan untuk mengetahui
keragaman genetik populasi sintetik hasil penggabungan ragam genetik
dari semua tetaua yang digunakan. Pada kegiatan ini, sebanyak 50 ekor
individu benih diambil secara acak dari populasi sintetik sebagai ikan uji.
Analisis keragaan genetik dilakukan dengan menggunakan metode
microsatellite. Primer yang akan digunakan sebanyak 5 jenis yaitu:
Lokus
MFW6
MFW7
MFW9
CCA30
CCA04
Primer (5’-3’)
F13:ACCTGATCAATCCCTGGCTC
R:GTTTGGGACTTTTAAATCACGTTG
F13:TACTTTGCTCAGGACGGATGC
R:GTTTATCACCTGCACATCGCCACTC
F13:GATCTGCAAGCATATCTGTCG
R:GTTTATCTGAACCTGCAGCTCCTC
F:CTGCCTTCTTCTACTCTACAC
R:TTGCCTCTAAGCTTGATTTT
F:ATCCCTTACCGCCCTGTGT
R:AGCTGAAAAACGCTGTCACG
Ukuran
130-219
Annealing
62
Referensi
A
192-262
62
A
92-144
60
A
260-318
50
B
224-258
50
C
Ket: A: (Crooijmans et al.,1997 dalam Yue, et al., 2004)
B: (Aliah et al.,1999 dalam Thai et al., 2007)
C: (Yue, et al., 2004)
Parameter dan Analisis Data
Data
yang
diperoleh
pada
pemeliharaan
populasi
sintetik
digunakan untuk menganalisis beberapa parameter antara lain (1) laju
pertumbuhan, (2) Ragam aditif dari tetua kepada turunanan, (3) Nilai
heritabilitas karakter pertumbuhan populasi sintetik ikan mas, (4) nilai
sintasan populasi sintetik ikan mas dan (5) keragaman genetik populasi
sintetik.
d. Sub Kegiatan : Pembentukan Populasi Generasi Kedua Ikan Lele
Tumbuh Cepat dan Tahan Penyakit Melalui Seleksi
Perakitan strain unggul ikan lele tumbuh cepat dan tahan penyakit
yang dimulai pada tahun 2015 dengan pembentukan populasi dasar (G0)
dan dilanjutkan pada tahun 2016 dengan pembentukan populasi generasi
pertama (G1) telah menghasilkan individu-individu ikan lele tumbuh cepat
dan tahan penyakit hasil seleksi dalam famili (within family selection).
Individu-individu tersebut selanjutnya pada tahun 2017 akan dipijahkan dan
hasil benihnya diuji tantang ketahanannya terhadap penyakit bakterial
menggunakan bakteri Aeromonas hydrophila. Populasi-populasi (famili)
hasil uji tantang yang memiliki daya tahan tinggi dan memiliki keragaan
pertumbuhan yang tinggi selanjutnya diseleksi untuk digunakan sebagai
populasi generasi kedua (G2) ikan lele tumbuh cepat dan tahan penyakit.
Seluruh rangkaian kegiatan tersebut dilaksanakan di unit pembenihan,
perkolaman penelitian dan laboratorium Balai Penelitian Pemuliaan Ikan
(BPPI) Sukamandi.
1) Seleksi Populasi Generasi Pertama Ikan Lele Tumbuh Cepat dan
Tahan Penyakit
Individu-individu dalam populasi generasi pertama ikan lele
tumbuh cepat hasil dan tahan penyakit hasil seleksi yang pada tahun
2016
diseleksi
berdasarkan
keberadaan
gen
MHC
(major
histocompatibility complex). Deteksi marka MHC pada individu-individu
populasi generasi pertama ikan lele tumbuh cepat dilakukan untuk
membentuk populasi induk pembentuk populasi generasi kedua ikan lele
tumbuh cepat dan tahan penyakit. Individu-individu dari populasi
generasi pertama yang tidak memiliki gen MHC digunakan sebagai
populasi pembanding (kontrol). Deteksi keberadaan gen MHC dilakukan
dengan menggunakan metode PCR. Ekstraksi DNA genom dilakukan
dengan menggunakan kit ekstraksi komersial (GeneJet Genomic DNA
Purification, Thermo Scientific). DNA genom hasil ekstraksi selanjutnya
diamplifikasi menggunakan mesin PCR (mycycler, Biorad) dan kit
amplifikasi (faststart PCR master, Roche). Komposisi bahan yang
digunakan untuk proses amplifikasi berupa 10 μL master kit PCR, 1,5
μL primer (30 pmol/ μL), 2 μL DNA genom dan ditambahkan water free
RNAse hingga mencapai total volume 25 μL. Primer yang digunakan
adalah primer spesifik gen MHC class I alel nomor 7 untuk ikan lele
Afrika Clarias gariepinus (kode akses GenBank EU714308), dengan
panjang fragmen 1.000 bp. Proses amplifikasi dilakukan sebanyak 35
siklus dengan denaturasi pada suhu 94oC selama 30 detik, penempelan
primer pada suhu 53oC selama 30 detik dan pemanjangan pada suhu
72oC
selama
1
menit.
Hasil
amplifikasi
dipisahkan
dengan
menggunakan gel agarose (vivantis) 2,0% dalam larutan TBE 1x selama
60 menit pada tegangan 70 volt. Sebanyak 3 μL volume hasil amplifikasi
(amplikon) yang akan dimigrasikan dicampur dengan loading dye 1,0 μL.
Gel diwarnai dengan gelred (biotium) dengan konsentrasi 1 µg/mL. Hasil
elektroforesis DNA divisualisasikan dengan UV transiluminator.
Masing-masing induk populasi generasi pertama terseleksi
(memiliki marka MHC) sebanyak 60 pasang dan sebanyak tiga pasang
populasi kontrol dipijahkan. Pemijahan dilakukan dengan perbandingan
antara jantan dengan betina 2:2, dengan target terbentuk 120 famili.
Proses pemijahan dilakukan secara buatan dengan stimulasi secara
hormonal melalui penyuntikan kombinasi gonadotrophine releasing
hormone analogue dengan domperidone (ovaprim, Syndell Laboratories
Inc., Kanada) sebanyak 0,2 mL/kg induk betina dan 0,1 mL/kg induk
jantan. Pengambilan sperma dan telur mulai dilakukan depalan jam
setelah penyuntikan hormon. Telur dari satu ekor induk betina
difertilisasi dengan sperma dari dua ekor induk jantan, dan sperma dari
setiap induk jantan digunakan untuk membuahi telur dari dua ekor induk
betina. Sebanyak 50 g telur hasil fertilisasi ditetaskan dalam dasar hapa
berukuran 1x0,5x0,5 m (kepadatan telur sekitar 75.000 butir/m2) yang
ditempatkan dalam bak beton di dalam hatchery dengan air media
inkubasi yang tersirkulasi.
Sebanyak 1.000 ekor larva hasil penetasan yang berumur dua hari
dari masing-masing pasangan induk (famili) dipelihara dalam akuarium
berukuran 60x40x40 cm (padat tebar sebesar 30 ekor larva/liter) selama
tiga minggu. Pakan yang diberikan pada saat larva berumur 2-4 hari
berupa nauplii Artemia sp. (Supreme Plus, Golden West, Amerika
Serikat), selanjutnya secara bertahap diganti dengan pakan komersial
dengan kadar protein 60% berbentuk butiran kecil berukuran 0,2-0,3 mm
(Nori, BERNAQUA NV, Belgia), kemudian dilanjutkan dengan yang
berukuran 0,3-0,5 mm (MeM, BERNAQUA NV). Pakan diberikan pada
pagi, siang, sore dan malam hari secara ad libitum.
Sebanyak 500 ekor benih berukuran 2-3 cm hasil pemeliharaan
dalam akuarium dari masing-masing famili selanjutnya dipelihara selama
satu bulan dalam waring-waring berukuran 1x1x1 m. Pakan yang
diberikan selama tahap pendederan berupa pakan komersial dengan
kadar
protein
40%
berbentuk
butiran
berukuran
0,7-0,9
mm
(PRIMAFEED PF500, PT Matahari Sakti, Mojokerto), dilanjutkan yang
berukuran 0,9-1 mm (PRIMAFEED PF800) dan yang berukuran 1,2-1,6
mm (PRIMAFEED PF1000). Pakan-pakan tersebut diberikan pada pagi,
siang dan sore hari secara ad libitum.
2) Pengujian Keragaan Ketahanan Penyakit
Pengujian ketahanan (uji tantang) terhadap penyakit Aeromonas
sp. dilakukan pada benih-benih masing-masing famili populasi terseleksi
yang telah berumur dua bulan. Sebagai pembanding benih-benih
populasi kontrol juga diuji keragaan ketahanan penyakitnya. Pengujian
keragaan ketahanan penyakit tersebut dilakukan melalui uji tantang
skala laboratorium untuk mengetahui keragaan daya tahannya terhadap
bakteri Aeromonas hydrophila. Hasil pengujian ini digunakan sebagai
salah satu dasar penentuan dalam pemilihan famili-famili yang akan
digunakan sebagai populasi generasi kedua. Individu-individu dalam
famili-famili yang menunjukkan keragaan ketahanan penyakit yang tinggi
dipilih sebagai populasi generasi kedua ikan lele tumbuh cepat dan
tahan penyakit pembentuk generasi berikutnya.
Uji tantang ketahanan populasi generasi kedua ikan lele tumbuh
cepat dan tahan penyakit terhadap penyakit Aeromonas hydrophila
dilakukan pada benih masing-masing famili hasil pendederan, dengan
ukuran 6-8 cm. Sebanyak 10 ekor benih uji dari masing-masing famili
diinfeksi dengan penyuntikan bakteri Aeromonas hydrophila secara
intraperitoneal, dengan dosis 108 CFU/mL. Pengamatan tingkah laku,
gejala klinis dan jumlah kematian ikan diamati setiap enam jam selama
satu minggu pengujian. Benih-benih yang mati segera diambil untuk
dilakukan analisis molekuler deteksi keberadaan marka gen MHC class I
alel nomor 7. Pada akhir pengujian, keberadaan marka gen MHC class I
alel nomor 7 pada benih-benih populasi generasi kedua ikan lele tumbuh
cepat dan tahan penyakit yang masih hidup juga dilakukan.
Berdasarkan
hasil
uji
tantang,
famili-famili
yang
memiliki
ketahanan yang tinggi terhadap infeksi bakteri Aeromonas hydrophila
yang ditunjukkan dengan sintasan yang tinggi dipilih sebagai famili-famili
yang digunakan dalam seleksi pembentukan populasi generasi kedua
ikan lele tumbuh cepat dan tahan penyakit. Seleksi tersebut dilakukan
melalui pengujian keragaan pertumbuhan dalam tahap pembesaran.
3) Pengujian Keragaan Pertumbuhan
Famili-famili yang memiliki ketahanan yang tinggi terhadap infeksi
bakteri Aeromonas hydrophila digunakan dalam seleksi pembentukan
populasi generasi kedua ikan lele tumbuh cepat dan tahan penyakit.
Pembentukan populasi generasi kedua ikan lele tumbuh cepat dan
tahan penyakit yang akan digunakan sebagai pembentuk populasi
generasi berikutnya dilakukan melalui proses seleksi famili pada akhir
masa pembesaran berdasarkan keragaan karakter pertumbuhannya.
Sebanyak 200 ekor benih berukuran 6-8 cm hasil pendederan dari
masing-masing famili terseleksi berdasarkan hasil uji tantang dipelihara
selama dua bulan dalam waring-waring berukuran 1x1x1 m. Pakan yang
diberikan selama tahap pembesaran berupa pakan komersial dengan
kadar protein 30% (HI-PRO-VITE 781-1, 781-2 dan 781, PT
Centralpangan Pertiwi, Karawang), diberikan pada pagi dan sore hari
secara ad libitum. Pertumbuhan diamati melalui pengukuran bobot
setiap 20 hari sekali, sebanyak 10% dari jumlah awal penebaran.
4) Seleksi individu dalam famili
Berdasarkan data hasil pengujian keragaan ketahanan penyakit
dan pengujian keragaan pertumbuhan dari masing-masing famili yang
telah diperoleh kemudian dilakukan seleksi terhadap individu-individu
dalam famili-famili yang memiliki kombinasi keragaan pertumbuhan dan
ketahanan penyakit yang bagus (within family selection). Sebanyak 5%
individu-individu dalam famili-famili yang memiliki keragaan tumbuh
cepat dan tahan terhadap penyakit Aeromonas hydrophila dipilih
sebagai populasi generasi kedua yang nantinya akan digunakan
sebagai pembentuk populasi generasi berikutnya. Seleksi tersebut
dilakukan
terhadap
individu-individu
dalam
famili-famili
populasi
terseleksi yang digunakan pada pengujian keragaan pertumbuhan dan
dilakukan pada akhir masa pembesaran. Populasi generasi kedua ikan
lele tumbuh cepat dan tahan penyakit hasil seleksi famili selanjutnya
diberi penanda (tagging) dan dipelihara dalam kolam dengan padat
tebar 10 ekor/m2 hingga matang gonad. Pakan yang diberikan berupa
pakan komersial dengan kadar protein 30% (HI-PRO-VITE 781),
diberikan secara ad libitum pada pagi dan sore hari.
e. Sub
Kegiatan
:
Pembentukan
Strain
Unggul
Ikan
Gurami
Osphronemus gouramy Tumbuh Cepat
1) Pembentukan Populasi F0 Ikan Gurami Tumbuh Cepat
Kegiatan pemuliaan ikan gurami dilakukan di Balai Penelitian
Pemuliaan ikan Sukamandi dimulai tahun 2014. Pada tahun 2014 telah
diperoleh informasi sementara keragaan reproduksi 4 populasi ikan
gurami:Kalimantan Selatan, Jambi, Tasikmalaya, dan Majalengka
sebagai pembentuk populasi dasar sintesis. Ke-4 populasi tersebut telah
diyakini memiliki potensi pertumbuhan yang baik. Hasil Tahun 2014
diperoleh 12 famili sebagai induk pembentuk F0, yaitu famili KK, JJ, MM,
TT, KJ, KM, KT, JK, JM, MK, MJ, dan TJ. Hasil Tahun 2015 diperoleh 7
famili, yaitu: KK, JJ, KM, JK, MK, MT, dan TJ. Hasil Tahun 2016,
diperoleh informasi bahwa ikan gurami jantan maupun betina telah
matang gonad pada umur 23 bulan. Hal itu ditandai dengan perut ikan
gurami betina agak gemuk, tanda berisi telur dan dibuktikan dengan
hasil histologi ikan gurami betina menunjukkan gonad membesar
mencapai ukuran maksimal, inti sel sudah terlihat jelas dan banyak yang
terlihat matang, serta mulai terlihat rongga-rongga tempat pelepasan
telur. Hasil histologi pada jantan ikan gurami yang matang gonad
menunjukkan ukuran sel tampak besar, alur-alur pada testis semakin
jelas dan nyata dan ukurannya mencapai maksimal.
2) Pembentukan Populasi Dasar Sintetik Ikan Gurami
Pembentukan populasi dasar sintetik ikan gurami dilakukan
dengan memijahkan dengan mempersilangkan dari ke-4 populasi (dialel
crossing),
yaitu:
Tasikmalaya.
Kalimantan
Selatan,
Jambi,
Majalengka,
dan
Dari persilangan tersebut diperoleh total 13 famili.
Sembilan famili hibrida dan empat famili galur murni. Ke tiga belas famili
tersebut adalah: KK, JJ, MM, TT, KT, KJ, KM, JK, JM, MK, MJ, MT, dan
TJ. Setiap induk ditag dengan menggunakan “microchip tag’. Sebelum
dipijahkan semua induk dipelihara dalam kolam yang berbeda antara
jantan dan betina untuk tujuan pematangan gonad, sehingga proses
pemijahan dapat terjadi secara serentak.
Induk yang digunakan untuk pemijahan massal adalah induk dari
famili hibrida, yaitu: KT, KJ, KM, JK, JM, MK, MJ, MT, dan TJ.
Penggunaan induk famili hibrida dikarenakan famili hibrida memiliki
diferensial seleksi yang lebih tinggi rata-rata 40,30% dibandingkan famili
galur murni yang rata-ratanya 30,80% (Sularto et al. 2016).
Pemijahan massal dilakukan pada kolam tanah berukuran 200 m3
dengan perbandingan induk 1:2 (betina: jantan) dengan jumlah ikan
sebanyak 30 ekor per kolam. Pemijahan massal dilakukan pada dua
kohort dan satu kontrol. Ikan gurami sulit untuk memijah serempak. Oleh
karena itu, batas toleransi untuk mendapatkan satu kohort adalah jeda
waktu satu minggu. Satu kohort terdiri dari tujuh sampai sepuluh sarang.
Setiap kolam pada pemijahan massal harus memiliki unsur keempat
populasi ikan gurami koleksi, seperti Kalimantan, Jambi, Majalengka,
dan Tasikmalaya. Untuk pemijahan massal control, induk yang
digunakan adalah induk family galur murni hasil seleksi. Berikut ini
adalah persilangan (diallel crossing) dari pemijahan massal, yaitu:
Tabel 1. Pola Persilangan untuk pemijahan massal untuk pembentukan F0
♂
KJ
KM
KT
JK
JM
MK
MJ
MT
TJ
♀
KJ
KM
KT
JK
JM
MK
MJ
MT
TJ
KJX MT
KMX TJ
KTXJM
JKX MT
JMXKT
MKXTJ
MJX KT
MTXKJ
MTXJK
TJXMK
TJXKM
Pemijahan massal dikategorikan dalam satu kohort ketika
pemijahannya dalam rentang waktu satu minggu. Dalam satu kohort
diharapkan ada tujuh sampai 10 sarang. Setiap sarang yang dihasilkan
dalam satu minggu dipelihara. Sarang pemijahan dihitung jumlah telur
yang mati, jumlah telur yang hidup,
derajat pembuahan, derajat
penetasan, dan kelangsungan hidup setelah 8 hari lepas kuning telur.
Setelah itu diambil sebanyak 3000 telur untuk dipelihara selama dua
minggu di hatchery lalu dihitung kelangsungan hidupnya. Setelah itu
didederkan ke kolam beton ukuran 25m2 dengan kepadatan telur 100
ekor/m sampai umur 3 bulan. Tahap pembesaran dilakukan di kolam
tanah berukuran 2000 m dengan mengambil sebanyak 500 ekor setiap
sarang dilakukan secara acak. Diharapkan satu kohort ada 10 sarang,
sehingga ada sekitar 5000 ekor benih pada tiap kohort. Benih tersebut
dinamakan populasi F0 yang akan dipelihara sampai pembesaran.
Seleksi
yang akan dilakukan pada tahap ini adalah seleksi individu
pada umur 9 dan umur 14 bulan.
Tabel 2. Tahapan Seleksi
3000 ekor
Larva di akuarium
2500 ekor benih
Di kolam tembok
2500 ekor
ukuran 0,5 g  10 g
2
Di kolam tembok ukuran 25 m
(umur 3 bulan)
500 ekor (secara acak)
Ukuran 10 g - 250 g
di kolam tanah sampai umur 9
bulan (seleksi individu)
200 ekor
75 g – 250 g
Di kolam tanah (sampai umur
14 bulan)
60 ekor
250 g– 500 g
Di kolam tanah
Seleksi Pertumbuhan 5%
terbaik
50% ♀
50%♂
Seleksi individu akan dilakukan pada umur 9 bulan (sebelum
proses dimorfisme seksual) dan 14 bulan (setelah diketahui jenis
kelamin).
500 g (ukuran konsumsi), dan pada ukuran tersebut ikan
gurami sudah dapat dibedakan antara jantan dan betinanya. Seleksi
akan dilakukan dengan menetapkan sekitar 5% individu terbaik dari
kohort
tersebut
secara
proforsional
berdasarkan
pertimbangan
kecepatan pertumbuhan dan kelangsungan hidupnya. Target kegiatan
seleksi ini akan menghasilkan 100 ekor jantan dan 200 ekor betina
dengan pertumbuhan terbaik. Selain itu juga diambil 50 ekor jantan dan
50 ekor betina dari populasi kontrol yang diambil dari kisaran nilai
tengah populasi. Semua calon induk ditag dan dipelihara hingga
berukuran 2-3 kg/ ekor dalam 2 kolam yang berbeda dengan padat tebar
1-3 ekor/m2. Untuk mengetahui keberhasilan seleksi melalui uji respon
terhadap seleksi dengan cara memijahkan ikan seleksi dan ikan kontrol.
3) Parameter dan Analisis data
Selama masa pemeliharaan, dilakukan pengukuran terhadap
parameter pertumbuhan ikan gurami meliputi panjang total dan bobot
rata-rata individu tiap populasi serta parameter genetik meliputi
komponen keragaman, koefisien variasi dan estimasi nilai heritabilitas
berdasarkan komponen keragaman. Sebagai data pendukung adalah
data kualitas air media pemeliharaan meliputi suhu, pH, amonia, nitrit
dan kandungan oksigen terlarut.
a) Derajat Pembuahan Telur/Fertilization Rate (FR)
Derajat Pembuahan telur dihitung berdasarkan hasil panen telur/
sarang.
Td
FR = ------------------- x 100 %
Nt
Keterangan :
FR = Derajat Pembuahan telur (%)
Td = Jumlah telur yang terbuahi (butir)
Nt = Jumlah telur total (butir)
b) Derajat Penetasan / Hatching Rate (HR)
Tingkat penetasan telur setelah terbuahi / sarang,
Nl
HR = ------------------ x 100 %
Nt
Keterangan:
HR = Derajat Penetasan / Hatching Rate (%)
Nl = Jumlah larva yang dihasilkan (menetas)
Nt = Jumlah telur terbuahi (butir)
c) Sintasan Larva /Survival Rate (SR) Pemeliharaan
Kelangsungan hidup larva masa pemeliharaan
Nt
SR = ------------------ x 100 %
No
Keterangan :
SR = Sintasan larva (%)
Nt = Jumlah benih akhir pemeliharaan
No = Jumlah larva awal tebar
d) Koefisien keragaman (CV) menggunakan rumus :
CV=
................... Singh dan Chaudary (1977)
Keterangan :
SD = standar deviasi
X = rataan populasi
e) Estimasi nilai heritabilitas dalam arti luas (h2)
Estimasi heritabilitas dalam arti luas dilakukan menggunakan
metode analysis of variance (ANOVA) berdasarkan bobot individu
ikan dalam setiap populasi. Varian genotip merupakan nilai
keragaman fenotipik individu dalam populasi yang disebabkan oleh
faktor genetik, sedangkan varian fenotip merupakan keragaman
fenotipik individu dalam populasi yang disebabkan oleh adanya
interaksi antara faktor genetik, faktor lingkungan serta interaksi antara
keduanya. Untuk mengestimasi nilai heritabilitas dalam arti luas,
diperlukan estimasi nilai varian genotip (σ2s) dan varian fenotip (σ2w)
sebagai berikut :
2 s2
h  2
 w   s2
2
f) Estimasi respon seleksi (R)
Merupakan nilai prediksi perbaikan genetik yang diharapkan
terjadi pada generasi berikutnya sebagai akibat kegiatan seleksi yang
dilakukan pada generasi sebelumnya. Nilai respon seleksi diestimasi
menggunakan formula sebagai berikut:
R=
Keterangan:
R = respon seleksi
S = diferensial seleksi
h2 = heritabilitas
Falconer (1981)
g) Standard error (SE) untuk heritabilitas (h2±SE)
Dianalisis dengan metode Becker (1984)
SE =2(1-t)[1+(n-1)t]
Dimana :
t = korelasi intraklas
n = jumlah individu
N = jumlah famili
h) Karakter Morfometrik F0
Analisis keragaman morfologi antar populasi dilakukan melalui
pengukuran secara morfometrik pada umur 9 dan 14 bulan. Umur 9
bulan dipilih karena ikan gurami belum memperlihatkan dimorfisme
seksual,
sedangkan
umur
14
bulan
sudah
memperlihatkan
dimorfisme seksual. Sampel diletakkan di atas kertas tahan air
dengan bagian kepala berada di sebelah kiri. Titik-titik patokan yang
jelas, konsisten dan homolog dari satu sampel ke sampel lain dipilih
di sekitar garis bentuk (outline) tubuh ikan. Delapan buah titik patokan
yang dipilih membagi garis bentuk tubuh ikan menjadi 3 bidang dan
menghasilkan 16 karakter truss. Ikan difoto kemudian diukur
mengunakan program Analysis. Pengukuran jarak antara titik-titik
patokan tersebut, dilakukan menggunakan program Analysis dengan
ketelitian 0,5 mm. Secara lebih jelas titik-titik outliner pada tubuh ikan
disajikan pada Gambar 1.
A2
B1
A5
A1
A3
A6
A4
C1
B4
B2
B5
B3
C5 C4
C2
C3
Gambar 1. Lokasi 16 titik yang ditentukan pada garis luar tubuh ikan untuk
memperoleh data truss morfometrik. Titik-titik landmark mengacu kepada
(1) ujung mulut, (2) dahi, (3) pangkal sirip punggung, (4) pangkal sirip
perut, (5) ujung sirip punggung, (6) ujung sirip anal, (7) pangkal atas sirip
ekor, (8) pangkal bawah sirip ekor.
Berdasarkan titik-titik pada outliner tubuh ikan tersebut,
kemudian dilakukan pengukuran pada 16 karakter truss yang
dibentuk. Deskripsi lebih detail mengenai karakter truss yang
dianalisis disajikan pada Tabel 1.
Tabel 1.Deskripsi 16 karakter truss morphometrik untuk analisis keragaman antar
varietas ikan gurami.
No
No
1
Karakter truss
Truss character
Kepala
Head
Kode
Code
A1
2
A2
3
A3
4
A4
5
A5
6
A6
5
Badan
Body
B1
6
B2
7
B3
8
B4
9
B5
10
Batang Ekor
Caudal fin
C1
11
C2
12
C3
13
C4
14
C5
Deskripsi
Description
Ujung mulut- dahi
End of upper mouth – forehead
Dahi - pangkal sirip punggung
Forehead - origin of dorsal fin
Pangkal sirip punggung- pangkal sirip perut
origin of dorsal fin - origin of abdominal fin
Ujung mulut- pangkal sirip perut
End of upper mouth - origin of abdominal fin
Dahi - pangkal sirip perut
Forehead - origin of abdominal fin
Ujung mulut- pangkal sirip punggung
End of upper mouth - origin of dorsal fin
Pangkal sirip punggung- ujung sirip punggung
Origin of abdominal fin - end of dorsal fin
Ujung sirip punggung- ujung sirip anal
end of dorsal fin- end of anal fin
Pangkal sirip perut - ujung sirip anal
Origin of abdominal fin -end of anal fin
Pangkal sirip punggung- ujung sirip anal
Origin of dorsal fin -end of anal fin
Pangkal sirip perut - ujung sirip punggung
Origin of abdominal fin- end of dorsal fin
Ujung sirip punggung - pangkal atas sirip ekor
end of dorsal fin- End of upper tail
Pangkal atas ,sirip ekor - pangkal bawah sirip ekor
End of upper tail- End of under tail
Ujung sirip anal - pangkal bawah sirip ekor
end of anal fin- End of under tail
Ujung sirip punggung - pangkal bawah sirip ekor
end of dorsal fin- End of under tail
Ujung sirip anal - pangkal atas sirip ekor
end of dorsal fin- End of upper tail
Parameter yang diamati adalah: koefisien keragaman (KK),
proporsi
keragaman,
diagram
pencar,
indeks
kesamaan
menggunakan analisis diskriminan, dan dendogram. Identifikasi
keragaman bentuk antar populasi harus bebas dari bias yang
disebabkan oleh perbedaan ukuran (Imron et al., 2000). Upaya
meminimalkan pengaruh keragaman ukuran mengikuti prosedur
Edge et al. (1991). Analisis komponen utama (Principal Component
Analysis/PCA) atau diagram pencar bertujuan untuk mengidentifikasi
pola keragaman antar varietas (Strauss dan Bond, 1990). Analisis
pengelompokan atau cluster analysis dilakukan sebagai analisis
lanjutan. Analisis ini dilakukan untuk mengetahui pengelompokan
masing-masing populasi dan melihat seberapa jauh perbedaan dan
kemiripan morfologi antar populasi. Analisis komponen utama dan
pengelompokan (clustering) atau dendogram dilakukan dengan
program
Ky plot dan SYSTATT 11. Untuk melihat penyebaran
karakter dilakukan dengan Analisis Kanonical, untuk melihat keeratan
korelasi dengan Analisis Diskriminan. Untuk melihat jarak genetik
antar populasi digunakan program SAS.
i) Karakter Genetik F0
Ekstraksi DNA
Ekstraksi DNA genom sampel sirip ekor ikan gurami populasi
generasi pertama hasil seleksi. DNA genomik dari masing-masing
sampel individu diekstraksi menggunakan kit GenejetTM Genomic
DNA Purification (Fermentas) secara singkat protokol terdiri dari
serangkaian langkah termasuk lisis jaringan, presipitasi DNA,
pengikatan DNA di column, pencucian dan elusi. Lisis jaringan
dilakukan dengan menimbang sekitar 20 mg sampel jaringan dan
memotong dengan pisau bedah menjadi potongan-potongan kecil.
Tambahkan 180 µl Digestion Solution dan 20 µl Proteinase K setelah
itu di vortex selama beberapa detik. Inkubasi sampel pada suhu 56oC
selama 3 jam atau sampai sampel lisis. Setelah itu tambahkan 20µl
Rnase Solution,mix dengan vortex lalu inkubasi 10 menit pada suhu
ruang. Tambahkan 200 µl Lysis Solution lalu vortex selama 15 detik.
Tambahkan 400 µl ethanol 50% lalu vortex. Masukan sampel ke
dalam Column lalu sentrifus selama 1 menit dengan kecepatan 6000
x g. Buang supernatant. Tambahkan 500 µl Wash Buffer I lalu
sentrifus selama 1 menit dengan kecepatan 8000 x g. Buang
supernatant. Tambahkan 500 µl Wash Buffer II lalu sentrifus selama
3 menit dengan kecepatan 12,000 x g. Buang supernatant.
Tambahkan 200µl Elution Buffer , lalu inkubasi selama 2 menit pada
suhu ruang setelah itu sentrifus selama 1 menit dengan kecepatan
8,000 x g. Pindahkan supernatant ke tube 1,5 ml lalu simpan di
freezer -20oC. Pengecekan hasil ekstraksi dilakukan dengan
elektroforesis menggunakan gel agarose 1%.
Amplifikasi DNA dengan metode PCR
Reaksi PCR dilakukan dalam tube PCR 0,2 ml. Untuk menjaga
konsistensi, mastermix PCR yang digunakan adalah khusus untuk
amplifikasi mikrosatelit (Type-It™ Microsatellite, Qiagen). Amplifikasi
1 µL DNA genom hasil ekstraksi bersama dengan masing-masing 1
µL dari 10 pmol primer mikrosatelit (tabel 1), 6µL mastermix dan 6 µL
akuades.
Proses
amplifikasi
dilakukan
dengan
menggunakan
MyCycler™ Thermal Cycler (BioRAD, USA) dengan siklus amplifikasi
berupa inisiasi denaturasi pada suhu 94
o
C selama 3 menit,
dilanjutkan masing-masing sebanyak 30 siklus denaturasi pada suhu
94 oC selama 30 detik, annealing pada suhu yang direkomendasikan
pada tabel 1 selama 30 detik dan ekstensi pada suhu 72 oC selama
30 detik Perpanjangan terakhir adalah pada 72 ˚ C selama 10 menit
dan 4oC selama tak terhingga. Pengecekan hasil amplifikasi PCR
dilakukan dengan elektroforesis menggunakan gel agarose 1,5%.
j) Kualitas Air
Selama pemeliharaan ikan dilakukan pengukuran kualitas air.
Parameter kualitas air yang diamati adalah: suhu, oksigen terlarut
(DO), dan pH yang diukur menggunakan alat Water Quality Checker
(WQC). Parameter lainnya diukur dengan metode standar seperti:
kadar amoniak (SNI 06-6989.30-2005), nitrit (SNI 06-6989.9-2004),
dan nitrat (SNI 06-2480-1991).
4) Analisis data
Produk PCR diskor dan diberi skor 1 dan 0, angka satu
menunjukkan adanya pita DNA sedangkan angka 0 menunjukkan
tidak adanya pita DNA pada tiap marker untuk membuat matrik biner.
Parameter-parameter variabilitas genetik intra dan interpopulasi,
termasuk jumlah allele yang dideteksi (A), observed(O), dan
heterozygositas (HE), Hardy-Weinberg equilibrium (HW) dan fixation
index within population (FIS) yang dihitung menggunakan software
statistical genetic Fstat version 2.9.3. (Goudet, 2001). Jumlah dari
identifikasi alel antara populasi sangat tergantung dari ukuran
sampel. Untuk mengurangi bias dari jumlah alel per populasi sesuai
dengan ukuran sampel, parameter ini disebut dengan allelic richness
(RS) (El Mousadik and Petit, 1996). Perkiraan ini diperoleh dari
Genepop (Raymond and Rousset, 1995). Bagian jumlah variasi
genetik di dalam dan antar populasi dianalisis analysis of molecular
variance (AMOVA) menggunakan software Arlequin (Schneider et al.,
2000). Data-data yang diperoleh dianalisa GLM univariate dengan
menggunakan program SPSS 17.
f. Sub Kegiatan : Perbaikan Mutu Genetik Udang Galah untuk
Meningkatkan Produktivitas
1) Pembentukan Populasi Generasi F2 Udang Galah Tumbuh Cepat
dan Matang Kelamin Yang Lambat
Induk jantan dan betina yang digunakan adalah induk populasi F1
terseleksi, pembanding dan control.Pemijahan untuk mendapatkan
populasi F2 dilakukan secara komunal pada masing-masing populasi
dengan perbandingan 1:1 (1 ekor jantan dan 1 ekor betina) di kolam
pemijahan. Udang diberi pakan komersial (kandungan protein kasar
minimal
26%)
sebanyak
2%
biomassa
dengan
3
kali
waktu
pemberian.Pengecekan induk-induk yang telah memijah dilakukan
dengan pemanenan dan pengamatan secara visual setelah 20 hari
pemijahan. Induk-Induk betina yang telah memijah dan mengerami telur
berwarna kecoklatan dipindahkan ke corong penetasan sampai telur
dilepaskan dari kantung pengeraman (brood chamber).
Induk dengan telur berwarna coklat keabu-abuan dipindahkan ke
dalam bak penetasan berupa bak fiberglas kerucut bervolume 50 liter
air. Larva yang diperoleh disterilkan dengan cara perendaman dalam
larutan formaldehide 200 ppm selama 30 detik. Larva udang galah baik
populasi kontrol maupun populasi seleksi dipelihara dengan kepadatan
50 ekor/liter dalam wadah corong pemeliharaan volume 60 liter pada
media air payau bersalinitas 12 ppt selama 35 hari atau semua larva
telah menjadi PL. Pemberian pakan berupa nauplii Artemia sp. dimulai
dari hari ke dua sampai panen Pasca Larva (PL) dengan frekuensi dua
kali/hari, yaitu pada pukul 08.00 dan 16.00 WIB, sedangkan egg custard
diberikan setelah larva mencapai stadia 7. Egg custard diberikan 3
kali/hari, yakni pada pukul 10.00, 12.00 dan 14.00 WIB.
Pasca larva yang diperoleh dari hasil pembenihan didederkan di
bak pendederan. Proses pendederan dilakukan selama 30 hari dengan
kepadatan 350 ekor/m2. Pakan yang diberikan selama pendederan
adalah pakan pembesaran udang galah (komersial).Pemberian pakan
dengan kandungan protein kasar 38-40%. Pakan diberikan empat kali
sehari dengan feeding rate sebesar 20%.
Proses pembesaran dilakukan selama tiga bulan. Benih berupa
tokolan 2 ditebar dengan kepadatan 10 ekor/m2. Guna memperoleh
data respons seleksi, benih keturunan induk terseleksi dan keturunan
induk kontrol dipelihara pada lingkungan yang sama, yaitu kolam 25 m2.
Pakan komersial dengan kandungan protein kasar minimal 26%
diberikan sebanyak 7% dari bobot biomas per hari dengan tingkat
menurun sejalan dengan peningkatan bobot rata-rata udang.Frekuensi
pemberian diberikan sebanyak 3 kali per hari.Penyesuaian persentase
tingkat pemberian pakan dilakukan secara periodik (tiap bulan) melalui
sampling.Parameter yang diamati pada pendederan dan pembesaran
yaitu FCR (Feed Convertion Ratio), SGR (Specific Growth Rate) dan SR
(Survival Rate).
Setelah masa pemeliharaan, dilakukan pemanenan dan proses
seleksi berdasar pada karakter panjang standar. Proses seleksi
dibedakan antara jantan dan betina. Dari setiap kelompok, diambil
sampel secara acak kemudian dilakukan pengukuran terhadap panjang
standar sehingga diperoleh data distribusi ukuran yang selanjutnya
diurutkan dari nilai terkecil hingga terbesar.Panjang standar udang galah
merupakan jarak antara pangkal mata hingga batas anterior abdomen
(Imron dan Suprapto 2009), seperti terlihat pada Gambar 1.
Gambar 1. Ilustasi pengukuran panjang standar udang galah
Berdasarakan data distribusi ukuran yang telah diurutkan,
ditetapkan batas minimum ukuran udang terseleksi, yaitu 10% individu
jantan dengan keragaan fenotip terbaik dari populasi. Prosedur yang
sama diterapkan untuk memilih calon induk pada individu betina, namun
pada populasi betina diseleksi pada 20% Panjang standar terbaik
kemudian dilanjutkan dengan membagi 2 populasi berdasarkan kelas
kematangan kelamin. Berdasarakan ukuran batas minimum yang telah
diperoleh, dilakukan seleksi terhadap seluruh populasi.
a
b
c
Gambar 2. Pelaksanaan pemilihan individu-individu terseleksi dan kontrol
berdasar pada distribusi panjang standar udang galah pada total populasi.
(a) data distribusi ukuran panjang standar, (b) alat bantu atau stik untuk
menentukan populasi kontrol dan populasi terseleksi, (c) pelaksanaan
seleksi berdasarkan karakter panjang standar
Karakter kematangan kelamin betina di kelompokkan menjadi lima
tipe yaitu : belum matang/Immature Females (IF), betina matang/mature
female(MF), betina bertelur dengan warna telur orange/orange egg
carrying females (OE), betina bertelur dengan warna telur abu-abu/grey
egg carrying females (GE), dan betina yang telah merontokkan
telurnya/open brood chamber (spent) females (OP) (Gambar 3).
Gambar 3.Lima tipe karakter kematangan kelamin betina
Populasi udang galah betina yang telah diseleksi berdasarkan
panjang
standar,
kemudian
diseleksi
lebih
lanjut
berdasarkan
pengkelasan berdasarkan kematangannya. Individu-individu terseleksi
tersebut kemudian dipersiapakan sebagai induk untuk membentuk
generasi berikutnya (populasi F1 udang galah tumbuh cepat dan matang
lambat). Ilustrasi seleksi berdasar panjang standar dan tingkat
kematangan udang galah betina seperti terlihat pada gambar 4.
Gambar 4.Skema seleksi individu untuk menghasilkan populasi udang
galah tumbuh cepat dan matang lambat (dimodifikasi dari Tave. 1995)
Pengujian Bebas MrNV
Skrining akan dilakukan pada induk dan larva udang galah
menggunakan metode RT-PCR protocol untuk menjamin seluruh
prosedur seleksi berjalan dengan biota yang bebas dari MrNV seperti
terlihat pada Gambar5.
Gambar 5. Proses skrining larva dan induk udang galah bebas MrNV
Organ target yang akan dijadikan sampel adalah pleopod, insang,
daging dan hepatopankreas. Sampel selanjutnya diekstraksi dengan kit
komersial Tri Reagent guna memperoleh RNA, melalui tahapan PCR
dan elekstroforesis diperoleh data secara kualitatif dapat dibaca apakah
sampel tersebut positif atau negatif terinfeksi MrNV.
Pengambilan
sampel pada indukan udang galah adalah dengan cara membuat blok
berdasarkan sex sebanyak 9 (sembilan) buah blok untuk betina dan 3
buah blok jantan, masing-masing blok berisi 100 ekor. Setiap blok
diambil 10% untuk dijadikan sampel. Sampel diambil dari organ target
yaitu kaki renang (pleopod) yang selanjutnya dicampur menjadi satu
sampel.
Sedangkan pengambilan sampel pada larva udang galah
adalah dengan cara mengambil sampel acak dari dalam bak
pemeliharaan larva untuk kemudian dicampur menjadi satu sampel.
Tingkat ekspresi RNA MrNV dianalisis menggunakan metode RT–
PCR. Total RNA diekstraksi dari organ target yaitu: pleopod, insang,
hepatopankreas. Ekstraksi RNA dari sampel induk udang galah dengan
menggunakan paket ekstraksi komersial TRI Reagent (Molekuler
Research
Center,
Inc.)
dan
sintesis
cDNA
dilakukan
dengan
menggunakan paket komersial Ready-To-Go You-Prime First Strand
Beads (GE Healtcare), sedangkan ekstraksi RNA dari sampel dengan
menggunakan paket ekstraksi komersial TRI Reagent dilanjutkan
dengan PCR dengan menggunakan paket komersial. Deteksi RNA
MrNV diditeksi dengan menggunakan teknik RT-PCR menggunakan
primer MrNV Forward: 5’-GCG-TTA-TAG-ATG-GCA-CAA-GG-3’ dan
primer
MrNV
Reverse:
5’-AGC-TGT-GAA-ACT-TCC-ACT-GG-3’.
Adapun untuk mendeteksi RNA XSV dideteksi dengan menggunakan
teknik RT-PCR menggunakan primer XSV Forward: 5’-CGC-GGA-TCCGAT-GAA-TAA-GCG-CAT-TAA-TAA-3’ dan primer reverse: 5’-CCGGAA-TTC-CGT-TAC-TGT-TCG-GAG-TCC-CAA-3’.
PCR
baik
MrNV
maupun XSV dilakukan dengan program: 52°C selama 30 menit,
denaturasi 95°C selama 2 menit, diikuti 30 siklus denaturasi 94°C
selama 40 detik, annealing 55°C selama 40 detik dan ekstensi 68°C
selama 1 menit, terakhir dengan perpanjangan ekstensi 68°C selama 10
menit.
Pengecekan
hasil
amplifikasi
PCR
dilakukan
dengan
elektroforesis menggunakan gel agarose 2%.
Perkembangan Larva Udang Galah
Pengamatan perkembangan larva udang galah dilakukan dengan
menghitung indek stadia larva (Larval Stage Indeks/LSI). Pengamatan
stadia larva dilakukan setiap 3 hari sekali,dengan cara mengambil 20
ekor larva pada setiap wadah pemeliharaan untuk diamati. Penentuan
stadia larva berdasarkan morfologi larva sesuai dengan kunci identifikasi
stadia larva udang galah(Gambar 6), (New & Valenti, 2010)
Gambar 6. Perkembangan stadia larva pada udang galah (Macrobrachium
rosenbergii)
Uji Toleransi Benih Udang Galah Terhadap Lingkungan
Pengujian ketahanan Pasca Larva (PL) udang galah dilakukan
dengan rosenbergii De Man) kelas benih sebar.Pengujian dilakukan
pada stoples 10 liter yang diisi air sebanyak 5 liter dengan kepadatan 4
ekor/liter.
Pengujian
ketahanan
benih
dilakukan
dengan
cara
memberikan perubahan yang mendadak, meliputi parameter salinitas,
suhu dan pH air serta pemaparan benih dengan formalin. Benih
mengacu pada SNI Nomor: 01- 6486.2 - 2000 tentang benih udang
galah (Macrobrachium yang sehat mempunyai ketahanan tubuh yang
kuat atau tahan terhadap perubahan tersebut.Metode toleransi benih
terhadap media pH rendah dilakukan dengan menambahkan asam
cuka, sedangkan es digunakan untuk menurunkan suhu media
pengujian.
Pengujian ketahanan benih terhadap salinitas dilakukan dengan
cara memindahkan benih dari air bersalinitas 0 ke salinitas 10, 20, dan
30 ppt secara mendadak, selanjutnya dilakukan pengamatan selama 15
menit. Benih dengan kematian kurang dari 20% dinyatakan toleran.
Pengujian
ketahanan
terhadap
suhu
dilakukan
o
dengan
o
memindahkan benih dari media dengan suhu 28 C–30 C ke media 20
o
C secara mendadak. Pengamatan dilakukan selama 1 jam untuk
menghitung persentase kematian benih. Benih dengan tingkat kematian
kurang dari 20% dinyatakan toleran.
Pengujian
ketahanan
terhadap
pH
dilakukan
dengan
memindahkan benih dari media dengan tingkat kematian kurang dari
20% dinyatakan toleran.
Pengujian ketahanan benih terhadap formalin dilakukan dengan
cara merendam benih ke dalam larutan formalin 250, 500 dan 750 ppm
selama 15 menit, untuk menghitung persentase kematian benih. Benih
dengan tingkat kematian kurang dari 20% dinyatakan tolerandengan pH
7-8 ke media dengan pH 6,5; 5,5 dan 4,5 secara mendadak.
Pengamatan dilakukan selama 15 menit, untuk menghitung prosentase
kematian benih.Benih.
2) Karakterisasi Populasi F2 Udang Galah Tumbuh Cepat dan Matang
Kelamin Lambat Pada Fase Pembesaran
Analisis Keragaman (Heterozigositas) dan Konfirmasi Marka
Terkait Karakter Resistensi Berdasarkan Respons Imun Non
Spesifik
Sampel udang galah yang akan dianalisis adalah GI Macro II dan induk
F2 populasi resisten vibriosis masing-masing sebanyak 60 ekor. Sampel
diawetkan dengan alkohol 70%.
Ekstraksi DNA
DNA genomik dari masing-masing sampel individu diekstraksi
menggunakan kit GenejetTM Genomic DNA Purification (Fermentas)
secara singkat protokol terdiri dari serangkaian langkah termasuk lisis
jaringan, presipitasi DNA, pengikatan DNA di column, pencucian dan
elusi. Lisis jaringan dilakukan dengan menimbang sekitar 20 mg sampel
jaringan dan memotong dengan pisau bedah menjadi potonganpotongan kecil. Sebanyak 180 µl Digestion Solution dan 20µl Proteinase
Kditambahkan setelah itu di vortex selama beberapa detik. Inkubasi
sampel pada suhu 56oC selama 3 jam atau sampai sampel lisis. Setelah
itu tambahkan 20µl Rnase Solution,mix dengan vortex lalu inkubasi 10
menit pada suhu ruang. Sebanyak 200 µl Lysis Solution ditambahkan
lalu vortex selama 15 detik. Sebanyak 400 µl
ditambahkan lalu vortex.
ethanol
50%
Sampel dimasukkan kedalam Column lalu
sentrifus selama 1 menit dengan kecepatan 6000 x g. Supernatant
dibuang. Sebanyak 500 µl Wash Buffer I ditambahkan lalu sentrifus
selama 1 menit dengan kecepatan 8000 x g kemudian supernatant
dibuang. Sebanyak 500 µl Wash Buffer II ditambahkan lalu sentrifus
selama 3 menit dengan kecepatan 12,000 x g kemudian supernatant
dibuang. Sebanyak 200µl Elution Bufferditambahkan, lalu inkubasi
selama 2 menit pada suhu ruang setelah itu sentrifus selama 1 menit
dengan kecepatan 8,000 x g. Supernatant dipindahkan ke tube 1,5 ml
lalu simpan di freezer -20oC. Pengecekan hasil ekstraksi dilakukan
dengan elektroforesis menggunakan gel agarose 1%.
Amplifikasi DNA dengan Metode PCR
Reaksi PCR dilakukan dalam tube PCR 0,2 ml. Untuk menjaga
konsistensi, mastermix PCR yang digunakan adalah khusus untuk
amplifikasi mikrosatelit (Type-It™ Microsatellite, Qiagen). Amplifikasi 1
µL DNA genom hasil ekstraksi bersama dengan masing-masing 1 µL
dari 10 pmol primer mikrosatelit (tabel 1), 6µL mastermix dan 6 µL
akuades.
Proses
amplifikasi
dilakukan
dengan
menggunakan
MyCycler™ Thermal Cycler (BioRAD, USA) dengan siklus amplifikasi
berupa inisiasi denaturasi pada suhu 94 oC selama 3 menit, dilanjutkan
masing-masing sebanyak 30 siklus denaturasi pada suhu 94 oC selama
30 detik, annealing pada suhu yang direkomendasikan pada tabel 1
selama 30 detik dan ekstensi pada suhu 72
o
C selama 30 detik
Perpanjangan terakhir adalah pada 72 ˚ C selama 10 menit dan 4oC
selama tak terhingga.Pengecekan hasil amplifikasi PCR dilakukan
dengan elektroforesis menggunakan gel agarose 1,5%.
Sebanyak 8
primer yang digunakan untuk mengamplifikasi alel-alel yang polymorphik
(Tabel 1).
Tabel 1. Primer mikrosatelit dan suhu annaeling yang digunakan untuk
mengamplifikasi alel-alel mikrosatelit yang polymorphik pada populasi
Macrobrachium rosenbergii (Charoentawee et al, 2006)
No
1
Primer
Mbr 1
2
Mbr 2
3
Mbr 3
4
Mbr 4
5
Mbr 5
6
Mbr 7
7
Mbr 8
8
Mbr 9
9
MRMB
11
Sequence (5'-3')
F:TCCTTTTCACATCGTTTCCAGTC
R: CCCACCATCAATTCTCACTTACC
F: TTCCCGACCAATTTCTCTTTCTC
R: GGCAAAAATGATCTTGGATTCAC
F: CAACTCTATGTTTCGGCATTTGG
R: GGGGAATTTTACCGATGTTTCTG
F: CCACCTACCGTACATTCCCAAAC
R: CGGGGCGACTTTTAGTATCGAC
F: CAAGGCTCGTGTCTTGTTTC
R: GCTTGTACTTGTTCAGCTTTTGC
F: ATAAAAGAGTCGCCAAATGAGCA
R: ATTGGGAATTGTTGACCTCCAAG
F: CGCCATTTGCGTCTATCTCTTAC
R: AACCAGCCGACTTAGACTGTG
F: TTGTTTGCTTGTTTAGTGTCAAGG
R: CTCCAAAACCGAAAAATCCTCAC
F: GACGCTGCCAAAAAGAAAAG
R: ACCGTGCCATTAACTTCCAA
GB
DQ019863.1
TM (˚C)
54
DQ019864.1
54
DQ019865.1
54
DQ019866.1
57
DQ019867.1
52
DQ019869.1
53
DQ019870.1
55
DQ019873.1
52
10
11
12
MRMB
13
MRMB
15
MRMB
16
F: AGGTCGGCCACTTCATTACA
R: CCCCTAAGGACCCAATGAAT
F: GAAAGAGAATAAAGTGGGGAAGAA
R: GGATGTTGATACATTAGAGGCATAGA
F: CTCTTGGACAACCCAAAATCA
R: AATGGGCCACCTCTCCTTAT
Skoring Alel
Produk
PCR
di
analisis
dengan
QIAxcel
multicapilary
electroforesis sistem (Qiagen). Reaksi menggunakan kit QIAxcel DNA
hight resolution kit (Cat No. 929002) dan produk PCR diseparasi
menggunakan metodeOM 750 12-channel Sieving-gel cartridge (GCK
5000). Berdasarkan pada alignment Marker 50 bp-800 bp(cat No.
925256),
dimana
alignment
Marker
berfungsi
untuk
membatasipembacaan nilai aleldan Qx DNA size marker 50 bp- 1 kb
(Cat No. 929526) untuk pembacaan nilai alel, ukuran alel diolah dan
secara
otomatis
dihitung
dalam
base
pair
dengan
software
BioCalculatorTM, terdapat pada QIAxcel sistem dan ditunjukkan sebagai
gambar gel dan elektroforegram.
Analisis Data
Produk PCR diskor dan diberi skor 1 dan 0, angka satu
menunjukkan adanya pita DNA sedangkan angka 0 menunjukkan tidak
adanya pita DNApada tiap marker untuk membuat matrik biner.
Parameter-parameter
termasuk
variabilitas
jumlahallele
yang
genetik
dideteksi
intra
dan
interpopulasi,
(A),
observed(O),
dan
heterozygositas (HE), Hardy-Weinberg equilibrium (HW) dan fixation
index within population (FIS) yang dihitung menggunakan software
statistical genetic Fstat version 2.9.3. (Goudet, 2001).Jumlah dari
identifikasi alel antara populasi sangat tergantung dari ukuran sampel.
Untuk mengurangi bias dari jumlah alel per populasi sesuai dengan
ukuran sampel, parameter ini disebut dengan allelic richness (RS) (El
Mousadik and Petit, 1996). Perkiraan ini diperoleh dari Genepop
(Raymond and Rousset, 1995). Bagian jumlah variasi genetik di dalam
dan antar populasi dianalisis dengan analysis of molecular variance
(AMOVA) menggunakan software Arlequin (Schneider et al., 2000).
Uji Multilokasi
Kegiatan uji multilokasi akan dilakukan untuk melihat performa
budidaya pada fase pembesaran di beberapa lokasi yang berbeda
berdasarkan tingkat ketinggian. Kegiatan uji multilokasi direncanakan
akan dilakukan di BPPI Sukamandi dan BBUG Samas, Jogjakarta.
Analisis data
Analisa terhadaprespons seleksi dan diferensial seleksi pada
karakter bobot dilakukan berdasarkan data pengukuran panjang standar
udang galah pada populasi terseleksi dan populasi kontrol
Diferensial seleksi dihitung berdasarkan perbedaan antara ratarata udang galah yang telah terpilih sebagai induk, dan rata-rata dari
populasi umum.
Respons seleksi, dihitung berdasarkan nilai selisih
rata-rata populasi keturunan induk terseleksi dengan rata-rata populasi
induk kontrol. (Doyle 1980; Hardjosubroto 1994; Tave 1995; Gjedrem
2005; Lewer 2005).
S = Xs – X
S
: Differensial seleksi
X
: Rerata fenotip populasi sebelum seleksi
Xs
: Rerata fenotip induk seleksi (10% top)
h2 =
h2
: Heritabilitas
R : Respons seleksi
S : Differensial seleksi
Perhitungan perkembangan stadia larva (LSI) sesuai dengan
rumus berikut (Nhan. 2009; Mallasen and Vallenti. 2005) :
a,b........k
: Stadia larva, yaitu 1- 11
n1,n2.....nn : Jumlah larva yang terlihat pada stadium yang sama
N
: Jumlah total larva yang diamati
Tingkat kelangsungan hidup udang galah diamati pada saat akhir
pemeliharaan larva udang galah dan dihitung berdasarkan rumus berikut
:
SR : Tingkat kelangsungan Hidup/Survival Rate (SR)
No : Jumlah awal pemeliharaan (ekor)
Nt :Jumlah akhir pemeliharaan (ekor)
Menurut Ponce-Palafoxa (2015) laju pertumbuhan harian dan rasio
konfersi pakan dapat dihitungberdasarkan rumus berikut ini :
SGR = Laju Pertumbuhan Harian/Specific growth rate (%)
Wt = Bobot rata-rata ikan di akhir pemeliharaan (ekor)
W0 = Bobot rata-rata ikan di awal pemeliharaan (ekor)
t = Lama waktu pemeliharaan (hari)
FCR = Food Convertion Ratio
Wo = Berat hewan uji pada awal penelitian .
Wt = Berat hewan uji pada akhir penelitian .
D= Jumlah ikan yang mati
F= Jumlah pakan yang dikonsumsi.
2.
Tahapan dan Waktu Pelaksanaan
a. Sub Kegiatan : Evaluasi Performa Ikan Patin Siam F2 Hasil Seleksi
No
JADWAL RENCANA
OPERASIONAL KEGIATAN
1.
2.
Persiapan
Pengadaan bahan dan
peralatan
Kegiatan penelitian
Evaluasi dan Validasi
Analisis data dan sintesis
Lokakarya/seminar
Laporan
3.
4.
5.
6.
7.
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
b. Sub Kegiatan : Evaluasi Pertumbuhan Ikan Nila Srikandi dengan
Menggunakan Ikan Nila Biru F4
JADWAL RENCANA
OPERASIONAL KEGIATAN
Persiapan
NO
1.
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
- Persiapan proposal
- Survey dan perijinan
- Konsultasi dan studi pustaka
-Persiapan alat dan bahan
-Persiapan tambak dan kolam
-Persiapan induk dan pakan
2.
Pelaksanaan
-Seleksi induk matang gonad
-Resting dan pemijahan
-Pemeliharaan larva
-Pendederan pertama
-Pembesaran di tambak
-Sampling bulanan
3.
Pelaporan
-Analisa data
-Pelaporan bulanan
-Pelaporan akhir
-Seminar hasil
c. Sub Kegiatan : Evaluasi Performa Benih Hasil Seleksi Populasi
Sintetik Ikan Mas Tumbuh Cepat
NO
1.
JADWAL RENCANA
OPERASIONAL KEGIATAN
Persiapan
- Pengadaan bahan
- Persiapan kolam
2.
Pelaksanaan
- Evaluasi pertumbuhan
- Evaluasi pola pewarisan
sifat karakter pertumbuhan
- Evaluasi keragaman
genetik
- Pemeliharaan calon induk
3.
Pelaporan
- Bulanan
- Triwulan
- Semester
- Akhir
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
d. Sub Kegiatan : Pembentukan Populasi Generasi Kedua Ikan Lele
Tumbuh Cepat dan Tahan Penyakit Melalui Seleksi
No
1.



2. 


Bulan ke-
JADWAL RENCANA OPERASIONAL
KEGIATAN
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
Persiapan
Seleksi induk populasi generasi pertama
Pematangan gonad induk
Pengujian keragaan ketahanan penyakit
Pengujian keragaan pertumbuhan
Seleksi individu dalam famili terpilih
Pembesaran lanjutan populasi generasi kedua
hasil seleksi
3.
Analisis data
4.
Laporan
e. Sub
Kegiatan
:
Pembentukan
Strain
Unggul
Ikan
Gurami
Osphronemus gouramy Tumbuh Cepat
NO
1
JADWAL RENCANA
OPERASIONAL KEGIATAN
Persiapan
- Persiapan proposal
- Survey dan perijinan
- Konsultasi dan studi pustaka
-Persiapan alat dan bahan
-Persiapan kolam
-Persiapan induk dan pakan
2
Pelaksanaan
Seleksi induk
-Pemijahan
-Pembenihan, Pendederan, dan
Pembesaran
-Sampling kualitas air
-Karakterisasi benih secara
morfometrik
- Ekstraksi DNA
3
Pelaporan
-Analisa data
-Pelaporan bulanan
-Pelaporan akhir
-Seminar hasil
1
2
3
4
5
6
7
8
9
1
0
1
1
1
2
f. Sub Kegiatan : Perbaikan Mutu Genetik Udang Galah untuk
Meningkatkan Produktivitas
No.
1
2
JADWAL
RENCANA
OPERASIONAL
KEGIATAN
Target/ Realisasi
*)
Persiapan
Studi Pustaka
Dokumen
perencanaan
Pengadaan bahan
(wadah, pakan,
dll)
Pelaksanaan
a. Pembentukan
F2 udang galah
tumbuh cepat dan
matang lambat
Deteksi MrNV
calon induk/benih
F2
Plotting induk
pemijahan
Pemeliharaan
larva ch 1,2,3
Pendederan ch
1,2,3
Uji respon F2
Pembesaran
kolam 200 dan
1000 m2 (3:3
buah ;
seleksi:kontrol)
Seleksi
pembentukan
populasi F2
terseleksi dan
kontrol
Pembentukan
induk di kolam
200 m2
Uji toleransi
lingkungan
Uji multilokasi
Bulan
Bobot
(%)
1
2
3
4
5
20
25
40
75
60
100
80
100
40
60
65
70
6
7
8
9
10
11
75
80
85
90
95
100
20
60
50
50
100
30
60
100
30
60
100
15
15
30
30
b. Karakterisasi
induk
Analisis
keragaman induk
30
60
100
45
45
60
60
75
75
100
100
75
25
25
50
25
25
50
75
25
50
25
50
100
3
100
100
c. Peremajaan
Induk Udang
Galah Asahan,
Bone dan Berau
Ppemeliharaan
larva
Pendederan
Pembesaran
kolam
Pelaporan
Laporan (bulanan
dan Teknis)
12
50
100
30
60
100
80
90
100
10
5
10
15
20
30
40
50
60
70
D.
Waktu Pencapaian Keluaran
Waktu yang diperlukan untuk mencapai keluaran yang diharapkan adalah
12 (dua belas) bulan.
E.
Biaya Yang Diperlukan
Biaya yang dibutuhkan untuk pelaksanaan kegiatan ini adalah Rp.
1.364.784.000,- (Satu milyar tiga ratus enam puluh empat juta tujuh ratus
delapan puluh empat ribu rupiah), dengan rincian per sub kegiatan sebagai
berikut :
a. Sub Kegiatan : Evaluasi Performa Ikan Patin Siam F2 Hasil Seleksi
No
Jenis Belanja/Akun
*)
521211
Belanja Bahan
521213
Honor Output Kegiatan
521811
Belanja Barang Untuk
Persediaan Barang Konsumsi
522141
Biaya (Rp.)
%
247.832.000
45,16
12.500.000
2,28
152.238.000
27,74
Belanja Sewa
14.600.000
2,66
522191
Belanja Jasa Lainnya
49.830.000
9,08
524111
Belanja Perjalanan Biasa
71.760.000
13,08
548.760.000
100
JUMLAH
b. Sub Kegiatan : Evaluasi Pertumbuhan Ikan Nila Srikandi dengan
Menggunakan Ikan Nila Biru F4
No
Jenis Belanja/Akun
*)
521211
Belanja Bahan
521213
Honor Output Kegiatan
521811
Belanja Barang Untuk
Persediaan Barang Konsumsi
522191
Belanja Jasa Lainnya
524111
Belanja Perjalanan Biasa
JUMLAH
Biaya (Rp.)
%
49.360.000
40,27
5.000.000
4,08
50.200.000
40,96
6.000.000
4,90
12.000.000
9,79
122.560.000
100
c. Sub Kegiatan : Evaluasi Performa Benih Hasil Seleksi Populasi Sintetik
Ikan Mas Tumbuh Cepat
No
Jenis Belanja/Akun
*)
521211
Belanja Bahan
521213
Honor Output Kegiatan
521811
Belanja Barang Untuk
Persediaan Barang Konsumsi
522141
522191
Biaya (Rp.)
%
104.750.000
40,13
9.000.000
3,45
103.250.000
39,56
Belanja Sewa
10.000.000
3,83
Belanja Jasa Lainnya
14.000.000
5,36
524111
Belanja Perjalanan Biasa
JUMLAH
20.000.000
7,66
261.000.000
100
d. Sub Kegiatan : Pembentukan Populasi Generasi Kedua Ikan Lele
Tumbuh Cepat dan Tahan Penyakit Melalui Seleksi
No
Jenis Belanja/Akun
*)
Biaya (Rp.)
%
521211
Belanja Bahan
41.532.000
26,40
521213
Honor Output Kegiatan
12.500.000
7,94
521811
Belanja Barang Untuk
Persediaan Barang Konsumsi
83.312.000
52,95
522191
Belanja Jasa Lainnya
8.000.000
5,08
524111
Belanja Perjalanan Biasa
12.000.000
7,63
157.344.000
100
JUMLAH
e. Sub Kegiatan : Pembentukan Strain Unggul Ikan Gurami Osphronemus
gouramy Tumbuh Cepat
No
Jenis Belanja/Akun
*)
Biaya (Rp.)
%
521211
Belanja Bahan
36.460.000
28,58
521213
Honor Output Kegiatan
10.000.000
7,84
521811
Belanja Barang Untuk
Persediaan Barang Konsumsi
59.100.000
46,33
522191
Belanja Jasa Lainnya
10.000.000
7,84
524111
Belanja Perjalanan Biasa
12.000.000
9,41
127.560.000
100
JUMLAH
f. Sub
Kegiatan
:
Perbaikan
Mutu
Genetik
Udang
Galah
Meningkatkan Produktivitas
No
Jenis Belanja/Akun
521211
Belanja Bahan
521213
Honor Output Kegiatan
521811
*)
Biaya (Rp.)
%
72.360.000
49,04
8.000.000
5,42
Belanja Barang Untuk
Persediaan Barang Konsumsi
44.000.000
29,82
522191
Belanja Jasa Lainnya
11.200.000
7,59
524111
Belanja Perjalanan Biasa
12.000.000
8,13
JUMLAH
100
untuk
F.
Justifikasi Kebutuhan Pakan Penelitian
Kegiatan penelitian memerlukan jenis pakan dengan konsistensi kualitas nutrien yang baik, agar performa pertumbuhan ikan
yang dihasilkan dapat lebih optimal. Spesifikasi/syarat umum pakan yang baik antara lain adalah berbentuk normal sebagaimana
dikehendaki dalam proses pabrikasi, tidak hancur jika diproses kembali dalam bentuk pelet atau butiran, tidak menggumpal, tidak
berbau (sebagai indikasi terjadi kerusakan/pembusukan), tidak tumbuh jamur, serta tidak mengandung zat atau bahan berbahaya
bagi kehidupan ikan dan manusia. Berdasarkan hal tersebut, diperlukan merek pakan sesuai dengan yang telah digunakan pada
penelitian tahun sebelumnya karena pakan-pakan tersebut telah menunjukkan hasil yang konsisten terhadap performa
pertumbuhan ikan. Daftar kebutuhan pakan – pakan yang dimaksud adalah sebagai berikut :
No
Jenis Pakan
Kadar
Protein (%)
Kadar
Lemak (%)
Kadar
Serat (%)
Kadar
Abu (%)
Kadar
Air (%)
Sifat
Bentuk
Ukuran
(mm)
1
Pakan Benih Udang Galah
Min 30
Min 6
Maks 3
Maks 12
Crumble
± 0,4 x 0,7
2
Pakan Pendederan Udang
Galah (A)
Pakan Pembesaran Udang
Galah (A)
Min 40
Min 6
Maks 3
Maks 12
Crumble
± 0,7 x 1
Min 30
Min 4
Maks 6
Maks 12
Crumble
±1
4
Pakan Pembesaran Udang
Galah (B)
Min 26
Min 4
Maks 6
Maks 12
Pelet
5
Pakan Larva Ikan
Min 40
Min 10
Maks 8
Maks 12
Serbuk/
Tepung
3
2x3
-
Merek Acuan
Pakan Udang Bintang
581-L
Pakan Udang Bintang
582/Feng Li 2A
Pakan Udang Galah
UG- 801/Irawan 681/
SGH II-P2
Pakan Udang Galah
UG- 802/Irawan
684S/SGH II-P2
Hi-Pro-Vite PS-P
6
Pakan Pendederan Ikan Lele
(A)
Min 33
Min 4
Maks 5
Maks 13
Maks 10
Apung
Pelet
±2
Prima Feed LP1/ Hi
Pro Vite 781-1/
SPLA12-2
7
Min 31
Min 4
Maks 5
Maks 13
Maks 12
Apung
Pelet
±4
Min 28
Min 4
Maks 5
Maks 13
Maks 12
Apung
Pelet
3-5
9
Pakan Pembesaran Ikan Lele
(A)
Pakan pembesaran Ikan Lele
(B)
Pakan Benih Ikan (B)
Min 37
Min 5
Maks 6
Maks 16
Maks 11
Apung
Pelet
±1
10
11
12
13
14
Pakan Pembesaran Ikan (A)
Pakan Pembesaran Ikan (B)
Pakan Induk (A)
Pakan Induk (B)
Pakan Pembesaran/Calin
Min 28
Min 28
Min 36
Min 36
Min 28
Min 4
Min 4
Min 5
Min 5
Min 4
Maks 5
Maks 5
Maks 6
Maks 6
Maks 5
Maks 13
Maks 13
Maks 16
Maks 16
Maks 13
Maks 12
Maks 12
Maks 11
Maks 11
Maks 12
Apung
Apung
Apung
Apung
Tenggelam
Pelet
Pelet
Pelet
Pelet
Pelet
±1
±3
±10
±10
±10
15
Pakan Induk jambal
Min 36
Min 5
Maks 6
Maks 16
Maks 11
Tenggelam Pelet
±10
16
Pakan Pembesaran Ikan Mas
Min 31
Min 4
Maks 5
Maks 13
Maks 12
Apung
±4
Prima Feed LP 3/
SPLA12-3
Hi-Pro-Vite 782/
Prima Feed PI MP3
Prima Feed PF-800/
FF-999-2
Hi-Pro-Vite 779-2 SP
Hi-Pro-Vite 779-3
Prima Feed PF 128
Vitality
SN-3 (Sinta)/ Bintang
888-3
Megami (Protein 3638%) PN07
Hi-Pro-Vite 781/SPLA
12-3
8
Pelet
Subang, Agustus 2017
Kepala Balai Riset Pemuliaan Ikan
Dr. Imron, S.Pi., M.Si.
NIP. 19681022 199903 1 001