ASAM NUKLEAT

Created by WARAS NURCHOLIS
DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Asam nukleat merupakan
makromolekul dlm inti sel
yg mengandung semua
informasi untuk aktivitas
maupun reproduksi sel.
Berperan:
a) Menyimpan informasi
genetik
b) Proses replikasi dan
transkripsi
Created by WARAS NURCHOLIS
DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Nukleotida
Asam nukleat dibentuk dari nukleotida yg memiliki
suatu gula, basa nitrogen, dan fosfat.
Base
PO4
Sugar
Nukleosida
Created by WARAS NURCHOLIS
DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Molekul Gula pada Nukleotida
Ribosa merupakan penyusun
utama DNA
2-Deoksiribosa merupakan
molekul gula pada DNA
Perhatikan:
Ikatan gula ribosa dengan basa
nitrogen (pada atom karbon nomor 1).
Ikatan gula ribosa dengan gugus fosfat
(pada atom karbon nomor 5).
Gugus hidroksil pada atom karbon
nomor 2
Created by WARAS NURCHOLIS
DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Basa Nitrogen
Basa nitrogen berikatan dengan
ikatan-β pada atom karbon nomor1'
dari gula ribosa atau deoksiribosa.
Pirimidin berikatan ke gula ribosa
pada atom N-1 dari struktur
cincinnya.
Purin berikatan ke gula ribosa pada
atom N-9 dari struktur cincinnya.
Created by WARAS NURCHOLIS
DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Ribonukleotida – penyusun RNA
Gula ribosa yang berikatan dengan
basa nitrogen (dalam contoh di
samping adalah suatu pirimidin,
urasil dan sitosin) pada atom
karbon nomor 1‘nya disebut
ribonukleosida (dalam contoh di
samping adalah uridin dan sitidin).
Ribonukleosida yang terfosforilasi
pada atom karbon nomor 5‘nya
disebut ribonukleotida (dalam
contoh di samping adalah uridilat
atau sitidilat)
Penyampaian ribonukleotida biasanya dalam bentuk singkatan
(misalnya) U, atau UMP (uridin monofosfat)
Created by WARAS NURCHOLIS
DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Ribonukleotida utama:
Perhatikan atom N9 (pada purin) dan N1 (pada pirimidin)
yang berikatan dengan atom C nomor 1’ dari ribosa
Created by WARAS NURCHOLIS
DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Deoksiribonukleotida – penyusun DNA
Gula 2'-deoksiribosa yang berikatan
dengan basa nitrogen (dalam contoh di
samping adalah purin; adenin dan
guanin) pada atom karbon nomor 1‘nya
disebut deoksiribonukleosida (dalam
contoh di samping adalah
deoksiadenosin dan deoksiguanosine).
Deoksiribonukleosida yang terfosforilasi
pada atom karbon nomor 5‘nya disebut
deoksiribonukleotida (dalam contoh di
samping adalah deoksiadenilat dan
deoksiguanilat).
Penyampaian deoksiribonukleotida biasanya dalam bentuk
singkatan (misalnya) A, atau dA (deoksiA), atau dAMP
(deoksiadenosin monofosfat)
Created by WARAS NURCHOLIS
DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Deoksiribonukleotida Utama:
Perhatikan atom N9 (pada purin) dan N1 (pada pirimidin)
yang berikatan dengan atom C nomor 1’ dari ribosa
Created by WARAS NURCHOLIS
DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Penamaan Nukleotida:
Created by WARAS NURCHOLIS
DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Penamaan Nukleotida:
Nukleosida Difosfat dan
Nukleosida trifosfat
Created by WARAS NURCHOLIS
DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Senyawa Siklik AMP, Adenosin
3`-monofosfat, dan Adenosin
2`,3`- monofosfat
Created by WARAS NURCHOLIS
DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Struktur Primer
DNA dan RNA
A, G, T, C  DNA
A, G, U, C  RNA
ikatan phosphodiester
Ikatan kovalen yang terjadi
antara gugus phosphate
pada satu nukleotida,
dengan gugus OH pada
nukleotida lainnya.
Created by WARAS NURCHOLIS
DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Struktur tulang punggung
DNA, RNA
DNA: 5’-ACGTA-3’ /pApCpGpTpA
RNA: 5’-ACGTA-3’ /pApCpGpTpA ??
Created by WARAS NURCHOLIS
DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Struktur sekunder
DNA dan RNA
Created by WARAS NURCHOLIS
DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Created by WARAS NURCHOLIS
DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
ANALISIS DNA
Ekstraksi DNA
Lisis
dinding sel
dan
membran
sentrifugasi
Pengendapan
DNA oleh
isopropanol
Sentrifugasi
kembali
larutkan
DNA
Cuci DNA
dengan etanol
Kualitas DNA
12,000,000bp
Ukuran DNA genom dr
beberapa Species (kbp)
E. Coli
Yeast
Fruit Fly
Human
Pea
4,640,000 bp
12,100,000 bp
140,000,000 bp
3,000,000,000 bp
4,800,000,000 bp
Wheat 17,000,000,000 bp
1 kbp and 100
bp ladders
Genomic DNA of 5
species of cereals
DNA plasmid
Kualitas DNA
Ladder
A B C D E
Intensitas rendah
Jumlah sedikit/tipis
Tdk ada pemurnian phenol
RNA
Konsentrasi DNA
Spektrofotometer
(UV):  260 nm.
Optical Density
A260
DNA
A260/A280
A260
RNA
A260/A280
Wave Length
1.0  50 g/ml
1.6 - 1.8
1.0  40 g/ml
~2.0
Total RNA, diisolasi dari jaringan tikus
menggunakan EXT-0003
lane 1: total RNA bag Otak.
lane 2: total RNA bag hati
lane 3: total RNA bag paru-paru
lane 4: total RNA bag limpa
Pita rRNA (ada 2, ukuran besar
dan kecil), smear kemungkinan
mRNA dgn berbagai ukuran. Pita yg
Paling bawah tRNA
Total RNA: rRNA, tRNA, dan mRNA
Kira-kira 95-98% adalah rRNA
Total RNA terlihat baik, bila proses
ekstraksi baik
Aplikasi DNA
Ubur-ubur
goresan bakteri
mengekspresikan GFP
Struktur 3D GFP
(Green Fluorescent Protein)
GFP Pada Macaca
GFP Pada Mencit
Created by WARAS NURCHOLIS
DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB