ISOLASI DNA SAWO - Universitas Sebelas Maret

SKRIPSI
ISOLASI DNA SAWO (ACHRAS
(
ZAPOTA)) DENGAN BEBERAPA
METODE
Oleh
Marshelina Noor Indah Delfianti
H0712120
PROGRAM STUDI AGROTEKNOLOGI
FAKULTAS PERTANIAN UNIVERSITAS SEBELAS MARET
SURAKARTA
2016
ISOLASI DNA SAWO (ACHRAS
(
ZAPOTA) DENGAN BEBERAPA
METODE
SKRIPSI
untuk memenuhi sebagian persyarakatan
guna memperoleh derajat Sarjana Pertanian
di Fakultas Pertanian
Universitas Sebelas Maret
Oleh
Marshelina Noor Indah Delfianti
H0712120
PROGRAM STUDI AGROTEKNOLOGI
FAKULTAS PERTANIAN UNIVERSITAS SEBELAS MARET
SURAKARTA
2016
i
SKRIPSI
ISOLASI DNA SAWO (ACHRAS ZAPOTA) DENGAN BEBERAPA
METODE
Marshelina Noor Indah Delfianti
H0712120
Pembimbing Utama
Pembimbing Pendamping
Dr. Ir. Endang Yuniastuti, M.Si.
NIP. 197006091994022001
Dr. Ir. Parjanto, M.P.
NIP. 196203231988031001
Surakarta, Juni 2016
Fakultas Pertanian UNS
Dekan
Prof. Dr. Ir. H. Bambang Pujiasmanto, M.S.
NIP. 195602251986011001
ii
SKRIPSI
ISOLASI DNA SAWO (ACHRAS ZAPOTA) DENGAN BEBERAPA
METODE
yang dipersiapkan dan disusun oleh
Marshelina Noor Indah Delfianti
H0712120
telah dipertahankan di depan Tim Penguji
pada tanggal:..........
dan dinyatakan telah memenuhi syarat
untuk memperoleh gelar (derajat) Sarjana Pertanian
Program Studi Agroteknologi
Susunan Tim Penguji
Ketua
Anggota I
Dr. Ir. Endang Yuniastuti, M.Si. Dr. Ir. Parjanto, M.P.
NIP. 197006091994022001
NIP. 196203231988031001
iii
Anggota II
Prof. Dr. Ir. Ahmad Yunus, M.S.
NIP. 196107171986011001
PERNYATAAN
Dengan ini saya Nama: Marshelina Noor Indah Delfianti NIM: H0712120
Program Studi Agroteknologi menyatakan bahwa dalam skripsi saya yang
berjudul “ISOLASI DNA SAWO (ACHRAS ZAPOTA) DENGAN
BEBERAPA METODE” ini tidak terdapat karya yang pernah diajukan untuk
memperoleh gelar akademik dan sepanjang pengetahuan penulis juga tidak ada
unsur plagiarisme, falsifikasi, fabrikasi karya, data, atau pendapat yang pernah
ditulis atau diterbitkan oleh penulis lain, kecuali yang secara tertulis diacu dalam
naskah ini dan disebutkan dalam daftar pustaka.
Surakarta, Juni 2016
Yang menyatakan
Marshelina Noor Indah D.
NIM H0712120
iv
KATA PENGANTAR
Puji Syukur penulis panjatkan kehadirat Tuhan Yang Maha Esa yang telah
melimpahkan
segala
rahmat
dan
karunia-Nya,
sehingga
penulis
dapat
menyelesaikan penelitian sekaligus penyusunan skripsi ini. Dalam penulisan
skripsi ini tentunya tidak lepas dari bantuan berbagai pihak. Oleh karenanya,
penulis ingin mengucapkan terima kasih kepada:
1. Prof. Dr. Ir. Bambang Pujiasmanto, M.S. selaku Dekan Fakultas Pertanian
Universitas Sebelas Maret Surakarta.
2. Dr. Ir. Hadiwiyono, M.Si selaku Ketua Jurusan Program Studi Agroteknologi.
3. Dra. Linayanti Darsana, M.Si selaku Pembimbing Akademik atas waktu,
semangat, ilmu, dan bimbingan yang diberikan.
4. Dr. Ir. Endang Yuniastuti, M.Si selaku Pembimbing Utama yang membiayai
pelaksanaan penelitian ini dan memberikan bimbingan dalam penelitian, serta
ilmu.
5. Dr. Ir. Parjanto, M.P selaku Pembimbing Pendamping atas dorongan,
semangat, waktu, dan bimbingannya yang diberikan.
6. Kedua orang tua saya serta adik kakak saya yang telah memberikan dukungan
baik secara materi dan spiritual serta tidak henti-hentinya memberikan saya
semangat yang luar biasa.
7. Teman-teman tim sawo yang selalu memberikan motivasi untuk saya.
8. Teman-teman seperjuangan Agroteknologi Angkatan 2012 “TUNAS” atas
kebersamaan yang telah kita lalui dengan penuh suka dan duka serta semua
pihak yang tidak dapat penulis sebutkan satu per satu.
Penulis menyadari bahwa dalam pembuatan skripsi ini masih banyak
kekurangan. Oleh karena itu, saran dan kritik yang bersifat membangun sangat
diharapkan agar lebih baik. Akhirnya penulis berharap semoga skripsi ini dapat
memberikan manfaat bagi penulis sendiri khususnya dan bagi para pembaca pada
umumnya. Amin.
Surakarta,
Juni 2016
Penulis
v
DAFTAR ISI
Halaman
HALAMAN JUDUL.......................................................................................... i
HALAMAN PENGESAHAN........................................................................... ii
HALAMAN PERSETUJUAN .......................................................................... iii
KATA PENGANTAR .......................................................................................v
DAFTAR ISI ..................................................................................................... vi
DAFTAR TABEL ............................................................................................ viii
DAFTAR GAMBAR ........................................................................................ ix
DAFTAR LAMPIRAN ......................................................................................x
RINGKASAN ................................................................................................... xi
SUMMARY ....................................................................................................... xii
I.
PENDAHULUAN ......................................................................................1
A. Latar Belakang .......................................................................................1
B. Perumusan Masalah ................................................................................3
C. Tujuan Penelitian....................................................................................3
D. Manfaat Penelitian..................................................................................3
II. TINJAUAN PUSTAKA .............................................................................4
A. Taksonomi Sawo ....................................................................................4
B. Analisis Fenotipe dan Genotipe .............................................................6
C. Isolasi DNA ............................................................................................9
D. Uji Kuantitatif DNA ..............................................................................12
E. Uji Kualitatif DNA ................................................................................13
III. METODE PENELITIAN...........................................................................15
A. Waktu dan Tempat Penelitian ...............................................................15
B. Bahan dan Alat Penelitian .....................................................................15
C. Pelaksanaan Penelitian ..........................................................................15
D. Analisis Data .........................................................................................19
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN..................................................................20
A. Uji Kuantitatif DNA Daun Sawo Achras zapota ..................................20
vi
DAFTAR ISI
(Lanjutan)
Halaman
B. Uji Kualitatif DNA Daun Sawo Achras zapota ....................................28
V. KESIMPULAN DAN SARAN..................................................................31
A. Kesimpulan............................................................................................31
B. Saran ......................................................................................................31
DAFTAR PUSTAKA
vii
DAFTAR TABEL
Nomor
Judul
Halaman
1. Jumlah dan perlakuan daun Achras zapota ..................................................20
2. Khemikalia yang digunakan dalam Isolasi DNA daun Achras zapota ........22
3. Nilai Kuantitas DNA Genom Daun Sawo Achras zapota ............................25
viii
DAFTAR GAMBAR
Nomor
Judul
Halaman
1. Hasil elektroforesis berbagai metode ektraksi DNA: A. metode Sambrook, B.
metode Doyle and Doyle, C. metode Saghai-Maroof, D. metode Orozcocastillo .............................................................................................................. 29
ix
DAFTAR LAMPIRAN
Nomor
Judul
Halaman
1. Prosedur kerja tiap metode ............................................................................... 38
2. Dokumentasi penelitian .................................................................................... 42
x
RINGKASAN
ISOLASI DNA SAWO (ACHRAS ZAPOTA) DENGAN BEBERAPA METODE.
Skripsi: Marshelina Noor Indah Delfianti (H0712120). Pembimbing: Endang
Yuniastuti, Parjanto, Ahmad Yunus. Program Studi: Agroteknologi, Fakultas
Pertanian Universitas Sebelas Maret (UNS) Surakarta.
Sawo (Achras zapota) merupakan tanaman buah unggulan tropika yang
sangat diminati oleh masyarakat Indonesia. Akan tetapi hal tersebut belum
diimbangi dengan hasil produksi yang diharapkan, karena masyarakat Indonesia
kurang membudidayakan sawo secara optimal. Oleh karena itu, perlu dilakukan
adanya pemuliaan tanaman yaitu analisis genotipe, supaya dapat menciptakan
varietas unggul. Analisis genotipe berupa analisis molekuler yang biasanya tahap
pertama adalah isolasi DNA. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan metode
yang paling efektif untuk memperoleh kuantitas dan kualitas DNA yang paling
sesuai untuk tanaman sawo.
Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Genetika dan Pemuliaan
Tanaman Fakultas Pertanian Universitas Gadjah Mada Yogyakarta.yang dimulai
November 2015 sampai Januari 2016. Penelitian ini dilaksanakan dengan
membandingkan metode isolasi DNA yang telah dimodifikasi seperti metode
Sambrook, metode Doyle and Doyle, metode Saghai-maroof, dan metode Orozcocastillo. Hasil metode tersebut berupa DNA yang murni secara kuantitas dan
kualitas yang dianalisis secara deskriptif. Kriteria DNA murni secara kuantitas,
apabila nilai rasio absorbansi λ260/λ280 berkisar antara 1,8-2,0. Dan kriteria
DNA murni secara kualitas, apabila pita DNA terlihat jelas dan utuh serta tidak
terlihat smear dibagian bawah gel.
Hasil penelitian menunjukkan metode sambrook, metode doyle and doyle,
saghai-maroof, dan orozco-castillo dengan menggunakan jumlah daun segar
sebanyak 0,05 g, 0,03 g, 0,13 g, dan 0,06 g berturut-turut menghasilkan rasio
absorbansi 1,840; 1,867; 1,770; dan 1,857 dengan konsentrasi 4600 ng/µl, 2800
ng/µl, 4800 ng/µl, dan 2597 ng/µl. Pada uji kualitatif DNA yang dihasilkan dari
metode doyle and doyle modifikasi terlihat pita genom yang jelas dan utuh serta
tidak terlihat adanya smear dibagian bawah gel.
xi
SUMMARY
ISOLATION OF DNA SAWO (ACHRAS ZAPOTA) WITH SOME METHODS.
Thesis: Marshelina Noor Indah Delfianti (H0712120). Supervisor: Endang
Yuniastuti, Parjanto, Ahmad Yunus. Study Program: Agro Technology, Faculty of
Agriculture, Sebelas Maret University (UNS) Surakarta.
Sapodilla (Achras zapota) is a tropical fruit crop seed that is in demand by
the people of Indonesia. But it has not been offset by the expected production
yield, because the people of Indonesia are less cultivated sapodilla optimally.
Therefore, it is necessary to do their breeding program is the analysis of
genotypes, in order to create high-yielding varieties. First step genotypic analysis
in the form of molecular is the isolation of DNA. This study aims to obtain the
most effective method for obtaining the quantity and quality of DNA that suitable
for the sapodilla plant.
This research was conducted at the Laboratory of Genetica and Plant
Breeding, Faculty of Agriculture, Gadjah Mada University that began from
November 2015 to January 2016. The study was conducted by comparing the
DNA isolation method that modified such as Sambrook method, Doyle and Doyle
method, Saghai-Maroof method, and Orozco-castillo method. The method results
in the form of pure DNA quantity and quality were analyzed descriptively.
Criteria of pure DNA quantity is the value of the absorbance ratio λ260/λ280
ranged from 1.8 to 2.0. DNA and pure quality criteria is the DNA bands clearly
visible and intact and no visible smear on of the gel electrophoresis.
The results showed that Sambrook method, Doyle and doyle method,
Saghai-Maroof method, and Orozco-castillo method using fresh leaves as much as
the amount of 0.05 g, 0.03 g, 0.13 g and 0.06 g respectively produced ratios
absorbance 1.840; 1.867; 1,770; and 1,857 with a concentration of 4600 ng/mL,
2800 ng/mL, 4800 ng/mL and 2597 ng/mL. In the qualitative test DNA resulting
from doyle and doyle method showed ribbon DNA seen clear and no visible
smear on of the gel.
xii