SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS Disusun oleh Kelompok 12 (TLM 2B) : Anisatin Agniyatu Sholekhah Nelly Supriana Simamora Siti Wulandari Sri Shinta Utami POKOK BAHASAN ■ Mengetahui Struktur dan Kemunculan SNP ■ Mengetahui Deteksi SNP ■ Mengetahui Deteksi SNP dalam Forensic ■ Mengetahui Perbandingan SNP dan STR Struktur dan Kemunculan SNP ■ SNP adalah posisi pasangan basa tunggal dalam DNA genom di mana alternatif urutan yang berbeda (alel) ada pada individu normal dalam beberapa populasi, di mana alel yang paling jarang memiliki kelimpahan 1% atau lebih. Struktur suatu SNP sangat sederhana. SNP ditemukan dalam genom manusia sekitar sekali dalam setiap 1000 bp. Mengingat panjang genom manusia 3,2 miliar bp, kami dapat memperkirakan bahwa akan ada sekitar 1 juta perbedaan antara dua genom yang disebabkan oleh SNP: ini mewakili sekitar 85% variasi genetik manusia. Gambar Struktuk suatu SNP sangat sederhana Deteksi SNP A. Sanger sequencing Sanger sequencing juga dikenal sebagai chain-termination sequencing, dikembangkan pada akhir tahun 1970-an dan merupakan tonggak penting dalam pengembangan biologi molekuler. Pengurutan ini memanfaatkan biokimia dari replikasi DNA. Tahap pertama dari analisis adalah memperkuat wilayah target menggunakan PCR; produk yang amplifikasi kemudian digunakan sebagai template dalam reaksi pengurutan (sekuensing). Reaksi DNA setelahnya mirip dengan aplifikasi PCR dan campuran reaksinya yang sangat mirip mengandung polymerase DNA Taq termofilik dan deoksinukleotida trifosfat (dNTPs). Ini berbeda dari PCR karena hanya satu primer yang digunakan dan selain dNTP, ada empat dideoksiribonukleotida berlabel fluoresense (ddNTPs); setiap ddNTP diberi label dengan pewarna berwarna yang berbeda. ddNTPs tidak mengandung gugus hidroksil pada 3’ karbon, yang mencegah ekstensi molekul DNA. Lanjutan.. ■ Sequencing bukan pilihan yang praktik untuk analisis SNP dalam konteks forensic. Sebagian besar SNP tersebar luas di sekitar genom dan diperlukan reaksi terpisah untuk setiap SNP. Pengecualian pada genom mitokondria, dimana sejumlah SNP terkonsentrasi ke area kecil dan dapat dianalisis dalam sejumlah kecil reaksi . sequencing (pengurutan) juga menjadi metode yang ampuh untuk mengetik SNP di dalam wilayah DNA yang berkembang pesat dalam virus HIV. B. Metode Sanger asli ■ Pada metode yang asli, urutan nukleotida DNA tertentu dapat disimpukan dengan membuat secara paralel empat reaksi perpanjangan rantai menggunakan salah satu dari empat jenis basa pemutus rantai pada masing-masing reksi. Fragmenfragmen DNA yang kemudian terbentuk dideteksi dengan menandai (labelling) primer yang digunakan dengan fosfor radioaktif sebelum reaksi sekuensing dilangsungkan. ■ Keempat hasil reaksi tersebut kemudian dielektroforesis pada empat jalur yang saling bersebelahan pada gel poliokrilamida. Hasil pengembangan metode ini menggunakan empat macam primer yang ditandai dengan pewarna berpendar (fluorescent dye). C. Sekuensing Dye Terminator ■ Cara lain pelabelan primer aalah dengan melabel pemutus rantainya atau yang biasa disebut metode sekuensing Dye Terminator. ■ Keunggulan cara ini yaitu seluruh proses sekuensing dapat dilakukan dalam satu reaksi, dibandingkan dengan empat reaksi terpisah yang diperlukan pada penggunaan primer berlabel. ■ Pada tahap tersebut, masing-masing dideoksinukleotida pemutus rantai ditandai dengan pewarna fluoresens yang berpendar Panjang gelombang yang berbeda-beda. ■ Cara ini lebih mudah dan lebih cepat dibandingkan penggunaan primer berwarna, namun dapat menimbulkan ketidaksamaan tinggi kurva atau puncak (peak) yang disebabkan oleh ketidaksamaan penggabungan pemutus rantai berwarna berukuran besar pada pertumbuhan DNA (ketidaksamaan tersebt bergantung pada DNA cetakan). Masalah tersebut dapat dikurangi secara nyata dengan penggunaan macam-macam enzim dan pewarna baru yang meminimalkan perbedaan dalam penggabungan. D. Deteksi SNP untuk aplikasi forensic Metode yang didasarkan pada konsep ekstensi primer atau hibridisasi primer adalah yang paling banyak digunakan. Eksistensi Primer ■ Ekstensi primer adalah metode yang kuat untuk membedakan antara alel yang berbeda dan beberapa metodologi telah dikembangkan. Salah satu metode yang umum digunakan adalah reaksi sekuensing mini. Dasar reaksinya sangat mirip dengan sekuensing Sanger. ■ Primer yang diperpanjang dapat dianalisis menggunakan elektroforesis gel kapiler dan warna puncak yang terdeteksi memungkinkan SNP untuk dikarakterisasi. Kit komersial yang banyak digunakan yang disebut SNaPshotTM (Applied Biosystems) didasarkan pada metodologi ini. Dengan menggunakan primer berukuran berbeda dan tag fluorescent yang berbeda untuk masing- masing dari empat basis, sejumlah besar SNP dapat dideteksi secara bersamaan. Variasi pada teknik ekstensi primer termasuk pyrosequencing; Lanjutan.. Hibridasi spesifik alel Dalam kondisi yang ketat, bahkan satu ketidakcocokan nukleotida antara templat dan primer dapat membedakan antara dua alel. Genotip hibridasi alel spesifik (DASH) mengambil keuntungan dari perbedaan suhu leleh dalam DNA yang dihasilkan dari ketidakstabilan pasangan basa yang tidak cocok. Prosesnya bisa sangat otomatis dan mencakup beberapa prinsip sederhana. Pada langkah pertama, segmen genom diamplifikasi dan diletakkan pada manik melalui reaksi PCR dengan primer yang terbiotinilasi. Pada langkah kedua, produk yang diamplifikasi dilekatkan pada kolom streptavidin dan dicuci dengan NaOH untuk menghilangkan untai yang tidak terbiotinilasi. Oligonukleotida spesifik alel kemudian ditambahkan dengan adanya molekul yang berfluoresensi ketika terikat pada DNA beruntai ganda. Aplikasi Deteksi SNP dalam Forensic Data yang tersedia di berbagai SNP sejumlah besar dalam bentuk genom manusia, dan salah satu tugas terbesar saat menerapkan SNP ke aplikasi forensik adalah memilih SNP yang paling sesuai dari banyaknya jumlah yang tersedia. Adapun pilihan SNP ini sangat bergantung pada aplikasi. ■ Identifikasi Forensic Sebagian besar identifikasi forensik DNA melibatkan karakterisasi bahan biologis yang ditemukan dari TKP. Beberapa panel SNP telah dikembangkan yang dirancang untuk memberikan diskriminasi maksimum terhadap identifikasi forensik. SNP ini berisi polimorfik disemua kelompok populasi utama. ■ Prediksi Keturunan Geografis Dalam banyak kasus, identifikasi kelompok populasi dari sampel TKP berasal, dapat menjadi informasi penting bagi intelijen untuk mengetahui garis keturunan, panel ini terdiri dari mtDNA SNPs dan Y SNPs. Tetapi secara intrinsik dibatasi oleh fakta bahwa mereka hanya dapat memberikan informasi, baik pada garis keturunan ibu atau ayah. Perbandingan SNP dan STR pembanding STR SNP Frekuensi Kejadian Sekali setiap 15 Kb Sekali setiap 1 Kb Laju tingkat mutasi 10ˉᶟ 10ˉ⁸ Jumlah alel yang umum Antara 5 dan 20 2 Potensi terjadinya multipleks Saat ini maksimal 15 lokus STR diperiksa pada satu waktu Sulit memperkuat lebih dari 50 SNP dalam satu reaksi Jumlah lokus yang dibutuhkan untuk memiliki Pm 1 dalam 1 miliar 10 -6 Metode deteksi Capillary Gel Electrophoresis (CGE) CGE, Microarrays, Mass Spectroscopy Potensi Otomatisasi Medium Tinggi Artefak Amplifikasi STRs dapat mengkasilkan artefak seperti gagap Tidak ada artefak gagap yang terkait dengan amplifikasi SNP Jumlah DNA yang dibutuhkan -0,5 hingga 1ng -100 pg ukuran Amplikon Ukuran amplikon biasanya antara 100 dan 411 bp Ukuran amplikon bisa kurang dari 200 bp Mixtures (Campuran) Interpretasi dari campuran lokus STR dimungkinkan Campuran lokus SNP bisa sangat bermasalah untuk ditafsirkan Memprediksi asal geografis Identifikasi etnis dari lokus STR Beberapa SNP dapat dikaitkan dengan kelompok etnis tertentu Informasi Fenotipik Tidak ada kemungkinan untuk menyimpulkan fenotipe Mungkin untuk memproduksi beberapa warna rambut, warna mata, warna kulit kesimpulan SNP adalah posisi pasangan basa tunggal dalam DNA genom di mana alternatif urutan yang berbeda (alel) ada pada individu normal dalam beberapa populasi, di mana alel yang paling jarang memiliki kelimpahan 1% atau lebih. Struktur suatu SNP sangat sederhana. SNP ditemukan dalam genom manusia sekitar sekali dalam setiap 1000 bp. Digesti restriksi dapat digunakan untuk genotype SNP ketika SNP menciptakan atau menghancurkan sekuens pengenalan enzim restriksi tertentu urutan tetapi metode ini terbatas untuk kerja kasus forensic karena membutuhkan sejumlah besar DNA dan merupakan proses yang Panjang dan melelahkan Data yang tersedia di berbagai SNP sejumlah besar dalam bentuk genom manusia, dan salah satu tugas terbesar saat menerapkan SNP ke aplikasi forensik adalah memilih SNP yang paling sesuai dari banyaknya jumlah yang tersedia. Adapun pilihan SNP ini sangat bergantung pada aplikasi. Keuntungan besar yang dimiliki STR dibandingkan SNP adalah kekuatan diskriminasi, karena banyaknya alel yang STR miliki dibandingkan dengan SNP dua arah. Berbeda dengan STR, dibutuhkan sekitar empat kali lebih banyak SNP untuk mencapai daya diskriminasi yang setara dengan lokus STR. Kerugian utama lainnya untuk menggunakan SNP adalah bahwa campuran dari dua orang atau lebih mungkin bermasalah atau tidak mungkin untuk ditafsirkan karena SNP adalah penanda biallelic THANK YOU🙂 MAKALAH FORENSIK DAN APLIKASI PCR SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS Disusun Oleh : Kelompok : 12 Kelas : TLM 2B 1. 2. 3. 4. Anisatin Agniyatu S Nelly Supriana S Siti Wulandari Sri Shinta U JURUSAN TEKNOLOGI LABORATORIUM MEDIS POLTEKKES KEMENKES BANTEN 2021 KATA PENGANTAR Puji syukur kehadirat Allah SWT yang telah memberikan rahmat dan hidayah-Nya sehingga kami dapat menyelesaikan tugas makalah mengenai Single Nucleotide Polymorphism ini tepat pada waktunya. Adapun tujuan dari penulisan dari makalah ini adalah untuk memenuhi tugas pada mata kuliah Aplikasi PCR dan Forensik. Selain itu, makalah ini juga bertujuan untuk menambah wawasan tentang Single Nucleotide Polymorphism bagi para pembaca dan juga bagi penulis. Kami mengucapkan terima kasih kepada semua pihak yang telah membagi sebagian pengetahuannya sehingga kami dapat menyelesaikan makalah ini. Kami menyadari, makalah yang kami tulis ini masih jauh dari kata sempurna. Oleh karena itu, kritik dan saran yang membangun akan kami nantikan demi kesempurnaan makalah ini. Tangerang, 11 Januari 2020 i DAFTAR ISI KATA PENGANTAR ............................................................................................ i DAFTAR ISI.......................................................................................................... ii BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang ................................................................................. 1 1.2 Rumusan Masalah ............................................................................ 1 1.3 Tujuan .............................................................................................. 1 BAB II PEMBAHASAN 2.1 Struktur dan Kemunculan SNP ......................................................... 2 2.2 Deteksi SNP ..................................................................................... 3 2.3 Aplikasi deteksi SNP dalam forensic ............................................... 6 2.4 Perbandingan SNP dan STR ............................................................. 8 BAB III PENUTUP 3.1 Kesimpulan .................................................................................... 10 DAFTAR PUSTAKA .......................................................................................... 11 ii BAB I PENDAHULUAN 1.1. Latar Belakang SNP adalah posisi pasangan basa tunggal dalam DNA genom, urutannya berbeda alternatif (alel) dan ada pada individu normal dalam beberapa populasi dimana alel paling sering memiliki lebih1% atau lebih banyak lagi. SNPs trbentuk ketika kesalahan (mutasi) terjadi saat sel mengalami replikasi DNA selama meiosis. SNP biasanya hanya memiliki dua alel, misalnya satu alel dengan guanin dan satu dengan adenin. SNP begitu banyak diseluruh genom sehingga secara teori dimungkinkan untuk mengetik ratusan diantaranya. 1.2 Rumusan Masalah Bagaimana Struktur dan Kemunculan SNP ? Bagaimana Cara Mengetahui Deteksi SNP ? Bagaimana Cara Mengetahui Deteksi SNP dalam Forensic ? Apa Perbandingan SNP dan STR ? 1.3 Tujuan Mengetahui Struktur dan Kemunculan SNP Mengetahui Deteksi SNP Mengetahui Deteksi SNP dalam Forensic Mengetahui Perbandingan SNP dan STR 1 BAB II PEMBAHASAN 2.1 Struktur dan Kemunculan SNP SNP adalah posisi pasangan basa tunggal dalam DNA genom di mana alternatif urutan yang berbeda (alel) ada pada individu normal dalam beberapa populasi, di mana alel yang paling jarang memiliki kelimpahan 1% atau lebih. Struktur suatu SNP sangat sederhana. SNP ditemukan dalam genom manusia sekitar sekali dalam setiap 1000 bp. Mengingat panjang genom manusia 3,2 miliar bp, kami dapat memperkirakan bahwa akan ada sekitar 1 juta perbedaan antara dua genom yang disebabkan oleh SNP: ini mewakili sekitar 85% variasi genetik manusia. Berikut gambar Struktuk suatu SNP sangat sederhana Keadaan biallelic dari sebagian besar polimorfisme secara intrinsik membatasi informasi yang dapat diperoleh dari analisis SNP mana pun, dan ini telah menjadi faktor utama yang membatasi aplikasinya pada analisis forensik: antara 50 dan 80 SNP diperlukan untuk mencapai hal yang sama tingkat diskriminasi sebagai metode berbasis STR saat ini. Namun, sejumlah besar SNP dalam genom (saat ini lebih dari 10 juta SNP telah ditempatkan di database public) dapat mengkompensasi informasi terbatas yang dibawa oleh SNP individu, dan menjadikannya polimorfisme yang menggoda untuk 2 dieksploitasi. Teknologi yang digunakan untuk deteksi SNP sedang berkembang dan analisis SNP menjadi mungkin dilakukan di banyak laboratorium forensik. 2.2 Deteksi SNP Ada banyak Teknik yang tersedia untuk resolusi SNP. Pada tahun 1970-an ditetapkan bahwa enzim tertentu yang diproduksi oleh bakteri dapat digunakan untuk memotong DNA molekul dengan mengenali urutan spesifik. Digesti restriksi dapat digunakan untuk genotype SNP ketika SNP menciptakan atau menghancurkan sekuens pengenalan enzim restriksi tertentu urutan [9,10] tetapi metode ini terbatas untuk kerja kasus forensic karena membutuhkan sejumlah besar DNA dan merupakan proses yang Panjang dan melelahkan. A. Sanger sequencing Sanger sequencing juga dikenal sebagai chain-termination sequencing, dikembangkan pada akhir tahun 1970-an dan merupakan tonggak penting dalam pengembangan biologi molekuler. Pengurutan ini memanfaatkan biokimia dari replikasi DNA. Tahap pertama dari analisis adalah memperkuat wilayah target menggunakan PCR; produk yang amplifikasi kemudian digunakan sebagai template dalam reaksi pengurutan (sekuensing). Reaksi DNA setelahnya mirip dengan aplifikasi PCR dan campuran reaksinya yang sangat mirip mengandung polymerase DNA Taq termofilik dan deoksinukleotida trifosfat (dNTPs). Ini berbeda dari PCR karena hanya satu primer yang digunakan dan selain dNTP, ada empat dideoksiribonukleotida berlabel fluoresense (ddNTPs); setiap ddNTP diberi label dengan pewarna berwarna yang berbeda. ddNTPs tidak mengandung gugus hidroksil pada 3’ karbon, yang mencegah ekstensi molekul DNA. Konsentrasi dNTP lebih tinggi dari ddNTP dan oleh karena itu dalam banyak kasus dNTP ditambahkan. DdNTP digabungkan pada interval acak di sepanjang molekul. Ini menghasilkan berbagai ukuran molekul yang berbeda. Produk dari reaksi sekuensing dianalisis menggunakan sistem elektroforesis gel kapiler, seperti ABI PRISM® 310 3 Genetic Analyzer, yang memisahkan DNA ke resolusi pasangan basa tunggal dan secara bersamaan dapat mendeteksi empat label fluoresens yang berbeda. Sequencing bukan pilihan yang praktik untuk analisis SNP dalam konteks forensic. Sebagian besar SNP tersebar luas di sekitar genom dan diperlukan reaksi terpisah untuk setiap SNP. Pengecualian pada genom mitokondria, dimana sejumlah SNP terkonsentrasi ke area kecil dan dapat dianalisis dalam sejumlah kecil reaksi . sequencing (pengurutan) juga menjadi metode yang ampuh untuk mengetik SNP di dalam wilayah DNA yang berkembang pesat dalam virus HIV. B. Metode Sanger asli Pada metode yang asli, urutan nukleotida DNA tertentu dapat disimpukan dengan membuat secara paralel empat reaksi perpanjangan rantai menggunakan salah satu dari empat jenis basa pemutus rantai pada masing-masing reksi. Fragmen-fragmen DNA yang kemudian terbentuk dideteksi dengan menandai (labelling) primer yang digunakan dengan fosfor radioaktif sebelum reaksi sekuensing dilangsungkan. Keempat hasil reaksi tersebut kemudian dielektroforesis pada empat jalur yang saling bersebelahan pada gel poliokrilamida. Hasil pengembangan metode ini menggunakan empat macam primer yang ditandai dengan pewarna berpendar (fluorescent dye). Hal ini memiliki kelebihan karena tidak menggunakan bahan radioaktif; selain menambah keamanan dan kecepatan, keempat hasil reaksi dapat dicampur dan dielektroforesis pada satu lajur pada gel. Metode ini dikenal sebagai metode dye primer sequencing. C. Sekuensing Dye Terminator Cara lain pelabelan primer aalah dengan melabel pemutus rantainya atau yang biasa disebut metode sekuensing Dye Terminator. Keunggulan cara ini yaitu seluruh proses sekuensing dapat dilakukan dalam satu reaksi, dibandingkan dengan empat reaksi terpisah yang diperlukan pada penggunaan primer berlabel. Pada tahap tersebut, masingmasing dideoksinukleotida pemutus rantai ditandai dengan pewarna fluoresens yang berpendar Panjang gelombang yang berbeda-beda. Cara ini lebih mudah dan lebih cepat dibandingkan penggunaan primer berwarna, namun dapat menimbulkan ketidaksamaan 4 tinggi kurva atau puncak (peak) yang disebabkan oleh ketidaksamaan penggabungan pemutus rantai berwarna berukuran besar pada pertumbuhan DNA (ketidaksamaan tersebt bergantung pada DNA cetakan). Masalah tersebut dapat dikurangi secara nyata dengan penggunaan macam-macam enzim dan pewarna baru yang meminimalkan perbedaan dalam penggabungan. Metode ini kini digunakan pada sebagian besar usaha reaksi sekuensing karena lebih sederhana dan lebih murah. Primer-primer yang digunakan tidak perlu dilabeli secara terpisah (yang bisa cukup mahal untuk primer yang dibuat untuk sekali pakai), walaupun hal tersebut tidak terlalu bermasalah dalam penggunaan universal primer. D. Deteksi SNP untuk aplikasi forensic Destruksi restriksi dan analisis sekuens bukan metode yang dapat digunakan untuk kebanyakan kasus forensik yang mungkin memerlukan analisis 50 hingga 80 SNP yang tersebar di sekitar genom. Sejumlah metode telah berkembang yang dapat diterapkan untuk mendeteksi beberapa SNP. Metode yang didasarkan pada konsep ekstensi primer atau hibridisasi primer adalah yang paling banyak digunakan. Eksistensi Primer Ekstensi primer adalah metode yang kuat untuk membedakan antara alel yang berbeda dan beberapa metodologi telah dikembangkan. Salah satu metode yang umum digunakan adalah reaksi sekuensing mini. Dasar reaksinya sangat mirip dengan sekuensing Sanger. Bagian pertama dari prosedur ini adalah memperkuat wilayah target menggunakan PCR. Primer internal kemudian di anil ke produk PCR yang didenaturasi; ujung 3 primer berdekatan dengan situs polimorfik. Primer tersebut kemudian diperpanjang dengan Taq polimerase tetapi hanya ddNTP yang diberi label dengan pewarna fluoresen yang disediakan; primer hanya diperpanjang oleh satu nukleotida. Primer yang diperpanjang dapat dianalisis menggunakan elektroforesis gel kapiler dan warna puncak yang terdeteksi memungkinkan SNP untuk dikarakterisasi. Kit komersial yang banyak digunakan yang disebut SNaPshotTM (Applied Biosystems) didasarkan pada metodologi ini. Dengan menggunakan primer berukuran berbeda dan tag fluorescent yang berbeda untuk 5 masing-masing dari empat basis, sejumlah besar SNP dapat dideteksi secara bersamaan. Variasi pada teknik ekstensi primer termasuk pyrosequencing; mikroarray, di mana primer ekstensi dipasang ke chip silikon; dan ekstensi spesifik alel, ketika primer hanya diperpanjang jika 100% melengkapi urutan target. Hibridasi spesifik alel Dalam kondisi yang ketat, bahkan satu ketidakcocokan nukleotida antara templat dan primer dapat membedakan antara dua alel. Genotip hibridasi alel spesifik (DASH) mengambil keuntungan dari perbedaan suhu leleh dalam DNA yang dihasilkan dari ketidakstabilan pasangan basa yang tidak cocok. Prosesnya bisa sangat otomatis dan mencakup beberapa prinsip sederhana. Pada langkah pertama, segmen genom diamplifikasi dan diletakkan pada manik melalui reaksi PCR dengan primer yang terbiotinilasi. Pada langkah kedua, produk yang diamplifikasi dilekatkan pada kolom streptavidin dan dicuci dengan NaOH untuk menghilangkan untai yang tidak terbiotinilasi. Oligonukleotida spesifik alel kemudian ditambahkan dengan adanya molekul yang berfluoresensi ketika terikat pada DNA beruntai ganda. Intensitas kemudian diukur ketika suhu dinaikkan sampai suhu leleh ™ dapat ditentukan. SNP akan menghasilkang Tm yang lebih rendah dari yang diharapkan. Karena DASH genotyping mengukur perubahan kuantitatif dalam Tm, ia mampu mengukur semua jenis mutase, bukan hanya SNP. Manfaat lain dari DASH termasuk kemampuannya untuk bekerja dengan label bebas label dan desain serta kondisi kinerjanya yang sederhana. Ada sejumlah besar metode yang mengeksploitasi hibridisasi probe, termasuk reverse dot blots; Taqman Uji; LightCycler Uji; suar molekuler; dan GeneChips. 2.3 Aplikasi Deteksi SNP dalam Forensic Data yang tersedia di berbagai SNP sejumlah besar dalam bentuk genom manusia, dan salah satu tugas terbesar saat menerapkan SNP ke aplikasi forensik adalah memilih SNP yang paling sesuai dari banyaknya jumlah yang tersedia. Adapun pilihan SNP ini sangat bergantung pada aplikasi. 6 Identifikasi Forensik Sebagian besar identifikasi forensik DNA melibatkan karakterisasi bahan biologis yang ditemukan dari TKP. Beberapa panel SNP telah dikembangkan yang dirancang untuk memberikan diskriminasi maksimum terhadap identifikasi forensik. SNP ini berisi polimorfik disemua kelompok populasi utama. Sebuah panel berisi 52 SNP yang dikembangkan oleh SNP for ID Consorium. Menggunakan panel SNP ini dapat menghasilkan probabilitas kecocokan yang berkisar 5,0 x 10ˉ₁₉ pada populasi Asia hingga 5,0 x 10ˉ₂₁ pada populasi Eropa. Ketika diterapkan pada pengujian garis ayah, indeks garis ayah rata-rata antara 336.000 di populasi Asia dan 550.000 di populasi Eropa. Namun, meski dengan daya diskriminasi yang tinggi, upaya melibatkan dalam menganalisis 50 SNP lebih besar dari pada saat melakukan analisis STR standar. Daya tarik utama menggunakan SNPs dengan teknologi saat ini adalah bahwa analisis SNP dapat memberikan hasil dari DNA yang sangat terdegradasi ketika pemfilteran STR konvensional telah gagal. Prediksi Keturunan Geografis Dalam banyak kasus, identifikasi kelompok populasi dari sampel TKP berasal, dapat menjadi informasi penting bagi intelijen untuk mengetahui garis keturunan, panel ini terdiri dari mtDNA SNPs dan Y SNPs. Tetapi secara intrinsik dibatasi oleh fakta bahwa mereka hanya dapat memberikan informasi, baik pada garis keturunan ibu atau ayah. SNP autosomal yang memiliki frekuensi berbeda dalam kelompok populasi utama yang berbeda, dapat memberikan informasi berharga tentang keturunan gegograpis. Banyak SNP yang dipilih untuk tujuan ini, dikaitkan dengan wilayah pengkodean yang telah mengalami tekanan seleksi. termasuk gen pigmentasi dan gen yang terlibat dengan metabolisme xenobiotik. 7 Gen pigmentasi, selain memberikan informasi tentang keturunan geografis, juga dapat memberikan informasi tentang fenotipe orang yang menyimpan materi biologis di TKP, termasuk warna kulit, rambut dan mata. 2.4 Perbandingan SNP dan STR Keuntungan besar yang dimiliki STR dibandingkan SNP adalah kekuatan diskriminasi, karena banyaknya alel yang STR miliki dibandingkan dengan SNP dua arah. Berbeda dengan STR, dibutuhkan sekitar empat kali lebih banyak SNP untuk mencapai daya diskriminasi yang setara dengan lokus STR. Kerugian utama lainnya untuk menggunakan SNP adalah bahwa campuran dari dua orang atau lebih mungkin bermasalah atau tidak mungkin untuk ditafsirkan karena SNP adalah penanda biallelic. Penerapan SNP untuk aplikasi khusus, misalnya pengelompokan darah berbasis SNP dan otopsi molekuler (mencaru mutasi yang dapat menjelaskan kematian mendadak), kemungkinan akan menjadi luas. Pembanding STR SNP Frekuensi kejadian Sekali setiap 15 Kb Sekali setiap 1 Kb Laju tingkat mutasi 10ˉᶟ 10ˉ⁸ Jumlah alel yang umum Antara 5 dan 20 2 Potensi terjadinya multipleks Saat ini maksimal 15 lokus Sulit memperkuat lebih dari STR diperiksa pada satu 50 SNP dalam satu reaksi waktu 10 ̴6 Capillary Gel Electrophoresis CGE, Microarrays, Mass (CGE) Spectroscopy Potensi Otomatisasi Medium Tinggi Artefak Amplifikasi STRs dapat Tidak ada artefak gagap yang menghasilkan artefak seperti terkait dengan amplifikasi Jumlah lokus yang dibutuhkan untuk memiliki Pᴍ 1 dalam 1 miliar Metode deteksi 8 Jumlah DNA yang gagap SNP ̴ 0,5 hingga 1 ng ̴ 100 pg Ukuran amplikon biasanya Ukuran amplikon bisa kurang antara 100 dan 400 bp dari 100 bp Interpretasi dari campuran Campuran lokus SNP bisa lokus STR dimungkinkan sangat bermasalah untuk dibutuhkan Ukuran amplikon Mixtures (Campuran) ditafsirkan Memprediksi asal geografis Identifikasi etnis dari lokus Beberapa SNP dapat STR dikaitkan dengan kelompok etnis tertentu Informasi fenotipik Tidak ada kemungkinan Mungkin untuk memproduksi untuk menyimpulkan fenotipe beberapa warna rambut, warna mata, warna kulit. 9 BAB III PENUTUP 3.1 Kesimpulan SNP adalah posisi pasangan basa tunggal dalam DNA genom di mana alternatif urutan yang berbeda (alel) ada pada individu normal dalam beberapa populasi, di mana alel yang paling jarang memiliki kelimpahan 1% atau lebih. Struktur suatu SNP sangat sederhana. SNP ditemukan dalam genom manusia sekitar sekali dalam setiap 1000 bp. Digesti restriksi dapat digunakan untuk genotype SNP ketika SNP menciptakan atau menghancurkan sekuens pengenalan enzim restriksi tertentu urutan [9,10] tetapi metode ini terbatas untuk kerja kasus forensic karena membutuhkan sejumlah besar DNA dan merupakan proses yang Panjang dan melelahkan Data yang tersedia di berbagai SNP sejumlah besar dalam bentuk genom manusia, dan salah satu tugas terbesar saat menerapkan SNP ke aplikasi forensik adalah memilih SNP yang paling sesuai dari banyaknya jumlah yang tersedia. Adapun pilihan SNP ini sangat bergantung pada aplikasi. Keuntungan besar yang dimiliki STR dibandingkan SNP adalah kekuatan diskriminasi, karena banyaknya alel yang STR miliki dibandingkan dengan SNP dua arah. Berbeda dengan STR, dibutuhkan sekitar empat kali lebih banyak SNP untuk mencapai daya diskriminasi yang setara dengan lokus STR. Kerugian utama lainnya untuk menggunakan SNP adalah bahwa campuran dari dua orang atau lebih mungkin bermasalah atau tidak mungkin untuk ditafsirkan karena SNP adalah penanda biallelic 10 DAFTAR PUSTAKA Goodwin, W., Linacre, A., Hadi, S.2017. An Introduction to Forensic Genetics. UK; Jhon Wiley&Sons Kwork, P.Y. (2001) Methods of Genotyping Single Nucleotide Polymorphisms. Annual Review of Genomics and Human Genetics 2, 235-258. 11
