ANALISIS SEQUENCE DNA VIRUS H1N1 MENGGUNAKAN

ANALISIS SEQUENCE DNA VIRUS H1N1 MENGGUNAKAN METODE SUPER
PAIRWISE ALIGNMENT
Nama mahasiswa
: Alfi Yusrotis Zakiyyah
NRP
: 12092010101
Pembimbing
: Prof. Dr. M. Isa Irawan, MT
Co-Pembimbing
: Dr. rer. nat. Ir. Maya Shovitri, M.Si
ABSTRAK
Dasar analisis sequence biologi adalah untuk mengetahui hubungan dua sequence. Sequence
biologi terdiri dari sequence DNA, sequence RNA dan sequence protein. Proses analisis pada
pasangan sequence dilakukan dengan cara mensejajarkan kedua sequence kemudian
menentukan bahwa dari hasil pensejajaran keduanya mempunyai keterkaitan atau tidak.
Beberapa permasalahan dalam analisis sequence yaitu pemilihan tipe pensejajaran, penentuan
sistem scoring dan penentuan algoritma yang tepat untuk memperoleh hasil scoring pensejajaran
yang optimal. Metode statistik juga digunakan untuk mengevalusi signifikasi dari skor
pensejajaran
Salah satu algoritma dalam pensejajaran sequence yaitu Algoritma pensejajaran berbasis
program dinamik. Pensejajaran dengan metode program dinamis memperoleh pensejajaran
optimal walaupun demikian dibutuhkan tingginya kompleksitas perhitungan yaitu O(N2). Pada
umumnya software pensejajaran menggunakan program dinamis seperti untuk pensejajaran
global menggunakan Needleman-Wunsch dan untuk pensejajaran lokal menggunakan SmithWaterman. Kedua algoritma tersebut merupakan algoritma klasik dalam analisis sequence.
Kedua metode tersebut memiliki beberapa kelemahan salah satunya adalah tingkat kecepatan
komputasinya . Kemudian ditemukan metode baru Super Pairwise Alignment yang
menggabungkan metode analisis kombinatorial dan probabilitas (Shen et al, 2002).
Identifikasi virus baru dapat diketahu dari tingkat homolognya. Pada permasalahan
identifikasi penyakit, DNA virus bermutasi cepat sekali sehingga berubah menjadi strain virus
baru. Virus H1N1 merupakan salah satu contoh mutasi. Hemaglutinin virus tersebut bertransmisi
dari aspartic acid (D) menjadi Glynin (G) pada baris 222 (Puzelli, 2010). Dengan menggunakan
2 sequence DNA dari 2 strain virus H1N1, GU451262 dan GU451280 dapat diketahui bahwa
Super Pairwise Alignment dapat mensejajarkan 2 sequence DNA tersebut secara optimal dan
diperoleh tingkat homologi 99,56% antara keduanya
Keyword : DNA virus H1N1, analisis sequence, Super Pairwise Alignment