DAFTAR ISI Halaman ABSTRAK
advertisement
DAFTAR ISI Halaman ABSTRAK …………………………………………………………........ i KATA PENGANTAR ………………………………………………...... ii DAFTAR ISI ………………………………………………………......... v DAFTAR TABEL ……………………………………………………..... vii DAFTAR GAMBAR ………………………………………………….... viii DAFTAR LAMPIRAN ………………………………………………..... x BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang ……………………………………………...... 1 B. Rumusan dan Batasan Masalah …………………………........ 4 C. Tujuan Penelitian …………………………………………...... 5 D. Manfaat Penelitian ..………………………………………….. 5 BAB II PEMANFAATAN PENANDA RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA DALAM KERAGAMAN GENETIK BURUNG ANALISIS FAMILI COLUMBIDAE A. Famili Columbidae …………………………........................... 6 1. Streptopelia chinensis (Tekukur) ……................................. 7 2. Streptopelia bitorquata (Puter) ………................................. 8 3. Columba livia (Merpati) ………........................................... 8 4. Geopelia sinensis (Perkutut) ………..................................... 10 B. Penanda Genetik ……………………………………………... 11 C. Polymerase Chain Reaction (PCR) ………………….……..... 13 D. Elektroforesis .……………………………………………....... 16 E. Penanda RAPD .…………….................................................... 19 F. Aplikasi Penanda RAPD ……………………………………... 21 v BAB III METODOLOGI PENELITIAN A. Jenis Penelitian ……………………………………………..... 24 B. Objek Penelitian …………………………………………....... 24 C. Lokasi dan Waktu Penelitian ..……………………………...... 24 D. Langkah Penelitian …………….………................................... 25 1. Isolasi DNA Darah .……………………......…………..... 25 2. Karakterisasi DNA Hasil Isolasi….…………......………. 26 3. Optimasi Kondisi PCR ……………....…………….......... 27 4. Seleksi Primer ………………………....……………........ 27 5. Amplifikasi DNA dengan Penanda RAPD ……..……….. 28 6. Elektroforesis DNA Hasil PCR…………………......….... 29 7. Analisis Data ….……………………………......……….. 30 8. Alur Penelitian …………………………......………......... 32 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. Hasil Isolasi DNA ……………………………………............. 33 B. Amplifikasi DNA dengan PCR-RAPD ………………………. 35 1. Optimasi Kondisi PCR ………………………………... 35 2. Seleksi Primer……………………………………….…. 37 3. Amplifikasi DNA dengan Primer A10 dan A18 ............ 38 4. Perhitungan Nilai Polymorphism Information Content 45 (PIC) ………………………........................................... 5. Keragaman Genetik pada Burung .................................. 45 BAB V KESIMPULAN ......................................................................... 52 DAFTAR PUSTAKA ………………………………………………...... 53 LAMPIRAN ………………………………………………………......... 59 RIWAYAT HIDUP ………………………………………………......... 75 vi DAFTAR TABEL Tabel Halaman 2.1. Karakteristik gel agarosa dan poliakrilamid ............................. 18 3.1. Urutan Primer RAPD Kit OPA1-OPA20 ……………............. 28 4.1. Ukuran pita DNA pada setiap spesies hasil amplifikasi primer OPA10 dan OPA18 ……………………………………........... Jumlah pita total dan pita polimorfik hasil amplifikasi primer 4.2. OPA10 dan OPA18………………………................................ vii 44 44 DAFTAR GAMBAR Gambar Halaman 2.1. Burung tekukur ………………………………………………. 7 2.2. Burung puter …………………………………………………. 8 2.3. Burung merpati ………………………………………………. 9 2.4. Burung perkutut ……………………………………………… 10 2.5. Tahap-tahap reaksi PCR ……………………........................... 15 2.6. Tahapan kerja elektroforesis ..................................................... 17 2.7. Ilustrasi penanda RAPD ........................................................... 20 3.1. Alur penelitian .......................................................................... 32 4.1. Hasil elektroforesis isolasi DNA burung Famili Columbidae .. 34 4.2. Hasil elektroforesis isolasi DNA burung Famili Columbidae setelah dilakukan pengenceran ………………......................... 4.3. Hasil elektroforesis mix PCR dengan kandungan dNTPs dan MgCl2 yang berbeda-beda ………………………..………….. 4.4. 35 36 Elektroforegram pada primer A10 yang memperlihatkan perbandingan pola pita sampel DNA burung Famili Columbidae ............................................................................... 4.5. Skema elektroforegram pada primer A10 39 yang memperlihatkan perbandingan pola pita sampel DNA burung Famili Columbidae ................................................................... 4.6. 40 Elektroforegram pada primer A18 yang memperlihatkan perbandingan pola pita sampel DNA burung Famili Columbidae ............................................................................... 4.7. Skema elektroforegram pada primer A18 42 yang memperlihatkan perbandingan pola pita sampel DNA burung Famili Columbidae ................................................................... viii 43 4.8. Dendogram primer A10 pada 24 DNA burung Famili Columbidae dengan nilai kesamaan genetik Nei & Li antara 0–1 …………………………………….................................... 4.9. 47 Dendogram primer A18 pada 24 DNA burung famili Columbidae dengan nilai kesamaan genetik Nei & Li antara 0–1 …………………………………........................................ 4.10. 48 Dendogram primer A10 dan A18 pada 24 DNA burung Famili Columbidae dengan nilai kesamaan genetik Nei & Li antara 0–1 .................................................................................. ix 49 DAFTAR LAMPIRAN Lampiran Halaman I Alat dan bahan yang digunakan dalam penelitian …... II Protokol pembuatan larutan yang digunakan dalam 59 penelitian …………………………………………….. 62 III. Data matriks hasil amplifikasi primer RAPD ……….. 67 IV Nilai PIC dari primer RAPD ………………………… 69 V Nilai kesamaan genetik dari primer RAPD ................. 71 x
