i SELEKSI BAKTERI FILOSFER PADI SEBAGAI AGEN

perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
SELEKSI BAKTERI FILOSFER PADI SEBAGAI AGEN BIOKONTROL
Xanthomonas oryzae pv. oryzae PENYEBAB PENYAKIT
HAWAR DAUN BAKTERI PADA PADI
TESIS
Disusun untuk memenuhi sebagian persyaratan mencapai derajat Magister
Program Studi Biosain
Oleh
Rivia Kumala Dewi
S901308016
PROGRAM PASCASARJANA
UNIVERSITAS SEBELAS MARET
SURAKARTA
commit to user
2015
i
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
commit to user
ii
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
commit to user
iii
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
commit to user
iv
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
Rivia Kumala Dewi. NIM. S901308016. 2015. Seleksi Bakteri Filosfer Padi Sebagai Agen
Biokontrol Xanthomonas oryzae pv. oryzae Penyebab Penyakit Hawar Daun Bakteri Pada Padi.
TESIS. Pembimbing I: Prof. Drs. Suranto, M.Sc, Ph.D, Pembimbing II: Dr. Ari Susilowati,
M.Si. Program Studi Biosain, Program Pascasarjana, Universitas Sebelas Maret Surakarta.
ABSTRAK
Hawar daun bakteri (HDB) yang disebabkan oleh bakteri Xanthomonas oryzae pv.
oryzae (Xoo) merupakan penyakit yang paling banyak menyerang padi. Biokontrol
merupakan salah satu alternatif pengendalian HDB yang ramah lingkungan. Penelitian ini
bertujuan untuk menyeleksi bakteri filosfer padi yang bersifat antagonis terhadap Xoo,
mendeteksi gen polyketide synthase (PKS) pada DNA genom bakteri antagonis,
mengidentifikasi golongan senyawa bioaktif dan menguji aktivitas anti-Xoo ekstrak
senyawa bioaktif.
Bakteri diisolasi dari daun padi dan diuji kemampuan antagonisnya terhadap Xoo
dengan menggunakan uji dual plate, kemudian dilakukan uji hipersensitivitas dan uji
patogenisitas. Bakteri antagonis terpilih diidentifikasi berdasarkan karakter morfologi
koloni dan sel serta gen penyandi 16S rRNA. Deteksi gen PKS dilakukan dengan
menggunakan primer degKS2F.gc dan degKSR5.gc. Ekstraksi senyawa bioaktif dilakukan
dengan metode ekstraksi bertingkat menggunakan pelarut n-heksan, etil asetat, dan
metanol. Identifikasi golongan senyawa bioaktif dilakukan dengan menggunakan
kromatografi kolom dan spektrofotometer UV-VIS. Uji aktivitas anti-Xoo ekstrak senyawa
bioaktif dilakukan dengan menggunakan metode difusi cakram.
Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa bakteri filosfer padi yang bersifat antagonis
terhadap Xoo adalah bakteri Pseudomonadaceae SH2a yang menghasilkan senyawa
bioaktif golongan poliketid (pyoluteorin dan 2,4-diacetylphloroglucinol), penazin,
pirrolnitrin, peptida, terpenoid, alkaloid, serta lipopeptida; Pantoea sp. MO142; Pantoea
sp. MO22g; Erwinia sp. MO34h; Pantoea sp. MO34i; Pantoea sp. MO34j; Pantoea sp.
MO43a; serta Pantoea sp. MO63j yang menghasilkan senyawa bioaktif golongan
poliketid, peptida, terpenoid, alkaloid, serta lipopeptida. Gen PKS dapat terdeteksi pada
DNA genom Pantoea sp. MO22g, Erwinia sp. MO34h, Pantoea sp. MO34i, Pantoea sp.
MO34j, serta Pantoea sp. MO43a. Ekstrak senyawa bioaktif bakteri antagonis yang
memiliki aktivitas anti-Xoo adalah ekstrak kasar dan fraksi metanol bakteri
Pseudomonadaceae SH2a; ekstrak kasar dan fraksi n-heksan Pantoea sp. MO22g, Pantoea
sp. MO43a, dan Pantoea sp. MO63j; ekstrak kasar Erwinia sp. MO34h dan Pantoea sp.
MO34j; ekstrak kasar, fraksi etil asetat, dan fraksi n-heksan Pantoea sp. MO34i.
Kata kunci: filosfer, padi, biokontrol, Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), antagonis,
hawar daun bakteri
commit to user
v
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
Rivia Kumala Dewi. NIM. S901308016. 2015. Selection of Rice Phyllosphere Bacteria As
Biocontrol Agents Xanthomonas oryzae pv. oryzae the Causal Bacterial Leaf Blight In
Rice. THESIS. Supervisors I: Prof. Drs. Suranto, M.Sc, Ph.D, II: Dr. Ari Susilowati,
(M.Sc. Thesis). Bioscience Studies Program, Graduate Program, Sebelas Maret University
Surakarta.
ABSTRACT
Bacterial leaf blight (BLB) was caused by Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) is the
most commonly attacking rice disease. Therefore we introduced an alternative approach to
control the BLB by using biocontrol agents that environment-friendly. The aims of this
study were to (i) select rice phyllosphere bacteria antagonistic against Xoo, (ii) detect
polyketide synthase (PKS) gene from genomic DNA of antagonist bacteria (iii) identify
the groups of bioactive compounds and (iv) test the anti-Xoo activity bioactive compounds
extract.
Bacteria were isolated from rice leaves and antagonistic ability against Xoo was tested
using a dual plate method, and then hypersensitivity and pathogenicity test were conducted
respectively. The selected antagonist bacteria were identified based on type of colonies and
the morphological character cell, and as well as genes encoding 16S rRNA. Detection of
PKS gene was performed using primer degKS2F.gc and degKSR5.gc, while extraction of
bioactive compounds was carried out under stratified extraction using n-hexane, ethyl
acetate, and methanol solvent respectively. Column chromatography and UV-VIS
spectrophotometer were used to identify groups of bioactive compounds. Disc diffusion
method was used to look at anti-Xoo activity of bioactive compounds extract.
The results showed that rice phyllosphere bacteria antagonistic against Xoo were
Pseudomonadaceae SH2a bacterium which produced bioactive compounds polyketide
(pyoluteorin and 2,4-diacetylphloroglucinol), phenazine, pyrrolnitrin, peptides, terpenoids,
alkaloids, and lipopeptide groups. In addition Pantoea sp. MO142, Pantoea sp. MO22g,
Erwinia sp. MO34h, Pantoea sp. MO34i, Pantoea sp. MO34j, Pantoea sp. MO43a, and
Pantoea sp. MO63j produced bioactive compounds polyketide, peptides, terpenoids,
alkaloids, and lipopeptide groups. Polyketide synthase gene was detected from genomic
DNA Pantoea sp. MO22g, Erwinia sp. MO34h, Pantoea sp. MO34i, Pantoea sp. MO34j,
and Pantoea sp. MO43a. Bioactive compounds extract from antagonist bacteria that have
anti-Xoo activity is crude extracts and methanol fractions Pseudomonadaceae SH2a
bacterium; crude extract and n-hexane fractions Pantoea sp. MO22g, Pantoea sp. MO43a,
and Pantoea sp. MO63j; crude extract of Erwinia sp. MO34h and Pantoea sp. MO34j;
crude extract, ethyl acetate fractions and n-hexane fraction Pantoea sp. MO34i.
Keywords: phyllosphere, rice, biocontrol, Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo),
antagonist, bacterial leaf blight
commit to user
vi
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
MOTTO
”Sesungguhnya sesudah kesulitan itu ada kemudahan. Maka apabila kamu telah selesai
(dari suatu urusan), kerjakanlah dengan sungguh-sungguh (urusan) yang lain, dan
hanya kepada Tuhan-mulah hendaknya kamu berharap” (QS. Al-Insyiroh: 6-8)
”Barang siapa yang menghendaki kehidupan dunia maka wajib baginya memiliki ilmu,
dan barang siapa yang menghendaki kehidupan akhirat, maka wajib baginya memiliki
ilmu, dan barang siapa menghendaki keduanya maka wajib baginya memiliki ilmu”
(HR. Turmudzi)
”Tidaklah didapatkan ilmu dengan jasad yang santai” (Yahya bin Abi Katsir)
“Jika kamu berada di sore hari jangan tunggu pagi hari dan jika kamu berada di pagi
hari jangan tunggu sore hari, gunakanlah kesehatanmu untuk (persiapan saat) sakitmu
dan kehidupanmu untuk kematianmu “ (HR. Bukhori)
Awal dari efisiensi adalah ketertiban
commit to user
vii
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
HALAMAN PERSEMBAHAN
Teriring rasa syukur kepada Allah SWT, karya ini kupersembahkan kepada:
Ibunda (almh.) tersayang yang selalu menguatkan dan mencurahkan kasih sayangnya . . .
Ayahanda tercinta yang selalu menjaga dan memberikan pandangan lain dalam menyikapi
suatu permasalahan . . .
Seluruh keluarga besarku yang selalu memberikan semangat dan bantuan . . .
Almamaterku . . .
commit to user
viii
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
KATA PENGANTAR
Puji syukur penulis panjatkan Kehadirat Allah Subhanahu Wa Ta`ala atas segala
nikmat, hikmah dan petunjuk-Nya sehingga penulis dapat menyelesaikan tesis yang
berjudul “Seleksi Bakteri Filosfer Padi Sebagai Agen Biokontrol Xanthomonas oryzae pv.
oryzae Penyebab Penyakit Hawar Daun Bakteri Pada Padi”. Tulisan ini menyajikan bahasan
tentang bakteri yang bersifat antagonis terhadap Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo),
identifikasi bakteri antagonis berdasarkan karakter morfologi dan gen penyandi 16S rRNA,
deteksi gen polyketide synthase (PKS), senyawa bioaktif yang dihasilkan bakteri antagonis,
serta uji aktivitas anti-Xoo ekstrak senyawa bioaktif.
Nilai penting dari penelitian ini adalah dengan ditemukannya bakteri yang bersifat
antagonis terhadap Xoo maka dapat dikembangkan alternatif pengendalian penyakit hawar
daun bakteri pada padi yang ramah lingkungan sehingga penurunan hasil produksi padi
dapat diminimalisir tanpa menimbulkan pencemaran lingkungan. Bakteri antagonis
ataupun senyawa bioaktif yang dihasilkannya dapat diaplikasikan pada padi yang sehat
sebagai langkah pencegahan penyakit atau pada padi yang terserang penyakit sebagai
langkah pengobatan.
Tulisan ini masih banyak memiliki kekurangan dan jauh dari sempurna. Oleh karena
itu, penulis mengharapkan saran yang bersifat membangun sehingga tulisan ini menjadi
lebih baik dan bermanfaat bagi yang membutuhkan.
Surakarta, Juni 2015
Penulis
commit to user
ix
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
UCAPAN TERIMA KASIH
Alhamdulillah, puji syukur penulis panjatkan Kehadirat Allah Subhanahu Wa Ta`ala
yang telah menganugerahkan rahmat dan taufik-Nya sehingga penulis dapat menyelesaikan
tesis yang berjudul “Seleksi Bakteri Filosfer Padi Sebagai Agen Biokontrol Xanthomonas
oryzae pv. oryzae Penyebab Penyakit Hawar Daun Bakteri Pada Padi”. Penulis juga ingin
menyampaikan terima kasih dan penghormatan kepada semua pihak yang telah membantu
dalam penyelesaian tesis ini, yaitu:
1.
Rektor Universitas Sebelas Maret Surakarta yang telah memberikan izin belajar di
Universitas Sebelas Maret.
2.
Direktur Program Pascasarjana Universitas Sebelas Maret Surakarta yang telah
memberikan izin belajar di program studi Biosain.
3.
Ketua Program Studi Biosain yang telah memberikan bimbingan dan dukungan dalam
menyelesaikan pembelajaran.
4.
Prof. Drs. Suranto, M.Sc, Ph.D selaku dosen pembimbing pertama yang selalu
memberikan nasehat, arahan, dan motivasi hingga terselesaikannya penulisan tesis ini.
5.
Dr. Ari Susilowati, M.Si selaku dosen pembimbing kedua yang telah banyak
membimbing, memotivasi, dan memberikan kepercayaan kepada penulis untuk ikut
ambil bagian dalam proyek penelitian ini.
6.
Prof. Dr. Sugiyarto, M.Si selaku dosen pembimbing akademik dan dosen penguji yang
telah banyak memberikan bimbingan dan nasehat dalam menyelesaikan pembelajaran.
7.
Dr. Artini Pangastuti, M.Si selaku dosen penguji yang telah banyak memberikan
bimbingan dalam penulisan tesis ini.
8.
Semua dosen di Program Studi Biosain yang telah memberikan banyak ilmu kepada
penulis.
9.
Ketua Laboratorium Biologi FMIPA Universitas Sebelas Maret Surakarta yang telah
memberikan izin kepada penulis untuk melakukan penelitian dalam suasana kondusif.
10. Semua guru penulis mulai dari RA, MI, MTsN dan MAN serta dosen program sarjana
atas semua pendidikan dan kasih sayang yang telah diberikan kepada penulis.
11. Ibunda (almh.) tersayang untuk semua bimbingan, kasih sayang, dan semangat yang
tiada terukur.
12. Ayahanda tercinta yang selalu menjaga dan memberikan nasehat yang berharga.
commit to user
x
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
13. Semua keluarga besar penulis yang selalu memberikan semangat dan bantuan dalam
berbagai hal.
14. Sahabat-sahabat Biosain angkatan Agustus 2013: Mbak Yayah, Viktor, Mas Vector,
Raqib, Adi, Hailu, serta Danang untuk kebersamaan yang mengesankan dan tak
terlupakan.
15. Kakak dan adik kelas di Biosain untuk semangat dan semua bantuannya.
16. Mbak Ifah yang telah banyak membantu dalam hal administrasi dan untuk
keramahannya.
17. Semua staf Laboratorium Biologi FMIPA, Laboratorium terpadu FMIPA dan
Laboratorium Pusat MIPA untuk semua bantuannya.
18. Semua pihak yang turut membantu dalam penyelesaian tesis ini baik secara langsung
maupun tidak langsung yang tidak dapat penulis sebutkan satu persatu.
Semoga Allah SWT membalas semua kebaikan yang diberikan kepada penulis dengan
balasan yang lebih baik.
commit to user
xi
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
DAFTAR ISI
Halaman
HALAMAN JUDUL ............................................................................................................ i
HALAMAN PENGESAHAN PEMBIMBING .................................................................. ii
HALAMAN PENGESAHAN PENGUJI ........................................................................... iii
PERNYATAAN KEASLIAN DAN PERSYARATAN PUBLIKASI .............................. iv
ABSTRAK .......................................................................................................................... v
ABSTRACT ....................................................................................................................... vi
MOTTO ............................................................................................................................. vii
HALAMAN PERSEMBAHAN ....................................................................................... viii
KATA PENGANTAR ........................................................................................................ ix
UCAPAN TERIMA KASIH ............................................................................................... x
DAFTAR ISI ..................................................................................................................... xii
DAFTAR TABEL ............................................................................................................ xiv
DAFTAR GAMBAR ......................................................................................................... xv
DAFTAR LAMPIRAN ................................................................................................... xvii
DAFTAR SINGKATAN ................................................................................................ xviii
BAB I. PENDAHULUAN
A. Latar Belakang Masalah ..................................................................................... 1
B. Rumusan Masalah ............................................................................................... 3
C. Tujuan Penelitian ................................................................................................ 4
D. Manfaat Penelitian .............................................................................................. 4
BAB II. LANDASAN TEORI
A. Tinjauan Pustaka ................................................................................................. 5
1. Filosfer ........................................................................................................... 5
2. Padi (Oryza sativa L.) ..................................................................................... 7
3. Hawar daun bakteri (bacterial leaf blight)...................................................... 8
4. Xanthomonas oryzae patovar oryzae (Xoo) .................................................. 11
5. Biokontrol ..................................................................................................... 12
6. Mekanisme antagonis .................................................................................... 12
B. Kerangka Berpikir ............................................................................................. 18
commit to user
xii
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
BAB III. METODE PENELITIAN
A. Tempat dan Waktu Penelitian ........................................................................... 20
B. Alat dan Bahan Penelitian ................................................................................. 20
1. Alat ............................................................................................................... 20
2. Bahan ........................................................................................................... 20
C. Prosedur Penelitian ........................................................................................... 21
1. Peremajaan isolat Xoo .................................................................................. 21
2. Pengambilan sampel daun padi .................................................................... 21
3. Skrining bakteri filosfer padi yang bersifat antagonis terhadap Xoo dengan
metode dual plate ......................................................................................... 22
4. Uji hipersensitivitas ...................................................................................... 22
5. Uji patogenisitas ........................................................................................... 22
6. Identifikasi bakteri antagonis ........................................................................ 23
7. Deteksi gen polyketide synthase (PKS) ........................................................ 25
8. Ekstraksi senyawa bioaktif bakteri antagonis ............................................... 26
9. Identifikasi golongan senyawa bioaktif bakteri antagonis ............................ 27
10. Uji aktivitas anti-Xoo ekstrak senyawa bioaktif bakteri antagonis ............. 27
D. Analisis Data ..................................................................................................... 27
BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN
A. Isolat Bakteri Antagonis Filosfer Padi .............................................................. 28
1. Skrining bakteri filosfer padi yang bersifat antagonis terhadap Xoo ........... 28
2. Identifikasi bakteri antagonis ........................................................................ 31
B. Deteksi Gen Polyketide Synthase (PKS) Bakteri Antagonis............................. 43
1. Amplifikasi domain ketosynthase (KS) gen PKS bakteri antagonis ............ 43
2. Hubungan kekerabatan domain KS............................................................... 47
C. Senyawa Bioaktif Bakteri Antagonis ................................................................ 48
D. Aktivitas Anti-Xoo Ekstrak Senyawa Bioaktif Bakteri Antagonis ................... 52
BAB V. KESIMPULAN DAN SARAN
A. Kesimpulan ....................................................................................................... 57
B. Saran .................................................................................................................. 57
DAFTAR PUSTAKA ........................................................................................................ 58
LAMPIRAN ......................................................................................................................
72
commit to user
xiii
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
DAFTAR TABEL
Halaman
Tabel 1. Bakteri filosfer padi yang bersifat antagonis terhadap Xoo................................. 28
Tabel 2. Karakter morfologi bakteri antagonis .................................................................. 32
Tabel 3. Konsentrasi dan kemurnian DNA genom bakteri antagonis ............................... 33
Tabel 4. Analisis kemiripan sekuen parsial gen penyandi 16S rRNA bakteri antagonis
menggunakan program BLAST-N ...................................................................... 43
Tabel 5. Analisis kemiripan sekuen parsial gen PKS bakteri antagonis menggunakan
program BLAST-N.............................................................................................. 46
Tabel 6. Golongan senyawa bioaktif yang dihasilkan bakteri Pseudomonadaceae SH2a. 48
Tabel 7. Golongan senyawa bioaktif yang dihasilkan bakteri Erwinia dan Pantoea ........ 50
Tabel 8. Aktivitas anti-Xoo ekstrak senyawa bioaktif bakteri antagonis .......................... 54
commit to user
xiv
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
DAFTAR GAMBAR
Halaman
Gambar 1. Gambaran skematis tanaman padi .................................................................. 8
Gambar 2. Scanning electron micrograph (SEM) dari sel-sel Xoo yang berada di dalam
pembuluh xilem daun padi ............................................................................. 9
Gambar 3. (a). Daun padi yang terserang HDB dan (b) bacterial ooze ......................... 10
Gambar 4. Morfologi Xoo .............................................................................................. 11
Gambar 5. Diagram kerangka berpikir ........................................................................... 19
Gambar 6.
Aktivitas antagonis beberapa bakteri filosfer padi terhadap Xoo ................. 29
Gambar 7.
Respon daun tembakau setelah inokulasi beberapa bakteri antagonis pada
uji hipersensitivitas ...................................................................................... 29
Gambar 8.
Respon daun padi setelah inokulasi beberapa bakteri antagonis pada uji
patogenisitas ................................................................................................ 29
Gambar 9.
Pewarnaan Gram bakteri antagonis isolat MO142 (a) dan pembentukan
benang lendir pada uji KOH bakteri antagonis isolat MO34h (b)............... 32
Gambar 10. Elektroforegram amplikon gen penyandi 16S rRNA dari kedelapan isolat
yang diuji ..................................................................................................... 35
Gambar 11. Perbandingan sekuen parsial gen penyandi 16S rRNA Pantoea sp. Ca04
dengan bakteri antagonis isolat MO34j, MO22g, MO34i, serta MO43a... 37
Gambar 12. Perbandingan sekuen parsial gen penyandi 16S rRNA Pantoea sp. A1059
dengan bakteri antagonis isolat MO142 .................................................... 39
Gambar 13. Perbandingan sekuen parsial gen penyandi 16S rRNA Pantoea sp. CT2
dengan bakteri antagonis isolat MO63j ..................................................... 40
Gambar 14. Perbandingan sekuen parsial gen penyandi 16S rRNA Erwinia sp. ICB408
dengan bakteri antagonis isolat MO34h .................................................... 41
Gambar 15. Perbandingan sekuen parsial gen penyandi 16S rRNA Pseudomonas fulva
strain 1Y1103 dengan bakteri antagonis isolat SH2a ................................ 42
Gambar 16.
Elektroforegram amplikon gen PKS ........................................................... 44
Gambar 17. Perbandingan sekuen gen nonribosomal peptide synthetase-polyketide
synthase hybrid (cpbI) Lysobacter lactamgenus dengan sekuen parsial gen
PKS bakteri antagonis Pantoea sp. MO22g, Erwinia sp. MO34h, Pantoea
sp. MO34i, Pantoea sp. MO34j,
Pantoea sp. MO43a ...................... 45
commitserta
to user
xv
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
Gambar 18. Pohon filogenetik domain KS bakteri antagonis dengan beberapa bakteri
lain ................................................................................................................ 47
Gambar 19. Aktivitas anti-Xoo ekstrak kasar (a) dan ekstrak: bakteri Pseudomonadaceae
SH2a (b), Pantoea sp. MO63j (c), Pantoea sp. MO34i (d), Pantoea sp.
MO22g (e), Pantoea sp. MO43a (f) ............................................................. 53
commit to user
xvi
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran 1.
Halaman
Aktivitas antagonis bakteri filosfer padi terhadap Xoo .............................. 72
Lampiran 2. Respon daun tembakau setelah inokulasi bakteri antagonis pada uji
hipersensitivitas .......................................................................................... 73
Lampiran 3. Respon daun padi setelah inokulasi bakteri antagonis pada uji
patogenisitas .............................................................................................. 74
Lampiran 4. Kemiripan bakteri antagonis dengan data di GenBank berdasarkan gen
penyandi 16S rRNA .................................................................................. 75
Lampiran 5. Kemiripan sekuen parsial gen PKS bakteri antagonis dengan data di
GenBank ..................................................................................................... 77
Lampiran 6. Penjajaran sekuen parsial gen PKS bakteri antagonis dengan gen
nonribosomal peptide synthetase-polyketide synthase hybrid (cpbI)
Lysobacter lactamgenus ............................................................................ 80
commit to user
xvii
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
DAFTAR SINGKATAN
BLAST-N
: basic local alignment search tool-nucleotida
cfu
: colony forming unit
DAPG
: diacetylphloroglucinol
ddH2O
: double destilate water
DNA
: deoxyribonucleic acid
g
: gram
μg
: mikrogram
ng
: nanogram
HDB
: hawar daun bakteri
hsi
: hari setelah inokulasi
KOH
: kalium hidroksida
L
: liter
mL
: mililiter
μL
: mikroliter
mm
: milimeter
MEGA
: molecular evolutionary genetics analysis
NA
: nutrient agar
NaCl
: natrium chloride
NB
: nutrient broth
NCBI
: national center for biotechnology information
p.a.
: pro analitik
pb
: pasang basa
PCR
: polymerase chain reaction
PKS
: polyketide synthase
pmol
: pikamolar
rRNA
: ribosomal ribonucleic acid
tRNA
: transfer ribonucleic acid
UV-VIS
: ultra violet-visible
XA
: Xanthomonas agar
Xoo
: Xanthomonas oryzae patovar
oryzae
commit
to user
xviii