I. PENDAHULUAN Hutan mangrove adalah ekosistem yang sangat produktif dibangun oleh sekelompok tanaman dan semak yang telah beradaptasi untuk bertahan hidup di daerah peralihan antara daratan dan lautan (Spalding et al., 2010). Terdapat tiga komponen penyusun ekosistem mangrove, yaitu tanaman mangrove, faktor abiotik di sekitar ekosistem mangrove, dan mikroba, flora, fauna yang berasosiasi dengan tanaman mangrove. Interaksi antara ketiga komponen tersebut terjadi dalam ekosistem mangrove (Kathiresan dan Bingham, 2001). Keberadaan bakteri sebagai salah satu jenis mikroba berperan dalam menjaga keseimbangan ekosistem mangrove. Bakteri adalah kelompok organisme utama yang berperan menjaga berlangsungnya fungsi dari ekosistem mangrove. Kathiresan dan Bingham (2001) menyatakan bahwa bakteri memiliki peranan penting dalam ekosistem mangrove untuk menjaga keberlangsungan siklus biogeokimia dan transformasi nutrisi. Hal ini menunjukkan bahwa keberadaan komunitas bakteri pada ekosistem mangrove sangat vital sehingga sangat penting untuk dipelajari. Penelitian tentang diversitas bakteri adalah langkah awal dalam mempelajari komunitas bakteri pada ekosistem mangrove. Informasi mengenai diversitas bakteri pada ekosistem mangrove di Indonesia umumnya masih terbatas pada culturable bacteria. Handelsman (2004) menyatakan bahwa culturable bacteria tidak dapat menunjukkan keseluruhan diversitas bakteri yang ada. Amann et al. (1995) menambahkan bahwa bakteri yang dapat ditumbuhkan (culturable bacteria) pada media pertumbuhan hanya sebagian kecil dari diversitas bakteri yang ada di alam. Berdasarkan permasalahan tersebut maka pendekatan alternatif perlu dilakukan untuk menunjukkan diversitas bakteri yang ada pada suatu sampel alam dengan lebih baik. Pendekatan metagenomik memberikan kesempatan untuk mendapatkan genom bio.unsoed.ac.id berbagai bakteri yang diperoleh secara langsung dari alam tanpa melalui tahapan kultivasi pada media pertumbuhan dan mengamplifikasikannya dengan primer universal bakteri untuk kemudian dianalisis diversitasnya menggunakan DGGE (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis). Hal ini memberikan peluang besar untuk mendapatkan gambaran diversitas bakteri mangrove secara keseluruhan berdasarkan gen penyandi 16S rRNA. 1 Munculnya pendekatan metagenomik (culture-independent) telah mengubah pemahaman tentang diversitas mikroorganisme. Berkembangnya pendekatan metagenomik dimulai ketika diketahui bahwa kebanyakan mikroorganisme tidak dapat dikultur. Pendekatan metagenomik sangat berperan dalam penemuan gen-gen baru yang mampu menunjukkan struktur dan fungsi komunitas mikroorganisme (Handelsman, 2004). Hal ini menunjukkan bahwa pendekatan metagenomik merupakan pendekatan yang tepat untuk mengetahui diversitas bakteri pada ekosistem mangrove berdasarkan gen penyandi 16S rRNA. Permasalahan yang muncul dari uraian latar belakang tersebut yaitu bagaimanakah diversitas bakteri asal sedimen mangrove Tritih Kulon berdasarkan gen penyandi 16S rRNA. Adapun tujuan dari penelitian ini adalah mengetahui diversitas bakteri asal sedimen mangrove Tritih Kulon berdasarkan gen penyandi 16S rRNA. Hasil penelitian ini diharapkan dapat memberikan informasi ilmiah mengenai diversitas genetik bakteri pada sedimen mangrove Tritih Kulon berdasarkan gen penyandi 16S rRNA. bio.unsoed.ac.id 2