Aeromonas spp.

IDENTIFIKASI DAN FILOGENETIKA BAKTERI Aeromonas spp.
ISOLAT AIR KOLAM BEBERAPA KOTA BERDASARKAN PADA
SIKUEN GEN 16S rRNA
IDENTIFICATIONAND PHYLOGENETIC OF Aeromonasspp.
WATER POND ISOLATES FROM
SOMECITIESBASEDON16SrRNAGENESEQUENCE
Visi Tinta Manik, Topik Hidayat1, Diah Kusumawaty
Program Studi Biologi Jurusan Pendidikan Biologi FPMIPA UPI
ABSTRAK
Air dapat menjadi perantara bagi bakteri patogen untuk menginfeksi penyakit,
salah satunya adalah bakteri Aeromonas. Bakteri ini merupakan patogen baik pada
manusia atau hewan khususnya ikan. Hubungan kekerabatan antara bakteri
Aeromonas perlu diketahui untuk mengetahui keanekaragaman dan penyebaran strain
di perairan, sehingga dapat digunakan untuk uji kualitas air secara tepat dan cepat.
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakteristik, dan hubungan filogenetika
dari bakteri Aeromonas spp. Dari 44 isolat yang diperoleh dilakukan uji morfologi
(pewarnaan Gram), uji biokimia yang meliputi uji RS+Novobiocin, motilitas, oksidasi,
OF, indol, VP, sitrat, fermentasi laktosa, deteksi hemolisis, dan deteksi gen lipase.
Kemudian 8 isolat terpilih dan dua isolat kontrol disikuensing berdasarkan pada gen
16S rRNA. Pohon filogenetika didapatkan dengan menggunakan Clustal X dan MEGA
5. Hasil yang diperoleh dari pohon filogenetika, bakteri Aeromonas spp. dapat
digolongkan menjadi 3 grup yaitu grup pertama terdiri dari lima isolat yang
berkelompok sendiri, grup kedua terdiri dari dua isolat yang berdekatan dengan
Aeromonas veronii dan kelompok terakhir terdiri dari satu isolat serta dua isolat
kontrol berdekatan dengan grup Aeromonas hydrophila. Dari delapan isolat yang
ditemukan, Aeromonas spp. merupakan bakteri Gram negative berbentuk basil
pendek, bersifat motil, positif uji oksidase, dan OF.
Kata kunci : Aeromonas spp., filogenetika, gen 16S rRNA
ABSTRACT
Water can be an intermediary factor for pathogenic bacteria to infect the disease, one
of which is Aeromonas. This bacterium is pathogenic to either humans or animals
especially fish. Phylogenetic relationship between Aeromonas spp. need to describe to
know the diversity and distribution of strains in water, so it can be used to test water
quality accurately and quickly. This study aimed to determine the characteristics, and
phylogenetic relationships of Aeromonasspp. Morphology test (Gram staining);
biochemical tests include RS+Novobiocin, motility, oxidation, OF, indole, VP, citrate,
lactose fermentation, hemolysis detection; and detection of lipase gene were
determined from 44 isolates. Then 8 selected isolates and two control isolates were
sequenced based on 16S rRNA gene. Phylogenetic trees obtained using Clustal X and
MEGA 5. The results of the phylogenetic tree, Aeromonas spp. can be classified in to
_______________________
1 Penulis Penanggung Jawab
Visi Tinta Manik, Topik Hidayat1, Diah Kusumawaty
Identifikasi dan Filogenetika Bakteri Aeromonas spp.
Isolat Air Kolam Beberapa Kota Berdasarkan Pada Sikuen Gen 16S rRNA
3 groups, the first group consisted of five isolates clustered alone, the second group
consists of two isolates which have close relationship with Aeromonas veronii and the
last group consisted of one isolate andt wo control isolates have close relationship
with Aeromonas hydrophila.
Keywords: Aeromonas spp., phylogenetic, 16S rRNA gene
Bakteri Aeromonas spp.umumnya
hidup di lingkungan perairan (Ottaviani et
al., 2011). Aeromonas hydrophila dapat
ditemukan diberbagai lingkungan perairan
seperti air tanah, air permukaan, air payau,
air laut, air minum, dan air dari limbah
(Holmes et al.,1996 dalam EPA, 2006),
termasuk di air kolam ikan (Wulandari,
2012).
Aeromonas
spp.
merupakan
patogen, baik pada manusia maupun
hewan (ikan, amfibi, reptil) (Gosling, 1996
dalam EPA, 2006). Pada manusia, dapat
menyebabkan gangguan gastrointestinal,
infeksi dan luka pada usus halus, dan
berbagai infeksi lainnya (Janda & Abbot,
2010). Gastroenteritis merupakan penyakit
paling umum yang disebabkan oleh bakteri
ini, terutama menginfeksi individu yang
masih muda, orang tua, dan individu yang
memiliki daya imunitas lemah (Janda &
Abbot, 2010), bahkan menurut Janda dan
Abbot (1998) dalam EPA (2006) bakteri
ini dapat juga menyebabkan septicemia,
meningitis, endocarditis, dan lain-lain.
Selain patogen pada manusia,
bakteri Aeromonas spp. juga dikenal
sebagai bakteri patogen pada ikan.
Beberapa anggota bakteri ini banyak
disebutkan perannya yang berkaitan
dengan patologi ikan. Pada ikan, bakteri
Aeromonas spp. dapat menyebabkan
haemorrhagic septicemia, furunculosis,
cutaneous ulcerative disease, head ulcer
disease (Austin & Austin, 2007).
Aeromonas
spp.
memiliki
taksonomi
yang kompleks,
karena
memiliki karakter yang berbeda-beda
bahkan pada level intraspesies (Soler et al.,
2004; Ottaviani et al., 2011), hal tersebut
berdampak pada kesulitan mengidentifikasi
bakteri Aeromonas spp. pada level spesies
karena bakteri ini memiliki heterogenitas
pada fenotip dan genotipnya (Janda &
Abbott, 2010; Beaz-Hindalgo et al., 2010;
Morandi et al., 2005; Figueras et al.,
2000).
Teknik
molekuler
telah
dikembangkan untuk mengatasi masalah
identifikasi bakteri. Gen 16S rRNA
merupakan gen yang dapat digunakan
untuk mengidentifikasi bakteri Aeromonas
spp., karena gen 16S rRNA merupakan gen
yang digunakan secara universal dan dapat
mengidentifikasi bakteri yang memiliki
kekerabatan yang sangat dekat (Woese et
al.,1987 dalam Martinez-Murcia et
al.,1992). Putchucheary et al. (2012) telah
melakukan identifikasi bakteri Aeromonas
hydrophila dan Aeromonas caviae dengan
menggunakan sikuen gen 16S rRNA.
Sikuen tersebut juga dapat digunakan
untuk identifikasi Aeromonas salmonicida,
Aeromonas bestiarum (Martinez-Murcia et
al., 2005), dan Aeromonas veronii (Graf,
1999).
Identifikasi bakteri Aeromonas spp.
yang berasal dari air masih jarang
dilakukan di Indonesia, padahal hal ini
penting untuk
melihat
keragaman,
kekerabatan, dan penyebaran strain di
perairan, sehingga dapat digunakan sebagai
DNA barcode dan dapat digunakan untuk
pengujian kualitas air secara tepat dan
cepat.
Berdasarkan latar belakang tersebut
telah dilakukan identifikasi filogenetika
bakteri Aeromonas spp. yang diisolasi dari
air kolam sebagai tempat hidup hewan air
seperti ikan dengan menggunakan penanda
gen 16S rRNA untuk mengetahui
kekerabatan bakteri Aeromonas spp. secara
Formica Online, Volume 1, Nomor 1, Januari 2014
evolusi agar hasilnya dapat dipakai untuk
keperluan penelitian selanjutnya.
METODE
Isolasi bakteri
Air dari berbagai kota diambil dengan
menggunakan botol steril, kemudian isolasi
bakteri Aeromonas spp. dilakukan dengan
menggunakan metode
pengenceran
-1
dengan konsentrasi 10 dan 10-2. Satu ml
sampel air hasil pengenceran diambil lalu
ditanam dengan cara diteteskan ke dalam
medium RS + novobiosin, kemudian
dihomogenkan
(diratakan)
dengan
menggunakan batang L sampai terasa
kesat. Lalu kultur diinkubasi pada suhu
37°C selama 18-24 jam. Hasil positif dapat
dilihat dari penampakkan koloni yang
berwarna kuning tanpa warna hitam di
tengah koloni (SNI, 2009).
Identifikasi Morfologi dan Biokimia
Bakteri Aeromonas spp.
Identifikasi morfologi yang dilakukan
adalah Pewarnaan Gram dan Uji KOH 3 %
(Arthi et al., 2003). Uji biokimia meliputi
uji RS+novobiosin, uji motilitas, uji
oksidasi, uji oksidatif fermentatif (OF)
(SNI, 2009), uji fermentasi laktosa (AlFathlawy & Al-Ammar, 2013), uji Indol,
sitrat, Voges-Proskauer (VP) (Abbot et
al.,2003), dan deteksi hemolisis ((Monfort
& Beleux, 1991)
Identifikasi Bakteri Aeromonas spp.
secara Molekuler
Isolasi DNA bakteri menggunakan
teknik boiling. Sebanyak satu loop penuh
bakteri dari TSA dimasukkan ke dalam
tabung mikrosentifuge 1.5 ml yang berisi 1
ml Posfat Buffer Saline (PBS 1x),
kemudian tabung 1.5 ml tersebut
disentrifugasi selama 3 menit dengan
kecepatan 5000 rcf. Selanjutnya supernatan
dibuang, Kemudian TE 1x 100 µl
ditambahkan pada pelet bakteri dalam
tabung 1.5 ml dan dihomogenkan dengan
menggunakan
vortex.
Setelah
dihomogenkan, tabung 1.5 ml disimpan di
dalam air mendidih pada suhu 100o C
selama 10 menit. Sebanyak 100 µl lisat
dipindahkan ke tabung mikrosentrifuge 1.5
ml yang baru. Selanjutnya lisat tersebut
ditambahkan dengan 900 µl TE 1x yang
sebelumnya disimpan di kulkas, kemudian
hasil isolasi DNA disimpan pada suhu –
20o C (modifikasi Yanez et al.,2003).
Identifikasi
molekuler
yang
dilakukan adalah deteksi gen spesifik
lipase (lip) (Cascon et al., 1996) dan
deteksi gen 16S rRNA. Amplifikasi DNA
menggunakan alat PCR dilakukan dengan
total volume reaksi 12.5 µl atau ½ reaksi
menurut protokol merk Master Mix
KAPPA 2GTM Fast Ready Mix 2x.
Program suhu PCR untuk deteksi gen lip
adalah pra denaturasi 95oC selama 5
menit, denaturasi 95oC selama 15 detik,
annealing 59oC selama 15 detik, elongasi
72oC 30 detik dan final elongasi pada suhu
72oC selama 10 menit dengan 28 siklus.
Proses amplifikasi gen 16S
rRNAdilakukan dengan menggunakan alat
PCR. Komposisi yang digunakan menurut
protokol Gotaq Green Master Mix 2x/
KAPA Fast Ready Mix yaitu dengan total
volum 50µl, yang berisi KAPA/GoTaq
Master Mix sebanyak 25µl, Primer F/R
masing-masing 2µl, DNA templat 4µl, dan
deion steril 19µl. Proses amplifikasi
diawali dengan denaturasi awal pada suhu
95oC selama 5 menit, diikuti 28 kali siklus
yang terdiri dari tahap denaturasi pada
suhu 95oC selama 30 detik, proses
annealing pada suhu 54oC selama 30 detik,
proses elongasi pada suhu 72oC selama 90
detik, dan diakhiri proses elongasi akhir
pada suhu 72oC selama 10 menit. Hasil
amplifikasi kemudian dielektroforesis
dengan gel agaros 1.5% dan hasilnya
dilihat di bawah UV.
Visi Tinta Manik, Topik Hidayat1, Diah Kusumawaty
Identifikasi dan Filogenetika Bakteri Aeromonas spp.
Isolat Air Kolam Beberapa Kota Berdasarkan Pada Sikuen Gen 16S rRNA
Tabel 1. Sikuen Primer yang digunakan
No
Gen
Primer 5’3’
Pustaka
1
Lip
F : AAC CTG GTT CCG CTC
AAG CCG TTG
R: TTG CCT CGC CTC GGC
CCA GCA GCT
Cascon et
al., 1996
2
16S
rRNA
27F : AGA GTT TGA TCC
TGG CTC AG
1492R : GGT TAC CTT GTT
ACG ACT T
Hill
et
al., 2003
Filogenetika Bakteri
Proses sikuensing dilakukan dengan
menggunakan mesin sequencer BigDye
Applied System model 3730 yang
dilakukan di Macrogen inc., Korea.
Analisis
data
dilakukan
dengan
menerjemahkan hasil sikuensing kemudian
sikuen tersebut disejajarkan dan di
bandingkan dengan data sikuen gen 16S
rRNA yang ada di database Bank gen
NCBI (National Center of Biotechnology
Information)
di
alamat
website
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/Blast
.cgi
Proses aligment menggunakan program
Tool Multiple-sequence alignment dari
software Crustal-X dan software MEGA
(version 5) untuk menganalisis filogenetika
bakteri Aeromonas spp. tersebut melalui
pohon filogeni.
HASIL DAN PEMBAHASAN
Total ada empat puluh empat isolat
yang diisolasi dan terpilih untuk
diidentifikasi secara morfologi dan
biokimia menurut SNI (2009), dari 44
isolat yang di uji, 37 isolat bakteri yang
diuji diduga termasuk genus Aeromonas
sedangkan 7 isolat bukan merupakan
Aeromonas. Hal ini berdasarkan kriteria
SNI (2009) jika uji RS positif (warna
koloni kuning), bakteri merupakan garam
negatif dengan sel berbentuk basil pendek,
bersifat motil, positif menghasilkan enzim
oksidase, dan positif oksidatif dan
fermentatif
maka
bakteri
tersebut
merupakan Aeromonas. Hasil Uji gen
lipase menunjukkan dari 37 isolat terdapat
delapan isolat memiliki gen lipase, enam
isolat diantaranya memiliki gen lipase pada
ukuran 760bp, sedangkan dua isolat
lainnya memiliki gen lipase pada ukuran
>760 bp. Menurut Lee et al. (2000) dan
Cascon et al.(1996) bakteri Aeromonas
yang memiliki gen lipase pada ukuran 760
bp
merupakan
bakteri
Aeromonas
hydrophila.
Hasil uji Indol pada sepuluh isolat
terpilih menunjukkan 80% isolat positif uji
indol, 60% isolat positif uji sitrat, 50 %
isolat positif mampu memfermentasi
laktosa, 90% isolat positif uji VP, dan
semua isolat memiliki kemampuan
hemolisis tipe β.Abbot et al.(2003)
melaporkan dari hasil uji VP pada
sembilan spesies yaitu A. hydrophila, A.
bestiarum, A. salmonicida, A. caviae, A.
media, A. eucrenophila, A. sobria, A.
veroni bv. veronii, danA. veronii bv.
sobria, terdapat empat spesies yang negatif
uji VP yaitu A. caviae, A. media, A.
eucrenophila, A. sobria, dan A. veronii bv.
Sobria. Sedangkan menurut Awan et al.
(2005), dari enam spesies Aeromonas yang
diuji yaitu yaitu A. hydrophila, A. veronii
bv. sobria, A. caviae, A. trota, A.
schubertii, dan A. jandaei,hasil negatif uji
VP adalah A. trota, A. schubertii. Hasil
yang berbeda dilaporkan oleh Erdem et al.
(2011) yang menyatakan bahwa A. caviae
dan A. sobria negatif uji VP.
Gambar .1 Hasil elektroforesis gen lipasepada gel
agaros 1.5 %
(M= DNA 100pb, Fermentas ;(1)= isolat K.35 ;
(2)= AKIS 1 ; (3)= isolat AKG 1 ; (4)= isolat AKC
; (5)= isolat ATCC 7966 ; (6)= isolat AKT 1 ; (7)=
isolat AKIS 3 ; (8)= isolat AKIA 1 ; (9) Isolat AKI
1 ; (10)= isolat AKB 1)
Formica Online, Volume 1, Nomor 1, Januari 2014
Abbot et al. (2003) melaporkan
dari sembilan spesies anggota Aeromonas
(A. hydrophila, A. bestiarum, A.
salmonicida, A. caviae, A. media, A.
eucrenophila, A. sobria, A. veroni bv.
veronii, danA. veronii bv. sobria)
semuanya memberikan hasil positif untuk
uji indol begitu pula dengan pengujian
yang dilakukan oleh Erdem et al. (2011)
menyatakan uji indol positif terhadap A.
hydrophila, A. caviae, dan A.sobria. Pada
tahun 2005, Awan et al., melakukan uji
Indol pada enam spesies anggota
Aeromonas yaitu A. hydrophila, A. veronii
bv. sobria, A. caviae, A. trota, A.
schubertii, dan A. jandaei. Dari keenam
spesies tersebut hanya satu spesies yang
negatif uji indole yaitu A. schubertii.
Abbot, et al. (2003) menyatakan dari
delapan spesies Aeromonas yang diujikan
yaitu A. hydrophila,A. bestiarum, A.
salmonicida, A. caviae, A. media, A.
eucrenophila, A. sobria, dan A. veronii
hanya satu spesies yaitu Aeromonas
eucrenophila yang negatif uji sitrat.
Menurut laporan Awan et al. (2005), dari
enam spesies Aeromonas yang di uji yaitu
A. hydrophila, A. veronii bv. Sobria, A.
caviae, A. trota, A. schubertii, dan A.
jandaei hanya dua spesies yang negatif uji
sitrat yaitu A. schubertii, dan A. jandaei.
Jayavignesh et al. (2011) yang
menyatakan bahwa Aeromonas hydrophila
memiliki kemampuan memfermentasi
laktosa. Namun hal ini dibantah oleh
menyatakan bahwa Aeromonas hydrophila
tidak mampu memfermentasi laktosa
seperti halnya bakteri Aeromonas sobria
(Erdem et al., 2011). Perbedaan hasil uji
biokimia yang terjadi antara para peneliti
dan yang telah dilakukan ini diduga
disebabkan oleh perbedaan sumber dan
asal isolat yang digunakan.
Hasil deteksi gen 16S rRNA
menunjukkan semua isolat memiliki gen
tersebut pada ukuran mendekati 1500 bp.
Hal ini sesuai dengan Sahu et al. (2012)
yang menyatakan gen 16S rRNA pada
Aeromonas spp. terdapat pada posisi 1500
bp.
Gambar 2. Hasil elektroforesis gen 16S rRNA pada
gel agaros 1.5% (M= DNA LadderLow
Range,ready-to-use, Fermentas ;(1)= isolat ATCC
7966 ; (2)= isolat K35 ; (3)= isolat AKIS 1 ; (4)=
isolat AKG 1 ; (5)= isolat AKC ; (6)= isolat AKB 1
; (7) = isolat AKT 1 ; (8)= isolat AKIS 3; (9) Isolat
AKI 1 ; (10)= isolat AKIA 1)
Hasil analisis filogenetika bakteri
Aeromonas spp. yang diperoleh dapat
dilihat pada gambar 3. Hasil dari pohon
filogenetika menunjukkan bahwa dari
semua isolat yang diujikan terbagi menjadi
tiga kelompok. Kelompok pertama dapat
dilihat dari isolat didalam kotak berwana
kuning yang terdiri dari isolat AKC, AKIS
1, AKIA 1, dan AKIS 3 semua isolat
tersebut mengelompok sendiri. Kelima
isolate pada kelompok pertama ini diduga
merupakan kelompok transisi yang akan
menjadi spesies jenis baru. Selanjutnya
kelompok kedua (didalam kotak berwarna
hitam) yang terdiri dari isolat AKI 1 dan
isolat AKT 1 memiliki kedekatan dengan
Aeromonas veronii srain ATCC, hal ini
menunjukkan memang kedua isolat
tersebut merupakan Aeromonas veronii
sesuai dengan hasil BLAST. Yang terakhir
kelompok ke tiga yang terdiri dari isolat
AKB 1 beserta isolat kontrol ATCC 7966
dan isolat K.35 memiliki kekerabatan
dengan Aeromonas hydrophila ATCC
7966 dari gene bank, hal ini dapat dilihat
dari percabangan yang dekat diantara
ketiga isolat tersebut.
Berdasarkan Martinez-Murcia et al.
(1992) pohon filogenetika yang didapat
dari A. hydrophila, A. media, A. caviae,
A.trota, A. sobria, A. salmonicisa, A.
Visi Tinta Manik, Topik Hidayat1, Diah Kusumawaty
Identifikasi dan Filogenetika Bakteri Aeromonas spp.
Isolat Air Kolam Beberapa Kota Berdasarkan Pada Sikuen Gen 16S rRNA
euchrenophila, dan A. veronii dengan
sekuen gen 16S rRNA menunjukkan
kedekatan antara A. hydrophila dan A.
media, serta A. caviae dan A.trota,
sedangkan A. veronii berada pada cabang
paling bawah.
Gambar 4.27. Pohon filogenetika
isolat bakteri Aeromonas spp.
berdasarkan gen 16S rRNA
Tabel 3. perbandingan hasil Identifikasi
Isolat Aeromonas spp.
Nama
isolat
ATCC
7966
K.35
AKG 1
AKI 1
AKIS 1
AKIS 3
AKIA 1
AKC
AKB 1
AKT 1
Hasil uji
biokim SNI
Aeromonas
S
-
Aeromonas
Aeromonas
Aeromonas
Aeromonas
Aeromonas
Aeromonas
Aeromonas
Aeromonas
Aeromonas
+
+
+
+
+
+
-
Hasil uji biokimia tambahan
FL VP
Ind
Hem
+
+
+
Β
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
Β
Β
Β
Β
Β
Β
Β
Β
Β
Nama
isolat
Hasil deteksi
gen lip
Hasil Blast
Hasil Pohon
filogeni
ATCC
7966
K.35
AKG 1
AKI 1
AKIS 1
AKIS 3
AKIA 1
AKC
AKB 1
AKT 1
A.hydrophila
A.hydrophila
A.hydrophila
A.hydrophila
-*
A.hydrophila
A.hydrophila
A.hydrophila
A.hydrophila
-
A.hydrophila
A.veronii
A.veronii
A.hydrophila
A.hydrophila
A.hydrophila
A.hydrophila
A.hydrophila
A.veronii
A.hydrophila
A.veronii
A.veronii
A.hydrophila
-
Terdapat hasil yang berbeda dari
identifikasi dengan uji SNI, uji biokimia,
deteksi gen lipase, hasil blast, dan hasil
pohon filogenetika (Tabel 3). Namun dari
perbedaan tersebut dapat dikatakan bahwa
metode deteksi gen lipase sudah mampu
membedakan spesies Aeromonassebesar
70%. Sedangkan hasil uji biokimia
tambahan memberikan hasil yang tidak
terlalu signifikan sehingga kedepannya
identifikasi bakteri Aeromonas dapat
langsung menggunakan metode deteksi
gen lipase setelah uji SNI. Dari hasil tabel
4.11 dapat dilihat bahwa kelompok
pertama pada pohon filogenetika tidak
termasuk Aeromonas hydrophila maupun
Aeromonas veronii meskipun pada hasil
deteksi gen lipase tiga isolat positif
memiliki gen lipase pada posisi 760pb,
sehingga kelompok satu masih belum
dipastikan hubungannya dengan spesies
Aeromonas yang lain. Hal ini diduga
karena gen 16S rRNA terlalu universal
sehingga sekuen 16S rRNA pada
Aeromonas terlalu mirip dan hanya
dibedakan pada sebagian kecil nukleotida
(Martinez-Murcia et al.,1992).
Oleh karena itu untuk identifikasi dan
analisis kekerabatan Aeromonas spp.,
disarankan melakukan sikuensing dari dua
arah, selain itu perlu dilakukan sikuensing
dengan menggunakan multi gen penanda.
Beberapa peneliti melakukan identifikasi
filogenetika bakteri Aeromonas hydrophila
selain menggunakan penanda gen 16S
rRNA, juga digunakan gen housekeeping
yaitu gen gen gyrB dan gen rpoD (Yanez,
et al., 2004; Kupfer et al., 2006; Morandi
et al., 2005). Perbandingan sikuen genom
beberapa strain dari masing-masing spesies
dibutuhkan untuk menyelesaikan sejarah
evolusi yang kompleks yang berhubungan
dengan duplikasi gen, transfer gen, dan
terjadinya rekombinasi (Morandi et al.,
2005).
KESIMPULAN
Hasil penelitian mengenai identifikasi
bakteri Aeromonas spp. didapatkan
informasi bahwa pada umumnya bakteri
Aeromonas merupakan bakteri Gram
negatif berbentuk basil, memiliki koloni
berwarna
kuning
pada
medium
Formica Online, Volume 1, Nomor 1, Januari 2014
RS+novobiosin, bersifat motil, memiliki
kemampuan oksidatif dan fermentatif, dan
positif uji oksidase. Dari sepuluh isolat
terpilih, 60% memiliki gen lipase pada
posisi 760pb, 20% memiliki gen lipase
pada posisi lebih dari 760pb, dan 20%
tidak memiliki gen lipase.Melalui hasil
analisis sikuensing didapatkan dua
kelompok spesies yaitu Aeromonas
hydrophila dan Aeromonas Veronii.
Secara filogenetika, hubungan kekerabatan
sepuluh isolat yang diuji terbagi menjadi
tiga kelompok. Kelompok pertama kelima
isolat yang diuji mengelompok tersendiri,
sedangkan kelompok kedua terdapat dua
isolat yang berdekatan dengan Aeromonas
veronii. Kelompok ketiga yang terdiri dari
satu isolat dan dua isolat kontrol memiliki
kekerabatan dengan Aeromonas hydrophila
strain ATCC 7966.
Austin, B., and Austin, D.A. ( 2007).
Bacterial Fish Patogen Disease
of Farm and Wild Fish Forth
Edition. Praxis Publishing Ltd.
Chisester,UK.
Awan, B.M., Ahmed M.M., Barii, A., and
Saad,
A.M.
(2005).
Biochemical Characterization
Of The Aeromonas Species
Isolated From Food And
Environment.
Pak
J
Physiol;1(1-2)
DAFTAR PUSTAKA
Beaz-Hidalgo, R., Alperi, R., Buján, N.,
Romalde, J.L., Figueras, M.J.,
(2010).
Comparison
of
phenotypical
and
genetic
identification of Aeromonas strains
isolated from diseased fish.
Systematic
and
Applied
Microbiology 33, 149–153.
Abbot, SL., Sharon, W., Cheung, K.W.,
and Janda J.M. (2003). The
Genus
Aeromonas
:
Biochemical
Characteristics,
Atypical
Reaction,
and
Phenotypic
Identification
Schemes. J. Clin. Microbiol.
41(6):2348
Cascon, A., Anguita, J., Hernanz, C.,
Sa’nchez, M., Ferna´ndez, M.,
And Naharro, G. (1996).
Identification of aeromonas
hydrophila hybridization group
1 by PCR assays. Applied and
environmental
microbiology,
apr. p. 1167–1170
Al-Fatllawy, H.,N.,K., and Al-Ammar,
M.,H. (2013). Molecular Study
of
Aeromonas
hydrophila
isolated from Stool sample in
Najaf (Iraq). International
Journal
of
Microbiology
Research. ISSN: 0975-5276 &
E-ISSN : 0975-9174, Volume
5, Issue 1.
EPA. (2006). Aeromonas : Human Health
Criteria Document. Health and
Ecological Criteria Division
Office
of
Science
and
Technology Office of Water.
U.S Enviromental Protection
Agency : Wahington.
Arthi, K., Appalaraju, B., & Parvathi, S.
(2003). Vancomicin sensitivity
and KOH String Test as an
Alternative to Gram Staining of
Bacteria. Indian Journal of
Medical
Microbiology.
21,(2),121-123
Erdem, B., Kariptas, E., Cil, E., Isik, I.
(2011).
Biochemial
Identifications and Numerical
Taxonomy of Aeromonas spp.
isolated from Food Sample in
Turkey. Turk J Biol 35. 463-472
Visi Tinta Manik, Topik Hidayat1, Diah Kusumawaty
Identifikasi dan Filogenetika Bakteri Aeromonas spp.
Isolat Air Kolam Beberapa Kota Berdasarkan Pada Sikuen Gen 16S rRNA
Figueras, M.J., Soler, L., Chacón, M.R.,
Guarro, J., Martinez-Murcia, A.J.,
(2000). Extended method for
discrimination of Aeromonas spp.
by 16S rDNA RFLP analysis.
International Journal of Systematic
and Evolutionary Microbiology 50,
2069–2073.
Graf,
J.
(1999). Diverse Restriction
Fragmen Length Polymorphism
Pattern of the PCR-Amplified
16S rRNA Genes in Aeromonas
veronii Strain and Possible
Misidentification of Aeromonas
Species. Journal of Clinical
Microbiology,Oct., p. 31943297
Hill, K. E., Davies, C. E., Wilson, M. J.,
Stephen, P., Harding, K. G., &
Thomas, D. W. (2003).
Moleculer Analysis of the
Microflora in Chronic Venous
Leg Ulceration. Journal of
Medical Microbiology, 52: 365369
Janda, J.M., Abbott, S.L., (2010). The
genus Aeromonas: taxonomy,
patogenicity, and infection.
Clinical Microbiology Reviews
23, 35–73.
Jayavignesh, V., Kannan, K.K., Bath, A.D.
(2011).
Biochemial
Characterization
and
Citotoxicity of the Aeromonas
hydrophila
Isolated
from
Catfish.
CODEN
(USA)
AASRC9 ISSN 0975-508x
Kupfer, M., Kuhnert, P., Bozena, M.,
Peduzzi, R., and Demarta, A.
(2006). Genetic Relationship of
Aeromonas Strain Inferred from
16S rRNA, gyrB, and rpoD
gene sequence. Int. J. Syst. 56,
2743-2751.
Lee, S., Kim, S., Oh, Y., Lee, Y. (2000).
Characterization of Isolated
Aeromonas hydrophila from
Rainbow Trouts in Korea. The
Journal
of
Microbiology,
March, p1-7.S
Martinez-Murcia,A.J., Benlloch, S., and
Colllins,
M.D.
(1992).
Phylogenetic Interrelationship
of
member
of
genera
Aeromonas and Plesiomonas as
determine by 16S ribosomal
DNA sequencing; lack of
congruence result of DNA-DNA
hybridization.
Int.
J. of
Systematic Bacteriology, P.
412-421
Martinez-Murcia,A.J., Soler, L., Saavedra,
M.J., Chacon, M.R., Guarro,
J.,Stackebrandt, E., Figueras,
M.J.
(2005).
Phenotypic,
genotypic, and phylogenetic
discrepancies to differentiate
Aeromonas salmonicida from
Aeromonas
bestiarum.
International Mycrobiology 8:
259-269.
Monfort,
P., & Beleux, B. (1991).
Distribution and Survival of
Motil Aeromonas spp. in
Brackish
Water
Receiving
Sewage Treatment Effluent.
Appn. Environt. Microbiol,
57(9),2459.
Morandi, A., Zhaxybayeva, O., Gogarten,
J.P.,
Graf,
J.
(2005).
Evolutionary and diagnostic
implications of intragenomic
heterogeneity in the 16S rRNA
gene of Aeromonas strains. J
Bacteriol 187: 6561–6564.
Ottaviani, D., Parlani, C., Cittero, B.,
Massini,
L.,
Leoni,
F.,
Canonico, C., Sabatini, L.,
Formica Online, Volume 1, Nomor 1, Januari 2014
Bruscolini, F., Pianetti, A.
(2011). Putative Virulence
Properties of Aeromonas Strain
Isolatd
from
Food,
Environmental, and Clinical
Sources in Italy: Comparative
Study. Int J Food Microbiol,
144 (3): 538-45.
Puthucheary, S.D., Puah, S.M., Chua, K.H.
(2012).
Moleculer
Characterization of Clinical
Isolate of Aeromonas Species
from Malaysia. Plus One Vol.
7, Issue 2 : e30205
Sahu,
I., Das, B.K., Marhua, N.P.,
Pradhan, J., Sahoo, D.R.,
Behra, B., Mishra, B.K. (2012).
Phenotipic
and
Genotipic
Method
for
Identification
Aeromonas hydrophila Strain
from Carp Labeo rohita and
Their
Virulence
Study.International Journal of
Fisheries and Aquaculture
Sciences. ISSN 2248-9975
Volume 2, Number 2 pp. 141156
Soler L., Yanez, M.A., Chacon, M.R.,
Aguilera-Arreola,
M.G.,
Catalan, V., Figueras, M.J., and
Martinez-Murcia, A.J. (2004).
Phylogenetic analysis of the
genus Aeromonas based on two
housekeeping
genes.
International
Journal
of
Systematic and Evolutionary
Microbiology , 54,1511-1519
SNI. (2009). Metode Identifikasi Bakteri
Aeromonas hydrophila secara
Biokimia. SNI 7303: 2009
Wulandari, R. (2012). Deteksi gen Virulen
dan Uji Patogenitas Bakteri
Aeromonas hydrophila Isolat
Air Sukabumi Pada Ikan
Gurami
(Osphronemus
gourami). Skripsi. Jurusan
Pendidikan Biologi. FPMIPA.
Universitas
Pendidikan
Indonesia. Bandung.
Yanez, M.A., Catalan, V., Apraiz, D.,
Figueraz, M.J., & MartinezMurcia,
A.J.
(2003).
Philogenetic
analysis
of
member
of
the
genus
Aeromonas based on gyrB gene
sequences. International Journal
of Systematic and Evolutionary
Microbiology, 53, 875-883.