rencana pembelajaran semester program studi

RENCANA PEMBELAJARAN SEMESTER
PROGRAM STUDI AGROTEKNOLOGI UNIVERSITAS GUNADARMA
Tanggal Penyusunan
Kode dan Nama MK
SKS dan Semester
Prasyarat
Status Mata Kuliah
Dosen Pengampu
Capaian
Pembelajaran Mata
Kuliah
29/01/2016
Tanggal revisi
-
KT064304
Pengantar Bioinformatika Pertanian
SKS
2 Semester VI (ATA)
[…] Wajib
[√] Pilihan
Achmad Yozar Perkasa, SP, MSi
1. Bertakwa kepada Tuhan Yang Maha Esa dan
mampu menunjukkan sikap religius.
2. Menjunjung tinggi nilai kemanusiaan dalam
menjalankan tugas berdasarkan agama, moral,
dan etika.
3. Berkontribusi dalam peningkatan mutu
kehidupan
bermasyarakat,
berbangsa,
bernegara,
dan
kemajuan
peradaban
berdasarkan Pancasila
4. Berperan sebagai warga negara yang bangga
dan cinta tanah air, memiliki nasionalisme
serta rasa tanggung jawab pada negara dan
bangsa.
5. Menghargai
keanekaragaman
budaya,
Sikap
pandangan, agama, dan kepercayaan, serta
pendapat atau temuan orisinal orang lain.
6. Bekerja sama dan memiliki kepekaan sosial
serta kepedulian terhadap masyarakat dan
lingkungan.
7. Taat hukum dan disiplin dalam kehidupan
bermasyarakat dan bernegara.
8. Menginternalisasi nilai, norma, dan etika
akademik.
9. Menunjukkan sikap bertanggungjawab atas
pekerjaan di bidang keahliannya secara
mandiri.
10. Menginternalisasi semangat kemandirian,
kejuangan, dan kewirausahaan.
1. Mampu menerapkan pemikiran logis, kritis,
sistematis, dan inovatif dalam konteks
pengembangan atau implementasi ilmu
pengetahuan
dan
teknologi
yang
memperhatikan dan menerapkan nilai
humaniora yang sesuai dengan bidang
keahliannya.
2. Mampu menunjukkan kinerja mandiri,
bermutu, dan terukur.
Ketrampilan
Umum
3. Mampu mengkaji implikasi pengembangan
atau implementasi ilmu pengetahuan dan
teknologi
yang
memperhatikan
dan
menerapkan nilai humaniora sesuai dengan
keahliannya berdasarkan kaidah, tata cara dan
etika ilmiah dalam rangka menghasilkan
solusi, gagasan, desain atau kritik seni.
4. Mampu menyusun deskripsi saintifik hasil
kajian tersebut di atas dalam bentuk skripsi
Deskripsi Umum
(Silabus)
Metode
Pembelajaran
Pengalaman
Belajar/Tugas
atau laporan tugas akhir, dan mengunggahnya
dalam laman perguruan tinggi.
5. Mampu mengambil keputusan secara tepat
dalam konteks penyelesaian masalah di
bidang keahliannya, berdasarkan hasil analisis
informasi dan data.
6. Mampu memelihara dan mengembangkan
jaringan kerja dengan pembimbing, kolega,
sejawat baik di dalam maupun di luar
lembaganya.
7. Mampu bertanggungjawab atas pencapaian
hasil kerja kelompok dan melakukan supervisi
serta
evaluasi
terhadap
penyelesaian
pekerjaan yang ditugaskan kepada pekerja
yang berada di bawah tanggungjawabnya.
8. Mampu melakukan proses evaluasi diri
terhadap kelompok kerja yang berada di
bawah tanggungjawabnya, dan mampu
mengelola pembelajaran secara mandiri.
9. Mampu mendokumentasikan, menyimpan,
mengamankan, dan menemukan kembali data
untuk menjamin kesahihan dan mencegah
plagiasi.
1. Mahasiswa mampu menjelaskan beberapa
contoh konsep bioinformatika pertanian
modern dan aplikasinya dalam mendukung
perkembangan ilmu terapan, menyelesaikan
masalah terkait bioinformatika pertanian.
Pengetahuan
2. Mahasiswa akan mampu menjelaskan peran
dan alasan perlunya menekuni Biologi serta
meningkatkan ketrampilan sebagai anggota
muda masyarakat ilmiah yang trampil
mengembangkan diri secara individual atau
berkelompok serta berkomunikasi.
1. Mahasiswa mampu menjelaskan serta
Ketrampilan
menganalisis konsep dasar biologi molekuler,
Khusus
sintesis ekspresi gen dan regulasinya, analisis
genom dan protein serta bioinformatik.
Eukariotik. Sintesis protein (ekspresi gen): proses transkripsi dan
translasi dan mengontrolan ekspresi gen secara molekuler pada
Prokariotik dan Eukariotik. Mekanisme Replikasi DNA dan ensimensim yang berperan: Mekanisme Homologous Recombinan, dan Sitespecific recombination and transposition. Gene Regulation
Mechanism: Reg. sequence in protein coding gene & cascade signaling
pathway for controlling gene activity. Struktur dasar Protein:
determinasi & klasifikasi, modifikasi protein dan roteomic, protein
turn-over Interaction of DNA-Protein & Protein-Protein in Eukaryotes
dan rokaryota.
1.
√
3. Praktik Laboratorium
√
Ceramah/Kuliahpakar
2.
Problem
Based
5. Self Learning (V-class)
Learning/FGD
3.
Project
Based √ 6. Lainnya…
Learning
a. Tayangan
√ c. Online exercise / kuiz
Presentasi
(V-class)
b. Review
√ d.Laporan
-
Referensi
textbook/jurnal
(1) Lander, E.S. and D. Botstein. 1989. Mapping Mendelian factors
underlying
quantitative
traits
using
RFLP
linkage
maps.Genetics 121: 185–199.
(2) Sax, K. 1923. The association of size differences with seed coat
pattern and pigmentation in Phaseolus vulgaris. Genetics 8: 552–
560.
(3) Fisher, R. 1918. The correlation between relatives on the
supposition of Mendelian inheritance. Philosophical Transactions
of the Royal Society of Edinburgh 52: 399–433.
(4) Hesper B, Hogeweg P. 1970. Bioinformatica: een
werkconcept 1 (6). Kameleon: 28–29.
(5) Johnson G, Wu TT. 2000. Kabat Database and its applications: 30
years after the first variability plot. Nucleic Acids Res 28 (1):
214–218.
(6) Attwood TK, Gisel A, Eriksson N-E, Bongcam-Rudloff E.
2011. Concepts, Historical Milestones and the Central Place of
Bioinformatics
in
Modern
Biology:
A
European
Perspective. Bioinformatics – Trends and Methodologies. InTech.
Retrieved 8 Jan2012.
(7) Benson DA, Karsch-Mizrachi I, Lipman DJ, Ostell J, Wheeler
DL.2008. GenBank. Nucleic Acids Res. 36 (Database issue): D25–
30.
(8) Brohée, Sylvain; Barriot, Roland; Moreau, Yves. Biological
knowledge bases using Wikis: combining the flexibility of Wikis
with the structure of databases. Bioinformatics. Oxford Journals.
(9) Donald I. Patt & Gail R. Patt. 1975. An Introduction to Modern
Genetics. Philippines: Addison-Wesley. p. 179.
(10) Daniel L. Hartl.1996. Essential Genetics. London: Jones and
Bartlett. p. 9.
(11) Altschul,
Stephen; Gish,
Warren; Miller,
Webb; Myers,
Eugene; Lipman, David (1990). "Basic local alignment search
tool". Journal of Molecular Biology 215 (3): 403–410.
(12) Maki R et al. 2007. Gene Expression. Proc. Natl. Acad. Sci.
USA77:2138.
(13) Campbell, 2002. Biologi. Jakarta :Penerbit Erlangga.
No
1.
2.
3.
Kemampuan Akhir yang
diharapkan
Mahasiswa mampu
memahami pengertian,
ruang lingkup dan sejarah
bioinformatika
Mahasiswa mengetahui
peran bioinformatika
dalam bidang pertanian
Mahasiswa mengetahui
pengertian DNA, RNA dan
Protein
Kriteria dan indikator
Bahan Kajian
Memahami pengertian,
ruang lingkup dan
sejarah bioinformatika
Ceramah/Kuliah pakar
1. Kontrak Perkuliahan
dan Ruang Lingkup
M.K
2. Kuliah Pengantar
Kegunaan
bioinformatika dalam
aplikasi di bidang
pertanian
Ceramah/Kuliah pakar
1. Pemuliaan dan
Bioteknologi
tanaman
2. Rekayasa genetik
tanaman
Memahami pengertian
DNA, RNA dan Protein
Praktikum
1. Review Jurnal peran
bioinformatika
dalam pertanian
Ceramah/Kuliah pakar
1. Pengertian DNA
2. Pengertian RNA
3. Pengertian Protein
Metode
Pembelajaran
1
Alokasi
Waktu (Jam)
2 x 50 menit
Teknik
Penilaian
Partisipasi
Mahasiswa
Sumber
belajar
4,6
1
2 x 50 menit
Partisipasi
Mahasiswa
1, 2, 3, 4
1
2 x 50 menit
Partisipasi
Mahasiswa
1,2,3,4
1, 5
2 x 50 menit
Partisipasi
Mahasiswa
1, 2, 3
Praktikum
4.
Mahasiswa mengetahui
fungsi bioinformatika
untuk penelitian plant
genom project
Memahami fungsi
bioinformatika untuk
penelitian plat genom
project
Ceramah/Kuliah pakar
1. The rice genom
project
2. Arabidopsis thaliana
genom project
Praktikum
No
5.
6.
7.
Kemampuan Akhir yang
diharapkan
Mahasiswa mengetahui
pangkalan data sekuens
biologi untuk asam nukleat
yang berasal dari Genbank
(Amerika Serikat), EMBL
(The European Molecular
Biology Laboratory, Eropa)
dan DDBJ (DNA Data Bank
of Japan, Jepang)
Kriteria dan indikator
Bahan Kajian
Memahami cara
pencarian sekuens
asam nukleat
menggunakan
pangkalan data
Genbank (Amerika
Serikat), EMBL (The
European Molecular
Biology Laboratory,
Eropa) dan DDBJ (DNA
Data Bank of Japan,
Jepang)
Ceramah/Kuliah pakar
1. GenBank (Amerika
Serikat)
2. EMBL
(The
European Molecular
Biology Laboratory,
Eropa)
3. DDBJ (DNA Data
Bank
of
Japan,
Jepang)
Praktikum
1. GenBank (Amerika
Serikat)
2. EMBL
(The
European Molecular
Biology Laboratory,
Eropa)
3. DDBJ (DNA Data
Bank
of
Japan,
Jepang)
Metode
Pembelajaran
1, 5
Alokasi
Waktu (Jam)
2 x 50 menit
Teknik
Penilaian
Partisipasi
Mahasiswa
Sumber
belajar
5, 7, 9
No
8.
9.
Kemampuan Akhir yang
diharapkan
Mahasiswa mengetahui
pangkalan data sekuens
biologi untuk protein yang
berasal dari PIR (Protein
Information Resource,
Amerika Serikat), SwissProt (Eropa), dan TrEMBL
(Eropa)
Mahasiswa mengetahui
BLAST (Basic Local
Alignment Search Tool)
yang merupakan perkakas
bioinformatika yang
berkaitan erat dengan
penggunaan pangkalan
data sekuens biologi.
Kriteria dan indikator
Bahan Kajian
Memahami cara
pencarian sekuens
biologi untuk protein
yang berasal dari PIR
(Protein Information
Resource, Amerika
Serikat), Swiss-Prot
(Eropa), dan TrEMBL
(Eropa)
Ceramah/Kuliah pakar
1. PIR
(Protein
Information
Resource, Amerika
Serikat)
2. Swiss-Prot (Eropa)
3. TrEMBL (Eropa)
Memahami
cara
penggunaan
BLAST
(Basic Local Alignment
Search Tool)
Ceramah/Kuliah
1. BLAST (Basic Local
Alignment Search
Tool)
Metode
Pembelajaran
1b
Alokasi
Waktu (Jam)
2 x 50 menit
Teknik
Penilaian
Partisipasi
Mahasiswa,
Kuiz
Sumber
belajar
6, 9
2 x 50 menit
Partisipasi
Mahasiswa,
Laporan
12
Praktikum
1. PIR
(Protein
Information
Resource, Amerika
Serikat)
2. Swiss-Prot (Eropa)
3. TrEMBL (Eropa)
Praktikum
1. BLAST (Basic Local
Alignment Search
Tool)
1
No
10.
11.
12.
13.
Kemampuan Akhir yang
diharapkan
Mahasiswa mengetahui
Sequence alignment
merupakan metode dasar
dalam analisis sekuens.
Mahasiswa mengetahui
ekspresi gen tanaman
Mahasiswa mengetahui
tipe populasi tanaman
14.
Mahasiswa mengetahui
QTL (Quantitative Trait
Locus) Pemuliaan
Tanaman
15.
Mahasiswa mengetahui
perkembangan dan
penerapan bioinformatika
di bidang pertanian
Kriteria dan indikator
Bahan Kajian
Memahami
sequence
alignment merupakan
metode dasar dalam
analisis sekuens.
Ceramah/Kuliah
1. Sequence alignment
Metode
Pembelajaran
1, 5
Praktikum
Pembuatan multiple
alignment,
primer
dan
degenerate
primer
UJIAN TENGAH SEMESTER
Memahami
proses Ceramah/Kuliah pakar
ekspresi gen tanaman
1. Ekspresi gen
Memahami
tanaman
Alokasi
Waktu (Jam)
2 x 50 menit
Teknik
Penilaian
Partisipasi
Mahasiswa,
Kreativitas
Mahasiswa
Sumber
belajar
12
1
2 x 50 menit
Partisipasi
Mahasiswa
13
1
2 x 50 menit
Partisipasi
Mahasiswa
14
2 x 50 menit
Partisipasi
Mahasiswa,
Tayangan
Presentasi,
Laporan
1, 2, 3
2 x 50 menit
Partisipasi
Mahasiswa
Laporan
1, 2, 3
1.
Pratikum
1. Software Ntsys,
metode clustering
untuk melihat
kesamaan ekspresi
gen
populasi Ceramah/Kuliah pakar
1. Tipe populasi
tanaman
Praktikum
1. Software Cervus,
parentage analysis
Memahami
QTL Ceramah/Kuliah pakar
(Quantitative
Trait 1. QTL (Quantitative
Locus)
Pemuliaan
Trait Locus)
Tanaman
Praktikum
1. Software DARwin5
Melihat perkembangan Ceramah/Kuliah pakar
dan penerapan
1. Pekembangan dan
bioinformatika di
penerapan
bidang pertanian
bioinformatika di
1
1
No
Kemampuan Akhir yang
diharapkan
Indonesia
Kriteria dan indikator
Indonesia
Bahan Kajian
bidang pertanian
Indonesia
Praktikum
1. Review Jurnal
mengenai
perkembangan
bioinfommatika
pertanian
16.
UJIAN AKHIR SEMESTER
Metode
Pembelajaran
Alokasi
Waktu (Jam)
Teknik
Penilaian
Sumber
belajar