Isolasi Dan Karakterisasi Gen pol Simian

1
PENDAHULUAN
Latar Belakang
Penyakit infeksi menular sampai saat ini
masih tetap menjadi masalah kesehatan
nasional maupun internasional, bahkan
cenderung menimbulkan masalah baru dalam
hal mikroba penyebab, patogenitas penyakit,
dan pengendaliannya. Hal ini memerlukan
kerjasama berbagai bidang, baik di bidang
kesehatan
maupun
teknologi,
serta
memerlukan dukungan kuat dari pemerintah.
Jaringan komunikasi antar daerah diperlukan
karena masing-masing daerah yang berbeda
memiliki pola penyakit infeksi yang juga
berbeda. Data dan sistem pelaporan yang
akurat dan cepat sangat diperlukan. Jaringan
komunikasi internasional dibutuhkan dalam
bidang teknologi biomolekul yang penting
dari segi diagnostik, patogenenitas, maupun
pengobatan (Kemenkes 2011).
Salah satu penyakit infeksi yang menjadi
perhatian pemerintah saat ini adalah penyakit
infeksi yang disebabkan oleh Human
Immunodeficiency
Virus
(HIV),
yaitu
Acquired
Immunodeficiency
Syndrome
(AIDS). Kasus penyakit HIV AIDS selalu
meningkat dari tahun ke tahun. Pada tahun
2005 jumlah kasus AIDS yang dilaporkan
sebesar 2639 kasus dan pada tahun 2010
sebesar 4158 kasus. Berdasarkan data BPS
tahun 2011, besaran kumulatif kasus AIDS
nasional sampai dengan Juni 2011 adalah
11.09% per 100000 penduduk (Depkes 2011).
Peningkatan jumlah penderita HIV AIDS di
Indonesia
menuntut
perkembangan
pengobatan penyakit tersebut. Teknologi
biologi
molekuler
dapat
membantu
mengembangkan pembuatan vaksin atau obat
antiviral untuk pengobatan penyakit ini. Salah
satu caranya adalah dengan mengembangkan
virus model yang memiliki karakteristik yang
hampir sama dengan virus HIV.
Virus yang berpotensi untuk dijadikan
virus model bagi penelitian obat HIV adalah
SRV (Simian Retrovirus). SRV tergolong
dalam famili Retroviridae dan genus
Betaretrovirus. Virus ini dapat menyebabkan
penyakit Simian acquired immunodeficiency
syndrome (SAIDS) yang menyerupai penyakit
AIDS pada manusia. Penelitian terdahulu
tentang SRV-2 telah berhasil mengidentifikasi
genom SRV-2 isolat Washington dan
diketahui memiliki empat gen utama yaitu gag
(group specific antigen), env (envelope), prt
(protease), dan pol (polymerase) (Marraci et
al. 1995; Marraci et al. 1999). Gen pol
diketahui menyandikan dua enzim penting
yang berperan dalam proses replikasi
retrovirus dalam inang yaitu reverse
transcriptase dan RNase-H. Enzim-enzim ini
juga dihasilkan oleh virus HIV untuk proses
replikasi virus tersebut dalam inangnya. Virus
SRV ini dapat dijadikan virus model untuk
pengembangan vaksin dan obat antiviral
terhadap penyakit HIV AIDS. Obat-obat
antiviral terhadap HIV AIDS yang sudah
komersil dan berkembang saat ini kebanyakan
mempunyai mekanisme dalam menghambat
enzim-enzim yang dikodekan oleh gen pol
terutama terhadap reverse transkriptase (Chen
et al. 2009).
Penelitian
mengenai
isolasi
dan
karakterisasi gen pol asal SRV khususnya
untuk isolat Indonesia sampai saat ini belum
dilakukan. Mengingat adanya gen pol yang
menyandi enzim reverse transcriptase,
RNAse-H, dan Integrase pada SRV maka
virus SRV asal isolat Indonesia ini berpotensi
untuk dikembangkan sebagai virus model
dalam pencarian dan pengembangan kandidat
senyawa obat antiviral dan vaksin terhadap
HIV AIDS. Oleh karena itu, perlu dilakukan
isolasi dan karakterisasi molekuler terhadap
gen tersebut. Hal ini diharapkan akan
memberikan kontribusi dalam bidang biologi
molekuler dan pengobatan HIV AIDS di
Indonesia.
Penelitian ini bertujuan untuk
melakukan isolasi, identifikasi gen pol Simian
Retrovirus (SRV) isolat Indonesia asal
Macaca fascicularis dan Macaca nemestrina.
Gen pol ini selanjutnya dapat dikarakterisasi
melalui urutan nukleotidanya, analisis
kekerabatan, urutan asam amino, conserve
domain, dan pemodelan struktur tiga dimensi
menggunakan
analisis
bioinformatika.
Hipotesis dari penelitian ini adalah gen pol
dapat
diisolasi,
diidentifikasi,
dan
dikarakterisasi dari sampel sel darah tepi inti
tunggal (peripheral blood mononuclear cells,
PBMCs) Macaca fascicularis dan Macaca
nemestrina asal Indonesia. Penelitian ini
diharapkan dapat menjadi langkah awal untuk
pengembangan virus model HIV dari Simian
Retrovirus (SRV) asal isolat Indonesia karena
penggunaan HIV sebagai virus model
memiliki resiko keamanan yang tinggi. Gen
pol dari virus ini diharapkan mempunyai
karakter yang spesifik sehingga dapat
diaplikasikan dalam teknik biomedis untuk
membantu
penelitian
mengenai
pengembangan obat antiviral HIV. Penelitian
ini juga dapat menjadi langkah awal dalam
pembelajaran secara in silico untuk mencari
molekul kandidat senyawa antiviral.