PRAKTIKUM PENGANTAR BIOINFORMATIKA

1.Situs ini dikembang oleh NCBI - USA
2.Perkembangan sangat pesat &
pengguna dari situs ini para ahli
molecular biologi & bioinformatika
3.Fasilitas/option sangat luas ( DNA,
protein, Blast, pubmed, tools, struktur
protein dll)
1
1.Situs ini
mengkhususkan
pada protein
database
2.Fasilitas meliputi :
Blast, struktur dll
2
1. Situs ini relatif baru
dibandingkan
NCBI, tetapi
fasilitas yang ada
sangat luas,
termasuk database
microbial dan
eukayotic.
2. Situs ini dilengkapi
dengan map
metabolisme
pathway dari
microbial.
3
1. Situs ini adalah
database/gen bank
versi Eropa khusus
dikembang oleh
bioinformatika di
UK.
2. Fasilitas tools yg
dimiliki sangat
lengkap khususnya
untuk menganalisis
DNA ( Clustal dll) &
protein
3. Di indonesia kurang
populer
dibanbingkan NCBI
4
1. Situs khusus unutk
microbial
database.
2. Banyak digunakan
oleh peneliti biologi
molekuler dibidang
mikroba.
5
Salah satu program
desain primer
secara on line yang
paling populer &
dikembangkan oleh
MIT.
6
Situs khusus untuk
mendowload
program-program yg
terkait dengan studi
moleculer Filogenetik.
Banyak program yang
dapat diakses secara
free.
7
1. Salah satu program
bioinformatika
komersial. Harga dapat
mencapai 25
Juta/program atau sewa
sekitar 1 jt/3 bulan
2. Program sangat bagus
& mudah digunakan
serta memiliki koneksi
dengan gen bank.
3. Dengan program ini kita
dapat mengakses gen
bank & menganalisis
DNA, protein secara
terintegrasi
8
1. Situs freeware
program molecular
biology & program
bioinformatika yg
terbaru dapat
diperoleh di situs ini
9
10
Pencarian gen, ketik : linamarase
Output : gen linamarase
Informasi gen
linamarase
Ditampilkan secara lengkap
Urutan lengkap protein linamarase
Urutan lengkap
gen linamarase (1859 basa)
1.Pilih database
2.Ketik H5N1
3.Output : informasi
tentang PubMed,
nucleotida, protein
dan 3D Domain
struktur dll
Pilih database
1.
Pilih genome
2.
Pilih influeza virus resouces
Pilih sesuai pencarian
Output virus H5N1 asal
daerah di Indonesia