Profil DNA 10 aksesi tanaman obat sambiloto dari

Disampaikan pada SEMINAR PERHIPBA 2011, Solo 9-10 November 2011
Profil DNA 10 aksesi tanaman obat
sambiloto dari Pulau Kalimantan
Juwartina Ida Royani, Dudi Hardianto,
Siti Zulaeha dan Dwi Rizkyanto Utomo
Balai Pengkajian Bioteknologi
Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi
Latar Belakang
Industri obat modern
Hanya 10% tanaman obat
yang baru dibudidayakan
Pengambilan tanaman obat
dari habitat aslinya, hutan
dan pekarangan masyarakat:
punahnya plasma nutfah
Simplisia terstandar
GACP for
medicinal plants
spesies yang sama dapat memperlihatkan perbedaan
yang signifikan pada kualitas kandungan senyawa
aktifnya ketika tumbuh pada kondisi berbeda
Karakterisasi tanaman obat
Penanda molekuler didefinisikan sebagai segment khusus dari DNA yang
merepresentasikan perbedaan pada tingkat genom (Agarwal et al., 2008)
fragmen DNA yang terkait dengan bagian dari genom yang membawa
gen yang bertanggung jawab untuk suatu sifat (Bagali, et al. 2010)
sangat akurat karena dapat memberikan informasi polimorphisme
sebagai suatu komposisi genetik yg unik pada tiap spesies
tidak bergantung pada umur dan kondisi fisiologi seperti faktor
lingkungan
sifatnya yang stabil dan dapat mendeteksi di semua jaringan tanpa
membedakan fase pertumbuhan, diferensiasi, perkembangan tanaman,
efek pleiotropik dan efek epistatik
Mengevaluasi keragaman genetik tanaman
Mengetahui perubahan keanekaragaman
genetik dari waktu ke waktu
Mengevaluasi sumber genetik baru yang potensial
Mengidentifikasi genotif tanaman yang unggul
Mengkonstruksi peta genomic gen fungsional
Pendaftaran plasma nutfah
Identifikasi varietas
Penentuan sidik jari DNA pada tanaman
Perlindungan hak kekayaan intelektual
Teknik ISSR mendeteksi
polimorphisme pada lokus
microsatellites dan
intermicrosatellites tanpa terlebih
dahulu mengetahui urutan DNA
Biaya murah, lebih efisien, sederhana
pengoperasiannya, akurat, prosesnya cepat,
tinggi polimorphisme yang didapat, stabil,
dapat dipercaya dan mudah diulang
Salah satu dari 9 tanaman
obat yg potensial untuk
Efek farmakologi dari sambiloto
dikembangkan
Sambiloto
•
Tanaman ini kemudian menyebar ke daerah tropis
Asia hingga sampai di Indonesia.
Penyebaran tanaman sambiloto di Indonesia
dapat dilihat dari nama sambiloto yang berbedabeda pada tiap daerah.
Menurut data spesimen yang ada di Herbarium
Bogoriense di Bogor, sambiloto sudah ada di
Indonesia sejak 1893
68 DNA profil tanaman sambiloto dari pulau
Sumatera, Jawa, Bali dan NTB telah didapatkan
Tujuan:
Mendapatkan DNA profil 10
aksesi tanaman sambiloto
dari Pulau Kalimantan
Bahan & Metode
Bahan yang digunakan adalah 10 aksesi tanaman sambiloto hasil
sampling dari beberapa daerah di Kalimantan
1
3
Kel.Sungai Ulin Kec. Banjarbaru Utara Kotamadya
Banjar Baru
Kel. Loktabat Selatan Kec. Banjarbaru Selatan
Kotamadya Banjar Baru
Kel. Angsau Kec. Pelaihari Kab. Tanah Laut
4
Kel. Atu-atu Kec. Pelaihari Kab. Tanah Laut
5
Kel. Rangda Malingkung Kec. Tapin Utara Kab. Tapin
6
Kel. Rantau Kiwa Kec. Tapin Utara Kab. Tapin
7
Ds. Harapan Masa Kec. Tapin Selatan Kab. Tapin
8
Kel. Kandangan Utara Kec. Kandangan Kab. Hulu
Sungai Selatan
Desa Padang Kec. Padang Batung Kab. Hulu Sungai
Selatan
Kelurahan Selat Hulu, Kecamatan Selat, Kabupaten
Kuala Kapuas
2
9
10
S 03.26.468
114.51.076
S 03.27.210
114.48.974
S 03. 47.960
114.47.169
S 03.47.897
114.47.422
S 02 56.022
115.09.223
S 02.55.402
115.10.199
S 02.55.406
115.10.185
S 02.46.538
115.15.975
S 02.49.119
115.17.276
S 0024358 E
10115900
E
44
Pekarangan masyarakat
E
50
Pekarangan masyarakat
E
39
Pekarangan masyarakat
E
37
Pekarangan masyarakat
E
16
Pekarangan masyarakat
E
20
Pekarangan masyarakat
E
31
Pekarangan masyarakat
E
38
Pekarangan masyarakat
E
38
Kebun
22
Kebun PKK Propinsi
Bahan & Metode
10 Aksesi sambiloto dari pulau Kalimantan
Isolasi DNA genom tanaman sambiloto dengan metode
modifkasi CTAB
Amplifikasi DNA genom sambiloto dengan primer
ISSR : SBLT2, SBLT3, SBLT5, SBLT13 & SBLT15
Visualisasi produk amplifikasi dengan gel
elektroforesis
DNA profil 10 aksesi dari pulau
Kalimantan
Hasil Penelitian
Primer SBLT2
Pada amplifikasi 10 aksesi dengan menggunakan primer
SBLT2 terdapat pita-pita dengan jumlah yang berbeda pada tiap
aksesi.
Pita DNA berukuran antara 750-2000 kb dengan jumlah pita
berkisar antara 2-7 pita
Hasil Penelitian
Primer SBLT3
Pita DNA berukuran antara 750-2500 kb
dengan jumlah pita 5-9 pita.
Hasil Penelitian
Primer SBLT5
Jumlah pita yang paling sedikit yaitu hanya 5 pita dengan pita pada
aksesi 3 dan 4 tidak muncul.
Ukuran pita berkisar antara 2000-4000 kb dengan ukuran pita 0-5 pita.
Dari profil DNA yang terbentuk tidak ada perbedaan jumlah pita yang
berarti dengan menggunakan SBLT5 aksesi tidak dapat dibedakan profil
DNA-nya.
Hasil Penelitian
Primer SBLT13
Pada amplifikasi DNA genom dengan primer
SBLT13 didapatkan beberapa aksesi yang
berbeda jumlah pitanya. DNA profil yang
terbentuk berukuran antara 750-2000 kb
dengan jumlah pita berkisar antara 5-9 pita
Hasil Penelitian
Primer SBLT15
DNA profil yang terbentuk dengan pemakaian primer
SBLT15 mendapatkan jumlah pita yang paling banyak yaitu
13 pita dengan ukuran antara 750-3500 kb.
Profil barkode yang dihasilkan hampir sama dan tidak ada
perbedaan yang signifikan pada jumlah pita-pita yang
terbentuk
Kesimpulan
Dari ke 5 primer yang digunakan untuk amplifikasi DNA,
2 primer memberikan profil DNA yang hampir sama
yaitu primer SBLT5 dan SBLT15 pada 10 aksesi
sambiloto dari pulau Kalimantan.
Sedangkan 3 primer yang digunakan menghasilkan
profil DNA yang berbeda antar aksesi, yaitu primer
SBLT2, SBLT3 dan SBLT13. Hal ini menunjukkan
adanya polimorphisme pada pita yang muncul pada 10
aksesi tersebut.
Matur Nuwun