LAPORAN PENELITIAN IDENTIFIKASI SEROTIPE DAN GENOTIPE

PSI
35
a
LAPORAN PENELITIAN
IDENTIFIKASI SEROTIPE DAN GENOTIPE VIRUS DENGUE
DARI DAERAH ENDEMIS DBO (.LANJUTAN)
RENI H ERMAN
PUSAT BIOMEDIS DAN TEKNOLOGI DASAR KESEHATAN
BADAN PENELITIAN DAN PENGEMBANGAN KESEHATAN
KEMENTERIAN KESEHATAN
2012
.
------ ----·
-. ...
I.
i
-
,
..,
'•
,,.
.
•
No.
'·
/-:]_- �.- :)NJ.
•
Ki.i��
'
I
T
No
.,!:tH
'
=
�Ps:
-=
--
.__
____
__
·-
1
-2 c- -
_j
-- �
__--
.
.
"
J
I
•\ ':...:
I .l
•
...,
1� ,.,.
.
••
LAPORAN PENELITIAN
IDENTIFIKASI SEROTIPE DAN GENOTIPE VIRUS DENGUE
DARI DAERAH ENDEMIS DBD (LANJUTAN)
RENI HERMAN
PUSAT BIOMEDIS DAN TEKNOLOGI DASAR KESEHATAN
BADAN PENELITIAN DAN PENGEMBANGAN KESEHATAN
KEMENTERIAN KESEHATAN
2012
SUSUNAN TIM PENELITI
Tim Pusat
No
Nama
Jabatan Peneliti
Kedudukan dalam Tim
Uraian Tugas
1
dr. Reni Herman, MBiomed
Peneliti Pertama
Ketua Pelaksana
Bertanggung jawab untuk semua kegiatan penelitian
2
drg. Sekar Tuti, Mkes
Peneliti Madya
Penanggungjawab penelitian di RS
Bertanggung jawab untuk semua kegiatan penelitian di RS
3
Tedjo Sasmono, PhD
Peneliti Madya
Analisis hasil sekuensing
Melakukan analisis terhadap hasil pemeriksaan sekuensing
Penanggungjawab penelitian di
4
Dr. Lidwina, MKes
Peneliti Madya
Jayapura
Memonitor kegiatan pengumpulan data RS di Jayapura
5
Dr. Lisa Adrlani L
Peneliti (Non fungsional)
Pemeriksaan ELISA
Melakukan pemeriksaan ELISA
6
Benekditus Yohan, SSi
Penellti (Non fungsional)
Pemeriksaan RT PCR
Melakukan pemeriksaan RT PCR
7
Agustiningsih, SSi
Peneliti (Non fungsional)
Pemeriksaan sekuensing
Melakukan pemeriksaan sekuensing
8
Hartanti Dian lkawati,SSi
Peneliti (Non fungsional)
Pemeriksaan sekuensing
Melakukan pemeriksaan sekuensing
9
dr. Frans Dany
Peneliti (Non fungslonal)
Anallsis data kl in is
klinis
10
Arie Ardiansyah
Pembantu peneliti
Pemeriksaan sekuensing
Melakukan pemeriksaan sekuensing
11
Sumamo
Pembantu Peneliti
Pemeriksaan RT PCR
Membantu pemeriksaan RT PCR
Memeriksa dan bertanggujawab atas data kelengkapan data
12
Farida
Pembantu Penelltl
Pemeriksaan ELISA
Membantu pemeriksaan ELISA
13
Fahim
Pembantu Peneliti
Perslapan alat
Membantu sterilisasi a lat
14
Santono
Pembantu penelitl
Perslapan bahan
Membantu mepersiapkan bahan untuk penelitian
15
16
Kastrimin
Rida Citahati, SE
Sekretariat Penelitian
Sekretariat Penelitian
Keuangan
Administrasi
Menylapkan perlengkapan dan keuangan untuk kegiatan di
RS
Menylapkan surat dan adminstrasi kegiatan di RS
nm daerah
No
1
2
3
4
Na ma
Nurhasanah
Jabatan Peneliti
Kedudukan dalam Tim
Uraian Tugas
Koordtnator
Samarinda
Dr. H.Mardiono.M,Kes.
Koordinator
Dr. Nurliana Noor
Koordlnator
Dr. Carta Gunawan,
Pembantu Peneliti
Koordinator penelitian di Samarinda
Membantu koordinasi penelitian di Samarinda
Penanggung jawab kegiatan penelitian RSUD
AW Sjahranie
Bertanggung jawab untuk kegiatan penelitian di RSUD AW
Sjahranie
Koordinator kegiatan penelitlan
Membantu koordinasi kegiatan penelltian
Dokter di bagian Penyakit Dalam
Mendiagnosis DBD dan merekrut subyek penelitlan
Dokter di bagian Penyakit Dalam
Mendlagnosis DBD dan merekrut subyek penelitian
Dokter di bagian Anak
Mendiagnosis DBD dan merekrut subyek penelitian
Mendiagnosis DBD dan merekrut subyek penelitian
··---·-
SpPD
Dr. Enni P, SpPD
Pembantu Peneliti
Dr. Wahyu 0. SpA
Pembantu Peneliti
7
Dr. Usman L.
Pembantu Peneliti
Dokter di UGO
8
Dr. Lily P Kalalo, SpPK
Pembantu Peneliti
Dokter Patologi Klinis
Bertanggung jawab untuk penyimpanan sampel dan data darah
r utin
9
Saiful Anwar
Pembantu Peneliti
Perawat di Bagian Penyakit Dalam
Membantu follow up subyek penelitian
10
Kasmiati
Pembantu Peneliti
Perawat Bagian Penyakit Dalam
Membantu follow up subyek penelitian
11
Rizki lntan Friani
Pembantu Peneliti
Laboran
Memisahkan dan menyimpan serum
12
Swanti P
Pembantu Peneliti
Laboran
Memlsahkan dan menyimpan serum
13
Nani AR
Pembantu Penellti
Perawat Baglan Anak
Membantu follow up subyek penelitian
Rita Avianti
Pembantu Peneliti
Perawat Baglan Anak
Membantu follow up subyek penelitian
Dian Febri
Pembantu Peneliti
Perawat IGD
Membantu follow up subyek penelitian
5
6
14
15
ii
16
17
Telda Banda, SKM
Koordlnator
dr. Armenius R. Sondakh
Koordlnator
Sp THT-KL
Koordinator penelitian di Manado
Membantu koordlnasi penelltlan di Manado
Penanggung jawab penelitian di RSUP Prof
�ertanggung jawab untuk kegiatan pene liti an di RSUP Prof
Kandou
18
Kandou
Drs. Jemmy Siwi, MSi
Koordinator
Koordinator kegiatan penelitian
Membantu koordinasi kegiatan penelitian
Dr. Agung
Pembantu Peneliti
Dokter Penyaklt Dalam di RSUP Prof Kandou
Mendiagnosis DBD dan merekrut subyek penelitian
19
Nugroho,SpPD
20
Dr. Meilisa Wantania
Pembantu Peneliti
Dokter Penyakit Dalam di RSUP prof Kandou
Mendiagnosis DBD dan merekrut subyek penelitian
Dr. Suryadi N.N Tatura,
Pembantu Peneliti
Dokter di Bagian Anak RSUP Prof Kandou
Mendiagnosis DBD dan merekrut subyek penelitian
Pembantu Peneliti
Dokter di Bagian Anak RSUP Prof Kandou
Mendiagnosis DBD dan merekrut subyek penelitian
Pembantu Peneliti
Dokter Patologi Klinik
21
SpA (K)
22
SpA
23
Dr. Novie Rampengan,
Dr. Hessyani P.T
Bertanggung jawab untuk penyimpanan serum dan data
darah rutin
Raranta, SpPK
24
Dr. Hildegardis liando
Pembantu Peneliti
Dokter !GD RSUP Prof Kandou
Mendiagnosis DBD dan merekrut subyek penelitlan
25
Abram Babakal, Skep.Ns
Pembantu Peneliti
Perawat Bagian Anak RSUP Prof Kandou
Membantu follow up subyek penelitian
Poppy Turang, Skep,Ns
Pembantu Peneliti
Perawat Bagian Anak RSUP Kandou
Membantu follow up subyek penelitian
Ceicilia Sengkeh,
Pembantu Peneliti
26
27
28
29
Membantu follow up subyek penelitian
Skep.Ns
Perawat Bagian Penyakit Dalam RSUP Prof
Jerry Pandelaki, Skep.Ns
Pembantu Penellti
Perawat Baglan Penyakit Dalam RSUP Prof
VeckyM.V
Pembantu Peneliti
Kandou
Membantu follow up subyek penelitlan
Kandou
Laboran
Memlsahkan dan menyimpan serum
iii
I
I
I
Wowiling,AMAK
30
31
32
lrayanti, AMAK
Pembantu Penelltl
Laboran
Memlsahkan serum
Amman Baher
Koordlnator
Koordinator Penelltlan di Temate
Membantu koordinasi kegiatan penelitlan di Ternate
Koordlnator
Penanggung jawab Kegiatan Penelitian d l
RSUD Chasan Basoirie
Bertanggung jawab untuk keglatan penelitian di RSUD
Chasan Boesoirie
Abdul
Cha lid
Djamar,
SSt, FT
33
Husen Masabessy, Skep
Koordlnator
Koordlnator keglatan penelitian
Membantu koordinasi keglatan penelltlan
34
Dr. Nani Harmaenl, SpA
Pembantu Peneliti
Dokter Baglan Anak
Mendlagnosls DBD dan merekrut subyek penelltlan
35
Dr. Suhanto Hamid
Pembantu Peneliti
Dokter IGD RSUD Chasan Boesoirle
Mendiagnosis DBD dan merekrut subyek penelitian
Dr. Taha Albaar, SpPD
Pembantu Peneliti
Dokter Penyaklt Dalam RSUD Chasan
Mendiagnosls DBD dan merekrut subyek penelitian
36
37
38
39
40
Boesolrle
Dr. Eko Sudarmo, SpPD
Pembantu Peneliti
Dokter Penyaklt Dalam RSUD Chasan
Boesoirie
Mendlagnosls DBD dan merekrut subyek penelltlan
Dr. Fasni Halil, SpPK
Pembantu Peneliti
Dokter Patologi Klinis RSUD Chasan Boesolrle
Bertanggungjawab untuk penyimpanan sampel serum
dan data darah rutln
Aisyah
Pembantu Peneliti
Perawat Baglan Penyakit Dafam
Membantu follow up subyek penelitlan
Rosmiyati Saleh,
Pembantu Penellti
Perawat Bagian Penyaklt Dalam
Membantu follow up subyek penelitian
Amd.Kep
41
Salam Sabtu
Pembantu Penellti
Perawat Baglan Anak
Membantu follow up subyek penelitlan
42
Sita Raihana
Pembantu Penelitl
Perawat Bagian Anak
Membantu follow up subyek penelltlan
43
Syafaruddin Rosman
Pembantu Peneliti
Laboran
Memlsahkan dan menyimpan serum
Ridwan Hasan
Pembantu Peneliti
Laboran
Memisahkan dan menyimpan serum
44
iv
45
46
47
48
49
Vira R
Pembantu Penelitl
Perawat IGO
Membantu follow up subyek penelitian
I Made Suparta Gapar
Koordlnator
Koordlnator Penelitian di Jayapura
Membantu koordinasl penelitian di Jayapura
Drg.
Koordinator
Martinus
Ginting,
RSUD
Penangung Jawab Kegiatan Penelltlan di RSUD
Bertanggungjawab untuk kegiatan penelitlan di RSUD
MKes
Dok II
Jayapura
Jayapura
Musnadi
Koordinator
Koordinator keglatan penelltlan
Membantu koordinasi kegiatan penelitian
Dr. Samuel Maripadang
Pembantu Peneliti
-
Mendlagnosis DBD dan merekrut subyek penelitian
Dokter di Bagian Penyakit Dalam RSUD
Baso, Sp PD
Jayapura
so
51
Dr. Afifah, SpPD
Pembantu Penelitl
Dokter di Baglan Penyakit Dalam RSUD
Mendlagnosis DBD dan merekrut subyek penelitian
Jayapura
Dr. Jackquiline Ruth
Pembantu Peneliti
Mendlagnosis DBD dan merekrut subyek penelitian
Anet Ririhena, SpA
Dokter di Bagian Anak RSUD Jayapura
52
Dr. Renny Haryati,SpA
Pembantu Peneliti
Dokter di Bagian Anak RSUD Jayapura
Mendlagncsis DBD dan merekrut subyek penelitlan
Dr. Juliwati Aronggear,
Pembantu Peneliti
Dokter Patologi Kllnik RSUD Jayapura
Mendlagnosis DBD dan merekrut subyek penelitian
Dr. Rlka Sari Ginting
Pembantu Peneliti
Dokter IGD RSUD Jayapura
Mendlagnosis DBD dan merekrut subyek penelitian
Sri Cendrakasih
Pembantu Peneliti
Perawat Baglan penyakit Dalam RSUD
Membantu/o//ow up subyek penelitian
53 . MKes, SpPK
54
55
Jayapura
Halimah Karamang
Pembantu Peneliti
57
Florentina Anitu
Pembantu Peneliti
58
Theresia Santi Anitu
Pembantu Penelitl
59
Diana Slnggih
Pembantu Peneliti
56
Membantu/o//ow
up subyek penelitian
Perawat Baglan Anak RSUD Jayapura
Membantu/o//ow
up subyek penelitian
Perawat baglan anak RSUD Abepura
Membantu/o//ow
up subyek penelitian
Laboran
Membantu memisahkan serum
Perawat Baglan Penyaklt Dalam RSUD
Jayapura
v
60
61
Franslska
M
Pembantu
Penelitl
Laboran
Hana Krimawati
Pembantu Peneliti
Teknisi
serum
Menyimpan serum, meme riksa kelengkapan dan isi
kuesioner serta mengirimka n sampel dan kuesioner
Membantu memisahkan
vi
KEMENTERIAN KESEHATAN RI
SADAN PENELITIAN DAN PENGEMBANGAN KESEHATAN
PUSAT BIOMEDIS DAN TEKNOLOGI DASAR KESEHATAN
an Percetakan Negara No. 23 Jakarta 10560
talc Pos 1226 Jakarta l 0012
Telepon (021) 42881758, 42881763, 42881762, 42881745
(021) 42881754
Fax
KEPUTUSAN
KEPALA PUSAT BIOMEDIS DAN TEKNOLOGI DASAR KESEHATAN
NOMOR: HK.03.05/llJ/750/2012
TENTA N G
PEMBENTUKAN TIM PELAKSANA PENELITIAN TAHUN 2012
KEPALA PUSAT BIOMEDIS DAN TEKNOLOGI DASAR KESEHATAN
MENIMBANG
MENGINGAT
:
a.
bahwa untuk melaksanakan kegiatan penelitian pada Pusat Biomedis dan
Teknologi Dasar Kesehatan, perlu ditunjuk Tim Pelaksana Penelitian Tahun
2012;
b.
bahwa berdasarkan pertimbangan huruf a tersebut diatas, maka dipandang
perlu menetapkan Keputusan Kepala Pusat Biomedis dan Teknologi Dasar
Kesehatan tentang Pembentukan Tim Pelaksana Penelitian Tahun 2012
sejumlah tujuh belas penelitian;
1.
Undang-Undang Nomor 23 Tahun 1992 tentang Kesehatan (Lembaran
Negara Republik Indonesia tahun 1992 Nomor 100, Tambahan Lembaran
Negara Republik Indonesia Nomor 3.495);
2.
Undang-undang Nomor 14 Tahun 2001 tentang Paten (Lembaran Negara
Republik Indonesia Tahun 2002 Nomor 109, Tambahan Lembaran negara
Republik Indonesia Nomor 4130);
3.
Peraturan Pemerintah RI No. 39 Tahun 1995 tentang
Penelitian dan
Pengembangan Kesehatan (lembaran Negara Tahun 1995 Nomor 67,
Tambahan Lembaran Negara Nomor 3609);
4.
Peraturan Pemerintah Nomor 20 Tahun 2005 tentang Alih Tehnologi
Kekayaan lntelektual serta hasil Penelitian dan Pengembangan oleh
Perguruan Tinggi dan Lembaga Penelitian dan Pengembangan (Lembaran
Negara Tahun 2005 Nomor 43, Tambahan Lembaran Negara Nomor 4497);
5.
Keputusan Menteri Kesehatan Nomor
791/Menkes/SKNll/1999 tentang
Koordinasi Penyelenggaraan Penelitian dan Pengembangan Kesehatan;
6.
·
Keputusan Menteri Kesehatan Nomor 1179A/Menkes/SK/X/1999 tentang
Kebijakan Nasional Penelitian dan Pengembangan Kesehatan;
·
Peraturan Presiden Nomor 47 Tahun 2009 tentang Pembentukan dan
Organisasi Kementerian Negara.
MEMPERHATIKAN
7.
Peraturan Menteri Kesehatan No. 1144/Menkes/PerNlll/2010
Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Kesehatan;
8.
Keputusan Menteri Kesehatan Republik Indonesia No.HK.03.05/4/11675/
2011 tanggal 30 Desember 2011 tentang Penetapan l<uasa Pengguna
Anggaran,
Pejabat
Pembuat
Komitmen,
Pejabat
Penguji
dan
Penandatanganan
SPM,
Bendahara
Pengeluaran
dan
Bendahara
Penerimaan pada Pusat
Biomedis dan Teknologi Dasar Kesehatan di
Jakarta tahun anggaran 2012;
1.
Daftar lsian Pelaksanaan Anggaran (DIPA) Pusat Biomedis dan Teknologi
Dasar Kesehatan tahun 2012 dengan No.0683/024-11.1.01/00/2012, tanggal
9 Desember 2011:
1
tentang
KEMENTERIAN KESEHATAN RI
SADAN PENELITIAN DAN PENGEMBANGAN KESEHATAN
PUSAT BIOMEDIS DAN TEKNOLOGI DASAR KESEHATAN
an
Pcrcetakan Negara No. 23
talc Pos 1226 Jakarta 10012
Jakarta 10560
Telepon (021) 42881758, 42881763, 42881762, 42881745
Fax
(021) 42881754
·
MEMUTUSKAN
MENETAPKAN
1) Mernbentuk Tim Pelaksana Penelitian Siomedis dan Teknologi
Dasar
Kesehatan Tahun 2012 sebagaimana tercantum dalam lampiran keputusan ini;
KESATU
2) Kepada Tim Pelaksana Penelitian pada Pusat Biomedis dan Teknologi Dasar
Kesehatan, Sadan Litbang Kesehatan Tahun Anggaran 2012, dap at diberikan
honorarium sebagaimana tersebut dalam lampiran 2 Keputusa n ini;
Tim Pelaksana Penelitian Tahun 2012 mempunyai tugas sebagai berikut:
KEDUA
1) Melaksanakan Penelitian pada Pusat Biomed is d a n Teknol og i
Dasar
Kesehatan Tahun 2012, dengan susunan Tim :>eperti pada lampiran surat
keputusan ini;
2)
Meny erahkan Laporan Kemajuan Penelitian, Laporan Pelaksana<in Penelttian
dan Laporan Akhir Penelitian kepada Kepala Pu sat Biomedis dan Teknologi
Dasar Kesehatan.
KETIGA
/
Dalam melaksanakan tugasnya, Tim bertanggungjaiwab kepada Kep ala Pusat
Biomedis dan Teknologi
Dasar Kesehatan serta wajib me n yampa i kan laporan
akhir penelitian seb ag ai pertanggungjawaban kegiatan;
KEEMPAT
Biaya pelaksanaan kegiatan serta honor Tim Pelak�ana Penelitian Tahun 2012
d ibebankan pada anggaran DIPA . Pusat Biomedis dan Teknologi
Dasar
Kesehatan Tahun 2012;
KELIMA
Keputusan ini mulai berlaku sejak bulan Januari sampai dengan Desember 2012
dengan ketentuan apabila dikemudian hari ternyata terdapat kekeliruan dalam
penetapan ini akan diadakan perbaikan dan perubahan sebagaimana rnestinya.
Ditetapkan di
Pada tanggal
Jakarta
6 Februari 2012
Tembusan Yth:
1. Sekretaris Jenderal Kemenkes RI;
2. lnspektur Jen d era l Kemenkes RI
3. Ketua Sadan P eme riksa Keuangan;
4. Kepala Sadan Pengawasan Keuangan dan Pembangunan;
5. Kepala Sadan Penelitian dan Pengembangan Kesehatan;
6. Sekretaris Sadan Penelitian dan Pengembangan Kesehatan;
7. Kanwil Ditjen Anggaran Kernenkeu RI Df<I Jakarta:
6. Para Kepala Pusat di Lingkungan Sadan Litbang Kesehatan;
9. Kepal;:i Bagian Tata Usaha Pusat Siomedis dan Teknologi Dasar Kesehatan:
10. Kepala Bidang Biomedis, Pusat Biomedis dan Teknologi Dasar Kesehatan;
11. Kepal a Bidang Teknologi Dasar Kesehatan, Pusat Siomedis dan Teknologi Dasar Kesehatan;
12. Bendaharawan Pengeluaran Pusat Biomedis dan Teknologi Dasar Kesehatan·
13.
Masing-masing y;mg bersangkutan untuk dilaksanakan.
2
'
�
KEMENTERIAN KESEI-IATAN RI
SADAN PENELITIAN DAN PENGEMBANGAN KESEHATAN
PUSAT BIOMEDIS DAN TEKNOLOGI DASAR KESEHATAN
'!>; wf.>' "
Ian Percetakan Negara No. 23 Jakarta 10560
Telepon (021) 42881758, 42881763, 42881762, 42881745
otakPos 1226 Jakarta 10012
Fax.
.(021) 4288 l 754
Lampiran 1
Keputusun Kepala Pusat Biomedis dan Teknologi Oasar
Kesehatan
Nomor
Tanggal
:
HK.03.05/111/750/2012
6 Februari 2012
/
SUSUNAN TIM PELAKSANA PENELITIAN TAHUN 2012
IDENTIFIKASI SEROTIPE DAN GENOTIPE VIRUS DENGUE DARI DAERAH
ENDEMIS DBD (LANJUTAN)
1.
dr. Reni Herman, M.Biomed
Peneliti Pertama/Ketua Pelaksana
2.
dr. Sekar Tuti, M.Kes
Peneliti Madya
3.
Tedjo Sasmono, PhD
Peneliti Madya
4.
dr. lidwina, M.Kes
Peneliti Madya
5.
dr. Lisa Andriani Linggonegoro
Pembantu Peneliti
6.
Benediktus Yohan, S.Si
Pembantu Peneliti
7.
Agustiningsih, S.Si
Pembantu Peneliti
8.
Hartanti Dian lkawati, S.Si
Pembantu Peneliti
9.
dr. Frans Dany
Pernbantu Peneliti
10.
Arie Ardiansyah
Pembantu Peneliti
11.
Sumarno
Pembantu Peneliti
12.
Farida
Pembantu Peneliti
13.
Fa him
Pembantu Peneliti
14.
Santono
Pembantu Peneliti
15.
Kastrimin
16.
Rida Ci tahati SE
Sekretariat Penelitian II
17.
Nurhasanah
Ko ordinator
18.
Telda Banda, SKM
Koordinator
19.
Ammar Baher
Koordinator
20.
I Made Suparta Gapar
Koordinator
21.
Deny Mabuai
Koordinator
22.
dr. H. Mardiono, M.Kes
Koordinator
23.
dr. Nurliana Noor
Koordinator
24.
dr. Armenius R.Sondakh, SpTHT-KL
25.
Koordinator
dr. Jemmy Siwi, M.Si
Sekretariat Penelitian
,
Koordinator
26.
dr. Abdul Chalid Djamar, S.St, FT
Koordinator
27.
Husen Masabessy, Skep
Koor dinator
28.
drg. Martinus Ginting M.Kes
Koordinator
29.
Musnadi
Koordinator
30.
dr. J. Maurits Okoseray, MARS
Koordinator
31.
drg. Aloysius Gyay, M.Kes
Koordinator
32.
drg. Wahyu 0, SpA
Pembantu Peneliti
33.
dr. Usman L
Pembantu Peneliti
34.
dr. Suryadi N.N Tatura, S[A(K)
Pembantu Peneliti
35.
dr. Novie Rampengan. SpA
Pernbantu Peneliti
,
13
I
1
� .KEMENTERIAN l(ESEHATAN RI
BADAN PENELITIAN DAN PENGEMBANGAN KESEHATAN
PUSAT BIOMEDIS DAN TEKNOLOGI DASAR KESEHATAN
Ian Percetakan Negara No. 23 Jakarta I 0560
Telepon (021) 42881758, 42881763, 42881762, 42881745
takPos 1226 Jakarta 10012
36.
37.
38.
Fax.
c'r. Nani Harmaeni, SpA
Pembantu Penefiti
dr. Suhanto Hamid
dr. Jacquiline Ruth Anet Ririhena,SPA
39. dr. Renny Haryati, SpA
40. dr. Dwi Darmawan,SpA
41.
42.
43.
44.
dr. Agung Nugroho, SpPD
45.
dr. Meilisa Wantania
Pembantu Peneliti
Pembantu Peneliti
Pembantu Peneliti
Pembantu Peneliti
Pembantu Peneliti
Pembantu Peneliti
Pembantu Peneliti
48. dr. Samuel Maripadang Baso, SpPD
49. dr. Afifah, SpPO
dr. Oktavianus Peday, SpPD
51.
dr. Aris Musdianto
52.
53.
Pembantu Peneliti
Pembantu Peneliti
Pembantu Peneliti
Pembantu Peneliti
dr. Lily P Kalalo, SpPK
Pembantu Peneliti
dr. Saiful Anwar
Pembantu Peneliti
54. dr. Hessyani P.T Raranta, SpPK
5 5. dr. Hildegarrdis Liando
Pembantu Peneliti
Pembantu Peneliti
56. dr. Fasni Hali!, SpPK
Pembantu Peneliti
57. Aisyah
58. dr. Djuliwati Aronggerar
, M.Kes.,SpPK
59. dr. Rika Sari Ginting
60.
61.
Pembantu Peneliti
Pembantu Peneliti
Pembantu Peneliti
dr. Julius Dimalouw, SpPK
dr. Wawan Satrio
Pembantu Peneliti
Pembantu Peneliti
62. Kasmiati
Pembantu Peneliti
63. Rizki lntan Friani
64. Swanti P
6 5.
66.
67.
Pembantu Peneliti
Pembantu Peneliti
Nani AR
Pembantu Peneliti
Abram Babkal, Skep.Ns
Pembantu Peneliti
Poppy Turang
Pembantu Peneliti
68. Ceicilia Sengkeh, SKep.N
s
69. Jerry Pandelaki, SKep.Ns
70.
Pembantu· Peneliti
Pembantu Peneliti
Rosmiyati Saleh, Amd.Kep
Pembantu Peneliti
71. Salam Sabtu
Pembantu Peneliti
72. Sita Raihana
73.
Pembantu Peneliti
Safaruddin Rosman
Pembantu Peneliti
74. Sri Cendrakasih
Pembantu Peneliti
75. Halimah Karamang
76. Florentina Anitu
Pembantu Peneliti
Pembantu Peneliti
77. Theresia Santi Anitu
78. Andy. Mar�muy
79.
Pembantu Peneliti
Pembantu Peneliti
46. dr. Taha Albaar, SpPD
47. dr. Eko Sudarmo, SpPD
50.
Pembantu Peneliti
Pembantu Peneliti
dr. Kusno Widianto
dr. Carta Gunawan, SpPD
dr. Enni P, SpPD
·(021) 42881754
Pembantu Peneliti
I
Pembantu Peneliti
Monica Wanggai
Pembantu Peneliti
80. Linda Simr;fopiaref
14
Pembantu Peneliti
�
l(EMENTERIAN KESEHATAN RI
BADAN PENELITIAN DAN PENGEMBANGAN KESEHATAN
PUSAT BIOMEDIS DAN TEKNOLOGI DASAR KESEHATAN
'1-1'.I H'.J-,'i
Ian Percetakan Negara No. 23 Jakarta 10560
otak Pos 1226 Jakarta I 00 l 2
81.
82.
Tclcpon (021) 42881758, 42881763, 42881762, 42881745
Fax.
(021)42881754
Fra nky Sallos o
Pembantu Peneliti
Dian
Pembantu Peneliti
Febri
83.
Rita Avianti
Pembantu Peneliti
84.
Vecky M.V Wowiling, AMAK
85.
Pembantu Peneliti
lrayanti, AMAK
Pembantu Peneliti
86.
Ridwan Hasan
87.
Vira
88.
Fransiska M
89.
Diana Singgih
Pembantu Peneliti
90.
Hana Krimawati
Pembantu Peneliti
91.
Thomas Bagensa
Pembantu Peneliti
Pembantu Peneliti
R
Pembantu Peneliti
Pernbantu Peneliti
i{,,-Kepala,
Ors. Ondri Dwi Sampurno, M Si., Apt
NIP
/
15
19621119 198803100 1
.!'-'-­
I\.EMEN.TERIAN l(ESEII
- ATAN RI
SADAN PENELITIAN DAN PENGEMBANGAN KESEHATAN
PUSAT BIOMEDIS DAN TEKNOLOGI DASAR KESEHATAN
Jalau Percetakan Negara No. 23 Jakarta 10560
Kotak Pos 1226 Jakart�1 10012
Tclepon (021) 42881758, 42881763, 42881762, 42881745
Fax
. (021)42881754
.
Larnpiran 2
Ke�utusan
Kepala
Pusat
Biomedis
clan
Te l< n o l ogi
D<isar Kesehatan
Nornor
Tanggal
JUDUL PENELITIAN
HK.03.05/1111750/2012
6 Februari 2012
IDENTlFIKASI SEROTIPE DAN GENOTIPE VIRUS
DENGUE DARI
DAERAH ENOEMIS 080 (LANJUTAN)
JUMLAH HONOR TIM PELAKSANA PENELITIAN TAHUN 2012
1.
Koordirator Peneliti
Jumlah honor yang diterirna setiap bulan sebesar
2.
Peneliti Madya
3.
4.
5.
6
=
Rp.
420.000
Jumlah honor yang dilerima per-jam. per-mingu
sebesar
=Rp.
50.000
Peneliti Pe1iama
Jurnlah honor yang diterirna per-jam. per-mingu
sebesar
=R p.
3 5 000
Penelili Non Fungsional
Jumlah honor yang diterima per-jam, per-mirggu =Rp.
sebesar
20 000
Pembantu Peneliti
Jumlah honor yang diterirna per-jam, per-minggu =Rp.
sebesar
20.000
Sekretarial Penelitian
Jurrilah honor yang diterima setiap bulan sebesar =Rp.
JOO 000
/
�--Kepala,
Ors Ondri Dwi Sc;mpurno, M Si , Apt
NIP 196211191988031001
16
-iv--:·
KATA PENGANTAR
Puji syukur kami panjatkan kepada Tuhan Yang Maha Esa, karena atas berkah dan rahmat-Nya
kami dapat menyelesaikan laporan ini. Semoga laporan hasil penelitian ini dapat digunakan
sebagai salah satu acuan dalam pemberantasan demam berdarah dengue.
Kami mengakui laporan ini masih banyak kekurangan. Oleh karena itu masukan untuk
perbaikan laporan ini sangat kami harapkan
Akhir kata, kami sampaikan terima kasih kepada semua pihak yang telah berperan serta dalam
penyusunan laporan ini.Semoga Allah SWT senantiasa meridhai segala usaha kita. Amin.
Jakarta, Januari 2013
Penyusun
xiii
RINGKASAN EKSEKUTIF
Di Indonesia penyakit Demam Berdarah Dengue (DBD) sampai saat ini masih merupakan
masalah kesehatan masyarakat, sejak tahun 1986 penyakit ini penyebarannya cenderung
meluas dan jumlah kasus cenderung meningkat dari tahun ke tahun, terutama di kota-kota
besar seperti Jakarta.
Dari hasil penelitian terhadap kasus epidemi DBD tahun 2004, infeksi virus dengue
3 sangat
berkaitan dengan kasus DBD berat dan merupakan serotipe yang paling luas distribusinya
disusul dengan dengue-2,
dengue-1 dan
dengue-4. Beberapa observasi
mengindikasikan
terjadi evolusi genetik virus yang dapat menghasilkan varian-varian yang lebih virulen.
Berdasarkan hasil penelitian tersebut di atas serta guna mendukung rencana penggunaan
vaksin untuk pencegahan DBD, akan dilakukan pemetaan distribusi virus dengue yang ada di
beberapa daerah
untuk mengidentifikasi serotipe dan genotipe virus dengue yang ada di
Indonesia. Pemeriksaan genotipe akan dilakukan pada gen selubung virus (gen E) dan
keseluruhan genom virus. Kegiatan ini akan dilakukan pada sepuluh kabupaten/kota yang
merupakan sasaran program pengendalian demam berdarah dengue {DBD).
Oleh karena
membutuhkan biaya yang besar maka akan dilakukan secara bertahap.
Pada tahun 2008 telah dilakukan identifikasi serotipe virus dengue untuk kawasan Barat, yaitu
Medan, Pontianak dan Jakarta. Berdasarkan hasil pemeriksaan ditemukan keempat serotipe
virus dengue bersirkulasi di kota tersebut.
Penderita DBD yang dirawat di rumah sakit
mayoritas terinfeksi oleh virus dengue serotipe 2 dan
dengue serotipe
3. Sedangkan di Jakarta mayoritas
3, disusul dengan dengue serotipe 1 dan 2. Pada tahun 2009 telah dilakukan
identifikasi serotipe virus dengue dari kota Kupang. Mayoritas penderita DBD yang dirawat di
Rumah Sakit terinfeksi virus dengue serotipe 2 dan 3.
Pada tahun 2012 dilaksanakan identifikasi serotipe virus dengue untuk kawasan Tengah dan
nmur Indonesia yaitu Balikpapan, Manado, Ternate dan Jayapura. Juga akan dilakukan
identifikasi gen E dan NSl. Sampel yang telah dikumpulkan sebelumnya berasal dari lima
kabupaten/kota yang mewakili propinsi di Indonesia, yaitu Medan (Sumatera Utara), Pontianak
(Kalimantan Barat), Jakarta (OKI Jakarta), Kupang (Nusa Tenggara Timur) dan Ciamis (Jawa
Barat).
Secara keseluruhan pemeriksaan yang dilakukan adalah ELISA untuk konfirmasi diagnosis, RT
PCR untuk identifikasi virus dan serotipe, serta pemeriksaan sekuensing pada gen E dan NSl.
Primer yang akan digunakan adalah primer yang sudah pernah digunakan untuk sekuensing
xiv
sampel DBD di Indonesia tahun 2004. Analisis hasil berupa data klinis maupun hasil
pemeriksaan laboratorium.
Oleh karena tidak mungkin untuk mendapatkan sampel dari kasus demam berdarah dengue di
kota Manokwari diputuskan untuk pindah lokasi penelitian ke kota Sorong. Namun, karena
waktu yang tersisa hanya 2 bulan dan dikhawatirkan jumlah target jumlah sampel tidak
terkumpul, maka pengumpulan sampel dari kota Sorong dibatalkan.
Berdasarkan data tren jumlah kasus dari kota Ternate dan kota Jayapura, tidak mungkin untuk
mendapatkan jumlah sampel hingga 120. Oleh karena itu, taget jumlah sampel dari kota
Ternate dan Jayapura diturunkan menjadi masing-masing 60. Sehingga target jumlah sampel di
akhir penelitian menjadi 660.
Hingga akhir penelitian jumlah sampel yang terkumpul sebanyak 660, terdiri dari 270 dari
Samarinda, 270 dari Manado, 60 dari Ternate dan 60 dari Jayapura. Hasil pemeriksaan
laboratorium menunjukkan 63 % penderita merupakan infeksi sekunder. Virus dengue serotipe
1,2,3
2
dan 4 ditemukan di Samarinda dan Manado, sementara di Ternate dan Jayapura serotipe
dan 3. Tidak ada perbedaan gejala klinis antara infeksi virus dengue serotipe 1, 2, 3 dan
4.Pemeriksaan sekuensing masih harus menunggu optimasi karena menggunakan primer yang
baru.
xv
ABSTRAK
Demam berdarah dengue (DBD ) adalah penyakit yang disebabkan oleh infeksi virus dengue.
Dari hasil penelitian terhadap kasus epidemi DBD tahun 2004, infeksi virus dengue 3 sangat
berkaitan dengan kasus DBD berat dan merupakan serotipe yang paling luas distribusinya
disusul dengan dengue-2,
dengue-1 dan
dengue-4. Beberapa observasi
mengindikasikan
terjadi evolusi genetik virus yang dapat menghasilkan varian-varian yang lebih virulen.
Berdasarkan hasil penelitian tersebut di atas serta guna mendukung rencana penggunaan
vaksin untuk pencegahan 080, dilakukan pemetaan distribusi virus dengue yang ada di
beberapa daerah
untuk mengidentifikasi serotipe dan genotipe virus dengue yang ada di
Indonesia.
Sampel penderita diperoleh dari kasus demam dengue dan DBO dari Rumah Sakit di Samarinda,
Manado, Ternate dan Jayapura.Penderita yang bersedia berpartisipasi diambil darah serta
dicatat gejala klinisnya.Darah dipisahkan serumnya dan disimpan di freezer rumah sakit.
Setelah terkumpul akan diperiksa di Laboratorium virology Litbangkes. Pemeriksaan yang
dilakukan adalah ELISA untuk deteksi antibody, RT PCR untuk identifikasi virus. Serum yang
positif ada virus dengue dilanjutkan dengan pemeriksaan sekuensing, untuk gen E dan NSl.
Jumlah keseluruhan sampel yang terkumpul pada penelitian ini adalah 660, terdiri dari 270 dari
Samarinda, 270 dari Manado, 60 dari Ternate dan 60 dari Jayapura. Hasil pemeriksaan
laboratorium menunjukkan 63
% penderita merupakan infeksi sekunder. Virus dengue serotipe
1,2,3 dan 4 ditemukan di Samarinda dan Manado, sementara di Ternate dan Jayapura serotipe
2 dan 3.Tidak ada perbedaan gejala klinis antara infeksi virus dengue serotipe 1, 2, 3 dan 4.
xvi
DAFTAR ISi
SUSUNAN TIM PENELITl ........................................... .................................................i
SURAT KEPUTUSAN PENELITIAN ...............................................................................vii
KATA PENGANTAR....................................................................................................xiii
RINGKASAN EKSEKUTIF........................................................................ .....................xiv
ABSTRAK...................................................................................................................xvi
DAFTAR 151.
.....................
DAFTAR GAMBAR
DAFTAR TABEL.
.
.
..............
...........................................
.
.............
.
......
.
........
.............•.......•.•.........•.......................•.........................................
.•...............•............••........................•..
'.
xvii
xviii
xix
...............•............................
DAFTAR LAMPIRAN ..........................................................................................................xx
DAFTAR Rf NGKASAN .........................................................................................................xxi
I.
PENDAHULUAN
II.
TINJAUAN PUSTAKA
.
.
....... ........
..
................................ .
. .
................................. . .
A. Epidemiologi Dengue
..
.
....
...............................
. ..
..............
.............
.
.....
.
........
.
.
.
.....................................
.
....
......
..................................
.
.
...... .........
B. Aspek Biologi virus dengue
.
.............................................................. .
C. Genetika
..............................................................
D. Patogenesis
..............
.. . . . .
.. . .
.
. ..................
.
.......
.
.......
............
.
.
.
......
.
.....................
. .
...
.......
.
..........
...............
.
................
.
TUJUAN DAN MANFAAT
.
IV.
METODE
V.
PERTIMBANGAN IZIN PENELITIAN
VI.
HASI L PENELITIAN
VII.
PEMBAHASAN
VIII.
KESIMPULAN
IX.
SARAN
X.
UCAPAN TERIMA KASIH
XI.
DAFTAR RUJUKAN
........................................................... .............................
. .
................... ...
...............
.
.........................................
..
...
.
..........
.
.
.....
................................................
.
......
.....................................
.................
.
.........
.
...........
.
.
.
..........
.
....
.
....
.
.............
...............
............
...............
.
. . .
.. ..
.
.
.
.............
23
.42
.......................
.....
.
17
.............
.
43
....................
............................................
.
8
.22
.
. .......................
3
12
.... ......
.
Ill.
3
..................
.
1
....
. .
.
57
...................
61
62
.....................................................................................................................
....
.
.
.
....................
....... ....................
..........................
. . ..
..
.
.
. .
..
.
.
..
.... ......... .
.................. ..................
.
.
......
.
.
62
........
63
.......... ..............
xvii
Daftar Gambar
Gambar 1. Distribusi global virus dengue, mengindikasikan serotipe dan genotipe virus . 3
.
Gambar 2. Distribusi Aedes aegypti dan aktivitas dengue .
.
Gambar 3. Struktur virion Flavivirus yang matur
Gambar
.........
.. . .. . ..
.
.
..
.
......
4. Struktur imatur dan matur vriron flavivirus
.
.
......... ... . . . .
.....
..
. ..
.
.
. .
..............
.
.
.
....
..
..
. . ..
.
.
. . ......................................
...................................
.
...
.
.
•
.
............... .....
.
..
....
..
...
. .
Gambar 6. Siklus replikasi Flaviviridae
Gambar 7. Alur Penelitian
..
11
. . . . . . .. . .. . . .. ...
..
............ .
Gambar 5. Organisasi genom virus dengue
. . . ....... .. 5
. . .
....................... ..
.
.
.
...
....
. 12
.
.13
....
.
....
.....
.
.....
.
.....
15
24
.................................... ................................................. ...............
Gambar 8. Urutan strategi sekuensing yang dilakukan untuk mendapatkan genom virus.40
Gambar 9. Tren kasus DBD di kota Samarinda ..
..
........
. ..
.
..
....
.................... .........
. .
..
...
.
..
...
.43
...
Gambar 10. Tren Kasus DBD di kota Manado .............................. ...................................... 44
Gambar 11. Tren kasus DBD di kota Ternate......................................................................46
Gambar 12. Tren kasus DBD di kota Jayapura
...................... .....................
.
.
..
........ ......
47
........
xviii
Daftar Tabel
Tabel 1. Klasifikasi virus dengue berdasarkan genotipe E
................
Tabel 2. Definisi kasus Demam Berdarah Dengue
.................
Tabel 3. Klasifikasi tingkat keparahan infeksi dengue ... .
...
..
.
.
....... .........
... .. ...
......
.
..
..........
.
. .. .
.
. ....
........
.
.....
..
. .....
..................................................
TabeI 4. Primer serotyping
7
21
22
32
.................................................................................................
TabeI 5. Primer Genotyping
................................... ........
Tabel 6. Distribusi sampel Samarinda
.........................
.. .
..
.
..
36
................................................
........
Tabel 7. Distribusi sampel dari Manado
................................
.
Tabel 8. Distribusi sampel dari Ternate
................................
.
.....
.....
.
............
Tabel 11. Gambaran klinis infeksi dengue pada anak
....
. . . .....
.......................
.....
.
... .
Tabel 21. Serotipe virus dari Jayapura
.
...
.
.
......................
•
.
. .. .. .
.
..
.
. .46
......
......
.
..
..........
49
..............
49
.
.
.
. .
..
.
.
.
. ...
..... .
.
..
.
.
..
50
........
. .............
.
...
...
......
.
.......
52
.
................. .....
.
..
..
...
..............
.
.
.
.........
.............. .......................
...........
..... ..
.
.
.
. 53
.53
. ..... 54
...
............
...........
.
........................................... ......
...
51
. . . ..... 52
...............................
Tabel 22. Gambaran klinis infeksi dengue serotipe ! .
51
...................
.................. .
..............................
..
...
.. . . ....... .... .
.. ..
.48
.............................
. .. . .. . . . . .. .
..
.45
........... ...
....................................
......
. .. .. . . .
............
..
. . ... . .... . . ..
Tabel 17. Status hematologi penderita confirm infeksi dengue
Tabel 20. Serotipe virus dari Ternate
..
. .
.....
Tabel 16. Gambaran klinis infeksi sekunder pada dewasa
..
..
. .. . . .
.
.
. .
..
..... ...
Tabel 15. Gambaran klinis infeksi primer pada dewasa . . ..
..............
. . .. . . ..
............ ..... ..
..
Tabel 19. Serotipe virus dari Manado
. .. .
.............. ..
. .... . .
Tabel 14. Gambaran klinis infeksi sekunder pada anak .
Tabel 18. Serotipe virus darl Samarinda
.
...... ......................
................................. ...
Tabel 12. Gambara.n klinis infeksi dengue pada dewasa.
Tabel 13. Gambaran klinis infeksi primer pada anak
.
.
. .
....................................
.
.....
........ ... ..........
Tabel 9. Distribusi sampel dari Jayapura
Tabel 10 Gambaran klinis confim infeksi dengue
.
.
.
54
. 54
.
54
.....
. . ... ... . .. .. 55
........................ ...
.
...
.
..
...
.
Tabel 23. Gambaran klinis pada infeksi dengue serotipe 2 ............................................... 55
xix
Tabe 24. Gambaran infeks dengue serotype
.
3 .
... ..... ...............
Tabel 25. Gambaran infeksi dengue serotipe 4
..
. . .
..
...
.....
.
.......................
. .. . ... 56
...
..
..
...
:................................................. 56
DAFTAR LAMPIRAN
lampiran 1. SOP Perekrutan Subyek Penelitian
.
.
........ ................... ...........
Lampiran 2. SOP Pemisahan Serum
64
.
..
........... ...........
•
....................................................................................
Lampiran 3. Formulir penjelasan dan persetujuan peserta penelitian
.
................ .............
65
66
xx
DAFTAR SINGKATAN
ADE
= Antibody dependent enhancement
CFR
=
Crude Fatality Rate
CMV
=
Cytomegalovirus
DBD
=Demam Berdarah Dengue
DENV
=
OF
= Dengue Fever
DHF
= Dengue Haemorrhagic Fever
DMSO
= Dimethyl sulphoxide
DSS
= Dengue Shock Syndrom
FBS
= Foetal Bovine serum
HI
= Haemaglutination Inhibition
HIV
= Human Immunodeficiency Syndrom
lgG
= lmmunoglobin G
IL
= Interleukin
IFN
=Interferon
RNA
=Ribonucleic Acid
SLE
=
TBE
=Tick Borne Encephalitis
TNF
=Tumor Necrosis Factor
UTR
=
WHO
=World Health Organisation
Virus dengue
St Louis Encephalitis
Untranslated Region
xxi
I.
PENDAHULUAN
Di Indonesia penyakit Demam Berdarah Dengue (DBD) sampai saat ini masih merupakan
masalah kesehatan masyarakat, sejak tahun 1986 penyakit ini penyebarannya cenderung
meluas dan jumlah kasus cenderung meningkat dari tahun ke tahun, terutama di kota-kota
besar seperti Jakarta. Jumlah kasus DBD secara nasional sejak tahun 1990 sampai 2006
menunjukkan adanya peningkatan. Pada tahun 1990 dilaporkan sebanyak 22.807 kasus DBD
dan 821 diantaranya meninggal (CFR = 3,60%), kemudian pada tahun 1991, 1992, 1993, 1994,
1995, 1996, dan 1997 dilaporkan ber turut-turut 21.120 kasus dengan jumlah kematian 578
(CFR = 2,74%), 17.620 kasus dengan jumlah kematian 509 (CFR = 2,89%), 17.418 kasus dengan
jumlah kematian 418 (CFR = 2,40%), 18.783 kasus dengan jumlah kematian 471 (CFR = 2,51%),
35.102 kasus dengan jumlah kematian 884 (CFR
=
2,52), 16.517 kasus dengan jumlah kematian
1.192 (CFR = 2,67%) dan 30. 730 kasus dengan jumlah kematian 681 (CFR=2,22%). 1 Pada
kejadian luar biasa (KLB) tahun 1998 dilaporkan angka kesakitan pada 72.133 penderita, dan
1.414 diantaranya meninggal (CFR = 1,96%). Kejadian ini diduga merupakan puncak siklus lima
tahunan, karena pada tahun 1999 terjadi penurunan angka kesakitan menjadi 21.134 penderita
dengan 422 kematian (CFR= 1,99%). Akan tetapi pada periode selanjutnya dari tahun 2000
sampai 2006 jumlah kasus DBD terus meningkat, namun CFR cenderung menurun. Pada tahun
2000
angka kesakitan sebesar 33.443 dengan 472 kematian (CFR = 1,41%), terus meningkat
menjadi 80.837 penderita dengan kematian 1.099 (CFR = 1,35%) pada tahun 2005, dan menjadi
111.730 penderita dengan jumlah kematian 1.162 (CFR = 1,04%) pada tahun 2006.2 Berdasarkan
datatersebut di atas, terlihat bahwa angka CFR masih di atas standar nasional yaitu < 1%.
Dari hasil penelitian terhadap kasus epidemi DBD tahun 2004, infeksi virus dengue-3
! DV-3), sangat berkaitan dengan kasus DBD berat dan merupakan serotipe yang paling luas
distribusinya disusul dengan Dengue-2,
Dengue-1 dan
Dengue-4. Beberapa observasi
mengindikasikan bahwa kemungkinan terjadi evolusi genetik virus yang dapat menghasilkan
varian-varian yang lebih virulen. Keadaan ini dapat menimbulkan
ataupun virulensi virus. 3•6
variasi sifat imunogenik
Berdasarkan hasil penelitian tersebut di atas, dan sedikitnya informasi genetik virus
dengue yang ada di Indonesia serta guna mendukung rencana penggunaan vaksin untuk
pencegahan DBD, kami merencanakan pemetaan distribusi virus Dengue yang ada di beberapa
untuk mengidentifikasi serotipe dan genotipe virus Dengue yang ada di Indonesia,
daerah
serta memonitor munculnya genotipe baru. ldentifikasi genotipe akan dilakukan pada gen
selubung (gen E) untuk menentukan strain virus danidentifikasi
keseluruhan genom virus.
Kegiatan ini dilakukan di sepuluh kabupaten/kota yang memiliki kasus DBD beberapa tahun
terakhir. Oleh karena kegiatan ini membutuhkan biaya yang besar maka kami mencoba
melakukannya secara bertahap.
Pada tahun 2008 telah dilakukan identifikasi serotipe virus Dengue untuk kawasan
Barat, yaitu Medan, Pontianak dan Jakarta. Berdasarkan hasilpemeriksaan ditemukan keempat
serotipe virus dengue bersirkulasi di kota tersebut. Penderita DBD yang dirawat di rumah sakit
mayoritas terinfeksi oleh virus dengue serotipe 2 dan 3. Sedangkan di Jakarta rriayoritasdengue
serotipe 3, disusul dengan dengue serotipe 1 dan2. Pada tahun 2009 telah dilakukan
identifikasiserotipe virus dengue darikota Kupang. Berdasarkan hasil pemeriksaan terhadap
serum penderita DBD yang dirawat di Rumah Sakit, mayoritas terinfeksi virus dengue serotipe
2 dan 3.
Pada tahun 2012 dilaksanakan identifikasi serotipe virus dengue untuk kawasan Tengah
dan Timur Indonesia yaitu Samarinda, Manado, Ternate dan Jayapura. Juga dilakukan
identifikasi gen selubung virus dari sampel yang telah dikumpulkan sebelumnya. Sampel yang
telah dikumpulkan sebelumnya berasal dari lima kabupaten/kota yang mewakili propinsi di
Indonesia, yaitu Medan (Sumatera Utara}, Pontianak (Kalimantan Barat), Jakarta (DKI Jakarta),
Kupang (Nusa Tenggara Timur) dan Ciamis (Jawa Barat}. Pada penelitian ini identifikasi gen
fokus pada gen E dan NSl.
2
II. TINJAUAN PUSTAKA
A. Epldemlologi Dengu e
Sebaran Global
Kejadian luar biasa demam dengue sudah dilaporkan dari setiap benua. 7 Epidemiologi
pertama
kali yang dicatat terjadi pada tahu 1779 di Batavia (Jakarta) dan Cairo. Ketika itu
penyakit dengan gejala seperti dengue ini terjadi secara simultan. Setalah itu, kejadian luar
biasa
dilaporkan juga di Philadelphia, Zanzibar, Calcutta, India Barat dan Hongkong. Epidemi
demam
dengue menjangkiti ratusan hingga ribuan kasus setiap tahunnya di Asia Tenggara,
dimana keempat serotipe dapat ditemukan di wilayah ini.(Gambar 1) Setelah perang dunia
kedua
muncul pola endemik terbaru penyakit ini, diikuti dengan meningkatnya insiden
8
komplikasi dari demam dengue (DHF dan DSS) di Asia.
tndia & Sri Lanka
La·in Amer ca & Caribbean
OENV-1 !it. Ill)
ftFNl/-1 (tll)
CE.N'/ :! 11'"" Co::i 1
DENI/-� (Arr. An A.,. ::oi;J
0Et\V·3 { I, Ill)
£)EN'/ 3 ! 'rf, t\I)
Df:.f�\·4 t lJ
0LtN·4 ( 11
Suo-Sahatan A'ri::;a
OFN'l·1 ;1111
DEl\V-2 (Cos!
OHN 3 •,Ill)
Scu�naad A.sia rno1h)
OENlf· l (I, ll Ill'
Ut
NV-2 (..Cm As As I As II 0os)
OtNV-3 (II)
Dl:NIJ-4 (I Ill;
�I.thM1<:.t A<;1.::1 I �1"l1 1th I
OE�'/ i 11, 1 1}
DE'4'1·Z A-., I. A.;:, 11. �v::: i
DE"i'/·3 l, lit
UL�/·4 1. 111
O;eania
DE\JV·I o ll ·
O:NV·2 I A11 Cos l
DE 1'1\'-1 (Ill)
II
OE:\$V-1
Gambar 1. Distribusi global virus dengue, mengindikasikan serotipe dan genotipe virus
(Sumber: Holmes EC. 2009 ]
Virus Dengue (DENV) dapat ditemukan di daerah tropis dan subtropis, sesuai dengan
kondisi ekologi yang diperlukan untuk mempertahankan siklus alami virus. Virus Dengue
ditularkan oleh nyamuk, yang secara prinsip adalah Aedes aegypti. Tetapi, pada beberapa
3
daerah yang
berperan adalah Aedes olbopictus dan Aedes polynesiensis. Vektor nyamuk akan
menularkan
virus setelah menghisap darah dari penderita yang terinfeksi virus ini. Setelah 10-
12
hari virus berada di dalam tubuh vektor, nyamuk ini akan menjadi infeksius sepanjang
9
hidupnya.
Virus dengue saat
50-100 juta
ini telah bertransmisi pada lebih dari 100 negara, WHO memprediksi terjadi
kasus infeksi virus dengue setiap tahunnya. Lebih dari 500.000 kasus memerlukan
perawatan di
Rumah Sakit dan lebih dari 15.000 meninggal. 10
Sebaran di Indonesia
Di Indonesia, penyakit demam berdarah dengue merupakan salah satu masalah
kesehatan
karena setiap tahun angka kesakitan dan kematian yang ditimbulkannya cukup
tinggi. Pengamatan sejak tahun 1968 tampak bahwa jumlah kabupaten kota dengan
terdapatnya kasus demam berdarah dengue terus meningkat. Hingga tahun 2008, hampir
semua
provinsi di Indonesia sudah ditemukan DBD. Pada tahun 2007, jumlah kejadian DBD
mencapai total 139.695 kasus (incidance rate 64 kasus per 100.000 populasi) dengan total
meninggal mencapai 1.395 kasus (CFR 1 %). Keadaan DBD tahun 2007 ini meningkat lebih tinggi
dibandingkan dengan keadaan pada tahun-tahun sebelumnya. 11
Dari beberapa catatan kejadian luar biasa demam dengue dan demam berdarah
dengue sejak tahu 1968 di Indonesia, tampak adanya perubahan epidemiologi. Perubahan
tersebut berupa siklus 5 tahunan menjadi fenomena tahunan. Selain itu distribusi umur yang
terifeksi
didominasi oleh anak, pada beberapa tahun belakangan mulai didominasi oleh remaja
dewasa. Keempat serotipe virus dengue ditemukan pada kejadian luar biasa yang sudah
·
tercatat dari hampir semua provinsi di lndoneisa, namun virus dengue ,2 ' dan dengue 3
dan
merupakan serotipe yang jumlahnya lebih menonjol dibandingkan dengan serotipe yang lain.
Dalam
beberapa dekade penyakit dengue telah menyebabkan 400 kematian tiap tahunnya,
namun dengan pemberian terapi suportif, jumlah case fatality rate (CFR) terus menurun. 12·13
Hingga tahun
2008, CFR demam berdarah di Indonesia 0,86 dengan angka yang bervariasi pada
tiap-tiap provinsi.11
4
Faktor yang berpengaruh terhadap penyebaran
Meningkatnya insiden demam berdarah dengue yang dilaparkan disebabkan oleh
adanya perubahan, baik pada manusia maupun terhadap ekologi vektor. 14
Pada daerah yang terisolasi,epidemi terjadi akibat terdapatnya tipe baru. Oleh karena
demam dengue biasanya tidak memberikan gejala yang khas (subklinik) banyak kasus yang
tidak dilaporkan. Perubahan lingkungan dapat menyebabkan meningkatnya infeksi pada
manusia dan memicu timbulnya kajadian luar biasa. Setelah perang dunia kedua, secara pelan­
pelan penyakit yang ditularkan oleh nyamuk Aedes ini mulai menyebar. Keadaaan ini mungkin
berkaitan dengan perpindahan penduduk besar-besaran, dan kebetulan juga meningkatnya
densitas nyamuk
Aedes aegypti
seiring dengan mudahnya transpor darat dan udara serta
cepatnya perpindahan kasus yang terinfeksi. 15 Hingga kini, jumlah negara dan kasus infeksi
oleh
virus dengue mulai meningkat dan menjadi salah satu masalah kesehatan di
dunia.(Gambar 2)
World Di stribution of Deng ue
-
2005
.'
tz"'' Ate<t'i fdes.te-d 'o\tth A&:Jiu aegyp.1
• At•2s """h.A.I!'•: a.gyof: aml C:•ngu• ep1�rnc <11ct1.nt)I'
Gambar 2. Distribusi Aedes aegypti dan aktivitas dengue [Sumbe r : CDC]
5
Faktoryang berperan dalam letupan
Pada daerah hiperendemik di asia tenggara lebih dari setengah anak-anak pernah
oleh satu atau lebih serotipe virus dengue. Di daerah tropis, epidemi cenderung
terinfeksi
terjadi
selama musim hujan. Meskipun meningkatnya curah hujan menyebabkan penyebaran
vektor
nyamuk, insiden penyakit pada manusia tidak berhubungan erat dengan densitas
populasi vektor. Faktor lain (terutama meningkatnya temperatur yang mempersingkat masa
inkubasi virus dengue pada vektor) sepertinya menjadi lebih penting. 14
Bebarapa faktor penting lain yang berperan dalam menimbulkan letupan kasus
dengue, adalah
efektifnya
dimana
kontrol nyamuk di daerah endemik DBD. Ketiga adalah perubahan demografi,
tidak terkontrolnya pertumbuhan penduduk dan urbanisasi yang tidak terencana.
Perubahan
demografi ini mengakibatkan munculnya rumah-rumah yang tidak sesuai standar,
sumber serta
urban.
banyaknya nyamuk Aedes aegypti di pemukiman padat penduduk. Kedua, tidak
saluran air dan manajemen sampah yang tidak adekuat di pemukiman penduduk
Genangan air pada sampah-sampah ini merupakan habitat ideal bagi Aedes aegypti
s�bagi vektor utama
dalam penyebaran virus dengue.
7•16
Epidemiologi molekuler don evo/usi virus
Pola filogenetik dan sekuen nukleotida dari gen E membagi masing-masing serotype ke
dalam beberapa genotipe E
yang secara umum berhubungan dengan asal geografi. Tabel 1.
6
Tabel 1. Klasifikasi virus dengue berdasarkan genotipe E
Virus
Dengue
tipe l
Genotipe
I
II
Jepang (isolat t unggal
,
I 943),
Hawaii ( i solat tunggal, 1 944),
Thailand, Indonesia, Filipina, Taiwan, Pasifik Selatan
�
Thailand, Malaysia, Bum1a, Afrika Barat, Amerika (masuk tahun
1977)
New Guinea (prototipe), Sri Lanka (sebelum tahun 1 969),
Dengue
tipe 2
Distribusi Geografi
1
Filipina, Taiwan, Thailand, Malaysia, Cina, Amerika ("topotipe
Jamaika" masuk tahun 1 9 8 1 )
11
III
IV
Seychelles, Sri Lanka, Afrika (masuk ke Afrika Timur tahun
1980-1981), Indonesia, Saudi Arabia
India, Pasifik Selatan, Am.erika ("topotipe Puerto Rico" masuk
t.ahun 1969)
Afrika Barat
Dengue
I
Filipina, Indonesia, Malaysia, Pasifik Selatan ( 1 980-an)
tipe 3
l1
Thailand
m
Sri Lanka, India, Afrika
IV
Pasifik Selatan ( 1960-an), Amerika ( 1 960-an, 1970-an)
Dengue
I
Indonesia, Pasifik Selatan, Amerika
tipe 4
II
Thailand, Filipina
[Sumber: Monath & Heinz. 1996].
Analisis genetik dari masing-masing strain diduga juga memberikan variasi dalam
�a1 vl rulensi virus. Pembagian genotipe ini dapat juga digunakan untuk menentukan asal
virus penyebab epidemi. Untuk serotipe 2 dan 3 yang berasal dari Asia Tenggara dan
genotipe yang berasal dari benua dimana India berada, diidentifikasi sebagai penyebab
kejadian luar biasa kasus DHF dan atau DSS,
serta banyaknya kasus infeksi primer
dengan derajat penyakit yang berat. 17
7
Vektor nyamuk pada infeksi Dengue
Nyamuk dengan genus Aedes (Aedes aegypti, Aedes albopictus dan Aedes
polynesiensis) mempunyai peran penting dalam transmisi virus dengue. Namun vektor
yang paling penting adalah A aegypti.
Sedangkan
peran
A.albopictus dan A.
Polynesiensis sebagai vektor tergantung pada geografi tertentu.
A.aegypti hidup di daerah tropis dan subtropis. Nyamuk ini dapat berkembang
pada air yang terpolusi atau air yang tergenang dalam jumlah yang sedikit. Telur dapat
bertahan lama, karena tahan terhadap pengeringan.
Meningkatnya populasi larva
terlihat pada musim hujan. Perubahan temperature dan kelembapan mempengaruhi
propagasi virus pada nyamuk.
Temperatur lingkungan juga memberikan pengaruh
terhadap viremia akut pada nyamuk betina, masanya menjadi lebih pendek dengan
meningkatnya suhu. Setelah menghisap darah penderita DBD, virus bereplikasi pada
midgut, kemudian mencapai haemocoel dan haemolymph,
dan akhirnya menca �ai
jaringan lain dari nyamuk termasuk kelenjar liur. Setelah bereplikasi di kelenjar liur,
nyamuk menginfeksi kasus baru dengan mensekresikan liurnya setelah menghisap
darah. Beberapa studi melaporkan terdapatnya transmisi transovarial dari nyamuk
betina yang terinfeksi, sehingga memungkinkan untuk menjadi reservoir virus selama
periode inter epidemik. 18
B. Aspek Biologi Virus Dengue
Si/at /isik don kimia
Virus dengue termasuk ke dalam family flaviviridae (family ini terdiri dari 3
genus; Hepacivirus, Flavivirus don Pestivirus) dan genus flavivirus. Partikel jlavivirus
berbentuk sferis, dengan diameter 40-60 nm dan
ketebalan bagian tengah sekitar
sekitar 30 nm. Masa molekuler virion adalah 60 x 106. Komposisi virion terdiri atas 6%
RNA, 66% protein, 9% karbohidrat. dan 19% lipid. Flavivirus dapat diinaktivasi dengan
pelarut organik dan deterjen. Pada kondisi in vitro, virion stabil pada lingkungan alkali,
yaitu pada pH 8. Virion sensitif terhadap panas, pelarut organik dan deterjen. 10
Virion Flavivirus yang matur mengandung
3
struktur protein, yaitu : nukleokapsid atau
8
protein di bagian tengah (C ; 12 kDa), membran protein yang tidak mengalami glikosilasi
(M ;
8
kDa) dan selubung protein ( E
; 53
kDa) yang biasanya mengalami glikosilasi.
Protein M dan protein E dihubungkan dengan selubung lemak yang berupa jangkar
membran yang hidrofobik. Selubung lemak tersebut terdiri dari sekitar
17%
dari berat
virion dan berasal dari lipid sel host. Protein E adalah komponen utama pada
permukaan virion, protein ini terdiri dari antigenik determinan yang penting untuk HI
(Haemaglutination Inhibition) dan netralisasi, jadi mengiduksi respon imun pada host
yang terinfeksi. Struktur elemen pada dari determinan protein E terlibat pada
perlekatan virion dengan reseptor sel dan pada saat fusi. Deterjen dan protease
digunakan untuk mengkarakterisasi struktur dari flavivirus dan untuk mengisolasi
subunit imunologi. Deterjen nonionik seperti Triton X dapat melarutkan seluruh
selubung, melepaskan protein M dan E. Sodium deoksikholat hanya melepaskan protein
E, sementara
protein
M tetap
menempel
dengan
nukleokapsid
.
Protease
memperlihatkan bagian dari glikoprotein E berlokasi pada lipid bilayer. Berdasarkan
analisis struktur primer pada glikoprotein flavivirus, terdapat regio jangkar pada
membran yang bersifat hidrofobik pada ujung karboksil dari molekul protein E. 10
Selubung flavivirus melindungi genom dari nuklease sel dan bagian dari nukleokapsid
dapat dikeluarkan dengan terlebih dahulu diolah dengan menggunakan deterjen dan
didegrasi dengan ribonuklease. lnfektivitas flavivirus dan hemaglutinin stabil secara
optimal pada pH
8.4
dan
8.8.
Sensitif terhadap pH rendah, jadi tidak memungkinkan
untuk infeksi melaui oral. Namun TSE (Tick Borne Encephalitis) memungkinkan untuk
menginfeksi lewat susu yang terkontaminasi. Flavivirus dengan cepat dapat diinaktivasi
"
dengan suhu yang tinggi. Pada suhu 50°C, 50% dari infekstivitas hilang dalam wak't 11 l0
menit. Suhu rendah dapat mempertahankan infektivitas, dengan stabilitas paling besar
pada suhu -60°C atau lebih rendah. Berdasarkan percobaan, virus yang mati di dalam
darah dan larutan protein lain .terjadi dalam. waktu 30 menit pada suhu
56°C.
Aerosol
juga dapat merupakan sumber infeksi yang berbahaya di laboratorium, karena virus SLE
(St Louis Encephalitis) stabil selama 6 jam pada susupensi aerosol pada suhu ruangan
dan kelembaban 23 % hingga
80%.
Flavivirus dapat diinaktivasi dengan menggunakan
9
formaldehid,
2%
hidrogen peroksida, 500 - 5000 ppm clorin, alkohol,
1%
sinar ultraviolet, iradiasi gama dan diisinfeksi oleh
glutaraldehid,
iodin
2%
hingga
3%
3%
dan
8%
dan fenol iodofor. Namun virus yang ditularkan oleh kutu lebih resisten
dibandingkan dengan virus yang ditularkan oleh nyamuk. 10
Struktur antigen
Semua anggota genus flavivirus memiliki bagian antigen umum, seperti yang
perlihatkan dengan tes HI dengan serum imun poliklonal dan ini merupakan dasar dari
klasifikasi. Sementara tes netralisasi dapat digunakan untuk memisahkan individu virus
pada genus dan untuk menentukan subgrup virus yang berdekatan. Pada awalnya,
diferensiasi dari masing-masing individu virus dilakukan berdasarkan netralisasi silang
dengan menggunakan poliklonal antisera hiperimun. Berdasarkan hasil penelitian ini
flavivirus dibedakan ke dalam sejumlah kompleks antigenik dan memperlihatkan bahwa
terdapat perbedaan antigenii< pada struktur protein selubung (E). Bersamaan dengan
inl, hasil silang HI dinyatakan terdapatnya grup, sero kompleks dan tipe determinan
spesifik. 17
Perlekatan antara virus dengan sel merupakan tahap penting dalam menentukan
infektivitas virus. Perlekatan virion dimediasi oleh glikoprotein E dan infektivitas
berhubungan dengan afinitas perlekatan protein E pada permukaan sel. Antibodi
mengikat protein E dan menghalangi perlekatannya dengan reseptor. Sejumlah data
memperlihatkan terdapatnya kompleksitas dari determinan antigen yang dikenal oleh
antibodi pada permukaan virion. Berdasarkan sekuen dari sejumlah falvivirus diperoleh
kelasifikasi berdasarkan sekuen yang homolog ·c:?.n 'konstruksi dari evolutionary tree .
Berdasarkan perbandingan sekuen asam amino dari protein E,dihasilkan
gambaran
yang sangat sesuai dengan serokompleks flavivirus yang telah diuraikan berdasarkan
netralisasi silang menggunakan serum poliklonal. 17
Mikroskop cryoelectron telah digunakan untuk menentukan struktur 3 dimensi
virion dengue serotipe 2. Penelitian ini mengkornfirmasi ukuran dan susunan virion
seperti yang telah dilakukan sebelumnya terhadap virus TBE. Terdapat 90 dimer protein
10
E yang tersusun
pada permukaan virion dengan susunan menyerupai tulang ikan. Dimer­
dimer ini terpasang paralel pada lipid membran, memberikan bentuk permukaan yang
licin. (Gambar 4). Sebaliknya struktur virion yang immatur (mengandung prM)
menampilkan susunan yang sangat berbeda, dengan terdapatnya tonjolan-tonjolan yang
dibentuk oleh susunan trimer prM/E. Akibatnya ukuran virion yang imatur sedikit lebih
besar dibandingkan dengan virion yang matur. 19 (Gambar 3 & Gambar 4)
Gambar 3. Struktur virion Flavivirus yang matur
[ Sumber: Kuhn. Et al 2002)
Immature
Mature
- sE
capsid (C)
dimer
membrane
Gambar 4. Struktur imatur dan matur vriron flavivirus.
[Sumber : Stiasny, K., et al 2006]
Protein lain yang juga dapat berperan sebagai antigen adalah protein nonstruktural 1
11
(NSl). Protein ini disekresikan oleh sel yang terinfeksi oleh flavivirus.
menggunakan NSl yang dipurifikasi dari sel terinfeksi
atau NSl rekombinan
menunjukkan bahwa NSl menginduksi respon imun protektif
diinfeksi dengan dengue, yellow fever atau TBE .
Eksperimen
hewan coba yang
10'19
C. Genetika
Struktur dan Organisasi genom
Genom virus Dengue kira-kira 11.000 bp dengan 5' capped (terdapat gugus metil
guanosin) dan 3'-end yang biasanya tidak berpoliadenilasi. Genom ini mengkode 10
protein dalam suatu open reading frame tunggal. (Gambar 5) Terdapat tiga protein
struktural yang dikode pada sepertiga ujung 5' dari genom virus1 yaitu : protein capsid
(C) yang membentuk lapisan pelindung genom (nukleokapsid), protein membran (M),
dan protein envelope (E), yang merupakan protein permukaan yang melekat di dalam
envelop virion. Tujuh protein non struktural (NS) yang dikode pada duapertiga ujung 31
genom virus yaitu: NSl, NS2a, NS2b, NS3, NS4a, NS4b, dan NSS. 10
NC
s·-
EIPrM
E
NS3
NS1
NC
ns4a
n s2a
ns2b
NS5
-3'
ns4b
Gambar S. Organisasi genom virus dengue
[Sumber : WHO, 2007]
Keterangan : C
prM
E
= Capsid
=
prkursor membran
= Envelope
NSl = Non-struktural 1
NS3 = Non-struktural 3
NSS = Non-struktural 5
12
Protein yang disandi oleh genom virus
1.
Protein capsid:
Merupakan protein dengan massa 9 hingga 12 kD, mengandung 112 hingga
127
asam
amino yang sangat bermuatan positif oleh karena mengandung residu lisin dan arginin
dalam jumlah besar. Besarnya proporsi asam amino ini diduga untuk menentralisasi
muatan negatif dari RNA virus.
2.
Protein Membran :
2
bentuk protein membran telah dikarakterisasasi. (i). prM
yang terdapat pada virion imatur dan (ii) protein membran yang terdapat permukaan
virion yang matur. Hanya protein membran yang matur yang dapat mengalami fusi pada
kondisi asam pada endosom.
3.
Protein envelope (selubung) : merupai<an protein dengan besar protein 55 hingga
60 kD. Protein E berhubungan dengan sejumlah aktivitas biologi termasuk menmpel
dengan reseptor, hemaglutinasi eritrosit, menginduksi antibodi netralisasi mayor,
memediasi fusi dengan membran pada pH yang rendah didalam endosom dan perakitan
virus.
4.
Protein NSl
:
adalah protein dengan besar 42 hingga 50 kD. Protein ini terdapat
dalam bentuk berbeda, pada permukaan sel dan bentuk sekresi pada medium
ekstraseluler. Bentuk dimer ini dipengaruhi oleh regio C terminal yang juga diperlukan
untuk sekresi protein. Protein ini merupakan salah satu target antibodi.
5.
:
Protein NS3
protein dengan berat 67 hingga
flavivirus. Dua fungsi yang dimiliki oleh protein ini
70
kD dan sangat conserved pada
adalah protein dengan aktivitas
protease dan helikase. Beberapa data menunjukkan bahwa protein ini juga berperan
.
..
pada proses c��i n g (penambahan gugus metil guanosin pada 5' genom) dan metilasi
dari RNA virus.
6.
Protein NSS : Merupakan protein dengan besar 104 hingga 106 kD, juga
merupakan protein yang conserved. Protein .ini memiliki aktivitas RNA dependent RNA
polimerase. 17
13
Siklus replikasi
Gambaran umum tentang replikasi famili flaviviridae tampak seperti pada gambar 6.
Siklus hidup virus Dengue dimulai ketika vektor menghisap darah dan virus masuk
kedalam tubuh pejamu. Selanjutnya dimulai proses replikasi seperti yang diuraikan
dibawah ini.
2
f'ot�·bl<o·p
c <\.ltmt"ntl)f a
h
• .q.... <r, • h '" "
,. f>Pf. ;a ·11MI;;ti' R'lf
3
,\,..i1'tJWr ,i Lu:
PfldOl.Ol"M ll,1ol("M 4.llM
rht .,,J l\\.tleoi.p
., llC
�!�4CM at'd i.r�oa\t
�
..
... I
t·
.;
•
••
., d I
. !• I '
•
4
't-" v.c.11 r<l�1 ••.o'<' r 11
n .tw..: �:r.<1
v1rt�tl-t ��"1:11 p11x.t��
t�h') i 1;rcctt..tnl••'d ,'
ntvutt1.,t..
c ,.�tr;
1 dl prot
>lr..if .;•Id C"IJa· J)!O:�ll�\
wnU'P-111?d
Tl-t Vl'L� l"' ·r�l?\ lr:lf'11nPo;i.l1nn to.tsyrrM�tr-::
1yrtl-1-1,1 o' •IN� VY4, I •
_d..
1 c
6
\ubt�wfl'I tr• •tbt.o • Q�··•·•IF\
Luve q��rt..:,� o' •<.J µ1otc ri vi•1vr1
..
..
JIS� " t"*' l� ;nil!d,\ t :r. 1"';•>1.l
Vr�I ma:1.raticn o..�vs
n tne uol;i
..,,.,,! '1ft-tkJ�t.. :• ' .:'l
"
\
' J'
' �MK!
Gambar 6. Siklus replikasi Flaviviridae
[Sumber : Clyde,K dkk. 2006]
(1) Virus Dengue menempel dan (2) masuk ke dalam sel diperantarai reseptor.{3). pH
yang rendah di dalam endosom menyebabkan perubahan pada protein E virus dan
terjadi fusi antara envelop virus dengan membran sel. Nukleokapsid (materi genetik dan
pembungkus virus ) segera masuk ke dalam sitoplasma. Setelah Capsid terbuka (4) RNA
.14
virus ditranslasi pada membran Retikulum Endoplasma, membentuk 3 protein struktural
dan 7 protein Nonstruktural.Setelah sintesis protein selesai, (S) dimulailah sintesis RNA.
Berikutnya, (6) terjadi perakitan partikel virus di dalam Retikumlum Endoplasma dan
menjadi matur di dalam Sadan Golgi. (7) Virus matur disekresikan melalui jalur sekretori
sel pejamu.
1.
Penempelan, Penentrasi dan Uncoating
Virus Dengue menempel pada sel yang memiliki reseptor yang sesuai. Ada dua
mekanisme
penempelan virus Dengue.
Pertama, kompleks virus dengue dan
lmmunoglobin G (lgG) dapat menempel pada makrofag atau monosit melalui reseptor
Fe yang terdapat pada permukaan sel. Mekanisme yang kedua, virus dapat menempel
pada permukaan sel (termasuk monosit) melalui reseptor virus yang sensitif-tripsin.
Reseptor sel host dapat berikatan dengan bagian tertentu dari glikoprotein E.15
Virus dengue melakukan penentrasi pada membran plasma melalui perusakan
membran pada tempat adsorbsi, lalu terjadi proses endositosis. Proses uncoating pada
virus dengue disebabkan terjadinya fusi protein envelope virus dengan membran sel
host yang disebabkan oleh perubahan pH. Kondisi asam dapat menyebabkan terjadinya
deposit nukleokapsid di dalam sitoplasma. 8•22•23
2.
Translasi awal dan replikasi RNA awal
Pada fase awal ini RNA virus harus dapat menjadi cetakan untuk replikasi dan translasi.
RNA genom virus Dengue merupakan rantai positif, sehingga harus ditranskripsi terlebih
dahulu untuk menghasilkan rantai negatif untuk proses replikasi. Proses translasi tidak
memerlukan rantai negatif, karena rantai positif dapat langsung ditranslasi .
3.
Sintesis dan pemrosesan protein virus de.ngan proteolitik
Protein struktural dan nonstruktural virus berasal dari prekursor poliprotein yang besar,
yang dikode oleh satu Open Reading Frame yang panjang . Translasi dimulai dari kodon
AUG yang pertama dari genom RNA. Masing-masing protein virus kemudian terbentuk
15
dengan adanya proses ko-translasional proteolitik pada ujung N dari prM, E, NSl dan
NS4B terjadi di lumen retikulum endoplasma.
4.
Replikasi RNA
Replikasi RNA terjadi di daerah membran halus perinuklear dari set yang terinfeksi virus
dengue. Ada tiga bentuk RNA yang dapat diekstraksi dari sel yang terinfeksi virus
dengue, yaitu : RNA replicative form, RNA replicative intermediate dan RNA 42 S RNAse­
sensitive.
RNA replicative form merupakan RNA yang utuh, RNA rantai ganda yang
mengandung rantai positif yang utuh. RNA replicative intermediate hanya berupa rantai
tunggal negatif. Baik RNA replicative form maupun RNA replicative intermediate dapat
menjadi prekursor bagi RNA virus rantai 42 S rantai positif. Regulasi dari replikasi RNA
masih belum diketahui, tetapi kemungkinan kompleks polimerase-RNA pada tahap awal
dan akhir memiliki afinitas yang berbeda bagi cetakan rantai positif dan negatif.
5.
Perakitan dan pelepasan virus
Perakitan virus dengue melalui beberapa tahapan, yaitu : (i) Perakitan nukleokapsid dari
protein Core dan RNA ; (ii) Nukleokapsid melakukan budding melalui membran yang
mengandung protein integral
E dan prM untuk mendapatkan envelope; (iii) Virion
belum matang keluar dari keluar dari retikulum endoplasma dengan cara budding atau
eksositosis vesikel ; (iv) Maturasi virion dan reorganisasi permukaan virion dengan cara
pemotongan protein prM.
Pelepasan virus dengue dari sel yang terinfeksi terjadi melalui eksositosis sekretori
dimana vesikel sekretori yang mengandung virus berdifusi dengan membran plasma.
Protein prM harus dipotong terlebih dahulu sebelum virion dilepaskan atau ketika akan
keluar dari set. Pemotongan protein prM disertai dengan reorganisasi selubung virion,
yaitu pembentukan trimer protein E dari hetero.dimer: prM:-E. Proses pemotongan ini
menjadikan virus matang.22'23
16
D. Patogenesis
Manifestasi klinis yang berat akibat infeksi virus dengue adalah DHF dan DSS.
Kedua manifestasi ini ditandai oleh adanya perdarahan dan kebocoran plasma. Kejadian
kebocoran plasma biasanya terjadi setelah akhir fase viremia, oleh karena itu kebocoran
plasma lebih dihubungkan dengan faktor imunologi akibat infeksi dari pada faktor virus
secara langsung. 24 Namun secara umum patogenesis DHF didukung oleh 2 teori, yaitu
virulensi dan imunopatogenesis.
Vlrulensl virus sebagai penyebab DHF
Dari beberapa kejadian luar biasa infeksi dengue
dilaporkan bahwa kejadian DHF
berhubungan dengan infeksi sekunder, sehingga muncul terori ADE. Hipoteseis ini
disanggah oleh adanya kejadian DHF pada infeksi primer. Sehingga diasumsikan bahwa
strain virus juga memberikan manifestasi DHF. Sekuen strain Asia virus dengue serotipe
2 sebagai penyebab DHF memperlihatkan terdapat perbedaan pada asam amino
390
dari protein E, di 5' UTR dan upstream nukleotida 300, 3' UTR.25'26
lmunopatogenesis
Antibody dependent-enhancement (ADE)
Mekanisme yang mengakibatkan demam berdarah dengue tidak berdiri sendiri.
Beberapa studi melaporkan infeksi sekunder umumnya menyebabkan demam berdarah
dengue. Fenomena antibody dependent-enhancement (ADE) merupakan hipotesis yang
mendukung beratnya manifestasi klinis pada infeksi sekunder. Terdapat antibodi dari
infeksi primer yang berikatan dengan virus dengue serotip'C, berbeda pada infeksi
sekunder.
Kompleks
antigen
antibodi
ini
tidak
menetralisasi
infeksi
tetapi
mempermudah terjadinya infeksi pada sel yang mengekspresikan Fey reseptor seperti
monosit dan makrofag. 24 Sementara kejadian Dl:IE..a.tau. bahkan . DSS yang dialami bayi
(usia kurang dari 1 tahun) dan belum pernah terinfeksi dengue, dapat dijelaskan dengan
hipotesis ini karena berkaitan dengan antibodi yang didapat dari ibu. 29
17
Respon /mun spesifik don sitokin
Nilai berbagai macam sitokin pada plasma menunjukkan peningkatan yang lebih
tinggi pada DHF dibandingkan dengan
berperan
pada
proses
DF.
Laporan ini mendukung teori bahwa sitokin
imunopatogenesis
infeksi
dengue,
oleh
karena efek
proinflamatorinya pada sel endotel vaskuler. Beberapa sitokin yang meningkat pada
DHF adalah TNF-a, IL-2, IL-6, IL-8, tl-10 dan IFN-y. 33 Banyak studi tentang
TNF
a
melaporkan, sitokin ini merupakan sitokin primer yang memberikan implikasi terhadap
patogenesis. Studi terhadap hewan coba yang diberi terapi anti TNF secara bermakna
menurunkan angka kematian.29 TNF-a dihasilkan oleh monosit yang terinfeksi virus
dengue, sitokin ini meningkatkan permeabititas vaskuler. Selain itu sel limfosit T yang
spesifik juga memproduksi TNF-a, IL-2 dan IFN-y. Kedua set ini yang meningkatkan level
sitokin pada kasus DHF
.26
Aktivasi komplemen
Sistem komplemen adalah suatu famili serum dan protein pada permukaan set
yang mengenal patogen melalui pola molekuler, mengubah ligannya dan kompleks
imun.37 Pada
DHF,
komplemen mungkin diaktivasi melalui kompleks imun yang
terbentuk oleh virus dengue yang bersirkulasi dan antibodi spesifik untuk virus dengue.
Aktivasi komplemen ini belum sepenuhnya dimengerti. Namun beberapa studi
mengindikasikan terdapatnya peningkatan produk aktivasi plasma, C3a dan CSa pada
penderita dangan DHF.27
Patofisiologi penyakit
Kebocoran plasma terjadi akibat adanya peningkatan permeabititas pembuluh darah.
Manifestasi akibat kebocoran ini meliputi hemokonsentrasi, hipoproteinemia /
..
" ·
hipoalbuminemia, efusi pleura, ascites, ancaman syok da n syok berat. Peningkatan
hematokrit tidak dapat dipakai sebagai petunjuk oleh karena dapat disebabkan oleh
perdarahan yang berat atau berkaitan dengan cairan intravena.
38
Uji torniquet positif
mengindikasikan adanya peningkatan fragilitas dari kapiler. lnformasi ini bisa didapat
18
pada awal penyakit, dan merupakan akibat !angsung dari virus dengue selama fase
viremia. 7
Perdarahan pada penderita DHF dapat disebabkan oleh
vasculopathy,
trombositopenia, gangguan platelet dan coagulopathy. Jumlah platelet pada penderita
DHF biasanya kurang dari 100 x 109/L. Studi tentang sumsum tulang dari penderita DHF
pada masa demam memperlihatkan adanya
hipocellularity dengan penurunan
megakariosit, eritroblas, prekursor mieloid.32 Gangguan platelet ini kemungkinan juga
33
disebabkan oleh kelelahan akibat aktivasi yang dicetuskan oleh kompleks imun.
Gangguan coagulopathy pada penderita DHF disebabkan oleh adanya penurunan
aktivitas faktor pembekuan seperti protrombin, factor V, VII, VIII, IX dan X, antitrombin
dan a 2-antiplasmin, dan produk degradasi fibrin (D-Dimer) sedikit meningkat.31
Gambaran klinis don klasifikosi penyakit
Manifestasi klinik infeksi dengue sangat bervariasi, mulai dari tanpa menimbulkan
gejala, demam yang tidak dapat diketahui penyebabnya, demam dengue, demam
berdarah dengue hingga sindrom syok dengue (DSS). Demam biasanya terjadi selama 6
hingga 7 hari setelah 2 hingga 7 hari paska inkubasi. Gejala umum dapat diikuti dengan
lemas, nyeri tulang, mual dan muntah. Bintik-bintik perdarahan dapat muncul pada kulit
pada hari pertama atau kedua. Fenomena perdarahan merupakan manifestasi khas
untuk demam berdarah dengue.
18
Untuk kepentingan penatalaksanaan penderita,
WHO
membuat definisi demam
berdarah dengue dan membuat klasifikasi tingkat keparahan penyakit (Tabel 2) dan
(Tabel 3.).
19
Tabel 2. Definisi kasus Demam Berdarah Dengue
[Sumber : Malavige, GN., et al 2004]
Defmisi kasus Demam berdarah dengue WHO
Penderita dengan gejala :
1.
Demam tinggi selama 2-7 hari.
2.
Manifestasi pedarahan (minimal uji torniquet positif)
3.
Jumlah Platelet kurang dari 100 x 1 09/J
4.
Hernokonsentrasi (terjadi peningkatan nilai haemtokrit lebih dari 20% atau
adanya kejadian kebocoran plasma seperti ascites,
efusi pleura,
nilai protein
serum/albwnin menurun)
Definisi kasus Demam berdarah dengue WHO
Penderita dengan gejala :
1.
Demam tinggi selama 2-7 hari.
2.
Manifestasi pedarahan (minimal uji torniquet positif)
3.
Jumlah Platelet kurang dari 100 x 109/I
4.
Hemokonsentrasi (terjadi peningkatan nilai haemtokrit lebih dari 20% atau adanya
kejadian kebocoran plasma seperti ascites, efusi pleura, nilai protein serum/albumin
menurun)
20
Tabel 3. Klasifikasi tingkat keparahan infeksi dengue.
[Sumber :
OF/DHF
Grade·•
DF
OHF
I
WHO.
1999}
Symptoms
Fc\ir:r V.Jith two or
Lc·u kopr�n Ll
more ot the tollovv1ng
OCCClSional ly.
signs: heacl ache
Tt1romf)ocytopen ia
retro-orb ft;:i l pC1in
may bP present. no
myalg iz1 . art11rnlgia
i'.:Vidcnct"' ot pk1srna loss
Above signs plw
>
Tl1rornbocytop 2nia
1
positive tourniq uet
OHF
II
Laboratory
.,_
1 00,000 Hct rise
..
test
> 20%
Above signs plus
Thrombocytopenia
spontaneous bleecling
<
1 00 000. Hct rise
..
-::- 20%
-
DHF
111
Above signs plus
Throm bocytopenir.:i
circulJtory tailure
<
(vi1eak pulse.
1 00,000 Hct rise
::- 20%
hypotension.
restle5sn ess)
DHF
IV
Protound shock with
undetecttll)le blood
pressur e tind pulse
Ttlrombocytopeni;,i
�
1 00 000. Hct rise
..
.::.::_ 20%
21
Ill. TUJUAN DAN MAN FAAT
Tujuan Umum
Melakukan pemetaan serotipe dan genotipe virus Dengue dari daerah endemis Demam
Berdarah Denguedi
Indonesia
Tujuan Khusus
1.
Menganalisis manifestasi klinis dari kasus DBD dari Samarinda, Manado, Ternate dan
Jayapura
2.
Manganalisis hasil pemeriksaan hematologi penderita DBD
3.
Menganalisis hubungan hasil pemeriksaan hematologi dengan keadaan klinis penderita
DBD
4.
Menganalisis manifestasi serologi untuk konfirmasi diagnosis DBD
5.
Melakukan pemetaan serotipe virus dengue dari kota Samarinda, Manado, Ternate,
Jayapura dan Manokwari.
6.
Menganalisis hubungan serotipe virus Dengue dengan keadaan klinis penderita DBD
Manfaat
1. Memberikan informasi tentang gambaran serotipe dan genotipe virus Dengue dari
daerah endemis di I ndonesia
2.
Sebagai data dasar untuk vaksin dengue strain Indonesia
22
IV.METODE
4.1.Alur Penelitian
Pengumpulan data klinis dan sampel penderita DBD
dari berbagai daerah endemik
I
ELISA
I
Pemeriksaan sampel di Laboratorium virologi di Balitbangkes
I
RT-RCR
untuk konfirmasi
diaanosis
(Lanciotti,1992)
untuk menentukan
----'-:- ..... . . :v. ......
.
..
1. Gen E (untuk
menentukan stran
i
virus)
Sequencing
NC
s· -fil B prM
ns2a
E
I
-N,,,_
S�
1
NC
NS3
____
�
___
.
.
ns2b
NSS
os4b
u -3'
Analisa urutan nukleotida
Gambar 7. Alur Penelitian
23
4.2. Desain dan jenis penelitian
a. Desain penelitian adalah studi potong lintang (cross sectional study)
b. Jenis penelitian adalah survei dasar
4.3 Tempat dan waktu penelitian
Tempat penelitian 2 RS d i kota Samarinda, Manado, Ternate, dan Jayapura, serta
laboratorium virologi Balitbangkes. Lama penelitian delapan bulan. Penelitian di kota
Manokwari dibatalkan oleh karena sedikitnya jumlah kasus 080. Rencana untuk pindah
lokasi penelitian di Kota Sorong juga dibatalkan oleh karena terbatasnya waktu untuk
pengumpulan sampel. Rencana pemeriksaan sekuensing untuk menentukan genotype
virus dilakukan d i Lembaga Eijkman, namun oleh karena tidak sepakat pada perjanjian
kerjasama maka pemeriksaan sekuensing dilakukan di laboratorium virology, namun
membutuhkan waktu untuk optimasi protokol kerja.
4.4. Sampel Penelitian
Populasi :
Semua penderita yang diduga menderita Demam Berdarah Dengue (DBD),
yang dirujuk ke bagian anak dan bagian penyakit dalam di dua rumah sakit di kota
Samarinda, Manado, Ternate, Jayapura dan Manokwari.
Sampel
: serum yang berasal dari penderita yang diduga menderita DBD dan
memenuhi kreteria inklusi dan dinyatakan tersangka penderita DBD oleh klinisi.
Kriteri� lnk�usi tersangka DBD :
·,
.
penderita yang dirawat di bagian penyakit dalam dan
bagian anuk yang memenuhi kriteria WHO, yaitu mengalamidemam tinggi mendadak I
tanpa sebab yang jelas, berlangsung terus menerus selama 2-7 hari, disertai manifestas
perdarahan (sekurang-kurangya uji Tourniquet positif), dan/atau trombositopenia
(trombosit �100.000/ul) dan hemokonsentrasi (Ht� 20% dari normal) (WHO 2003) serta
bersedia untuk berpartisipasi dan menandatangani informed concent.
Kriteria
eksklusi : tersangka penderita DBD memenuhi kriteria inklusi yang menolak
untuk berpartisipasi.
24
Besar sampel penelltian
:
Sampel dikumpulkan dari 2 Rumah Sakit .pada masing-masing kota Samarinda,
7 bulan. Untuk kota Samarinda dan Manado
Manado, Ternate, Jayapura selama
diasumsikan jumlah penderita yang terinfeksi virus dengue dengan distribusi serotipe
virus sama dengan yang ditemukan di kota Pontianak. Agar semua serotipe virus yang
didapat minimal 20, maka dihitung berdasarkan persentase serotipe yang paling
banyak.Jumlah kasus yang terinfeksi virus dengue serotipe 3 merupakan jumlah yang
paling banyak (46%), dan digunakan sebagai dasar perhitungan.Untuk perhitungan
sampel berdasarkan rumus sebagai berikut:
z2 x (p x q)
N = -------------d2
41
Oiasumsikan jumlah kasus DBD yang terinfeksi (P)
Interval = 95%, Z =
N
0,46 jarak (d)
=
5%, Confidence
1,645 maka jumlah sampel adalah
(2,71) x (0,46 x 0,54 )
-
=
---------------------
=
269,3 "'270 sampe l
(0,0025)
Untuk kota Ternate dan Jayapura agar mendapatkan virus dengue
dengan jumlah yang diharapkan, dihitung berdasarkan distribusi serotipe virus
dengue yang diidentifikasi dari kota Kupang. (virus dengue serotipe 3 ;33%)
(2, 71) x (0,33 x 0,67 )
N
=
-----------------------
-
=
239,7 "' 240 sampel
(0,0025)
Jumlah keseluruhan sampel yang dikumpulkan pada penelitian ini 2 x 270
540sera (untuk kota Samarinda dan Manado) dan 3
x
240
=
=
720 sera (untuk kota
Ternate, Jayapura dan Manokwari). Mangingat jumlah kasus dari kawasan Indonesia
bagian Timur tidak begitu banyak, maka untuk kota Ternate, Jayapura dan Manokwari
jumlah sampel dikurangi 50%. Sisanya akan diambil pada tahun berikutnya. Sehingga
25
sampel yang akan dikumpulkan pada tahun 2012; 540 + 360
=
900 sera.
Jumlah target sampel untuk kota Ternate dan Jayapura harus dikurangi lagi
setelah mendapat data jumlah kasus DBD dalam beberapa tahun belakangan dari Dinas
Kesehatan Maluku Utara dan Papua. Jumlah target sampel dari Ternate dan Jayapura
sebelumnya masing-masing 120, dikurangi setengahnya menjadi 60 untuk masing­
masing kota. Sehingga jumlah target sampel keseluruhan 660.
Rencana semula akan dilakukan identifikasi strain virus dengue dengan
menggunakan sampel yang dikumpulkan pada penelitian ini dan sampel yang sudah
dikumpulkan sebelumnya. Di laboratorium Litbangkes terdapat serum yang teiah
dikumpulkan dari kabupaten Ciamis, belum dilakukan pemeriksaan serotipe virus.
Serum tersebut akan dilakukan pemeriksaan RT PCR bersamaan dengan sampel yang
dikumpulkan pada penelitianini. Jumlah sampel yang akan dilakukan pemeriksaan RT
PCR sebanyak 900 + 350 sera dari Ciamis
=
1250 sera.
Untuk menentukan strain virus akan disekuensing gen E dari masing-masing
serotipe virus dan diperlukan paling sedikit 20 sampel per masing-masing kota. Oleh
karena jumlah sampel yang ada belum memenuhi kriteria, maka akan dilakukan
sekuensing gen E pada semua sampel positif virus dengue yang sudah terkumpul.
Jumlah sampel yang sudah dapat dilakukan identifikasi gen E, Medan 58, Pontianak 54,
Jakarta 36 dan Kupang 36, dan Ciamis 100 sampel. Jumlah sampel yang akan dilakukan
identifikasi gen E adalah 284 sampel.
Bila untuk sekuensing gen E diperlukan masing-masing 4 primer untuk masing­
masing serotipe, maka satu sampel akan disekuensing sebanyak 4 kali, maka jumlah
pemeriksaan sekuensing gen E yang akan dilakukan adalah 284 sera x 4 kali
=
1136
pemeriksaan sekuensing.
Untuk sekuensing keseluruhan genome, diambil 1 sampel untuk masing-masing
serotipe dari masing-masing kabupaten/kota. Jumlah keseluruhan sampei yang akan
disekuensing whole genome ; 4 serotipe x 10 kabupaten/kota
=
40 sampei.
Bila pemeriksaan sekuensing whole genome untuk satu serotipe virus memerlukan 30
primer, maka jumlah pemeriksaan sekuensing yang akan dilakukan untuk identifikasi
26
'
whofe genome adalah;
30 primer x 4 serotipe x 10
kabupaten kota
=
1200 pemeriksaan sekuensing
Jumlah keseluruhan pemeriksaan sekuensing
adalah 1136. Untuk mengantisipasi
kekurangan reagen karena kegagalan pem2riksaan sehingga perlu diulang, maka jumlah
pemeriksaan ditambah 10
%.
Sehingga jumlah keseluruhan pemeriksaan sekuensing
2570 pemeriksaan.
Namun oleh karena perjanjian kerjasama kedua instansi tidak dapat dispakati,
pekerjaan identifikasi genetik dilakukan di lapratorium virologi Utbangkes oleh peneliti
Litbangkes. Oleh karena jumlah reagen yang disediakan untuk pemeriksaan sekuensing
di Litbangkes hanya untuk 1000 reaksi, maka sekuensing gen E yang tadinya akan
dilakukan terhadap 20 sampel per serotipe per kota, maka dikurangi menjadi 1 per
serotipe per kota. Dan pemeriksaan sekuensing keseluruhan genom yang tadinya akan
dilakukan terhadap 1 serotipe virus per kota ditiadakan, diganti dengan pemeriksaan
gen NSl untuk 1 sampel per serotipe per kota.
a.
Cara Pengumpulan sampe: :
Anak-anak atau dewasa penderita DBD (derajat I, II, Ill dan IV) yang dinyatakan
memungkinkan untuk diambil darahnya oleh dokter ahli anak atau dokter ahli penyakit
dalam, akan d iambil darah vena Cubiti sebanyak 5 ml.Serum darah dipisahkan,
dimasukkan ke dalam Cryovials dan disimpan dalam freezer -20°C. Pada waktu yang
sudah ditentukan sera yang sudah terkumpul akan diambil dan dibawa ke
laboratorium virologi di Pusat Biomedis dan Teknologi Dasar Kesehatan, Badan
·
Litbangkes.
,
4.5. Definisi Operasiona/
..
Sampel positif 080
adalah sera tersangka penderita DBD yang dinyatakan
memenuhi
kriteria inklusi oleh klinisi setempat dan menunjukkan hasil positif pada
hasil
pemeriksaan serologi (RT-PCR).
27
4.6. Bohan dan prosedur kerja
Sampel serum yang sudah terkumpul terlebih dahulu dilakukan pemeriksaan ELISA
untuk
konfirmasi
diagnosis.
Kemudian
dilakukan
pemeriksaan
RT PCR
untuk
rnenentukan antigen dan serotipe virus dengue.
a.
Pemeriksaan ELISA (Enzyme Linked lmmunosorbent Assay)
Pemeriksaan ELISA untuk deteksi antibody terhadap virus dengue menggunakan kit
PanBio lgM Capture ELISA dan PanBio lgG Capture ELISA.
Cara kerja untuk deteksi lg M Dengue :
1. Pastikan semua reagen dan strip untuk tes berada pada suhu ruang sebelum
digunakan.
2.
Encerkan serum dengan menggunakan serum diluent (pink) perbandingan 1:100.
•
3.
Encerkan calibrator, kontrol positif dan kontrol negative denagn serum diluent.
•
·
495ul serum diluent + Sul serum
495ul serum diluent + Sul controls
4. Tambahkan lOOul serum yang telah diencerkan serta kontrol pada sumur plate untuk
tes sesuai dengan tempat yang telah dltentukan.
5.
lnkubasi plate microtiter selama 60 menit pada suhu 37°C
±
1°c.
6. Siapkan Antigen-Monoclonal Antibody Tracer mix. Untuk plate 96 well, tambahkan
•
•
40ul antigen (biru) + 9960ul Antigen diluent
Ambil 6ml antigen yang sudah diencerkan dan tambahkan dengan 6ml of Mab
Tracer (kuni itg�
•
lnkubasi mix selama 60 menit pada suhu ruang.
7. Cuci sebanyak 6 kali dengan wash buffer.
Encerkan Wash Buffer:
•
950ml aquadest + SOml wash buffer concentrate
8. Tambahkan lOOul Antigen-Monoclonal Antibody Tracer mix pada masing-masing
sumur.
28
9.
lnkubasi plate mikrotiter 60 menit pada 37°C ± re.
10. Ulangi pencucian seperti langkah no 7.
11. Add 100ul TMB into each well.
12.
lnkubasi plate mikrotiter selama 10 menit pada suhu ruang.
13. Tambahkan Stop Solution pada masing-masing sumur.
14. Baca plate mikrotiter pada 450nm, dengan reference jilter 630nm.
15. Kalkulasi :
•
Cut-off= Mean absorben Calibrator x Calibration Factor
•
Calculated value = (Absorbance I Average of Cut-off) x 10
•
Serum dikatakn positif lgM Dengue jika hasil perkalian lebih besar dari 11.
Cara kerja untuk deteksi lg G Dengue :
1. Pastikan semua reagen dan strip untuk tes berada pada suhu ruang sebelum
digunakan.
2.
Encerkan serum dengan menggunakan serum diluent (pink) perbandingan 1:100.
•
49Sul serum diluent + Sul serum
3. Encerkan calibrator, kontrol positif dan kontrol negative denagn serum diluent.
•
49Sul serum diluent + Sul controls
4. Tambahkan 100ul serum yang telah diencerkan serta kontrol pada sumur plate untuk
tes sesuai dengan tempat yang telah ditentukan.
5. lnkubasi
plate microtiter selama 60 menit pada suhu 37°C
±
l°C.
6. Siapkan Antigen-Monoclonal Antibody Tracer mix. Untuk plate 96 well, tambahkan
•
•
40ul antigen (merah) + 9960ul Antigen diluent
Ambil 6ml antigen yang sudah diencerkan dan tambahkan dengan 6ml Mab
Tracer (hijau)
•
lnkubasi mix selama 60 menit pada suhu ruang.
7. Cuci sebanyak 6 kali dengan wash buffer.
Encerkan Wash Buffer:
•
9S0ml aquadest + SOml wash buffer concentrate
29
8.
Tambahkan 100ul Antigen-Monoclonal Antibody Tracer mix pada masing-masing
sumur.
9. lnkubasi plate mikrotiter 60 menit pad a 37°C ± l°C.
10. Ulangi pencucian seperti langkah no 7.
11. Add lOOul TMB into each well.
12. lnkubasi plate m ikrotiter selama 10 menit pada suhu ruang.
13. Tambahkan Stop Solution pada masing�masing sumur.
14. Baca plate mikrotiter pada 450nm, dengan reference filter 630nm.
15. Kalkulasi :
•
•
•
Cut-off= Mean absorben Calibrator x Calibration Factor
Calculated value = (Absorbance I Average of Cut-off) x 10
Serum dikatakn positif lg G Dengue jika hasil perkalian lebih besar dari 22.
b. Pemeriksaan RT PCR
lso/asi RNA
RNA virus
diisolasi terlebih dahulu dengan menggunakan menggunakan QIAamp Viral RNA
Mini Kit (Qiagen). Lisis virus menggunakan buffer yang mengandung guanidin tiosianat,
diikuti dengan 2 kali pencucian menggunakan buffer yang salah satunya juga mengandung
guanidin tiosianat. Filatrasi menggunakan QIAamp Mini spin column dan terakhir elusi
menggunakan buffer yang mengandung RNase free water dengan 0,04% sodium azida.
Cara kerja:
1. Untuk 1 sampel, siapkan 560 µI buffer AVL dengan 5,6 µI carrier RNA (yang sudah
dilarutkan dengan buffer AVE dan tersimpan pada suhu -20°C).
2.
Bekerja pada Biosafety Cabinet Class 11,
tambahkan 140 µI serum pada Buffer
AVL/Carrier RNA (560 µI) pada tabung mikrosentrifus. Mix dengan vortex selama 15 detik.
3. lnkubasi
pada suhu ruang (15-25°C) selama 10 min.
4. Sentrifus untuk menurungkan cairan pada ruru tabung.
S.
Tambahkan 560 µI ethanol absolut pada masing-masing sampel, mix dengan vortex
30
selama 15 detik.
6. Pindahkan
630 µI larutan dari tahap 5 ke QIAamp spin column, tutup dan sentrifus 8000
rpm selama 1 menit. Tempatkan QIAamp spin column pada collection tube yang sudah
disiapkan, buang ta bung yang mengandung filtrat.
7. Hati-hati
8.
membukan QIAamp spin column dan ulangi tahap 6.
Hati-hati buka QIAamp spin column dan tambahkan 500 µI buffer AWl, tutp tabung dan
sentrifus 8000 rpm selama 1 menit. Pindahkan QIAamp spin column pada collection tube
yang bersih, buang tabung yang mengandung filtrat.
9.
Hati-hati buka QIAamp spin column, dan tambahkan 500 µI buffer AW2. Tutup tabung
dan sentrifus 14,000 rpm selama 3 menit. Ulang setrifus 14,000 rpm selama 1 menit
setelah mengganti collection tube.
10. Tempatkan QIAamp spin column pada tabungmikrosentrifus 1.5 ml. Buang collection
tube
yang mengandung filtrat. Buka QIAamp spin column dan tambahkan 60 µI of buffer
AVE.
Tutup, inkubasi pada suhu ruang selama 1 menit.Sentrifus pada 8000 rpm selama 1
menit.
11. Buang column filter dan simpan RNA dalam refrigerator selama menyiapkan PCR
master mix.
RT PCR (Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction)
Penentuan serotipe menggunakan protokol RT-PCR dari Lanciotti 8 dengan sedikit
modifikasi sesuai dengan protokol dari reagen yang digunakan, yaitu Platinum Taq DNA
Polymerase (lnvitrogen).
Tabel 4. Primer serotyping
Primer
Sequence
Genome
Product size
position
(bp)
01
5'-TCAATATGCTGA AACGCGCGAGAAACCG-3'
134-161
511
02
5'-TTGCACCAACAGTCAATGTffiCAGGTTC-3'
616-644
511
TSl
5'-CGTCTCAGTGATCCGGGGG-3'
568-586
482
(Dl & TSl)
31
I
·-·-
232-252
5'-CGCCACAAGGGCCATGAACAG-3'
TS2
----
-
TS3
5'-TAACATCATCATGAGACAGAGC-3'
TS4
5'-CTCTGTTGTCTTAAACAAGAGA-3'
•
I
119 (Dl & TS2)
400-421
290 (Dl & TS3)
506-527
392 (Dl & TS4)
Amplifikasi I (PCR I)
1. RT PCR master mix menggunakan lnvitrogen Superscript Ill with Platinum Taq cat no
12574-026
2.
Cairkan reagen (2x Reaction mix, Distilled water, Primer Dl dan 02 kecuali enzim Taq
polymerase, karena enzim ditambahkan terakhir).
3.
Persiapan reagen dilakukan pada laminar flow.
4.
Pada tabung sentrifus 1,5 ml siapkan reagen sebagai berikut:
5.
Reagen
Vol (µ/)
2x Reaction mix
12.5
Destilled water
4.5
Primer Dl
1
Primer D2
.1
Platinum Taq
1
Jumlah
20
Pada ruangan terpisah (ruang ekstraksi )t ambahkan 5 µI RNA pada campuran reagen
tersebut.
6.
Set pada mesin PCR dengan protocol sebagai berikut:
1. 48.0
45:00
2.
94.0
02:00
3.
94.0
00:30
60.0
01:00
t· 40 x
68.0
02:00
_i
"i
!
!
32
4.
68.0
5.
8.0
07:00
00
Amplifikasi II
1.
2.
Siapkan reagen pada tabung sentrifus 1,5 ml dengan komposisi sebagai berikut:
Reagen
Vol (µI)
2x Reaction mix
12.5
Destilled water
2.4
Primer Dl
1
Primer TSl
1
Primer TS2
1
Primer TS3
1
PrimerTS4
1
Platinum Taq
0.1
Jumlah
20
Di ruangan terpisah, bekerja pada BSC 11, encerkan amplikon hasil PCR I dengan
pengenceran 50 kali (49 µI destilled water + 1 µI RNA hasil PCR I).
3.
Tambahkan 5 µI RNA yang telah diencerkan pada reaction mix.
4.
Set mesin PCR dengan protocol sebagai berikut:
1.
94.0
02.00
2.
· '9�.u
01:00
1
i
58.0
01:00 � 2 0 x
72.0
02:00 J
3.
72.0
10:00
4.
8.0
I
00
5. Amplikon hasil PCR II dilanjutkan dengan dielektroforesis .
33
Hasil amplifikasi diidentifikasi dengan menggunakan gel 2 %.
Elektroforesis
Persiapan gel agarose 2% : timbang 2 gr agarose, dengan menggunakan tabung Erlenmeyer
250 ml larutkan dalam 100 ml 1 x TBE buffer.* Didihkan, sebelum dingin tambahkan 10 µg
ethidium bromide(dalam larutan)** campur hingga rata. Tuang pada cetakan gel, hindari
terbentuknya gelembung udara, biarkan dingin (± sel.a ma 30 menit). Simpan dalam
refrigerator bila belum akan digunakan.
*Untuk membuat TBE buffer 1 x, tambahkan 100 ml TBE buffer 10 x pada 900 ml
distilled water
**Tergantung pada konsentrasi Ethidium Bromide dari produsen, atur agar terdapat
10 µg terdapat
pada gel
1. Pada tangki yang terisi 1 x TBE, masukkan gel
2. Tambahkan 1 ul loading dye yang telah dicampur dengan 10 ul (tergantung ukuran
well pada gel) amplicon (produk PCR) pada masing-masing well. Jangan lupa
tambahkan marker pada well yang terakhir
3. Hubungkan tangki gel dengan kabel listrik dan nyalakan. (Detil penggunaan alat
berbeda-beda untuk masing-masing merk).
4.
Proses elektroforesis berlangsung selama 40 menit. Hasilnya dibaca dengan
menggunakan Gel doc.
c.
Pemeriksaan sekuensing
Primer yang akan digunakan pada penelitian ini adalah primer yang sebelumnya telah
digunakan untuk sekuensing sampel DBD dari Indonesia tahun 2004 oleh Harun S dkk
(komunikasi pribadi). Urutan primer yang akan digunakan Tabel 5.
34
Tabel 5. Primer Genotyping
Kode
1 Sekuen Primer
Dengue
Dlal
5'-ACAGCTTCCCCTGGTGTIGG-3'
DEN-1
D1A2
5' - DTCTTCCCAACTGGAYACATG-3'
DEN-1
5'-YACRCARTCATCTCCRCTGAT-3'
DEN-1
5' -CACTCCACTGAGTGAATICTCTCT-3'
DEN-1
-
5' -GGRATRACATCCCATGGTTT- 3'
DEN-1
ID1A7
5' -AGRACACGTAACGTICTWCCTTC-3'
DEN-1
5'-CCTACCTCCTCCTARAGATTTCA-3'
DEN-1
D1A8
5' -CAAGTCCCATCAATATAGCTGC-3'
DEN-1
D1A9
5'-CCAGlYARCACAGCTATCAAAGC-3'
DEN-1
DlAlO
5'-TCTCTCYGGCTCAAAGAGGG-3'
DEN-1
OlAll
5' -CRTAGCCTGARTTCCATGATCT-3'
DEN-1
01A12
5'-CCTCGTCCTCAATCTCTGGTAG-3'
DEN-1
01A13
5' -TICCACTTCYGGAGGGCT-3'
DEN-1
01A14
5'- CCGGAAGCCATGTTGTTTT-3'
DEN-1
OlAlS
5'-GCAlYTTTCTRCTCCATCTGGATC-3'
DEN-1
01A16
5' -CARCTTCCARGTYTCGTICTI-3'
DEN-1
01A17
5'-CCAATGGCYGCTGAYAGTCT-3'
DEN-1
D1A18
5'-AAAGGTGGYTCYGYYTCAAT-3'
DEN-1
D1A19
5'-GTTTGTGGACRAGCCATGATI-3'
DEN-1
01A20
5' -CGTCTTCAAGAGTTCAATGTCC-3'
DEN-1
01A21
5'-CATYGCAATRAG RGTGCACAT-3'
DEN-1
01A22
5'-AGCTICCGATICGAAACTGT-3'
DEN-1
D1A23
5' -AGAACCTGTIGATICAACAG-3'
DEN-1
0151
5'-TRGCTCCATCGTGGGGAT-3'
DEN-1
01$2
5'-TIGCTYTCAGGCCAAGGACC-3'
DEN-1
0153
5' -AAACGTICCGTSGCACTGGC-3'
DEN-1
0154
5' -TGTGTGTCG MCGAACGTT-3'
DEN-1
DlSS
5'- GCAATGCACACYGCGTTG-3'
DEN-1
5' -GGYTCTATAGGAGGRGTGTICAC-3'
DEN-1
01A3
D1A4
OlAS
i
I
!
�
D1A6
01$6
!
01$7
i
5'-GGCCCAAGG RAARAAAATG-3'
DEN-1
01$8
I
5'-ACAAACAGCAGGGCCRTGGCA-3'
DEN-1
01$9
I
5' -CCTAGCYYTGATGGCYACTTT-3'
DEN-1
5'-RGCYGGSCCACTAATAGCT-3'
DEN-1
I
----t01$10
'
35
01$11
5' -AAGAGRCTGGAACCRAGYTGGGC-3'
DEN-1
D1Sl2
5' AAATGGCAGAGGCGCTCAAGGG-3'
DEN-1
DlS13
5' -ACAAAAAAYAAYGACTGGGACTAT-3'
DEN-1
01$13
5' -ATGGRGAAAGGAACAACCAG-3'
DEN-1
01$15
5'-GGATAGCGGCCTCYATCATACT-3'
DEN-1
DlS16
01$17
! 5'-GCAAARGCYACTAGAGAAGCTCAA-3'
i
DEN-1
5'-GAAACRACYAAACAYGCAGTG-3'
DEN-1
S'-CCACYCATGAAATGTAYTGGGT-3'
DEN-1
01519
S'-GCCARGTGGTTATGGGGTTT-3'
DEN-1
01520
S'-GGATGATCTTCAGAATGAGGC-3'
DEN-1
01$21
5'-TYATGAAGGATGGGAGGGA-3'
DEN-1
01522
S'-AGTTGTTAGTCTACGTGGAC-3'
DEN-1
D2Al
5'-AGGAAACGAAGGAACGCC-3'
DEN-2
02A2
5'-ACGCCATGCGTACAGCTT-3'
DEN-2
02A3
5'-CCGTYGTCATCCATTCATG-3'
DEN-2
02A4
5'-TTTCTTCTGTG RCTGTCAGGTG-3'
DEN-2
D2AS
5' -TCTGCTGCC1111GCCTT-3'
DEN-2
D2A6
5'-CATGGTAWGCCCAYGTTTTGT-3'
DEN-2
02A7
5'-TTCTGGCGGRRTGAAGAA-3'
DEN-2
D2a8
5'-TGACACYGCAATGGTAGTGTT-3'
DEN-2
5' -CAATGCTATGTCTCARCATTGGTGT-3'
DEN-2
D2A10
5'-TACGCCCTTCCRCCTGCTTCA-3'
DEN-2
D2A11
5' -CCAGTGTGCACAGTCTTCATCAT-3'
DEN-2
02A12
S'-ATGG RTCTCTRCTTCCCGG-3'
DEN-2
02A13
S' -CACCATTACCATAAAGACCCAC-3'
DEN-2
D2A14
5' -GCCGTGATTGGTATTGATACAGGA-3'
DEN-2
D2A15
5'-GTGCAACTCACTTTCCATGC-3'
DEN-2
02A16
5'-CGGCTGTGACCAAGGAGTT-3-'.).,.
DEN-2
D2A17
5' -CCGCTGACATGAGTTTTGAGTC-3''
DEN-2
D2A18
5'-CCACTGCCACATTTCAGTTC-3'
DEN-2
02A19
S'-GGCGRCCTAAGACATRTCI111-3'
DEN-2
D2A20
5'-GCCATARCCTGTCARTTCTGC-3'
DEN-2
5'-CTGAAACCCCTTCTACAAAGTCTC-3'
DEN-2
5'-TGTGGTTCTCCGTTACGTGT-3'
DEN-2
5'-AGMCCTGTTGATTCAACAG-3'
DEN-2
5'-GCAACAGCTGACAAAGAGATTCTC-3'
DEN-2
DlS18
02a9
D2A21
D2A22
D2A23
0251
i
-j
---·---
36
0252
5' -CACCACRGGAGAACAYAGAAGA-3'
DEN-2
0253
5' -CAGCCTAAAWGAAGAGCAGGA-3'
DEN-2
02S4
5' -GCGAAGAAACAGGATGTIGTIG-3'
DEN-2
0255
5' -GGTGACACAGCCTGGGATTI-3'
DEN-2
0256
5'-YATGACAGGAGACATCAAAGGA-3'
DEN-2
0257
5'-WCAACACAACTAYAGACCAGGCT-3'
DEN-2
0258
5' -TGGGCGTGACTIATCTIGC-3'
DEN-2
0259
5' -GCATTTIRGCCAGTTCTCTCCTA-3'
DEN-2
02510
S'-GYGCTGTYCTAATGCATAAAGG-3'
DEN-2
02511
5'-YAGAGTCGTGGCAGCTGAA-3'
DEN-2
02512
5'-GGAAGACYTTTGATTCTGAGTATGT-3'
DEN-2
02513
5'-GCAGACAGAAGGTGGTGTTTI-3'
DEN-2
02514
5' -CCACACTGGATAGCAGCTTCAATA-3'
DEN-2
02515
5' -GACTYCAAGCAAAAGCAACC-3'
DEN-2
02516
5'-CAGGAAGTGGATAGAACCTTAGCA-
DEN-2
02517
5'-CTCTCACG RAACTCCACACAT-3'
DEN-2
02518
5'-RGCAGAGTGGCTKTGGAAA-3'
DEN-2
02519
5'-GGGACACAAGAATCACACTAGAAG-3'
DEN-2
02520
5' -AGGAATACACAGATTACATGCCA-3'
DEN-2
02521
5' -GGAATGGTGCTGTTGAATCAAC-3'
DEN-2
02522
5'-AGTWGTTAGTCTACGTGGAC-3'
DEN-2
D3A1
S'-GGTTTCTCACGCGTTICAG-3'
DEN-3
03A2
5' -TTTIAACGTCCTTGGACGG-3'
DEN-3
03A3
5'-GGATGCTAGTCTRAGATCTCTTCTG-3'
DEN-3
5' -CTGCCTCTTTGGTCTTTCCT-3'
DEN-3
5'-CGTTCTCTGTCCACAAGTTICC-3'
DEN-3
03A6
5'-GCATTRACATGTCGRGTTCC-3'
DEN-3
03A7
DEN-3
03A8
5'I
· CCTCGCACTTCTGTRACTTI-3'
5'-TTGAACTGCACACARAACCAG-3'
DEN-3
03A9
5' -CACCTGGYTCYTTAGACATTCCTA-3'
DEN-3
03A10
5'-GCYGCAAARTCCTTGAATTCCT-3'
DEN-3
D3A11
5' -TTGGTCCAGCCAGGATCA-3'
DEN-3
03A12
5'-GTGAAATGRGCCTCATCCAT-3'
DEN-3
03A13
5' -CCTGGCATGGTTTGAAAGTT- 3'
DEN-3
5'-ACTGTGATCATTAARTIGTGGGA-3'
DEN-3
5'-CCCCARAGCRATTCCATT-3'
DEN-3
03A4
03AS
D3A14
03A15
I
I
I
--�·..-------
37
D3A17
5'-CACTIGGACACTCCGGTGT-3'
DEN-3
ID3A18
5' -GATICCTATCGCAATGCATG-3'
DEN-3
D3A19
5' -GCGTTTCKGAGACTICTITCTIC� 3'
DEN-3
D3A20
5' -GACGGTGTATTTGAGGTICTCA-3'
DEN-3
D3A21
5'-GGCTAGTATGGTRAACCCTGG-3'
DEN-3
D3A22
5'-CCTTCTTGAAGCCTTIYARGACCT-3'
DEN-3
03A23
5' -AGAACCTGTIGATICAACAG-3'
DEN-3
0351
5'-CAGTTICGACTCGGAAGCTT-3'
DEN-3
0352
5' -CAACATGTGCACACTCATAGCC-3'
DEN-3
0353
5'-GACTACCATGGCTAAGAACAAGC-3'
DEN-3
0354
5'-GAAGAACAAAGCATGGATGGTA-3'
DEN-3
0355
S'-TGAACCTCCI11IGGGGAA-3'
DEN-3
0356
S'-CCMAAAAGATIGGCAACAGC'3
DEN-3
S'-CATGGGCTATIGGATAGAAAGC-3'
DEN-3
0358
5'-GGTGATGAGAGGAAAATTIGGG-3'
DEN-3
0359
5'GAAAACAGATIGGCTCCCAA-3'
DEN-3
03510
S'-CCCCCCAGAGACACAGAAAG-3'
DEN-3
03511
S' -CGACACCAGAGTIGGAAGAAG-3'
DEN-3
03512
5'-GCTCATGGAATICAGGCAAT-3'
DEN-3
03$13
5' -CCAGCTCTCTTTGAACCAGAAA-3'
DEN-3
03$14
5'-CTCYTGGGACTGATGATCTTGT-3'
DEN-3
03515
5'-CTGATGGGTTT RGACAAAGGA-3'
DEN-3
03$16
5'-1111ICTATYATGAAATCAGTIGGA-3'
DEN-3
03$17
5'-CAACAGTGGAAGAAAGCAGAAC-3'
DEN-3
03518
S'-ACAAAACCATGGGATGTGG-3'
DEN-3
03519
S'-CTGGTICTCGCGTGAAAAC-3'
DEN-3
03520
5'-GGGATGATTGCGTAGTGAAA-3'
DEN-3
03521
S' -TCCAGTCACAACGTGGGAA-3'
03522
5'-TGTACCTCCTTGCAAAGGACTA-3'
DEN-3
03523
5'-AGTIGTIAGTCTACGTGGAC-3'
DEN-3
AFl
5' -AACGAAAMAAGGTGGTIAGRCCA-3'
DEN-4
AF2
5'-CYATGGAYYTGGGTGAWATGTGTG-3'
DEN-4
AF3
5' -TYWCAACYRTRGCYCARG GAAA-3'
DEN-4
AF4
5'-AYTATGGAGAAYTRRYACT-3'
DEN-4
AFS
5'-GGAGCTCCRTGTAAARTBCCCAT-3'
DEN-4
AF6
5' -RRYYGTTGGAGGWATYACYCTGTI-3'
DEN-4
0357
:
I
DEN-3· . '
.....f
.
• ..,..__
-- -
-
38
ARl
5' -CTIGCCITYGGTCAACACCC-3'
DEN-4
AR2
5' -TGARACYCCTCCAAACATRGTIGT-3'
DEN-4
AR3
5' -TICCCTIRATYCTCAAYTIYTCCA-3'
DEN-4
AR4
5' -TG RR KRTCTCCRTIGTG RACTGT-3'
DEN-4
5'-GCGACYAGCATCATIAG RACAAAG-3'
DEN-4
!
5'-TRAGRGGTICRCCATCTCTKGTI-3'
DEN-4
i
I
5'-GGATGGACTIACTACGAGCCCTCA-3'
DEN -4
5'-GGAGCYCARGCTYTRCCAGTGTA-3'
DEN-4
BRl
5'-CCTCGTIAAGRGGCCARGATC-3'
DEN-4
BR2
5'-TGATGGCTADGTGGRTMTGTCCT-3'
DEN-4
CFl
5'-TGCTATICTCAAGTGAACCCAACA-3'
DEN-4
CF2
S'-GGACCARYYTTRACCTIRTGGG-3'
DEN-4
CF3
5'-TCAAGCATGCAGTATCWAGAGGGT-3'
DEN-4
i
5'-GGCTICAGTCCTGTCCACTICTAG-3'
DEN-4
j
5'-GCCCATGTWGTYCTCATCARGAGT�3'
DEN-4
I 5'-ARAGCATGACTARGGAWGCTGTCA-3'
DEN-4
DFl
5'-SVRAAGAACATICAYWCGGCYATA-3'
DEN-4
DF2
5'-AAAAACGCAGCARAAAGGGG-3
DEN-4'
DRl
5'-ATCCATCTTGCGGCGCTCTGTG-3
DEN-4
DR2
5' -TCAARCCGTGGCACAAGTGG-3'
DEN-4
5':.GYTATRGCCGWRTGAATGTICTI-3'
DEN-4
AR4
AR6
I
BFl
BF2
CRl
CR2
CRM3
DRM3
j
I
•,
·-vo. .
< :
39
Gambar 8. Urutan strategi sekuensing yang dilakukan untuk mendapatkan genom virus.
Sampel RNA virus
cDNA
PCR 1
PCR 2
...._
_
P cR 3
_
_
_,I .__I
_
E
j .__
J
_
Pc
_
R
_
4_____.
_
Pc
_
R_
s_.
NSl-NSS
I 3'UTR
Primer forward dan reverse didisain overlapping. Tm antara 55 dan 6S°C dengan GC
content35 sampai 60%.
Amplifikasi cDNA untuk sekuensing
Primer untuk identifikasi genetic dioptimasi terlebih dahulu dengan menggunakan
protokol kerja sebagai berikut:
·,R�verse Transcription untuk persiapan template region E/NSl.
•
Pada tabung PCR disiapkan reaksi RT dengan komposisi sebagai berikut:
Serotype-specific primers (1 µI each) 2
Nuclease-free water 4
10 mM dNTP mix 1
RNA sample 6
lnkubasi pada 65° C selama 5 menit, segera taruh di atas es selama 3 mint.
40
Tambahkan :
5X
First Strand Buffer 4 µI
0.1 M OTT 1 µI
RNAse Out (40U/µI) 1
Superscript Ill RT 1 µI
Sehingga total volume 20 ul
Dengan menggunakan pipet, mix campuran dan inkubasi pada thermal cycle dengan
Kondisi :
55° C for 60 minutes
70° C for 15 minutes
4° C hold
Pada tabung PCR buat campuran reagen untuk reaksi RT dengan komponan sebagai
berikut:
lOX
Pfu Buffer 5 µI
10 mM dNTP Mix 1 µI
cDNA 2 µI
Sense primer* (10 pmol) 1 µI
Antisense primer* (10 pmol) 1 µI
Pfu Turbo DNA Polymerase, 2.5 U/µI 1 µI
Nuclease-free water 39 µI
Total volume 50 µI
* Menggunakan Primer yang spesifik untuk mesing-masing serotipe.
Thermal cycle setting:
95° C for 2 menit,
45 cycles konsidi :
95° C for 30 seconds
55° C for 1 minute
41
72° C for 4 minute 30 seconds
72° C for 10 minutes
4°C hold
Sekuensing DNA
Fragmen hasil purifikasi dengan PCR dilakukan pemeriksaan sekuensing dengan mesin
Applied Biosystem 3730 xi DNA Analyzer, dan kit BigDye Terminator v 3.1.
4. 7. Analisis Data
Data klinis akan dianalisis menggunakan program SPSS v 15.
Analisis data sekuensing dilakukan dengan perangkat lunak Genetix 2.0 dan BioEdit 7.0
(http://www.mbio.ncsu.edu.BioEdit/bioedit.html). Runutan nukleotida hasil sekuensing
diperiksa ulang dengan membandingkannya dengan elektropherogram, kemudian
disambung satu sama lain sehingga menghasilkan runutan nukleotida lengkap gen E.
Runutan nukleotida gen E dibandingkan dengan strain virus dengue lainnya yang berasal
dari kasus dengue di Indonesia dan Thailand.
V. PERTIMBANGAN IZIN PENELITIAN
Penelitian ini menggunakan serum yang berasal dari penderita DBD. Oleh karena itu di'm_int'tkan
\
izin etik karena menggunakan sampel manusia
42
VI. HASIL PENELITIAN
1. Deskripsi
Untuk mencapai jumlah target sampel kasus DBD untuk penelitian ini, kami membandingkan
data tren
kasus DBD dalam beberapa tahun sebelumnya. Data diperoleh dari Dinas Kesehatan
Provinsi.
Data dari masing-masing provinsi diikuti dengan hasil dari sampel yang telah
dikurnpulkan. Jumlah sampel yang terkumpul pada penelitian ini adalah
Manado, 270
dari Samarinda,
60 dari
660, 270
kasus dari
Ternate dan 60 dari Jayapura.
1. Samarinda
Samarinda
350
"'
::J
"'
ro
�
..c
co
E
::J
--
300
250
2009
200
2010
150
2011
-
100
50
0
Jan
Feb
Mar
Apr
Mei
Jun
Jul
Ags
Sep
Okt
Nov
Des
Sumber : Dinas Kesehatan Provinsi Kalimantan Timur
Gambar 9. Tren kasus DBD di kota Samarinda
43
2012
Tabel 6. Distribusi sampel Samarinda
Jumlah
Peny Dalam
%
54
20
Anak
216
80
Laki-laki
165
61
Perempuan
105
39
Inf Primer
89
33
Inf Sekunder
181
67
46
17
Oerajat Penyaklt:
Bukan inf dengue
DD
119
44
DHF Grade I
30
11
DHF Grade II
59
22
DHF Grade Ill
16
6
Range Umur
3 th
-
67 th
2. Manado
350
300
VI
:J
VI
ro
:.,,::
..r:
ro
E
:J
\\
250
2008
200
2009
150
2010
1 00
-
2011
so
0
Jan
Feb Mar Apr May Jun
Jul
Aug Sep
Oct
Nov Dec
Sumber : Dinas Kesehatan Provinsi Sulawesi Utara
Gambar 10. Tren Kasus DBD di kota Manado
44
Tabel 7. Distribusi sampel dari Manado
Jurnlah
Peny Dalarn
%
54
20
Anak
216
80
Laki-laki
162
60
Perempuan
108
40
Inf Primer
97
36
173
64
8
3
Inf Sekunder
Oerajat Penyaklt:
Bukaninf dengue
DD
178
66
DHF Grade I
57
21
DHF Grade I I
19
7
DHF Grade Ill
8
3
Rerata Umur
<5
59
22
6 sd 12
145
54
13 sd 18
35
13
30
11
>
18
45
3. Ternate
45
40
35
30
2008
25
2009
20
2010
-'*"" 2011
15
10
5
0
Jan
Feb
Mar
Apr
Mei
Jun
Jul
Ags
Sept
Okt
Nov
Des
Sumber : Dinas Kesehatan Provinsi Maluku Utara
Gambar 1 1 . Tren kasus DBD di kota Ternate
46
Tabel 8. Distribusi sampel dari Ternate
Jumlah
%
9
15
Anak
51
85
Laki-laki
26
43
Perempuan
34
57
9
15
51
85
Peny Dafam
Inf Primer
Inf Sekunder
Derajat Penyakit:
Bukan inf dengue
8
13
DD
10
17
D H F Grade I
10
17
DHF Grade I I
24
40
DHF Grade I l l
8
13
<6
3
50%
6 sd 12
3
50%
Umur
4.Jayapura
16
14
"'
12
32
10
E
8
;:)
VI
.c
ro
:J
...,
2010
2011
6
2012
4
0
Jan
Feb
Mc1r
1\pr
Mei
Jun
Jul
Ags
Sept
Okt
Nov
Des
Sumber: Dinkes Prov Papua
Gambar 12. Tren kasus DBD di kota Jayapura
47
Tabel 9. Distribusi sampel dari Jayapura
Jumlah
%
Peny Oalam
43
72
Anak
17
28
Laki-laki
43
72
Perempuan
17
28
Inf Primer
Inf Sekunder
26
43
34
57
9
13
42
72
9
15
0
0
0
0
Derajat Penyakit:
Bukan inf dengue
DO
DHF Grade I
DHF Grade II
DHF Grade Ill
Umur
<5
9
15
6 sd 12
17
28
13 sd 18
0
0
34
57
> 18
2. Manifestasi
Klinis
Diagnosis demam dengue dan demam berdarah dengue dikonfirmasi dengan pemeriksaan
antigen berupa deteksi RNA virus dan deteksi antibody yang terbentuk akibat infeksi berupa lg
M dan
lg G. lg G yang terdeteksi pada penelitian ini mengindikasikan adanya infeksi sekunder,
oleh karena kit yang digunakan diset untuk mendeteksi lg G yang meningkat pada awal infeksi.
'
Untuk konfirmasi d1z3n osis infeksi dengue apabila salah satu dari hasil RT PCR, lg M atau lg G
posltif maka penderita ditetapkan menderita infeksi dengue. Bila hanya RT PCR positif,
penderita terinfeksi virus dengue, bila lg M yang positif, penderita infeksi primer dan bila lg G
yang meningkat penderita infeksi sekunder. Bila ketiganya positif, penderita infeksi sekunder.
48
Tabel 10. Gambaran klinis conj;m infeksi dengue
Gejala
Demam
Jumlah
%
403
100
Lama demam
2 hr
37
9
3 hr
79
20
4 hr
143
5 hr
35
60
15
6 hr
15
4
Sakit kepala
135
34
Nyeri mata
46
11
Nyeri otot
39
10
Nyeri sendi
29
7
Mual
139
35
Nyeri perut
135
33
Muntah
170
42
Diare
17
4
Perdarahan spontan
37
9
Ruam kulit
37
9
Ronkhi
Hati membesar
6
1
83
21
Limpa membesar
33
8
Ptechie
33
8
RL
110
27
49
Tabel 11. Gambaran klinis infeksi dengue pada anak
Gejala
%
Jumlah
322
100
Sakit kepala
81
25
Nyeri mata
15
5
Nyeri otot
12
4
Demam
8
2
70
21
Nyeri sendi
Mual
80
25
125
39
13
4
spontan
15
5
Ruam kulit
15
5
6
2
Nyeri perut
Muntah
Dia re
Perdarahan
Ronkhi
Hati membesar
75
23
limpa membesar
29
9
Ptechie
13
4
98
30
RL
Tabel 12. Gambaran klinis infeksi dengue pada dewasa
Gejala
Jumlah
%
Demam
82
100%
Sakit kepala
55
67
Nyeri mata
32
39
Nyeri otot
27
33
Nyeri sendi
21
26
Mual
69
84
Nyeri perut
57
69
Muntah
46
56
4
5
Diare
'-
Perdarahan
spontan
23
28
Ruam kulit
23
28
Ronkhi
0
0
Hati membesar
8
10
limpa membesar
4
5
Ptechie
21
25
Rl
13
16
50
Tabel 13. Gambaran klinis infeksi primer pada anak
Gejala
Jumlah
%
Demam
91
100
Sakit kepala
25
27
Nyeri mata
2
2
Nyeri otot
4
4
2
2
Mual
14
15
Nyeri perut
17
19
Muntah
29
32
4
4
Nyeri sendi
Dia re
Perdarahan spontan
4
4
Ruam kulit
0
0
Ronkhi
2
2
Hati membesar
21
23
Limpa membesar
10
11
0
0
23
25
Ptechie
RL
Tabel 14. Gambaran klinis infeksi sekunder pada anak
Gejala
Jumlah
%
230
100
Sakit kepala
56
24
Nyeri mata
13
6
Nyeri otot
8
4
Nyeri sendi
6
3
Mual
56
24
Nyeri perut
62
27
Muntah
96
42
Demam
Dia re
8
Perdarahan
'" 4 .
(
spontan
10
4
Ruam kulit
15
7
0
0
Hati membesar
52
23
Limpa membesar
19
8
Ronkhi
Ptechie
13
7
RL
75
32
51
Tabel 15. Gambaran klinis infeksi primer pada dewasa
Gejala
Jumtah
%
Demam
29
100
Sakit kepala
18
62
Nyeri mata
9
31
Nyeri otot
11
38
Nyeri sendi
7
24
Mual
24
24
Nyeri perut
22
76
Muntah
22
76
2
7
5
7
9
31
Dia re
Perdarahan
spontan
Ruam
kulit
Ronkhi
0
0
Hati membesar
5
17
Limpa membesar
2
7
Ptechie
9
31
RL
4
13
Tabel 16. Gambaran klinis infeksi sekunder pada dewasa
Gejala
Jumlah
%
53
100
Sakit kepala
37
70
Nyeri mata
22
42
Nyeri otot
16
30
Demam
Nyeri sendi
14
26
Muat
45
85
Nyeri perut
35
66
Muntah
24
45
2
4
Perdara ha n'"s:io�tan
18
34
Ruam kulit
Dia re
14
26
Ronkhi
0
0
Hati membesar
4
8
Limpa membesar
Ptechie
RL
2
4
12
23
8
15
52
3. Hematologi
Tabel 17. Status hematologi penderita confirm infeksi dengue
Trombosit
Leukosit
range
range
Inf Primer
18500 - 450000
1500 - 3 1000
Inf Sekunder
5200 - 286000
200 - 68000
Anak
5200 � 450000
200 - 110000
Oewasa
8000 - 306000
1200 - 14000
01
5200 - 243000
1700 - 68000
Serotipe
virus
D2
8000 - 286000
1700 - 1 1200
03
38000 - 281000
1500 - 110000
04
185000 - 249000
1SOO - S400
4. Pemetaan serotipe
Tabet 18. Serotipe virus dari Samarinda
Jumlah
%
Den 1
21
11
Serotipe virus
Den 2
21
11
Den 3
18
9
Den 4
26
14
106
SS
Neg
Tabel 19. Serotipe virus dari Manado
Jumlah
%
Den 1
24
14
Den 2
31
19
Den 3
17
10
Serotipe virus
Den 4
Neg
s
3
91
54
53
Tabel 20. Serotipe vi rus dari Ternate
Serotipe virus
Jumlah
%
Den 1
0
0
Den 2
16
27
Den 3
10
17
Den 4
Neg
0
0
34
S6
Tabel 21. Serotipe virus dari Jayapura
Serotipe virus
Jumlah
%
Den 1
0
0
Den 2
17
28
Den 3
9
lS
Den 4
0
0
34
S7
Neg
5.
H u bu nga n serotipe dengan klinis
Tabel 22. Gambaran klinis infeksi dengue serotipe 1
Gejala
Jumlah
%
Demam
62
100
Sakit kepala
30
48
Nyeri mata
6
10
Nyeri otot
6
10
Nyeri sendi
6
10
Mual
27
10
Nyeri perut
34
SS
M u ntah
34
SS
Diare
34
55
spontan
0
0
Ruam kulit
3
5
Ronkhi
0
0
Hati membesar
18
29
Limpa membesar
10
16
6
10
15
24
Perdarahan
Ptechie
RL
54
Tabel 23. Gambaran klinis pada infeksi dengue serotipe 2
Gejala
Jumlah
%
Demam
77
100
Sakit kepala
34
44
Nyeri mata
17
22
Nyeri otot
11
14
Nyeri sendi
9
11
Mual
30
39
Nyeri perut
28
36
Muntah
34
44
2
3
4
5
17
22
Diare
Perdarahan
spontan
R u a m kulit
Ronkhi
0
0
21
27
Limpa membesar
0
0
Ptechie
9
12
28
36
Hati membesar
RL
Tabe 24. Gambaran infeks dengue serotype 3
Gejafa
Jumlah
%
Demam
48
100
Sakit kepala
19
40
4
8
Nyeri otot
2
4
Nyeri sendi
2
4
13
27
Nyeri mata
Mual
Nyeri perut
10
20
Muntah
20
41
Dia re
2
4
Perdarahan spontan
8
17
Ruam kulit
2
4
Ronkhi
2
4
13
27
4
8
2
4
13
27
Hati membesar
Limpa membesar
Ptechie
Rl
'
55
Tabel 25. Garnbaran infeksi dengue serotipe 4
Jumlah
Gejala
%
Demam
14
100
Sakit kepala
14
100
4
29
Nyeri mata
Nyeri otot
4
29
Nyeri sendi
4
29
Mual
0
0
Nyeri perut
4
29
Muntah
6
43
Dia re
2
14
Perdarahan spontan
0
0
Ruam kulit
4
29
Ronkhi
0
0
Hati membesar
4
29
Limpa membesar
2
14
Ptechie
2
14
4
29
RL
6. Strain virus dan
Analisis genom dengan klinis
Analisis strin virus pada tahap ini belurn dapat dilakukan. Hal ini disebabkan oleh batalnya
kegiatan deteksi genetic
virus
dengan
penggunakan
pemeriksaan sekuensing di Lembaga
Eijkman. Analisis genetik akan lebih focus pada gen E dan gen NSl saja oleh karena terbatasnya
reagen untuk perneriksaan sekuensing.
VII. PEMBAHASAN
1. Dekripsi
Distribusi
Data tren kasus DBD dari masing-masing kota digunakan untuk membandingkan serta meninjau
kembali target sampel pada penelitian ini. Di kota Manado dan kota Samarinda target jumlah
sampel masing-masing 270. Dengan melihat data tren kota Samarinda dan kota Manado, dapat
diprediksi bahwa jumlah kasus masih bisa dicapai hingga akhir waktu penelitian. Oleh karena
fokus penelitian ini pada identifikasi virus, maka penderita yang direkrut tidak hanya penderita
demam berdarah dengue tapi juga penderita demam dengue. Namun begitu kenyataannya
masih terdapat kekurangan jumlah sampel dibandingkan dengan target.
Demikian juga halnya dengan kegiatan penelitian di Ternate dan Jayapura. Target sampel yang
tadinya masing-masing 120, namun berdasarkan data tren di kota Ternate dan Jayapura tidak
mungkin untuk mendapatkan sampel dalam jumlah tersebut. Oleh karena itu jumlah target
sampel dikurangi menjadi 60 untuk masing-masing kota ternate dan Jayapura. Dan kasus yang
direkrut pada penelitian ini tidak hanya penderita demam berdarah dengue tapi juga demam
dengue.
Di kota Samarinda tahun 2009 dan 2010 jumlah kasus meningkat pada akhir dan awal tahun.
Sementara pada tahun 2011 dan 2012 walaupun data belum selesai, tampak ada penurunan
rata-rata jumlah kasus DBD tiap bulan. Hal yang hampir sama juga terjadi di Mandao, Ternate
dan Jayapura. Di Manado tahun 2010 terjadi lonjakan kasus DBD pada bu Ian Februari dan pada
tahun berikum�a jumlah kasus menurun.
Dari Rumah Sakit Umum Daerah Abdul Wahab Sjahranie terkumpul 192 sampel kasus DD dan
DBD, dengan jumlah penderita anak lebih banyak dibandingkan dengan jumlah penderita
dewasa.
Demikian juga dari Rumah Sakit Prof Kandou. Hal yang perlu mendapat perhatian
adalah jumlah kasus dengan infeksi sekunder yang lebih banyak, dimana pada infeksi sekunder
kondisi klinis lebih berat dibandingkan dengan infeks primer. Hal ini disebabkan oleh fenomena
ADE (Antibody dependent Ehancement), dimana antibody dari infeksi terdahulu yang berbeda
57
serotipe virusnya
terjadinya inifeksi.
tidak menentralisasi infeksi namun sebaliknya
akan mempermudah
Ketika jumlah vektor meningkat akibat tingginya curah hujan, besar
kemungkinan untuk terjadi lonjakan jumlah kasus infeksi dengue dengan manifestasi klinis yang
berat.
Jumlah kasus anak yang lebih banyak terdapat pada anak usia sekolah, dapat dihubungkan
dengan banyaknya tempat perindukan nyamuk di sekitar sekolah, yang mestinya menjadi
sasaran program.
Berdasarkan serotipe virus, dari kota Manado dan Samarinda telah ditemukan keempat
serotipe virus dengan perbandingan yang tidak jauh berbeda. Sementara dari Ternate dan
Jayapura virus dengue serotiep 2 dan 3 masih yang dominan.
2. Manifestasi
klinis
63 % penderita
merupakan infeksi sekunder. Demam merupakan gejala utama demam dengue
dan demam berdarah dengue. Walaupun beberapa penelitian melaporkan gejala infeksi virus
dengue sangat bervariasi, mulai dari tanpa gejala hingga dengan manifestasi klinis yang berat.
Penderita kebanyakan datang ke rumah sakit atau tempat pengobatan pada hari ke 4,
kemudian hari ke 3 dan hari ke 5. Saat dimana demam mulai turun namun belum tampak
perbaikan klinis malah semakin berat.
Sakit kepala dirasakan pada 34 % penderita. Hal ini kemungkinan disebabkan oleh banyaknya
kasus infeksi dengue pada anak sementara anak kurang mengeluhkan sakit kepala. Mual dan
muntah juga gejala yang mendukung kearah infeksi dengue 35 hingga 42 persen mengeluhkan
mual dan muntah, atau gangguan pencernaan lain seperti diare.
Pembesaran hati juga menjadi gejala yang mendukung kearah infeksi dengue. Beberpa studi
memperlihatkan terdapatnya kerusakan endotel pada liver sehingga menyebabkan darah
masuk ke jaringan menyebaban kesusakan sel liver. Rumple Leeds masih dapat menunjukkan
tanda infeksi virus dengue,
27
% penderita positif RL. Perdarahan spontan, ruam kulit juga
terdapat pada penderita confirm infeksi dengue.
Pada anak gejala demam, muntah, sakit kepala, nyeri perut, Rl positif, dan hati membesar
merupakan tanda dan gejala yang menonjol. Pada orang dewasa demam, mual, nyeri perut,
58
sakit kepala, muntah, serta nyeri mata, otot, sendi. Hal ini dapat disebabkan oleh karena orang
dewasa lebih mudah mengungkapkan letak rasa nyeri dan tidak nyaman dibandingkan dengan
anak-anak.
lnfeksi primer pada anak ditandai dengan
demam, muntah, dan sakit kepala. Hal berbeda
dengan infeksi sekunder adalah ptechie, yang merupakan manifestasi perdarahan spontan pada
kulit. Sementara tes Rumple Leeds juga positif pada infeksi primer walaupun tidak banyak
perbedaan. Pada orang dewasa gejala klinis pada infeks primer dan sekunder tidak tampk
banyak perbedaan, namun jumlah kasus yang dirawat oleh karena infeks sekunder lebih banyak
dibandingkan dengan infeksi primer.
3. Hematologi
Tidak banyak perbedaan berarti dari hasil pemeriksaan hematologi pada infeksi primer dan
sekunder, anak dan dewasa, maupun berdasarkan serotipe virus.
confirm
Bila dicermati, penderita
infeksi virus dengue baik itu infeksi primer maupun infeksi sekunder masuk ke
perawatan di rumah sakit tidak semua dengan nilai trombosit dan Leukosit yang tinggi, namun
beberapa hari kemudian akan menunjukkan perubahan nilai hematologi terutama leukosit.
Trombosit tidak selalu turun secara bermakna.
4. Pemetaan serotipe virus
Dari Samarinda keempat serotiep virus sudah ditemukan, dengan perbandingan jumlah masing­
masing serotipe hampir sama. Demikian juga dengan serotipe virus dari Manado. Bila
dibandingkan dengan penelitian sebelumnya di Kalimantan Barat, jumlah virus dengue serotipe
3 labih dominan
ditemukan.
Serotipe virus dari Ternate dan Jayapura baru meliputi serotipe 2 dan 3.
Belum dapat
diputuskan apakah serotipe 1 dan 4 tidak ada di ternate dan Jayapura mengingat jumlah sampel
yang terkumpul masih sedikit. Hal lain yang menjadi pertimbangan adalah mudahnya
transprtasi memungkinkan untuk penyebaran serotipe maupun genotype virus dengue dari
daerah lain.
59
S. Hubungan serotipe
dengan klinis penderita
'
Bila dibandingkan dengan serotipe virus, perbedaan klinis tidak banyak berarti. Namun
sebaiknyaa analisis ini dilakukan terhadap sampel dengan jumlah yang lebih banyak. Perlu
untuk mempertimbangkan strain virus yang menginfeksi untu, dibandingkan dengan klinis
penderita untuk pelihat pengaruh virus terhadap klinis penderita.
60
VIII. KESIMPULAN
1.
Manifestasi klinis penderita infeksi dengue sangat bervariasi, demam merupakan tanda awal
infeksi dengan manifestasi klinis yang ringan hingga berat. Kebanyakan penderita datang ke
Rumah Sakit pada hari ke empat saat dimana suhu mulai turun namun gejala penyerta lain
belum ada perbaikan bahkan bertambah berat.
Gejala penyerta yang utama adalah sakit kepala, mual, muntah, pembesaran hati serta gejala
perdarahan seperti Ptechie atau perdarahan spontan lain serta tes Rumple Leeds.
lnfeksi primer dan sekunder pada anak dibedakan dengan adanya ptechie.
2.
Hematologi
Pemerksaan hematologi yang menjadi pegangan pada infeksi virus dengue yang berat adalah
trombosit dan leukosit. Pada penelitian ini, penderita confirm terinfeksi virus dengue tidak
semua menunjukkan adanya penurunan trombosit dan leukosit pada saat datang ke Rumah
Sakit. Penurunan jumlah trombosit dan leukosit terlihat setelah beberapa hari di rawat di
Rumah Sakit.
3.
Dari Pemeriksoan serotipe virus di keempat kota, yaitu Samarinda, Manado, Ternate dan
Jayapura, tidak tampak dominasi serotipe virus tertentu. Serotipe virus di Samarinda dan
Manado serotipe 1,2 dan 3 hampir merata, sementara serotipe 4 lebih sedikit.
Serotipe virus dengue dari Ternate dan Jayapura hanya serotipe 2 dan 3, namun masih mungkin
untuk menemukan serotipe 1 dan 4 mengingat jumlah sampel yang diperiksa masih sedikit.
4. Tidak tampak
hubungan serotipe virus dengue dengan gejala klinis yang ditimbulkan.
61
IX. SARAN
Karena keterbatasan waktu, hasil dan pembahasan penelitian ini masih terbatas.
Pada
penelitian ini terdapat banyak informasi tentang infeksi virus dengue baik itu aspek klinis,
epidemiologi, serologi dan virologi. Untuk itu hasil dan pembahasan dari penelitian ini
masih mungkin untuk dikembangkan.
ldentifikasi genetik masih memerlukan waktu untuk optimasi primer gen E dan NSl. Selain
itu kuantitas RNA virus dari sampel tidak begitu tinggi, sehingga untuk itu diperlukan satu
tahap kegiatan lagi yaitu kultur virus. Memperbanyak kuantitas virus dengan kultur
diharapkan hasil pemeriksaan sekuensing memberikan hasil yang optimal.
X. UCAPAN TERIMA KASIH
Penelitian ini dibiayai dari DIPA Pusat Biomedis dan Teknologi Dasar Kesehatan (Pusat BTDK)
Sadan Litbangkes. Untuk itu kami mengucapkan terima kasih kepada bapak Kepala Pusat BTDK
beserta jajarannya.
Penelitian ini juga melibatkan Dinas Kesehatan di Provinsi Kalimantan Timur, Sulawesi Utara,
Maluku Utara dan Papua. Untuk kami mengucapkan terima kasih kepada Kepala Dinas
Kesehatan Provinsi di Kalimanta Timur, Sulawesi Utara, Maluku Utara dan Papua beserta staf
terkait.
' Kami juga mengucapkan terima kasih kepada Direktur RSUD A.W Sjahranie di Samarinda
beserta jajarannya, Direktur RSUP Prof Kandou di Manado beserta jajarannya, Direktur RSUD
Chasan Boesoirie di Ternate beserta jajarannya, dan Direktur RSUD Jayapura beserta
jajarannya. Demikian juga semua tim yang terlibat hingga terlaksananya penelitian ini.
62
XI. DAFTAR RUJUKAN
1. Pencegahan dan Pemberantasan Demam Berdarah Dengue di Indonesia. Direktorat
Jendral Pengendalian Penyakit dan Penyehatan lingkungan, Departemen Kesehatan,
2005.
2. Gubler, D. J. 1998. Dengue and dengue hemorrhagic fever. Clin. Microbiol. Rev. 11:480496.
3. Gibbons, R. V., and D. W. Vaughn. 2002. Dengue: an escalating problem. BMJ 324:1563156
4. World Health Organization. 1997. Dengue haemorrhagic fever: diagnosis, treatment,
prevention and control, 2nd ed. World Health Organization, Geneva, Switzerland.
5.
Suwandono A, listiyaningsih E, Vasudevan S et.al., 2004. Genetic Changes in the Pre­
membrane (prM) and Envelope (E) Genes of Indonesian Dengue 3 Viruses Isolated from
Outbreak of Increasing Severity, A Poster Presentation, ASTMH Meeting, 7-10
November 2004, Miami.
6. Chaudry, S.,Swaminathan, S., and Khanna, N. 2006. Viral genetics as a basis of dengue
pathogenesis. Dengue Bulletin. 30: 121-132
7.
Gubler, o. J. 1998. Dengue and dengue hemorrhagic fever. Clin. MicrobioL Rev. 11 (3):
480- 496.
8.
Costa, S. M.V. Paes, D. F. Barreto, A. T. Pinhao, 0. M. Barth, J. L. S. Queiroz, G. R. G.
Armoa,
M. S. Freire, A. M. B. Alves. 2006. Protection against dengue type 2 virus
induced in mice immunized with a DNA plasmid encoding the non-structural 1 (NSl)
gene fused to the tissue plasminogen activator signal sequence. J. vaccine. 24:195-205.
9. Soedarmo, S. P. 2004. Masalah demam berdarah dengue di Indonesia. Dalam:
Hadinegoro,S. R. H. & H. I. Satari (ed.). 2004. Demam berdarah dengue: Naskah lengkap
pelatihan bagi pelatih dokter spesialis anak & dokter spesialis penyakit dalam dalam tata
laksana kasus DBD. Balai Penerbit FKUI, Jakarta: 1-13.
10. Low, J.G. Ooi, E.E. Tolsvensam, T. Leo, Y.S. Hibberd, M.L. et al. 2006. Early Dengue
Infection and Outcome Study (EDEN) - Study Design and Preliminary Findings. Ann Acad
63
Med Singapore 35:783-9
11. Diamond,M.S., Zachariah,M., dan Harris,E. 2002. Mycophenolic Acid (MPA) inhibits
dengue virus infection by preventing replication of viral RNA. Virology. 304(2):211-21.
12. Lescar,J., Luo,D., Xu,T., Sampath,A., Lim, S.P., Canard,P., et al. 2008. Towards the design
of antiviral inhibitors against flaviviruses: The case for the multifunctional NS3 protein
from Dengue virus as a target.Antiviral Res. 80(2):94-101.
13. Whitby,K., Pierson,T.C., Geiss,B.,Lane,K.,Engle,M.,Zhou,L., et al. 2005. Castanospermine,
a Potent Inhibitor of Dengue Virus Infection In Vitro and In Vivo. Journal of
Virology. 79( 14): 8698-8706.
14. Anonym, 2006. Acuan Sediaan Herbal, Badan Pengawas Obat dan Makanan. Jakarta. 2426.
15. Halstead SB. 1988.
The pathogenesis of dengue: challenges to molecular biology.
Science. 239: 476-81
16. Henchal, E.A dan Putnak, R. 1990. The dengue viruses. Clin Mier Rev. 3(4): 376-396.
17. World Health Organization. Dengue/dengue hemorrhagic fever. Fact sheet no. 117.
2002
[Accessed
27
December
Available
2006].
at:
http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs 117/en/in dex. html]
18. Lindenbach BD, Rice CM. 2001. Flaviviridae: The virus and their replication. In : Knipe,
D.M., Howley, P.M, editors. Fields Virology. 4th ed. Philadelphia : Lippincott williams &
Wilkins. p.992-1125.
19. Depkes RI. 2009. Penyakit potensi KLB/wabah, Demam berdarah dengue. Dalam : Profil
Kesehatan RI 2008. Depkes RI. Hal 45.
20. Setiati, TE, Wagenar, JFP., De Kruif, MD., Mairuhu, ATA.,
Soemantri,A. 2006.
·
·
,v�n Gorp, ECM.,
Changing Epidemiology of Dengue Haemorrhagic Fever in
Indonesia. Dengue Bulletin. 30 : 1-14.
21. Suwandono A, Kosasih H,Nurhayati, Kusriastuti R, Harun S, Ma'aroef C, et al.2006. Four
dengue virus serotypes found circulating during an outbreak of dengue fever and
dengue haemorrhagic fever in Jakarta, Indonesia, during 2004. Trans R Trop Med hyg.
100 (9):855-62.
64
22. Monath, TP dan Heinz, F.X. 1996. Flaviviruses. Dalam: Fields, B.N., Knipe, D.M., & P.M
Howley. 1996. Field Virology. 3 ed. Lippincott-Raven, Philadelphia : 931-959.
23. Burke DS dan Monath TP. 2001. Flaviviruses. Dalam: Fields, B.N., Knipe, D.M., and P .. M.
Howley. 2001. Field Virology. 4 ed. Lippincott-Raven, Philadelphia: 1043-1124
24. Gubler, D.J. 1997. Dengue and Dengue Haemorrhagic Fever : its history and resurgence
as a global public health problem. Dalam: Gubler, D.J & Kumo (eds). 1997. Dengue and
Dengue Haemorrhagic Fever. CAB INTERNATIONAL, Colorado: 1-18.
25. Rico-Hesse, R. 2007. Dengue Virus Evolution and Virulence Models. Clin Infect Dis.
44(11): 1462-1466.
26. Malagiye, G.N., Fernando,S., Fernando, S., &
Seneviratne, S.L. 2004. Dengue viral
infections. Postgrad Med J. 80:588-601.
27. Beasley, DWC dan Barret, ADT. 2008. The infection agent. Dalam : Halstead
.
1998.
Dengue, tropical medicine: Science and Practise. Imperial College Press. London. 30-57.
28. ICTVdB-The
Universal
Virus
Database,version
4.Diunduh
dari
http://www .ncbi.nlm.nih.gov/ICTVdb/ICTVdB/
29. Pramesyanti, A. Sekuens lengkap Nukleotida dan Perbandingan Homologi Genom virus
Dengue Tipe 3.[Tesis]. Jakarta : Universitas Indonesia 2003
30. Medin, CL. 2005. Chemokine induction by dengue virus infection : Mechanisms and role
of viral protein. [Dissertation]. University of Massachussets.
31. Leitmeyer KC, Vaughn OW, Watts DM, Salas R, Villalobos I, de Chacon, et al. 1999.
Dengue virus structural differences that correlate with pathogenesis. J Viral. 73:473847.
32. Kurane,I.
2006.
Degue
Haei'l-l'?rrhagic
Fever
with
special
Emphasis
on
lmmunopathogenesis. Comp. lmmun. Microbial. Infect. Dis. 30: 329-340.
33. Rothman,AL. dan
Ennis, F.A. 1999. Mini review lmmunopahogenesis of Dengue
Haemorrhagic Fever. Virology. 257: 1-6.
34. Koraka, P. 2007. Dengue virus specific imun response: implication for laboratory
diagnosis and vaccine development [Thesis] Rotterdam.(The Netherlands). Erasmus
University
65
35. Atrasheuskaya,A., Petzelbauer,P.,Fredeking,TM.,lgnatiyev,G. 2002. Anti-TNF antibody
treatment reduces mortalitiy in experimental dengue virus infection. FEMS Immunology
and Medical Microbiology. 35: 33-42.
36. Avirutnan, P., Mehlhop, E. dan
Diamond, MS. 2008.Complement and its role in
protection and pathogenesis of Flavivirus infections. Vaccine. 26(Suppl 8): 110CH107.
37. Chuansumrit, A. dan Tangnararatchakit, K. 2006. Pathophysiology and management of
Dengue Haemorrhagic Fever. Transfusion Alternatives in Transfusion Medicine 8 (Suppl.
1), 3-11.
38. Nakao S, Lai CJ, Young NS. 1989. Dengue virus, a flavivirus, propagates in human bone
marrow progenitors and hematopoietic cell lines. Blood. 74: 1235-40.
39. Boonpucknavig S, Vuttiviroj 0, Bunnag C, Bhamarapravati N, Nimmanitya S. 1979
Demonstration of dengue antibody complexes on the surface of platelets from patients
with dengue hemorrhagic fever. Am J Trop Med Hyg 28: 881-4.
40. Spector,F.C., Lliang, H. Giordano, M.Sivaraja dan M.G. Peterson.1998. Inhibition of
herpes simplex
replication
b y 2-amino thiazole via intractions with the helicase
component of the ULS-UL8-UL52 complex. J.Virol. 72:6979-6987
41. Lemeshow, S., Hosmer Jr,D.W.,Klar,J. ,dan Lwanga,S.K., 1 990,"Besar samp el dalam
PeneJitian Kesehatan"(terjemahan) Gajah Mada Iniversity Press.
42. Lanciotti, R., et al. 1992. Rapid detection and typing of dengue viruses from clinical
samples by using revese trancriptase-polymerase chain reaction. Journal ofClinical
Microbiology. 30(3)
66
Lampiran 1
SOP Perekrutan Subyek Penelitian
1.Penderita dengan suspek DBD
2.Penjelasan mengenai penelitian DBD kepada penderita
3.Persetujuan oleh penderita/wali (menandatangani informed consent) untuk mengikuti
penelitian
4.Pengisicin kuesioner sesuai hasil pemeriksaan dan ditandatangani oleh dokter pemeriksa
S.Pengambilan darah
6.Memberian biaya pembelian bahan makanan tambahan
7.Selesai, kuesioner diserahkan kepada koordinator penelitian
67
lampiran 2
SOP Pemisahan Serum
1.3-5 ml Whole blood dimasukkan ke dalam vacutainer (plain)
2.Sentrifuse 1000 rpm selama 5 menit atau biarkan selama 1 jam
3.Beri label/no sampel pada cryotube
4.Pisahkan serum, 200 ul dimasukkan ke dalam tabung cyrotube yang sudah diisi transport
buffer
5.Sisa serum masukkan ke dalam cryotube kosong
6.Lapisi tutup cryotube dengan seal (parafilm) yang sudah disiapkan
7.Serum, serum dengan buffer, Blood clot disimpan di dalam freezer (dalam keadaan beku)
68
Lampiran
3
KEMENTERIAN KESEHATAN RI
BADAN PENELITIAN DAN PENGEMBANGAN KESEHATAN
PUSAT BIOMEOIS DAN TEKNOLOGI DASAR KESEHATAN
Formulir penjelasan dan persetujuan peserta penelitian
(Informed & Concentformed)
Dengan hormat,
Bapak/ibu/saudara/putra/putri bapak ibu saya minta ikut serta secara sukarela dalam penelitian
yang berjudul
"ldentifikasi genotype virus dengue dari daerah endemis DBD (Demam Berdarah Dengue)"
Pada penelitian ini Kementerian Kesehatan akan melaksanakan survei tentang penyakit yang ada di
kota bapak/ibu. Survei ini dilakukan untuk mempelajari virus yang menjadi penyebab demam
berdarah, adapun kegunaan survei ini adalah untuk pengembangan tata cara penanggulangan
Demam Berdarah Dengue di Indonesia.
Dalam penelitian ini akan diambil sampel darah dari 120 sampai dengan
270
penderita di 2 rumah
Sakit di kota Samarinda, Manado, Ternate, Manokwari dan Jayapura. Volume darah yang akan
diambil sebanyak ± 5 ml, diambil pada saat penderita dirawat di Rumah Sakit.
Pengambilan darah akan dilakukan oleh perawat Rumah Sakit dimana bapak/ibu/saudara/putra
/putri bapak ibu dirawat. Resiko ketidak nyamanan bapak/ibu/saudara/ putra/putri bapak ibu adalah
sedikit rasa sakit karena tusukan pada pembuluh darah lengan.
Keuntungan yang akan bapak/ibu/saudara/putra /putri bapak ibu dapatkan dalam keikutseraan
dalam penelitian ini adalah mengetahui apakah dalam darah bapak/ibu/saudara/putra /putri bapak
ibu mengandung virus penyebab demam berdarah, dan ikut berpartisipasi dalam pengembangan
ilmu pengetahuan khususnya demam berdarah.
Sebagai
ucapan
terima
kasih
kami,
apabila
pengambilan
darah
selesai
dilakukan
bapak/ibu/saudara/putra /putri bapak ibu akan mendapatkan Rp 50,000,- guna pembelian vitamin
atau bahan makanan yang berguna bagi kesehatan bapak/ibu/saudara/putra /putri bapak ibu.
Apabila dalam proses pemeriksaan dan pengambilan darah terjadi sesuatu yang tidak diinginkan
oleh bapak/ibu/saudara/putra /putri bapak ibu dapat menghubungi dokter penanggung jawab di
Rumah Sakit atau ketua pelaksana penelitian ini:
Dr. Reni Herman,M.Biomed
Badan Utbangkes, JI. Percetakan Negara No. 29, Jakarta 10560
No. Telpon: 021 4261088 atau HP 081314659952
Bapak/ibu/saudara dapat menolak atau mengundurkan diri untuk tidak ikut dalam penelitian ini, hal
ini sepenuhnya adalah hak bapak/ibu/saudara. Apabila bapak/ibu/saudara menyetujui untuk ikut
dalam penelitian ini, mohon bapak/ibu/saudara mau menandatangani formulir persetujuan ini .
............................., .........................................2012
Nama: ............................................................
Tanda tangan/cap jari peserta
.
........................... ................................................
Na ma dan tanda tangan saksi : . .
.. ............................
. ...
...
.........
.
.
.......
................ .
69
Kuesioner bagi tersangka DBD d i Rumah Sakit
I sagian:
Sampel Darah :
er Penanggung Jawab :
I
I
\led Rec :
Rumah Sakit :
Propinsi :
IOENTIFIKASI
1a :
Nama Ayah :
Nama lbu:
W/l 1 I I/I 1 1
jigal Lahir:
Tanggal Bulan
: LLJ
Atau Umur
Bulan I Tahun
Tahun
1kelamin (Seri tanda (121) pada satu kotak): D Laki-laki
D Pennpuan
Suku :
1gal Masuk Perawatan:
'.it rumah :
RT :
Kecamatan :
-ahan :
RW:
No.Telp
RJWAYAT PENYAKIT
in
0
Baru
I
D Rujukan
Keluhan utama :
l'fal Deman
0 Ada 0 Tidak
keluhan utama bukan demam)
ti berapa
Sudah berapa hari I sejak kapan :
hari I sejak kapan :
"
I
lkepala 0 Ya 0 Tidak
�
Nyeri belakang mata
D Ya 0 Tidak
Nyeri perut 0 Ya 0 Tidak
�rahan spontan 0 Ya 0 Tidak
D Ya
0 Tidak
D
Nyeri sendi D Ya 0 Tidak
Pilek D Ya 0 Tidak
Muntah 0 Ya 0 Tidak
Bila Ya, di mana? Hidung 0
Konjungtiva
' di kulit
Nyeri otot D Ya 0 Tidak
Batuk D Ya O Tidak
lmenelan 0 Ya 0 Tidak
0 Ya 0Tidak
KELUHAN LAIN
Gusi 0
Diare 0 Ya O Tidak
Kulit 0
Menomethorrhagi 0
(Khusus wanita)
Muntahan 0
TinjaO
Lain-lain D
Sebutkan
.....................
Keluhan lain:
70
Pemeriksaan Fisik
cm
1ggi Sadan :
Berat Sadan:
.___._�I Li
kg
TANDA VITAL
isadaran:
Baik 0
Koma 0
Menurun 0
;k.anan darah:
mmHg
Frekuensi Nadi:
?kuensi nafas:
kali/menit
Suhu :
kali/menit
oc
KEPALA
onjungtiva anemis:
Ya 0
'mbesaran Tonsil :
Ya 0
Tidak 0
Tidak 0
Ya D
Sklera ikterik:
Faring Hiperemis: Ya D
Tidak D
Tidak O
PARU-PARU
IJsi Pleura:
Ya 0
Suara Ronkhi:
Tidak D
Ya 0
Tida k
0
ABDOMEN
ati
membesar: Ya D
Limpa membesar: Ya O
Tidak D
Tidak O
Ascites: Ya D
Tidak 0
TANDALAIN
lema:
Tidak 0
Ya 0
Ptechiae:
mple leed positif:
Ya 0
Tidak 0
Tanda syok lain:
CATATAN KHUSUS
ranfusi darah:
Ya D
Tidak D
iagnosis:
!ila
DBD disertai dengan derajat penyakit)
.Xldisi pulang:
Diagnosis Banding:
Sembuh D Meninggal D Pulang paksa D Rujuk D
...................,......................................2012
Pewawancara/pemeriksa,
(
.........................................................
Mengetahui ketua Pelaksana,
)
(dr. Reni Herman, MBiomed)
71
OBSERVASI HARIAN
Tanaaal
2
1
Hari
4
3
5
7
6
8
--
Kesadaran
Tek. Darah
Nadi
Nafas
Suhu
Ya
lidak
Ya
lidak
Ya
lidak
Ya
Tidak
Ya
Ttdak
Ya
Tidak
Ya
Tidak
Ya
lidak
Edema
Efusi
Pleura
Ascites
·-
Petechie
Eoistaksis
Gusi berdarah
Melana
Hematesis
Lain-lain
Hb
Ht
Thrombosit
Lekosit
*Hasil pemeriksaan laboratorium ditulis dengan lengkap
72
,.
ELISA
RT PCR:
HASIL PEMERIKSAAN LAB
ORATORIUM DI SADAN
LITBANGKES
lgM abs..... ..... ..... ..... .... Pos O
Neg O Eq O
lgG abs. . . . . . . . . . . . ..... ..... ..... ..
Pos 0 Neg 0 Eq 0
Dengue 1 O Dengue 2 O Dengue 3 O Dengue 4 O Negatif 0
Sekuensing:
73
Lampiran Realisasi Anggaran Penelitian Tahun 2012
Judul Penelitian : ldentifikasi Serotipe dan Genotipe Virus Dengue dari Daerah Endemis DBD
(lanjutan)
Ketua Penelitian: dr. Reni Herman, MBiomed
Pagu Penelitian : Rp 3,303,389,000
Uraian Kegiatan Realisasi
Realisasi Total
(Rp)
2,312,082,449
I
Honor Output
Kegiatan
499,950,000
Belanja Bahan
1,566,004,049
Belanja Non
Operasional
33,700,000
Belanja
Jasa
Perjadin
BelanjaJ
asa
Profesi
212,428,400
0
0
LEMBAR PENGESAHAN
Jakarta, Januari 2013
Kepala Bidang Biomedis
dr. Roselinda, M.Epid
NIP 195807011987012001
Ketua Panitia Pembina llmiah
Dr.drg. MagdarinaD.A,MSc
NIP 195012061984022001
Ketua Pelaksana
t:
dr. Ren
M.Biomed
NIP 197110212005012002
ologi Dasar Kesehatan
Naskah Publikasi
Sebaran serotype virus dengue di Pontianak, Samarinda, Manado, Ternate dan
Jayapura tahun 2012
Reni Hennan, ArieArdiansyah
Abstrak
Latar belakang. Di Indonesia penyakit Demam Berdarah Dengue (DBD) sampai saat
ini masih merupakan salah satu masalah kesehatan masyarakat, terutama di kota­
kota besar.Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui sebaran serotipe virus
dengue tahun 2012 di kota Samarinda, Manado, Ternate dan Jayapura.
Metode. Desain penelitian potong lintang. Data yang dikumpulkan masing-masing
dari Rumah Sakit di Samarinda, Manado, Ternate dan Jayapura. Sampel sera
dikumpulkan dari penderita yang datang ke bagian Penyakit Dalam dan bagian Anak,
criteria demam 2 sampai 7 hari, dengan manifestasi perdarahan dan atau trombosit<
3
100.000/mm , Hematokrit > 20 % nilai normal serta menandatangani informed
concent. Darah penderita diambil maksimal 5 ml, serum dipisahkan dan dilakukan
pemeriksaan RT-PCR untuk menentukan serotype virus.
Hasil. Sampel yang terkumpul pada penelitian ini 660, 270 sera dari Samarinda dan
Manado, 60 sera dari Ternate dan Jayapura. Penderita datang ke Rumah Sakit
4 hari demam. Dari Hasil pemeriksaan RT-PCR, lebih dari 6QO/o
4, di Manado
dengue 2, dan hanya dengue 2 dan dengue 3 di Ternate dan Jayapura.
terbanyak setelah
positif, dengan komposisi serotipe terbanyak di Samarinda dengue
Kesimpulan. Dari hasil penelitian ini dapat disimpulkan bahwa keempat serotipe
virus dengue bersirkulasi di Samarinda dan Manado, sementara di Ternate dan
Jayapura hanya dengue 2 dan dengue
Kata kunci :
3.
DBD, dengue, serotype,
1
Pendabuluan
Penyakit Demam Berdarah Dengue (DBD) disebabkan oleh infeksi virus dengue,
yang terdiri dari 4 serotipe ( l -4).1 Pada saat ini DBD menjadi endemis pada lebihdari
100 negara-negara di
Afrika, Amerika, MediteraniaTimur, Asia Tenggara, Pasifik
Barat, dan merupakan ancaman bagi lebih dari 2,5 milyar orang.
2
World Health
Organization (WHO) memperkirakan kemungkinan terjadi infeksi DBD pada 50 juta
sampai 100 juta orang di seluruh dunia setiap tahun, dimana 250.000 sampai 500.000
merupakan kasus DHF dengan kematian sebanyak24.000 orang setiap tahun.
3
Di Indonesia penyakit DBD sampai saat ini masih merupakan saJah satu masalah
kesehatan masyarakat, terutama di kota-kota besar seperti Jakarta. Sejak tahun I 986
penyakit
ini
penyebarannya
cenderung meluas
dan jwnlah
kasus
cenderung
meningkat dari tahun ke tahun.4 Penelitian tentang virus dengue di Indonesia tahun
1979 telah menemukan keempat serotype bersirkulasi di Steman, Jogjakarta dan
Jakarta. 5 Pada kejadian luar biasa DBD di Jakarta tahun 2004, juga ditemukan
sirkulasi keempat serotype dengan serotype dominan adalah dengue 3.6
Manifestasi klinik infeksi dengue sangat bervariasi, mulai dari tanp amenimbulkan
gejala, demam yang tidak dapat diketahui penyebabnya, demam dengue, demam
berdarah dengue hingga sindrom syok dengue (DSS).
7
Manifestasi klinis yang berat
ditandai dengan kebocoran plasma, biasanya terjadi setelah akhirfase viremia. Oleh
karena itu kebocoran plasma lebih sering dihubungkan dengan faktori munologi
akibat infeksi dari pada faktor virus secara langsung.8 Meskipun begitu, virus masih
diduga sebagai salah satu factor penyebab beratnya manifestasi klinis akibat infeksi
virus dengue. 9
Pada penelitian ini dilakukan identifikasi serotipe virus dengue untuk mengetahui
sebaran serotipe virus dengue di kota Samarinda, Manado, Ternate dan Jayapura
tahun 2012.
Metode
Penelitian ini merupakan studi potong lintang, dilakukan di
Rumah Sakit di
Samarinda, Manado, Ternate dan Jayapuraa. PengurnpuJan sampel sera dilakukan
selama bulan Juni-Desember 2012; populasi penelitian adalah pasien pengunjung
Rwnah Sakit Umwn dari masing-masing kota. Sampel penelitian adalah sera yang
2
berasal dari pengunjung Rumah Sakityang berobat ke Bagian Anak dan Penyakit
Dalam yang telah ditetapkan oleh klinisi sebagai tersangka penderita DBD, dengan
k:riteria
WHO
yaitu mengalami demam tinggi mendadak/ tanpa sebab yang jelas,
berlangsung terus menerus selama
2-7
hari,
disertai manifestasi perdarahan
(sekurang-kurangya uji Tourniquet positif), dan/atau trombosifopenia (trombosit
Sl00.000/ul) dan hemokonsentrasi (Ht � 20% dari normal)10 serta bersedia untuk
berpartisipasi dan menandatangani informed concent Kriteria ekslusiadalah tersangka
.
penderita DBD yang menolak untuk berpartisipasi.
Dengan asumsi prevalensi penderita demam berdarah yang merujuk ke Rum.ah
Sakitadalah 95%, (P)
Z
=
l,96jarak (d)
=
=
95,1%, tingkat keyakinan (Confidence Interval) = 95%,nilai
5%,serta antisipasi drop out 20%, maka jumlah sampelpenelitian
di masing-masing Rumah Sakit90 sera.11
Anak-anak dan dewasa yang dinyatakan tersangka penderita DBD oleh dokter ahli
Anak atau dokter ahli Penyakit Dalam, memungkinkan untuk diambil darahnya serta
memberikan persetujuannya untuk berpartisipasi dalam penelitian, dicatat data
klinisnya serta diambil darah dari vena di fossa cubiti sebanyak: 2-5 ml.Serum
dipisahkan dan disimpan dalamfreezer. Pada waktu yang sudah. ditentukan sera yang
sudah terkumpul diambil dan dibawa ke laboratorium Puslitbang BMF, Sadan
Litbangkes untuk pemeriksaan antigen dan serotipe virus.
Antigen dan serotipe virus dengue ditentukan dengan mendeteksi RNA virus.
Identifikasi dimulai dengan mengisolasi RNA virus, menggunak:an QIAam.p Viral
RNA Kit (Qiagen) sesuai dengan protokol. Lisis virus menggunakan buffer yang
mengandung guanidin tiosianat, diikuti dengan 2 kali pencucian menggunakan buffer
yang
salah satunya juga
mengandung guanidin tiosianat. Filtrasi menggunakan
QIAamp Mini spin column dan terakhir elusi menggunakan buffer yang mengandung
Rnasefree water dengan 0,04% sodium azida.
RNA virus diidentifikasi teknik Reverse transcriptase-Polimerase Chain Reaction
(RT-PCR),dengan primer spesifik virus dengue dan protokol yang dikembangkan oleh
Lanciotti12,Uji RT-PCR dilakukan pada semua sampeldengan sedikit modifikasi
sesuai dengan protokol yang dianjurkan oleh produsen kit Platinum Taq DNA
Polymerase (lnvitrogen).
Data dari lapangan dikumpulkan setelah mendapatkan persetujuan dari komisi etik
3
dan di-entry dengan menggunakan programSPSS PC versi 15.
Basil
DBD telah dikumpulkan
660 sera tersangka
Manado
pada penelitian ini. Dari Samarinda dan
masing-masing 270 sera dan dari Ternate dan Jaypura masing-masing 63
sera.
DBD
Penderita
yang datang ke Rumah Sakit biasanya setalah mengalami demam
beberapa hari. Pada gambar 1 , tampak proporsi terbanyak penderita DBD yang datang
ke Rumah Sakit adalah pada hari ke 4 demam (29%), diikuti dengan hari ke 6 dan 5
(masing-masing 1 8,9% dan 1 8,4%).
!
·�··----·---
Gambar 1 . Lama demam ketika penderita dataog ke Rumah Sakit
. ..........
..-·····�...........
80
I
.
,1
<
70
I�
60
r
so
,-
4o
•
I
I ..!><:
I -:ii
l "E
�
I,
I
1
.. ······-·· . ······---··--··· ....
...
..
... ··-··-······· .
.
·
•..........•.
- ·· ··
... .. ...
·-- - --
--
-
-
- · -- -
-·· . ..
..
-
.
--
-
....
....
........- --··-
..
'"
. ..
.. -·... . .... .
. .......__ -· .._.. .
..
.
...
.·-·······
.
. . . . . ···· · ·-· - ....
")
··---"""'"'.........--······ --·--·-·--·..-.�·-····· ----··-
···- ·····-·····-- ··- .... -'"•····-·····-· ·-- -······ -..···-·····
. . ....
.
--
- --
--
- - --
. .. -
. . . . - --·-······
...
- -
.. -
·
. .
.
. -·
. .
..
30
20 ·+
L
l -11 ...
·········
10
0
.. ···-·-·---·-··" -···-···-········· ---
1
...
.
.
.. . ·
..
.
-
-
·-·- ·-
-----··· ···
1
1.-
.
·
....... ······-·-·
··"··· ·-········· . . . . ....
2
- :· · ··
r
··
..-
-·-·· -··
3
4
5
Lama demam (hari)
-
·
---
·
6
7
-r ---,
---·
--
···
Tidak tahu
I
---J
---··-····-·--·-·--··----··-..-----·-·----····-·-·"··-·-------···------···---------··----
Hasil uji RT-PCR pada sera tersangka
DBD
dari Samarinda, Manado, Temate dan
Jayapura positif dengan rata-rata proporsi diatas 60%. (Gambar 2).
4
Gambar 2.
Hasil UJI RT-PCR terbadap sampel tersangka penderita DBD
I
I
l-··--·--·-··-··--·-·-·-··--·--·-··-···-·--··-·····--·--·--··---·-·-·-·-----·· .---......1
.
Berdasarkan basil identifikasi serotipe virus pada sera penderita DBD, keempat
serotipe virus dengue bersirkulasi diSamarinda, Manado,
Temate dan Jayapura.
Namun, ada perbedaan pada sebaran serotipe virus. Di Samarinda, virus yang paling
dominan adalah dengue serotipe
4,
sementara di Manado serotipe 2,eslspun keempat
serotiep virus ada dari masing-masing kota.. Di Temate dan Jayapura hanya ada
serotipe 2 dan 3. (Tabet
4).
Tabel 1. Basil identifikasi serotipe virus dengue pada basil positif RT-PCR
penderita DBD di Pontianak, Medan dan Jakarta
Serotipe virus
Samarioda
Manado
Ternate
Jayapura
Den-1
2 1 ( 1 1 %)
24 (14%)
0 (0%)
0 (0%)
Den-2
21(11%)
3 1 (19%)
16 (27%)
16 (27%)
Den-3
18 (9%)
17 (10%)
10 (17%)
10 (17%)
Den-4
26 (14%)
5 (3%)
0 (0%)
0 (0%)
Total positif
86
65
77
26
Diskusi
Jumlah kasus DBD yang disajikan pada penelitian ini bukanlah rnerupakan jumlah
keseluruhan kasus DBD yang ada di kota .Samarinda, Manado, Temate
dan Jayapura
5
Namun merupakan jumlah kasus DBD yang dirawat di Rumah Sakit selama masa
penelitian. Jumlah sera yang didapat pada penelitian ini dipengaruhi oleh terbatasnya
waktu pengumpulan kasus DBD yang hanya empat bulan. Oleh karena rnanifestasi
klinik infeksi denguesangat bervariasi, mulai dari tanpa menimbulkan gejala, hingga
menimbulkan perdarahan dan syok,7maka sera penderita yang dikumpulkan pada
penelitian ini merupakan sera dari kasus DBD dengan manifestasi klinis berat, karena
disertai
manifestasi
perdarahan
atau
dengan
gejala
klinis
yang
berpotensi
menimbulkan perdarahan.
Pada infeksi dengue, viremia terjadi mulai dari beberapa hari sebelum demam,
mencapai puncaknya pada hari pertama dan kedua kemudian mulai turun pada hari
ketiga.13Jadi, pada awal demam merupakan saat terbaik untuk mendeteksi virus
dengue dari specimen darah penderita. Pada penelitian ini, kebanyakan penderita
dirawat di Rumah Sakit pada hari ke 4-6 demam (tabel I). Dapat dimengerti bila basil
pemeriksaan RT-PCR tidak semua positif(tabel 2).
Hal yang perlu mendapat perhatian dari basil penelitian ini adalah sebaran serotipe
virus Dengue di Samarinda, M.anado, Ternate dan Jayapura. Hasil penelitian ini
menuajukkan bahwa serotipe
4 ditemukan pada Samarinda dan Manado,
sama
dengan basil penelitian yang dilakukan di Jawa tahun 1976-1978 5maupun pada
kejadian luar biasa DBD di Jakarta tahun 2004.6Hal menarik lainnya adalah serotipe
virus yang dominan ditemukan dari masing-masing kota. Secara umum virus dengue
serotipe 3 adalah yang paling dominan ditemukan di Indonesia. 5·6I>ada penelitian ini,
virus dengue serotipe 3 terlihat paling menonjol di Manado, berbeda jauh dengan
serotipe lainnya. Di Samarinda, serotipe 4 diidentifikasi paling banyak, diikuti dengan
serotipe 3 dan 1 . Sementara di Temate dan Jayapura virus yang ditemukan adalah
serotipe 3 diikuti dengan serotipe 2. (Tabel 3). Hasil ini menuajukkan bahwa virus
dengue serotipe 3 paling banyak memberikan gejala klinis dengan manifestasi
perdarahan atau berpotensi menimbulkan perdarahan, begitu juga virus dengue
serotipe 2 dan I .
Dari hasil penelitian ini dapat disimpulkan bahwa keempat serotipe virus dengue
bersirkulasi di Samarinda dan Manado dengan mayoritas virus dengue serotipe 4di
Samarinda dan serotipe 2 di Manado.
6
Ucapan Terimakasih
Ucapan terimakasih kami sampaikan kepada Kepala Pusat Penelitian Biomedis dan
Farmasi, Badan Penelitian dan Pengembangan Kesehatan, yang telah memberikan
kesempatan untuk melakukan penelitian ini.
Kepada teman-teman Hastini, Farida Siburian, penulis mengucapkan terima kasih
yang sebesar besamya atas segala bantuan dan dukungannya untuk kegiatan penelitian
di laboratorium.
Kepada para para dokter dan paramedis di RSU Soedarso
dan Antonius di Pontianak;
Rumah Sakit Pirngadi dan Adam Malik di MedansertaRumahSakitKoja dan Tarakan
di Jakarta penulis mengucapkan terima kasih yang sebanyak banyaknya atas semua
bantuan
dan partisipasinya dalam pengambilan sampel sehingga penelitian ini dapat
berjalan dengan baik.
Daftar Rujukan
1 . Pencegahan Dan Pemberantasan Demam Berdarah Dengue Di Indonesia,
Direktorat Jendral Pengendalian Penyakit dan Penyehatan Lingkungan,
Departemen Kesehatan, 2005.
2.
Gubler, D . J . Dengue and dengue hemorrhagic fever. Clin.Microbiol. Rev.
1998J1:480-496.
3.
Gibbons, R. V., and D. W. Vaughn. Dengue: an escalating problem. BMJ
2002;324: 1563-1566
4. World Health Organization. Dengue haemorrhagic fever: diagnosis, treatment,
prevention and control, 2nd ed. World Health Organization, Geneva, Switzerland.
1997.
5. Lorono-Pino,M.A., Cropp, C.B.,. Farfa' N, J. A, Vomdam, A. V., E. M.
Rodri'Guez-Angulo, Rosado-Peredes, E.P., et al. Common occurrence of
concurrent infections by multiple dengue virus serotypes. Am. J. Trop. Med.
Hyg. 1999;61(5):725-730
6. Suwandono, A, Kosasih, H, Nurhayati, Kusriastuti, R, Harun, S., Ma'roef, C., et
al. Four dengue virus serotypes found circulating during an outbreak of dengue
fever and dengue haemorrhagic fever in Jakarta, lndonesia,during 2004. Trans. R.
Soc. Trop. Med. Hyg. 2006; 100: 855�862.
7
7. Malagiye, G.N., Fernando,S., Fernando, S., &Seneviratne, S.L. Dengue viral
infections. Postgrad Med J. 2004�80:588-601.
8. Medin, CL. Chemokine induction by dengue virus infection : Mechanisms and role
of viral protein. [Dissertation) . University of Massachussets. 2005.
9. Cologna, R and Rico-Hesse, R. American Genotype Structures Decrease Dengue
Virus Output from Human Monocytes and Dendritic Cells. Journal Of Virology.
2003;77:3929-3938
I 0. DepartemenKesehatanRepublik Indonesia, 2003.Pencegahan Dan
PenanggulanganPenyakitDemam Dengue Dan Demam Berdarah
Dengue.Petunjuk.LengkapTerjemhandari WHO Regional Publication SEARO No.
29: "Prevention and Control ofDengue and Dengue Haemorrhagic Fever " hal. 8.
1 1 . Lemeshow, S., Hosmer Jr,D.W.,Klar,J.,dan Lwanga,S.K.Besar sampel dalam
Penelitian Kesehatan(terjemahan). Gajah Mada Iniversity Press.1990
12. Lanciotti, R., et al. Rapid detection and typing of dengue viruses from clinical
sampels by using revesetrancriptase-polymerase chain reaction. Journal of
Clinical Microbiology. 1 992;30(3): 545-5 5 1 .
1 3 . World Health Organization. Dengue : Guidelines for diagnosis,
treatment,prevention and control. Geneva: The Organization, 2009.
8