Artharini I Nukleosida Nukleotida Asam nukleat ? Penamaan molekul asam nukelat didasarkan pada sifat molekulnya yaitu asam dan tempat pertama kali molekul ini ditemukan yaitu di dalam inti sel atau nukleus = nukleat Menyimpan, mentransmisi dan mentranslasi: • informasi genetik • metabolisme antara (intermedier metabolism) • reaksi-reaksi informasi energi • koenzim pembawa energi • koenzim pemindah asam asetat, zat gula, senyawa amino dan biomolekul lainnya • koenzim reaksi oksidasi reduksi Struktur : Asam nukleat baik DNA maupun RNA, tersusun atas monomer nukleotida (mononukleotida) Nukleotida tersusun atas gugus fosfat, basa nitrogen dan gula pentosa Sumber : Lehninger, Struktur : Basa nitrogen berasal dari kelompok purin dan pirimidin Purin utama asam nukleat adalah adenin dan guanin, sedangkan pirimidinnya adalah sitosin, timin dan urasil Basa nitrogen dan gula pentosa melalui ikatan glikosida membentuk molekul nukleosida dimana ikatan kovalen ini terjadi antara atom C-1 gula pentosa dengan atom N-1 pirimidin atau N-9 purin Sumber : Lehninger, Sumber : Lehninger, Nukleotida merupakan nukleosida yang gugus gula pada posisi 5 – nya mengikat gugus fosfat dengan ikatan ester Berdasarkan kandungan gula pentosanya ada 2 jenis nukleotida yaitu: 1.Nukleotida yang memiliki gugus gula ribosa 2.Nukleotida yang memiliki gugus gula deoksiribosa Kedua jenis nukleotida ini bisa menjadi monomer polymer asam nukleat, RNA dan DNA Beberapa nukleotida lain terdapat bebas dan mempuyai fungsi penting dalam sel, misalnya: • Adenosin 5’-monofosfat (AMP), Adenosin 5’-difosfat (ADP) dan Adenosin 5’-trifosfat (ATP) yang berperan penting dalam transfer gugus fosfat untuk menerima dan mengantar energi. • Nukleotida lain yang berbentuk siklik seperti: Adenosin 3’-5’- siklik monofosfat (AMP siklik atau cAMP) berperan sebagai kurir sekunder dalam mengendalikan metabolisme hormon adrenalin •Nukleotida bebas lain adalah: guanosin siklik monofosfat (GMP siklik=cGMP) yang berfungsi sebagai penghambat enzim yang dirangsang oleh cAMP Beberapa trifosfonukleotida berperan dalam berbagai reaksi dalam sel, contoh: CTP : terlibat dalam biosintesis lipid UTP : berperan dalam biosintesis KH CTP dan UTP : juga digunakan dalam biosintesis RNA dan DNA Anabolisme Asam Nukleat Hampir semua organisme mampu mensintesis nukleotida dr prekursor yg lebih sederhana jalur de novo untuk nukleotida mirip utk setiap organisme Nukleotida juga dapat disintesis dari hasil pemecahan nukleotida yang telah ada salvage pathway (recycle) yaitu dari degradasi pirimidin dan purin dari sel yang mati (regenerasi) atau dari makanan 5-Phospho- -D-ribosyl-1-pyrophosphate (PRPP) • Intermediet untuk baik proses de novo and salvage pathway • Berasal dari ribosa 5 phosphat Biosintesis De Novo Purines IMP synthase GAR synthetase AICAR transformylase GAR transformylase SAICAR lyase FGAR amidotransferase SAICAR synthetase FGAM cyclase AIR karboksilase Hal-hal penting dalam sintesis de novo purin: 1. 2. 3. 4. Sangat tergantung pada “pool” ribosa Gugus amina didonor oleh glutamin dgn enzim amidotransferase Glisin dan fumarat donor ring dlm nukleotida Daur reaksi dikontrol secara alosterik dgn AMP, ADP, GMP dan GDP. bekerja pada PRPP amidotransferase Daur diawali dgn perubahan PRPP IMP IMP = Inosine monofosfat mrpkn bentuk nukleotida purin yang pertama dibentuk dlm daur ini Sebagai basa adalah hypoxanthin Adenilosuksinat synthetase IMP dehidrogenase XMP aminase Adenilosuksinat lyase DAUR dr IMP AMP & GMP Metabolisme de novo nukleotida pirimidine CP synthetase Aspartat transcarbomoylase dihydrorotase Dihidrooratate DH Orotat fosforibosiltransferase CTP synthetase Orotidilate dekarboksilase UMP kinase Nukleosida diphosphat kinase Hal-hal penting dalam sintesis de novo pirimidine: cincin pirimidine disintesis terpisah dr gula ribosa nya Daur pirimidine de novo tidak bercabang produk akhir dr daur adalah UMP yang mrpkn bahan dari CMP Reaksi pertama pembtkan karbamoyl aspartate dr asp dan carbomyl-P titik regulasi yg penting dlm daur tsb Aspartat transcarbomoylase (ATCase) diaktivasi oleh diaktivasi oleh ATP dan dihambat oleh CTP sbg produk akhir Katabolisme Asam Nukleat Proses Katabolisme : Asam Nukleat akan dipecah menjadi molekul-molekul yang lebih kecil oleh berbagai enzim yang terdapat dalam saluran pencernaan DNA dan RNA dipecah dalam getah usus oleh enzim polinukleotidase atau fosfodiesterase menjadi mononukleotida. mononukleosidase Mononukleotida -------------------> Nukleosida nukleosidase Nukleosida ---------------------> gula dan basa purin/pirimidin Degradasi nukleotida • Di dalam usus halus tjd pemutusan ikatan fosfodiester oleh endonuklease (pankreas) oligonukleotida • Dipecah lebih lanjut dg fosfodiesterase (ensim exonuclease non spesifik) monofosfat • Dipecah lbh lanjut fosfomonoesterase dikenal sebagai nukleotidase menghasilkan nukleosida and orthophosphate. • Nucleosida phosphorylase menghasilkan basa dan and ribose-1-phosphate. Jika basa atau nukleosida tidak digunakan kembali utk salvage pathways, basa akan lebih lanjut didegradasi asam urat (purin) ureidopropionat (pyrimidine). Degradasi purine • Produk akhir katabolisme purin : asam urat Vertebrata terestrial urea ureotelic Burung & reptil asam urat uricotelic Binatang di air ammonia ammonotelic Degradasi pirimidin Metabolisme DNA dan RNA Merupakan proses metabolisme informasi, yang berbeda dgn metabolisme-metabolisme yang telah dipelajari sebelumnya: metabolisme intermediate ensim berperanan dlm setiap reaksi yg terjadi. Proses perlekatan substrat dan menghasilkan produk Metabolisme informasi ada cetakan yang perlu diterjemahkan menjadi produk. Cetakan DNA atau RNA, proses juga melibatkan berbagai enzim Proses utama dlm metabolisme informasi: 1. Replikasi DNA berperan sbg cetakan untuk sintesisnya sdr 2. Transkripsi Informasi yang ada pada DNA menentukan RNA yang diproduksi 3. Translasi RNA berperan sbg cetakan untuk sintesis suatu rantai polipeptida ttt Replikasi dan transkripsi hanya menggunakan 4 nukleotida Translasi mengubah bahasa nukleotida yg terdiri dari 4 nukleotida menjadi bahasa protein yang terdiri dari 20 huruf asam amino Persamaan replikasi, transkripsi dan translasi membutuhkan cetakan proses terdiri dari inisiasi, elongasi dan terminasi Replikasi Secara konsep sederhana Proses mekanismenya komplek Kesederhanaannya krn konsep dr Watson & Crick Transfer informasi melibatkan pembukaan double helix DNA yang diikuti secara bersamaan dengan pembentukan dua pita baru pasangan dari pita DNA yang lama Suatu proses untuk membaca informasi yang disimpan dalam urutan nukleotida DNA RNA RNA sintesis membutuhkan ensim RNA polimerase Mekanisme Inisiasi Elongasi Terminasi dibagi menjadi 3 TRANSLASI DNA Translasi adalah proses membaca kodon dan menggabungkan asam amino yang sesuai bersamasama dengan ikatan peptida. Komponen proses translasi 1. mRNA consist of genetic code 2. Ribosome 3. tRNA together with a.a 4. Enzymes Translation process consists of 3 main stages • Initiation • Elongation • Termination Initiation Activation of amino acids for incorporation into proteins. Translation is accomplished by the anticodon loop of tRNA forming base pairs with the codon of mRNA in ribosomes Terima Kasih