Prinsip-prinsip Gentik Molekul dalam Analisis Genetika Terkini-

PRINSIP.PRINSIP GENETIKA MOLEKUL DALAM
ANALISIS GENETIKA TERKINI
Oleh : Dr. Daniel Joko Wahyono' M.Biomed.
Pendahuluan
Kemajuan teknik dan konsep dari disiplin ilmu biologi molekuler dalam tiga
dasarwarsa terakhir
ini telah membawa
pengaruh luarbiasa
di
dalam penguasaan
bioteknologi. Tidak ketinggalan pula disiplin ilmu genetika turut serta menikmati
kemajuan tersebut. Pada saat ini, jika kita bicara tentang genetika, tidak lagi hanya
sebatas membicarakan bagaimana seekor lalat bisa mewarisi warna mata tertentu,
bagaimana cacat bawaan buta warna bisa diwariskan, dan hal-hal konvensional lainnya.
Semakin banyak bukti penelitian dengan pendekatan genetika berhasil menerangkan
patogenesis sebuah penyakit yang sebelumnya tidak pernah didiskusikan dengan tinjauan
genetika. Oleh karena itu cukup beralasan apabila saat ini genetika menjadi sebuah ilmu
yang banyak dipakai di dalam biomedis. Pemahaman tentang konsep dasar DNA sebagai
pembawa informasi genetik, pada akhirnya melahirkan sub disiplin ilmu baru dari
disiplin ilmu genetik4 genetika molekuler. Kehadirannya melengkapi sub disiplin yang
lainnya seperti: genetika formal, genetika populasi, genetika klinik, dan pelayanan
konsultasi genetika. Genetika molekuler berbicara banyak tentang:
DNA
sebagai
pembawa informasi genetik; Stnrktur DNA, replikasi, dan reparasi; Konsep dasar
transkripsi dan translasi; Konsep dasar kode genetik, gen, dan mutasi; serta rekayasa
genetika.
DNA sebalai pembawa informasi genetik
Pada tahun 1928, Fred
Griffith seorang ahli mikrobiologi dari inggris menemukan
tanpa sengaja sebuah fenomena menarik
di dalam penelitiannya yang menggunakan
bakteri pneumococcus. Namun demikian pada masa itu, tidak ada yang bisa menerangkan
alasan sebuah strain pneumococcus yang tidak virulen bisa berofek mematikan terhadap
bio.unsoed.ac.id
tikus percobaan, jika pada saat menginjeksi tikus tersebut dicampurkan
strain
pnegmococcus yang virulen namun sudah diinaktifasi dengan dipanasi. Bahkan lebih
aneh lagi, pada tikus percobaan hanya ditemukan pneumococcus virulen saja. Lalu
kemanakah strain avirulen yang disuntikan terebut ? Pada saat itu, tidak ada yang berhasil
memahami mekanisme yang mendasari fakta pneumococcus avirulen berubah menjadi
sebuah pneumococcus yang virulen.
Fenomena
ini
selanjutnya mengilhami O.T. Avery dan kawan-kawan (1944)
untuk mempelajari lebih jauh. Mereka membuat ekstrak dari pneumococcus yang virulen.
Semua komponen protein, lipid, dan polysaccharides dihilangkan. Menarik sekali,
temyata kemampuan untuk mentransformasi pneumococcus avirulen manjadi virulen
tetap dimiliki oleh ekstrak tersebut. Dengan beberapa studi lanjutan akhirnya diyakini
bahwa
DNA
mentransformasi
merupakan komponen ekstrak
yang mempunyai kemampuan
ini. Hal ini sejalan dengan teori yang hingga kini masih diyakini
kebenaranny4 bahwa bakteri mempunyai kemampuan untuk menerima segmen DNA
asing yang selanjutnya digabungkan dengan genomenya sendiri. Inilah yang bisa
menerangkan perubahan tersebut.
Bukti langsung tentang DNA sebagai pembawa informasi genetik pertama kali
diajukan oleh A.D Hersley dan
M.
Chase pada tahun 1952. Mereka menggunakan
bakteriofaga untuk percobaan ini. Komponen protein kapsular dari bakteriofaga diberi
label radioanir 135s; yang berbeda dengan DNA 132r;. rada saat bakteriofaga ini
menginfeksi bakteri, dibuktikan bahwa hanya DNA yang masuk kedalam bakteri,
sementaxa komponen kapsularnya tetap berada
di luar sel bakteri. Namun, seperti halnya
diyakini hingga kini, meskipun hanya DNA yang masuk ke dalam sel bakteri, pada
akhirnya setelah DNA bakteriofaga
ini
memperbanyak
diri, terbentuk bakteriofaga
sempurna dengan kapsulnya. Terlihat dengan jelas bahwa DNA merupakan pembawa
informasi genetik. Konsep dasar
terbatas
ini
hingga
kini diyakini
kebenarannya tidak hanya
di dalam prokario! namun juga di dalam sel eukariot seperti halnya pada
sel
manusia.
Gen merupakan komponen operasional pembawa informasi genetilc
Gen dapat didefinisikan sebagai sebuah segmen molekul DNA yang memiliki
informasi biologiVgenetis, merupakan cetak biru untuk pembentukan RNA dan molekul
bio.unsoed.ac.id
polipeptida. Seperti kita ketahui bahwa urutan nukleotida di dalam genome merupakan
penentu urutan asam amino penyusun polipeptida yang dikode olehnya. Hal
I
ini bisa
terjadi setelah melalui proses transkripsi dan translasi. Gen sebagai komponen
operasional pembawa informasi genetik bekerja melalui berbagai tahapan. Gen alau
dalam hal ini lebih mudah dikatakan sebagai DNA ditranlasikan tedebih dahulu menjadi
6RNA
(messanger RNA). mRNA ditranskripsikan dengan cara mengkopi
DNA
sebagai
cetakannya. Hasil akhirnya adalah rangkaian ribonukleat yang komplemen dari DNA.
Untuk selanjutnya mRNA ini ditranslasikan menjadi rangkaian asam amino-asam amino
sesuai dengan urutan kode genetiknya.
Genom merupakan peristilahan untuk seluruh molekul DNA yang dimiliki oleh
sebuah individu, sementara gen rnerupakan komponen-komponen kecil yang secara
operasional akan membawa informasi genetik tersebut. Dengan kata lain setiap gen akan
mengkode sebuah polipeptida tertentu. Dengan cara seperti inilah informasi genetik yang
dibawa di dalam genome dipecah-pecah dan diterjemahkan.
Konsep gen dan regulasi ekspresinya dikemukakan pada tahun 60-an, yang
diawali dengan penterjemahan hasil penelitian pada Drosophila yang menghasilkan
sebuah teori: satu gen mengkode satu macam enzym. Akumulasi banyak penelitian pada
eukariot tingkat tinggi (contoh: manusia) diternukan kenyataan bahwa satu gen bisa
mengkode lebih dari satu macam polipeptida melalui mekanisme alternative splicing
yang menghasilkan isoform-isoform protein. Definisi gen mungkin harus ditinjau ulang.
Meskipun demikian, pengertian gen sebagai komponen operasional pembawa informasi
genetik tetap relevan hingga saat ini.
Struktur Gen Eukariot dan Prokariot
Secara umurn sel eukariot mempunyai struktur dan fungsi yang lebih kompleks
dibandinglqrn sel prokariot. Oleh karenanya pula maka eukariot selalu dikatakan
mempunyai tingkat lebih tinggi dibandingkan prokariot. Secara genetis perbedaan ini
juga terlihat pada struktur gen maupun fungsi pengaturan gen pada dua macam
sel
tersebut. Genome eukariot tersebar di dalam khromosom linear yang biasanya lebih dari
satuo sementara genome prokariot hanya
terdiri dari satu buah ,,khromosom'o yang
berbentuk circular. Pada umumnya gen eukariot bisa dipilatr menjadi bagian intron dan
bio.unsoed.ac.id
exon. Hanya exon yang akan diterjemahkan menjadi polipeptida. Prokariot diyakini tidak
mempunyai komponen intron. Hal
ini dimungkinkan
karena genome prokariot sangat
pendek sehingga perlu penghematan tempat untuk mengalokasikan gen-gennya.
Pada proses transkripsi sel eukariot awalnya dibentuk pre-messenger
RNA . Di
dalam RNA ini masih terdapat nukleotida yang termasuk di dalam intron. Pada proses
maturasi pre-messenger RNA menjadi messenger RNA, bagian RNA yang disebut intron
(disebut juga: intervening sequence) dihilangkan melalui proses splicing. Sehingga pada
messenger
RNA matur hanya dijumpai exon saja. Mekanisme ini tidak dijumpai di
dalam prokariot.
Kode Genetik
Untuk menterjemahkan urutan nucleotide di dalam gen menjadi urutan
amino
di
asam
dalam polipeptida membutuhkan satu set aturan baku. Inilah yang disebut
dengan kode genetik. Kode genetik pertama kali diterangkan pada tahun 1966. Gen tidak
bisa diterjemahkan langsung mer{adi urutan asam amino, melainkan melalui perantaraan
messenger
RNA (mRNA). Kodon untuk asam amino tersusun oleh urutan tiga buah
nukleotida tertentu. Kode genetik merupakan bahasa yang universal, dipakai oleh semua
organisme di muka bumi ini.
Setiap kodon mengkode satu asam amino, tetapi satu asam amino mungkin dikode
oleh lebih dari satu kodon. Sebagai contoh: Lysine bisa dikode oleh AAA maupun AAG,
sementara
AUG hanya untuk methionine dan UGG hanya untuk tryptophane. Urutan
asam amino untuk memudahkan penulisan bisa digantikan dengan hanya menuliskan satu
hurui misalnya
P untuk proline dan R untuk Arginine.
Setelah muncul konsep kode genetik ini, timbul masalah lebih lanjut tentang
titik
awal mulaipembacaan kode genetik tersebut. Dengan adanya hukum pembacaan kodon
tigatiga ini, memungkinkan untuk pembacaan mRNA dengan tiga macam
cara (reading
frome), bergantung pada titik awal yang dipakai. Sudah pasti yang benar hanya satu cara
yang disebut sebagai open reading frame (ORF). Dengan mendeteksi ORF melalui
sebuah program komputer, dapat merupakan langkah awal untuk menemukan sebuah gen
baru yang mepunyai fungsi tertentu. Dengan selesainya human genome project,
bio.unsoed.ac.id
pendekatan ini bisa dilakukan dengan sangat cepat untuk meng-klon sebuah gen yang
tadinya belum diketahui sifat dan fungsinya.
4
Mutasi
Urutan nukleotida di dalam genome menentukan urutari asam amino di tingkat
polipeptida melalui proses transkripsi dan translasi. Apabila terjadi perubahan urutan
nukleotida di dalam satu titik tertentu, maka terjadi pula perubahan urutan asam amino.
perubahan pada urutan nukelotida
ini disebut dengan mutasi. Mutasi ini bisa
dipropaganda oleh banyak penyebab, atara lain: sinar gamma, sinar ultra violet, serta zat
kimia tertentu, seperti ethidium bromide'
Hingga saat ini terdapat banyak bukti penelitian bahwa mutasi ini diturunkan dari
individu parental ke anakannya. Banyak penyakit genetik yang diturunkan ke individu
anakan ini, didasari oleh adanya proses mutasi. Mutasi bertanggung jawab pada proses
terjadinya berbagai penyakit pada manusi4 seperti: penyakit degenerafif, penyakit
keganasan, penyakit inborn
error metabolism,penyakit kongenital, bahkan pada penyakit
infeksi.
Untuk memudahkan pemahaman, mutasi dibagi dalam tiga golongan: (l)
Pergantian nukelotida" (2) Penambahan nukleotida (insersi), dan (3) Pengurangan
nukleotida (delesi). Mutasi akibat pergantian nukleotida bisa dibagi-bagi lagi menjadi: (a)
Silent mutation, mutasi ini hanya mengakibatkan pergantian nukleotida saja, sementara
asam amino tidak berubah. Hal
ini terjadi pada asam amino yang dikode oleh lebih dari
satu kodon. (b) Mutasi missense, pergantian urutan nukleotida berakibat pula pada
pergantian asam amino. (c) Nonsense mutation, mutasi yang merubah sebuah kodon yang
mengkode asam amino tertentu menjadi stop eodon Akibatnya, proses pembentukan
polipeptida terhenti seketika di posisi tersebut. Oleh karena pembacaan kode genetik
tergantung pada ORF, maka muncul sebuah istilah frame shifi mutation. Mutasi ini
terjadi pada*insersi maupun delesi yang tidak in frame, tidak kelipatan tiga- Oleh karena
insersi atau delesi tersebut menyebabkan pembacaan kodon menjadi berubah.
Setiap mutasi mempunyai posisi yang sudah pasti. Artinya" setiap kali terdapat
mutasi di titik tertentu, dapat dipastikan pula titik di dalam level polipeptida yang akan
mengalami perubahan. Perubahan-perubahan yang terjadi akibat mutasi dapat berupa: (1)
bio.unsoed.ac.id
Dijumpai stop codon lebih awal dari semestinya, dengan akibat polipeptida yang
terbentuk menjadi lebih pendek dari yang semestinya" (2) Terjadi pergantian asam amino
pada satu
titik lokasi yang dapat dilacak
berdasarkan letak nucleotida yang mengalami
mutasi. Hal ini
asam amino.
satu atau lebih
pada kasus mutasi missense (3) Terjadi penyisipan
(4) Terjadi pengurangan
terjadi pada kasus insersi, yang in frame'
tdadi
Hal ini
pada kasus delesi yang in frame' (5)
satu atau lebih asam amino. Hal ini terjadi
sama sekali. Hal ini terjadi jika mutasi terjadi
Polipeptida yang dimaksud tidak terbentuk
proses transkripsi maupun
pada daerah yang berperan di dalam pengaturan
start codon' atau pada mutasi yang
translasi,.misalnya mutasi pada daerah promoter,
mempengaruhi Proses sPlicing'
Polimorfisme Genetik
di dalam populasi di mana
Polimorfisme genetik didefinisikan sebagai kejadian
genetis disebabkan oleh adanya
terdapat variasi dua atau lebih fenotip yang secara
pholymorphic jika alel yang jarat'g
perbedaan alel. Sebuah lokus dikatakan sebagai
l%' Dengan demikian kasus
tedadi di dalam populasi mempunyai frekuensi minimal
minimal2%' Polimorfisme dapat dijumpai
heterozygote dapat dijumpai dengan frequensi
dapat dijumpai polimorfisme fenotip'
di dalam berbagai tingkatano pada tingkat individu
biokimiawi, pada tingkat kromosom
pada tingkat protein bisa dijumpai polimorfisme
berupa variasi morfologi' pada
bisa dijumpai polimorfisme kromosomal yang dapat
berupa perbedaan nukleotida'
tingkat DNA dijumpai polimorfisme DNA yang
penelitian yang menghubungkan
Akhir-akhir ini semakin banyak dilaporkan hasil
Polimorfisme s (sNPs)
polimorfisme DNA dengan penyakit tertentu. singk Nucleotide
ratus ribu sNPs telah teridentifikasi
banyak dijumpai di dalam genome manusia. Dua
genom manusia. sebagai contoh adalah
bersama-sama dengan selesainya sequencingdari
oleh karena H' pilory dengan varian
adanya hubungan antara kejadian kanker lambung
urutanDNApadagenyangmengkodelnterleukin-l([.1).Sebuahaleldari
risiko kejadian kanker
polimorfisme DNA bertanggungiawab terhadap meningka8rya
lambung akibat infeksi H- Pilory'
Rekombinasi
bio.unsoed.ac.id
Rekombinasiseringdiartikansebagaipengaturankembalikomposisimolekul
proses yang berakibat sebuah
DNA. Dalam bentuk nyatanya rekombinasi adalah sebuah
yang biasanya menjadi lanjutannya' dan
segmen DNA terputus dari segmen DNA
bersambung dengan segmen DNA yang lainnya. Sebagai hasil akhirnya adalah komposisi
dan urutan nukleotida menjadi berubah. Lain dengan mutasi, rekombinasi
dapat
menyebabkan perubahan urutan nukleotida DNA yang signifikan dan meliputi lokus yang
panjang. Hal ini terjadi karena dengan rekombinasi perubahan urutan nukleotida di dalam
genome dapat berubah secara drastis dan dalam jumlah yang besar. Secara ekstrim dapat
dicontohkan bahwa perubahan ini dapat berakibat pada sebagian besar khromosom, jika
terjadi rekombinasi antara segmen DNA dari satu kromosom dengan koromosom
tetangganya. Proses rekombinasi dan mutasi menyebabkan genomes menjadi dinamis dan
berevolusi.
Proses rekombinasi yang sudah diketahui dapat dikelompokkan dalam (1)
Rekombinasi homologus (homologus recombination) yang sering dijumpai
secara
natural dalam proses crossing over yang terjadi pada meiosis sel eukariot. Proses ini
melibatkan dua buah kromosom homolog. Hasil akhirnya adalatr sebuah kromosom baru
yang merupakan gabungan dari dua buah kromosom homolog. Syarat terjadinya
rekombinasi homolog adalah bagran yang akan mengalami rekombinasi harus diapit oleh
dua daerah yang memiliki urutan nukleotida yang sama urutannya (homolog) dan cukup
panjang. Contoh rekombinasi homologus dijumpai pula pada integrasi segmen DNA
yang ditransfer dari luar sel ke dalam genome sel bakteri. (2) Site-speciJic
recombination Lain dengan yang pertama model rekombinasi ini tidak memerlukan
urutan DNA homolog yang panjang. Proses rekombinasi
ini
dapat dijumpai pada
replikasi bakteriofaga. (3) Transposisi. Sebenarnya proses ini bukan jenis rekombinasi,
namun sebuah proses yang memakai cara rekombinasi. Pada prinsipnya adalah, sebuah
segmen
DNA tertenfu di dalam genome eukariots maupun prokariots,
transposons,
memiliki kemampuan untuk berpindah dari satu tempat ke tempat lainnya. Perpindahan
ini bisa (a) disenai
pengkopian, segmen DNA aslinya masih ada ditempat semula
sementara yang berpidah adalah kopinya. (b) Tanpa proses pengkopian seperti layaknya
mekanisme cut and paste. Segmen DNA yang asli secara fisik berpindah dari satu tempat
ke tempat lainnya. (c) Perpindahan segmen DNA yang dilakukan dengan melalui proses
RNA intermediate.
bio.unsoed.ac.id
Pengembangan Teknik Dasar Genetika Molekular
yang sudah baku' TeknikGenetika molekular mempunyai beberapa teknik dasar
terjadi beberapa
teknik tersebut hingga kini masih banyak dipergunakan, meskipun
molekuler'
penyempurnaan akibat kemajuan-kemajuan teknik biologi
pergeseran dan
l.
Genetics mopp@(pemetaan genetik)
yang menunjukkan posisi gen-gen tertentu
Pada prinsipnya adalah untuk membuat Wta
dalam genome dengan
fungsional lainnya
dan potongan rangkaian nukleotida
menggunakan teknik genetika. Untuk tujuan
di
ini, biasa digunakan cross'breeding
pedigree pada manusia'
experimentpada binatang, atau dengan menggunakan
(morkcr)' seperti
untuk menyusun sebuah peta genetik, diperlukan petanda
untuk menggambarkan letak
halnya peta geografis, tentu saja diperlukan petanda acuan
Di dalam peta genetik sebagai
sebuah objek, seperti jalan raya, sungaio gunung, dsb.
(DNA marker).
petanda bisa dipakai gen-gen tertentu dan petanda DNA
Biasanya gen yang
Pemakaian gen sebagai petanda mempunyai keterbatasan'
jawab terhadap fenotip yang bisa
dipakai sebagai petanda adalah gen yang bertanggung
Dengan demikian gen yang
ditihat secara visual, misalnya wafna m*a,jenis sayap, dsb'
Keterbatasan yang lain adalah'
bisa dipakai sebagai petanda jumlahnya sangat terbatas.
multilocci, sangat sulit untuk
pada saat kita memutuskan untuk mempelajari fenotip yang
terhadap fenotip tertentu'
mendeskripsikan gen yang benar-benar bertanggUngiawab
PetandaDNAyangseringdipakaiuntukmelakukanpemetaangenetikadalah
Length
Restriction Fragment kngth Polimorfisme (wLPs), Simple sequence
s (sNPs).
Polimorfisme s (sslPs), dan single Nucleotide Polimorfisme
{
2.
Restriction maPPW
pola distribusi
sebuah potongan DNA dapat dianalisis dengan cara mempelajari
adalah enzym yang
letak tempat pemotongan enzym endonuclease.Enrym endonuclease
posisi tertentu' setiap enzym
mempunyai kemampuan untuk memotong DNA pada
nukleotida yang menjadi
mempunyai reeognitionsile sendiri-sendiri. Hanya pada urutan
peta enzym
recognition site-nya itulah enzym tersebut memotong. Mengetahui
dan penelitian evolusi'
endanuclease ini sangat penting di dalam genetika kedokteran
bio.unsoed.ac.id
Meskipun, dengan adanya database urutan nukleotida saat ini, fungsi dan kepentingannya
menjadi menurun.
3. Polymerase chain reaction (PCR)
Penemuan thermostable DNA polymerase yang pada akhirnya mengilhami
pengembanganteh'rikpolynerase chain resction (PCR) merupakan loncatan besar dalam
perkembangan teknik genetika molekular. Dengan PCR
sebuah segmen
kita dapat
melipatgandakan
DNA yang kita maksudkan. Untuk selanjutnya hasil amplifikasi dengan
PCR ini dapat dipakai sebagai bahan dasar untuk menganalisis genome lebih lanjut,
misalnya untuk melakukan RFLP, DNA sequencing, restriction en4)me analysis, analisis
DNA rekombinan untuk analisis ekspresi gen tertentu.
SNPs, bahkan membuat
4. DNA sequencing
Pada akhir tahun I97A an metode DNA sequencing ditemukan. Teknik ini
dipakai untuk menentukan urutan nukleotida dalam genome. Pada prinsipnya terdapat
dua macam metode untuk
DNA sequencing: metode khemis (maxam-Gilbert) dan metode
enzymatik (metode Sanger).
5. Deteksi mutasi - RFLP
Metode untuk deteksi adanya mutasi sangat penting dengan semakin banyaknya
hasil penelitian yang menunjukkan bahwa mutasi di dalam suatu gen tertentu merupakan
faktor penyebab terjadinya penyakit. Dengan RFLP ini bisa ditunjukkan secara langsung
mutasi delesi maupun insersi yang ada di dalam gen tertentu. Hasil akhir deteksi bisa
dilihat lan$sung melalui perubahan pola shoutern blot dari segmen genome yang
dimaksud. RFLP juga mempunyai kemampuan untuk mendeteksi SNPs dan point
mutation.
6. Kloning DNA
DNA bisa diperbanyak dengan cara cloning. Hal ini
bio.unsoed.ac.id
cara demikian dapat
kopi
Sebuah segnen
membantu karena dengan
didapatkan
sangat
segmen DNA dalam
jumlah yang besar. Untuk selanjutnya hasil perbanyakan ini bisa dipakai sebagai bahan
9
dasar untuk analisis lebih lanjut. Untuk tujuan cloning
ini, diperlukan
sebuah plasmid
pembawa sebuah segmen DNA yang diinginkan untuk dimasukkan ke dalam sel bakteri
(misalnya: E. coli). Oleh karena sifat dasar dari bakteri mempunyai kemampuan untuk
memperbanyak diri dalam waktu yang cepa! plasmid yang kitatransfromasikan ke dalam
sel bakteri tersebut ikut pula dipertanyak. Pada akhirny4 kita akan mendapatkan plasmid
yang mengandung segmen DNA yang diinginkan setelah mengekstraksinya dari dalam
sel bakteri.
7. Sintesis cDNA
Untuk beberapa tujuan analisis genetika, dimungkinkan untuk mensintesis
complementary DNA (oDNA) dengan cetakan dari messenger RNA (mRNA). Untuk
tujuan ini diperlukan en4)m reverse transcriptase. Dengan metode ini bisa didapatkan
segemen DNA yang persis sama dengan mRNA yang tidak mengandung intron, yang
notabene adalah cetak biru untuk translasi. Sebagai contoh, untuk mendeteksi splicing
elFor) yaitu kesalahan dalam proses pengeluaran intron dari pre-mRNA pada saat
pembentukan mRNA, bisa dilakukan dengan cara menganalisis cDNA.
8. Genomlc DNA
dan aDNA
librury
Genomic DNA (gDNA) library adalah kumpulan dari fragmen-fragmen DNA
yang secam keseluruhan akan menggambarkan genome secara utuh. Demikian pula
gDNA library, hanya saja untuk cDNA library segmen DNA yang terdapat di dalam
library berasal dari sintesis cDNA dengan mRNA sebagai cetakan. Pada prinsipnya,
gDNA atau gDNA dipotong dengan restrictian enzyme tertentu, selanjutnya dimasukkan
ke dalarnplasmid/vector. Vektor yang telah mengandung potongan-ptongan random
gDNA dan cDNA ini selanjutnya ditransformasikan ke dalam bakteri. Dengan demikian
bisa diperbanyak dan dikoleksi untuk menjadi bahan dasar analisis selanjutnya, misalnya
untuk cloning dan identifikasi gen baru yang belum pernah diketatrui.
9. DNA microarroy
Teknologi
bio.unsoed.ac.id
teknik dasar hibridisasi DNA. DNA
ini menggunakan
target
ditempelkan pada media solid yang bisa berupa gelas, plastik atau silikon. Teknik ini juga
10
diketahui urutan basanya
membutuhkan probe (reporter), yaitu segmen DNA yang telah
melihat pendaran fluoresence
dengan diberi label fluoresense. Analisis dilakukan dengan
yang menunjukkan hasil hibridisasi DNA target dan probe'
dapat dipakai untuk kepentingan pengukuran ekspresi gen
(comparative genomic
(expression profiling), mendeteksi genomic rearrangments
dan menentukan protein
hybridization), skrining SNP (single nucleotide polimorfsme ),
Teknologi
ini
bindingsitepadagenome(chromatinimmunoprecipitation)
Daftar Pustaka
JD, 1994, Molecular
Alberts B, Bray D, Lewis J, Raff M, Roberts K, dan watson
Biologt-of tie Cell 3th ed. Garland Publishing Inc, New York.
University Press, New York'
Baumberg S., 1999, Prokaryofic Gene Exptession Oxford
Brown TA, 1999, Genomes, John Wiley & son, New York'
passarge E., 1995,
color Atlus of Genetics, Thieme Medical Publishers, lnc, New York'
3th ed"
Vogel F dan Motulsky A.G., 1996, Euman Genetlcs: Problems and Approaches
Springer, Berlin-TokYo.
bio.unsoed.ac.id
ll