JURNAL ßIOêduKASI Vol 1 No (1) September 2012 ISSN : 2301-4678 FKIP Universitas Khairun MARKAH MOLEKULER DALAM IDENTIFIKASI DAN ANALISIS KEKERABATAN TUMBUHAN SERTA IMPLIKASINYA BAGI MATA KULIAH GENETIKA (Telaah keilmuan genetika molekuler tumbuhan) SUPARMAN 1 1 Dosen Pada Program Studi Pendidikan Biologi FKIP Universitas Khairun Email : [email protected] ABSTRAK Sifat morfologi tanaman meliputi batang, variasi bunga dan bagian-bagian bunga serta variasi bentuk daun telah lama menjadi acuan identifikasi, pemetaan kekerabatan dan taksonomi tanaman, namun sifat morfologi dinilai terbatas karena langsung dipengaruhi lingkungan. Penanda lain yang lebih stabil berupa penanda biokimia seperti isozyma. Penanda ini lebih baik, kurang dipengaruhi kondisi pertumbuhan karakter kuantitatif dan lebih cocok untuk identifikasi varietas, namun terkadang penanda ini juga tidak menunjukan perbedaan yang nyata antar genotip yang diuji. Keterbatasan tersebut, memunculkan markah molekuler, yakni penanda yang ditentukan langsung oleh materi genetik berupa DNA. Sekuen DNA memberikan banyak character state karena perbedaan laju perubahan basa-basa nukleotida di dalam lokus yang berbeda dan lebih akurat serta menghasilkan kekerabatan yang lebih alami. Karakter markah molekuler berupa sekuen DNA pada tumbuhan dapat diambil dari genom nDNA, cpDNA, dan mtDNA. Sekuen DNA yang banyak digunakan pada tumbuhan ialah : mikrosatelit, ITS, gen rbcL, gapC, ndhF, matK, dan psaA. Gen rbcL secara khusus telah direkomendasikan sebagai DNA pada tumbuhan. Perkembangan markah molekuler memberikan implikasi berupa penambahan materi pada kuliah genetika yakni materi dasar bioinformatika dan filogenetik molekuler sebagai tool dalam analisis data molekuler. Lebih jauh lagi, bioinformatika dan filogenetika molekuler ini dapat direkomendasikan menjadi matakuliah pilihan. Kata kunci : markah molekuler, sekuen DNA, kekerabatan tumbuhan, DNA barkode Karakter morfologi yang berupa bentuk pengelompokan tumbuhan adalah Cronquist bunga, daun, batang, biji dan karakter fisiologi (1981) yang berupa kandungan fitokimia merupakan mengklasifikasikan ribuan tumbuhan dalam landasan utama identifikasi dan klasifikasi sistem tumbuhan. ada morfologi. Backer dan Van Den Brink (1965) sekarang ini berdasarkan kemiripan morfologi juga membukukan ratusan tamanan yang ada di dan fisiologi tersebut. Salah satu panduan Pulau Jawa berdasarkan karakter morfologi. Sistem taksonomi yang dalam Suparman terintegrasi (2011) berdasarkan yang karakter 59 JURNAL ßIOêduKASI Vol 1 No (1) September 2012 Pengelompokan pada tumbuhan ISSN : 2301-4678 FKIP Universitas Khairun berdasarkan masih morfologi memiliki anatomi, fisiologi dan paleontologi tetapi banyak sekarang berkembang teknik molekuler dalam keterbatasan, contoh nyata pada klasifikasi rekonstruksi filogenetik. Hal ini juga untuk Genus Mangifera terbaru yang dipublikasi oleh menjembatani adanya organisme kompleks Kostermans mengindikasikan yang sulit dibedakan hanya dengan data keraguan pengelompokan (Yonemori, dkk. morfologi. Data molekuler tersebut seperti peta 2002). Hal ini dapat dianalisis pada kelompok restriksi, hibridisasi DNA, sekuen protein dan uncertain position untuk 11 spesies dari sekuen DNA. Peneliti cenderung menggunakan Mangifera diidentifikasi. sekuen DNA karena dianggap lebih mudah Keterbatasan markah morfologi juga dapat dibanding dengan informasi molekuler yang terlihat lain (Li dan Graur, 1991). Bompard yang pada telah pengelompokan tanaman Philantus niruri (Hidayat, dkk. 2008) yang karakter warna tumbuhannya sangat dipengaruhi oleh lingkungan sekitar. penting dalam untuk memaparkan penggunaan markah molekuler berupa sekuen DNA yang spesifik Perkembangan biologi molekuler mulai berperan Latar belakang tersebut memicu penulis perkembangan dalam menganalisis identifikasi tumbuhan kekerabatan sebagai dan karakter berbagai cabang Biologi, begitu juga peranan alternatif yang menyediakan data lebih akurat biologi molekuler dalam identifikasi dan serta pengelompokan kekerabatan tumbuhan. Semua genetika molekuler ini terhadap matakuliah proses genetika. kehidupan seperti perkembangan, implikasi dari perkembangan ilmu fisiologi, dan reproduksi semua organisme dapat dilihat dengan pendekatan molekuler. Studi evolusi perkembangan saat ini dipengaruhi oleh Biologi molekuler, dan sebaliknya pendekatan evolusi juga digunakan untuk memahami dan mengembangkan Biologi molekuler (Nei dan Kumar, 2000). Perkembangan berpengaruh pada kedua ilmu pendekatan tersebut filogenetik, sehingga kekerabatan antar organisme yang awalnya hanya berdasarkan data morfologi, MARKAH MOLEKULER SUATU PENANDA SEBAGAI Markah molekuler merupakan penanda yang berbasiskan asam amino, protein atau sekuen DNA sebagai bahan utama. Penggunaan sekuen DNA sebagai penanda baik dalam identifikasi maupun taksonomi telah lama digunakan karena lebih menunjukan sifat yang alami. Pada dasarnya prinsip penggunaan markah molekuler ini sama dengan sifat 60 JURNAL ßIOêduKASI Vol 1 No (1) September 2012 morfologi, yakni suatu sama, berasal dari tempat yang berkondisi sama individu atau spesies. Pada suatu individu yang dan usia yang relatif sama. Objek penelitian lengkap, penggunaan ciri dan tanda morfologi dari dapat langsung membantu ahli taksonomi. kesimpulan berbeda jika berasal dari usia yang Keterbatasan sifat morfologi mulai terlihat pada berbeda, atau berasal dari tempat dengan saat keterbatasan sampel morfologi, misalnya kondisi tidak ditemukan secara lengkap karakter- pengambilan sampel beda usia. Analisis dari karakter morfologi yang merupakan kunci awetan identifikasi identifikasi, bagi untuk ISSN : 2301-4678 FKIP Universitas Khairun mengenali suatu jenis. Karakter spesies yang lingkungan kering sama yang juga karena menghasilkan berbeda, sangat tidak atau sulit untuk cukup hanya morfologi yang ditemukan secara lengkap membandingkan satu bagian saja, misalnya namun beda usia juga akan mengalami masalah daun atau batang saja, tetapi dibutuhkan semua dalam identifikasi, hal ini disebabkan ada bagian beberapa tanaman yang menghasilkan senyawa molekuler tertentu misalnya minyak atsiri pada saat pengambilan dewasa sehingga pada saat masih muda tidak menggunakan sampel dari semua bagian tubuh ditemukan. tumbuhan dengan jumlah kuantitaif yang tidak Karakter morfologi berupa warna cendrung tumbuhan. ternyata Penggunaan memudahkan sampel, karena tumbuhan berbeda manapun dengan pola yang sama. Phyllanthus pada kasus niruri/meniran tanaman dapat terdapat pada semua bagian dkk, Pengaruh lingkungan terhadap perubahan 2008). Pada sistem klasifikasi sebelumnya, morfologi dan fisiologi yang tidak permanen meniran digolongkan menjadi tiga kelompok memperlihatkan bahwa karakter luar yang berdasarkan karakter morfologi warna batang dihasilkan dan cabang, yaitu meniran merah, meniran lingkungan tidak stabil. Hal ini mengecohkan kuning, dan meniran hijau, tetapi karakter identifkasi dan analisis kekerabatan tumbuhan warna batang ini cenderung mengecoh karena bahkan pada makhkuk hidup secara umum. sangat dipengaruhi oleh lingkungan. Markah molekuler dinilai lebih stabil sebagai Penggunaan sifat (Hidayat dalam banyak, hal ini karena DNA pada tubuh berbeda pada perlakuan lingkungan yang seperti markah morfologi dalam oleh tumbuhan karena respon penanda dan identifikasi serta dalam analisis filogenetik dan taksonomi sering mengecoh taksonomi, Li dan Graur (1991), karena bersifat tentatif. Objek-objek yang mengungkapkan bahwa DNA menyediakan sedang dianalisis harus berada dalam kondisi karakter yang lebih berlimpah dibandingkan 61 JURNAL ßIOêduKASI Vol 1 No (1) September 2012 ISSN : 2301-4678 FKIP Universitas Khairun morfologi dan fisiologi, serta lebih cepat, tumbuhan dapat diambil dari Inti, kloroplas, praktis, dan efisien dalam pengerjaan. dan mitokondria. Sekuen character DNA state memberikan karena banyak perbedaan laju perubahan basa-basa nukleotida di dalam lokus yang berbeda dan lebih akurat serta JENIS-JENIS MARKAH MOLEKULR Banyaknya gen pada genom makhluk hidup menyebabkan kesulitan jika harus menghasilkan kekerabatan yang lebih alami. dianalisis secara keseluruhan untuk identifikasi Sistematika molekuler dengan menggunakan dan analisis kekerabatan dari satu atau lebih markah telah tingkat takson makhkuk hidup. Langkah yang digunakan secara luas sebagaimana pada sedang dilakukan oleh para ahli molekuler ialah organisme lain dalam determinasi hubungan mencari suatu gen yang dapat mencirikan suatu filogenetik Pada jenis sekaligus membedakan antara satu jenis pendekatan dengan jenis lainnya. Gen tersebut akan filogenetik dengan karakter molekuler telah berfungsi sebagai suatu barkode sehingga lebih digunakan dan efektif dalam mengelompokan praktis dan efisien dalam identifikasi jenis takson tumbuhan dan analisis kekerabatan dari suatu molekuler (Asahina, sistematika yang pada dkk. tanaman 2010). Angiospermae belum terselesaikan dengan pendekatan fenetik (Reddy, 2009). genus. Penggunaan sekuen DNA juga dapat Gen yang dijadikan markah molekuler mengatasi kelemahan dari data morfologi yang pada makhkuk hidup harus gen yang lestari diketahui memiliki keterbatasan karakter dan moderat “moderate conserved” dan memiliki cenderung dipengaruhi lingkungan. Kelebihan variasi yang cukup pada tiap spesies, hal ini penggunaan markah molekuler, pertama sekuen akan sangat bermanfaat dalam rekonstruksi DNA memberikan data yang lebih akurat filogenetik dan analisis pada level populasi. terhadap karakter-karakter yang ada (Hidayat Perbedaan laju mutasi pada kingdom hewan, 2008), kedua sekuen DNA menyediakan tumbuhan, protista dan jamur menyebabkan banyak character state karena perbedaan laju seleksi perubahan basa-basa nukleotida di dalam lokus berbeda. Masing-masing gen penanda yang yang berbeda adalah besar, ketiga sekuen DNA dapat diajadikan rujukan dalam identifikasi dan telah terbukti menghasilkan sebuah hubungan taksonomi pada tiap kingdom ditunjukan pada kekerabatan yang lebih alami. Karakter dari Tabel.1 berikut : pengambilan gen penanda yang markah molekuler berupa sekuen DNA pada 62 JURNAL ßIOêduKASI Vol 1 No (1) September 2012 ISSN : 2301-4678 FKIP Universitas Khairun Tabel 1. Markah molekuler pada level spesies pada masing-masing kingdom (Hajibabaei, 2007) Gen/sekuen Lokasi genomik CO1-barkod 16s-RNA Cytb ITS1-rDNA ITS2-rDNA 18S-Rdna RbcL Mitokondria Mitokondria Mitokondria Inti sel Inti sel Inti sel Kloroplas Hewan 19577 41381 88324 12175 13923 21063 - Secara umum untuk kelompok hewan telah Jumlah sekuen genomik Tumbuhan Protista 520 1931 221 2059 165 1920 57693 68839 58065 67332 17121 32290 30663 37328 inti. Pada kelompok direkomendasikan COI, 16s-RNA, dan Cytb memperlihatkan dalam identifikasi dan penggunaan dalam dibandingkan markah dierekomendasikan molekuler. Semua gen tersebut Jamur 410 285 1084 56675 56349 33327 - hasil dengan yang jamur, ITS lebih efektif sekuen sebagai lain DNA dan barkode merupakan bagian dari genom mitokondria. universal dalam semua kingdom fungi pada COI, merupakan gen cytochrome c oxidase consortium barcode of life (CBOL). Sementara yang terdapat pada genom mitokondria, gen ini kelompok protista dapat juga menggunakan merupakan bagian dari subunit kompleks sekuen ITS. sitokrom oksidase yang merupakan bagian dari Pada kelompok tumbuhan, beberapa gen rantai transpor elektron. Beberapa penelitian telah menunjukan bahwa sekuen dari COI telah filogenetik efektif dalam identifikasi, secara khusus dalam diantaranya mikrosatelit, ITS, gen rbcL, gapC, kelompok hewan lebih dari 95% berhasil ndhF, matK, dan psaA (Suparman, 2011). dipisahkan dalam level sepesies pada hewan Mikrosatelit adalah sekuen DNA sederhana dengan terdiri dari dua sampai enam pasang basa menggunakan sekuen COI (Ratnasingham dan Hebert, 2007). Sekuen nonkoding yang banyak digunakan banyak digunakan dan untuk identifikasi analisis tumbuhan berulang yang disebut pula dengan Simple Sequence Repeat (SSRs). Penggunaan sebagai markah molekuler ialah ITS, “Internal mikrosatelit banyak pada penelitian eukariotik Transcribed Spacer” merupakan suatu daerah karena non fungsional RNA yang ada antara struktur eukariotik. Markah ini bersifat kodominan dan rRNA pada prekursor transcript umum. ITS dapat mendeteksi keragaman alel pada level berukuran kecil kurang lebih 700 pasang basa tinggi. terdistribusi merata pada genom dan memiliki salinan yang banyak pada genom 63 JURNAL ßIOêduKASI Vol 1 No (1) September 2012 Gambar 1. ISSN : 2301-4678 FKIP Universitas Khairun Ilustrasi posisi, arah dan panjang basa gen rbcL pada genom kloroplas, berdasarkan Judd, dkk. (2002) ; Yoshinaga, dkk. (1996). Salah satu markah molekuler yang banyak filogenetik tumbuhan (Chase, dkk. 1993; Judd, digunakan dalam filogenetik tumbuhan yakni dkk. 2002). Penggunaan gen rbcL dalam rbcL. Gen rbcL tanaman merupakan pengkode filogenetik tumbuhan karena gen ini dimiliki sub unit besar enzim riboluse-1,5-bisphosphate oleh carboxylse (RubisCo) yang berada di genom tumbuhan parasit, bahkan ditemukan pula pada kloroplas (Judd dkk, 2001) dan merupakan gen sejenis flagelata (La Du, dkk,.2002), jika dilihat yang universal pada hampir semua tanaman, dari protein yang dihasilkan maka gen rbcL sehingga penggunaanya akan efektif mengenali mudah dideteksi. Hal ini karena RuBisCo yang keragaman dalam semua tanaman. Penggunaan dihasilkan oleh gen rbcL sangat melimpah markah gen rbcL pada analisis filogenetik dalam sel tumbuhan yakni sampai 15% dari diantara spesies dalam satu genus telah total protein tumbuhan (Lane, 1984), dan dilakukan, seperti pada genus Zygophyllum dari melebihi 50% dari total protein dalam kloroplas famili Zygophyllaceae (Bellstedt dkk, 2008) (Alberts, dkk. 2002). Gen yang terdapat pada dan genus Caragana dari famili Leguminoseae. genom Gen rbcL merupakan gen pengkode salah satu enzim fotosintesis yakni large subunit Ribulosa-1,5-bisphosphate carboxylase semua spesies kloroplas tumbuhan tumbuhan ini kecuali memiliki panjang basa nukleotida sekitar 1428 base pair (2006; Judd, dkk. 2002). Efektivitas penggunaan gen rcbL dalam (RuBisCo) atau RUBP karboksilase (Judd, dkk. filogenetik 2002; Lane, 1984) yang berperan pada tahap memperlihatkan hubungan kekerabatan evolusi awal siklus Calvin dari fotosintesis, selain diantara kelompok organisme (taxon) yang fungsi diteliti, selain itu gen rbcL juga merupakan gen utamanya dalam menghasilkan pada RuBisCo, rbcL telah umum digunakan untuk yang sangat menyediakan sekuen Angiospermae data dalam analisis tumbuhan bunga telah lestari pada hampir semua (Stefanovic dan Olmstead, 64 JURNAL ßIOêduKASI Vol 1 No (1) September 2012 ISSN : 2301-4678 FKIP Universitas Khairun 2005). Consortium Barcode Of Life (CBOL) Lambatnya laju mutasi pada gen rbcL ini pada kelompok kerja bidang tanaman juga kemungkinan berkaitan dengan fungsinya yang merekomendasikan penggunaan rbcL sebagai sangat barcode salah satu penanda pada identifikasi pengkode tumbuhan secara umum yang dikombinasikan spesies tumbuhan, perkiraan lokasi gen rbcl bersama dengan gen matK (CBOL, 2009), hal dalam genom dapat diketahui degnan melihat ini berdasarkan eksistensi, efektifitas dan peta genom kloroplas yang telah ada, misalnya kelestarian laju mutasi kedua gen tersebut pada pada tanaman Jagung, Kentang dan Tomat, hampir semua spesies tumbuhan. DNA barcode serta ini, pada bidang sistematika dapat digunakan diidentifikasi (Ravi, dkk. 2008), berdasarkan dalam mengidentifikasi spesies tumbuhan, juga peta kloroplas tersebut dapat digambarkan berguna dalam analisis filogentik dan analisis posisi gen rbcL dari gen-gen lainnya pada populasi (Hajibabaei dkk, 2007), rekomendasi kloroplas. esensial 87 bagi enzim tumbuhan rubisko. spesies Pada lainnya sebagai beberapa yang telah ini memperkuat alasan penggunaan rbcL dalam analisis filogenetik dan kekerabatan tanaman dalam satu genus. Penggunaan Penggunaan gen rbcL pada penelitian filogenetik menunjukan pola filogenetik yang tidak bertentangan tumbuhan dengan berdasarkan karakter sistematika morfologi dalam sistem Cronquist, misalnya analisis pada Caryophyllidae menghasilkan pohon yang yang bersifat monofiletik, begitu juga Apocynaceae, Apiaceae, dan Brassicaseae (Judd, 2002). Kelajuan mutasi rbcL yang lebih lambat dari gen-gen kloroplas lainnya, memungkinkan rbcL masih membawa informasi gen nenek moyang lebih. Barraclough (1996) mengemukakan terdapat korelasi positif antara kelajuan evolusi sequen gen rbcL dengan diversifikasi spesies BIOINFORMATIKA DAN FILOGENETIK MOLEKULER pada markah molekuler dalam identifikasi, analisis kekerabatan dan taksonom tumbuhan tidak lepas dari ilmu bioinformatika yang merupakan perangkat pembantu dari tahap awal sampai akhir dari pengolahan pengolahan data molekuler. Bioinformatika merupakan ilmu interdisiplin yang menghubungkan ilmu komputer dan biologi, atau gabungan dari biologi dan informatik yang mengembangkan teknologi komputer menyimpan, untuk menggunakan mengambil, memanipulasi dan mendistribusikan data yang berhubungan dengan makromolekuler biologi seperti DNA, RNA, dan protein. Bioinformatika terbatas pada sekuen, struktur Angiospermae. 65 JURNAL ßIOêduKASI Vol 1 No (1) September 2012 ISSN : 2301-4678 FKIP Universitas Khairun Gambar 2. Proses amplifikasi DNA/gen target (a) DNA awal yang mengalami denaturasi, yakni pemisahan DNA dengan pasangannya. (b) Anealling proses menempelnya primer dengan gen target. (c) ekstensi, proses pemanjangan gen target yang telah ditempeli primer dan tahap akhir dari siklus pertama PCR. (Newton & graham, 1995). dan analisis fungsi gen dan genom, serta produknya (Xiong, 2006). Hasil PCR gen dilakukan elektroforesis dan dilihat dibawah sinar ultraviolet, untuk Penggunaan markah molekuler setelah lebih akurat dapat dilakukan proses sekuensing diketahui gen target yang akan digunakan yakni untuk identifikasi maka hal yang pertama menggunakan dDNTp sehingga didapatkan dilakukan ialah desain primer dengan perangkat huruf-huruf yang mencerminkan basa-basa bioinformatika. biasanya nitrogen yang ada pada sekuen DNA tersebut. dilakukan setelah mengetahui sekuen DNA Hasil sekuensing dapat dianalisis dengan fungsi yang mensejajarkan BLAST pada genebank, yakni membandingkan beberapa sekuen gen yang sama dari jenis yang sekuen gen dengan gen yang telah ada di berbeda. genebank. lestari Desain dengan Primer ini primer cara berfungsi sebagai pembacaan sekuen Langkah DNA selanjutnya dengan dapat penginisiasi dalam mengisolasi gen target dilakukan analisis bioinformatika tingkat lanjut dalam proses PCR. DNA genom yang telah baik diisiolasi identifikasi open reading frame (orf). selanjtunya di PCR untuk filogenentik molekuler maupun mengamplifikasi gen target. Proses PCR ini Proses isolasi DNA, yang diawali dengan menggunakan prinsip denaturasi, anealling dan desain primer gen untuk isolasi serta analisis elongasi DNA target. filogenetik molekuler dan beberapa analisis bioinformatika merupakan materi genetika 66 JURNAL ßIOêduKASI Vol 1 No (1) September 2012 ISSN : 2301-4678 FKIP Universitas Khairun molekuler yang belum diaajarkan di prodi Pendidikan Biologi Universitas Khairun, materi only) Vol. II, Angiospermae, Families 111-160. N.V.P Nordhoff, Groningen, Netherland. ini sudah mulai dikenalkan pada matakuliah genetika lanjut. Lebih khusus akan di rekomendasikan pada matakuliah tersendiri pada pilihan bioinformatika, filogenetik molekuler, dan rekayasa genetik. Kesimpulan Penggunaan markah molekuler telah memberikan paradigma baru yang berguna dalam identifikasi tumbuhan, analisis filogenetik, dan analisis taksonomi tumbuhan karena tidak lingkungan. dipengaruhi Sekuen gen langsung oleh rbcL telah direkomendasikan oleh barcode of life sebagai DNA barkode pada tumbuhan. Secara khusus perkembangan markah molekuler berimplikasi pada penambahan materi perkuliahan genetika lanjut di prodi Pendidikan Biologi Unkhair serta rekomendasi penambahan matakuliah pilihan bioinformatika, filogenetik molekuler, dan rekayasa genetik. REFERENSI Asahina, H., Shinozaki, J., Masuda, K., Morimitsu, Y., dan Satake, M. (2010) : Identification of medicinal Dendrobium species by phylogenetic analyses using matK and rbcL sequences. The Japanese Society of Pharmacognosy and Springer. J Nat Med 64:133–138. Backer, C.A. dan Van Den Brink, R.C.B. (1965) : Flora of Java (Spermatophytes Bellstedt, D.U., van Zyl, L., Marais, E.M., Bytebier, B., de Villiers, C.A., Makwarela, A.M., dan Dreyer, L.L. (2008) : Phylogenetic relationships, character evolution and biogeography of Southern African members of Zygophyllum (Zygophyllaceae) based on three plastid regions. Molecular Phylogenetics and Evolution 47 : 932– 949. Elsevier Inc Ga Hun Boo, Kyung Min Lee, et al., 2009, Classification of the Genus Ishige (Ishigeales, Phaeophyceae) in the North Pacific Ocean with Recognition of Ishige Foliacea Based on Plastid rbcL and Mitochondrial Cox3 Gene Sequences1, J. Phycol 45: 906–913, Phycological Society of America Hajibabaei, M, Singer, G.A.C, Hebert, P.D.N, and Hickey, D.A. (2007). DNA barcoding: how it complements taxonomy, molecular phylogenetics and population genetics. TRENDS in Genetics Vol.xxx No.x: 1-6 Hidayat, et al., 2008, Analisis Filogenetik Molekuler pada Phylantus niruri L (Euphorbiaceae), Jurnal Matematika dan Sains Vol. 13 No 1. Judd, W.S., Campbel, C.S., Kellog, E. A., Stevens, P. F., dan Donoghue, M. J. (2002) : Plant Systematics : Phylogenetic Approach, 2nd edition. Sinauer Associates, Inc. Publisher, Sunderland, Massachusets-USA. Lane, A. (1984) : The Penguin Dictionary of Botany. Penguin Book, Market House Books Ltd. 67 JURNAL ßIOêduKASI Vol 1 No (1) September 2012 Li, W., dan Graur, D. (1991) : Fundamental of Molecular Evolution. Sinauer Associates, Inc. Li, Xiaoxian and Zhou, Zhekun, 2008, Phylogenetic studies of the core Alismatales inferred from morphology and rbcL sequences, Progress in natural Science 19: 931-945, Elsevier limited and Science in China Press. Maistro, Silvia, et al., 2007, Moleclular Phylogeny and Evolution Of The Order Tribonematales (Heterokonta, Xanthophyceae) Based On Analysis Of Plastidial Genes rbcL and psaA, Molecular Phylogeny and Evolultion 43: 407-417, Elsevier Inc. Nei, M., dan Kumar, S. (2000) : Molecular Evolution and Phylogenetics. Oxford University Press. Newton, C.R, Graham, A., (1995) : PCR, Intoduction to Biotechniques. Bios Scientific Publisher ltd. Ratnasingham, S., Hebert, P.D., 2007. The Barcode of Life Data System. Molecular ecology Notes. Reddy, B.U. (2009) : Molecular phylogeny of Angiospermic plant families using rbcL gene Sequences. International Journal of Bioinformatics Research, 1(2) : pp-27-36. Roche, 2009. PCR Applications Manual 3rd . www.rochwe-applied-science.com. Dikses 2009 ISSN : 2301-4678 FKIP Universitas Khairun Barcode Loci May Not Work in Complex Groups: A Case Study with Indian Berberis Species. PLoS ONE 5(10): e13674. doi:10.1371/journal.pone.0013674 Suparman. 2011. Analisis filogenetik Genus Mangifera Menggunakan Gen rbcL DNA Kloroplas. (Tesis S2 tidak diterbitkan). SITH-ITB. Bandung Xiong, J. 2006. Essential Bioinformatics. Cambridge University Press: New York. Yonemori, K., Honso, C., Kanzaki, S., Wiadthong, W., dan Sugiura, A. (2002) : Phylogentic relathionship of mangifera species revealed by ITS sequences of nuclear ribosomal DNA and a possibility of their hybrid origin. Plant Syst. Evol. 231: 59-75. Yoshinaga, K., Iinuma,H., Masuzawa, T., dan Uedal, K. (1996) : Extensive RNA editing of U to C in addition to C to U substitution in the rbcL transcripts of hornwort chloroplasts and the origin of RNA editing in green plants. Nucleic Acids Research, 24, No. 6. Oxford University Press Zhang, M., Fritsch, P.W., dan Cruz, B.C. (2009) : Phylogeny of Caragana (Fabaceae) based on DNA sequence data from rbcL, trnS–trnG, and ITS. Journal Molecular Phylogenetics and Evolution 50: 547–559. Roderic, D.M. (2001) : Tree View Win 32. http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/ rod/rodhtml diakses tgl : 20 Februari 2009. Roy S, Tyagi A, Shukla V, Kumar A, Singh UM, dkk. (2009) : Universal Plant DNA 68