3. hasil penelitian

advertisement
3. HASIL PENELITIAN
3.1. Efisiensi Isolat protein dan Konsentrasi Daun Yakon (Smallanthus sonchifolius)
Tabel 3. Efisiensi Isolat dan konsentrasi protein daun yakon (Smallanthus sonchifolius)
Massa isolat
protein (g)
TCA/Aseton
0,11
Phenol/Chloroform 0,49
Salting Out
0,24
Keterangan:
Metode
*
Efisiensi isolat
protein (%)*
0,75 ± 0,004
3,24 ± 0,086
1,57 ± 0,007
Konsentrasi isolat
protein (mg/ml)**
100
112
93
Efisiensi diperoleh dengan membagi jumlah rendemen dengan massa bahan awal (15 gr).
** Konsentrasi diperoleh dengan rata-rata dari pengulangan.
Dari Tabel diatas, dapat dilihat bahwa massa isolat protein tertinggi diperoleh pada metode
phenol/chloroform dengan 0,49 gram dengan efisiensi sebesar 3,24% ± 0,086. Kemudian
salting out sebesar 0,24 dengan efisiensi sebesar 1,57 % ± 0,007 dan yang terakhir adalah
TCA/aseton dengan massa isolat protein sebesar 0,11 dengan efisiensi sebesar 0,75 % ± 0,004.
Kemudian untuk konsentrasi berbagai metode diperoleh konsentrasi yang berbeda. Metode
phenol/chloroform memiliki konsentrasi yang lebih tinggi jika dibandingkan dengan 2 metode
yang lain yaitu dengan konsentrasi sebesar 112 mg/ml, kemudian TCA/aseton sebesar 100
mg/ml dan yang terakhir adalah salting out dengan konsentrasi sebesar 93 mg/ml.
3.2. Profil Protein Yakon (Smallanthus sonchifolius)
Gambar 9. Profil protein daun yakon (Smallanthus sonchifolius)
19
20
Dari Gambar 9 diatas dapat dilihat bahwa untuk metode phenol/chloroform diperoleh 8 pita
protein, metode TCA/aseton diperoleh 6 pita protein dan untuk metode salting out diperoleh 8
pita protein. Metode phenol/chloroform dan salting out lebih banyak menampilkan pita protein
namun yang lebih jelas dalam penampakan pita protein adalah metode salting out sehingga
dapat disimpulkan bahwa metode salting out merupakan metode yang paling banyak
mengendapkan protein dan juga lebih jelas dalam menampakkan pola pita protein pada profil
protein daun yakon (Smallanthus sonchifolius). Selanjutnya, dari pita protein tersebut, dapat
dicari berat molekul untuk tiap pita protein. Berat molekul dari tiap metode dapat dilihat pada
tabel berikut.
Tabel 4. Berat Molekul profil protein daun yakon (Smallanthus sonchifolius) dengan 3 metode
berbeda.
Metode
TCA/aseton (Kda)*
27
31
50
60
97
180
Phenol/chloroform (Kda)*
15
27
31
37
39
45
48
97
Keterangan: * Kilodalton (Satuan Berat Molekul)
Salting Out (Kda)*
18
27
31
50
60
75
97
180
Dari Tabel diatas dapat dilihat bahwa metode isolasi dengan phenol chloroform menghasilkan
profil protein dengan berat molekul 15 Kda, 27 Kda, 31 Kda, 37 Kda, 39 kda 45 Kd, 48 Kda
dan 97 Kda. Sementara untuk metode isolasi dengan TCA/aseton menghasilkan profil protein
dengan berat molekul 27 Kda, 31 Kda, 50 Kda, 60 Kda, 97 Kda dan 180 Kda. Metode salting
out menghasilkan profil protein dengan berat molekul 18 Kda, 27 Kda, 31 Kda, 50 Kda, 60
Kda, 75 Kda, 97 Kda dan 180 Kda.
21
3.3. Analisa Bioinformatika
Untuk analisa bioinformatika, pengidentifikasian hanya dilakukan pada metode salting out saja
karena lebih banyak dalam mengendapkan protein dan juga lebih jelas dalam menampakkan
pola pita protein. Selain itu, jenis protein pada metode salting out ini juga ditemui pada metode
isolasi yang lain (phenol chloroform dan TCA/Aseton). Identifikasi protein berdasarkan berat
molekul yang diperoleh dapat dilihat pada tabel 5 berikut.
Tabel 5. Profil Protein daun Yakon (Smallanthus sonchifolius) beserta berat molekul
BM (Kda)
18
27
31
50
60
75
97
180
Nama Protein
RNA polymerase beta subunit
NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I, chloroplastic
Putative 36.9 kDa movement protein
NADH dehydrogenase subunit 4
ATP synthase subunit beta, chloroplastic
DNA-directed RNA polymerase subunit
NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 5, chloroplastic
DNA-directed RNA polymerase subunit beta
Keterangan: berdasarkan penelusuran bioinformatika dari Protein Data Bank Uniprot
(www.uniprot.org)
Dari Tabel 5 diatas, diperoleh 8 jenis protein yang terdeteksi dengan menggunakan metode
salting out. Jenis-jenis protein tersebut adalah RNA polymerase beta subunit (18 Kda),
NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I, chloroplastic (27 kDa); Putative 36.9 kDa
movement protein (31 Kda); NADH dehydrogenase subunit 4 (50 kDa); ATP synthase subunit
beta, chloroplastic (60 kDa); DNA-directed RNA polymerase subunit (75 kDa); NAD(P)Hquinone oxidoreductase subunit 5, chloroplastic (97 kDa) dan DNA-directed RNA polymerase
subunit beta (180 kDa). Untuk peranan dari masing-masing protein tersebut dapat dilihat pada
Tabel 6 berikut.
22
Tabel 6. Peranan Protein pada daun yakon (Smallanthus sonchifolius)
BM (Kda)
18
Nama Protein*
RNA polymerase beta
subunit
Peran dalam tubuh
Asam Amino**
Berperan dalam pengikatan DNA
alanin (A) 1,4%, arginin (R) 5,6%, aspargin (N) 3,5%, asam
yang berkontribusi terhadap
aspartat (D) 4,9%, Sistein (C) 4,2%, glutamin (Q) 4,9%, asam
pensinyalan sekresi insulin dalam
glutamat (E) 6,9%, glisin (G) 7,6%, histidin (H) 2,1%, isoleusin
tubuh.
(I) 8,3%, leusin (L) 8,3%, lisin (K) 7,6%, metionin (M) 2,1%,
fenilalanin (F) 3,5%, prolin (P) 6,3%, serin (S) 4,2%, treonin (T)
3,5%, triptofan (W) 1,4%, tirosin (Y) 6,9%, dan valin (V) 6,9%.
27
NAD(P)H-quinone
oxidoreductase subunit I,
chloroplastic
Perlindungan sel terhadap
Alanin 3%, arginin 7,2%, aspargin (N) 4,8%, asam aspartat (D)
toxicity, mutagenicity dan kanker.
4,8%, Sistein (C) 5,4%, glutamin (Q) 3%, asam glutamat (E)
7,2%, glisin (G) 4,2%, histidin (H) 1,8%, isoleusin (I) 10,2%,
leusin (L) 8,4%, lisin (K) 3,6%, metionin (M) 3,6%, fenilalanin
(F) 4,8%, prolin (P) 4,8%, serin (S) 3,6%, treonin (T) 7,2%,
triptofan (W) 0,6%, tirosin (Y) 6%, dan valin (V) 3,4%.
31
Putative 36.9 kDa
movement protein
Peranan dalam fungsi molekuler
Alanin (A) 6,5%, arginin (R) 9,6%, aspargin (N) 3,7%, asam
yaitu untuk mengkatalisis
aspartat (D) 9%, Sistein (C) 2,2%, glutamin (Q) 2,5%, asam
hidrolisis ikatan alpha-peptida
glutamat (E) 6,5%, glisin (G) 7,1%, histidin (H) 1,9%, isoleusin
internal pada rantai polipeptida.
(I) 7,7%, leusin (L) 5,9%, lisin (K) 6,2%, metionin (M) 1,9%,
fenilalanin (F) 5,6%, prolin (P) 2,8%, serin (S) 8,4%, treonin (T)
3,4%, triptofan (W) 0,3%, tirosin (Y) 4%, dan valin (V) 5%.
23
50
NADH dehydrogenase
subunit 4
Mengontrol glikemik pada tubuh
Alanin (A) 6,5%, arginin (R) 2,9%, aspargin (N) 2,2%, asam
dan merangsang metabolism
aspartat (D) 2,9%, Sistein (C) 0,2%, glutamin (Q) 2,2%, asam
glukosa pada otot rangka dan
glutamat (E) 2,6%, glisin (G) 8,6%, histidin (H) 2,2%, isoleusin
jaringan adiposa.
(I) 11%, leusin (L) 13,9%, lisin (K) 3,1%, metionin (M) 4,8%,
fenilalanin (F) 7,9%, prolin (P) 4,6%, serin (S) 8,4%, treonin (T)
5%, triptofan (W) 1,7%, tirosin (Y) 4,8%, dan valin (V) 4,6%.
60
ATP synthase subunit
beta, chloroplastic
Bekerja sama dengan Dysferlin
Alanin (A) 8,4%, arginin (R) 5,2%, aspargin (N) 4,2%, asam
untuk memperbaiki membrane
aspartat (D) 5,2%, Sistein (C) 0,2%, glutamin (Q) 4,2%, asam
otot rangka.
glutamat (E) 6,2%, glisin (G) 9,8%, histidin (H) 0,8%, isoleusin
(I) 6,2%, leusin (L) 9,8%, lisin (K) 4%, metionin (M) 3,2%,
fenilalanin (F) 3,6%, prolin (P) 5,2%, serin (S) 5,4%, treonin (T)
7%, tirosin (Y) 2,4%, dan valin (V) 8,6%.
75
DNA-directed RNA
polymerase subunit
Menghubungkan metabolisme
Alanin (A) 5%, arginin (R) 9%, aspargin (N) 4,4%, asam aspartat
glukosa pada sel β pankkreas
(D) 5%, Sistein (C) 1,8%, glutamin (Q) 3,3%, asam glutamat (E)
dengan regulasi transkripsi gen
7,2%, glisin (G) 5,9%, histidin (H) 2,4%, isoleusin (I) 9,4%,
insulin.
leusin (L) 11,7%, lisin (K) 4,8%, metionin (M) 1,8%, fenilalanin
(F) 3,3%, prolin (P) 5,3%, serin (S) 5%, treonin (T) 4%, triptofan
(W) 1,5%, tirosin (Y) 4,4% dan valin (V) 4,8%.
24
97
NAD(P)H-quinone
oxidoreductase subunit 5,
chloroplastic
Mengontrol glikemik pada tubuh.
Alanin (A) 5,3%, arginin (R) 2,8%, aspargin (N) 5,1%, asam
aspartat (D) 3%, Sistein (C) 1,1%, glutamin (Q) 2,3%, asam
glutamat (E) 2%, glisin (G) 6,6%, histidin (H) 1,8%, isoleusin (I)
9,6%, leusin (L) 12,4%, lisin (K) 4,3%, metionin (M) 3,8%,
fenilalanin (F) 9,2%, prolin (P) 3,9%, serin (S) 9,3%, treonin (T)
4,7%, triptofan (W) 2%, tirosin (Y) 5,1% dan valin (V) 5,8%.
180
DNA-directed RNA
polymerase subunit beta
Berpengaruh pada luka pada
Alanin (A) 5,8%, arginin (R) 7,9%, aspargin (N) 4,1%, asam
penderita diabetes.
aspartat (D) 4,5%, Sistein (C) 0,7%, glutamin (Q) 5,2%, asam
glutamat (E) 6,4%, glisin (G) 8,4%, histidin (H) 2,4%, isoleusin
(I) 7,4%, leusin (L) 10,6%, lisin (K) 5,3%, metionin (M) 2,3%,
fenilalanin (F) 3,6%, prolin (P) 4,7%, serin (S) 5,9%, treonin (T)
4,5%, triptofan (W) 1%, tirosin (Y) 3,5% dan valin (V) 5,6%.
Keterangan: * sumber dari Uniprot (Protein Data Bank)
** sumber dari PIR (Protein Information Resource) (http://pir.georgetown.edu)
25
3.3.1. RNA polymerase beta subunit
RNA polymerase beta subunit merupakan salah satu protein yang terdeteksi dalam daun yakon
(Smallanthus sonchifolius). Menurut Uniprot, protein ini memiliki fungsi dalam metabolisme
molekuler yaitu untuk mengikat DNA dan untuk mengkatalisis dari persamaan reaksi
nucleoside triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1) sekaligus unutk memulai rantai
“De Novo”. Selain fungsi molekuler, protein ini juga berperan dalam fungsi biologi yaitu untuk
sintesis seluler RNA pada template dari DNA. Sekuens asam amino dari RNA polymerase beta
subunit berjumlah 144. Asam amino yang terkait dengan protein ini adalah alanin (A) 1,4%,
arginin (R) 5,6%, aspargin (N) 3,5%, asam aspartat (D) 4,9%, Sistein (C) 4,2%, glutamin (Q)
4,9%, asam glutamat (E) 6,9%, glisin (G) 7,6%, histidin (H) 2,1%, isoleusin (I) 8,3%, leusin
(L) 8,3%, lisin (K) 7,6%, metionin (M) 2,1%, fenilalanin (F) 3,5%, prolin (P) 6,3%, serin (S)
4,2%, treonin (T) 3,5%, triptofan (W) 1,4%, tirosin (Y) 6,9%, dan valin (V) 6,9%.
3.3.2. NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I, chloroplastic
NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I, chloroplastic (NQO1) merupakan sebuah enzim
flavoprotein yang memiliki kemampuan untuk mengkatalisis reduksi 2 elektron dari substrat
quinone yang eksogen dan endogen menjadi hydroquinones (Jaiswal, 2000). NQO1 dalam
jumlah yang tinggi ditemukan pada jaringan hati pada tikus. Sementara pada manusia, jenis
flavoprotein ini ditemukan pada paru-paru, gastrointestinal, endothelium vaskular, jaringan
adiposity, sum sum tulang dan beberapa pada area mata namun tidak terdapat pada hati (Hayes,
2008). Menurut Gaikward et al (2001), NQO1 dalam metabolismenya menggunakan NAD(P)H
untuk mendonorkan elektron dan sebagai katalis dari reduksi dua elektron dari senyawa
endogen dan kuinon. Reaksi ini akan menjaga keseimbangan antara NAD(P)H dan NAD(P)
sehingga memberikan kontribusi pada sintesis glukosa dan asam lemak dalam tubuh. Pada
jaringan tumbuhan, NQO1 berfungsi untuk mengkatalis detoksifikasi kuinon dan turunannya
beserta pencegahannya dalam siklus redoks dan oxidative stress. Selain itu, ditemukan juga
adanya peran dari NQO1 ini terkait dengan perlindungan terhadap mutagenesis dan
karsinogenesis (Palming et al, 2007). Sekuens asam amino dari NAD(P)H-quinone
oxidoreductase subunit I, chloroplastic berjumlah 166. Asam amino yang terkait dengan
protein ini adalah alanin (A) 3%, arginin (R) 7,2%, aspargin (N) 4,8%, asam aspartat (D) 4,8%,
Sistein (C) 5,4%, glutamin (Q) 3%, asam glutamat (E) 7,2%, glisin (G) 4,2%, histidin (H) 1,8%,
isoleusin (I) 10,2%, leusin (L) 8,4%, lisin (K) 3,6%, metionin (M) 3,6%, fenilalanin (F) 4,8%,
26
prolin (P) 4,8%, serin (S) 3,6%, treonin (T) 7,2%, triptofan (W) 0,6%, tirosin (Y) 6%, dan valin
(V) 3,4%.
3.3.3. Putative 36.9 kDa movement protein
Putative 36.9 kDa movement protein merupakan protein yang memiliki asam amino berjumlah
323. Asam amino yang terkait dengan protein ini adalah alanin (A) 6,5%, arginin (R) 9,6%,
aspargin (N) 3,7%, asam aspartat (D) 9%, Sistein (C) 2,2%, glutamin (Q) 2,5%, asam glutamat
(E) 6,5%, glisin (G) 7,1%, histidin (H) 1,9%, isoleusin (I) 7,7%, leusin (L) 5,9%, lisin (K)
6,2%, metionin (M) 1,9%, fenilalanin (F) 5,6%, prolin (P) 2,8%, serin (S) 8,4%, treonin (T)
3,4%, triptofan (W) 0,3%, tirosin (Y) 4%, dan valin (V) 5%. Protein ini merupakan protein
yang dihasilkan oleh yacon virus A dan terdapat pada tanaman yakon (Smallanthus
sonchifolius). Berdasarkan (www.uniprot.org), Putative 36.9 kDa movement protein ini
memiliki peranan dalam fungsi molekuler yaitu untuk mengkatalisis hidrolisis ikatan alphapeptida internal pada rantai polipeptida dengan mekanisme katalitik yang melibatkan triad
katalitik yang terdiri dari serine nucleophile yang diaktifkan oleh proton yang melibatkan
residu asam dan residu dasar (biasanya histidine).
3.3.4. NADH dehydrogenase subunit 4
NADH dehydrogenase subunit 4 merupakan salah satu jenis protein yang ditemukan pada
genus smalllanthus. Protein ini merupakan protein yang terletak di bagian membran NADH
dehydrogenase dan dikodekan oleh NADH dehydrogenase pada mitokondria. Menurut Weiss
(1991), NADH dehydrogenase subunit 4 ini mengalami evolusi gen dari gen awal sehingga
rantai phylo-genetic dari NADH dehydrogenase subunit 4 ini berhubungan dengan NADH
dehydrogenase subunit 2 dan 5. Heteroplasmi dengan substitusi nukleotida tertentu dalam
DNA yang bermutasi yang mengubah arginine pada posisi 340 dari subunit 4 NADH
dehydrogenase ke dalam histidine ini menyebabkan Leber Hereditary Optic Neuropathy
(LHON). Penyakit ini menimbulkan kehilangan penglihatan secara bilateral. Penyakit ini
bekerja dengan cara menghambat mitokondria sehingga berakibat pada terjadinya mutasi DNA
yang berkaitan dengan NADH dehydrogenase subunit 4 ini (Yu et al, 2012). Protein ini
memiliki asam amino sebanyak 417. Asam amino yang terkait dengan protein ini adalah alanin
(A) 6,5%, arginin (R) 2,9%, aspargin (N) 2,2%, asam aspartat (D) 2,9%, Sistein (C) 0,2%,
glutamin (Q) 2,2%, asam glutamat (E) 2,6%, glisin (G) 8,6%, histidin (H) 2,2%, isoleusin (I)
11%, leusin (L) 13,9%, lisin (K) 3,1%, metionin (M) 4,8%, fenilalanin (F) 7,9%, prolin (P)
4,6%, serin (S) 8,4%, treonin (T) 5%, triptofan (W) 1,7%, tirosin (Y) 4,8%, dan valin (V) 4,6%.
27
3.3.5. ATP synthase subunit beta, chloroplastic
The Chloroplast ATP synthase (CF1CF0) merupakan protein mitokondria yang berfungsi untuk
mengkatalis fosforilasi dari ADP (Adenosin difosfat) menjadi ATP (Adenosin trifosfat) dengan
menggunakan gradient proton. ATP synthase secara biokimia dapat dipisahkan menjadi 2
bagian yaitu CF0 (Chloroplast 0) dan CF1 (Chloroplast 1). CF0 merupakan protein yang
terintegrasi dalam membran kompleks yang berfungsi untuk mentranslokasi proton, dan CF1
merupakan bagian katalitik dari kompleks CF1CF0 (Cruz et al, 1995). Dalam penelitian ini
diperoleh protein Chloroplast ATP synthase pada subunit beta (ß). ATP synthase subunit beta
merupakan bagian dari CF1. Menurut penelitian dari Cruz et al (1995) CF1 terdiri dari 5 jenis
subunit berbeda yang dilambangkan dengan α, β, γ, δ, dan ε (diurutkan berdasarkan berat
molekul terkecil). Pada saat diterangi cahaya, CF1 memiliki kinerja yang tinggi dalam
mensintesis ATP. Sementara jika saat kurang cahaya, enzim tidak mampu mengkatalis
hidrolisis ATP. Sekuens asam amino dari ATP synthase subunit beta, chloroplastic berjumlah
498. Asam amino yang terkait dengan protein ini adalah alanin (A) 8,4%, arginin (R) 5,2%,
aspargin (N) 4,2%, asam aspartat (D) 5,2%, Sistein (C) 0,2%, glutamin (Q) 4,2%, asam
glutamat (E) 6,2%, glisin (G) 9,8%, histidin (H) 0,8%, isoleusin (I) 6,2%, leusin (L) 9,8%, lisin
(K) 4%, metionin (M) 3,2%, fenilalanin (F) 3,6%, prolin (P) 5,2%, serin (S) 5,4%, treonin (T)
7%, tirosin (Y) 2,4%, dan valin (V) 8,6%.
Dysferlin merupakan protein transmembrane yang sangat banyak diekskresikan pada otot lurik
dan pada jaringan lain termasuk monosit, sinsitiotrofoblas, endotelium, otak, pankreas, dan
ginjal. Dysferlin ditemukan secara intraselular pada vesikula dan pada membran plasma.
Dalam metabolismenya, protein Dysferlin akan bekerjasama dengan ATP synthase subunit beta
(ATP5b) untuk memungkinkan terbentuknya vesikula dengan kandungan ATP untuk
berpartisipasi dalam proses perbaikan membran otot rangka. Hasil penelitian didukung dengan
fungsi dari ATP5b itu sendiri yaitu untuk mempertahankan ATP (Adenosin trifosfat) dan ADP
(Adenosin difosfat) ekstraseluler dan sebagai reseptor membrane untuk HDL (high-density
lipoprotein). Dysferlin terlibat dalam sinyal ATP dan ADP ekstraselular pada ATP synthase
subunit beta (ATP5b). Mekanisme perbaikan membran otot rangka adalah dengan cara
menambal membran yang rusak, dan merombak sitoskeleton yang rusak tersebut secara
proteolitik oleh calpains (Moree et al, 2010).
28
3.3.6. DNA-directed RNA polymerase subunit
DNA-directed RNA polymerase (DNA-dependent RNA polymerase) merupakan polimer yang
terdapat pada semua sel eukariotik pada organisme. Polimer ini memiliki peranan penting
dalam semua siklus transkripsi (1-5). Bakteri, archaeal, dan sel eukariotik memiliki struktur
DNA-directed RNA polymerase yang besar dan memiliki banyak subunit enzim. Bakteri ini
memilik 5 subunit yaitu β’, β, α1, αII, dan ὠ dan memiliki massa molekul 0.35 MDa. Subunit
β’ merupakan subunit yang terbesar dan berperan dalam katalisis pada archaeal dan pada
eukariotik. Sementara subunit β yang merupakan subunit terbesar kedua juga memiliki fungsi
yang sama yaitu dalam katalisis. Sementara subunit α1, αII yang merupakan subunit yang sama
namun berbeda dalam interaksi (α1 pada subunit β dan αII pada subunit β) memiliki fungsi
dalam regulasi dari transkripsi. Dan untuk subunit ὠ masih dalam tahap penelitian (Minakhin
et al, 2001). Sekuens asam amino dari DNA-directed RNA polymerase berjumlah 545. Asam
amino yang terkait dengan protein ini adalah alanin (A) 5%, arginin (R) 9%, aspargin (N) 4,4%,
asam aspartat (D) 5%, Sistein (C) 1,8%, glutamin (Q) 3,3%, asam glutamat (E) 7,2%, glisin
(G) 5,9%, histidin (H) 2,4%, isoleusin (I) 9,4%, leusin (L) 11,7%, lisin (K) 4,8%, metionin (M)
1,8%, fenilalanin (F) 3,3%, prolin (P) 5,3%, serin (S) 5%, treonin (T) 4%, triptofan (W) 1,5%,
tirosin (Y) 4,4% dan valin (V) 4,8%.
3.3.7. NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 5, chloroplastic
Sekuens asam amino dari NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 5, chloroplastic
berjumlah 742. Asam-asam amino tersebut adalah alanin (A) 5,3%, arginin (R) 2,8%, aspargin
(N) 5,1%, asam aspartat (D) 3%, Sistein (C) 1,1%, glutamin (Q) 2,3%, asam glutamat (E) 2%,
glisin (G) 6,6%, histidin (H) 1,8%, isoleusin (I) 9,6%, leusin (L) 12,4%, lisin (K) 4,3%,
metionin (M) 3,8%, fenilalanin (F) 9,2%, prolin (P) 3,9%, serin (S) 9,3%, treonin (T) 4,7%,
triptofan (W) 2%, tirosin (Y) 5,1% dan valin (V) 5,8%. Protein ini merupakan protein yang
dihasilkan oleh Smallanthus microcephalus dan terdeteksi juga sebagai protein pada
Smallanthus sonchifolius.
3.3.8. DNA-directed RNA polymerase subunit beta
DNA-directed RNA polymerase subunit beta merupakan enzim kompleks yang terdiri dari 515 subunit yang berperan dalam mengkatalisisis transkripsi gen dalam sel. 4 subunit dalam
enzim ini (α, β, β, dan ὠ) pada bakteri akan membentuk inti struktural yang berperan dalam
organisme selular (Valiunas, 2013). Sekuens asam amino dari DNA-directed RNA polymerase
subunit beta berjumlah 824. Asam-asam amino tersebut adalah alanin (A) 5,8%, arginin (R)
29
7,9%, aspargin (N) 4,1%, asam aspartat (D) 4,5%, Sistein (C) 0,7%, glutamin (Q) 5,2%, asam
glutamat (E) 6,4%, glisin (G) 8,4%, histidin (H) 2,4%, isoleusin (I) 7,4%, leusin (L) 10,6%,
lisin (K) 5,3%, metionin (M) 2,3%, fenilalanin (F) 3,6%, prolin (P) 4,7%, serin (S) 5,9%,
treonin (T) 4,5%, triptofan (W) 1%, tirosin (Y) 3,5% dan valin (V) 5,6%.
Download